IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) Repository - UNAIR REPOSITORY

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

SKRIPSI

IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS
BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus
undulatus ) UNTUK MENENTUKAN JENIS
KELAMIN DENGAN METODE PCR
(POLYMERASE CHAIN REACTION)

Oleh
YUSTISIANTI FITRIANI
NIM 060911255

FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN
UNIVERSITAS AIRLANGGA
SURABAYA
2014

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA
BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK
MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN
METODE PCR (POLYMERASE CHAIN
REACTION)
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Kedokteran Hewan
pada
Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga

oleh
YUSTISIANTI FITRIANI

NIM 060911255

Menyetujui
Komisi Pembimbing,

Skripsi

(Prof. Dr. Fedik A. Rantam, drh.)

(Dr. Abdul Samik, drh., M.Si.)

Pembimbing Utama

Pembimbing Serta

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

PERNYATAAN

Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam skripsi berjudul :
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW BERBASIS BULU PADA
BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus ) UNTUK
MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN
METODE PCR (POLYMERASE CHAIN
REACTION)
tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di
suatu perguruan tinggi dan sepanjang pengetahuan saya juga tidak terdapat karya
atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang
secara tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.

Surabaya,

13 Februari 2014

Yustisianti Fitriani

NIM. 060911255

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Telah dinilai pada Seminar Hasil Penelitian
Tanggal : 3 Februari 2014

KOMISI PENILAI SEMINAR HASIL PENELITIAN

Skripsi

Ketua

: Dr. Suwarno, drh., M. Si.

Sekretaris

: Dr. Eduardus Bimo Aksono, drh., Mkes.

Anggota

: Dr. Mustofa Helmi Efendi. DTAPH., drh.

Pembimbing Utama

: Prof. Dr. Fedik. A. Rantam., drh.

Pembimbing Serta

: Dr. Abdul Samik, drh., M.Si.

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW

BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Telah diuji pada
Tanggal : 13 Februari 2014

KOMISI PENGUJI SKRIPSI
Ketua

: Dr. Suwarno, drh., M. Si.

Anggota

: Dr. Eduardus Bimo Aksono, drh., Mkes
Dr. Mustofa Helmi Efendi. DTAPH., drh.
Prof. Dr. Fedik. A. Rantam., drh.
Dr. Abdul Samik, drh., M.Si.

Surabaya, 13 Februari 2014
Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Airlangga
Dekan,

Prof. Hj. Romziah Sidik, drh., Ph.D.
NIP. 19531216197806200

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

CHDZ AND CHDW GENE IDENTIFICATION BASED ON PARAKEET
(Melopsittacus undulatus) FEATHERS TO DETERMINE SEX BY PCR
(POLYMERASE CHAIN REACTION) METHOD

Yustisianti Fitriani

ABSTRACT

Sex Identification in parakeet (Melopsittacus undulatus) is very important
to help conservation and breeding efforts in order to preserve and increased the
population of parakeets. Especially in monomorphic bird, that was difficult to
distinguish between male and female. Molecular-based technology approach with
PCR (Polymerase Chain Reaction) method can be applied to amplify intron length
that can be distinguish between CHD-W and CHD-Z and allowed to distinguish
gender by using P2 and P8 primers, this method can be used to determine the sex
of the parakeet appropriately and accurately using feather samples. This research
was conducted in two ages five months parakeets, using three to four feathers that
have been extracted and amplified by PCR (Polymerase Chain Reaction), and read
using 1% agarose gel electrophoresis, the male appeared one band, and female
appeared two bands. gender verification has been done by performing surgery on
each bird to saw the morphology of the reproductive organs, the result of
reproductive organ morphology and electrophoresis showed that the parakeet was
a male with one band, which appeared on the result of electrophoresis, ranged

from 300-400 base pairs.
Key words : parakeet (Melopsittacus undulatus), sex determination, feather, PCR.

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

UCAPAN TERIMA KASIH

Alhamdulillah, Puji syukur kehadirat Allah SWT atas nikmat, rahmat, dan
karunia yang telah dilimpahkan sehingga penulis dapat melaksanakan penelitian
dan menyelesaikan skripsi dengan judul Identifikasi Gen CHDZ Dan CHDW
Berbasis Bulu Pada Burung Parkit (Melopsittacus undulatus ) Untuk
Menentukan Jenis Kelamin Dengan Metode PCR (Polymerase Chain
Reactian).

Pada kesempatan ini penulis ingin menyampaikan terima kasih kepada :
Prof. Hj. Romziah Sidik, drh., Ph.D., selaku Dekan Fakultas Kedokteran
Hewan Universitas Airlangga Surabaya.
Prof. Dr. Fedik. A. Rantam., drh. dan Dr. Abdul Samik, drh., M.Si. selaku
dosen pembimbing utama dan dosen pembimbing serta atas saran dan bimbingan
yang diberikan dalam penyusunan skripsi ini.
Dr. Suwarno, drh., M. Si. selaku ketua penguji, Dr. Eduardus Bimo
Aksono, drh., Mkes. selaku sekretaris penguji dan Dr. Mustofa Helmi Efendi,
DTAPH., drh. selaku anggota penguji atas dukungan serta saran-saran yang telah
diberikan.
Prof. Hj. Romziah Sidik, drh., Ph.D. selaku dosen wali atas bimbingan dan
nasihat yang diberikan selama menempuh pendidikan di Fakultas Kedokteran
Hewan Universitas Airlangga Surabaya.

