ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO Repository - UNAIR REPOSITORY

  TESIS ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO Oleh: FIRMAN SETIAWAN PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS 1 (PPDS-1) MIKROBIOLOGI KLINIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA 2016

  TESIS ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, SAAT MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO Oleh: Firman Setiawan Pembimbing: Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., SpMK(K) Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih, dr., M.S., Sp.MK(K) PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS 1 (PPDS-1) MIKROBIOLOGI KLINIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA 2016

  HALAMAN PRASYARAT ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, SAAT MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO KARYA AKHIR Untuk Memperoleh Gelar Dokter Spesialis Mikrobiologi Klinik pada Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Universitas Airlangga Oleh: FIRMAN SETIAWAN NIM: 011228226302 PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS 1 (PPDS-1) MIKROBIOLOGI KLINIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA 2016 Tanggal 1 Maret 2016

  HALAMAN PENGESAHAN

  Tesis ini telah disetujui dan disahkan pada tanggal 1 Maret 2016

  Oleh Pembimbing Ketua Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., SpMK(K) NIP. 19510707 197903 1 003 Pembimbing Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih, dr., M.S., Sp.MK(K) NIP. 19570307 198403 2 001 Mengetahui, Koordinator Program Studi PPDS 1 Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga Prof. Dr. Eddy Bagus Wasito, dr., M.S., Sp.MK(K) NIP. 19510221 197802 1 001 HALAMAN PENETAPAN PANITIA PENGUJI Tesis ini telah diuji dan dinilai oleh panitia penguji

  Pada tanggal 4 Maret 2016 Ketua Penguji :

  Prof. Usman Hadi, dr., PhD., Sp.PD., K-PTI Anggota Penguji:

  1. Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., SpMK(K)

  2. Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih, dr., M.S., Sp.MK(K)

  3. Setio Harsono dr. MSi., SpMK(K)

  4. Dr. Eko Budi Koendori dr., MS., Sp.MK 5. Dr. Budi Utomo, dr., M.Kes.

  Segala puji bagi Allah Subhanahu wa Ta’ala yang telah menganugerahkan kesempatan ini sehingga Saya dapat menyelesaikan tesis berjudul

  “Analisis perbedaan pola distribusi gen PVL pada

  methicillin resistant Staphylococcus aureus isolat dari pasien karier di bangsal bedah dan penyakit dalam, saat masuk

  dan keluar RSUD Dr. Soetomo ” sebagai syarat mendapat gelar Spesialis Mikrobiologi Klinik pada Program Pendidikan Spesialis 1 (PPDS-1) Mikrobiologi Klinik. sungguh tiada daya dan upaya selain dariNya. Shalawat dan salam dari segala penjuru semesta semoga tercurah kepada Nabi Muhammad SAW, sebaik- baik manusia, juga kepada keluarga dan sahabat beliau serta orang-orang yang mengikuti jejak mereka.

  Penelitian dan penulisan tesis ini dapat terlaksana dan selesai pada waktunya berkat kontribusi dari berbagai pihak, oleh karena itu dengan penuh ketulusan dan kerendahan hati Saya menyampaikan terimakasih tak terhingga, penghormatan dan penghargaan setingi-tingginya kepada seluruh pihak yang terlibat dalam hal ini.

  Terimakasih kepada Rektor Universitas Airlangga, Prof. Dr. Moh. Nasih, SE., MT., Ak, CMA beserta segenap jajarannya yang memberikan kesempatan untuk menempuh pendidikan. Terimaksih kepada Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga Prof. Dr. Soetojo, dr., Sp.U beserta segenap jajarannya. Terimakasih kepada Ketua Departemen Mikrobiologi Kedokteran Dr. Eko Budi Koendori dr., MS., Sp.MK beserta segenap jajarannya.

  Terimakasih kepada Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., SpMK(K) dan Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih, dr., M.S., Sp.MK(K) selaku pembimbing utama dan pembimbing kedua yang telah meluangkan waktu, memberikan perhatian, bimbingan dan nasehat dalam setiap konsultasi serta doa restunya selama penyelesaian tesis ini.

