Ekstraksi dan Amplifikasi DNA

DNA BARCODING IKAN HIAS INTRODUKSI

M elta Rini Fahmi, Ruby Vidia Kusumah, Idil Ardi, Shofihar Sinansari, dan Eni Kusrini

Balai Riset Bud idaya Ikan Hias (Naskah dit erima: 1 M ar et 2017; Revisi final: 20 M aret 2017; Diset uj ui publikasi: 3 April 2017)

ABSTRAK

Identifikasi spesies menjadi tantangan dalam pengelolaan ikan hias introduksi baik untuk tujuan budidaya maupun konservasi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi molekuler ikan hias introduksi yang beredar di pembudidaya dan pasar ikan hias Indonesia dengan menggunakan barcode DNA gen COI. Sampel ikan diperoleh dari pembudidaya dan importir ikan hias di kawasan Bandung dan Jakarta. Total DNA d iekstraksi dari jaringan sirip e kor de ngan me nggunakan me tod e ko lom . Amplifikasi ge n t arget dilakukan dengan menggunakan primer FishF1, FishF2, FishR1, dan FishR2. Hasil pembacaan untai DNA disejajarkan dengan sekuen yang terdapat pada genbank melalui program BLAST. Identifikasi dilakukan melalui kekerabatan pohon filogenetik dan presentasi indeks kesamaan dengan sekuen genbank. Hasil identifikasi menunjukkan sampel yang diuji terbagi menjadi lima grup, yaitu: Synodont is terdiri atas lima spesies, Corydoras : empat spesies, Phseudoplat yst oma : tiga spesies, Bot ia : tiga spesies, dan Leporinus : tiga spesies dengan nilai boostrap 99-100. Indeks kesamaan sekuen menunjukkan sebanyak 11 spesies memiliki indeks kesamaan 99%-100% dengan data genbank yaitu Synodont is decorus , Synodont is eupt erus , Synodont is greshoffi , Bot ia kubot ai , Bot ia lohachat a , Rasbora eryt hromicron , Corydoras aeneus , Gyrinocheilus aymonieri , Eigenmannia virescens , Leporinus affinis , Phract ocephalus hemioliopt erus . Dua spesies teridentifikasi sebagai hasil hibridisasi (kawin silang) yaitu Leopard catfish (100% identik dengan Pseudoplat yst oma faciat um ) dan Synodontis leopard (100% identik dengan Synodont is not at us ). Hasil analisis nukleotida penciri diperoleh tujuh nukleotida untuk Synodont is decora , 10 nukleotida untuk Synodont is t anganyicae , 13 nukleotida untuk Synodont is eut erus ,

empat nukleotida untuk Synodont is not at us , dan 14 untuk Synodont is grashoffi . Kejelasan identifikasi spesies

ikan men jadi kunci utama dalam bud idaya, perdagan gan, manajemen, konse rvasi, dan pengemban gan ilmu pengetahuan.

KATA KUNCI:

ikan introduksi; DNA barcoding ; BLAST; invasive alien species (IAS)

ABSTRACT: DNA barcoding of exotic ornamental fish. By: M elta Rini Fahmi, Ruby Vidia Kusumah, Shofihar Sinansari, and Eni Kusrini

Species ident ificat ion becomes a new challenge in t he management of ornament al fish eit her for cult ivat ion, or for conservat ion proposes. The object ive of t his st udy was t o ident ify current ly exist ing int roduced ornament al fish in Indonesian farmers and market s using DNA barcodes COI gene. Fish samples were collect ed from farmers and import ers of ornament al fish in Bandung and Jakart a. Tot al genome was ext ract ed from caudal fin t issue using t he column met hod. Amplificat ion of t he t arget gene was done by using FishF1, FishF2, FishR1, and FishR2 primers. DNA sequence was aligned wit h t he sequences from genbank by BLAST program. Species ident ificat ion was decided t hrough t he phylogenet ic t ree and similarit y index wit h genbank sequences. The result s showed t hat all of t est ed samples fall int o five groups; Synodontis consist ed of five species, Corydoras four species, Phseudoplatystoma four species, Botia t hree species, and Leporinus t hree species wit h 99-100 boost rap value. Sequence similarit y index showed around 11 species have 99%-100% similarit y index wit h sequence dat a on genbank which are Synodontis decorus, Synodontis eupterus, Synodontis greshoffi , Botia kubotai, Botia lohachata, Rasbora erythromicron, Corydoras aeneus, Gyrinocheilus aymonieri , Eigenmannia virescens, Leporinus affinis, Phractocephalus hemioliopterus. Two species were ident ified as hybridizat ion product (int erbreeding) including leopard cat fish (100% ident ical wit h Pseudoplatystoma faciatum)

Ko r e sp o nd en si: Balai Rise t Bu d id aya Ikan Hias. Jl. Per ikan an No . 1 3 , Pan co ran Mas, De p o k, Jawa Bar at 1 6 4 36 , In d o n e s ia. Te l. + (0 2 1 ) 7 5 2 0 4 8 2 E-m ail:

mel t ar i ni .fahmi @ kk p.go.i d

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

DNA Barcoding ikan hias int roduksi (M elt a Rini Fahmi)

and t he leopard Synodont is (100% ident ical wit h Synodontis notatus). Analysis of nucleot ide diagnost ic showed Synodontis decora has seven nucleot ides diagnost ic, Synodontis tanganyicae 10 nucleot ides, Synodontis euterus 13 nucleot ides, Synodontis notatus four nucleot ides, and Synodontis grashoffi 14 nucleot ides. The correct ident ificat ion of fish species is a useful t ool for aquacult ure, global market ing, management or conservat ion, and academic/scient ific purpose.

KEYW ORDS: introduction fish; DNA barcoding; BLAST; invasive alien species (IAS)

PENDAHULUAN

perdagangan ikan hias belum mampu membedakan asal Indust ri ikan hias merupakan sekt o r usaha yang

usul ikan yang diperdagangkan apakah berasal dari hasil t angkapan alam at au hasil budidaya, t ingginya angka

melakukan perdagangan dan t ranspo rt asi ikan hidup inbreeding yang memengaruhi kualit as ikan, t ingginya ant arnegara di seluruh dun ia, sehingga ind ust ri ini

diduga sebagai pint u penyebaran berbagai jenis ikan angka hibridisasi sehingga spesies asli semakin sulit dit emukan, no menklat ur ikan yang diperdagangkan

dari suat u negara ke negara lain. Ikan yang masuk ke suatu wilayah yang bukan habitat aslinya sebagai akibat

umumnya masih mengacu pada nama dagang ( common name ), s e h in gg a ke lo m p o k -k e lo m p o k ik an yan g

d ari akt ivit as man usia dike n al d e ngan ist ilah ikan

karakter cenderung in t r o d u ksi at au b e b e rap a ist ilah yan g d igu n akan

m e m ilik i

kesamaan

sepert i int roduced, alien , exot ic , non-indigenous , atau non-

d ik la s ifik a s ik a n s e b a g a i h e w a n s a t u je n is d a n nat ive species

t ant angan t erakhir yait u lalu lint as perdagangan ikan (Kumar, 2000). Tidak t erkecuali di Indo -

nesia, pro duksi ikan hias nasio nal juga dipero leh dari hias int ro duksi yang berdampak pada feno mena invasif ( alien species ).

