Karakterisasi Fenotipe dengan Analisis Truss- Morfometrik

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (3), 2016, 207-216

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

  

KARAKTERISASI FENOTIPE DAN GENOTIPE TIGA POPULASI IKAN TENGADAK,

#

Barbonymus schwanenfeldii

Irin Iriana Kusmini , Rudhy Gustiano, Deni Radona, Vitas At madi Prakoso,

Fera Perm ata Putri, dan Tri Heru Prihadi

  

Balai Penelitian dan Pen gemb angan Bud idaya air Tawar

ABSTRAK

Ikan ten gadak, Barbonymus schwanenfeldii m erup akan salah sat u je nis ikan lo kal yan g po ten sial unt uk

dikembangkan . Kemungkinan keberhasilan pengembangan ikan in i sangat tinggi karena ikan tengadak

sekerabat dengan ikan tawes. Studi keragaman genetik dilakukan dalam upaya pemanfaatan sumber daya

genetik untuk kegiatan budidaya secara berkelanjutan. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis

keragaman dan kekerabatan antara populasi ikan tengadak asal Jawa, Sumatera, dan Kalimantan. Analisis

feno tipe dilakukan berdasarkan p engukuran t russ -mo rfomet rik, sedangkan an alisis geno tipe dilaku kan

se cara molekuler m enggunakan meto de PCR-RAPD den gan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02. Hasil

analisis fu ngsi kano nikal t r uss -m orfo metrik m enun jukkan sebaran pengukuran ketiga p opulasi berada

pada kuadran yang be rbeda de ngan persentase indeks keseragaman tert inggi pada populasi Sumatera

d an Jawa (100%). An alisis gen o t ipe m e nu n ju kkan ikan t e n gad ak po p u lasi Kalim ant an me m iliki n ilai

polimorfisme (50,00) dan heterozigositas tertinggi (0,206); secara kekerabatan ikan tengadak Kalimantan

memiliki jarak yang jauh dengan ikan tengadak Jawa dan Sumatera.

  KATA KUNCI: tengadak; Barbonymus schwanenfeldii ; RAPD; truss morfometrik

ABSTRACT: Phenotype and genetic characterization of three population of tinfoil barb. By: Irin Iriana Kusmini,

Rudhy Gustiano, Deni Radona, Vitas Atmadi Prakoso, Fera Permata Putri, and Tri Heru Prihadi

Tinfoil barb Barbonymus schwanenfeldii is one of pot ent ial local fish species for aquacult ure development . The

successful probabilit y of aquacult ure development of t infoil barb is very high due t o close genet ic relat ionship wit h

silver barb. St udy relat ed t o genet ic diversit y was conduct ed in order t o explore genet ic resources for sust ainable

aquaculture. The aim of t his st udy was t o analyze t he genetic diversity and relat ionship bet ween t infoil barb populations

from Java, Sumat ra, and Kalimant an. Phenot ype analysis was conduct ed by t russ morphomet ric, whereas genot ype

analysis conduct ed by PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 primers. The result s of canonical correlat ion

analysis from t russ-morphomet ric measurement s showed t hat t he dist ribut ion of t hree populat ions were locat ed in

different quadrant s wit h t he highest similarit y index percent age on Sumat ra and Java populat ion (100%). Genot ypic

analysis showed t hat t infoil barb populat ion from Kalimant an revealed the highest value of polymorphism (50.00) and

het erozygosit y (0.206), Kalimant an populat ion have dist ant ly genet ic relat ionship t o t infoil barb from Java and

Sumatra.

  KEYW ORDS: Barbonymus schwanenfeldii; RAPD; truss morphometric

PENDAHULUAN dikembangkan pembenihannya guna keperluan usaha

  budidaya dan penebaran ikan kembali ke alam (Sukadi Ik a n t e n g a d a k , Bar b onym u s schw a n en f el d i i

  et al ., 2009). Ikan tengadak merupakan salah sat u jenis

  m e r u p a k a n ika n lo ka l d a r i Pro vin s i Kalim an t an , ikan lokal yang po tensial untuk dikembangkan sebagai Su m a t e r a , d a n Ja w a ya n g k e b e r a d aa n n ya m u la i

  et al

  ikan budidaya (Ro chman ., 2008). Kemungkinan berkurang akibat tingginya t ingkat penangkapan yang ke berh asilan pen gem ban gan ikan ini sangat t inggi t idak memperhat ikan t ingkat kelest ariannya di alam. karena ikan t engadak sekerabat dengan ikan t awes. Je n is ik a n lo k a l m e n ja d i s a n g a t p e n t in g u n t u k

