Amplifikasi DNA dengan teknik PCR

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 99-105

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

  

RAGAM GENOTIPE IKAN TENGADAK, (Bleeker 1854)

Barbonymus schwanenfeldii

  

PERSILANGAN POPULASI JAWA DAN KALIM ANTAN BERDASARKAN RAPD

*)# **) *) **)

Deni Radona , Dinar Tri Soelistyowati , Rudhy Gustiano , Odang Carman ,

*) *) *)

Irin Iriana Kusm ini , dan Sri Sundari

**)

Balai Pene litian dan Pe ngemb angan Bu didaya Air Tawar

  

De part emen Bud idaya Perairan, FPIK-Institut Pert anian Bo gor

ABSTRAK

Dalam rangka penge lolaan sum ber genetik unt uk pen gembangan budid aya ikan t engad ak maka pe rlu

dilakukan evaluasi sum ber ge netik ikan t engadak asal Jawa d an Kalimantan, serta pro geni h ibridanya.

Analisis genetik dilakukan secara molekuler dengan metode RAPD. Jumlah sampel yang digunakan untuk

analisis RAPD sebanyak 10 ekor setiap populasi. Spesimen yang digunakan untuk analisis RAPD adalah sirip

untuk induk dan whole body untuk hibrida. Hasil menunjukkan polimorfisme (32,43%) dan heterozigositas

(0,13) tertinggi terdapat pada ikan tengadak hasil persilangan betina Jawa x jantan Kalimantan, sedangkan

yang teren dah dip eroleh pada p ersilangan be tina Kaliman tan x jantan Jawa (p olimorfisme: 21,62% dan

heterozigositas: 0,10). Berdasarkan dendrogram hubungan kekerabatan interpopulasi ikan tengadak hasil

p e rs ila n g an (b e t in a Kalim a n t a n x jan t an Jawa ) d e n ga n in d u k n ya (p o p u lasi Jawa d an Ka lim an t a n )

menggunakan tiga primer RAPD (OPA-08, OPA-09, dan OPC-02) menunjukkan jarak genetik berkisar 0,48.

Ikan tengadak betina asal Jawa dan jantan asal Kalimantan potensial meningkatkan keragaman genetik.

  KATA KUNCI: RAPD; heterozigositas; ikan tengadak; polimorfisme

ABSTRACT: Genetic diversity of outbreed tinfoil barb from Java and Kalimantan based on RAPD. By: Deni

Radona, Dinar Tri Soelistyowati, Rudhy Gustiano, Odang Carman, Irin Iriana Kusmini, and Sri

  Sundari

In order t o maint ain t he genet ic sources of t infoil barb for aquacult ure development , it is necessary t o evaluat e t he

genet ic diversity crossbred results of tinfoil barb from Java and Kalimant an. The genet ic assessment was conduct ed by

genot ype t rails using RAPD met hods. The samples used for t he analysis of RAPD was as much as 10 individuals.

Specimens used for RAPD analysis was a fin for broodst ock and whole body for t he hybrid fish. The result showed t hat

t he highest polymorphism and het erozygosit y were found 32.43% and 0.13 in populat ion crossbred of female Java x

male Kalimant an. While t he lowest polymorphism and het erozygosit y were det ected on populat ion of Kalimant an

f

x Java (21.62% and 0.10, respect ively). Based on t he relat ionship bet ween t infoil barb hybrid (female Kalimant an

m

x male Java) wit h a bot h broodst ock populat ion using t hree RAPD primers (OPA-08, OPA-09, and OPC-02) result ed in

genet ic dist ance of 0.48. Females t infoil barb from Kalimant an and males from Java pot ent ial could increase genet ic

diversity.