budidaya ikan int ro duksi selain ikan-ikan asli perairan Indo nesia ( endogenous species ) yang diperoleh dari hasil

Organisasi ikan hias dunia, Ornament al Fish Int er- tangkapan di alam. Bahkan pro duksi budidaya ikan hias

nat ional (OFI) merilis sebanyak 5.325 spesies ikan hias nasio n al dido min asi o le h ikan-ikan hias int ro duksi

t elah diperdagangkan di dunia. Umumnya ikan hias t ersebut . Int ro duksi dan penyebaran ikan-ikan alien

t e rs e b u t d ik o le ks i o le h p e n gh o b i d ari a lam d an species ke dalam suat u wilayah dianggap menjadi salah

selanjut nya diperdagangkan sebagai ikan hias dengan satu penyebab ut ama ancaman keragaman ikan di alam

menggunakan nama dagang ( common name ). Ko ndisi (Lee, 200 2; Semm ens et al ., 20 04; Dudgeo n et al .,

ini t erjadi karena pemberian nama ilmiah suatu spesies

20 06 ) t e ru t ama ikan-ikan yang m en diam i pe rairan membut uhkan wakt u yang cukup lama, sert a lembaga t awar sepert i eko sist em danau (Cano nico et al ., 2005).

d a n p e r s o n a l ya n g m e m ilik i k o m p e t e n s i u n t u k Lalu lint as perdagangan ikan hias dianggap menjadi

m e la k u k a n id e n t ifik a s i t a k s o n o m i ik a n s a n g a t salah satu pintu masuknya ikan exot ic t ersebut ke suatu

t erbat as. Sit uasi t ersebut yang melat arbelakangi OFI perairan at au wilayah. Negara Aust ralia menyat akan

mempublikasi st andar nama dagang ( common names ) s e la m a 2 0 -3 0 t a h u n t e r a k h ir s e ir in g d e n g a n

ikan hias di seluruh dunia (Hensen et al ., 2010). meningkat nya perdagangan ikan hias maka kehadiran

Kejelasan ident ifikasi spesies merupakan masalah ikan int ro duksi juga mengalami peningkat an. Dari 40 ut ama dalam pengelo laan sumber daya ikan, baik ikan spesies ikan int ro duksi yang dit emukan di perairan

int ro duksi maupun endemik. Frankham et al . (2002) Aut ralia 30 spesies di ant aranya merupakan ikan yang menyebut kan kejelasan t akso no mi dan adapt asi ikan m a s u k m e la lu i p in t u p e r d a g a n g a n ik a n h ia s me rupakan t ah ap awal ko n ser vasi bio lo gi. Dengan (Lint ermans, 2004; Ko ehn & Mackenzie, 2004). dit emukannya t eknik perbanyakan unt ai DNA melalui

Se lain p e n garu h d an an cam an ikan in t ro d u ksi PCR ( Polymerase Chain React ion ), maka ilmu bio lo gi t e r h a d a p k e r a g a m a n s u m b e r d a ya h a ya t i

m e n g a la m i e vo lu s i m e n ja d i b io lo g i m o le k u le r, (bio diversit as), keberadaan ikan int ro duksi ini juga

t ermasuk unt uk ident ifikasi spesies. Taylo r & Harrist me mbe rikan nilai e ko n o mis yan g cukup signifikan

(2012) menyebut kan bahwa ident ifikasi t akso no mi, dalam meningkat kan pendapat an pembudidaya ikan

se rt a pe n e n t u an bat asan spe sies d apat d ilakukan hias di Indo nesia. Sekit ar 80% pro duksi budidaya ikan

melalui barcoding gen t unggal at au lo kus DNA. Lebih hias nasional berasal dari budidaya ikan hias int ro duksi

lanjut Hebert et al . (2003) menjelaskan bahwa gen cy- (Satyani & Subamia, 2014). Oleh karenanya pengat uran,

t ochrome oxydase (COI) dapat berfungsi sebagai barcode pered aran, dan pengelo laan sumber daya ikan hias

genet ik unt uk semua makhluk hidup. Peran barcode in t ro d u ksi in i se rin g m e n jad i b ag ian d isku s i d an

DNA sebagai alat ( t ool ) ident ifikasi t elah memberikan p e r d e b a t a n a n t a r a p e m b u d id a ya ik a n m a u p u n

ko nt ribusi banyak pada ident ifikasi ikan karena dapat pemerhat i lingkungan ( ecologist ). Dhar & Gho sh (2015)

diaplikasikan pada semua st adia makhluk hidup dari menjelaskan beberapa kendala dan t ant angan dalam

t elur hingga dewasa (Rasmussen et al ., 2009). pengelo laan sumber daya ikan hias di ant aranya sistem

Co p yright @ 2 017 , Jurnal Riset Akuakultu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (1), 2017, 29-40

Penggunaan barcode DNA dalam ident ifikasi ikan dan FishR2: 5’-AC-TCA-GGG-TGA-CCG-AAG-AAT-CAG-

h ias in t ro d uksi t elah d ilakukan p ert am a kali o le h AA-3’ unt uk reverse dengan t arget pro duk PCR masing- Co llin s et al . (2 0 1 2 ), yait u t e rh ad ap 1 7 2 sp e s ie s

masing sepanjang 707 pb dan 650 bp (Ward et al ., Cyprinid. Ikan hias yang berasal dari famili Cyprinid

2005). Ko ndisi PCR yang digunakan adalah pr a-PCR umumnya adalah jenis-jenis ikan hias yang digemari

(94°C selama lima menit ), denat urasi (94°C selama 30 o leh masyarakat dan beredar sangat luas di pasar ikan

det ik), annealing at au penempelan (52°C selama 30 hias int ernasio nal, sepert i jenis danio , rasbo ra, barb,

det ik), ekst ensi at au pemanjangan (72°C selama 30 puntius, dan lain-lain. Sebagian ikan-ikan tersebut sulit

detik) dan post -PCR (72°C selama lima menit ) sebanyak

35 siklus. Runut an nukleo t ida hasil PCR selanjut nya mo rfo lo gi karena feno mena crypt ic spesies , sehingga

d iid e n t ifik a s i d e n g a n m e n g g u n a k a n k a r a k t e r

dibaca dengan menggunakan Applied Biosyst ems melalui ident ifikasi ikan t ersebut sulit dilakukan (Co llins et

M acrogen Korea .

al ., 2012). Di Indo nesia beberapa ikan hias int ro duksi t elah banyak dikembangkan sepert i jenis Syno do nt is,