  Terimakasih kepada tim penguji Prof. Usman Hadi, dr., PhD., Sp.PD., K- PTI, Setio Harsono dr. MSi., SpMK(K), Dr. Eko Budi Koendori dr., MS., Sp.MK, serta Dr. Budi Utomo, dr., M.Kes. atas masukan dan ilmu bermanfaat yang Saya peroleh.

  Terimakasih kepada Koordinator Program Studi PPDS-1 Mikrobiologi Klinik Prof. Dr. Eddy Bagus Wasito, dr., M.S., Sp.MK(K), Sekretaris Program Studi PPDS-1 Mikrobiologi Klinik Lindawati Alimsardjono, dr., M.Kes, Sp.MK(K) serta seluruh Staf pengajar di Departemen Mikrobiologi. Terimakasih pula kepada seluruh staf administratif dan laboran di Departemen Mikrobilogi atas bantuan dan perhatian yang telah diberikan kepada Saya selama menempuh pendidikan.

  Terimakasih kepada Koordinator Program Studi Master Ilmu Kedokteran Klinik Fakultas Kedokteran Universitas arilangga. Terimakasih pula kepada seluruh staf administratif atas bantuan dan perhatian yang telah diberikan kepada Saya selama menempuh pendidikan.

  Terimakasih kepada Ayahnda tercinta dan Ibundaku tericinta, yang dengan penuh kesabaran telah membesarkanku, selalu mendoakan, memberi dukungan, motivasi, serta pelajaran tentang perjuangan hidup sehingga Saya dapat bertahan dalam saat-saat sulit dan melewatinya dengan baik. Ya Tuhanku, kasihilah mereka sebagaimana mereka telah mengasuh dan mengasihiku di waktu kecil, ampunilah dosa-dosa mereka, berilah rahmat kepadanya, dan tempatkanlah mereka di tempat yang mulia di sisiMu. .

  Terimakasih kepada keluargaku atas kesabaran, dukungan dan pengertiannya yang luar biasa, semoga Allah SWT meluaskan rezekinya, meninggikan kedudukannya, memudahkan segala urusannya, dan membukakan baginya semua pintu kebaikan. Anak-anakku terimakasih atas waktu yang tersita ini dan kemandirian yang membanggakan hati.

  Terimakasih dan segenap penghormatan kepada semua Ibu dan Bapak Guruku yang telah mengabdikan usianya menjadi orang tua kedua kami, karena tanpa ketulusan mereka Saya tidak akan menjadi seperti sekarang. Semoga Allah SWT menjadikan pengabdian guru-guru kami sebagai amal jariah dan amal ibadah yang pahalanya tidak pernah berhenti mengalir.

  Terimakasih kepada teman-teman seperjuanganku kakak dan adik kelas PPDS-1 Mikrobiologi Klinik atas bantuan dan dukungan yang telah diberikan.

  Teman-teman dari magister Ilmu Kedokteran Dasar yang melakukan penelitian bersama.

  Terimakasih tak terhingga kepada seluruh pasien yang telah bersedia ikut serta dalam penelitian ini. Semoga Allah Subhanahu wa Ta’ala memberikan balasan atas segala kebaikan Bapak Ibu sekalian.

  Terimakasih kepada semua pihak yang tidak dapat Saya cantumkan namanya satu-persatu atas kontribusi dalam pelaksanaan penelitian dan penulisan tesis ini. Semoga Allah SWT membalas semua budi baik Bapak/ Ibu/ Saudara sekalian dan selalu melimpahkan berkah dan rahmatNya kepada kita.

  Semoga tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua, dengan penuh kerendahan hati Saya memohon maaf atas segala kekurangan.