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Seluruh dosen dan staf karyawan Fakultas Kedokteran Hewan Universitas
Airlangga Surabaya atas wawasan keilmuan selama mengikuti pendidikan di
Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Airlangga Surabaya.
Seluruh staf Institute Tropical Disease terutama mbak dinar, mbak rury,
dan mbak aldis terima kasih atas bantuannya dalam pelaksanaan penelitian.
Kedua orang tua yaitu ayahanda tercinta Sarmadan Achmad Losoh dan
ibunda tercinta Yeni Anisah yang telah memberikan nasihat, motivasi, doa dan
dukungan baik secara materil maupun spiritual dalam penyusunan skripsi ini.
Kepada kakak tersayang Evaluasi Rohmawati. Kepada keluarga tercinta
Marsiam, Siti Zaenab, Sadadul, Matenur, Matlikan, Ahmad fatah berserta adikadik tersayang Nala Anfa’ul Albab, Mahfiyatul Fitriah, Muhammad Ikhwanul
Irham, dan Abdul Munif Al-Mubarok yang selalu memberikan semangat,
dorongan, pengorbanan dan doa selama menempuh pendidikan.
Nasihul Umam mas tersayang dan tercinta yang selalu setia mendampingi,
untuk segala perhatian, hiburan, bantuan, dorongan semangat, nasehat, kesabaran
dan doa selama menempuh pendidikan.
Sahabat tercinta Dina Amalina, Saobil, Mariam, Nur Faizah, Novi
Shofianing, dan Intan Nur Laila. Sahabat-sahabat seperjuangan Mamlu’atus
sa’diyah, Nurus Diana. Lu’ulul Amna, Mia Anjar Sari, Ninik Rahayu Ningsih,
Azizah, Irvin Bea Ariani, Dhara Aprilia Minardi, Virdha Nur Chorina, Novi
Setyaningrum, Nur Aini Nia, Elfa Zuhrotun Nisa’, Khotijah, Alfiana Laili, Icha
Firdausi, Lia Nur Aini, teman-teman kelas B, dan teman-teman Fakultas

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Kedokteran Hewan angkatan 2009 atas doa, semangat dan dukungan yang telah
diberikan.
Kepada semua pihak yang tidak bisa disebutkan satu persatu tetapi sudah
membantu dalam penyusunan skripsi ini.
Penulis menyadari bahwa tulisan ini masih jauh dari sempurna, untuk itu
penulis sangat mengharapkan saran dan kritik yang bersifat membangun dari
semua pihak. Semoga hasil yang dituangkan dalam skripsi ini dapat bermanfaat
bagi semua pihak yang membutuhkan.

Surabaya, Februari 2014

Penulis

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

DAFTAR ISI
Halaman

Skripsi

LEMBAR PENGESAHAN .....................................................................
HALAMAN PERNYATAAN ..................................................................
HALAMAN IDENTITAS ........................................................................
ABSTRACT. .............................................................................................
UCAPAN TERIMA KASIH ....................................................................
DAFTAR ISI .............................................................................................
DAFTAR TABEL .....................................................................................
DAFTAR GAMBAR…………… ............................................................
DAFTAR LAMPIRAN .............................................................................
SINGKATAN DAN ARTI LAMBANG. .................................................

ii
iii
iv
vi
vii
x
xii
xiii
xiv
xv

BAB 1 PENDAHULUAN ......................................................................

1

1.1 Latar Belakang Penelitian .....................................................
1.2 Rumusan Masalah ................................................................
1.3 Tujuan Penelitian .................................................................
1.4 Manfaat Penelitian. ...............................................................

1
5
5
5

BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA ............................................................

6

2.1 Burung Parkit (Melopsittacus undulatus) .............................
2.1.1 Taksonomi ..................................................................
2.1.2 Karakteristik Anatomi dan Fisiologi ..........................
2.1.3 Karakteristik Bulu.......................................................
2.1.4 Habitat ........................................................................
2.1.5 Kromosom Seks pada Burung ....................................
2.2 Teknik Sexing .......................................................................
2.2.1 Laparoskopi............................................................... .
2.2.2 Karyotyping ................................................................
2.2.3 Vent Sexing .................................................................
2.2.4 Steroid Sexing.............................................................
2.3 Teknik Polymerase Chain Reaction .....................................
2.3.1 Prinsip Kerja PCR ......................................................
2.3.2 Manfaat dan Keunggulan PCR...................................
2.4 Sekuensing Nukleotida CHDZ Dan CHDW.........................

6
6
6
7
8
9
9
10
10
11
11
11
12
14
15

BAB 3 MATERI DAN METODE PENELITIAN .................................

18

3.1 Jenis Penelitian .....................................................................
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian ..............................................
3.3 Bahan Penelitian ..................................................................
3.3.1 Sampel Penelitian .......................................................
3.3.2 Bahan yang digunakan Dalam Penelitian ...................

18
18
18
18
19

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Skripsi

3.4 Alat Penelitian .......................................................................
3.5 Prosedur Penelitian ..............................................................
3.5.1 Pembedahan ...............................................................
3.5.2 Ekstraksi DNA ............................................................
3.5.3 Polymerase Chain Reaction........................................
3.5.4 Elektroforesis ..............................................................
3.5.5 Diagram Alir Prosedur Penelitian ...............................

19
20
20
20
21
22
23

BAB 4 HASIL PENELITIAN ................................................................

24

BAB 5 PEMBAHASAN .........................................................................

28

BAB 6 KESIMPULAN DAN SARAN...................................................

33

6.1 Kesimpulan ..........................................................................
6.2 Saran ....................................................................................

33
33

RINGKASAN ...........................................................................................

34

DAFTAR PUSTAKA ..............................................................................

36

LAMPIRAN ..............................................................................................

41

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

DAFTAR TABEL
Tabel
4.1

Skripsi

Halaman
Tabel Hasil Pengamatan Jenis Kelamin ..........................................

24

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

DAFTAR GAMBAR
Gambar

Halaman

2.1

Burung Parkit (Melopsittacus undulatus) ..................................

7

2.2

Struktur Bulu ..............................................................................

8

2.3

Tahap-tahap Pelipatgandaan DNA .............................................

13

2.4

Reaksi gen CHD-Z dan CHD-W dengan pembacaan
menggunakan elektroforesis gel agarose 1% ................................

2.5

Hasil Sekuensing gen CHDW dan CHDZ pada
burung puyuh ..............................................................................

17

3.1

Bulu burung parkit .......................................................................

19

3.1

Diagram Alir Prosedur Penelitian ..............................................

23

4.1

Reaksi gen CHD-Z dan CHD-W dengan pembacaan
menggunakan elektroforesis gel agarose 1% ................................