  KEYW ORDS: RAPD; heterozygosity; tinfoil barb; polymorphism

PENDAHULUAN 1854) merupakan ikan lo kal asli perairan t awar Indo -

  n e s ia yan g t e rd a p a t d i b e b e r ap a d ae ra h se p e rt i Ke r ag a m a n g e n e t ik m e r u p a k an h ie r a rk i yan g

  Sumat era, Jawa, dan Kalimantan. Ikan tengadak bernilai paling rendah dalam tingkat an keragaman hayat i yang eko nomis t inggi sebagai ikan konsumsi. Pro duksi ikan menggambarkan keragaman fenot ipe di dalam spesies t engadak di Indo nesia sampai saat ini sebagian besar

  level yang merefleksikan keragaman sampai pada DNA.

  masih berasal dari hasil t angkapan di alam. Upaya

  Barbonymus schw anenfeldii

  Ikan t en gad ak (Blee ke r, budidaya belum banyak dilakukan unt uk melest arikan # ke be rad aan jen is ikan ini, sehingga dikh awat irkan

  Ko r esp o n d e nsi: Balai Pe n elit ian d an Pe ng e m b an gan Bu d id aya

  p o p u la sin ya s e m a kin b e r ku ra n g d a n m e n g alam i Air Tawar. Jl. Se m p u r No . 1 , Bo g o r 1 6 1 51 , Ind o n e sia.

  et al

  ke pun ahan (Gu st iano ., 2 015 ). Pe nge mbangan

  Te l.: + (0 2 5 1 ) 8 3 1 3 2 0 0 deni r adona_kkp@ yahoo.com

  E-m ail:

  100

  su hu 3 6°C selama sat u men it ; e lo ngasi suhu 72°C selama 2,5 menit ; elo ngasi akhir 72°C selama t ujuh menit ; dan pro ses penst abilan 4°C selama t iga menit . Pro ses PCR b e r la n g s u n g s e b a n ya k 4 5 s ik lu s . Ha s il PCR memperlihat kan bahwa primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 memberikan pro duk amplifikasi lebih banyak d ib an d in gkan p rim e r-p rim e r ya n g lain . Has il PCR kemudian dielekt ro fo resis menggunakan gel agaro se 2% dalam

  Ekst raksi DNA ikan d ilaku kan d e n gan m e t o d e

  Phenol-Chloroform

  (Nugro ho

  et al ., 1997).

  Amplifikasi DNA dengan teknik PCR

  Amp lifikasi DNA dilakukan den gan me t o de PCR dimulai dengan seleksi 25 primer. Pengujian primer dari OPA-01 sampai OPA-20, dan OPC-01 sampai OPC-

  05 dengan komposisi bahan: 1 µL DNA; 0,5 µL primer 10 pmol; satu unit (10 µL) dr y Taq Pro m ega; d an dist illed wat er

  (8,5 µL) dengan total volume sebanyak 20 µL. Program PCR yang digunakan, meliputi:

  pre-de nat u rasi 94 °C selam a lima menit ; denat urasi suhu 94°C selam a sat u men it ;

  annealing

  Tris-Boric-EDTA

  yang disimpan dalam larutan alko ho l 70%.

  (TBE)

  buffer

  . Hasilnya diamat i dengan UV illuminat o r dan dido kument asikan dengan kamera Po laro id.

  Analisis Ragam Genet ik

  Tingkat keragaman genet ik int rapopulasi dianalisis menggunakan pro gram

  Tools for Population Genet ic Analy- si s (TFPGA) m e n g a cu p a d a Wr ig h t (1 9 7 8 ) ya n g

  dimo difikasi dari Ro gers (1972)

  dalam

  Miller (1997), se d a n g ka n h u b u n ga n ke ke ra b a t an in t e r p o p u la si dianalisis berdasarkan jarak genet ik dengan pro gram UPGMA (

  Unweight Pair Met hods Arit hmetic

  RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Ekst raksi DNA

  whole body

  Ragam genotipe ikan tengadak, Barbonymus schwanenfeldii ..... (Deni Radona)

  et al

  b u d id a ya ik a n t e n g a d a k d a p a t d ila k u k a n d a r i p e n g e lo la a n s u m b e r d aya ge n e t ik p o p u la s i yan g berkelanjut an dan berkualit as. Sumberdaya genet ik t idak t erlepas dengan ragam genet ik.