Analisis Dat a

Cor ydoras, Tiger Catfish, dan lain-lain bahkan sebagian Hasil ru n u t an n u kle o t id a ge n COI d ise su aikan

d i a n t a r a n ya d it e m u k a n d e n g a n st a t u s h ib r id a . dengan dat abase at au library yang t ersimpan dalam Penelit ian ini bert ujuan unt uk melakukan ident ifikasi

genbank yait u Nat ional Cent re for Biot echnology Infor- m o le ku le r ik a n h ia s in t r o d u k si ya n g b e r e d a r d i

mat ion (NCBI) (h t t p ://www.n cb i.n lm .n ih .g o v/b la st ) pembudidaya dan pasar ikan hias Indo nesia dengan

m e la lu i p ro g r a m BLAST, u n t u k m e n d a p a t ka n m e n g gu n ak a n bar code DNA ge n COI. Da t a yan g

persent ase kesamaan dengan dat a base . Sisi ho mo lo g

d ip e ro le h sangat b e rgu na dalam p en ge lo laan dan runu t an nukleo t ida gen COI DNA mit o ko ndria dari manajemen ikan int ro duksi di perairan Indo nesia.

spesies yang dipero leh dan hasil penelusuran melalui p ro gran BLAST se lan ju t n ya d is e jaja rkan ( mult iple

BAHAN DAN M ETODE

alligment ) dengan menggunakan Clust alW . Identifikasi

Koleksi Sam pel

s p e s im e n d ila k u k a n m e la lu i k o n s t r u k s i p o h o n kekerabat an dan persent ase indeks kesamaan. Analisis

Sampel ikan yang digunakan pada penelit ian ini penanda genet ik, keragaman genet ik, jarak genet ik dipero leh dari pembudidaya dan impo rt ir ikan hias di

d a r i r u n u t a n n u k le o t id a g e n p a r s ia l CO I DNA k a w a s a n Ba n d u n g d a n Ja k a r t a d e n g a n k r it e r ia

mit o ko ndria dilakukan mengunakan pro gram MEGA pembenihan ikan dilakukan secara kawin sunt ik ( in-

versi 5 (Tamura et al ., 2011).

duced breeding ). Sampel ikan dibawa ke Balai Penelit ian

d a n Pe n ge m b an gan Bu d id aya Ikan Hias (BPPBIH)

HASIL DAN BAHASAN

De p o k, se lan ju t n ya d ila k u k a n d o k u m e n t a si d a n pengambilan sampel DNA. Sampel DNA diambil dari

Koleksi

sirip anal dan disim pan dalam alko ho l 96 % h ingga Hasil su r vai d an ko le ksi sam p e l m e n u n ju kkan kegiatan mo lekuler dilakukan. Ident ifikasi ikan dengan

b ah w a ik a n h ias in t r o d u k s i s a at in i m e r u p ak a n me nggu nakan karakt er m o rfo lo gi dilaku kan sesu ai

ko mo dit as yan g banyak dan u mu m dibud id ayakan dengan kunci ident ifikasi Nelso n (2006) dan publikasi

se p e rt i ke lo m p o k Ch ara cifo rm e s, Cyp rin ifo rm e s, ilmiah t erkait , sedangkan informasi asal ikan dipero leh

Silurifo rmes, dan Percifo rmes (Tabel 1). Kurang lebih dari sit us www.fishbase .o rg.

500 spesies ikan int ro duksi t elah dikembangkan dan beredar di wilayah Indo nesia (data eksportir unpublish ).

Ekstraksi dan Amplifikasi DNA

Namun pada penelit ian ini sampel yang diambil lebih Iso las i DNA d ila ku k an d e n ga n m e n g g u n a ka n

difo kuskan pada beberapa kriteria di ant aranya adalah met o de spin-column mengacu pada pro sedur kerja Kit

ik an -ika n ya n g p e m ija h a n n ya d ila ku k a n d e n g a n gSYNC DNA Ext rasion yang dikeluarkan o leh perusahaan

menggunakan met o de kawin sunt ik. Geneaid . DNA hasil ekst raksi dim igrasikan pada gel

Da r i Ta b e l 1 t e r lih a t ik a n d a r i k e lo m p o k agaro se 1,2% dalam larut an 1× TAE dengan pewarna

Ch a r a cifo r m e s , Silu r ifo r m e s , d a n Pe r c ifo r m e s DNA berupa cyber safe (t uliskan pro dusennya). DNA umu mnya berasal dari Ame rika Selat an dan Afrika, t o t al divisualisasi dengan bant uan blue light t ransillu- sedangkan jenis Cyprinifo rmes berasal dari perairan minat or  ( = 2 5 0 n m ). DNA t o t a l h a sil p u rifika si Sungai Meko ng dan India. Mengacu pada dat a yang

d ig u n a k a n s e b a g a i DNA c e t a k a n u n t u k p r o s e s

d irilis o le h Global Invasive Species Dat abase (ht t p :// amplifikasi dengan teknik PCR . Primer yang digunakan

www.iu cn gisd.o rg/gisd /) se b an yak 2 1 sp e sie s d ari adalah FishF1: 5’-TCA-ACC-AAC-CAC- AAA- GAC- ATT k e lo m p o k Pe r c ifo r m e s , s e m b ila n s p e s ie s d a r i GGC- AC-3’ d an FishF2: 5 ’-TCG-ACT-AAT-CAT-AAA- kelo mpo k Silurifo rmes, dan 12 spesies dari kelompo k GAT-ATC-GGC-AC-3 ’ u nt uk forw ard , dan FishR1: 5’- Cyprinifo rmes t erdat a sebagai spesies yang memiliki TAG- ACT- TCT- GGG- TGG- CCA- AAG AAT- CA-3 ’

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

DNA Barcoding ikan hias int roduksi (M elt a Rini Fahmi)

Tabel 1. Daft ar ikan ko leksi yang digunakan pada penelit ian ini Table 1. List of fish collect ion used in t his st udy

