ANALISIS FENETIK BEBERAPA TANAMAN SAWO (Pouteria, SAPOTACEAE) BERDASARKAN DATA RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA).

ANALISIS FENETIK BEBERAPA TANAMAN SAWO (Pouteria, SAPOTACEAE) BERDASARKAN DATA RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA)

SKRIPSI

Diajukan untuk Memenuhi Sebagian dari Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Sains Program Studi Biologi

Oleh: Merry Afni

1000650

PROGRAM STUDI BIOLOGI JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA

Analisis Fenetik Beberapa Tanaman Sawo

(

Pouteria,

Sapotaceae) Berdasarkan Data

RAPD (

Random Amplified Polymorphic

DNA

)

Oleh Merry Afni

Sebuah skripsi yang diajukan untuk memenuhi salah satu syarat memperoleh gelar Sarjana pada Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

© Merry Afni 2014 Universitas Pendidikan Indonesia

Oktober 2014

Hak Cipta dilindungi undang-undang.

Skripsi ini tidak boleh diperbanyak seluruhnya atau sebagian, dengan dicetak ulang, difoto kopi, atau cara lainnya tanpa ijin dari penulis.

LEMBAR PENGESAHAN

ANALISIS FENETIK BEBERAPA TANAMAN SAWO (Pouteria, SAPOTACEAE) BERDASARKAN DATA RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA)

Oleh

Merry Afni 1000650

DISETUJUI DAN DISAHKAN OLEH: Pembimbing I

Dr. Topik Hidayat, M.Si. NIP. 197004101997021001

Pembimbing II

Any Aryani, M.Si. NIP. 197105302001122001

Pembimbing III

Teguh Triono,Ph.D. Tanri Abeng University

Mengetahui,

Dr. H. Riandi, M.Si. NIP. 196305011988031002

PERNYATAAN

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi dengan judul “Analisis Fenetik

Beberapa Tanaman Sawo (Pouteria, Sapotaceae) Berdasarkan Data RAPD (Random

Amplified Polymorphic DNA)” ini beserta seluruh isinya adalah benar-benar karya sendiri,

dan saya tidak melakukan penjiplakan atau pengutipan dengan cara-cara yang tidak sesuai dengan etika keilmuan yang berlaku dalam masyarakat keilmuan. Atas pernyataan ini, saya siap menanggung sanksi yang dijatuhkan kepada saya apabila kemudian ditemukan adanya pelanggaran terhadap etika keilmuan dalam karya saya ini atau klaim dari pihak lain terhadap keaslian karya saya ini.

Bandung, Oktober 2014 Yang membuat pernyataan

Merry Afni 1000650

KATA PENGANTAR

Puji dan syukur kepada Allah SWT penulis ucapkan karena berkat rahmat dan karunianya sehingga skripsi yang berjudul “Analisis Fenetik Beberapa Tanaman Sawo (Pouteria, Sapotaceae) BBerdasarkan Data RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)” dapat diselesaikan. Salawat dan salam penulis ucapkan kepada junjungan kita nabi Muhammad SAW yang telah membawa kita ke alam yang penuh dengan ilmu pengetahuan ini.

Skripsi ini diajukan untuk memenuhi sebagian dari syarat memperoleh gelar Sarjana Sains Program Studi Biologi Jurusan Pendidikan Biologi Universitas Pendidikan Indonesia. Alhamdulillah karena dalam penyelesaian skripsi ini dibantu oleh banyak pihak. Skripsi ini tidak akan terselesaikan tanpa bantuan dari pihak-pihak tersebut. Oleh sebab itu, penulis ucapkan terima kasih dan penghargaan yang sebesar-besarnya kepada:

1. Bapak Dr. Topik Hidayat, M.Si selaku dosen pembimbing I yang telah memberikan banyak pengarahan, bimbingan, kepercayaan, bantuan dan motivasi selama penyelesaian tugas akhir ini.

2. Ibu Any Aryani, M.Si selaku dosen pembimbing II yang telah memberikan bimbingan serta banyak saran dalam penyelesaian tugas akhir ini.

3. Bapak Teguh Triono, Ph.D selaku dosen pembimbing III yang telah memberikan sumbangan ide penelitian dan bantuan-bantuan lainnya.

4. Bapak Dr. H. Riandi, M.Si selaku ketua Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI dan Ibu Dr. Hj. Widi Purwianingsih, M.Si selaku Ketua Program Studi Biologi Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI.

5. Pihak Kebun Raya Bogor yang telah memberikan izin pengambilan sampel dan terutama Pak Harto yang sangat membantu dalam pengambilan sampel.

6. Bapak Rahadian Deden Juansah, S.Pd selaku laboran Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI yang telah banyak membantu memberikan fasilitas, nasehat, bimbingan, motivasi serta berbagai kemudahan selama penulis menjalan penelitian ini.

7. Seluruh dosen dan staf Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI atas segala ilmu dan bimbingan yang telah diberikan.

8. Keluarga tercinta dan keluarga kosan biru yang selalu memberikan motivasi, kepercayaan, kasih sayang dan atas pengorbanan yang telah dilakukan selama ini. 9. Partner penelitian Vania Febriyantie, teman-teman seperjuangan Ervi, Tyas, Dora,

Fitri, Riska dan Dela serta tidak lupa teman-teman DNA-C yang selalu memberikan semangat, bantuan, bimbingan, saran dan kebersamaan selama ini.

10. Semua pihak yang tidak bisa disebutkan satu persatu.

Semoga Allah SWT membalas seluruh amal baik dan memberikan lebih banyak keberkahan kepada seluruh pihak tersebut.

Penulis sangat menyadari banyak kekurangan dalam penulisan skripsi ini. Oleh karena itu, saran dan kritik penulis harapkan untuk perbaikan pada masa yang akan datang. Semoga skripsi ini dapat memberikan sumbangan ilmu pengetahuan yang berperan dalam kemajuan ilmu dan teknologi bagi pembaca.

Bandung, Oktober 2014

ANALISIS FENETIK BEBERAPA TANAMAN SAWO (Pouteria, SAPOTACEAE) BERDASARKAN DATA RAPD (RANDOM AMPLIFIED

POLYMORPHIC DNA)

ABSTRAK

Beberapa pohon P. duclitan di Kebun Raya Bogor tumbuh dengan kondisi

dan tempat yang sama namun mengalami perbedaan pada bentuk buah, sehingga diperlukan klarifikasi untuk menentukan status taksonomi tanaman tersebut. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui hubungan kekerabatan secara fenetik antara beberapa tanaman sawo P.duclitan dan

membandingkannya dengan P. obovata dan P. campechiana sebagai spesies

pembanding berdasarkan data RAPD (Random Amplified Polymorphic

DNA). Primer OPB-17 mengamplifikasi DNA Pouteria dengan baik.

Tingkat polimorfisme yang dihasilkan oleh primer OPB-17 bernilai 65,38% yang berarti tingkat polimorfismenya tinggi, sehingga dapat digunakan dalam analisis fenetik. Analisis fenetik menggunakan software MEGA 4 berhasil mengklasifikasikan beberapa tanaman sawo Pouteria yang ditandai

dengan adanya dua kelompok yang terbentuk. Hasil ini menunjukkan adanya perbedaan dan indikasi varietas baru pada P. duclitan terutama P. duclitan

yang didukung oleh data morfologi yaitu buah yang lonjong dan bulat. Selain itu ada P. duclitan yang membentuk kelompok sendiri yang diduga

berasal dari tetua yang jauh hubungan kekerabatannya dengan tetua varietas lain.

PHENETIC ANALYSIS OF SOME SAWO (Pouteria, SAPOTACEAE) PLANT BASED ON RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA)

ABSTRACT

Some of Pouteria duclitan trees at Bogor Botanical Garden can grow in the

same condition and place but it has distinction in fruit form, thus it needs clarification to determine their status. The aim of this research is to know the phenetic relationship among samples of P. duclitan, and compare it with P. obovata and P. campechiana as comparision species, based on RAPD

(Random Amplified Polymorphic DNA) data. Primer OPB-17 amplyfied species of Pouteria with good result. The degree of polymophisme of this

primer was 65,38%, meaning that its degree was high, thus it could be used in phenetic analysis. The phenetic analysis used Mega 4 software, successfully classify some plants of Pouteria in to two groups. This result

showed that there were some defferences, indicating that there were new variety of P. duclitan. It’s supported by the data of morphology with fruit in

spindle and spherical form. Beside that, one of P. duclitan made different

group, and is hypothesized coming from different ancestors. Keyword : Pouteria, Phenetic and RAPD

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ... i

ABSTRAK ... iii

DAFTAR ISI ... v

DAFTAR TABEL ... viii

DAFTAR GAMBAR ... ix

DAFTAR LAMPIRAN ... x

BAB I PENDAHULUAN ... 1

A. Latar belakang ... 1

B. Rumusan masalah ... 5

D. Batasan masalah ... 5

E. Tujuan penelitian ... 5

F. Manfaat penelitian ... 5

BAB II BIOSISTEMATIK SAPOTACEAE BERDASARKAN ANALISIS GENOM ... 6

A.Biosistematik ... 6

1. Fenetik ... 8

2. Filogenetik ... 9

1. Pouteria duclitan ... 11

2. Pouteria obovata ... 13

3. Pouteria campechiana ... 14

C. Analisis genom ... 16

1. Penanda kodominan ... 19

a. Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) ... 20

b. Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) ... 21

c. Mikrosatelit ... 23

2. Penanda dominan ... 24

a. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) ... 25

b. Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) ... 27

D. Polymerase Chain Reaction (PCR) ... 28

E. Elektroforesis ... 31

F. Penelitian-penelitian mengenai RAPD dan taksonomi tanaman sawo (Pouteria) ... 32

BAB III METODE PENELITIAN ... 36

A. Jenis penelitian ... 36

B. Populasi dan sampel ... 36

C. Waktu dan lokasi penelitian ... 36

D. Alat dan bahan ... 36

E. Prosedur penelitian ... 36

1. Tahap persiapan ... 36

2. Tahap penelitian ... 37

a. Pengambilan sampel ... 37

b. Isolasi DNA genom ... 37

d. Elektroforesis sampel hasil isolasi DNA ... 39

e. Amplifikasi DNA dengan metode PCR ... 39

f. Elektroforesis hasil PCR ... 41

g. Analisis data ... 41

h. Alur penelitian ... 42

BAB IV HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN ... 43

A.Karakterisasi DNA ... 43

B. Optimasi PCR ... 45

C.Seleksi primer ... 47

D.Elektroforegram amplifikasi DNA primerOPB-17 ... 48

E. Data matriks primerOPB-17 ... 50

F. Level polimorfik ... 51

G.Nilai heterozigositas primer OPB-17... 52

H.Larik umum dan larik spesifik ... 53

I. Analisis fenetik UPGMA primer OPB-17 ... 53

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN ... 60

A.Kesimpulan ... 60

B. Saran ... 60

DAFTAR PUSTAKA ... 61

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Gen dan genom yang dapat digunakan dalam studi filogenetik

molekuler ... 10

2. Perbandingan beberapa penanda genetik ... 19

3. Primer RAPD ... 39

4. Komposisi reaksi PCR berdasarkan Williams, et al. (1990) ... 40

5. Hasil uji kuantitatif isolasi DNA Pouteria ... 43

6. Matriks primerOPB-17 ... 50

7. Perhitungan persentase polimorfik Pouteria berdasarkan primer OPB-17 ... 51

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. Morfologi P. duclitan ... 12