  Ragam genet ik merupakan kunci pent ing bagi suatu spesies unt uk dapat bert ahan hidup dan menjamin ke st ab ilan p o p ulasi d alam wakt u yang lam a, yait u m e n e n t u kan ke m am p u an re sp o n s su at u p o p u lasi t erhad ap seleksi alam. Po pulasi dengan keragaman genet ik yang t inggi memiliki peluang hidup yang lebih t inggi, karena banyaknya alt ernatif gen dan kombinasi gen yang t ersedia untuk merespons perubahan ko ndisi lingkungan yang dihadapi (So ewardi, 2007). Ragam g e n e t ik m e r u p a k an p ar a m e t e r k u n ci k e b u g a ra n p o p u la s i ya n g m e n ja m in k e b e r la n ju t a n n ya d a n ke m am pu an m e re sp o n s se cara pasif se le ksi alam at aupun buat an (Lo renzen

  et al

  ., 2012). Ident ifikasi k e r ag a m a n g e n e t ik d a lam su at u p o p u la si d a p a t dilakukan dengan pemet aan secara geno t ipe. Salah sat u me t o de karakt erisasi gen o t ipe adalah analisis mo lekuler dengan met o de

  Random Amplified Polymor- phic DNA

  (RAPD) menggunakan t eknik PCR (

  Polymerase Chai n React i on ). Pe n a n d a m o le k u le r RAPD ya n g

  digunakan merupakan sekuen DNA po limo rfik yang dipisahkan o leh gel elekt ro fo resis PCR. Met o de RAPD memiliki beberapa keunggulan di ant aranya mampu me nd et eksi sekue n nukle o t ida h an ya de ngan sat u primer dan dapat digunakan t anpa menget ahui lat ar belakang geno m sebelumnya (Dunham, 2004). Marka RAPD ideal karena po limo rfismenya t inggi (Liu, 2007). RAPD u n t u k m e n ggam b ar kan ke ragam an ge n e t ik int ra- dan int er-po pulasi ikan-ikan spesifik lo kal yang sudah dilakukan meliput i: ikan kancra (Nugro ho et al ., 20 06), ikan t o rso ro (Asih

  et al

  ., 20 08 ), ikan t awes (Kusmini

  ., 2009), ikan nilem (Mulyasari, 2010), ikan t am b akan (Su n d ari

  Ikan t engadak yang digunakan berupa lar va hasil p e rs ilan ga n se car a re sip r o k al b e ru ku ra n 1 -2 cm (berumur sat u bulan pasca t et as). Jumlah sampel yang digunakan untuk analisis RAPD sebanyak 10 ekor setiap populasi. Spesimen yang digunakan untuk analisis RAPD adalah

  et al

  ., 2 0 1 2 ), ikan b e t o k (Fayumi, 201 3), ikan gabus (Gust iano

  et al

  ., 2013 ), dan ikan sepat (Iskandariah

  et al ., 2015).

  Tujuan penelit ian ini adalah unt uk mengevaluasi k e r a g a m a n g e n e t ik ik a n t e n g a d a k a s a l Ja w a , Kalimant an, dan pro geni hibrid berdasarkan analisis RAPD unt uk menyediakan dat abase genet ika sebagai acuan dalam pengembangan budidaya.

  BAHAN DAN M ETODE Sam pel Induk

  Ikan t engadak yang digunakan berasal dari Jawa (Balai Pelest arian Pe rikan an Pe rairan Umum , Din as Kelaut an dan Perikanan Pro vinsi Jawa Barat ) dengan karakt erist ik lingkungan (suhu 24°C-30°C; pH 5-7; dan o ksigen t erlarut 4-5 ,6 mg/L) d an Kalimant an (Balai Bud idaya Ikan Sen t ral, Anju ngan Kalim ant an Barat ) dengan karakt erist ik lingkungan (suhu 29°C-33°C; pH

  5 -7 ,4 ; d a n o k s ig e n t e r la r u t 4 ,5 -6 ,6 m g /L). Ik a n t engadak yang digunakan berukuran panjang 15,2 ± 1,1 cm dan bobo t 124,2 ± 28,5 g. Jumlah sampel yang d igu nakan u n t u k an alisis RAPD se ban yak 1 5 e ko r (d elap an jan t an dan t ujuh b et in a) se t iap p o p ulasi. Spesimen yang digunakan unt uk analisis RAPD adalah sampel sirip yang disimpan dalam larut an alko hol 70%.

  Progeni Hibrida

  ) dan disajikan dalam bent uk dendro gram.