25

4.3

Testis burung parkit setelah dilakukan pembedahan ...................

26

4.4

Perbedaan warna care untuk menentukan jenis kelamin pada
Burung parkit ...............................................................................

Skripsi

14

27

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran
1.
2.

Skripsi

Halaman
Bahan Penelitian........................................................................
Alat Penelitian ...........................................................................

41
44

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

DAFTAR SINGKATAN DAN ARTI LAMBANG

Skripsi

DNA
RNA
PCR
CHDZ
CHDW
DOC
dNTPs
dATP
dCTP
dGTP
dTTP
Mg
mm
μl
ml
M
EDTA
NaCl
%
mg/ml
TBE
o
C
HCL
pH
rpm
nm
mM
MgCL2
μM
ng
G
C
A
T
Taq
Bp
ATL
AL
AW

=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=
=

AE

=

Deoxyribonucleic acid
Ribonucleic acid
Polymerase Chain Reaction
Chromo Helicase DNA-Z
Chromo Helicase DNA-W
Day Old Chicken
Deoxynucleotide triphosphates
deoksiadenosin trifosfat
deoksisitidin trifosfat
deoksiguanosin trifosfat
deoksitimidin trifosfat
Magnesium
Milimeter
Mikroliter
Mililiter
Molar
Ethylene Diamine Tetra Acid
Natrium Chlorida
Persen
Miligram per Mililiter
Tris/Borate/EDTA
Derajat celcius
Hydrochloride
Power of Hydrogen
Rotation Per Minutes
Nanometer
Millimolar
Magnesium Clorida
Mikromolar
Nanogram
Guanine
Cytosine
Adenine
Thymine
Thermus aquaticus
base pair
Aqueous Tissue Lysis buffer
Aqueous Lysis buffer (untuk melisiskan sel)
Aqueous Washing buffer (untuk memurnikan DNA yang
terkumpul)
Aqueous Elution buffer (untuk melarutkan kembali DNA
yang sudah terkumpul dalam filter)

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

BAB 1 PENDAHULUAN

1.1.

Latar belakang masalah
Burung parkit biasanya dijumpai dapat dijumpai di pasar-pasar burung

sekarang ini. Sesungguhnya burung parkit merupakan hasil penjinakan jenis parkit
liar di Australia. Proses penjinakan sudah lama terjadi. Ketika Kapten Cook
mendarat pertama kali di benua Australia, jenis burung ini mulai digambarkan
secara ilmiah (Widodo, 2002). Pada tahun 1794, Shaw, penulis Zoologi of New
Holland, member nama parkit dengan sebutan Melopsittacus undulatus.
Melopsittacus berasal dari kata melos (Yunani) yang berarti nyanyian dan
psittacus yang merupakan sebutan dari kerabat betet, sedangkan undulates (Latin)
berarti bercorak gelombang. Corak gelombang ini mungkin berkaitan dengan
warna bulu parkit yang bermacam-macam (Widodo, 2002).
Berdasarkan Cerit dan Avanus (2007), identifikasi jenis kelamin juga
dilakukan berdasar perbedaan morfologi seperti ukuran tubuh dan warna bulu.
Teknik ini menemui kendala karena beragamnya karakter morfologi burung akibat
perbedaan geografis dan perbedaan antar spesies burung. Kendala lain yaitu
banyaknya spesies burung yang bersifat monomorfik, yaitu memiliki kemiripan
karakter morfologi antara jantan dan betinanya. Spesies yang dimorfik sekalipun,
hanya memiliki sedikit perbedaan yang dapat diamati. Penentuan jenis kelamin
berdasarkan kenampakan morfologi, dalam beberapa kasus merupakan hal yang
sulit, bahkan mustahil.

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Secara umum, determinasi jenis kelamin pada Aves cukup sulit sebelum
dewasa. Namun, pada jenis-jenis monomorfik hal ini sulit dilakukan meskipun
telah melewati masa pubertas. Beberapa jenis Aves seperti ayam, kalkun, itik,
angsa, burung hantu dan burung paruh bengkok sulit untuk diidentifikasi jenis
kelaminnya secara morfologis (Griffiths dan Tiwari, 1995; Griffiths et al., 1998).
Burung mempunyai banyak spesies yang sulit dibedakan berdasarkan
karakteristik eksternal. Membedakan antara kedua jenis kelamin dalam berbagai
kelompok taksonomi tidak semudah seperti pada manusia. Beberapa cara yang
dapat digunakan untuk membedakan jenis kelamin pada burung monomorfik ini
diantaranya

adalah

pengamatan

laparoskopi

atau

melalui

pembedahan

(laparoskopi), dan analisis DNA dengan teknik Polymerase Chain Reaction
(PCR) (Griffiths, 2000).
Polymerase Chain Reaction (PCR) pertama kali ditemukan oleh Kary
Mullis pada tahun 1986. Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah satu teknik
yang dipakai untuk melipatgandakan asam nukleat (DNA atau RNA) secara in
vitro dengan enzimatis di dalam suatu mesin pengubah yang dikenal dengan
Thermocycle. Proses pelipatgandaan ini terjadi melalui tiga tahapan yaitu
denaturai, annealing dan ekstensi (Rantam, 2007). Teknik PCR memerlukan suatu
DNA cetakan (templat DNA) yang nantinya akan diperbanyak secara in vitro.
DNA cetakan didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi suatu sel, jaringan atau
organ. Sebagian besar DNA pada sel hewan terdapat di dalam inti. Sebagian yang
lain terdapat di organel seperti di mitokondria. Ekstraksi dan purifikasi DNA pada
prinsipnya adalah suatu cara atau metoda untuk memisahkan DNA total dari