2. Buah dan biji P. duclitan ... 13

3. Daun P. obovata ... 13

4. Bunga dan Buah P. obovata ... 14

5. Habitus dan Daun P. campechiana ... 15

6. Bunga dan Buah P. campechiana ... 16

7. Skema kerja penanda RFLP ... 20

8. SNPs ... 22

9. Pengulangan pada penanda mikrosatelit ... 23

10. Skema teknik RAPD ... 26

11. Skema kerja penanda AFLP ... 27

12. Siklus PCR ... 29

13. Elektroforesis dan bagiannya ... 31

14. Program amplifikasi DNA Pouteria ... 40

15. Diagram alur penelitian ... 42

16. Hasil uji kualitatif isolasi DNA Pouteria ... 44

17. Elektroforegram DNA Pouteria menggunakan primer OPB-17 ... 48

18. Skemaelektroforegram DNA Pouteria menggunakan primer OPB-17 .... 49

19. Fenogram yang menunjukkan hubungan fenetik antara genus Pouteria yang dibangun berdasarkan primer OPB-17 ... 54

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

J. Daftar alat dan bahan 73

II. Dokumentasi morfologi sampel 75

III. Protokol pembuatan larutan 79

IV. Cara menghitung ukuran molekul DNA hasil amplifikasi 81

V. Nilai PIC dari primer RAPD OPB-17 83

VI. Surat-surat izin pengambilan sampel 84

BAB I PENDAHULUAN

A. Latar belakang

Indonesia merupakan negara dengan sumber daya alamnya yang sangat melimpah. Keanekaragaman tumbuhan Indonesia sangatlah tinggi. Hal ini tentunya dipengaruhi oleh letak geografis Indonesia yang berada digaris khatulistiwa. Letak geografis inilah yang menjadikan Indonesia sebagai negara yang memiliki sumber daya alam terbanyak di dunia. Sebagai negara tropis, ada banyak potensi buah-buahan yang dapat tumbuh dengan baik di Indonesia, salah satunya adalah buah dari familia Sapotaceae (Triono, 2000).

Sapotaceae terdiri dari 53 genus dan 1100 spesies. Genus-genus yang cukup dikenal antara lain Pouteria (325 spesies), Palaquium (110 spesies), Planchonella

(100 spesies), Madhuca (100 spesies), Sideroxylon (75 spesies) dan Chrysophyllum (70 spesies) (Judd et al., 2002). Anggota familia ini biasanya

tumbuh pada daerah dengan ketinggian antara 0-1500 mdpl. Struktur tanah yang mendukung pertumbuhan mereka adalah tanah yang agak asam serta tanah lempung berpasir (Triono, 2000).

Salah satu genus dalam familia Sapotaceae adalah Pouteria. Pouteria

sebagai genus dengan jumlah spesies terbanyak diantara genus-genus lainnya memiliki beberapa jenis yang cukup dikenal yaitu Pouteria campheciana, P. sapota, P. duclitan dan P. obovata. Spesies-spesies tersebut di Indonesia dapat

ditemukan diantaranya di Kebun Raya Bogor. P. duclitan sering ditemukan pada

daerah tropis dan subtropis di Asia dan Amerika Selatan (Swenson & Anderberg, 2005). Daunnya berbentuk elips dan ujung daunnya meruncing (Lemmens & Soerianegara, 1996). Buahnya merupakan buah beri dengan sepal persisten yang terdiri dari 1-6 biji di dalamnya (Moon et al., 2008), berbentuk lonjong dengan

ukuran 1,2-3,5 cm (Lemmens & Soerianegara, 1996). Sebagai spesies pembanding P. obovata memiliki bentuk daun oval dengan duduk daun berseling

2

P. campechiana yang juga sebagai spesies pembanding memiliki daun yang

berbentuk lonjong (Triono, 2000). Buahnya tergolong ke dalam buah beri dengan sepal yang persisten (Moon et al., 2008) dan berbentuk gelendong hingga bulat

telur dan berwarna kuning (Triono, 2000).

Beberapa pohon P. duclitan di Kebun Raya Bogor tumbuh dengan kondisi

dan tempat yang sama namun mengalami perbedaan pada bentuk buah, sehingga diperlukan klarifikasi untuk menentukan status taksonomi tanaman tersebut. P. obovata dan P. campechiana sebagai spesies pembanding yang digunakan juga

berasal dari tempat yang sama yaitu Kebun Raya Bogor.

Perubahan fenotip merupakan salah satu bentuk ekspresi gen yang berbeda yang menyebabkan perubahan. Wijana et al. (2008) melalui penelitiannya

menjelaskan bahwa bentuk buah adalah salah satu sifat-sifat spesifik yang dapat digunakan sebagai penciri dari masing-masing kultivar. Hal ini juga didukung oleh penelitian yang dilakukan oleh Malik et al. (2012) mengenai

keanekaragaman jeruk (Citrus sinensis) menggunakan karakteristik morfologi

yang dianalisis berdasarkan data RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).

Perbedaan karakteristik morfologi yang digunakan salah satunya juga dengan karakteristik bentuk buah. Karakteristik morfologi bentuk buah mengindikasikan adanya perbedaan secara genetik. Hal ini dibuktikan melalui penelitian Majourhat

et al. (2008) dan Wijana et al. (2008) yang melihat perbedaan bentuk buah

sebagai latar belakang penelitiannya pada Argania spinosa (Sapotaceae) dan Mangifera caesia menggunakan penanda RAPD.

Dengan adanya perbedaan ini maka perlu dilakukan klasifikasi ulang pengelompokkan tanaman sawo. Pengelompokkan (klasifikasi) tumbuhan yang telah dilakukan selama ini berdasarkan pada karakteristik morfologi dan anatomi. Salah satu klasifikasi berdasarkan morfologi yang sering dikenal adalah Conqruist tahun 1981. Selain itu, penelitian mengenai morfologi Pouteria khususnya telah

dilakukan oleh beberapa peneliti seperti Triono (2000) mengenai morfologi dan potensi berbagai jenis sawo di Kebun Raya Bogor, Moon et al. (2008) mengenai

berbagai jenis Pouteria yang ada di Indonesia, Orwa et al. (2009) mengenai P. campechiana dan P. sapota serta P. caimito oleh Love & Paul (2011).

3

Dalam penelitian yang dilakukan oleh beberapa peneliti ini, dijelaskan mengenai deskripsi secara morfologi dari karakteristik habitus, bentuk daun, buah, biji dan bunga serta persebaran masing-masing jenis Pouteria yang mereka teliti,

sedangkan mengenai anatominya hanya ditemukan penelitian yang dilakukan oleh Kukachka (1982) mengenai anatomi kayu familia Sapotaceae. Dalam

penelitiannya, ia mendeskripsikan anatomi yang homogen pada kayu familia Sapotaceae. Kemudian dengan didukung oleh data morfologi dan anatomi maka dapat dilakukan pengelompokkan atau hubungan kekerabatan (taksonomi) oleh para peneliti. Penelitian mengenai pengelompokkan atau hubungan kekerabatan (taksonomi) Pouteria diantaranya dilakukan oleh Brunner & Payan (tanpa tahun)

yang menjelaskan mengenai kekerabatan Pouteria sapota dengan sawo jenis

lainnya.

Berbicara mengenai pengelompokkan atau hubungan kekerabatan (taksonomi) tentunya hal itu merupakan bagian dari sistematik. Sistematik adalah ilmu tentang keanekaragaman organisme. Ilmu tersebut mencakup penemuannya, deskripsi dan interpretasi keanekaragaman biologi melalui sistem klasifikasi. Oleh karena itu, sistematik mempelajari keanekaragaman biologi yang ada di bumi pada saat ini dan di masa lalu (Judd et al., 2002).

Fenetik berasal dari bahasa yunani phainein yang berarti “yang terlihat”.

(Campbell et al., 2003). Fenetik menganalisis karakter kesamaan fenotip antar

spesies (Jensen, 2009). Dalam setiap level taksonomi, setiap spesiesnya memiliki karakteristik yang umum dan bisa dikelompokkan berdasarkan kesamaan pada setiap kelompoknya (Young, 2001). Data fenetik dituangkan dalam bentuk angka (Jensen, 2009). Dalam fenetik, setiap spesies diperlakukan sebagai kategori berupa kelas-kelas tanpa mempertimbangkan garis keturunan yang menghubungkan mereka. Pendekatan ini tidak terlalu mengaitkan analisisnya dengan adanya evolusi namun tidak diabaikannya begitu saja (Rasnovi, 2004).

Seiring dengan perkembangan zaman yang diikuti dengan kemajuan teknologi. Saat ini, klasifikasi tumbuhan dapat dilakukan secara molekuler melalui DNA tumbuhan. Istilah ini lebih dikenal dengan analisis genetik. Analisis genetik merupakan metode pengelompokkan organisme melalui identifikasi DNA

4

mitokondria dan nukleus. Pada kloroplas terdapat sekitar 135-100 kbp, mitokondria 200-2500 kbp dan nukleus 1,1x106 hingga 110x109 kbp. Gen yang ada pada kloroplas cenderung lebih cepat mengalami mutasi dibandingkan dengan gen pada mitokondria (situasinya tumbuhan). Genetika molekuler dan biokimia menjadi alat utama dalam memahami evolusi dalam molekuler biologi tumbuhan (Judd et al., 2002).

Analisis genetik biasanya menggunakan beberapa penanda seperti AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), ASSR (Anchored Simple Sequence Repeats), ASAP (Allele Spesific Associated Primers), ASO (Allele Spesific Oligo), RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dan lain-lain (Semagn et al., 2006). Klasifikasi secara molekuler pada tanaman Angiospermae telah banyak

dilakukan, analisis data fenetik yang dilakukan baik dari genom yang ada di plastida seperti rbcL, matK, ndhF, trnL-F dan DNA ribosomal seperti 18S, 26S,

ITS, ETS (Duarte et al., 2010).

Penanda Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) memiliki beberapa

keuntungan dibandingkan dengan penanda lainnya yaitu lebih murah, cepat dalam pengerjaannya dan lebih mudah dilakukan. Teknik ini dikembangkan oleh Williams pada tahun 1990. Teknik RAPD menggunakan polimorfisme dalam melakukan analisis data. Dengan adanya polimorfisme berarti menunjukkan adanya variasi genetik. Variasi genetik ini menggambarkan adanya keberagaman dalam satu spesies (Muharam et al., 2012).

Beberapa penelitian molekuler mengenai Pouteria telah dilakukan dengan

menggunakan penanda yang sama yaitu RAPD. Penelitian tersebut diantaranya dilakukan oleh Bartish etal. (2005) dengan mengambil beberapa sampel Pouteria

dari Australia, Amerika dan Afrika. Rojas et al. (2012) yang menggunakan

sampel Pouteria sapota dalam penelitiannya. P. sapota sering dikonsumsi di

wilayah Meksiko, perbanyakannya hanya melalui biji dan memiliki keanekaragaman genetik yang luas. Latar belakang inilah yang menyebabkan adanya penelitian yang dilakukan oleh Rojas et al. (2012). Berdasarkan penelitian

Rojas et al. (2012) dengan menggunakan 10 primer dalam metode RAPD,

5

Dengan adanya penelitian-penelitian yang telah dilakukan sebelumnya pada beberapa spesies dalam genus Pouteria diharapkan dapat mendukung penelitian

ini. Beberapa primer yang digunakan pun juga didasari oleh penelitian sebelumnya. Atas dasar yang telah dijabarkan di atas, maka penelitian ini perlu dilakukan untuk mengklarifikasi status tanaman sawo (Pouteria) tersebut. Selain

itu, dapat digunakan sebagai informasi hubungan kekerabatan ketika akan dilakukannya persilangan tanaman.