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 99-105 HASIL DAN BAHASAN Keragam an Genetik Ikan Tengadak

OPA 08 OPA 09 OPC 02

OPA 08 OPA 09 OPC 02

  )

  GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

  (

  

Figure 3. DNA amplificat ion result s of t infoil barb hybrid (female of Jawa x male of Kalimant an) wit h PCR-RAPD

using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 primers (Descript ion: number (1-10)= fish samples, M = marker

  Gambar 3. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak hibrid (bet ina Jawa x jant an Kalimant an) dengan PCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 (Ket erangan: no mo r (1-10)= sampel ikan, M= marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

  

GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific

  Amplifikasi DNA yang menggunakan t iga primer (OPA-0 8, OPA-0 9, d an OPC-0 2) pada pro ge ni hasil persilangan ikan t engadak asal Jawa dan Kalimant an secara resipro kal memperlihat kan DNA t eramplifikasi p ad a s e t iap lo ku s d an b e r variasi, m asin g-m asin g dit ampilkan pada Gambar 1, 2, 3, dan 4.

  (

  

Figure 2. DNA amplificat ion result s of t infoil barb from Kalimant an wit h PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09,

and OPC-02 primers (Descript ion: number (1-8)= male fish samples, (9-15)= female fish samples, M = marker

  Gambar 2. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak asal Kalimant an dengan PCR-RAPD menggunakan prime r OPA-08, OPA-09 , d an OPC-02 (Ket erangan: no mo r (1 -8)= samp el ikan jant an, (9-15)= sampel ikan bet ina, M= marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scie nt ific)

  

Figure 1. DNA amplificat ion result s of t infoil barb from Java wit h PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09, and

OPC-02 primers (Descript ion: number (1-8)= male fish samples, (9-15)= female fish samples, M = marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

  Gambar 1. Hasil amplifikasi DNA ikan t en gadak asal Jawa dengan PCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 (Ket erangan: no mo r (1-8)= sampel ikan jant an, (9-15)= sampel ikan bet ina, M= marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

  Jumlah dan ukuran fragmen t eramplifikasi disajikan pada Tabel 1. Keragaman pro fil RAPD menunjukkan jumlah fragmen pada po pulasi hasil persilangan bet ina Kalimantan x jantan Jawa berkisar 12-15 dengan ukuran fragmen DNA t eramplifikasi berkisar 1 50-2.500 bp. Pad a pe rsilan gan be t ina Jawa x jant an Kalim an t an memiliki jumlah fragmen 14-16 dengan ukuran fragmen DNA t eramplifikasi berkisar 180-3.000 bp.

OPA 08 OPA 09 OPC 02

OPA 08 OPA 09 OPC 02

  

Table 1. The number of fragment s and size of DNA wit h PCR-RAPD using OPA-08,

OPA-09, and OPC-02 primers result ing from reciprocal crossing of t infoil barb from Java and Kalimant an

  Amplifikasi ( Amplification ) Populasi Populations

  ) 11-14 180-2,000

  Female of Java

  14-16 180-3,000 Jantan Kalimantan ( M ale of Kalimantan ) 11-15 200-2,000 Betina Kalimantan ( Female of Kalimantan ) 11-14 200-2,000 Jantan Jawa ( M ale of Java ) 12-16 180-3,000 Betina Jawa (

  Female of Java x male of Kalimantan

  12-15 150-2,500 Betina Jawa x jantan Kalimantan

  Female of Kalimant an x male of Java

  Betina Kalimantan x jantan Jawa

  Ukuran fragm en Size of fragments

  Jum lah fragmen Number of fragments

  102

  Ragam genotipe ikan tengadak, Barbonymus schwanenfeldii ..... (Deni Radona)

  

Figure 4. DNA amplificat ion result s of t infoil barb hybrid (female of Kalimant an x male of Jawa) wit h

PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 primers (Descript ion: number (1-10)= fish samples, M = marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

  Gambar 4. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak hibrid (bet ina Kalimant an x jant an Jawa dengan PCR-RAPD me nggu nakan primer OPA-08, OPA-0 9, d an OPC-0 2 (Ke t erangan : no mo r (1 -1 0 )= sam p e l ikan , M= m arke r (Ge n e Ru le r 1 0 0 b p Plu s DNA Lad d er, Th erm o scie nt ific)

  Het e ro zigo sit as m e ru p akan u ku ran ke ragaman g e n e t ik b e r d a s a r k a n p r o p o r s i ju m la h in d ivid u het ero zigot po pulasi (So ewardi, 2007). Semakin t inggi h e t e ro zigo s it as m aka s e m akin b a n yak ge n ya n g t e rlibat d alam m enyumb an gkan t ingkat kebu garan suat u po pulasi (Tave, 1993). Secara st at ist ik dengan m e n ggu n a kan u ji p e rb an d in ga n b e r p asa n gan Fst (Tabel 3) menunjukkan perbedaan keragaman genet ik

  random mat ing ) dan repro duksi di habit at nya.