  RINGKASAN ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, SAAT MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO Firman Setiawan Staphylococcus aureus, patogen manusia penting adalah salah satu agen

  penyebab utama infeksi di dapat di rumah sakit. Meningkatnya angka kematian dan meningkatkan biaya kesehatan menjadi masalah global infeksi

  methicillin- resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sehingga perlu penanganan serius baik

  di masyarakat dan di rumah sakit (Aschbacher et al., 2012). PVL adalah exotoxin spesifik yang di hasilkan oleh bakteri

  Staphylococcus aureus. Toksin PVL

  menyebabkan infeksi kulit dan necrotizing pneumonia (Moroney et al., 2007). Studi epidemiologis menunjukkan bahwa gen PVL terutama ditemukan di MSSA (

Methicillin-Susceptible Staphylococcus aureus) dan CA-MRSA. Namun saat ini

  gen PVL yang dibawa oleh strain HA-MRSA juga telah ditemukan (Motamedi et al., 2015). Penyebaran gen penyandi PVL belum dapat di jelaskan secara pasti, namun teori bacteriophage saat ini paling popular (Zhang et al., 2011). Angka kejadian MRSA ditemukan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik RSUD Dr Soetomo pada tahun 2015 sebanyak 138 isolat. MRSA di Irna medis sebanyak 53 (38,4%) isolat dan di irna bedah sebanyak 55 (39.9%) isolat dan di irna lain sebanyak 30 (21,7%) isolat (Data epicenter Lab. Mikrobiologi klinik RSUD. Dr. Soetomo). Sebagai dasar dari upaya pencegahan maka perlu dilakukan penelitian tentang pola distribusi HA-MRSA pembawa gen penyandi Panton-Valentine leukocidin (PVL) pada isolat bakteri di RSUD Dr. Soetomo. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mempelajari pola sebaran HA-MRSA pembawa gen penyandi Panton-Valentine leukocidin (PVL) yang diisolasi dari pasien karier di RSUD Dr. Soetomo. Penelitian ini merupakan penelitian analitik korelasi observasional dengan desain penelitian

  cross sectional study. Populasi dalam penelitian ini adalah semua isolat

  MRSA dengan gen MecA positif yang diambil dari pasien karier di bangsal bedah dan bangsal interna. Hasil penelitian mendapatkan total subjek penelitian yang diteliti sebanyak 56 isolat. tipe SCCmec 100% adalah SCCmec tipe III. Jumlah isolat yang diperoleh dari pasien yang sama sebanyak 14 solat (7 pasang). pola resistensi antimikroba dari 7 pasang dari pasien yang sama terdapat 9 tipe stain dan tidak ada strain yang sama dalam satu pasien. sebaran 56 isolat HA-MRSA jumlah isolat HA-MRSA yang diperoleh di bangsal penyakit dalam sebanyak 25 (44,6%) isolat dan dari bangsal bedah sebanyak 31 (55.4%) isolat. Jumlah isolat HA-MRSA yang diperoleh pada saat masuk rumah sakit (MRS) sebanyak 25 (44,6%) isolat dan saat keluar rumah sakit (KRS) sebanyak 31 (55.4%) isolat. jumlah isolat HA- MRSA yang diperoleh usapan di hidung sebanyak 28 (50.0%) isolat dan usapan di tenggorok sebanyak 28 (50.0%) isolat. total isolat yang dilakukan pemeriksaan kandungan gen penyandi PVL sebanyak 56 isolat dengan hasil tidak terdapat gen penyandi PVL diperoleh 49 (87.5%) isolat dan yang mengandung gen penyandi PVL sebanyak 7 (12,5%) isolat. HA-MRSA yang mengandung Gen penyandi PVL sebanyak 7 (12,5%) isolat dengan sebaran 5 (8,9%) isolat didapatkan pada di bangsal bedah dan 2 (3,6%) isolat didapatkan bangsal penyakit dalam. Hasil uji statistik menggunakan analisis