B. Rumusan masalah

Rumusan masalah dalam penelitian ini adalah “Bagaimana hubungan fenetik beberapa tanaman sawo (Pouteria, Sapotaceae) berdasarkan data RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) ?”

C. Batasan masalah

Agar penelitian ini tidak meluas maka ada beberapa batasan masalah sebagai berikut :

1. Spesimen merupakan beberapa spesies tanaman sawo P. duclitan, P. obovata, P. campechiana yang diambil di Kebun Raya Bogor.

2. Analisis genetik yang digunakan hanya berdasarkan RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dengan menggunakan primer yaitu SAP-04 dan OPB-17.

D. Tujuan penelitian

Adapun tujuan penelitian ini adalah mempelajari hubungan fenetik antara beberapa tanaman sawo P. duclitan dan membandingkannya dengan P. obovata

dan P. campechiana sebagai spesies pembanding berdasarkan data RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).

E. Manfaat penelitian

Adapun manfaat penelitian ini adalah sebagai berikut :

1. Memberikan gambaran tentang hubungan kekerabatan secara fenetik antara beberapa tanaman sawo dan serta

6

(Sapotaceae) berdasarkan data RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

yang nantinya dapat dapat aplikasikan dalam proses pemuliaan tanaman. 2. Memberikan sumbangan data molekuler dalam penelitian pada genus Pouteria 3. Sebagai sumber informasi dalam karakterisasi dan konservasi plasma nutfah.

BAB III

METODE PENELITIAN

A. Jenis penelitian

Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti dan kejelasan terhadap fenomena tersebut.

B. Populasi dan sampel

Populasi dalam penelitian ini adalah beberapa tanaman sawo P. duclitan, P. obovata dan P. campechiana di Kebun Raya Bogor, sedangkan sampelnya adalah

DNA beberapa tanaman sawo P. duclitan, P. obovata dan P. campechiana yang

telah diisolasi. Sumber DNA berasal dari jaringan daun muda beberapa tanaman sawo P. duclitan dan tanaman sawo pembanding yaitu P. obovata dan P. campechiana.

C. Waktu dan lokasi penelitian

Penelitian dilaksanakan dari bulan Februari sampai bulan Agustus 2014. Lokasi penelitian terbagi menjadi dua yaitu pengambilan sampel di Kebun Raya Bogor dan analisis genetik di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI.

D. Alat dan bahan

Alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian terdapat di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI. Daftar alat dan bahan yang digunakan tercantum dalam Lampiran I.

E. Prosedur penelitian 1. Tahap persiapan

37

Begitu juga bahan yang digunakan juga disterilisasi panas lembab pada autoklaf dengan suhu 121°C tekanan 1,5 atm selama 10-15 menit. Pembuatan larutan yang digunakan tercantum pada lampiran III.

2. Tahap penelitian a. Pengambilan sampel

Sampel yang digunakan adalah daun muda dari beberapa tanaman P. duclitan, P. obovata dan P. campechiana. Pemilihan daun muda sebenarnya untuk

memudahkan proses penghancuran daun karena lebih mudah digerus dibandingkan daun yang lebih tua (Prayitno & Nuryandani, 2011). Daun tersebut disimpan pada plastic bag yang diberi silica gel. Kemudian di dalam

Laboratorium, daun tersebut dicuci dengan air mengalir. Selanjutnya sampel daun disimpan pada suhu -20°C hingga proses ekstraksi DNA.

b. Isolasi DNA genom

Isolasi DNA genom merupakan tahap awal yang harus dilakukan untuk mendapatkan DNA yang akan dianalisis. Proses pengeluaran DNA dari nukleus, mitokondria dan kloroplas dilakukan dengan menggunakan larutan-larutan dan beberapa teknik tertentu (Fachiya et al., 2011). Isolasi DNA yang dilakukan

berdasarkan metode Clark (1997) dalam Hidayat (2001) dengan beberapa modifikasi. Mortar dan alu yang digunakan disimpan di dalam frezeer selama 24

jam untuk memudahkan menggerus daun. Buffer ekstraksi (1 M Tris-HCl pH 8,0; 6 M NaCl; 0,5 M EDTA pH 8,0; 2% CTAB; 2% SDS; ddH2O steril) yang digunakan terdiri dari buffer ekstraksi dingin 4°C dan buffer ekstraksi panas 65°C. Sebanyak 0,1-0,5 gram daun muda masing-masing sampel direndam dalam alkohol selama 5 menit. Sementara itu, tabung mikro 1,5 mL steril diberi label sesuai dengan kode masing-masing sampel dan dimasukkan ke dalamnya 500 µL buffer ekstraksi panas, buffer lisis 1 (20% SDS) 50 µL dan β-mercaptoetanol sebanyak 1% dari buffer ekstraksi panas yang digunakan.

Penggerusan daun dimulai dengan memasukkan daun muda yang telah direndam dalam alkohol ke dalam mortar. Sebelum daun benar-benar halus, ditambahkan 400 µL buffer ekstraksi dingin dan penggerusan dilanjutkan hingga

38

tabung mikro 1,5 ml yang telah diberi label dan diisi dengan larutan buffer ekstraksi panas, buffer lisis 1 serta β-mercaptoetanol. Sampel dihomogenkan dengan menggunakan vortex. Kemudian sampel diinkubasi dalam penangas air pada suhu 65°C selama 60 menit.

Selanjutnya ditambahkan buffer lisis 2 (5 M Potassium asetat) sebanyak 100 µL dan dihomogenkan dengan cara membolak-balik tabung sebanyak 50 kali. Simpan tabung mikro tersebut dalam wadah yang berisi es selama 10 menit, lalu sampel disentrifugasi dengan kecepatan 14.000 rpm selama 5 menit. Fasa atas (supernatan) dipindahkan ke dalam tabung mikro yang baru. Larutan ditambahkan kloroform isoamil alkohol sebanyak 0,5 kali dari volume total sampel dan dihomogenkan dengan cara membolak balik tabung sebanyak 50 kali. Selanjutnya disentrifugasi lagi sampel dengan kecepatan 14.000 rpm selama 5 menit. Fasa atas (supernatan) dipindahkan ke dalam tabung mikro yang baru dan ditambahkan alkohol 100% (-20°C) sebanyak minimal 2 kali volume total sampel atau hingga 1,5 ml dan dihomogenkan larutan dengan cara membolak-balik tabung sebanyak 50 kali. Sampel tersebut disimpan dalam freezer (-20°C) selama 24 jam.

Setelah 24 jam, sampel disentrifugasi dengan kecepatan 14.000 rpm selama 5 menit dan buang alkoholnya. Sebanyak 1 ml alkohol 70% ditambahkan dan bolak-balik tabung tersebut. Sampel disentrifugasi lagi dengan kecepatan 14.000 rpm selama 5 menit, alkoholnya dibuang dan tabung dibalikkan di atas tisu hingga tidak ada lagi alkohol di dalam tabung. Pelarut DNA ditambahkan sebanyak 30 µL TE dan inkubasi sampel dalam penangas air dengan suhu 50°C selama 5 menit agar DNA dapat larut. Terakhir, sampel siap digunakan dan disimpan dalam

freezer (-20°C) untuk masuk ke tahap pengukuran kemurnian DNA dan

elektroforesis.

c. Mengukur kemurnian dan konsentrasi DNA

Uji kuantitatif DNA menggunakan spektrofotometer. Prinsip kerja spektrofotometer adalah interaksi sinar ultraviolet dengan molekul sampel (Sudarman, 2012). Komposisi larutannya yaitu 5 µL DNA dan 495 µL ddH2O steril. Larutan tersebut dihomogenkan menggunakan terlebih dahulu baru

39

dengan menghitung nilai absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dibagi dengan nilai absorbansi 280 nm. Nilai kemurnian DNA biasanya berkisar antara 1,8-2,0. Jika kemurnian DNA kurang dari 1,8 maka indikasi adanya kontaminan dari protein dan UV, sedangkan jika kemurnian DNA lebih dari 2,0 maka indikasi adanya kontaminan kloroform dan fenol, sedangkan konsentrasi DNA dihitung menggunakan rumus :

[DNA] = Å260 x 50 x faktor pengenceran

Keterangan :

Å260 : Nilai absorbansi pada 260 nm

50 : larutan dengan nilai absorbansi 1,0 sebanding dengan 50μg untai ganda DNA per ml

d. Elektroforesis sampel hasil isolasi DNA

DNA sampel yang akan diamplifikasi terlebih dahulu dielektroforesis terlebih dahulu agar dapat mengetahui ukuran fragmen DNA tersebut. Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan molekul-molekul protein yang bermuatan di dalam medan listrik (Pratiwi, 2001). Proses elektroforesis dilakukan dengan cara membuat gel agarose terlebih dahulu. Gel agarose yang digunakan konsentrasinya 1,4% dalam 25 ml TBE. Sebanyak 2 µL DNA dicampurkan dengan 1 µL loading dye dan kemudian

dimasukkan ke dalam sumur-sumur gel. Proses elektroforesis ini menggunakan larutan TBE dan di running selama 100 volt selama 30 menit. Selanjutnya gel

agarose diwarnai dengan Etidium Bromida (EtBr) selama 10 menit. Kemudian dibilas dengan aquades selama 5 menit. Gel agarose hasil pewarnaan diamati pada UV transluminator lalu didokumentasikan.

e. Amplifikasi DNA dengan metode PCR

Amplifikasi ini dilakukan dengan menggunakan mesin thermocycler dengan

program Gene Amplified PCR system 9700. Penanda yang digunakan berjumlah dua penanda yang diadaptasi dari Rojas (2012). Berikut ini merupakan primer yang digunakan :

40

No. Primer Sikuen data

1. SAP-04 5’ GGAGCTACCT 3’

2. OPB-17 5’ AGGGAACGAG 3’

Pencampuran komponen reaksi PCR dilakukan secara cepat dan berhati-hati. Semua proses pencampuran dilakukan di dalam coolbox untuk menjaga agar

komponen reaksi PCR tidak rusak. Setiap tabung PCR berisi 25 μL berdasarkan Williams et al. (1990) dengan komposisi PCR sebagai berikut :

Tabel 4. Komposisi reaksi PCR berdasarkan Williams et al. (1990)

dengan modifikasi

Komposisi PCR Konsentrasi

awal Volume (μL) Konsentrasi akhir

Buffer PCR 10x 2,5 1x

MgCl2 25 mM 3 3 mM

dNTPs mix 10 mM 0,5 0,2 mM

Primer 200 μM 1,5 _{12 μM}

Taq DNA

Polimerase 5 U/ μL

0,25 _{0,05 U/ μL}

DNA 50 ng/ μL 2 4 ng/ μL

ddH2O - 15,25 -

Jumlah - 25 -

Amplifikasi DNA dilakukan dengan tahap denaturasi awal pada suhu 94°C selama 3 menit dan 60 siklus dengan suhu denaturasi 94°C selama 6 detik, annealing pada suhu 40°C selama 18 detik, stabilisasi primer pada suhu 60°C

selama 2 menit 18 detik dan ekstensi pada suhu 74°C selama 2 menit 18 detik. Ekstensi akhir dilakukan pada suhu 74°C selama 8 menit (Gambar 15).

