HUBUNGAN KERAGAMAN POLA PITA RNA TOTAL DENGAN VIRULENSI FUSARIUM ASAL SOLANACEAE.

HUBUNGAN POLA PITA RNA TOTAL DENGAN VIRULENSI FUSARIUM
ASAL SOLANACEAE

SKRIPSI
untuk memenuhi sebagian persyaratan
guna memperoleh derajat Sarjana Pertanian
di Fakultas Pertanian
Universitas Sebelas Maret

Oleh :
Siti Ifadatul Ulya
H0712169

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET SURAKARTA
FEBRUARI 2017

i

SKRIPSI

HUBUNGAN POLA PITA RNA TOTAL DENGAN VIRULENSI FUSARIUM
ASAL SOLANACEAE

Siti Ifadatul Ulya
H0712169

ii

SKRIPSI

HUBUNGAN POLA PITA RNA TOTAL DENGAN VIRULENSI
FUSARIUM ASAL SOLANACEAE

yang dipersiapkan dan disusun oleh:
Siti Ifadatul Ulya
H0712169

Telah dipertahankan di depan Tim Penguji
pada tanggal 1 Februari 2017

dan dinyatakan telah memenuhi syarat
untuk memperoleh gelar (derajat) Sarjana Pertanian
Program Studi Agroteknologi

iii

PERNYATAAN
Dengan ini saya Nama: Siti Ifadatul Ulya, NIM: H0712169 Program Studi:
Agroteknologi menyatakan bahwa dalam skripsi saya yang berjudul
“HUBUNGAN POLA PITA RNA TOTAL DENGAN VIRULENSI FUSARIUM
ASAL SOLANACEAE” ini tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk
memperoleh gelar akademik dan sepanjang pengetahuan penulis juga tidak ada
unsur plagiarisme, falsifikasi, fabrikasi karya, data, atau pendapat yang pernah
ditulis atau diterbitkan oleh penulis lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam
naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.

Surakarta, 1 Februari 2017
Yang menyatakan

Siti Ifadatul Ulya

NIM.H0712169

iv

KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan
karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan judul
“Hubungan Pola Pita RNA Total dengan Virulensi Fusarium Asal Solanaceae”.
Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana
Pertanian di Fakultas Pertanian UNS.
Dalam penulisan skripsi ini tidak terlepas dari bantuan dan bimbingan dari
berbagai pihak, sehingga penulis mengucapkan terimakasih kepada:
1. Prof. Dr. Ir. Bambang Pujiasmanto, M.S selaku Dekan Fakultas Pertanian
UNS atas bimbingannya selama perkuliahan.
2. Prof. Dr. Ir. Hadiwiyono, M.Si selaku Kepala Program Studi Agroteknologi
Fakultas Pertanian UNS dan Dosen pembahas atas bimbingannya selama
perkuliahan dan penyusunan skripsi.
3. Dr. Ir. Supyani, M.P selaku Pembimbing Utama atas bimbingannya dalam
penyusunan skripsi.
4. Ir. Sri Widadi, M.P selaku Pembimbing Pendamping atas bimbingan dalam

penyususan skripsi.
5. Prof. Dr. Ir. Sholahuddin M.S selaku Pembimbing Akademik atas bimbingan
dan arahan selama perkuliahan.
6. Keluarga dan teman-teman yang telah memberikan dukungan baik materi,
semangat dan doa.
7. Kepada Bidik misi selaku sponsor utama kuliah saya.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih banyak kekurangan dan kesalahan.
Oleh karena itu, penulis mengharapkan kritik dan saran demi kesempurnaan
penulisan skripsi ini. Penulis berharap, semoga skripsi ini dapat memberikan
manfaat kepada kita semua.
Surakarta, 1 Februari 2017
Penulis

v

DAFTAR ISI
Halaman
KATA PENGANTAR .................................................................................

v

DAFTAR ISI ..............................................................................................

vi

DAFTAR TABEL ....................................................................................... vii
DAFTAR GAMBAR ................................................................................... viii
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................

ix

RINGKASAN .............................................................................................

x

SUMMARY ................................................................................................

xi

I. PENDAHULUAN .................................................................................

A. Latar Belakang ...............................................................................
B. Perumusan Masalah .......................................................................
C. Tujuan Penelitian ............................................................................
D. Manfaat Penelitian ...........................................................................
II. TINJAUAN PUSTAKA ..........................................................................
A. Solanaceae .....................................................................................
B. Fusarium .........................................................................................
C. Virulensi ..........................................................................................
D. RNA Total........................................................................................
E. Mikovirus .........................................................................................
III. METODE PENELITIAN ......................................................................
A. Tempat dan Waktu Penelitian.........................................................
B. Bahan dan Alat Penelitian ..............................................................
C. Pelaksanaan Penelitian ..................................................................
D. Analisis Data ..................................................................................
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ..............................................................
A. Virulensi Fusarium..........................................................................
B. Analisis deskriptif pola pita total RNA total......................................
C. Hubungan Keragaman pola RNA Total Terhadap Virulensi
Fusarium ........................................................................................

V. KESIMPULAN DAN SARAN ..............................................................
A. Kesimpulan ...................................................................................
B. Saran ............................................................................................

1
1
3
3
3
4
4
5
7
8
9
12
12
12
12
13

14
14
16

DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN

vi

18
21
21
21

DAFTAR TABEL

Nomor
1.
2.

Judul

Halaman

Virulensi Fusarium Berdasarkan Diameter Lesio pada Buah Apel..... 16
Hubungan keberadaan pita RNA untai ganda pada profil RNA
total dari 7 isolat Fusarium dengan dengan diameter lesio
pada buah apel. ................................................................................ 19

vii

DAFTAR GAMBAR

Nomor
1.
2.