  (2011), t ingginya t ingkat po limo rfisme pada po pulasi menunjukan efekt ivit as individu dalam pro ses seleksi (

  et al .

  b e t in a Ja w a x ja n t a n Ka lim a n t a n m e m ilik i n ila i po limo rfisme dan het ero zigo sit as t ert inggi (32,43% dan 0,13) diban dingkan dengan persilangan bet ina Kalimant an x jant an Jawa yang hanya memiliki nilai se be sar 2 1 ,6 2% d an 0 ,1 0 . Me n uru t Ku sm ini

  et al ., 2012; Gustiano et al ., 2013). Populasi persilangan

  Perbedaan po limo rfisme pit a DNA yang dihasilkan t ergant ung pada sit us penempelan primer dan dapat digunakan u nt uk memb erikan gambaran m enge nai t ingkat keragaman genet ik suat u po pulasi (Gusmiat i

  Pe rs e n t as e p o lim o r fism e d an h e t e ro zig o s it as secara len gkap d isajikan p ad a Tab e l 2. Pe rse nt ase po limo rfisme dan het ero zigo sit as pada po pulasi hasil persilangan ikan tengadak memperlihat kan bahwa nilai po limo rfisme t ert inggi pada po pulasi bet ina Jawa x jantan Kalimantan (32,43%) dan terendah pada populasi be t ina Kalim an t an x jant an Jawa (21 ,6 2%). Tin gkat hetero zigo sitas yang tert inggi yaitu 0,13 pada po pulasi persilangan bet ina Jawa x jant an Kalimant an.

  Tabel 1. Jumlah dan ukuran fragmen DNA pro duk PCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC 02 pada persilangan ikan t engadak asal Jawa dan Kalimant an secara resipro kal

  Populations

Jawa ( Java ) Kalim ant an

  Table 3. Pairwise comparison Fst result ing from reciprocal crossing of t infoil barb

  )

  37.84

  0.15 Betina Jawa ( Female of Java )

  21.62

  0.09 Ragam genetik ( Genetic diversity )

  Populasi Populations

  Tabel 3. Uji perbandingan berpasangan Fst pada ikan t engadak hasil persilangan secara resipro kal

  f ), p o p ulasi jant an ( m

  0.18 Jantan Jawa (

  ), KJ= Kalim ant an x Jawa, JK= Jawa

x Kaliman tan , p o p ulasi awal= bet ina, p o p ulasi akh ir= jan tan

  • * ) b erbed a nyata (P< 0 ,0 5)

  Descr ipt ion: The femal e populat i on ( f

  ), t he male populat ion ( m

  ), KJ= Kal imant an x Java, JK= Java x Kali mant an, init ial populat i on= female, fi nal populat i on= mal e * ) signifi cant ly differ ent (P< 0.0 5)

  ♂ ♀ ♂ ♀ JK KJ ♂ ***** ♀ 1 .0 00 0 ***** ♂ 0 .0 00 0 0 .0 00 0 ***** ♀ 0 .0 00 0 0 .0 00 0 1 0,00 0 ***** JK 0 .0 00 0 0 .0 00 1 0 .0 00 0 0 .0 00 0 ***** KJ 0 .0 00 0 0 .0 00 0 0 .0 00 0 0 .0 00 0 0.0 000 *****

  Silang luar Outbreed

  Jawa ( Java ) Kalimantan Silan g lu ar

  Out breed Populasi

  M ale of Java

  40.54

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 99-105

  Polymorphism (%) Heterozigosit as

  yang nyat a ant ar po pulasi persilangan (P< 0,05). Hasil uji Fst memberikan indikasi bahwa po pulasi yang ada belum t ereksplo rasi.