Denaturasi awal

94°C 3’ 94°C 6’’

Denaturasi

41

f. Elektroforesis hasil PCR

Amplikon dilihat dengan melakukan elektroforesis pada gel agarose 1,4%

dalam 40 ml TBE. Sebanyak 10 μL amplikon di campurkan dengan 3 uL loading

dye dan dimasukkan ke sumur-sumur gel. Elektroforesis dilakukan dengan

tegangan 50 volt selama 2 jam. Marker DNA yang digunakan adalah DNA Lambda yang dipotong oleh enzim restriksi EcoRI dan HindIII. Gel agarose yang telah melalui proses elektroforesis diwarnai dengan Etidium Bromida (EtBr) selama 10 menit. Kemudian dibilas dengan aquades selama 5 menit. Hasil pewarnaan dilihat dengan sinar ultraviolet dari alat UV transluminator dan didokumentasikan dengan kamera.

g. Analisis data

Analisis data molekuler dilakukan dengan melihat hasil pita-pita DNA yang dihasilkan. Hasil pita-pita DNA menjadi dua kategori yaitu pita dna yang monomorfik dan polimorfik. Kemudian data-data ini dibuat dalam bentuk matriks, dengan melihat kehadiran dan ketidakhadiran pita DNA. Jika pita DNA ada maka diberi nilai 1, sedangkan jika pita DNA tidak ada diberi nilai 0. Selanjutnya data dalam bentuk matriks tersebut diolah dalam software MEGA 4 (The Molecular Evolutionary Genetics Analysis) dengan program UPGMA (Unweighted Pair-Group Method with Aritmatic Averages).

Selain itu, juga dilakukan perhitungan nilai heterozigositas dari primer yang berhasil mengamplifikasi dengan baik. Berikut merupakan rumus dari nilai heterozigositas :

PIC = 1-_∑

Keterangan:

Pi = frekuensi alel ke-i

i = 1, 2, 3, ... n

60 siklus

42

h. Alur penelitian

Gambar 15. Diagram alur penelitian Penyusunan proposal Tahap persiapan

Tahap penelitian

Pembuatan laporan penelitian atau

skripsi Menyiapkan alat

dan bahan yang dibutuhkan

Sterilisasi alat dan bahan yang digunakan dalam

penelitian

Pengambilan sampel Isolasi DNA

genom

Mengukur kemurnian dan

konsentrasi DNA

Elektroforesis sampel hasil isolasi DNA

Amplifikasi DNA dengan

metode PCR Elektroforesis

hasil PCR

BAB V

KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Hubungan fenetik beberapa tanaman sawo (Pouteria, Sapotaceae) yang

digunakan dalam penelitian ini menunjukkan pola kekerabatan yang unik. Analisis fenetik ini berhasil mengklasifikasikan beberapa tanaman sawo Pouteria

yang ditandai dengan adanya dua kelompok yang terbentuk. Hasil pohon fenetik menunjukkan adanya perbedaan dan indikasi varietas baru pada P. duclitan

terutama P. duclitan yang didukung oleh data morfologi yaitu buah yang lonjong

dan bulat. Selain itu, ada P. duclitan yang membentuk kelompok sendiri yang

diduga berasal dari tetua yang jauh hubungan kekerabatannya dengan tetua varietas lain. Walaupun P. duclitan tersebut tidak didukung oleh data morfologi. B. Saran

Dalam penelitan selanjutnya sampel yang digunakan lebih banyak. Begitu juga dengan primeryang digunakan. Karena masing-masing primer menghasilkan hasil amplifikasi yang berbeda-beda. Selain itu, dengan primer yang lebih banyak, maka lebih bisa melihat konsistensi larik DNA dari setiap spesies. Penggunaan bahan ekstraksi DNA menggunakan kit mungkin akan mendapatkan hasil isolasi yang lebih baik. Kondisi alat-alat yang digunakan juga menjadi perhatian penting agar memudahkan semua proses penelitian.

DAFTAR PUSTAKA

Aameur, F. B & Benlahbil, S. (2004). Variation in RAPD Markers of Argania spinosa Tress and Their Progenies. Forest Genetic. 11 (3), hlm. 337-342.

Diakses dari www.tuzko.sk [7 April 2014].

Afifah, E. N. (2012). Penggunaan Penanda Molekuler untuk Mempercepat dan Mempermudah Perbaikan Kualitas Tanaman Teh (Camellia sinensis).

Makalah Program Studi Pemuliaan Tanaman UGM (hlm. 1-19).

Yogyakarta: UGM Press.

Amani, J., Kazemi, R., Abbasi, A. R., & Salmanian, A. H. (2011). A Simple and Rapid Leaf Genomic DNA Extraction Method for PCR Analysis. Iranian Journal of Biotechnology. 9 (1), hlm. 69-71. Diakses dari

ijbiotech.com/14545.pdf [23 Juni 2014].

Anderberg, A. A., Rydin, C., & Kallersjo, M. (2002). Phylogenetic Relationships in The Order Ericales S.L: Analysis of Molecular Data From Five Genes From The Plastid and Mitochondrial Genomes. American Journal of Botany.89 (4), hlm. 677-687. Diakses dari www.amjbot.org [7 April 2014].

Aprilian, R. (2009). Analisis Variasi Genetik Osphronemus gouramy Lac yang Terinfeksi Aeromonas hydrophilla Dengan Penanda Mikrosatelit. (Skripsi).

Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA Universitas Pendidikan Indonesia, Bandung.

Arulbalachandran, D., Mullainathan, L., Kathigayan, S., Somasundaram, S. T., & Velu, S. (2009). Genetic Variation in Mutants of Black Gram (Vigna mungo

L. Hepper) Evaluated by RAPD Markers. J. Crop Sci. Biotech. 13 (1), hlm.

1-6. Diakses dari http://www.researchgate.net/publication/24032343 [19 Oktober 2014].

Ashraf, K., Ahmad, A., Chaudhary, A., Mujeeb, M., Ahmad, S., Amir, M., & Mallick, N. (2014). Genetic Diversity Analysis of Zingiber officinale

Roscoe by RAPD collected from Subcontinent of India. Saudi Journal of

Biologival Sciences. 21, hlm. 159-165. Diakses dari

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1319562X1300082X [11 Maret 2014].

Ayres, D. R. & Ryan, F. J. (1999). Genetic Diversity and Structure of the Narrow Endemic Wyethia reticulata and ITS Congener W. Bolanderi (Asteraceae)

Using RAPD and Allozyme Techniques. American Journal of Botany. 86,

(3), hlm. 344-353. Diakses dari

62

Bardakci, F. (2001). Random Amplified Polymorfic DNA (RAPD) Markers. Turk J Biol. (25), hlm. 185-196. Diakses dari

www.ipmd.ir/.../Random%20Amplified%20Poly... [13 Maret 2014].

Barik, S., Senapati, S. K., Aparajita, S., Mohapartra, A., & Rout, G. R. (2005). Identification and Genetic Variation among Hibiscus species (Malvaceae)

using RAPD Markers. Z. Naturforcsh. 61, hlm. 123-128. Diakses dari

www.znaturforsch.com/ac/v61c/s61c0123.pdf?... [24 September 2014]. Bartish, I. V., Swensom, U., Munzinger, J., & Anderberg, A. A. (2005).

Phylogenetic Relationships Among New Caledonian Sapotaceae (Ericales): Molecular Evidance for Genetic Polyphyly and Repeated Dispersal.

American Journal of Botany. 92 (4), hlm. 667-673. Diakses dari

http://www.amjbot.org/content/92/4/667.full [29 September 2013].

Brinkman, F. S. L & Leipe, D. D. (2001). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis og Genes and Proteins, Second Edition : Phylogenetic Analysis. Canada: John Wiley and Sons, Inc.

Brunner, B. R. & Payan, J.P.M. (tanpa tahun). Sapote, Sapodilla and Star Apple

(hlm. 1-10). Puerte Rico: Encyclopedia of Life Support Systems.

Campbell, N. A., Reece, J. B., & Mitchell, L. G. (2003). Biologi Edisi kelima Jilid 2. Jakarta: Erlangga.

Campbell, N. A., Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A., Minosky, P. V., & Jackson, R. B. (2008).Biologi Edisi Kedelapan Jilid 1.

Jakarta: Erlangga.

Carrara, S., Campbell, R., & Schnell, R. (2004). Genetic Variation Among Cultivated Selections of Mamey Sapote (Pouteria spp. [Sapotaceae]). Proc. Fla. State Hort. Soc. 117, hlm. 195-200. Diakses dari

fshs.org/proceedings-o/2004-vol.../195-200.pdf [7 April 2014].

Cintia, A. M., Simeoni, L. A., & Silveira, D. (2008). Genus Pouteria : Chemistry

and Biological Activity. Brazilian Journal of Pharmacognosy. 19 (2), hlm.

501-509. Diakses dari http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0102-695X2009000300025&script=sci_arttext [3 Januari 2014].

Conqruist, A. (1981). An Integrated System of Classification of Flowering Plants.

New York: Coumbia University Press.

Cruz, E. D. (2005). Quantitative Characteristics of Fruits and Seeds of Pouteria pachycarpa PIRES-Sapotaceae. Revista Brasileira de Sementes. 27 (2), hlm.

01-06. Diakses dari www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext. [4 Januari 2014].

Culman, S. W., Gauch, H. G., Blackwood, C. B., & Thies, J. E. (2008). Analysis of T-RFLP Data Using Analysis of Variance and Coordination Methods: A

63

Diakses dari oardc.osu.edu/.../Culman-et-al-2008-JMM.pdf [28 September 2014].

Das, B. K., Jena, R. C., & Samal, K. C. (2009). Optimation of DNA Isolation and PCR Protocol of RAPD Analysis of Banana / Plantain (Musa spp.). International Journal of Agriculture Sciences. 1 (2), hlm. 21-25. Diakses

dari www.researchgate.net/.../47372911_Optimization... [30 Juli 2014]. Duarte, J. M., Wall, P. K., Edger, P. P., Landherr, L. L., Ma, H., Pires, J. C.,

Mack, J. L., & DePamphilis, C. W. (2010). Identification of Shared Single Copy Nuclear Genes in Arabidopsis, Populus, Vitis and Oryza and Their

Phylogenetic Utility Across Various Taxonomic Levels. BMC Evolutionary Biology. 10 (61), hlm.1-18. Diakses dari

www.biomedcentral.com/1471-2148/10/61 [24 Agustus 2014].

Ellegren, H. (2004). Microsatellites: Simple Sequences With Complex Evolution.

[Online]. Diakses dari www.nature.com/reviews/genetics.

Fatchiyah, Arumingtyas, E. L., Widyarti, S., & Rahayu, S. (2011). Biologi Molekuler Prinsip Dasar Analisis. Jakarta : Erlangga.