Fisher Exact, didapatkan nilai p =0,310 (nilai p > α, dengan α =0,05)

  yang berarti tidak ada hubungan signifikan sebaran HA-MRSA yang mengandung gen penyandi PVL dengan jenis bangsal perawatan bedah atau penyakit dalam. Hasil analisis diperoleh nilai POR=0,452 yang berarti bahwa pasien yang dirawat di bangsal bedah beresiko terkolonisasi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL sebesar 0,452 kali dibandingkan dengan yang dirawat di bangsal medis. Nilai minimal IK 95% sebesar 0,080 yang berarti bahwa jenis bangsal perawatan konsisten sebagai faktor risiko kolonisasi HA- MRSA pembawa gen penyandi PVL. HA-MRSA yang mengandung Gen penyandi PVL sebanyak 7 (12,5%) isolat dengan sebaran 3 (5,4%) isolat didapatkan pada waktu pengambilan sampel saat MRS dan 4 (7,1%) isolat didapatkan pada waktu penambilan sampel saat KRS. Hasil uji statistik menggunakan analisis

  Fisher Exact, didapatkan nilai p =0,623 (nilai p > α,

  dengan α =0,05) berarti tidak ada hubungan yang signifikan sebaran HA-MRSA yang mengandung gen penyandi PVL dengan waktu pengambilan sampel. Hasil analisis diperoleh nilai POR=0,290 yang berarti bahwa pasien yang di ambil sampel saat MRS beresiko terkolonisasi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL sebesar 0,290 kali dibandingkan dengan pasien yang di ambil sampel saat KRS. Nilai minimal IK 95% sebesar 0,186 yang berarti bahwa waktu pengambilan sampel konsisten sebagai faktor risiko kolonisasi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL. Kesimpulannya adalah besar prevalensi HA-MRSA berpeluang membawa gen penyandi PVL sebesar 7/56 (12,5%) yang di isolasi dari peien karier di RSUD Dr Soetomo. Prevalensi pasien karier HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL yang di isolasi dari peien karier di RSUD Dr Soetomo sebesar 7/48 (14,58%). Tidak ada hubungan yang signifikan sebaran MRSA pembawa gen penyandi PVL yang di isolasi dari peien karier di RSUD Dr Soetomo terhadap ruang perawatan. Hal ini berarti bahwa HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL menyebar merata baik di bangsal penyakit dalam maupun bangsal bedah. Tidak ada hubungan yang signifikan sebaran MRSA pembawa gen penyandi PVL yang di isolasi dari peien karier di RSUD Dr Soetomo terhadap waktu pengambilan sampel. Hal ini berarti bahwa HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL menyebar merata baik saat MRS maupun KRS.

  SUMMARY ANALYSIS OF PVL GENE DISRIBUTION PATTERN OF METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus FROM PATIENT CARIAGE IN THE MEDICAL AND SURGICAL WARD, WHEN ADMISSION AND DISCHARGE, Dr. SOETOMO GENENAL HOSPITAL Firman Setiawan Staphylococcus aureus, an important human pathogen is one of the main causative agents of infections may be hospitalized. Increased mortality and increase healthcare costs become a global problem for the infection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) needs serious handling both in the community and in hospitals (Aschbacher et al., 2012). PVL is the specific exotoxin produced by the bacterium Staphylococcus aureus. PVL toxin causes skin infections and necrotizing pneumonia (Moroney et al., 2007). Epidemiological studies indicate that PVL genes mainly found in MSSA (methicillin-susceptible Staphylococcus aureus) and CA-MRSA. But this time, PVL gene carried by HA-MRSA strains have also been found (Motamedi et al., 2015). The spread of the gene encoding PVL can not be described exactly, but the theory is currently the most popular bacteriophage (Zhang et al., 2011). The incidence of MRSA was found in the Clinical Microbiology Laboratory Dr Soetomo Hospital in 2015 as many as 138 isolates. MRSA in medical Irna as many as 53 (38.4%) isolates and surgical IRNA as many as 55 (39.9%) isolates and in other IRNA as many as 30 (21.7%) isolates (Data epicenter Lab, Microbiology Clinic Hospital. Dr. Soetomo) , As the basis of prevention is necessary to do research on the distribution pattern of HA-MRSA carriers of the gene encoding Panton-Valentine leukocidin (PVL) in isolates of bacteria in hospitals Dr. Soetomo. The purpose of this research is to study the distribution pattern of HA-MRSA carriers of the gene encoding Panton-Valentine leukocidin (PVL) were isolated from patients career in Hospital Dr. Soetomo.