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

komponen sel lainnya (Sulandari dan Zein 2003). Setiap sel atau jaringan yang
memiliki DNA memungkinkan untuk dilakukan ekstraksi DNA, akan tetapi,
kualitas dan jumlah DNA yang diperoleh dapat bervariasi tergantung asal
jaringan, metode penyimpanan, dan cara ekstraksi. Ekstraksi DNA dari fosil,
specimen museum, sampel forensik, rambut atau bulu (calamus) dan feses
biasanya lebih sulit dilakukan (Taberlet et al. 1996).
Penanda yang digunakan selama ini adalah kromosom seks berupa
kromosom W pada burung betina (ZW) yang tidak dimiliki oleh pejantan (ZZ).
Gen penanda pertama yang ditemukan adalah CHD (chromo-helicaseDNAbinding) yang terletak di kromosom W pada aves (Griffiths dkk., 1998).
Hasil amplifikasi PCR dengan metode molecular sexing berdasarkan gen penanda
CHD akan menunjukkan jenis kelamin sampel berdasarkan jumlah pita yang
terbentuk. Hal ini karena gen CHD-W dan CHD-Z pada betina akan teramplifikasi
menjadi dua sekuen, sedangkan dua gen CHD-Z pada jantan akan menghasilkan
satu sekuen saja (Quintana dkk., 2008).
Sejak ditemukannya perbedaan pada gen jenis kelamin CHD-Z dan CHD-W
pada kebanyakan jenis burung, kemudian gen ini diamplifikasi dengan PCR
(Griffiths et al., 1998; Kahn et al., 1998; Fridolfsson dan Ellegren, 1999). Banyak
primer yang telah didesain untuk mengenali ukuran intron yang berbeda pada gen
CHD. Namun primer yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi jenis
kelamin pada aves yaitu P2 dan P8. (Griffiths et al., 1998). Primer P2/P8 dapat
mengamplifikasi pada intron yang sama, oleh karena itu terjadi perbedaan antara
kromosom Z dan W yang identik (Kahn dkk., 1998).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Elektroforesis merupakan suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan
pada pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik
isolektrik). Pergerakan molekul didalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk,
ukuran, besar muatan dan sifat kimia molekul (Pratiwi, 2001). Elektroforesis
menggunakan gel agarose dapat menghasilkan satu band pada burung dengan
jenis kelamin jantan dan pada betina menghasilkan dua band (Griffiths et al.,
1998; Fridolffson and Ellegren, 1999).
Seluruh teknik molekuler untuk identifikasi jenis kelamin pada burung
dibutuhkan sampel DNA. DNA sekarang dapat diperoleh dari bulu (calamus)
(Smith et al. 1991; Ellegren 1992). Identifikasi jenis kelamin melalui bulu
(calamus) dapat digunakan sebagai sexing jaringan. DNA ekstraksi dengan
mengguanakan bulu (calamus) dapat mengurangi stres pada burung dan
menghindari kehilangan darah yang berlebihan (Cerit dan Avanus 2006).
Penggunaan sampel bulu (calamus) sebagai identifikasi jenis kelamin pada
burung telah berhasil dibuktikan dalam studi molekuler seks rasio (Questiau et al.
2000).
Seks dapat diidentifikasi dengan : (1) pengamatan perilaku,(2) kehadiran
mengerami patch, (3) perbedaan sifat morfometrik (4) pemeriksaan dari gonad
dengan laparotomi atau laparoskopi, dan (5) pemeriksaan kromosom seks. Dua
metode pertama dapat secara umum diterapkan hanya selama musim berkembang
biak, dan analisis sifat morfometrik mungkin ambigu. Pemeriksaann dari gonad
mungkin sulit dilakukan di burung dewasa di luar musim kawin karena ukuran
tubuh kecil mereka (Prus dan Schmutz 1987).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

1.2.

Perumusan masalah
Berdasarkan latar belakang diatas,maka perumusan masalah adalah:

Apakah bulu (calamus) yang diuji dengan PCR dapat digunakan untuk
mengidentifikasi gen CHDZ dan CHDW dalam menentukan jenis kelamin pada
burung parkit ?

1.3.

Tujuan penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk membuktikan bahwa sampel bulu (calamus)

dari burung parkit dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen CHDZ dan
CHDW dalam menentukan jenis kelamin dengan teknik PCR.

1.4.

Manfaat penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat membedakan atau mengidentifikasi

gen CHDZ dan CHDW dalam menentukan jenis kelamin burung parkit tanpa
menimbulkan stres dan rasa sakit melalui teknik PCR, sehingga dapat membantu
pemerhati burung untuk kepentingan budidaya burung. Manfaat jangka panjang
penelitian ini dapat membantu pada usaha konservasi dan penangkaran sehingga
dapat ikut serta melestarikan dan menyelamatkan anggota burung yang terancam
punah juga membantu para peternak burung dalam menentukan jenis kelamin
yang saat ini masih banyak kesalahan dalam mengidentifikasi terutama dilihat
secara empiris.

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA

2.1

Burung Parkit
Anggota burung berparuh bengkok terbagi atas 6 suku, 82 marga dan 316

jenis. Diantara kelompok burung-burung berparuh bengkok, parkit termasuk yang
sangat popul er ka rena bulunya yang b erwarna-warni da n s ifatnya yang m uda
beradaptasi dengan alam lingkungan sekitarnya (Widodo. 2002).

2.1.1

Taksonomi
Susunan kl asifikasi bur ung pa rkit be rdasarkan Checlist of Bird of the

World yang dikutip oleh Widodo (2002) adalah sebagai berikut.

2.1.2

Filum

: Chordata

Sub filum

: Vertebrata

Ordo

: Psittaciformes

Family

: Psittacidae

Sub Family

: Psittacinae

Genus

: Melopsittacus

Spesies

: Melopsittacus undulatus

Karakteristik Anatomi dan Fisologi
Menurut F orshaw ( 1986), pa njang bur ung p arkit r ata-rata ad alah 18 cm

dengan be rat ba dan antara 26 -29 gram. Lebih l anjut di nyatakan , da ri 8 burung
parkit j antan di ketahui panjang s ayapnya a ntara 93 -100 m m, e kor 91 -103 m m,

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

clumen ( paruh ba gian a tas) 9 -10 m m, da n t arsus 13 -15 m m. U ntuk yang be tina,
dari 9 parkit betina diketahui memiliki panjang sayap antara 93-104 mm, ekor 8899 m m, c lumen 9 -11 m m, da n t arsus 14 -15 m m ( Widodo, 2002) . Pada bur ung
parkit denyut jantung adalah 7 ka li lebih cepat dari pada manusia. Burung parkit
memiliki dua jari kaki menghadap ke depan dan dua jari menghadap ke belakang.
Berbeda dengan unggas lain memiliki tiga jari kaki menghadap ke depan dan satu
jari menghadap ke belakang seperti pada gambar 2.1 (Lafeber Company, 2011).