  Ikan t en gadak me ru pakan jen is b en t o pe lagis at au # p e r e n an g d i d a sar d a n d ap at b e r ge rak b e re n an g

  Ko r e sp o n d e nsi: Balai Pe n elit ian d an Pe n ge m b an g an Bu d id aya

  vert ikal ke permukaan di perairan umum khususnya air Tawar. Jl. Se m p u r No . 1 , Bo g o r 1 6 1 54 , Ind o n e sia.

  Te l.: + (0 2 5 1 ) 8 3 1 3 2 0 0

  sungai dan daerah genangan banjir. Umumnya ikan ini

   i r i ni r i ana@ gmai l .com E-m ail:

  hidup di daerah dengan p H 6,5-7,0 . Ikan t en gadak

  Co p yright @ 2 016 , Jurnal Rise t Akuakultu r, p -ISSN 190 7-67 54, e-ISSN 25 02-6534

  • mo rfo met rik masing- masing sebanyak 30 eko r dari set iap po pulasi.

  Amplifikasi DNA dengan Teknik PCR

  t r uss

  Karakt erisasi Genotipe dengan Analisis RAPD

  Pro fil ge n o t ip e ik a n d ia n alisis m e n g g u n a ka n m e t o d e PCR-RAPD ya n g d ia w a li d e n g a n p ro s e s ekst raksi DNA geno m, amplifikasi DNA menggunakan t eknik PCR dan elekt ro fo resis.

  Ekst raksi DNA

  Pro ses ekst raksi DNA (10 specimen sirip dari 10 eko r per po pulasi) dilakukan menggunakaan met o de

  phenol-chloroform

  (Nugro ho

  et al ., 1997).

  Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan met o de PCR dengan primer yang diuji adalah OPA-8, OPA-9, OPA-11, OPA-18, OPC-2, d an OPC-5 (Rado na

  t russ

  et al

  ., 2016).

  Gambar 1. Ko leksi ikan t engadak dari Kalimat an, Jawa, dan Sumat era

  Figure 1. Tinfoil barb collect ion from Kalimant an, Java, and Sumat ra

  Kalimantan Jawa (

  

Java

  ) Sumatera (

  Sumat ra

  Ha s il p e n g u k u r a n

  Ik a n t e n g a d a k p a d a s e t ia p p o p u la s i d ip ilih b e r d a s a r k a n k e le n g k a p a n a n g g o t a b a d a n n ya , selanjutnya dilakukan pemilihan tit ik-t itik truss di badan ikan b erdasarkan Brzeski & Do yle (19 88 ). Met o d e pengukuran dilakukan dengan menghubungkan jarak t it ik-t it ik sp e sifik yan g b e rsifat past i p ad a b ad an . Pe n g u k u r a n m o r fo m e t r ik d ila k u k a n p a d a ik a n t engadak dengan ukuran panjang 15,2 ± 1,1 cm dan bo bo t badan 124,2 ± 28,5 g hasil ko leksi po pulasi Jawa, Su m at e ra, d an Kalim an t an . Se t iap p o p u lasi diambil sebanyak 30 eko r kemudian ikan dilet akkan d i at as ke rt a s yan g t e lah d ilap isi p last ik b e n in g. Masin g-masing t it ik dit andai dengan menggu nakan jarum sesuai dengan po la

  • morfo met rik, meliput i: pengukuran jarak t it ik-t it ik t anda yang dibuat pada kerangka badan (Gambar 2 dan Tabel 1).
  • m o r fo m e t rik s e lu r u h karakt er diko nversi t erle bih dah ulu ke dalam rasio d e n gan cara m em b agi n ilai karakt er d e n gan n ilai p a n ja n g s t a n d a r, k e m u d ia n d ia n a lis is d e n g a n menggunakan SPSS versi 18.