  Be r d a s a r k a n a n a lis is k e r a g a m a n g e n e t ik a int rapo pulasi, jarak genet ik masing-masing po pulasi (Tabel 4), dipero leh jarak genet ik yang jauh dari hasil p e r silan g an ika n t e n g ad ak (0 ,4 7 6 8 ). Un t u k ja rak ge n e t ik in t e rp o p u la si le b ih lan ju t d isajika n p ad a Gambar 5. Po pulasi ikan t engadak hasil persilangan b e t in a Ja w a x ja n t a n Ka lim a n t a n m e n u n ju k k a n h u b u n g an k e ke r ab at an yan g le b ih d e kat d e n g an po pulasi induk Jawa, baik jant an maupun bet ina.

  Berdasarkan dendro gram t erlihat bahwa hubungan kekerab at an ge n et ik p o pu lasi ikan t e ngad ak hasil persilangan betina Jawa x jantan Kalimantan dan betina Kaliman t an x jant an Jawa me mb ent uk sat u

  clust er .

  Kekerabatan ikan tengadak hasil persilangan cenderung lebih dekat at au lebih mirip dengan induk asal Jawa (jant an dan bet ina) dibandingkan dengan induk asal Kalimant an. Dendro gram merupakan hasil gabungan analisis dari t iga primer (OPA-08, OPA-09, dan OPC- 0 2 ) yan g m e n ge lo m p o kkan p o p u lasi b e rd asarkan t in gkat ke m irip an ge n e t ik (Ku sm in i et al ., 2 0 1 5 ). Ke ra ga m a n ge n e t ik m e ru p ak an p ar am e t e r k u n ci

  Tabel 2. Persent ase po limo rfisme dan het ero zigo sit as hasil persilangan ikan t engadak asal Jawa dan Kalimant an secara resipro kal

  

Table 2. Percent age of polymorphism and het erozigosit y result ing from reciprocal

crossing of t infoil barb from Java and Kalimant an Polimorfism e

  Heterozigosity

  0.18 Betina Kalimantan ( Female of Kalimantan )

  Betina Kalimantan x jantan Jawa

  Female of Kalimantan x male of Java

  21.62

  0.10 Betina Jawa x jantan Kalimantan

  Female of Java x male of Kalimant an

  32.43

  0.13 Jantan Kalimantan ( Male of Kalimantan )

  37.84

  • Ke terangan: Po p ulasi bet ina (

  Ragam genotipe ikan tengadak, Barbonymus schwanenfeldii ..... (Deni Radona)

  Tabel 4. Jarak genet ik ikan tengadak hasil persilangan asal Jawa dan Kalimant an secara resip ro kal

  

Table 4. Genet ic dist ance result ing from reciprocal crossing of t infoil barb from Java and

Kalimant an Jawa Silang luar Kalim ant an Populasi

  Java Outcrossing Populations

  ♂ ♀ ♂ ♀ JK KJ

  Jawa

  • Java ♀ *****

  ♂

  ♂ ***** 0 .5 22 0 .5 25

  Kalim ant an

  ♀ ***** 0 .5 05 0 .5 16 0 .2 04 Silan g lu ar JK 0 .4 37 0 .4 32 0.4 68 ***** 0 .4 61

  Out crossing KJ 0 .4 79 0 .4 68 0 .5 52 0.5 46 0.47 7 *****

  Ke terangan: Po p ulasi bet ina ( ), p o p ulasi jant an ( ), KJ= Kalim ant an x Jawa, JK= Jawa f m

x Kaliman tan, p o p ulasi awal= b etina, p o p ulasi akhir = Jant an

  Descr ipt ion: The femal e populat i on ( ), t he male populat ion ( ), KJ= Kalimant an x Java, f m

  JK= Java x Kali mant an, i ni t i al popul at i on = female, fi nal popul at ion= mal e

  0.6 00 0 0. 4 500 0.3 00 0 0. 15 00 0. 0 000

  Kalimantan

  ♀ Kalimantan

  Java ) Jawa (

  Java )

  ♀ Jawa (♀

  Java ) x

  ♀ Jawa (♀ Kalimantan

  Java )

  ♀ Kalimantan x Jawa ( Gambar 5. Dendro gram hubungan kekerabat an ikan t engadak hasil persilangan berdasarkan keragaman OPA-08, OPA-09, dan OPC-02

  