Freeland, J. R., Kirk, H., & Petersen, S. D. (2011). Molecular Ecology Second

Edition. USA: Wiley-Blackwell.

Fontaine, C., Lovett, P. N., Sanou, H., Maley, J., & Bouvet, J. M. (2004). Genetic Diversity of The Shea Tree (Vitellaria paradoxa C. F. Gaertn), Detected by

RAPD and Chloroplast Microsatellite Markers. Nature Publishing. 93, hlm.

639-648. Diakses dari www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15354195 [07 April 2014].

Gamboa, D., Ibanez, D., Melendez, M., Paredes, E., & Siche, R. (2014). Drying of Lucuma (Pouteria obovata) using The Technique of Refracting Window.

Scientia Agropecuaria. 5, hlm. 103-108. Diakses dari

dialnet.unirioja.es/servlet/articulo?codigo... [24 Agustus 2014].

Garcia, A. A. F., Bechimol, L. L., Barbosa, A. M. M., Geraldi, I. O., Souza, C. L., & deSouza, A. P. (2004). Comparison of RAPD, RFLP, AFLP and SSR Markers for Diversity Studies in Tropical Maize Inbread Lines. Genetics and Molecular Biology. 27 (4), hlm. 579-588. Diakses dari

www.scielo.br/pdf/gmb/v27n4/22428.pdf [2 Oktober 2014].

Garnery, L., Franck, P., Baudry, E., Vautrin, D., Cornuet, J. M., & Solignac, M. (1998). Genetic Diversity of The West European Honey Bee (Apis mellifera mellifera and A. m. iberica). II Mitochondrial loci. Genet. Sel. Evol. 30, (1),

hlm. 49-74. Diakses dari http://www.gsejournal.org/content/pdf/1297-9686-30-S1-S49.pdf [2 Oktober 2014].

64

7-12. Diakses dari www.brc.amu.edu.pl/article.php?v=21&a=7 [09 November 2014].

Grattapaglia, D., Junior, O. R. S., Kirst, M., de Lima, B. M., Faria, D. A., & Pappas, G. J. (2011). High-Throughput SNP Genotyping in The Highly Heterozygous Genome of Eucalyptus: Assay Success, Polymorphism and

Transferability Across Species. BMC Plant Biology. 11 (65), hlm. 1-18.

Diakses dari www.biomedcentral.com/1471-2229/11/65 [28 September 2014].

Grljusic, S. (2008). Comparison of Morphology and RAPD Markers in Evaluation of Red Clover (Trifolium pratense L.) Changes cause by Natural Selection. Periodicum Biologorum. 110 (3), hlm. 237-242. Diakses dari

hrcak.srce.hr/file/51845 [21 Agustus 2014].

Gusmiaty, Restu, M., & Pongtuluran, I. (2012). Seleksi Primer Untuk Analisis Keragaman Genetik Jenis Biti (Vitex conffassus). Jurnal Perennial. 8 (1),

hlm. 25-29. Diakses dari

journal.unhas.ac.id/index.php/perennial/article/download/547/458 [2 Oktober 2014].

Habibah, N. (2009). Penggunaan Primer SSR Untuk Analisis Variasi DNA Osphronemus gouramy Lac yang Diinfeksi Bakteri Aeromonas hydrophilla.

(Skripsi). Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA Universitas Pendidikan Indonesia, Bandung.

Hampl, V., Pavlicek, A., & Flegr, J. (2001). Construction and Bootstrap Analysis of DNA Fingerprinting-based Phylogenetic Trees With The Freeware Program FreeTree: Application to Trichomonad Parasites. 51, hlm. 731-735.

Diakses dari https://web.natur.cuni.cz/flegr/pdf/ijsem.pdf [21 Agustus 2014].

Han, J., Wang, W. Y., Leng, X. P., Guo, L., Yu, M. L., Jiang, W. B., & Ma, R. J. (2014). Efficient Identification of Ornamental Peach Cultivars Using RAPD Markers With a Manual Cultivar Identification Diagram Strategy. Genetics and Molecular Research. 13 (1), hlm. 32-42. Diakses dari

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24446285 [28 Februari 2014].

Hanboonsong, Y. (1994). A Comparative Phenetic and Cladistic Analysis of the Genus Holcaspis Chaudoir (Coleoptera: Carabidae). (Thesis). Master

Graduate School Lincoln University, United Kingdom.

Handoyo, D. & Rudiretna, A. (2000). Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR). Unitas. 9 (1), hlm. 17-29. Diakses dari

core.kmi.open.ac.uk/download/pdf/11980242.pdf [5 September 2013]. Harini, S. S., Leelambika, M., Kameshwari, M. N. S., & Sathyanarayana, N.

(2008). Optimization of DNA Isolation and PCR-RAPD Methods for Molecular Analysis of Kunth.

65

http://www.ijplsjournal.com/issues%20PDF%20files/january_2012/12.pdf [30 Juli 2014].

Hasan, S. M. Z., Shafie, M. S. B., & Shah, R. M. (2009). Analysis of Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) of Artemisia capillaris (Wormwood

capillary) in East Coast of Peninsular Malaysia.World Applied Science

Journal. 6 (7), hlm. 976-986. Diakses dari

www.idosi.org/wasj/wasj6(7)/16.pdf [10 Oktober 2014].

Hatwal, D., Bist, R., Pathak, K., Chaturvedi, P., Bhatt, J. P., & Gaur, A. K. (2011). A Simple Method for Genomic DNA Isolation for RAPD Analysis from Dry Leaves of Aconitum balfourii Stapf (Ranunculaceae). 3 (3), hlm.

505-510. Diakses dari jocpr.com/vol3-iss3.../JCPR-2011-3-3-505-510.p...[14 Juni 2014].

Hepsibha, B. T., Premalakshmi, V., & Sekar, T. (2010). Genetic Diversity in

Azimatetracantha (Lam) assessed Though RAPD Analysis. Indian Journal of Science and Technology. 3 (2), hlm. 170-173. Diakses dari

www.indjst.org/index.php/indjst/article/.../25646 [21 Februari 2014].

Hidayat, T. & Pancoro, A. (2008). Kajian Filogenetika Molekuler dan Peranannya dalam Menyediakan Informasi Dasar untuk Meningkatkan Kualitas Sumber Genetik Anggrek. Jurnal AgroBiogen. 4, (1), hlm. 35-40. Diakses dari

http://digilib.litbang.deptan.go.id/v2/katalog/majalah/all/jurnal- agrobiogen/4/1/2008/kajian-filogenetika-molekuler-dan-peranannya-dalam- menyediakan-informasi-dasar-untuk-meningkatkan-kualitas-sumber-genetik-anggrek [19 Oktober 2014].

Hidayat, T. (2001). Studi Filogenetik Moleculer Pada Anacardiaceae Berdasarkan Variasi Urutan Daerah “Internal Transcribed Spacer: (ITS).

(Tesis). Sekolah Pasca Sarjana Program Studi Biologi Institut Teknologi Bandung, Bandung.

Hinomoto, N., Todokoro, Y., & Higaki, T. (2011). Population Structure of The Predatory Mite Neoseiulus womersleyi in a Tea Field Based on an Analysis

of Microsatellite DNA Markers. Exp. Appl. Acarol. 53, hlm. 1-15. Diakses

dari www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20625919 [28 September 2014].

Jensen, R. J. (2009). Phenetics : Revolution, Reform or Natural Consequnce?.

Taxon. 58 (1), hlm. 50-60. Diakses dari

xa.yimg.com/kq/.../2009Jensen-Phenetics.pdf [16 September 2014].

Jessup, L. W. & Short, P. S. (2011). Flora of The Darwin Region Volume 1.

Australia : Northern Territory Goverment.

Judd, S. W., Campbell, C. S., Kellogg, E. A., Stevens, P., F., & Donoghue, M. J. (2002). Plant Systematic: A Phylogenetic Approach. USA: Sinauer

66

Julisaniah, N. I., Sulistyowati, L., & Sugiharto, A. N. (2008). Analisis Kekerabatan Mentimun (Cucumis sativus L.) Menggunakan Metode

RAPD-PCR dan Isozim. Biodiversitas. 9 (2), hlm. 99-102. Diakses dari

biodiversitas.mipa.uns.ac.id/D/D0902/D090205.pdf [19 Oktober 2014]. Kalpana, D., Choi, S. H., Choi, T. K., Senthis, K., & Lee, Y. S. (2012).

Assessment of Genetic Diversity among Varieties of Mulberry using RAPD and ISSR Fingerprinting. Elsevier. 134, hlm. 79-87. Diakses dari

www.sciencedirect.com/.../S030442381100584X [11 Maret 2014].

Kang, L. S. & Pennington. T. D. (1996). Sapotaceae. Flora of China. 15, hlm.

205-214. Diakses dari http://www.eflora.cn/foc/pdf/Sapotaceae.pdf [13 April 2014].

Karsinah, Sudarsono, Setyobudi, L., & Aswidinnoor, H. (2002). Keragaman Genetik Plasma Nutfah Jeruk Berdasarkan Analisis Penanda RAPD. Jurnal

Bioteknologi Pertanian. 7 (1), hlm. 8-16. Diakses dari

repository.ipb.ac.id/bitstream/.../Karsinah_KeragamanGenetikPlasma.pdf [20 Agustus 2014].

Kosman, E. & Leonard, K. J. (2005). Similarity Coeeficients for Molecular Markers in Studies of Genetic Relationships between Individuals for Haploid, Diploid, and Polyploid Species. Molecular Ecology. 14, hlm.

415-424. Diakses dari http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-294X.2005.02416.x/abstract;jsessionid=070B9EDFB4B0DA9297E8B37C8 B909932.f04t02 [2 Oktober 2014].

Kukachka, B. F. (1982). Wood Anatomy of the Neotropical Sapotaceae. Research Paper FPL. 419, hlm. 1-21. Diakses dari

www.dtic.mil/cgi-bin/GetTRDoc?AD... [4 Januari 2014].

Kumar, N. S. & Gurusubramanian, G. (2011). Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers and Its Applications. Sci Vis. 11 (3), hlm. 116-124.

Diakses dari thescipub.com/PDF/ajavsp.2014.6.13.pdf [13 Maret 2014]. Lee, M. S. Y. (2004). The molecularisation of Taxonomy. Invertebrate

Systematic.18, hlm. 1-6. Diakses dari

http://www.publish.csiro.au/paper/IS03021.htm [16 September 2014]. Lemmens, R. H. M. J. & Soerianegara. (1996). Pouteria duclitan (Blanco)

Baehni. [Online]. Diakses dari

http://zipcodezoo.com/Plants/P/Pouteria_duclitan/.

Lin, Y. S., Poh, Y. P., Lin, S. M., & Tzeng, C. S. (2002). Molecular Techniques to Identify Freshwater Eels : RFLP Analysis of PCR-amplified DNA Fragments and Allele-Spesific PCR From Mitochondrial DNA. Zooligical

Studies. 41 (4), hlm. 421-430. Diakses dari

67

Love, K. & Paul, R. E. (2011). Abiu Pouteria caimito. Fruita and Nuta. 24, hlm.

1-6. Diakses dari www.ctahr.hawaii.edu/oc/.../pdf/F_N-24.pd [4 Januari 2014].

