78 Aplikasi Primer Mikrosatelit pada Proses Seleksi Padi Varietas Code untuk Sifat Umur Berbunga
ditemukan pada region coding dan non-coding Miah et al. 2013. Mikrosatelit menggunakan sepasang primer forward dan reverse yang diamplifikasi
berdasarkan konservasi daerah yang diapit marka untuk suatu gen yang ada dalam kromosom Azrai 2005. Konsep daerah yang diapit oleh marka dikenal dengan
istilah flanking marker. Semakin dekat jarak suatu primer terhadap lokus target, maka pewarisan lokus target dapat terus terjadi untuk generasi selanjutnya
Collard et al. 2005.
Gen pengatur sifat umur berbunga qDTH8 atau Ghd8 HD5 pada padi BC
1
F
1
merupakan QTL Quantitative Trait Loci yang diturunkan oleh tetua IR64-NILs-qDTH8 [YP1] dan terdapat pada kromosom 8 yang menurut bank
data Gramene www.gramene.org berada pada posisi 35.7 cM. Gen qDTH8 mengekspresikan sifat umur berbunga yang kemudian dapat mempersingkat umur
panen padi. Sifat umur berbunga merupakan sifat penting yang diperlukan untuk kemampuan adaptasi suatu tanaman terhadap kondisi lingkungan disekitarnya
sehingga sifat ini dipengaruhi oleh panjang hari dan temperatur lingkungan. Gen pengatur sifat umur berbunga sendiri tidak terfokus pada satu kromosom tetapi
tersebar di beberapa kromosom padi atau dikenal dengan istilah polygenic character Naeem et al. 2013. Gen qDTH8 sendiri dapat dideteksi dengan
menggunakan primer RM5556 dan RM6838. Kedua primer ini bertindak sebagai primer pengapit daerah lokus qDTH8, yaitu menurut bank data Gramene pada
posisi 26 cM dan 42.9 cM.
Pemilihan tanaman BC
1
F
1
sendiri didasarkan atas kombinasi pita dari primer RM5556, RM6838, dan RM20582. Galur dengan pita heterozigot dipilih
pada elektroforegram primer RM5556 dan RM6838 sedangkan galur dengan pita homozigot dipilih pada elektroforegram primer RM20582. Pemilihan pita
heterozigot untuk primer RM5556 dan RM6838 disebabkan oleh adanya gen qDTH8 dari tetua IR64-NILs-qDTH8 [YP1] yang akan disisipkan ke dalam gen
tetua Code pada galur BC
1
F
1
. Oleh karena itu, gen dari kedua tetua harus berada dalam galur BC
1
F
1
. Primer RM20582 sendiri memilih pita heterozigot karena gen Xa7 hanya berasal dari tetua Code. Pita homozigot yang mengikuti tetua tetua
IR64-NILs-qDTH8 [YP1 secara otomatis tidak dipilih karena tidak mengandung gen tetua Code pada galur BC
1
F
1
. Penyebab terjadinya pita homozigot tetua IR64- NILs-qDTH8 [YP1] dikarenakan adanya penyerbukan sendiri antar tetua IR64-
NILs-qDTH8 [YP1] pada saat pembentukan benih BC
1
F
1
. Produk amplifikasi antar ketiga primer dapat dilihat dengan menggunakan
elektroforesis pada gel poliakrilamid 8. Gramene marker view menyebutkan bahwa produk amplifikasi primer RM5556 sebesar 102 bp, produk amplifikasi
primer RM6838 sebesar 120 bp, dan produk amplifikasi primer RM20582 sebesar 83 bp. Berdasarkan hasil pita elektroforegram, pita DNA primer RM5556 dan
RM6838 memiliki ukuran pita dibawah 200 bp sedangkan pita DNA primer RM20582 memiliki ukuran pita dibawah 100 bp. Hal ini menunjukkan bahwa
hasil amplifikasi sesuai dengan bank data Gramene.
Karakter Agronomi Padi BC
1
F
1
Code- qDTH8
Karakter-karakter agronomi, seperti tinggi tanaman, jumlah anakan total, jumlah anakan produktif, umur berbunga, panjang malai, jumlah gabah isi, jumlah
gabah hampa, berat 1000 butir gabah, dan berat gabah total merupakan faktor