Negara asal Order

Ordo

Famili

Nama ilmiah

Nama dagang

Family

Scientific name

Common name

Origin

Characiforme s Anostomidae

Abramit es

Marble d he adst ande r

Sungai Amazon,

hypselonot us

Ame rika Se lat an Amazon Ri ver, Sout h Ameri ca

Characiforme s Anostomidae

Leporinus affinis

Black-bande d le porinus

Sungai Amazon, Ame rika Se lat an Amazon Ri ver, Sout h Ameri ca

Characiforme s Anostomidae

Leporinus st riat us

Striped le porinus

Sungai Amazon, Ame rika Se lat an Amazon Ri ver, Sout h Ameri ca

Characiforme s Characidae

Parachei rodon

Cardinal te t ra

Sungai Ne gro,

Ame rika Se lat an Negro River, Sout h Ameri ca Cypriniforme s

axelrodi

Cobitidae

Ambast aia

Dwarf bot ia

Sungai Me kong

Mekong Ri ver Cypriniforme s

sidt himunki

Myanmar Cypriniforme s

Cobitidae

Bot ia kubot ai

Polka-dot loach

Myanmar Cypriniforme s

Cobitidae

Botia lohachata

Re ticulate loach

India, Myanmar Cypriniforme s

Cyprinidae

Dani o margarit at us

Galaxy rasbora

Myanmar Cypriniforme s

Cyprinidae

Danio erythromicron

Eme rald Dwarf Rasbora

Cyprinidae

Gyrinochei lus

Siamese algae -e ate r

Sungai Me kong

Mekong Ri ver Gymnot iforme s

aymonieri

Ste rnopygidae

Eigenmanni a vi rescens

Glass knife fish

Ame rika Se lat an Sout h Ameri ca

Pe rciforme s Cichlidae

Afrika ( Africa ) Pe rciforme s

Cyphot il apia front osa

Humphe ad Cichlid

Cichlidae

Pterophyllum altum

Alt um ange lfish

Sungai Amazon, Ame rika Se lat an Amazon Ri ver, Sout h Ameri ca

Pe rciforme s Cichlidae

Tropheus moorii

Blunthead cichlid

Afrika, e nde mik Danau Tanganyika

Africa, Lake Tanganyika endem ic

Siluriforme s Mochokidae

Cross breedi ng Siluriforme s

Synodont is l eopard

Mochokidae

Synodont is grashoffi

Danau Tanganyika, Afrika Lake Tanganyika, Africa

Siluriforme s Pimelodidae

P. fasci at um x

Leopard

Sungai Amazon,

P. hemioliopt erus

Ame rika Se lat an Amazon Ri ver, Sout h Ameri ca

Siluriforme s Pimelodidae

Phract ocephal us

Re dt ail catfish

Sungai Amazon,

hemi ol iopt erus

Ame rika Se lat an Amazon Ri ver, Sout h Ameri ca

32 Co p yright @ 2 017 , Jurnal Riset Akuakultu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (1), 2017, 29-40

Tabel 1. Lanjut an Table 1.

Cont inued

Ordo Fam ili

Negara asal Order

Nama ilmiah

Nama dagang

Family

Scient ific name

Common name

Origin

Siluriforme s Pimelodidae

Pseudoplat yst oma

Barre d sorubim

Sungai Amaz on,

fasci at um

Amerika Selat an Amazon Ri ver, Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae

Corydoras mat ae

Masked corydoras

Amerika Selat an Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae

Corydoras rabaut i

Rust corydoras

Amerika Selat an Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae

Corydoras simulat us

Olga cory

Amerika Selat an Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae

Corydoras sp.

Amerika Selat an Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae

Corydoras weit zmani

Twosaddle corydoras

Amerika Selat an Sout h Ameri ca

Siluriformes Mochokidae

Synodont is pet ricol a

Pygme le opard catfish

Danau Tanganyika, Afrika Lake Tanganyika, Africa

Siluriformes Mochokidae

Synodont is eut erus

Fe athe rfin synodontis

Danau Tanganyika, Afrika Lake Tanganyika, Africa

po t ensi sebagai invasive alien species . Namun dari 26

d e ngan ad an ya p it a ( band ) gen o m d i at as m arke r s p e s ie s ya n g m e w a k ili o r d o Pe r c ifo r m e s ,

dengan nilai absorbance berkisar ant ara 1.046 hingga Silurifo rme s, dan Cyprinifo rme s h asil ko leksi pada

2.450, dan ko nsent rasi DNA berkisar ant ara 148-315 penelit ian ini, t idak ada dilapo rkan sebagai spesies

ng/µL.

yang bersifat menginfasi lingkungan at au invasive alien Hasil pembacaan dan p enco co kan runut an DNA species . barcoding dengan dat abase genbank NCBI disajikan

Da ri 5 .3 2 5 s p e s ie s ik a n h ia s air t aw a r t e la h p a d a La m p ir a n 1 . Ha s il p e n co c o k a n t e r s e b u t diperdagangkan secara int ernasio nal (Hensen et al .,

s e la n ju t n ya

d ik o n fir m a s i dengan s it u s

2 01 0) d id u ga keb eradaan ya m e njad i fakt o r ut am a w w w. fis h b a s e . o r g a t a u w w w.it is . g o v, u n t u k dalam penyebaran ikan int ro duksi dari sat u lo kasi ke

m e n e n t u k a n n a m a s p e s ie s n ya . Me n g a c u h a s il lo kasi lainnya bahkan sebagian dari ikan-ikan t ersebut

penco co kan sekuen pada Tabel Lampiran t erdapat 12 t elah t ercat at sebagai invasive alien species (Co rfield et

spesies yang memiliki kesamaan nama ilmiah dengan al ., 2008). Hampir sama dengan negara Aust ralia, di

dat abase genbank NCBI yaitu; Synodontis decorus dengan In d o n e s ia ik a n -ik a n d a ri Fa m ili Po e ciliid ae d a n

nilai kesamaan sekuen sebesar 99%, Synodontis eupterus Cic h lid a e m e n d o m in a s i k o m p o s is i ik a n h ia s

(99%), Synodont is greshoffi (99%), Bot ia kubot ai (100%), in t r o d u ksi yan g d ip ro d u ksi d a n d ip e r d agan g kan .

Bot ia lohachat a (99 %), Rasbor a eryt hr omicr on (9 9 %), Arthingt o n (1991) menyebut kan kedua famili tersebut

Corydoras aeneus (93%), Gyrinocheilus aymonieri (99%), bersifat eur yt ermic yaitu ikan yang mampu hidup pada

Eigenmannia vir escens (9 5%), Leporinus affinis (9 8 %), rent ang suhu yang lebih b esar. Fakt o r suh u diduga

Phract ocephalus hemioliopt erus (98%). se b ag ai ku n ci u t am a ke s u kse san ikan in t ro d u ksi

Di s a m p in g it u , t e r d a p a t lim a s p e s ie s ya n g

b e rad ap t asi d e ngan lin gku ngan b aru (Art h in gt o n , memiliki perbedaan nama ant ara dat abase NCBI dan 1991). nama ilmiah yang digunakan pada penelit ian ini, namun

DNA Barcoding

t in gkat keco co kan se kuen nya berkisar ant ara 9 9%-

1 0 0 %. Di an t aran ya a d ala h (1 ) Synodont i s l eopar d Sebanyak 73 sampel DNA ikan hias int roduksi yang

t erident ifikasi 99% ident ik dengan S. not at us , hal ini m ewakili 23 sp e sie s dari 2 6 sp e sie s h asil ko le ksi

sesuai dengan hasil wawancara dengan pembudidaya

b e r h a s il d ie k s t r a s i d a n d ia m p lifik a s i d e n g a n diket ahui bahwa S. leopard merupakan hasil persilangan menggunakan barcode DNA primer FishF1 dan FishF2

ant ara S. not at us dan S. mult ipunct at us ; (2) S. pet ricola (Gambar 1). Kemurnian hasil ekst rasi DNA ditunjukkan

t erident ifikasi 99% ident ik dengan S. aff. t anganyicae ,

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

DNA Barcoding ikan hias int roduksi (M elt a Rini Fahmi)

a b Gambar 1. To t al DNA hasil ekst rasi (a) dan amplifikasi gen COI menggunakan primer FishF1

dan FishR1 dengan pro duk PCR sebesar 707 bp Figure 1.