Majourhat, K., Jabbar, Y., Hafidi, A., & Gomez, P. M. (2008). Molecular Characterization and Genetic Relationships among Most Common Identified Morphotypes of Critically Endangered Rare Morocan Species

Argania spinosa (Sapotaceae) using RAPD and SSR Markers. Ann. For.Sci.

65, hlm. 805p1-805p6. Diakses dari hal.inria.fr/docs/00/88/34/63/.../hal-00883463.pd...[27 Februari 2014].

Malik, S. K., Rohini, M. R., Kumar, S., Chourdhary, R., Pal, D., & Chaudhury, R. (2012). Assesment of Genetic Diversity in Sweet Orange [Citrus sinensis

(L.) Osbeck] Cultivars of India using Morphological and RAPD markers.

Agric Res. 1 (4), hlm. 317-324. Diakses dari

link.springer.com/.../10.1007%2Fs40003-012-00... – [14 September 2013]. Moon, H. K., Ujang, S. L., Park, S. Y., Park, C. H., & Yi, J. S. (2008). Tropical

Trees of Indonesia. Korea : Korea Forest Research Institute.

Mueller, U. G. & Wolfenbarger, L. L. (1999). AFLP Genotyping and Fingerprinting. Tree. 14 (10), hlm. 389-394. Diakses dari

https://www.ufpe.br/.../AFLPgenotyping-review.p... [19 Oktober 2014]. Muhammad, Z., Puja, I. K., & Wandia, I. N. (2012). Polimorfisme Lokus

Mikrosatelit RM185 Sapi Bali di Nusa Penida. Indonesia Medicus

Veterinus. 1 (4), hlm. 505-518. Diakses dari

ojs.unud.ac.id/index.php/imv/article/view/1970/1243 [05 November 2014]. Muharam, E. G., Buwono, I. D., & Mulyani, Y.(2012). Analisis Kekerabatan Ikan

Mas Koi (Cyprinus carpio koi) dan Ikan Mas Majalaya (Cyprinus carpio carpio) Menggunakan Metode RAPD. Jurnal Perikanan dan Kelautan. 3

(3), hlm. 15-23. Diakses dari

jurnal.unpad.ac.id/jpk/article/download/1393/1383 [29 Januari 2014]. Mahmood, M. A., Hafiz, I. A., Abbasi, N. A., & Faheem, M. (2013). Detection of

Genetic Diversity in Jasminum spesies through RAPD Technique. International Journal of Agriculture & Biology. 15, hlm. 505-510. Diakses

dari www.fspublishers.org/published.../93571_..pdf [21 Februari 2014]. Mustapha, O. T. (2009). Principle and Practice of Biosistematics. IJABR. 1 (2),

hlm. 126-133. Diakses dari

https://www.unilorin.edu.ng/.../PRINCIPLES%20...[28 September 2014]. Nagy, S., Poczai, P., Cernak, I., Gorji, A. M., Hegedus, G., Talles, J. (2012).

PICcalc : An Online Program to Calculate Polymorphic Information Content for Molecular Genetic Studies. Biochem Genet. 50, hlm. 670-672.

68

Nurtikasari, R. (2009). Analisis Keragaman Genetik Burung Famili Columbidae Dengan Penanda RAPD. (Skripsi). Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA

Universitas Pendidikan Indonesia, Bandung.

Opperdoes, F. (1997). Phenetics. [Online]. Diakses dari

http://www.icp.ucl.ac.be/~opperd/private/phenetics.html.

Orwa, C., Mutua, A., Kindt, R., & Jamnadass, R. (2009). Pouteria campechiana.

[Online]. Diakses dari (http://www.worldagroforestry.org/af/treedb/.

Panwar, P., Nath, M., Yadav, V. K., & Kumar, A. (2010). Comparative Evaluation of Genetic Diversity Using RAPD, SSR and Cyctochome p450 Gene Based Markers With Respect to Calcium Content in Finger Millet (Eleusine coracana L. Gaertn). J. Genet. 89, hlm. 121-133. Diakses dari

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20861563 [09 November 2014].

Pennington, T. D. (2004). Sapotaceae. Springer. 6, hlm. 390-421. Diakses dari

http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-662-07257-8_41 [20 September 2014].

Petersen, J. J., Parker, I. M., & Potter, D. (2012). Origins and Close Relatives of A Semi-domesticated Neotropical Fruit Tree : Chrysophyllum cainito (Sapotaceae). American Journal of Botany. 99 (3), hlm. 585-604. Diakses dari www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22396333 [29 September 2013].

Pezhmanmehr, M., Hassani, M. E., Jahansooz, F., Najafi, A. A., Sefidkon, F., Mardi, M., & Pirseiedi, M. (2009). Assessment of Genetic Diversity in Some Iranian Populations of Bunium persicum using RAPD and AFLP

Markers. Iranian Journal of Biotechnology. 7 (2), hlm. 93-100. Diakses dari

ijbiotech.neoscriber.com/18548.pdf [ 07 April 2014].

Pharmawati, M. (2009). Optimasi Ekstraksi DNA dan PCR-RAPD Pada Graviella

spp. (Proteaceae). Jurnal Biologi. 13 (1), hlm. 12-16. Diakses dari

ojs.unud.ac.id/index.php/BIO/article/download/577/374 [14 Juni 2014]. Poerba, Y. S. & Martanti, D. (2008). Keragaman Genetik Berdasarkan Marka

Random Amplified Polymorpic DNA pada Amorphophallus muelleri Blume

di Jawa. Biodiversitas. 9 (4), hlm. 245-249. Diakses dari

biodiversitas.mipa.uns.ac.id/D/D0904/D090401.pdf [10 November 2013]. Pomper, K. W., Azarenko, A. N., Bassil, N., Davis, J. W., & Mehlenbacker, S. A.

(1998). Identification of RAPD Markers for Self-incompatibility Alleles in Corylus avellana L. Theor Appl Genet. 97, hlm. 479-487. Diakses dari

www.pawpaw.kysu.edu/PDF/pomper98.pdf [2 Oktober 2014].

Pradnyaniti, D. G., Wirajana, I. N., & Yowani, S. C. (2013). Desain Primer Secara in Silico Untuk Amplifikasi Fragmen Gen rpoB Mycobacterium tuberculosis Dengan PCR. Jurnal Farmasi Udayana. Hlm. 124-130.

69

Pratiwi, R. (2001). Mengenal Metode Elektroforesis. Oseana. 26 (1), hlm. 25-31.

Diakses dari

www.oseanografi.lipi.go.id/sites/default/files/oseana_xxvi(1)25-31.pdf [11 November 2013].

Prayitno, E. & Nuryandani, E. (2011). Optimalisasi Ekstraksi DNA Jarak Pagar (Jatropha curcas) melalui Pemilihan Daun yang Sesuai. Bioteknologi. 8 (1),

hlm. 24-31. Diakses dari www.oalib.com/paper/2740162 [11 November 2014].

Puja, I. K., Wandia, I. N., Suastika, P., & Sulabha, I. N. (2013). Genetic Association of Bovine Lymphocyte Antigen Microsatellite Loci with Semen

Quality of Bali Cattle. Jurnal Kedokteran Hewan. 7 (2), hlm. 163-165.

Diakses dari

download.portalgaruda.org/article.php?article=122978&val=3946 [05 November 2014].

Pupko, T. & Graur. (1999). Evolution of Microsatellites in The Yeast

Saccharomyces cerevisiae: Role of Length and Number of Repeated Units. Journal of Molecular Evolution. 48, hlm. 313-316. Diakses dari

www.tau.ac.il/~talp/publications/microsatellite.pdf [28 September 2014]. Qing, Z. G., Min, Q. J., Chen, Z. X., Ping, F. P., Guang, S. J., Fen, T. A., Tao, L.,

Ren, W. W., & Min, L. A. (2011). A Genetic Linkage Map of Kenaf (Hibiscus cannabinus L.) Based on SRAP, ISSR and RAPD Markers. Agricultural Sciences in China. 10 (9), hlm. 1346-1353. Diakses dari

211.155.251.135:81/Jwk.../abstract8425.shtml [20 Juli 2014].

Quinn, T. W. & White, B. N. (1987). Identification of Restiction-Fragment Length Polymorphisms in Genomic DNA of the Lesser Snow Goose (Anser caerulescens caerulescens). Mol. Biol. Evo. 4 (2), hlm. 126-143. Diakses

dari www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2895887 [28 September 2014].

Rasnovi, S. (2004). Konsep Spesies : Mengapa Fenetik atau Filogenetik.

Floribunda. 2 (5), hlm. 138-143. Diakses dari

www.ptti.or.id/floribunda2.htm [22 September 2014].

Rawashdeh, I. M. A. (2011). Genetic Variability in a Medical Plant Artemisia judaica using RAPD Markers. International Journal of Agriculture &

Biology. 13, hlm. 279-282. Diakses dari

www.researchgate.net/.../228484423_Genetic_Var...[21 Februari 2014]. Reddy, O. U. K., Pepper, A. E., Abdurakhmonov, I., Saha, S., Jenkins, J. N.,

Brooks, T., Bolek, Y., & Elzik, K. M. (2001). Molecular Biology: New Dinucleotide and Trinucleotide Microsatellite Marker Resources for Cotton Genom Research. The Journal of Cotton Science. 5, hlm. 103-113. Diakses

70

Rogi, J. E. X., Runtunuwu, D. S., & Palenderg, J. H. (2011). Identifikasi Varietas

Kentang “Superjohn” Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified

Polymorphic DNA) Marker. Eugenia. 17 (1), hlm. 52-59. Diakses dari

ejournal.unsrat.ac.id › Home › Vol 17, No 1 (2011) › S. [19 Oktober 2014]. Rojas, T. J. R., Rodriguez, M. A., Tejacal, I. A., Martinez, V. L., Zaragoza, S. E.,

& Aviles, H. E. (2012). Molecular Characterization of Zapote mamey

(Pouteria sapota (Jacq) Moore and Stearn. Rev Fac Agron. 29, hlm.

339-354. Diakses dari revfacagronluz.org.ve/.../v29n3a2012339339-354.pdf [06 April 2014].

Ruwaida, I. P., Supriyadi, & Parjanto. (2009). Variability Analysis of Sukun Durian Plant (Durio Zibethinus) based on RAPD Marker. Nusantara

Bioscience. 1 (2), hlm. 84-91. Diakses dari

biosains.mipa.uns.ac.id/N/N0102/N010206.pdf [9 Oktober 2014].

Saupe, S. G. (2007). Phenetic Classification Systems. [Online]. Diakses dari

http://employees.csbsju.edu/ssaupe/biol308/Lecture/Classification/phenetic_ class.htm.

Schork, N. J., Fallin, D., & Lanchbury, J. S. (2000). Single Nucleotide Polymorphisms and The Future of Genetic Epidemiology. Clin Genet. 58,

hlm. 250-264. Diakses dari statgen.ncsu.edu/~dahlia/.../S02/clingen250.pdf [28 September 2014].

Semagn, K., Bjornstad, A., & Ndjinondjop, M. (2006). An Overview of Molecular

Marker Methods For Plants. African Journal of Biotechnology. 5 (25),

hlm. 2540-2568. Diakses dari

www.ajol.info/index.../44536&embedded=true [19 Oktober 2014].

Shobha, D. & Thimmappaiah. (2011). Identification of RAPD Markers Linked to Nut Weight and Plant Stature in Cashew. Elsevier. 129, hlm. 637-641.