  This research was observational analytic correlation with cross sectional study design . The population in this study were all isolates of MRSA with mecA gene positive were taken from the patient and the surgical wards career in internal wards .

  The results of a study reported a total of research subjects studied by 56 isolates. SCCmec type 100% is SCCmec type III. The number of isolates obtained from the same patients as much as 14 solat (7 pairs). antimicrobial resistance patterns of 7 pairs from the same patients, there are 9 types of stain and no same strain in one patient. 56 distribution of HA-MRSA isolates the amount of HA- MRSA isolates obtained in the ward of disease in as many as 25 (44.6%) isolates

  and from the surgical ward as much as 31 (55.4%) isolates. Number of HA-MRSA isolates obtained at the time of hospital admission (MRS) by 25 (44.6%) isolates and at discharge (KRS) by 31 (55.4%) isolates. the number of HA-MRSA isolates obtained nasal swabs were 28 (50.0%) isolates and throat swabs in as many as 28 (50.0%) isolates. total isolates that do prenatal gene encoding PVL by 56 isolates with the result that there is a gene encoding PVL obtained 49 (87.5%) isolates and containing genes encoding PVL 7 (12.5%) isolates.

  HA-MRSA-containing genes encoding PVL 7 (12.5%) isolates with a distribution of 5 (8.9%) isolates were obtained on at the surgical ward and 2 (3.6%) isolates obtained in medical wards. Statistical test results analysis using the Fisher Exact, p value = 0.310 (p-value > α, with α = 0.05), which means there is no significant correlation distribution of HA-MRSA-containing genes encoding PVL with the type of surgical wards or medical wards. The results obtained by analysis of the value of POR = 0.452, which means that patients admitted to the surgical ward at risk colonized with HA-MRSA carriers of genes encoding PVL 0,452 times compared to those admitted to the medical ward. CI minimum value of 95% amounting to 0.080, which means that the type of care ward consistent risk factors for HA-MRSA colonization carrier of the gene encoding PVL. HA- MRSA-containing Genes encoding PVL 7 (12.5%) isolates with a distribution of 3 (5.4%) isolates were obtained at sampling time when the admission and 4 (7.1%) isolates were obtained at the time when the sampling time when the discharge, Statistical test results analysis using the Fisher Exact, p value = 0.623 (p-value > α, with α = 0.05) means there is no significant relationship distribution of HA- MRSA-containing genes encoding PVL with a sampling time. The results obtained by analysis of the value of POR = 0.290, which means that patients in grab samples currently at risk MRS colonized with HA-MRSA carriers of genes encoding PVL 0.290 times compared with patients who took the sample when KRS. CI minimum value of 95% amounting to 0.186, which means that the sampling time consistent risk factors for HA-MRSA colonization carrier of the gene encoding PVL.

  The conclusion is that the prevalence of HA - MRSA great chance of carrying the gene encoding PVL 7/56 (12.5%) were in isolation from Tien career at Dr Soetomo . The prevalence of patients career HA - MRSA carriers of the gene encoding PVL that in isolation from patient career at Dr Soetomo of 7/48 (14.58%). There was no significant correlation distribution of genes encoding PVL MRSA carriers are in isolation from patient at medical and surgical wards. This means that the HA - MRSA carriers of genes encoding PVL spread evenly in both the medical and surgical ward. There was no significant correlation distribution of genes encoding PVL MRSA carriers are in isolation from patient at Dr Soetomo wirh the time of sampling. This means that the HA - MRSA carriers of genes encoding PVL spread evenly when admission and discharge.