Gambar 2.1 Burung Parkit (Melopsittacus undulatus)
www.lafebercares.com
2.1.3

Karakreistik Bulu
Bulu (calamus) burung mempunyai prospek menjadi sumber DNA karena

pada pa ngkal bulu ( calamus) ba nyak m engandung sel e pitel. Bulu (calamus)
merupakan s truktur khu sus K elas A ves. Secara g enetik bulu (calamus) diduga
berasal dari epidermal, sedangkan secara embriologis bermula dari papila dermal.
Bulu terdiri da ri poros ut ama y ang disebut Shaft (tangkai), Calamus (tangkai
pangkal bul u yang berongga), Rachis (lanjutan calamus yang merupakan s umbu

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

bulu yang t idak be rongga didalamnya me miliki s umsum da n jaringan), Vane
(bendera yang t ersusun atas barbae yang merupakan cabang-cabang l ateral da ri
rachis) (Hickman et al., 1984), seperti yang terlihat pada Gambar 2.2.

Gambar 2.2 Struktur bulu
(Sumber : http://www lifestyle.kompasiana.com)
2.1.4

Habitat
Biasanya bur ung p arkit m enempati ha bitat hutan E ucalypus yang

berbatasan de ngan anak s ungai,padang rerumputan,semak b elukar yang ke ring,
dan daerah padang terbuka. Umumnya mereka berkelompok dalam jumlah kecil,
dimanapun bur ung t ersebut t inggal.

Meraka hi dup be rpindah-pindah,

menyesuaikan persediaan air da n biji r erumputan sebagai s umber m akananya
(Widodo, 2002).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

2.1.5

Kromosom Seks Pada Burung
Kromosom seks Z dan W pada b urung berkembang s ecara b erbeda

dibandingkan kromosom mamalia X dan Y (Ellegren et al, 2001). Burung betina
bersifat heterogamet dan membawa s alinan Z dan W tapi pada j antan bersifat
homogamet dan membawa 2 eksemplar je nis ke lamin kromosom Z (Handley et
al, 2005) . Identifikasi seks pa da burung yang pa ling pe nting adalah bagaimana
peranan 2 jenis kromosom seks tersebut. Hingga saat ini masih belum cukup jelas,
namun j ika karakteristik betina dikembangkan oleh W sebagai kromosom betina
maka karakteristik jantan ditentukan oleh kromosom Z. Meskipun khusus betina,
kromosom W me miliki struktur yang mir ip dengan kromosom ma malia Y pada
jantan, kecuali ukurannya y ang lebih ke cil, da n jumlah heterochromatin yang
lebih s edikit. (Cerit da n A vanus, 2007) . Gen CHD-W pa da b etina s angat uni k,
dimana kr omosom s eks pa da be tina be rsifat heterogametic ( Ellegren, 1996 ;
Griffiths et al., 1996), sedangkan gen CHD-Z dapat ditemukan pada k edua jenis
kelamin (Griffiths and Korn, 1997; Fridolfsson and Ellegren, 1999).

2.2

Teknik Sexing
Teknik s exing yang di lakukan unt uk m engidentifikasi j enis ke lamin p ada

burung m onomorfik s ecara non m olekuler (konvensional) yaitu: laparoskopi,
karyotyping, vent sexing, dan steroid sexing.

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

2.2.1

Laparoskopi
Laparoskopi d apat m elihat ka rakteristik s aluran r eproduksi da n ha silnya

dapat di lihat l angsung. Gonad bur ung d ewasa adalah m udah di visualisasikan
dibandingkan de ngan a nakan. S eorang ahli da pat da pat m engidentifikasi je nis
kelamin anakan juga. Melihat organ seks menggunakan laparoskop atau otoskope,
diperlukan sayatan kecil disisi kiri tubuh burung. Pada anakan betina, indung telur
sering t idak di temukan. K elemahan ut ama da ri l aparoskopi a dalah di butuhkan
anastesi dan resiko cedera pada organ vital. Pra pemeriksaan bisa berbahaya dan
bahkan dapat membuat burung mati (Swengel, 1996).

2.2.2 Karyotyping
Sumber unt uk i solasi kr omosom da n pe nentuan karyotipe da pat di peroleh
dari kul tur s el yang um um, yang be rasal da ri bul u atau darah karena s ebagian
besar kromosom spesies burung adalah mikrokromosom, sulit untuk menghitung
mikrokromosom i ni secara a kurat. K arena be rukuran b esar kr omosom Z da pat
dibedakan d ari kr omosom W yang l ebih k ecil ( Archawaranon, 2004) . S eorang
cytogenetics berpengalaman dapat memperoleh hasil yang akurat. Kerugian utama
dari analisis kromosom adalah prosedur yang memakan waktu (christidis, 1985).
Metode i ni t idak da pat diterapkan unt uk bur ung unt a, ka rena r endah pe rbedaan
dari kromosom Z dan W (Malago et al, 2002).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

2.2.3

Vent Sexing
Vent sexing merupakan metode yang di populerkan pa da t ahun 1930 -an

oleh pr ofessor j epang, K iyoshi M asui. Vent sexers yang t elah di latih di sekolah
Chick Sexing, dapat de ngan mudah mendapatkan ke akuratan sebesar 95% da lam
sexing. Metode i ni be rdasarkan dengan memegang D OC atau unggas yang l ain
posisi di balik ke bawah de ngan s atu t angan da n m emeriksa a rea vent (kloaka)
untuk m elihat a danya a tau t idak a danya r udimenter da ri or gan j antan.
Bagaimanapun seseorang yang buk an ahlinya m empelajari da sar da ri m etode i ni
dapat m enghasilkan k eakuratan t idak l ebih d ari 60 -70%, m eskipun s eseorang
yang ahli juga dapat salah dalam mengidentifikasi (Bramwell, 2003)

2.2.4

Steroid Sexing
Metode i ni be rdasarkan pa da l evel es trogen/testosterone di da lam f eses

burung. Feses burung betina memiliki rasio yang lebih tinggi dibandingkan yang
jantan. Pada t eknik ini f eses yang masih segar s angat diperlukan sebagai sampel
tes ini . Hasil te rbaik d apat t ercapai ha nya da ri burung de wasa s elama musim
kawin (Swengel, 1996).