Diakses dari www.sciencedirect.com/.../S0304423811002408 – [11 Maret 2014].

Slik, F. (tanpa tahun). Pouteria obovata. [Online]. Diakses dari

http://www.asianplant.net/Sapotaceae/Pouteria_obovata.htm.

Smith, K. (2002). Genetic Polymorphism and SNPs. [Online]. Diakses dari

http://www.cs.mcgill.ca/~kaleigh/compbio/snp/snp_summary.html.

Sterky, F. & Lundeberg, J. (2000). Sequence Analysis of Genes & Genomes.

Journal of Biotechnology.76, hlm. 1-31. Diakses dari

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165699001765 [2 Oktober 2014].

Suaidah, L. (2010). Analisis Variasi Genetik Osphronemus gouramy Lac Menggunakan Penanda RAPD. (Skripsi). Jurusan Pendidikan Biologi

71

Suardana, W. I., Artama, W. T., Asmara, W., & Daryono, B. S. (2011). Studi Epidemiologi Agen Zoonosis Escherichia coli o157:H7 Melalui Analisis

Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Veteriner. 12

(2), hlm. 142-151. Diakses dari _{ojs.unud.ac.id › Home › Vol 12, No 2 (2011)}

› Suardana [16 September 2014].

Sudarman, A. (2012). Uji Kinerja Spektrofotometer Ultraviolet-Tampak Berkas Ganda Terhadap Pengukuran Ambroksol HCl Pada Tablet Ekspektoran.

(Skripsi). Departemen Kimia FMIPA IPB, Bogor.

Swenson, U. & Anderberg, A. A. (2005). Phylogeny, Character Evolution and Classificaton of Sapotaceae (Ericales). Cladistics. 21, hlm. 101-130.

Diakses dari onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j...x/full [27 Oktober 2013].

Syam, R., Sadimantara, G. R., & Muzuni. (2012). Analisis Variasi Genetik Jambu Mete (Anacardium occidentale L) Asal Sulawesi Tenggara Menggunakan

Marka Molekuler AFLP. Berkala Penelitian Agronomi. 1 (2), hlm. 164-173.

Diakses dari

faperta.uho.ac.id/berkala_gronomi/Fulltext/2012/BPA0102164.pdf [19 Oktober 2014].

Thomas, C. J. (1994). Advanced Technologies (Cambridge) Ltd. Cambridge :

Molecular Biotechnology.

Triono, T. (2000). Sawo-sawoan : Suatu Potensi yang Terkesampingkan.

Prosiding pada Seminar Hari Cinta Puspa dan Satwa Nasional (hlm.

96-106). Bogor: LIPI Press.

Uzun, A., Gulsen, O., Yesiloglu, T., Kacar, Y. A., & Tuzcu, O. (2010). Distingushing Grapefruit and Pummelo Accessions Using ISSR Markers.

Czech J. Genet. Plant Breed. 46 (4), hlm. 170-177. Diakses dari

www.agriculturejournals.cz/publicFiles/31804.pdf [09 November 2014]. Vignal, A., Millan, D., Cristobal, M. S., & Eggen, A. (2002). A review on SNP

and Other Types of Moleculer Markers and Their Use in Animal Genetics.

Genet. Sel. Evol. 34, hlm. 275-305. Diakses dari

www.gsejournal.org/.../1297-9686-34-3-275.pdf [28 September 2014]. Vigouroux, Y., Matsuoka, Y., & Doebley, J. (2003). Directional Evolution for

Microsatellite Size in Maize. Mol. Biol. Evol. 20 (9), hlm. 1480-1483.

Diakses dari mbe.oxfordjournals.org/content/20/9/1480.full [28 September 2014].

Vural, H. C. & Dageri, A. (2009). Optimization of DNA Isolation for RAPD-PCR Analysis of Selected (Echinaceae purpurea L. Moench) Medical

72

Wijana, G., Rai, I. N., & Semarajaya, C. G. A. (2008). Identifikasi Variabilitas Genetik Wani Bali (Mangifera caesia Jack.) dengan Analisis Penanda

RAPD. Journal Holtikultura. 18 (2), hlm. 125-134. Diakses dari

agrohort.ipb.ac.id/downloads/.../Rai%20et%20al.pdf [19 Oktober 2014]. Wiley, E. O & Lieberman, B.S. (2011). Phylogenetics:Theory and Practice of

Phylogenetic Systematics. Canada: Wiley-Blackwell.

Wiley, E. O., Causey, D. S., Brooks, D. R., & Funk, V. A. (1991). A Primer of Phylogenetic Procedures: Introduction, Terms and Concepts.The University of Kansas Museum of Natural Histoy Special Publication. 19, hlm. 1-12.

Diakses dari www.amnh.org/learn/pd/.../compleat_cladist.pdf [16 September 2014].

Williams, G. K. J., Kubelik, A. R., Livak, K. J., Rfalski, J. A., & Tingey, S.V. (1990). DNA Polymorphisms Amplified by Arbitary Primer are Useful as Genetic Markers. Nucleic Acid Research .18 (22), hlm. 6531-6535. Diakses

dari http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC332606/pdf/nar00206-0065.pdf [5 Juli 2014].

Xu, Z., Hu, T., & Zhang, F. (2012). Genetic Diversity of Walnut Revealed by AFLP and RAPD Markers. Journal of Agricultural Science. 4 (7), hlm.

271-276. Diakses dari www.ccsenet.org › ... › Vol 4, No 7 (2012) › Xu [19 Oktober 2014].

Xue, D., Feng, S., Zhao, H., Jiang, H., Shen, B., Shi, N., Lu, J., Liu, J., & Wang, H. (2010). The Linkage Maps of Dendrobium species based on RAPD and

SRAP Markers. Journal of Genetics and Genomics. 37, hlm. 197-204.

Diakses dari www.jgenetgenomics.org/.../downloadArticleFile....[11 Maret 2014].

Young, J. M. (2001). Implications of Alternative Classifications and Horizontal Gene Transfer for Bacterial Taxonomy. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51, hlm. 945-953. Diakses dari dzumenvis.nic.in/Taxonomy/.../Implications%20o... [16 September 2014]. Zarek, M. (2009). RAPD Analysis of Genetic Structure in Four Natural

Populations of Taxus baccata From Southern Poland. Acta Biologica

Cracoviensa. 51 (2), hlm. 67-75. Diakses dari

www2.ib.uj.edu.pl/abc/pdf/51_2/08_zarek.pdf [21 Agustus 2014].

Zhang, L., Zhang, H. G., & Li, X. F. (2013). Analysis of Genetic Diversity in

Larix gmelinii (Pinaceae) with RAPD and ISSR markers. Genet. Mol. Res.

12, (1), hlm. 196-207. Diakses dari dx.doi.org/10.4238/2013.January.24.12

[29 September 2014].

Zulfahmi. (2013). Penanda DNA untuk Analisis Genetik Tanaman. Jurnal

Agroteknologi. 3, (2), hlm. 41-52. Diakses dari

Nurtikasari, R. (2009). Analisis Keragaman Genetik Burung Famili Columbidae Dengan Penanda RAPD. (Skripsi). Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA Universitas Pendidikan Indonesia, Bandung.

Opperdoes, F. (1997). Phenetics. [Online]. Diakses dari http://www.icp.ucl.ac.be/~opperd/private/phenetics.html.

Orwa, C., Mutua, A., Kindt, R., & Jamnadass, R. (2009). Pouteria campechiana. [Online]. Diakses dari (http://www.worldagroforestry.org/af/treedb/.

Panwar, P., Nath, M., Yadav, V. K., & Kumar, A. (2010). Comparative Evaluation of Genetic Diversity Using RAPD, SSR and Cyctochome p450 Gene Based Markers With Respect to Calcium Content in Finger Millet (Eleusine coracana L. Gaertn). J. Genet. 89, hlm. 121-133. Diakses dari www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20861563 [09 November 2014].

Pennington, T. D. (2004). Sapotaceae. Springer. 6, hlm. 390-421. Diakses dari http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-662-07257-8_41 [20 September 2014].

Petersen, J. J., Parker, I. M., & Potter, D. (2012). Origins and Close Relatives of A Semi-domesticated Neotropical Fruit Tree : Chrysophyllum cainito (Sapotaceae). American Journal of Botany. 99 (3), hlm. 585-604. Diakses dari www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22396333 [29 September 2013].

Pezhmanmehr, M., Hassani, M. E., Jahansooz, F., Najafi, A. A., Sefidkon, F., Mardi, M., & Pirseiedi, M. (2009). Assessment of Genetic Diversity in Some Iranian Populations of Bunium persicum using RAPD and AFLP Markers. Iranian Journal of Biotechnology. 7 (2), hlm. 93-100. Diakses dari ijbiotech.neoscriber.com/18548.pdf [ 07 April 2014].

Pharmawati, M. (2009). Optimasi Ekstraksi DNA dan PCR-RAPD Pada Graviella spp. (Proteaceae). Jurnal Biologi. 13 (1), hlm. 12-16. Diakses dari ojs.unud.ac.id/index.php/BIO/article/download/577/374 [14 Juni 2014]. Poerba, Y. S. & Martanti, D. (2008). Keragaman Genetik Berdasarkan Marka

Random Amplified Polymorpic DNA pada Amorphophallus muelleri Blume di Jawa. Biodiversitas. 9 (4), hlm. 245-249. Diakses dari biodiversitas.mipa.uns.ac.id/D/D0904/D090401.pdf [10 November 2013]. Pomper, K. W., Azarenko, A. N., Bassil, N., Davis, J. W., & Mehlenbacker, S. A.

(1998). Identification of RAPD Markers for Self-incompatibility Alleles in Corylus avellana L. Theor Appl Genet. 97, hlm. 479-487. Diakses dari www.pawpaw.kysu.edu/PDF/pomper98.pdf [2 Oktober 2014].

Pradnyaniti, D. G., Wirajana, I. N., & Yowani, S. C. (2013). Desain Primer Secara in Silico Untuk Amplifikasi Fragmen Gen rpoB Mycobacterium tuberculosis Dengan PCR. Jurnal Farmasi Udayana. Hlm. 124-130. Diakses dari ojs.unud.ac.id/index.php/jfu/article/view/7387 [8 November 2014].

Pratiwi, R. (2001). Mengenal Metode Elektroforesis. Oseana. 26 (1), hlm. 25-31.

Diakses dari

www.oseanografi.lipi.go.id/sites/default/files/oseana_xxvi(1)25-31.pdf [11 November 2013].

Prayitno, E. & Nuryandani, E. (2011). Optimalisasi Ekstraksi DNA Jarak Pagar (Jatropha curcas) melalui Pemilihan Daun yang Sesuai. Bioteknologi. 8 (1), hlm. 24-31. Diakses dari www.oalib.com/paper/2740162 [11 November 2014].

Puja, I. K., Wandia, I. N., Suastika, P., & Sulabha, I. N. (2013). Genetic Association of Bovine Lymphocyte Antigen Microsatellite Loci with Semen Quality of Bali Cattle. Jurnal Kedokteran Hewan. 7 (2), hlm. 163-165.

Diakses dari

download.portalgaruda.org/article.php?article=122978&val=3946 [05 November 2014].