  ABSTRAK ANALISIS PERBEDAAN POLA DISTRIBUSI GEN PVL PADA METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLAT DARI PASIEN KARIER DI BANGSAL BEDAH DAN PENYAKIT DALAM, SAAT MASUK DAN KELUAR RSUD Dr. SOETOMO Firman Setiawan Latar belakang: Meningkatnya angka kematian dan meningkatkan biaya

  kesehatan menjadi masalah global infeksi

  methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sehingga perlu penanganan serius baik di masyarakat dan di

  rumah sakit. Risiko prevalensi strain HA-MRSA pembawa PVL - positif adalah masalah serius yang dapat mengakibatkan munculnya multidrug - resistant HA - MRSA isolat dengan peningkatan virulensi.

  Tujuan: mempelajari pola sebaran HA-MRSA pembawa gen penyandi Panton- Valentine leukocidin (PVL) yang diisolasi dari pasien karier di RSUD Dr.

  Soetomo.

  

Metode: penelitian analitik korelasi observasional dengan desain penelitian

cross sectional study. Populasi dalam penelitian ini adalah semua isolat MRSA dengan

  gen MecA positif yang diambil dari pasien karier di bangsal bedah dan bangsal interna.

  Hasil: HA-MRSA yang mengandung Gen penyandi PVL sebanyak 7 (12,5%)

  isolat. Bangsal bedah didapatkan 5 (8,9%) dan di bangsal penyakit dalam 2 (3,6%) isolat. Hasil uji statistik

  (Fisher Exact test), didapatkan nilai p =0,310, nilai

  POR=0,452; nilai minimal IK 95% sebesar 0,080. Pada saat MRS didapatkan 3 (5,4%) isolat didapatkan dan pada saat KRS 4 (7,1%) isolate. Hasil uji statistik

  (Fisher Exact test), didapatkan nilai p =0,623 nilai POR=0,290 Nilai minimal IK 95% sebesar 0,186.

  Kesimpulan: HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL menyebar merata di

  bangsal penyakit dalam maupun bangsal bedah. HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL menyebar merata pada saat MRS maupun KRS. Kata kunci: MRSA, gen penyandi PVL, RSUD Dr. Soetomo.

  ABSTRACT ANALYSIS OF PVL GENE DISRIBUTION PATTERN OF METHICILLIN RESISTANT Staphylococcus aureus FROM PATIENT CARIAGE IN THE MEDICAL AND SURGICAL WARD, WHEN ADMISSION AND DISCHARGE, Dr. SOETOMO GENENAL HOSPITAL Firman Setiawan Background: Increased mortality and increase healthcare costs become a global problem for the infection of methicillin - resistant Staphylococcus aureus (MRSA) that need serious attention both in the community and in hospitals. Risk prevalence of HA - MRSA strains carrying PVL-positive is a serious problem that could lead to the emergence of multidrug - resistant HA - MRSA isolates with increased virulence.

  Objective: study the distribution pattern of HA - MRSA carriers of the gene encoding Panton-Valentine leukocidin (PVL) were isolated from patients career in Dr. Soetomo Hospital.

  Methods: The study was observational analytic correlation with cross sectional study design. The population in this study were all isolates of MRSA with mecA gene positive were taken from the patient career in the surgical wards and in medical wards.

  Results: we found that HA-MRSA-containing Genes encoding PVL 7 (12.5 %) isolates. Surgical ward obtained 5 (8.9 %) and in the medical ward is 2 (3.6 %) isolates. The results of statistical tests (Fisher Exact test), p value = 0.310, the value of POR = 0.452; CI 95 % minimum value 95 % of 0.080. At the time of admission obtained 3 (5.4%) isolates were obtained and when discharge is 4 (7.1%) isolates. The results of statistical tests (Fisher Exact test), p value = 0.623 POR value = 0.290 CI 95 % minimum value of 0.186.

  Conclusion: HA - MRSA carriers of the gene encoding PVL spread evenly in the medical ward and surgical ward. HA - MRSA carriers of genes encoding PVL spread evenly when admission and discharge.

  Keywords: MRSA, PVL gene, Dr. Soetomo Hospital.