Tot al genome (a) and amplificat ion of COI gene (PCR product s around 707 bp) using primer FishF1 and FishR1

namun dat a yang t erdapat pada Fishbase menunjukkan ko n ve n sio n al, b io lo gi m o le ku le r m au p u n e vo lu si kedua nama spesies t ersebut t idak t ermasuk syno nim

hingga saat ini (Frankham, 2002). Ket iga adalah adanya t api dua spesies yang berbeda; (3) Bot ia sidt himunki

fe n o m e n a kaw in silan g ( cr oss br eedi ng ), re kayasa t erident ifikasi sebesar 99% ident ik dengan Ambast aia

g e n e t ik , p r o se s s e le k s i ( select i ve br eedi ng ) ya n g si d t h i m u n ki . Ha l t e r s e b u t s e s u a i d e n g a n h a s il

b e r d a m p a k p a d a p e r u b a h a n k a r a k t e r -k a r a k t e r penelusuran Fishbase yang menunjukkan kedua nama

mo rfo lo gi, sehingga menyulit kan ident ifikasi secara spesies t ersebut adalah synonym ; (4) Pseudoplat yst oma

mo rfo lo gi. Keempat adalah met o de ident ifikasi yang faciat um t erident ifikasi sebesar 100% ident ik dengan

t erus berkemban g mulai dari penggunaan karakt er Pseudoplat yst oma cor r uscans , p e n e lu su ran Fishbase

mo rfologi, phot ograph (image) recognition process hingga menunjukkan kedua nama spesies t ersebut bukan syn-

penggunaan karakt er genetik ( molecular ident ificat ion ), onym ; (5) Rasbora galaxy t erident ifikasi sebesar 99%

sehingga beberapa jenis ikan secara genet ik memiliki ident ik dengan Danio margarit at us , hasil penelusuran

urut an seku en yan g b erb eda de ngan t et u anya d an dat a Fishbase juga menunjukkan kedua nama spesies

d ik e lo m p o k ka n s e b a g ai ika n je n is b a ru , n a m u n t ersebut bukan synonym .

s e b a g ia n a h li t a k s o m o n i b e lu m m e n ye p a k a t i Hasil pe n co co kan ju ga m e m pe rlih at kan e mp at

t erbent uknya spesies-spesies baru t ersebut (Fischer, 2013).

spesies lainnya hanya memiliki tingkat kesamaan yang cukup rendah dengan sekuen yang t erdapat pada da-

Ko nstruksi pohon kekerabatan unt uk semua hewan t abase NCBI yait u Cor ydor as w eit zm ani , Cor ydor as

uji disajikan p ad a Gam bar 2. Se cara um um sem ua mat ae , Leporinus st riat us , dan Leporinus hypselonot us .

klaster spesies menunjukkan kekerabatan yang sangat Hal ini menunjukkan bahwa sekue n DNA barcoding

t inggi ant ara seku en hewan uji dan dat abase NCBI, keempat spesies tersebut belum cocok dengan sekuen

d i at as 9 0 . yang tersimpan dalam database NCBI. Pemberian nama

h al in i d it an d ai d e n gan n ilai boost r ap

Demikian juga klaster genus yang mengelo mpo k dalam s p e s ie s t e la h m e n ja d i p e r m a s a la h a n p a r a a h li

sat u cabang po ho n kekerabat an denga nilai boost rap t akso n o m i d ari t ahu n ke t ah un . Be rb agai me t o d e

9 9 -1 0 0 , se p e rt i Synodont is yan g t e rd iri at a s lim a ide nt ifikasipun dike mban gkan unt u k validasi n ama

spesies, Corydoras empat spesies, Phseudoplat yst oma s p e s ie s s e p e r t i id e n t ifik a s i s p e s ie s d e n g a n

t iga sp e sies, Bot ia t iga sp esie s, dan Lepor inus t iga menggunakan fo t o digit al ( image ) melalui Image Rec-

spesies. S. leopard memiliki kekerabat an sangat dekat ognit ion Syst em (IRS) dan Int egrat ed Phot o-based Online

dengan S. not at us , hal ini mendukung info rmasi yang Fish-Ident ificat ion Syst em (IPOFIS), ident ifikasi dengan

d ib e r ik a n o le h p e m b u d id a ya b a h w a S. l eopa r d menggunakan karakt er genet ik melalui Single nucle-

merupakan hasil kawin silang ant ara S. mult ipunct at us ot ide polymorphisms (SNPs) dan DNA barcoding (Fischer,

dan S. not at us (Gambar 3).

2013). Kawin silang ( cross breeding ) t idak hanya dit emukan Pe n e n t u a n n a m a s p e s ie s ik a n h ia s s e r in g

pada genus Synod on t i s , t a p i ju g a p a d a g e n u s dihadapkan pada berbagai kendala di ant aranya adalah

Phseu dop l a t yst om a . Ha s il w a w a n c a r a d e n g a n pert ama; laju pemberian nama dagang ikan hias jauh

pembudidaya menyebutkan bahwa pro ses kawin silang lebih cepat dibandingkan dengan nama ilmiah o leh ahli

pada Synodont is umumnya dilakukan karena kelangkaan t a kso n o m i (He n se n et al. , 2 0 1 0 ). Ke d u a; ad an ya

jumlah ikan jant an dalam sat u po pulasi, sehingga sat u perdebat an definisi spesies baik dari ko nsep bio lo gi

ja n t a n ik a n Synodont i s s e r in g d ig u n a k a n u n t u k

Co p yright @ 2 017 , Jurnal Riset Akuakultu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (1), 2017, 29-40

Gambar 2. Dendro gram gen COI ikan-ikan int ro duksi po t ensial ( • ) sequence dari genbank Figure 2.

Dendrogram of COI gene of int roduced fish ( • ) sequences from genebank

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

DNA Barcoding ikan hias int roduksi (M elt a Rini Fahmi)

Gambar 3. Persilangan (a) Synodont is not atus (ht t p://www.fishbase.se) dan (b) Synodont is

mult ipunct at us (ht t p://www.fishbase.se) yang menghasilkan (c) Synodont is leopard

Figure 3. Hybridizat ion of (a) Synodontis notatus (ht t p://www.fish base.se) and (b) Synodontis multipunctatus (ht tp://www.fishbase.se) that produce (c) Synodontis

leopard

membuahi t elur Synodont is dari jenis lainnya. Kawin

Nukleotida Penciri

silang pada genus Phseudoplat yst oma lebih dit ujukan Analisis nukleo t ida pe nciri ( nucleot ide diagnost ic ) unt uk mendapat kan st rain Leo pard, karena st rain ini m erup akan t ah ap awal d alam pe ne n t u an pe nand a memiliki harga yang lebih t inggi dibandingkan dengan mo lekuler ( molecular marker ) single nucleot ide polymor- kedua jenis indukannya. phisms (SNPs). Saat in i SNPs m e ru p akan p e n an d a

Ken dala d alam m e ngid en t ifikasi ikan -ikan hasil mo lekuler yang banyak digunakan unt uk ident ifikasi

h ib rid isasi p ad a ikan h ias ju ga d isam p aikan o le h karena memiliki t ingkat sensit ivit as dan akurasi yang penelit i lain sepert i Kumar (2000). Pada penelit ian ini

sangat t inggi u nt u k m asing-masing spe sie s kare na t erlihat DNA barco ding mampu mengident ifikasi ikan

didasarkan apada mut asi single nukleo tida (Kalinowski hasil hibridisasi berdasarkan indeks kesamaan ( index

et al ., 2010; Eugene et al ., 2009). Analisis nukleo t ida si mi lar it y ) d e n ga n se k u e n yan g t e r sim p a n d alam

penciri pada penelit ian ini dilakukan t erhadap genus genbank melalui pro gram BLAST. Tent u kemampuan