  ., 2009), dan ikan gabus,

  Co p yrig ht @ 20 16, Jurnal Riset Aku akultur, p -ISSN 1 907-675 4, e-ISSN 250 2-65 34 Karakt erisasi fenotipe dan genotipe tiga populasi ikan t engadak ..... (Irin Iriana Kusmini)

  t ermasuk jenis herbivo ra yang memakan t anaman air dan t anaman darat yang t erendam. Ukuran maksimum panjang t o t al yang dapat dicapai unt uk jenis jant an adalah 35,0 cm; sedangkan betina adalah 20,0 cm. Ikan t e n gad ak t e r se b ar d i su n gai b e sar Asia Te n ggara sepert i Sungai Meko ng, Chao Phraya di darat an Asia dan su ngai-sun gai besar di Sem enan jung Malaysia, Pulau Sumat era, dan Kalimant an (Ko t t elat & Whit t en, 1996).

  Pro ses do mest ikasi merupakan sebuah upaya agar ikan dapat hidup, berkembang biak dan t umbuh pada lingkungan budidaya. Do mest ikasi sangat diharapkan dapat menjaga kelest arian sumber daya genet iknya, se rt a d ap at m e n in gk at k an p r o d u kt ivit a s m e lalu i pengelo laan secara berkelanjut an. Keragaman genetik yang meliput i variasi alel dan het ero zigo sit as pent ing u n t u k ke le st arian jan gka p an jan g su at u p o p u lasi m au p u n s p e s ie s t e r ka it d e n g a n k e m a m p u a n n ya beradaptasi terhadap perubahan lingkungan (Dunham, 2 0 0 4 ). An a lis is k e r a g a m a n g e n e t ik d e n g a n menggunakan met ode RAPD dan

  truss morfometrik

  telah dilakukan pada beberapa jenis ikan asli Indo nesia di ant aranya ikan Tor soro (Asih et al ., 2008), ikan t awes

  Barbonymus gonionot us

  (Kusmini

  et al

  Channa st riat a

  Karakterisasi Fenotipe dengan Analisis Truss- M or fom et rik

  (Gust iano

  et al ., 2013).

  Upaya pengembangan ikan lo kal ini diharapkan agar t idak hilang dari perairan di beberapa wilayah di In- do nesia. Secara feno t ipe dan geno t ipe ikan t engadak mempunyai kekerabatan yang lebih dekat dengan ikan tawes albino dibandingkan dengan ikan t awes asal Jawa Barat (Kusmini

  et al

  ., 2009). Tujuan penelit an ini adalah untuk menganalisis keragaman dan kekerabatan antara p o p u lasi ikan t e n gad ak asal Jawa, Su m at e ra, d an Kalimant an.

  BAHAN DAN M ETODE Sampel Ikan Uji

  Koleksi ikan tengadak dilakukan dari bulan Januari- Maret 2015. Sampel ikan t engadak yang digunakan berasal dari Jawa Barat dipero leh dari Danau Cirat a; Jambi dari Kawasan Ko nser vasi Perairan Ar wana Kutur, Desa Mo ent i, Saro langun; dan Kalimant an Barat dari Ba la i Be n ih Ik a n Se n t r a l An jo n g a n Po n t ia n a k (Gam bar 1). Ju mlah sam pe l yang d igun akan u nt uk analisis PCR-RAPD adalah 10 eko r unt uk t iap po pulasi, sedangkan unt uk analisis

  t russ

  )

  Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (3), 2016, 207-216 t russ

  Gambar 2. Tit ik pengukuran -mo rfo met rik

  Figure 2. M easurement point s of t russ morphomet ric t russ

  Tabel 1. Deskripsi 21 karakt er unt uk -mo rfo met rik pada ikan t engadak

  Table 1. Descript ion of 21 charact ers for t russ morphomet ric of t infoil barb tr uss

  Bi dang Kode Deskri psi j arak Tr uss ar ea Code Descr iption of distance

  A-1 Uju n g mu lut - u ju n g o p erku lu m bawah (End of mout h - t he lower end of operculum) A-2 Uju n g mu lu t - b atas akh ir tulan g kep ala ( End of mouth - lat ter part of skull ) A-3 Uju n g mu lut - sir ip ven tr al ( End of mout h - vent ral fin ) Kep ala

  Uju n g o p erku lu m bawah - b atas akh ir tu lan g kep ala Head

  A-4 The lower end of operculum - latt er part of skull

  A-5 Uju n g o p erku lu m bawah - sir ip ventr al ( ) The lower end of operculum - vent ral fin

  

A-6 Batas akh ir tu lan g kep ala - sirip ven tral ( Lat ter part of skull - ventral f in )