  DAFTAR ISI Halaman

  SAMPUL DEPAN .......................................................................................... i SAMPUL DALAM ......................................................................................... ii HALAMAN PRASYARAT............................................................................. iii LEMBAR PENGESAHAN ............................................................................ iv PENETAPAN PANITIA PENGUJI TESIS..................................................... v UCAPAN TERIMA KASIH ........................................................................... vi RINGKASAN ................................................................................................. x

  SUMMARY ...................................................................................................... xii

  ABSTRAK ...................................................................................................... xiv

ABSTRACT ...................................................................................................... xv

  1 1.1 Latar Belakang .......................................................................................

  2.2 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) ............................

  20

  18 2.3.3 Virulensi terkait SCCmec ............................................................

  2.3.2 Tipe SCC mec pada MRSA ...........................................................

  17

  2.3.1 Karakteristik umum SCC mec ......................................................

  16

  2.3 Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) ..........................

  14

  13 2.2.4 Pencegahan dan pengendalian MRSA.........................................

  12 2.2.3 Epidemiologi MRSA ...................................................................

  9 2.2.2 Resistensi MRSA terhadap antimikroba ...................................

  9 2.2.1 Gambaran umum MRSA .............................................................

  8

  1 1.2 Rumusan Masalah ..................................................................................

  2.1.2 Kolonisasi S. aureus ....................................................................

  7

  DAFTAR ISI ................................................................................................... xvi DAFTAR TABEL ........................................................................................... xix DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... xx DAFTAR ISTILAH DAN SINGKATAN ...................................................... xxi DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................... xxii

BAB 1. PENDAHULUAN ...............................................................................

  7

  2.1 Bakteri Staphylococcus aureus ................................................................

  7

  6 BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA ......................................................................

  6 1.4.2 Manfaat praktis .............................................................................

  6 1.4.1 Manfaat teoritis .............................................................................

  6 1.4 Manfaat Penelitian ...................................................................................

  5 1.3.2 Tujuan khusus ...............................................................................

  5 1.3.1 Tujuan umum ................................................................................

  5 1.3 Tujuan Penelitian ....................................................................................

  2.1.1 Sifat umum bakteri Staphylococcus aureus ................................

  2.4 Toksin Panton-Valentine Leukocidin (PVL) ...........................................

  22 2.5 Fag Pembawa PVL ...................................................................................

  25 BAB 3. KERANGKA KONSEP DAN HIPOTESIS .....................................

  26 3.1 Kerangka Konsep .....................................................................................

  26 3.2 Penjabaran Kerangka Konsep ..................................................................

  27 3.3 Hipotesis Penelitian .................................................................................

  28 BAB 4. METODE PENELITIAN ...................................................................

  29 4.1 Jenis dan Rancangan Penelitian ..............................................................

  29 Jenis penelitian ........................................................................................

  29 Rancangan penelitian ..............................................................................

  29 4.2 Populasi, Sampel, Besar dan Teknik Pengambilan Sampel ....................

  30 4.2.1 Populasi sampel .............................................................................

  30 4.2.2 Besar sampel .................................................................................

  30 4.2.3 Kriteria penerimaan sampel............................................................

  30 4.3.4 Tehnik pengambilan sampel ...........................................................

  30 4.3 Variabel Penelitian Dan Definisi Operasional .........................................

  31 4.3.1. Variabel penelitian .......................................................................

  31 4.3.2. Definisi operasional .......................................................................

  31 4.4 Bahan Penelitian ......................................................................................

  32 4.5 Instrumen Penelitian ................................................................................

  32 4.6 Prosedur Pengumpulan Data ...................................................................

  32 4.7 Kerangka Operasional Penelitian .............................................................

  34 4.8 Lokasi dan Waktu Penelitian ...................................................................

  34 4.8.1 Lokasi penelitian ...........................................................................

  34 4.8.2 Waktu penelitian ...........................................................................

  35 4.8 Cara Pengolahan dan Analisis Data .........................................................

  35 ...............................

  37 BAB 5. HASIL PENELITIAN DAN ANALISIS DATA 5.1. Profil RSUD Dr Soetomo ........................................................................