Synodont is . Hasil an alisis n u kle o t id a p e n ciri lim a DNA barcoding dalam mengident ifikasi spesies sangat

spesies Synodont is disajikan pada Tabel 2. Synodont is t ergant ung pada jumlah dat a yang t ersimpan dalam

decora memiliki t ujuh nukleo t ida penciri, Synodont is library genbank (Fahmi et al ., 2016). Penggunaan DNA

1 0 n u kle o t id a, SyEnodont is eut er us 13 barcoding saat ini t elah menjadi so lusi pada identifikasi

t anganyicae

n u k le o t id a , Synodont i s not at u s m e m ilik i e m p a t ik a n , t e r u t a m a s a m p e l-s a m p e l ya n g t id a k b is a

n u kle o t id a , d a n Synodont i s gr ashoffi m e m ilik i 1 4 diident ifikasi secara mo rfo lo gi sepert i ikan pada saat

nu kleo t ida p en ciri. Ke be radaan nu kleo t id a pe nciri fase larva, poto ngan bagian badan ikan yang tidak utuh,

merupakan prasyarat dalam ident ifikasi spesies dengan ikan-ikan yang memiliki kesamaan mo rfo lo gi namun

me nggun akan met o d e DNA barcoding (Ward et al ., se cara g e n e t ik m e r u p aka n sp e sie s yan g b e rb e d a

( crypt ic species ) dan ikan-ikan hasil hibridisasi (Lleonart Synodont is merupakan kelo mpo k ikan hias cat fish et al ., 2006). yang banyak diminat i di pasar ikan hias int ernasio nal,

Mengacu pada keragaman antar dan int er grup yang s e k it a r 1 3 1 s p e s ie s g e n u s Synod on t i s t e la h dihit ung berdasarkan M aximum Composit e Likelihood,

t e rid e n t ifikas i (ww w.fish b a se .o rg), 6 8 s p e sie s d i maka nilai keragaman genetik intra-grup adalah 0,089%

ant aranya diperdagangakan sebagai ikan hias menurut dan ant ar-grup 5,277%. Hal ini menunjukkan bahwa

d a t a OFI (He n s e n et al ., 2 0 1 0 ). Me n g a cu h a s il keragaman int ra-grup sangat rendah at au kurang dari

wawancara dengan pembudidaya ikan hias, saat ini 2%. Nilai keragaman yang lebih dari 2%, menunjukkan

k u r a n g le b ih 1 6 sp e s ie s ge n u s Synodont is t e la h bahwa terdapat spesies yang berbeda dengan anggo t a

dibudidayakan di Indonesia dan menghasilkan beberapa grup lainnya, sebaliknya nilai keragaman yang kurang

va r ie t a s h ib r id a . Me n g a cu p ad a in fo r m a si ya n g dari 3% menunjukkan grup at au klast er berasal dari

dipero leh dari pembudidaya bahwa Synodont is Leopard spesies yang sama (Ribeiro et al ., 2012).

memiliki t ingkat agresifit as lebih t inggi dibandingkan

Co p yright @ 2 017 , Jurnal Riset Akuakultu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (1), 2017, 29-40

Tabel 2. Nukleo t ida penciri unt uk lima spesies Synodont is Table 2.

Nucleot ide diagnost ic of five species of Synodontis

Spesies

Nukleot ida ke- ( Nucleotide )

58 3 19 47 5 47 8 5 29 64 6 67 3 2 35 238 24 4 2 74 286 45 7 5 11 523 53 8 5 86 Synodont is decora

Species

C A C A C Synodont is af f . t anganyicae T

G G Synodont is eupt era

C A C A C Synodont is not at us/leopard

C A C A C Synodont is greshof f i

Nu kleotida ke- ( Nucleot ide )

1 00 2 18 37 9 42 1 4 27 51 7 54 1 5 47 551 57 5 6 01 619 66 1 76 226 34 6 5 08 Synodont is decora

C G A A C Synodont is eupt era

Synodont is af f . t anganyicae A A C C C T

A C C G C A G A A C Synodont is not at us/leopard

C C G G T Synodont is greshof f i

Nukleo tid a ke- ( Nucleotide )

73 8 8 19 9 25 0 3 13 46 6 49 3 5 05 526 54 4 5 53 561 60 7 6 52 Synodont is decora

C Synodont is eupt era

Synodont is af f . t anganyicae C G G A C T

C Synodont is not at us/leopard

C Synodont is greshof f i

A G G G C C T Ke terang an ( Not e ): C = sito sin; G = gu anin; A = ad e nin; T = t imin (C = cyt osin; G = guanine; A = adenine; T = t imi n)

dengan ikan Synodont is lainnya dan umumnya o rgan

DAFTAR ACUAN

repro duksi ikan t ersebut t idak berkembang (st eril). Art hingt o n, A.H. (1991). Eco lo gical and genet ic im-

KESIM PULAN

pact s o f int ro duced and t ranslo cat ed freshwat er fishes in Aust ralia. Canadian Journal of Fisheries and

Penggunaan DNA barcoding gen COI pada penelitian

Aquat ic Sciences , 48, 33-43.

ini mampu membedakan 26 spesies ikan int ro duksi Ca n o n ico , G.C., Ar t h in g t o n , A., McCr a y, J.K., & yang diko leksi dari pembudidaya dan dua spesies di

Thieme, M.L. (2005 ). Th e effect s o f in t ro du ced ant aranya merupakan hasil persilangan yait u dari ge-

t ilap ias o n n at ive bio diversit y. Aquat ic Conser va- nus Synodont is dan Phseudoplat yst oma . Hasil analisis

t ion : M arine and Freshwater Ecosystems , 15, 463-483. nukleo t ida penciri spesies anggo t a genus Synodont is

Co llin s, R.A., Arm st ro n g, K.F., Me ie r, R., Yi, Y., & diharapkan menjadi info rmasi awal dalam penent uan Br o w n , S.D.J. (2 0 1 2 ). Ba r co d in g a n d b o r d e r marka iden t ifikasi d an keragaman sp esies anggo t a

b io se cu rit y: Id e n t ifyin g Cyp rin id fish e s in t h e genus

Synodont is

a q u a r iu m t r a d e . PLoS ON E , 7 (1 ): e 2 8 3 8 1 .

UCAPAN TERIM A KASIH

doi:10.1371/jo urnal.po ne.0028381. Co rfield, J., Diggles, B., Jubb, C., McDo wall, R.M., &

Terima kasih disampaikan kepada Bapak Ir. Mulyadi Mo o re, A. (2008 ). Re view o f t he impact s o f in- yang t elah membant u mendapat kan sampel ikan hias

t ro duced o rname nt al fish specie s t hat have es- int ro du ksi h asil bu did aya. Dr. Nico las Hub e rt at as

t ablishe d wild po pulat io ns in Aust ralia. Depart - bim bingan dalam me ngakses www. Bo ldSyt em.o rg.

ment o f t he Enviro nment , Wat er, Herit age and t he Penelitian ini dibiayai dari APBN melalui DIPA Balit bang

Art s Aust ralia Go vernment . budidaya ikan hias t ahun 2015.