B-1 Batas akh ir tu lan g kep ala - awal sir ip d o rsal ( Lat ter part of skull - beginning of dorsal f in ) Ten g ah B-3 Batas akh ir tulan g kep ala - awal sir ip an al ( Latt er part of skull - beginning of anal fin ) b ad an

B-4 Sir ip ven tr al - awal sir ip d o r sal ( )

  Vent ral fin - beginning of dorsal fin M iddle

B-5 Sir ip ven tr al - awal sir ip an al (Ven tral fin - beginning of anal fin )

body

  B-6 Awal sirip d or sal - awal sir ip an al ( Beginning of dorsal f in - beginning of anal f in ) C-1 Awal sir ip d o r sal - akh ir sir ip d o rsal ( Beginning of dorsal f in - end of dorsal fin ) Bad an C-3 Awal sir ip d o r sal - akh ir sir ip an al ( Beginning of dorsal f in - end of anal fin ) b elakan g C-4 Awal sir ip an al - akh ir sirip d o rsal ( Beginning of anal f in - end of dorsal fin )

  Rear

C-5 Awal sir ip an al - akh ir sir ip an al ( Beginning of anal f in - end of anal fin )

body

  

C-6 Akh ir sir ip d o r sal - akh ir sir ip an al ( End of dorsal fin - end of anal f in )

D-1 Akh ir sir ip do r sal - awal sir ip ekor atas ( End of dorsal fin - beginning of upper part of caudal fin )

Pan gkal D-3 Akhir sirip d o rsal - awal sir ip eko r bawah ( End of dorsal fin - beginning of lower part of caudal fin )

eko r

  D-4 Akh ir sirip an al - awal sirip eko r atas ( End of anal f in - beginning of upper part of caudal fin ) Caudal

  D-5 Akhir sirip anal - awal sir ip ekor b awah ( End of anal f in - beginning of lower part of caudal fin ) peduncle

  Awal sir ip ekor atas - akhir sirip eko r b awah D-6 Beginning of upper part of caudal f in - beginning of lower part of caudal fin

  Co p yright @ 2 016 , Jurnal Rise t Akuakultu r, p -ISSN 190 7-67 54, e-ISSN 25 02-6534

  & Mackay, 1996; Gjedrem, 2005). Pada Tabel 2 terdapat 2 1 karakt e r t e ru ku r yang m e m iliki karakt e r yan g berbeda (kecuali A5= ujung o perculum bawah – sirip ve n t ral). Ko e fisie n ke ra gam an

  • m o r fo m e t r ik po pulasi ikan t engadak berkisar ant ara 2,24%-12,76%. Nilai CV in i t ergo lo n g ren dah. Re nd ahn ya nilai CV bukanlah hal yang luar biasa unt uk jenis-jenis ikan air t aw a r d a lam d o m e s t ik a si s e p e r t i yan g t e r a m a t i sebelumnya pada ikan nilem (Mulyasari, 2009), yait u berkisar ant ara 3,38%-10,35%. Rendahnya nilai CV ini relat if sempit sehingga peluang t erjadi pert ukaran gen dengan po pulasi lain juga relat if kecil (Iskandariah
  • -m orfometrik Ikan Tengadak

  • morfo metrik dilakukan t erhadap 21 karakt er pada ikan t engadak asal Jawa, Sumat era, d a n k a lim a n t a n . Nila i r a t a -r a t a k a r a k t e r

  C-3 0.473 ± 0.025 0.439 ± 0.016 0.485 ± 0.017 C-4 0.379 ± 0.019 0.328 ± 0.017 0.365 ± 0.013 C-5 0.151 ± 0.016 0.134 ± 0.015 0.154 ± 0.010 C-6 0.322 ± 0.014 0.290 ± 0.010 0.314 ± 0.013 D-1 0.307 ± 0.013 0.335 ± 0.017 0.302 ± 0.019 D-3 0.382 ± 0.020 0.396 ± 0.017 0.374 ± 0.016 D-4 0.235 ± 0.012 0.237 ± 0.020 0.220 ± 0.013 D-5 0.148 ± 0.016 0.180 ± 0.023 0.136 ± 0.013 D-6 0.157 ± 0.006 0.137 ± 0.015 0.148 ± 0.009