2.3

Teknik Polymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction merupakan t eknik yang d apat di terapkan

kegunaannya di segala bi dang bi ologi, yang m emungkinkan da lam pe njelasan
rangkaian DNA spesifik dari target DNA yang tidak dapat terdeteksi (Erlich 1989,
Innis et al, 1990). Teknik PCR melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus)

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

dan pada s etiap s iklus t erjadi duplikasi j umlah target D NA unt ai ganda. U ntai
ganda template DNA dipisahkan de ngan de naturasi t ermal da n ke mudian
didinginkan hi ngga m encapai s uatu s uhu t ertentu unt uk m emberi w aktu pa da
primer m enempel p ada (anneal primers) pa da d aerah t ertentu dari t arget DN A.
Polymerase D NA di gunakan unt uk m emperpanjang pr imer ( extend orimers)
dengan adanya dNTPs ( dATP, dC TP, dGTP, dan dTTP) dan buffer yang s esuai.
Umumnya ke adaan i ni de lakukan ant ara 20 -40 s iklus. T arget D NA yang
diinginkan ( short ”targe” product) aka n meningkat s ecara eks ponensial s etelah
siklus keempat dan DNA non-target (long product) akan meningkat secara linier
(Newton dan Graham, 1994).
Metode i ni m enggunakan pa sangan p rimer be rdasarkan va riasi ukur an
intron unt uk m embedakan a ntara pr otein chromo-helicase DNA-binding (CHD),
CHD-Z dan CHD-W (Han dkk., 2009).

2.3.1

Prinsip Kerja PCR
Tahap de naturasi di lakukan pa da s uhu sekitar 9 2ºC untuk menguraikan

rantai ganda m enjadi rantai t unggal. Kemudian di lanjutkan de ngan t ahap
annealing dengan suhu sekitar 37º - 65º C. Pada proses ini primer menempel pada
daerah s pesifik D NA t emplate. P roses e kstensi dilakukan pa da s uhu 72 ºC yang
dimaksudkan unt uk pe nambahan e nzim Tag DNA polymerase sehingga pr imer
akan di sambung d engan nukl eotid dN TP da n t erbentuk r antai nukl eotida yang
lebih panjang seperti pada gambar 2.2 (Suwarno, 2007).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Gambar 2.3 Tahap-Tahap Pelipatgandaan DNA (Sumber: Erlich, 1991).

Penelitian sebelumnya telah dilakukan pada dua ekor burung kenari dan dua
ekor bur ung gelatik J awa unt uk m engidentifikasi j enis ke lamin m enggunakan
sampel bul u de ngan m etode P CR de ngan m enggunakan pr imer P 8 da n P 2 yang
selanjutnya dielektroforesis dengan gel agarosa 1%. Hasil dari elektroforesis pada
dua ekor burung kenari dan burung gelatik Jawa menunjukkan dua fragmen DNA
yang b erarti be rjenis ke lamin betina s eperti pa da Gambar 2.4 (Ariani., 2013;
Minardi., 2013).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Gambar 2.4 Reaksi ge n CHD-W da n CHD-Z de ngan pembacaan
menggunakan elektroforesis gel agarose 1%. Keterangan: M=
Marker; C (-) = K ontrol ne gatif; K 1 = K enari satu: K 2 =
Kenari dua ; G 1= G elatik Satu, G2= G elatik Dua (Ariani.,
2013; Minardi., 2013).
2.3.2

Manfaat dan Keunggulan Teknik PCR
Polymerase Chain Reaction memiliki ke unggulan yang cukup ba nyak

karena k esederhanaan teknis da n waktu yang di tawarkan serta d apat di terapkan
kegunaanya di segala bi dang bi ologi, yang m emungkinkan da lam pe njelasan
rangkaian DNA spesifik dari target DNA yang tidak dapat terdeteksi (Erlich 1989,
Innis e t a l, 1990) . Dengan m enggunakan m etode P CR ini lebih f leksibel da n
dapat be kerja h anya d engan m enggunakan s atu bul u be rkualitas, di bandingkan

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

menggunakan t eknik m olekuler hi bridisasi be rlabel unt uk m emeriksa DNA
genom dengan memeriksa kromosom W spesifik atau mengidentifikasi keturunan
multigen de ngan ke lompok s pesifik kr omosom W (Griffiths and Holland, 1990;
Quinn et al., 1990; D vorak et al., 1992; Griffiths, 1992; M illar et al., 1992;
Graves et al., 1993; Longmire et al., 1993). Metode molekuler ini sangat lambat
dan melelahkan karena m emerlukan jumah DNA yang r elatif be sar s erta
kebanyakan melibatkan penggunaan radioisotope.