Pupko, T. & Graur. (1999). Evolution of Microsatellites in The Yeast Saccharomyces cerevisiae: Role of Length and Number of Repeated Units. Journal of Molecular Evolution. 48, hlm. 313-316. Diakses dari www.tau.ac.il/~talp/publications/microsatellite.pdf [28 September 2014]. Qing, Z. G., Min, Q. J., Chen, Z. X., Ping, F. P., Guang, S. J., Fen, T. A., Tao, L.,

Ren, W. W., & Min, L. A. (2011). A Genetic Linkage Map of Kenaf (Hibiscus cannabinus L.) Based on SRAP, ISSR and RAPD Markers. Agricultural Sciences in China. 10 (9), hlm. 1346-1353. Diakses dari 211.155.251.135:81/Jwk.../abstract8425.shtml [20 Juli 2014].

Quinn, T. W. & White, B. N. (1987). Identification of Restiction-Fragment Length Polymorphisms in Genomic DNA of the Lesser Snow Goose (Anser caerulescens caerulescens). Mol. Biol. Evo. 4 (2), hlm. 126-143. Diakses dari www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2895887 [28 September 2014].

Rasnovi, S. (2004). Konsep Spesies : Mengapa Fenetik atau Filogenetik. Floribunda. 2 (5), hlm. 138-143. Diakses dari www.ptti.or.id/floribunda2.htm [22 September 2014].

Rawashdeh, I. M. A. (2011). Genetic Variability in a Medical Plant Artemisia judaica using RAPD Markers. International Journal of Agriculture &

Biology. 13, hlm. 279-282. Diakses dari

www.researchgate.net/.../228484423_Genetic_Var...[21 Februari 2014]. Reddy, O. U. K., Pepper, A. E., Abdurakhmonov, I., Saha, S., Jenkins, J. N.,

Brooks, T., Bolek, Y., & Elzik, K. M. (2001). Molecular Biology: New Dinucleotide and Trinucleotide Microsatellite Marker Resources for Cotton Genom Research. The Journal of Cotton Science. 5, hlm. 103-113. Diakses dari https://www.cotton.org/journal/.../jcs05-103.pdf [28 September 2014].

Rogi, J. E. X., Runtunuwu, D. S., & Palenderg, J. H. (2011). Identifikasi Varietas

Kentang “Superjohn” Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified

Polymorphic DNA) Marker. Eugenia. 17 (1), hlm. 52-59. Diakses dari ejournal.unsrat.ac.id › Home › Vol 17, No 1 (2011) › S. [19 Oktober 2014]. Rojas, T. J. R., Rodriguez, M. A., Tejacal, I. A., Martinez, V. L., Zaragoza, S. E.,

& Aviles, H. E. (2012). Molecular Characterization of Zapote mamey (Pouteria sapota (Jacq) Moore and Stearn. Rev Fac Agron. 29, hlm. 339-354. Diakses dari revfacagronluz.org.ve/.../v29n3a2012339339-354.pdf [06 April 2014].

Ruwaida, I. P., Supriyadi, & Parjanto. (2009). Variability Analysis of Sukun Durian Plant (Durio Zibethinus) based on RAPD Marker. Nusantara Bioscience. 1 (2), hlm. 84-91. Diakses dari biosains.mipa.uns.ac.id/N/N0102/N010206.pdf [9 Oktober 2014].

Saupe, S. G. (2007). Phenetic Classification Systems. [Online]. Diakses dari http://employees.csbsju.edu/ssaupe/biol308/Lecture/Classification/phenetic_ class.htm.

Schork, N. J., Fallin, D., & Lanchbury, J. S. (2000). Single Nucleotide Polymorphisms and The Future of Genetic Epidemiology. Clin Genet. 58, hlm. 250-264. Diakses dari statgen.ncsu.edu/~dahlia/.../S02/clingen250.pdf [28 September 2014].

Semagn, K., Bjornstad, A., & Ndjinondjop, M. (2006). An Overview of Molecular Marker Methods For Plants. African Journal of Biotechnology. 5 (25),

hlm. 2540-2568. Diakses dari

www.ajol.info/index.../44536&embedded=true [19 Oktober 2014].

Shobha, D. & Thimmappaiah. (2011). Identification of RAPD Markers Linked to Nut Weight and Plant Stature in Cashew. Elsevier. 129, hlm. 637-641. Diakses dari www.sciencedirect.com/.../S0304423811002408 – [11 Maret 2014].

Slik, F. (tanpa tahun). Pouteria obovata. [Online]. Diakses dari http://www.asianplant.net/Sapotaceae/Pouteria_obovata.htm.

Smith, K. (2002). Genetic Polymorphism and SNPs. [Online]. Diakses dari http://www.cs.mcgill.ca/~kaleigh/compbio/snp/snp_summary.html.

Sterky, F. & Lundeberg, J. (2000). Sequence Analysis of Genes & Genomes. Journal of Biotechnology.76, hlm. 1-31. Diakses dari http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165699001765 [2 Oktober 2014].

Suaidah, L. (2010). Analisis Variasi Genetik Osphronemus gouramy Lac Menggunakan Penanda RAPD. (Skripsi). Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA Universitas Pendidikan Indonesia, Bandung.

Suardana, W. I., Artama, W. T., Asmara, W., & Daryono, B. S. (2011). Studi Epidemiologi Agen Zoonosis Escherichia coli o157:H7 Melalui Analisis Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Veteriner. 12 (2), hlm. 142-151. Diakses dari _{ojs.unud.ac.id › Home › Vol 12, No 2 (2011)} › Suardana [16 September 2014].

Sudarman, A. (2012). Uji Kinerja Spektrofotometer Ultraviolet-Tampak Berkas Ganda Terhadap Pengukuran Ambroksol HCl Pada Tablet Ekspektoran. (Skripsi). Departemen Kimia FMIPA IPB, Bogor.

Swenson, U. & Anderberg, A. A. (2005). Phylogeny, Character Evolution and Classificaton of Sapotaceae (Ericales). Cladistics. 21, hlm. 101-130. Diakses dari onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j...x/full [27 Oktober 2013].

Syam, R., Sadimantara, G. R., & Muzuni. (2012). Analisis Variasi Genetik Jambu Mete (Anacardium occidentale L) Asal Sulawesi Tenggara Menggunakan Marka Molekuler AFLP. Berkala Penelitian Agronomi. 1 (2), hlm. 164-173.

Diakses dari

faperta.uho.ac.id/berkala_gronomi/Fulltext/2012/BPA0102164.pdf [19 Oktober 2014].

Thomas, C. J. (1994). Advanced Technologies (Cambridge) Ltd. Cambridge : Molecular Biotechnology.

Triono, T. (2000). Sawo-sawoan : Suatu Potensi yang Terkesampingkan. Prosiding pada Seminar Hari Cinta Puspa dan Satwa Nasional (hlm. 96-106). Bogor: LIPI Press.

Uzun, A., Gulsen, O., Yesiloglu, T., Kacar, Y. A., & Tuzcu, O. (2010). Distingushing Grapefruit and Pummelo Accessions Using ISSR Markers. Czech J. Genet. Plant Breed. 46 (4), hlm. 170-177. Diakses dari www.agriculturejournals.cz/publicFiles/31804.pdf [09 November 2014]. Vignal, A., Millan, D., Cristobal, M. S., & Eggen, A. (2002). A review on SNP

and Other Types of Moleculer Markers and Their Use in Animal Genetics. Genet. Sel. Evol. 34, hlm. 275-305. Diakses dari www.gsejournal.org/.../1297-9686-34-3-275.pdf [28 September 2014]. Vigouroux, Y., Matsuoka, Y., & Doebley, J. (2003). Directional Evolution for

Microsatellite Size in Maize. Mol. Biol. Evol. 20 (9), hlm. 1480-1483. Diakses dari mbe.oxfordjournals.org/content/20/9/1480.full [28 September 2014].

Vural, H. C. & Dageri, A. (2009). Optimization of DNA Isolation for RAPD-PCR Analysis of Selected (Echinaceae purpurea L. Moench) Medical Plants of Conservation Concern From Turkey. Journal of Medical Plants Research. 3 (1), hlm. 016-019. Diakses dari www.academicjournals.org/.../15761D914593 [30 Juli 2014].

Wijana, G., Rai, I. N., & Semarajaya, C. G. A. (2008). Identifikasi Variabilitas Genetik Wani Bali (Mangifera caesia Jack.) dengan Analisis Penanda RAPD. Journal Holtikultura. 18 (2), hlm. 125-134. Diakses dari agrohort.ipb.ac.id/downloads/.../Rai%20et%20al.pdf [19 Oktober 2014]. Wiley, E. O & Lieberman, B.S. (2011). Phylogenetics:Theory and Practice of

Phylogenetic Systematics. Canada: Wiley-Blackwell.

Wiley, E. O., Causey, D. S., Brooks, D. R., & Funk, V. A. (1991). A Primer of Phylogenetic Procedures: Introduction, Terms and Concepts.The University of Kansas Museum of Natural Histoy Special Publication. 19, hlm. 1-12. Diakses dari www.amnh.org/learn/pd/.../compleat_cladist.pdf [16 September 2014].

Williams, G. K. J., Kubelik, A. R., Livak, K. J., Rfalski, J. A., & Tingey, S.V. (1990). DNA Polymorphisms Amplified by Arbitary Primer are Useful as Genetic Markers. Nucleic Acid Research .18 (22), hlm. 6531-6535. Diakses dari http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC332606/pdf/nar00206-0065.pdf [5 Juli 2014].

Xu, Z., Hu, T., & Zhang, F. (2012). Genetic Diversity of Walnut Revealed by AFLP and RAPD Markers. Journal of Agricultural Science. 4 (7), hlm. 271-276. Diakses dari www.ccsenet.org › ... › Vol 4, No 7 (2012) › Xu [19 Oktober 2014].

Xue, D., Feng, S., Zhao, H., Jiang, H., Shen, B., Shi, N., Lu, J., Liu, J., & Wang, H. (2010). The Linkage Maps of Dendrobium species based on RAPD and SRAP Markers. Journal of Genetics and Genomics. 37, hlm. 197-204. Diakses dari www.jgenetgenomics.org/.../downloadArticleFile....[11 Maret 2014].

Young, J. M. (2001). Implications of Alternative Classifications and Horizontal Gene Transfer for Bacterial Taxonomy. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51, hlm. 945-953. Diakses dari dzumenvis.nic.in/Taxonomy/.../Implications%20o... [16 September 2014]. Zarek, M. (2009). RAPD Analysis of Genetic Structure in Four Natural

Populations of Taxus baccata From Southern Poland. Acta Biologica Cracoviensa. 51 (2), hlm. 67-75. Diakses dari www2.ib.uj.edu.pl/abc/pdf/51_2/08_zarek.pdf [21 Agustus 2014].

Zhang, L., Zhang, H. G., & Li, X. F. (2013). Analysis of Genetic Diversity in Larix gmelinii (Pinaceae) with RAPD and ISSR markers. Genet. Mol. Res. 12, (1), hlm. 196-207. Diakses dari dx.doi.org/10.4238/2013.January.24.12 [29 September 2014].

Zulfahmi. (2013). Penanda DNA untuk Analisis Genetik Tanaman. Jurnal Agroteknologi. 3, (2), hlm. 41-52. Diakses dari jurnal.agrotekuin.com/images/artikel/download.php?fil=Vol3No2_6... [1 Oktober 2014].