Figure 5. Genet ic relat ionship dendrogram bet ween crossbred result s based on OPA-

08, OPA-09, and OPC-02 diversit y

  kebugaran po pulasi yang menjamin keberlanjut annya KESIM PULAN dan kemampuan merespo ns secara pasif seleksi alam Keragaman genetik ikan tengadak hasil persilangan

  et al

  at au pun bu at an (Lo renzen ., 2012 ). Pe rbed aan b e t in a Ja w a x ja n t a n Ka lim a n t a n m e n u n ju k k a n keragaman genet ik dapat meningkat kan jarak genet ik po limo rfisme dan het ero zigo sit as t ert inggi (32,43% an t ar p o p u la si d a n u m u m n ya d igu n akan se b a gai dan 0,13). Analisis keragaman genet ika int erpo pulasi p e r t im b a n g a n d a la m m e la k u k a n s e le k s i d a n h a s il p e r s ila n g a n ik a n t e n g a d a k a s a l Ja w a d a n p e rsilan gan . Se cara u m u m , re n d ah n ya ke ragam an Kalimant an dipero leh jarak genet ik yang jauh (0,48). genetik intrapo pulasi akan mengakibat kan munculnya

  Ika n t e n g ad a k b e t in a as al Ja w a d an ja n t a n a sa l s ifa t n e g a t if a n t a r a la in p e r t u m b u h a n la m b a t , Kalimant an b erpo t ensi sebagai sumber genet ik do -

  et

  repro duksi dan t ingkat adapt asi yang rendah (Lear y no r untuk pengembangan budidaya ikan tengadak yang

  al ., 1985).

  berkelanjutan.

  104

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (2), 2016, 99-105 UCAPAN TERIM A KASIH

  (

  Ku s m in i, I.I., Pr ako so , V.A., & Ku sd ia r t i. (2 0 1 5 ).

  Ke r a g a m a n fe n o t ip e t r u s s m o r fo m e t r ik d a n ge no t ipe ikan gabu s (

  Channa st r iat a

  ) dari Jawa Barat , Sumat era Selat an dan Kalimant an Tengah. J.

  Ris. Akuakult ur, 10(4), 501-509.

  Le ar y, R.F., Alle ndro f, F.W., & Knud sen, K.L. (1985 ).

  Develo pment inst abilit y and high merist ic co unt s in int erspecific hybrid o f salmo nid fishes.

  Evolu- t ion

  , 39, 318-326. Liu, Z.J. (2007). Rand o mly amplified po lymo rph ism DNA (RAPD).

  In

  Aquacult ure ge no m e t ech no lo - gies. Liu, Z.J. (Ed.). Blackwell Pub lishing. USA, . 21-28. Lo renzen, K., Beveridge, M.C.M., & Mangel, M. (2012).

  Cultured fish: integrative biolo gy and management o f do mest icat io n and int eract io ns wit h wild fish.

  Biology Review , 87, 639-660.

  Miller, M.P. (1997). To o ls fo r po pulat io n genet ic analy- sis (TFPGA) versio n 1.3. Depart ment o f Bio lo gi- cal Science. No rt hern Arizo na Universit y, Arizo na, USA. Mu lya s a r i. (2 0 1 0 ). Ka r a k t e r is t ik fe n o t ip e m o rfo m e rist ik d an keragam an ge n o t ip e RAPD

  Random Amplified Polymorphism

  Tahunan VI Hasil Penelit ian Perikanan dan Kelaut an .

  DNA) ikan nilem (

  Ost eochilus hasselt i

  ) di Jawa Barat . Tesis. Inst it ut Pert anian Bo go r. Nugro ho , E., Takagi, M., & Taniguchi, N. (1997). Prac- t ical manual o n det ect io n o f DNA po lymo rphism in fish po pulat io n st udy. Bulet in of M arine Sciences

  and Fisheries . Ko chi Universit y. Japan, 17, 109-129.

  Nu gro h o , E., Su b agja, J., Asih , S., & Ku rn iasih , T.

  (2006). Evaluasi keragaman genet ik ikan kancra dengan menggunakan marker mt DNA D-lo o p dan

  Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD).