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

DNA Barcoding ikan hias int roduksi (M elt a Rini Fahmi)

Dhar, B., & Gho sh, K. (2015). Ident ifying o rnament al Kumar, A.B. (2000) Exo t ic fishes and freashwat er fish fishes of No rth-east India t hro ugh DNA barco ding.

diversit y. Zoo’s Print Journal , 15(11), 363-367. Science and Technology Journal , (2)2, 43-50.

Le e, C.E. (2 00 2). Evo lut io n ar y gen et ics o f invasive Du d g e o n , D., Ar h t in g t o n , A. H., Ge s s n e r, M.O.,

species. Trends in Ecology and Evolut ion , 17, 386- Kawabat a, Z.I., Kno wler, D.J., Leveque, C., Naiman,

R.J., Prie u r -Rich ard s, A.H., So t o , D., St ias sn y, Lint erman s, M.(2 004 ). Human-assist ed dispersal o f M.L.J., & Su lliva n , C. A. (2 0 0 6 ). Fr e s h w a t e r

alien freshwat er fish in Aust ralia. New Zealand Jour- bio diversit y: impo rt ance, t hreat s, st at us and co n-

nal of M arine and Freshwat er Research , 38, 481-501. servation challenges. Biological Review , 81, 163-182.

Lleo nart , J., Taco net , M., & Lambo euf, M. (2006). In- Eugen e, H., Wo n g, K., Sh ivji, M.S., & Hann e r, R.H.

t egrat ing info rmat io n o n marine species ident ifi- (2009). Barco ding vert ebrat es ident ifying sharks

cat ion for fisher y purpo ses. M arine Ecology Progress wit h dna barco des: assessing the ut ility o f a nucle-

Series , 316, 231-238.

o t ide diagno st ic appro ach. M olecular Ecology Re- Nelso n, J.S. (2006). Fishes o f t he Wo rld (4 th ed). New sou r ces , 9 , 2 4 3 – 2 5 6 . d o i: 1 0 . 1 1 1 1 /j. 1 7 5 5 -

Jersey, USA: Jo hn Wiley & So ns, 624 pp. 0998.2009.02653.x.

Rasmu ssen , R.S., Mo rrisse y, M.T., & Heb ert , P.D.N. Fa h m i, M. R., Pr a s e t io , A. B. , Ku s u m a h , R.V. ,

(2009). DNA barco ding of co mmercially import ant Hayuningt yas, E.P., & Ardi, I. (2016). Barcoding DNA

salmo n and t ro ut species ( Oncorhynchus and Salmo ) ikan hias lahan gambut . J. Ris. Akuakult ur , 11(2),

fro m No rt h Ame rica. Jour nal of Agr icult ur al and 137-145.

Food Chemist r y , 57, 8379-8385. Fis ch e r, J. (2 0 1 3 ). Fis h id e n t ifica t io n t o o ls fo r

Ribe iro , A.O., Caires, R.A., Marigu ela, C.T., Pe re ira, bio diversit y and fisheries assessment s: review and

L.H.G., Han n e r, R., Olive ir a , C., Ga rcia , L.H., guidance fo r decisio n-makers. FAO Fisheries and

Hanner, R., & Oliveira, C. (2012). DNA barco des Aquacult ure Depart ment . Ro me, It aly, 118 pp.

ident ify marine fishes o f Sa˜ o Paulo St at e, Brazil. Frankham, R., Ballau , J.D., & Brisco e s, D.A. (200 2).

M olecular Ecology Resources , 12, 1012-1020. do i: Int ro duct io n t o co nser vat io n genet ic. Cambridge

10.1111/1755-0998.12007. Universit y Press, 607 pp.

Sa t ya n i, D., & Su b a m ia , I W. (2 0 1 4 ). Pa n d u a n Hebert , P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., & DeWaard,

pengelo laan dan st andarisasi ikan hias air t awar J.R. (2003). Bio logical ident ificat io ns t hro ugh DNA

unt uk ekspo r. Badan Penelitian dan Pengembangan barco des. Proceedings of t he Royal Societ y of London

Kelaut an dan Perikanan, 78 hlm. Series B. Biological Sciences , 270, 313-321.

Se m m e n s , B. X. , Bu h le , E. R. , Sa lo m o n , A. K. , & Hensen, R.R., Plo eg, A., & Fo ssa, S.A. (2010). St an-

Pat t e n gill-Se m m en s, C.V. (2 0 04 ). A h o t sp o t o f dard names fo r freshwat er fishes in t he o rnamen-

n o n -n a t ive m a r in e fis h e s : e vid e n ce fo r t h e t al aquat ic indust r y. OFI educat io nal publicat io n

aquarium t rade as an invasio n pat hway. M ar. Ecol.

5. Ornament al Fish Int ernat io nal. Net herlands.

Prog. Ser ., 266, 239-244.

Kalino wski, S.T., No vak, B.J., Drinan, D.P., Jen nings, Tamura, K., Pe t erso n, D., Pet e rso n, N., St echer, G., J.D., & Vu, N.V. (2010). Mo lecular diagno st ics and

Nei, M., & Kum ar, S. (2 011). MEGA5: Mo le cular DNA t axo no my diagno st ic single nucleo t ide po ly-

e vo lu t io n ar y ge n et ics an alysis usin g maximu m mo rp hisms fo r ide nt ifying we st slo pe cu t t h ro at

likeliho o d, evo lut io nar y dist ance, and maximum t ro ut ( Oncorhynchus clarki lewisi ), Yello wst o ne cut -

parsimo ny met ho ds. M ol. Biol. Evol ., 28(10), 2731–

2739. do i: 10.1093/mo lbev/msr121. bo w t ro ut ( Oncorhynchus mykiss ). M olecular Ecol-

t hroat t ro ut ( Oncorhynchus clarkii bouvieri ) and rain-

Taylo r, H.R., & Harrist , W.E. (2012). An emergent sci- og y

ence o nt he brink o f irrelevance: a review o f t he 0998.2010.02932.x

Resour ces ,

d o i:

1 0 . 1 1 1 1 /j. 1 7 5 5 -

past 8 years o f DNA barco ding. M olecular Ecology Ko ehn, J.D., & MacKenzie, R.F. (2004). Prio rit y man-

Resources , 12, 377-388.

agement act io ns fo r alien freshwat er fish species Ward , R.D., Ze m lak, T.S., In ne s, B.H., Last , P.R., & in Australia. New Zealand Journal of Marine and Fresh-

Hebert , P.D.N. (2005). DNA barco ding Aust ralia’s wat er Research , 38(3), 457-472.

fish species. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci ., 1462, 1847-1857.