2.4

Sekuensing Nukleotida CHDZ Dan CHDW
Sekuensing

nukleotida m erupakan t eknik

yang di gunakan unt uk

menentukan ur utan nu kleotida s ecara l angsung da ri s uatu f regmen D NA
(handajani, 2003) . S ekuensi D NA a kan m enghasilkan s ekuens D NA yang
digambarkan s ebagai ur utan a bjad l ambing nu kleotida pe nyusun D NA yaitu
AGTC (Riyadi, 2010).
Sekuensing pada penelitian yang pernah dilakukan dari burung bangau putih
(Ciconia boyciana) untuk membedakan jenis kelamin yang mengidentifikasi gen
CHDZ dan CHDW de ngan m enggunakan pr imer P 8 dan P 2. Hasil s ekuensing
pada bur ung ba ngau put ih m enunjukan ba hwa ge n C HD-W be rukuran 3 83 bp
yang ada pa da bur ung b etina, s edangkan gen C HD-Z pa da bu rung ba ngau put ih
berukuran 376 bp yang a da pa da bu rung j antan seperti dibawah ini (Han el al,
2009).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Cb -W CTCCCAAGGA TGAGAAACTG TGCAAAACAG GTATCTCTGG GTTTTGACCA ACTAACTTCA 60
Cb -Z CTCCCAAGGA TGAGAAACTG TGCAAAACAG GTGTCTCTTT GCTTTGACTG ACT---TGTA 57

Cb -W ATTTTGTTGT TCTTGTTGTT TGTTTGTTTT TTCGTTGCTG TTGTTTTGGC TTGTACTTTT 120
Cb -Z CTTTTATG-- --TTGCTGTT GGTTTACTTT GTTGGGGGGG TTTTTTGGGT TTTGGGTTCG 113

Cb -W GGGTTGTGTG GTTTTCGCGC GTGGCGCCCC CCCCATTTTT GACAGGCTAG ATAACACATT 180
Cb -Z TGGTTTTTTT TTTTCCTTCC TTTTCTGAAC CCATGTTTTT GACAGGCTAG GTAAAACTTC 173

Cb -W AATAAAATGT TTTAGTCACA TAGCTTTGAA CTACTTAATC TGAAATTCCA GATCAGCTTT 240
Cb -Z CCTTATGTTT GTTAATCATG TAGCTTTGAA CTACTTACTC TGAAATTCCA AATCAGCTTT 233

Cb -W AATGGAAGGG AAGGGAAACG CAGTAGGAGC AGAAGATATT CTGGATCTGA TAGTGACTCC 300
Cb -Z AATGGAAGTG AAGGGAGGGG CAGTAGGAGC AAAAAATACT CTGGATCTGA TAGTGACTCC 293

Cb -W ATCTCAGAAA GAAAACGACC AAAAAAACGT GGACGACCAC GAACTATTCC TCGAGAAAAT 360
Cb -Z ATCTCAAAAA GAAAACGGCC AAAAAAACGT GGAAAACCAC AAACGATTCC TCGAGAAAAT 353

Cb -W ATTAAAGGAT TTAGCGATGC AGA 383
Cb -Z ATTAAAGGAT TTAGCGATGC AAA 376

Keterangan: H asil s ekuensing da ri gen C HD-Z dan C HD-W pada bur ung
bangau putih Cb: (Ciconia boyciana) (Han el al, 2009).
Penelitian i dentifikasi j enis ke lamin de ngan m etode P CR de ngan
menggunakan primer P2 dan P8 pada Burung puyuh umum (Coturnix c. coturnix)
dan puyuh Jepang (Coturnix c. japonica). Burung puyuh umum dan burung puyuh
Jepang menunjukkan bahwa gen CHD-W berukuran 379 bp pada burung betina,
Sedangkan gen C HD-Z pada bur ung pu yuh um um berukuran 385 bp yang a da
pada burung jantan seperti gambar dibawah ini (Morinha et al., 2011).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Gambar 2.5 Hasil Sekuensing gen CHDW dan CHDZ pada burung puyuh
umum (Coturnix c. coturnix) dan burung puyuh J epang
(Coturnix c. japonica) (Morinha et al., 2011).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

BAB 3
MATERI DAN METODE PENELITIAN

3.1

Jenis Penelitian
Penelitian i ni m erupakan j enis pe nelitian eksploratif l aboratorik unt uk

mengidentifikasi jenis kelamin dengan teknik Polymerase Chain reaction berbasis
Gen CHDz dan CHDw dengan menggunakan sampel bulu (calamus )dari burung
parkit.

3.2

Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian PCR dilakukan di L embaga P enyakit T ropis U niversitas

Airlangga, da n di laksanakan pa da bul an M aret-April 2013 .

Penelitian

pembedahaan morfologi dilakukan di Departemen Anatomi Veteriner Universitas
Airlangga dan dilaksanakan pada bulan Maret 2013.

3.3

Bahan Penelitian

3.3.1 Sampel Penelitian
Penelitian ini menggunakan 25 m g (3-4 calamuses) bagian apeks dari bulu
burung parkit berumur 5 bul

an yang di beli da ri t oko bur ung di D esa

Sambogunung Kecamatan Dukun Kabupaten Gresik.

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

Calamus

Gambar 3.1 Bulu burung parkit yang digunakan sebagai sampel dalam penelitian
(Dokumen pribadi).
3.3.2 Bahan yang digunakan dalam penelitian
Bahan unt uk i solasi D NA a dalah D Neasy® Tissue K it C at no. 69 504
Qiagen Germany meliputi: 180 μl lysis buffer ATL, 200 μl buf fer AL dan 20 μl
10 mg/ml proteinase K, 200 μl ethanol, 500 μl buffer AW1, 500 μl buffer AW2,
200 μl buffer A E; gel agarose 1%, ethidium bromide, TBE, loading dye,12,5 μl
super master mix (Taq polymerase, DNTPs, PCR reaction buffer, Gel loading
buffer), dan 3 μl DW (Destile Water), 100 bp DNA lot no. 00066905, primer P2
dan P8, ketamin 0,2 ml.

3.4

Alat Penelitian
Alat pe nelitian yang di perlukan meliputi : tip s 1000 μl, t ips 100 μl,

microcentrifuge tube 10 μl da n 100 μl, m ikropipet e ppendorf 10 μl, 10 0 μl da n
1000 μl, M esin P CR, Electrophoresis apparatus, Gel- documentation, s tavolt,

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

colection tube, scalpel, g unting be dah, pi nset, microcentrifuge, spin down,
Transiluminator UV, dry bath.