Judul

Halaman

Elektroforesis RNA Total yang Diektraksi dari Miselium
Fusarium Asal Tanaman Cabai pada 0,7% Gel Agarose
dengan Buffer TAE dan Menggunakan Marker HindIII..................... 17
Elektroforesis RNA Total yang Diektraksi dari Miselium
Fusarium Asal Tanaman Tomat dan Terong pada 0,7% Gel
Agarose dengan Buffer TAE dan Menggunakan Marker
HindIII. ............................................................................................. 18

viii

DAFTAR LAMPIRAN

Nomor

Judul

Halaman

1. Dokumentasi penelitian. ........................................................................ 27

2. Lesio pada apel dalam uji virulensi setelah inkubasi selama 14
hari ....................................................................................................... 29

ix

RINGKASAN
HUBUNGAN POLA PITA RNA TOTAL DENGAN VIRULENSI FUSARIUM
ASAL SOLANACEAE. Skripsi: Siti Ifadatul Ulya (H0712169). Pembimbing:
Supyani, Sri Widadi. Program Studi: Agroteknologi, Fakultas Pertanian,
Universitas Sebelas Maret (UNS) Surakarta.
Fusarium merupakan jamur penyebab salah satu penyakit utama pada
tanaman Solanaceae. Fusarium memiliki keragaman genetika yang luas yang
berpengaruh pada virulensi Fusarium. Keberadaan RNA untai ganda yang
merupakan genom dari mikovirus pada beberapa jamur patogen dilaporkan
mampu menyebabkan hipovirulensi pada jamur yang terinfeksi dan potensial
digunakan sebagai agen pengendali hayati. Tujuan dari penelitian ini adalah
untuk mengetahui keragaman Fusarium asal Solanaceae berdasarkan pola pita
RNA total serta hubunganya dengan virulensi dan Fusarium.
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan september 2015 sampai Oktober
2016 bertempat di Laboratorium Hama dan Penyakit Tanaman dan Laboratorium
Biologi Tanah, Fakultas Pertanian, Universitas Sebelas Maret Surakarta.
Sebanyak 32 isolat Fusarium telah diisolasi dari pertanaman Solanaceae (cabai,
tomat dan terong). Masing-masing isolat telah diidentifikasi secara morfologi dan
diuji virulensi pada penelitian sebelumnya. Pada penelitian ini masing-masing
isolat disubkultur pada 20ml media Potato Dextrose Broth (PDB) dan dipanen
setelah ±14 hari dengan cara disaring. Miselium Fusarium yang telah dipanen
diekstraksi RNA totalnya hingga membentuk pelet RNA total, selanjunya pelet
RNA total dielektroforesis pada 0,7% gel agarose dan divisualisasikan
menggunakan UV transiluminator. Pola pita RNA total yang dihasilkan
selanjutnya dianalisis secara deskriptif untuk mengetahui hubungan antrara pola
pita RNA total dengan virulensi Fusarium.
Sebanyak tujuh isolat Fusarium diduga mengandung RNA untai ganda
mikovirus. Pita berukuran 6,6-9,4 kbp ditemukan pada lima isolat yaitu isolat A1,
A4, A5, A8, dan A10, isolat B3, B9 dan A10 mengandung RNA untai ganda
berukuran 6,6-9,4kbp. Berdasarkan hasil dari penelitian ini, hanya isolat B3 yang
bersifat hipovirulen. Isolat A1, A4, A8, dan B9 memiliki viruensi medium dan
isolat A5 dan A10 memiliki virulensi yang tinggi. Kondisi ini mungkin disebabkan
karena infeksi mikovirus pada beberapa isolat bersifat laten tanpa menunjukkan
gejala.

x

SUMMARY
TOTAL RNA BAND PATTERN RELATED THE VIRULENCE OF FUSARIUM
ISOLATES FROM SOLANACEAE. Thesis: Siti Ifadatul Ulya (H0712169).
Supervisor: Supyani, Sri Widadi. Study Program: Agrotechnology, Faculty of
Agriculture, Sebelas Maret University (UNS) Surakarta.
Fusarium is a pathogenic fungus causing Fusarium wilt on Solanaceae.
Fusarium has a wide genetic diversity that affected to the virulence of Fusarium.
The existence of double-stranded RNA of mycovirus inducing hypovirulence of
fungus has been reported on some pathogenic fungi and potential to develope as
a biological control agent. The purpose of this study was to determine the
diversity of Fusarium from solanaceae based on the total RNA band pattern and
its relationship with the virulence of Fusarium.
Research was held on September 2015 until October 2016, in the
Laboratory of Pest and Plant Disease and Soil Biology Laboratory, Faculty of
Agriculture, Sebelas Maret University. Total of 32 isolates of Fusarium had been
isolated from solanaceae field (chili pepper, tomato and eggplant). Each isolates
was identified morphologically and virulence tested on previous study. Each
isolats was subcultured on 20ml Potato Dextrose Broth (PDB) and filtered after ±
14 days. Total RNA was extracted from Fusarium mycelium to total RNA pellets,
electrophoresed on 0,7% agarose gel and visualized using UV transiluminator.
Total RNA profile was analyzed descriptively to determine the relationship of
Total RNA profile with the virulence of Fusarium.
Total of seven isolates of Fusarium suspected the presence of dsRNA. A1,
A4, A5, A8, and A10 showed the band size from 6.6 to 9.4 bp dsRNA. A10, B3
and B9 showed the band size from 4.4 to 6.6 kbp. Based on the results of this
study, only B3 was hipovirulens. A1, A4, A8 and B9 had medium virulence and
A5 and A10 had a high virulence. This condition may be caused due to infection
of mycovirus in some isolates was symptomless.

xi