Co p yright @ 2 017 , Jurnal Riset Akuakultu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (1), 2017, 29-40

Lampiran 1. Hasil pensejajaran sequen hasil penelit ian dengan dat a genbank melalui pro gram BLAST Appendix 1. Alignment of sequence t hat obt ained in t his st udy and sequence from genebank dat a through BLAST program

Persent ase

Panj ang

kecocokan Nam a dan kode

sekuen

Kode akses (Spesies)

Per centage Names and codes

Sequences

Access code (Species)

1 0 2 Synodont is decorus

99 1 0 3 Synodont is decorus

HF5 6 5 87 5 .1

Synodont is decora

99 1 0 4 Synodont is decorus

HF5 6 5 87 5 .1

Synodont is decora

99 1 0 5 Synodont is eupterus

HF5 6 5 87 5 .1

Synodont is decora

99 1 0 6 Synodont is eupterus

HF5 6 5 87 6 .1

Synodont is euptera

99 1 0 7 Synodont is eupterus

HF5 6 5 87 6 .1

Synodont is euptera

99 1 0 8 Synodont is leopard

HF5 6 5 87 6 .1

Synodont is euptera

98 1 0 9 Synodont is leopard

HF5 6 5 92 2 .1

Synodont is not atus

99 1 1 0 Synodont is leopard

HF5 6 5 92 2 .1

Synodont is not atus

99 1 1 2 Synodont is greshoff i

HF5 6 5 92 2 .1

Synodont is not atus

98 1 1 3 Synodont is greshoff i

HF5 6 5 89 5 .1

Synodont is greshoff i

99 3 0 8 Synodont is pet ricola

HF5 6 5 89 5 .1

Synodont is greshoff i

Synodont is aff . t anganyicae 99 3 0 9 Synodont is pet ricola

HF5 6 5 97 5 .1

Synodont is aff . t anganyicae 99 3 1 0 Synodont is pet ricola

HF5 6 5 97 5 .1

Synodont is aff . t anganyicae 99 2 5 8 Botia kubotai

HF5 6 5 97 5 .1

10 0 2 5 9 Botia kubotai

KF7 3 8 17 8 .1

Bot ia kubotai

99 2 6 0 Botia kubotai

KF7 3 8 17 8 .1

Bot ia kubotai

99 2 6 3 Botia sidt himunki

KF7 3 8 17 8 .1

Bot ia kubotai

99 2 6 4 Botia sidt himunki

KP3 1 9 02 4 .1

Ambast aia sidt himunki

99 2 6 5 Botia sidt himunki

KP3 1 9 02 4 .1

Ambast aia sidt himunki

99 2 7 0 Botia lohachat a

KP3 1 9 02 4 .1

Ambast aia sidt himunki

99 2 7 1 Botia lohachat a

KP7 2 9 18 3 .1

Botia lohachat a

99 2 7 2 Botia lohachat a

KP7 2 9 18 3 .1

Botia lohachat a

98 2 7 3 Rasbora erythromicron

KP7 2 9 18 3 .1

Botia lohachat a

98 2 7 4 Rasbora erythromicron

AP0 1 1 41 9 .1

Rasbora erythromicron

99 2 7 5 Rasbora erythromicron

AP0 1 1 41 9 .1

Rasbora erythromicron

98 2 8 3 Corydoras weit zmani

AP0 1 1 41 9 .1

Rasbora erythromicron

86 2 8 4 Corydoras weit zmani

JN9 8 8 81 7 .1

Corydoras f laveolus

86 2 8 5 Corydoras weit zmani

JN9 8 8 81 3 .1

Corydoras aeneus

86 3 1 8 Corydoras aeneus

JN9 8 8 81 1 .1

Corydoras aeneus

90 3 1 9 Corydoras aeneus

JN9 8 8 81 1 .1

Corydoras aeneus

91 3 2 0 Corydoras aeneus

AB0 5 4 12 8 .1

Corydoras rabauti

91 3 2 3 Corydoras mat ae

JN9 8 8 81 1 .1

Corydoras aeneus

91 3 2 4 Corydoras mat ae

GU7 0 1 9 30 .1

Corydoras dif luviatilis

90 3 2 5 Corydoras mat ae

GU7 0 1 9 30 .1

Corydoras dif luviatilis

91 2 8 8 Gyrinocheilus aymonieri

GU7 0 1 9 30 .1

Corydoras dif luviatilis

99 2 8 9 Gyrinocheilus aymonieri

JF9 1 56 1 8 .1

Gyrinocheilus aymonieri

99 2 9 0 Gyrinocheilus aymonieri

JF9 1 56 1 8 .1

Gyrinocheilus aymonieri

99 2 9 9 Eigenmannia virescens

JF9 1 56 1 8 .1

Gyrinocheilus aymonieri

94 3 0 0 Eigenmannia virescens

KR4 9 1 59 3 .1

Eigenmannia virescens

Eigenmannia virescens

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

DNA Barcoding ikan hias int roduksi (M elt a Rini Fahmi)

Lampiran 1. Lanjut an Appendix 1. Cont inued

Persent ase

Panj ang

kecocokan Nam a dan kode

Kode akses (Spesies) Per centage Names and codes

sekuen

Sequences

Access code (Species)

3 0 7 Leporinus striatus

HM0 6 5 0 0 1.1 Leporinus conirost ris 92 3 2 8 Leporinus hypselonotus

709

Laemolyt a taeniat a 88 3 2 9 Leporinus hypselonotus

710

KP8 6 4 70 0 .1

Laemolyt a taeniat a 88 3 3 0 Leporinus hypselonotus

704

KP8 6 4 70 0 .1

Laemolyt a taeniat a 87 3 3 3 Leporinus aff inis

711

KP8 6 4 70 0 .1

98 3 3 4 Leporinus aff inis

749

AP0 1 1 99 4 .1

Leporinus aff inis

98 3 3 5 Leporinus aff inis

712

AP0 1 1 99 4 .1

Leporinus aff inis

99 3 3 8 Corydoras simulat us

711

AP0 1 1 99 4 .1

Leporinus aff inis

Corydoras dif luviatilis 90 3 3 9 Corydoras simulat us

715

GU7 0 1 9 30 .1

Corydoras dif luviatilis 90 3 4 0 Corydoras simulat us

719

GU7 0 1 9 30 .1

Corydoras dif luviatilis 90 393 Pseudoplat ystoma faciatum

710

GU7 0 1 9 30 .1

Pseudoplat ystoma corruscans 10 0 3 9 4 Pseudoplat ystoma faciatum

686

KP2 9 4 24 2 .1

Pseudoplat ystoma corruscans 10 0 3 9 6 Pseudoplat ystoma faciatum

702

KP2 9 4 24 2 .1

Pseudoplat ystoma corruscans 97 3 9 7 Pseudoplat ystoma faciatum

683

KP2 9 4 24 2 .1

Pseudoplat ystoma corruscans 96 3 9 8 Pseudoplat ystoma faciatum

696

KP2 9 4 24 2 .1

Pseudoplat ystoma corruscans 99 3 9 9 Pseudoplat ystoma faciatum

681

KP2 9 4 24 2 .1

Pseudoplat ystoma corruscans 96 4 0 1 Phractocephalus

680

KP2 9 4 24 2 .1

Phractocephalus hemioliopterus 98 2 8 0 Rasbora galaxy

701

FJ4 1 87 6 4 .1

Danio margaritatus 99 2 8 1 Eigenmannia virescens

713

KT7 6 8 12 0 .1

Eigenmannia virescens 97 2 8 2 Rasbora galaxy

Danio margaritatus 99

40 Co p yright @ 2 017 , Jurnal Riset Akuakultu r, e-ISSN 250 2-65 34