3.5

Prosedur Penelitian

3.5.1 Pembedahan
Pembedahan dilakukan untuk m elihat m orfologi a lat r eproduksi s eks pa da
burung parkit sebagai data pendukung metode yang dikembangkan. pembedahan
dilakukan de ngan m embius t erlebih da hulu bur ung parkit dengan m enggunakan
ketamin 0,2 ml s ecara intramuscular untuk m empermudah pr oses pe mbedahan,
setelah burung t ersebut sudah lemas m aka s egera d ilakukan pe mbedahan. B ulubulu yang a da di s ekitar a bdomen bur ung di bersihkan a gar t idak m engotori
bagian-bagian o rgan yang a kan di amati. B agian a bdomen bur ung di lakukan
sayatan be rbentuk “ Y” terbalik de ngan m enggunakan s calpel. R ongga thorak
dibuka dengan menggunakan gunting, lalu dicari organ seks pada burung tersebut
yang l etaknya di ba gian c ranial ginjal da n t erletak di antara r ongga t horak da n
rongga abdomen pada garis punggung.

3.5.2 Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA di lakukan dengan m emotong kecil-kecil bagian apeks bul u
(calamus) bur ung parkit sebanyak 25 m g di masukkan ke da lam microcentrifuge
tube kemudian ditambahkan 180 µ l lysis buffer ATL (Aqueous Tissue Lysis), dan
20 µl pr oteinase K di campur de ngan m enggunakan vor tex s upaya t idak a da
jaringan yang menempel pada dinding tube dan inkubasi pada suhu 55 ºC sampai

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

jaringan t ersebut l isis s epenuhnya. S etelah j aringan l isis s epenuhnya divortex
selama 15 detik dan ditambahkan 200 µl buffer AL ke dalam sampel dan divortex
kembali. Penambahan 200 µl ethanol (96-100%) kemudian dicampur sepenuhnya
dengan m enggunakan vortex da n e ndapan putih a kan t erbentuk s etelah
penambahan bu ffer A L da n e thanol. C ampuran l arutan t adi di pipet k e da lam
collection tube untuk di filter kemudian disentrifuse de ngan ke cepatan 80 00 r pm
selama 1 m enit. Langkah selanjutnya larutan tersebut dipindahkan menggunakan
pipet ke da lam collection tube yang ba ru da n 5 00 µ l buf fer A W1 di berikan ke
dalamnya da n disetrifuse s elama 1 menit de ngan ke cepatan 8000 r pm kemudian
larutan yang t ertampung pa da collection tube dibuang da n b ahan D NA yang
tertahan pada alat filter dipindahkan ke collection tube yang baru lagi selanjutnya
500 µ l buf fer A W2 di tambahkan da n di sentrifuse de ngan ke cepatan 14.0 00 r pm
selama 3 menit, langkah ini dilakukan untuk meyakinkan tidak ada residu ethanol
yang t erbawa s elama pr oses pe murnian kemudian bahan D NA t ersebut
dipindahkan kembali ke microcentrifuge tube dan ditambahkan 200 µ l buffer AE
kemudian diinkubasi pa da t emperatur 70 ºC s elama 10 m enit da n di sentrifuse
selama 1 menit dengan kecepatan 8000 rpm (Lane et al., 2004).

3.5.3 Polymerase Chain Reaction
Reaksi PCR pada penelitian ini menggunakan rancangan primer yang telah
dibuat yaitu : P8 (5’-CTCCCAAGGATGAGRAAYTG-3’) dan P2 (5’-TCTGCAT
CGCTAAATCCTTT-3’). Proses amplifikasi di gunakan : 20 μl tot al vol ume
terdiri a tas 12,5 μl super master mix (Taq polymerase, DNTPs, PCR reaction

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

buffer, Gel loading buffer) , 1

μl ma sing-masing pr imer, 3 μl DW ( Destile

Water), dan 2,5 μl sampel DNA. Kondisi amplifikasi PCR terdiri dari tahap predenaturasi 94 oC selama 5 menit, 30 siklus terdiri dari denaturasi 94 oC selama 1
menit 30 de tik, annealing 50 oC s elama 1 menit, dan extension 72 oC s elama 45
detik, dan tahap akhir extension 72 oC selama 5 menit (Sefc et al., 2003; Leeton et
al., 1993; Malago et al., 2002).

3.5.4 Elektroforesis
Hasil P CR di viualisasi de ngan gel a garosa 1% yang t erbuat d ari 40 ml
larutan T BE d an 0,4 g b ubuk a garosa s erta 4 μl ethidium bromide (Sefc et al.,
2003; Leeton et al., 1993; M alago et al., 2002) . S ampel D NA di campur de ngan
loading dye untuk mengetahui seberapa jauh sampel DNA melewati gel agarosa.
Loading dye membuat sampel D NA m enjadi b erat da n tenggelam pa da da sar
sumur g el. Marker yang di gunakan dalam p enelitian ini a dalah 100 bp DNA
ladder lot no. 00066905. B urung dengan kelamin jantan akan menunjukkan satu
band dan pa da be tina akan m enunjukkan dua band (Griffiths et al., 1998;
Fridolffson and Ellegren 1999) . Elektroforesis digunakan de ngan t ujuan unt uk
mengetahui ukuran suatu partikel DNA, RNA, dan protein (Klud and Cummings,
1994).

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

3.5.5. Diagram Alir Prosedur Penelitian

Melihat warna care

Burung parkit

Pembedahan

Sampel bulu

Jenis Kelamin
Ekstraksi DNA

Konfirmasi
PCR

Elektroforesis

CHDW
2 Band
1 band

CHDZ

Jantan

Betina

Gambar 3.2 Diagram Alir Pelaksanaan Penelitian

Skripsi

YUSTISIANTI FITRIANI
IDENTIFIKASI GEN CHDZ DAN CHDW
BERBASIS BULU PADA BURUNG PARKIT (Melopsittacus undulatus )
UNTUK MENENTUKAN JENIS KELAMIN DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)

ADLN Perpustakaan Universitas Airlangga

BAB IV HASIL PENELITIAN

Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan selama bul an maret – april 2013
dari dua burung parkit berumur 5 bulan yang telah di PCR menggunakan sampel bulu
(calamus). H asil pe ngamatan unt uk pe nentuan j enis ke lamin be rdasarkan m etode
PCR yang t elah dibandingkan dengan pengamatan secara em piris da n anatomois
diperoleh hasil sepert