  37 5.2. Hasil Penelitian ......................................................................................

  38 5.2.1. Analisis distribusi frekuensi ........................................................

  39 5.2.2. Hasil pengukuran .........................................................................

  41 5.3. Analisis Bivariat .....................................................................................

  42 BAB 6. PEMBAHASAN ..................................................................................

  44 6.1. Tipe SCCmec pada HA-MRSA di RSUD Dr Soetomo ..........................

  44 6.2. Prevalensi HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL ............................

  44

  6.3. Hubungan sebaran MRSA pembawa gen PVL terhadap jenis bangsal perawatan ...............................................................................................

  45

  6.4. Hubungan sebaran MRSA pembawa gen PVL terhadap waktu pengambilan sampel ................................................................................

  46 BAB 7. KESIMPULAN DAN SARAN ............................................................

  47 7.1. Kesimpulan .............................................................................................

  47 7.2. Saran .......................................................................................................

  48 DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................

  49 LAMPIRAN .......................................................................................................

  55

  DAFTAR TABEL Tabel 4.1 : Jadwal Penelitian ............................................................................

  35 Tabel 5.1 : Distribusi frekuensi isolat HA-MRSA di RSUD Dr. Soetomo berdasarkan bangsal perawatan . ...................................................

  39 Tabel 5.2 : Distribusi frekuensi Isolat HA-MRSA di RSUD Dr. Soetomo berdasarkan waktu pengambilan sampel .......................................

  40 Tabel 5.3 : Distribusi frekuensi Isolat HA-MRSA di RSUD Dr. Soetomo berdasarkan asal isolate ................................................................

  40 Tabel 5.4 : Distribusi frekuensi kandungan gen penyandi PVL pada Isolat HA-MRSA di RSUD Dr. Soetomo ...............................................

  40 Tabel 5.5 : Sebaran HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL berdasar bangsal perawatan di RSUD Dr. Soetomo ....................................

  41 Tabel 5.6 : Sebaran HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL berdasarkan waktu pengambilan sampel di RSUD Dr. Soetomo .....................

  41 Tabel. 5.7 : Analisis

  Mann-Whitney sebaran MRSA pembawa gen PVL antara bangsal bedah dengan bangsal penyakit dalam ..................

  42 Tabel. 5.8 : Analisis

  Mann-Whitney MRSA pembawa gen PVL antara saat MRS dengan saat KRS .................................................................

  43

  DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 : Skema integrasi dan akuisisi SCC

  mec ................................... 17

Gambar 2.2 : Virulensi terkait SCCmec ...................................................... 21Gambar 2.3 : Skema Gen Luks-PV dan lukF-PV ........................................ 24Gambar 3.1 : Kerangka konsep .................................................................... 26Gambar 4.1 : Skema rancangan penelitian ................................................... 29Gambar 4.2 : Kerangka operasional penelitian ............................................ 34Gambar 5.1 : Pola resistensi antimikroba bakteri HA-MRSA pembawa gen penyandi PVL yang berpasangan di RSUD Dr Soetomo. ..... 39

  CA-MRSA : Community Associated

  PFGE : pulsed – field gel electrophoresis PVL : Panton Valentine

  Unair : Universitas Airlangga WHO :

  Tris Boreate EDTA

  TBE :

  Tris acetat EDTA

  TAE :

  Saboraud Dextrose Agar

  SDA :

  Staphylococcal Cassette Chromosome mec

  RSUD : Rumah Sakit Umum Daerah SCCmec :

  : Ribonucleic acid

  RNA

  

Leukocidin

  open reading frames

  Methicillin Resistant Staphylococcus aureus

  ORFs :

  

Methicillin-Susceptible Staphylococcus aureus

  MSSA :

  multy locus sequence typing

  MSLT :

  Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus

  IRNA : Instalasi Rawat Inap MRSA :

  Healthcare Associated Methicillin Resistant Staphylococcus aureus

  HA-MRSA :

  Ethidium Bromide

  EtBr :

  Center for Disease Control and Prevention

  CDC :

  World Health Organization