  J. Ris. Akuakult ur , 1(2), 211-217.

  So ewardi, K. (2007). Pengelo laan keragaman genet ik sumber daya perikanan dan kelaut an. Depart emen Ma n a je m e n Su m b e r d a ya Pe r a ir a n . In s t it u t Pert anian Bo go r. Bo go r. 153 hlm. Sundari, S., Iskandariah, Huwo yo n, G.H., Kusmini, I.I.,

  & Gust iano , R. (20 12). Keragaman ge net ik t iga populasi ikan t ambakan (

  Helost oma t emminckii

  ) asal Su mat e ra, Jawa, d an Kalim an t an m en ggun akan me t o d e RAPD.

  Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakult ur

  . Pusat Penelit ian dan Pengemban gan Perikanan Budidaya. Jakart a, hlm. 1109-1114. Tave, D. (1993). Genet ic fo r fish hat cher y managers.

  Universit as Gadjah Mada. Yo gyakart a, hlm. 332- 338.

  sp.) dan ikan t awes ( Barbodes gonionot us ). Prosiding Seminar Nasional

  Ucapan t e rima kasih d isam paikan kep ad a Balai Pen elit ian d an Pe ngem ban gan Bu d id aya Air Tawar, Bo go r karena su dah mendanai kegiat an ini me lalui APBN 2 0 1 5 . Te r im a ka s ih ju g a ke p a d a Sa u d a r a Sudarmaji dan Fera Permat a Put ri at as bant uan yang diberikan selama penelit ian.

  Gust ian o , R., Kusm ini, I., & At h-t har, M.F.H. (20 15).

  DAFTAR ACUAN Asih, S., Nu gro ho , E., Krist ant o , A.H., & Mulyasari.

  (2008). Penent uan variasi genet ik ikan bat ak (

  Tor soro

  ) dari Sumat era Ut ara dan Jawa Barat dengan me t o d e an alisis

  Random Amplified Polymor phism DNA (RAPD). J. Ris. Akuakult ur, 3(1): 91-97.

  Dunham, R.A. (2004). Aquacult ure and fisheries bio - t echno lo gy: Genet ic appro ach. CABI Publishing.

  Cambridge USA, p. 85-99. Fayumi, U. (2013). Karakt erisasi feno tipe morfo metrik dan geno t ipe RAPD (

  Random Amplified Polymorphic DNA

  ) ikan bet o k (

  Anabas t est udineus Blo ch, 1792).

  Skripsi. Inst it ut Pert anian Bo go r. Gusmiat i, Rest u, M., & Po ngt uluran. (2012). Seleksi primer unt uk analisa keragaman genet ik jenis bit t i

  (

  Vit es coffassus ).

  Jurnal Perennial , 8, 25-29.

  Mengenal sumber daya genet ik ikan spesifik lo kal air tawar Indo nesia untuk pengembangan budidaya.

  Barbodes

  IPB Press. Bo go r, hlm. 1-51. Gu s t ian o , R., Ok t avia n i, T., So e lis t yo w a t i, D.T., Kusmini, I., Wahyut o mo , & Huwo yo n, G.H. (2013).

  Analisa ragam geno t ipe RAPD dan feno t ipe t russ m o r p h o m e t ric p ad a t iga p o p u la si ik an ga b u s ( Channa st riat a ). Berit a Biologi , 12(3), 325-333. Is ka n d a r ia h , So e lis t yo w a t i, D.T., Gu s t ia n o , R.,

  Ku sm in i, I.I., & Hu wo yo n, G.H. (20 1 5 ). Ragam genet ik t iga po pulasi sepat siam asal Kalimant an m e n ggu n aka n an alis is RAPD d an p e n g u ku r an

  morfomet rik t russ .

  Berit a Biologi , 14(1), 57-68.

  Ku s m in i, I.I., Gu st ia n o , R., & Mu lyas a ri. (2 0 1 1 ).

  Karakt e risasi ge n et ik ikan Ke labau (

  Ost eochilus kelabau ) dari berbagai lo kasi di Kalimant an Barat

  menggunakan analisis RAPD.

  Berit a Biologi

  , 10(4), 449-454. Ku smin i, I.I., Mulyasari,Widiyat i, A., & Nugro ho , E.

  (2009). Karakt er genet ik ikan t engadak (

  Barbodes

  sp.), ikan tawes albino (

  Kluwer Acad Publ. Net herland, 415 pp.

Dokumen yang terkait

Dokumen baru