  B-1 0.395 ± 0.016 0.370 ± 0.024 0.361 ± 0.017 B-3 0.647 ± 0.015 0.617 ± 0.019 0.626 ± 0.021 B-4 0.475 ± 0.021 0.429 ± 0.025 0.472 ± 0.022 B-5 0.242 ± 0.016 0.243 ± 0.014 0.226 ± 0.016 B-6 0.497 ± 0.013 0.442 ± 0.014 0.498 ± 0.018 C-1 0.178 ± 0.018 0.166 ± 0.017 0.193 ± 0.014

  A-1 0.199 ± 0.013 0.174 ± 0.017 0.186 ± 0.011 A-2 0.172 ± 0.014 0.160 ± 0.011 0.166 ± 0.011 A-3 0.537 ± 0.017 0.512 ± 0.027 0.531 ± 0.018 A-4 0.235 ± 0.012 0.215 ± 0.017 0.223 ± 0.011 A-5 0.368 ± 0.020 0.361 ± 0.027 0.370 ± 0.018 A-6 0.469 ± 0.018 0.447 ± 0.025 0.466 ± 0.018

  

Table 2. Average of t russ-morphomet ric charact ers of t infoil barb from Sumat ra, Java,

and Kalimant an Sumatera (Sumatra ) Jawa (Java ) Kalimantan

  t russ

  Tabel 2. Rat a-rat a nilai karakt er

  Ha s il a n a lis is fu n g s i k a n o n ik a l (Ga m b a r 3 ) m e m p e rlih at ka n b a h w a ka ra kt e r m o r fo lo gi ika n t engadak dari Jawa, Sumat era, dan Kalimant an t idak saling bersinggungan, t erdist ribusi pada kuadran yang berbeda. Ikan t engadak Jawa berada pada kuadran-2 dan 3, ikan t engadak Sumat era berada pada kuadran-1 se dangkan ikan t en gad ak Kalimant an be rad a pada kuadran 4. Uji signifikan dilakukan untuk menget ahui karakt er yang dapat digunakan sebagai penciri dari suat u jenis ikan. Hal ini mengindikasikan bahwa ikan t engadak dari ket iga po pulasi (Jawa, Sumat era, dan Ka lim a n t a n ) t id a k m e m ilik i k e s a m a a n k a r a k t e r (P< 0,05 ).

  et al ., 2015).

  t r uss

  t r u ss

  • mo rfo me t rik ikan t e ngadak disajikan pada Tabel 2. Keragaman mo rfo met rik dinyat akan dalam ko efisien keragaman karakt er (CV) dan nilai CV disajikan dalam Tabel 3.
  • mo rfo m et rik ikan t en gadak asal Su mat era, Jawa, dan Kalimant an

  Nilai CV suat u karakt er mengindikasikan t ingkat variabilit as karakt er yang bersangkut an pad a suat u po pulasi. Tingkat variabilit as suat u karakt er feno t ipe mencerminkan variabilitas genot ipe po pulasi (Falconer

  t russ

  Pengukuran

  HASIL DAN BAHASAN Truss

  sharing component ).

  ) dan disajikan dalam bent uk dendro gram. Analisis sebaran karakt er morfomet rik intra dan int erpopulasi dilakukan dengan ano va menggunakan SPSS versi 18 dan disajikan dalam diagram diskriminan kano nikal, sert a analisis indeks keseragaman (

  Unweight Pair Met hods Arit hmetic

  Keragaman genet ik dianalisis menggunakan pro - gram TFPGA ( Tools for Populat ion Genet ic Analysis ) me ngacu p ada Wright (197 8) dalam Miller (19 97 ). Hu b u n ga n k e k e r a b at a n in t e r p o p u la s i d ia n a lis is berdasarkan jarak genet ik dengan bant uan pro gram UPGMA (

  Analisis Ragam Genet ik

  Co p yrig ht @ 20 16, Jurnal Riset Aku akultur, p -ISSN 1 907-675 4, e-ISSN 250 2-65 34 Karakt erisasi fenotipe dan genotipe tiga populasi ikan t engadak ..... (Irin Iriana Kusmini)

  Rataan (Average ) Karakter morfom etrik M orphometric characters asal Jawa, Kalimant an, dan Sumat era

  ) Kal im ant an

  Sum at era ( Sumatr a

  Karakt er m orfom et rik M orphometric characters

  Koefi si en keragam an Coefficient of variation (%)

  Si gni fi kansi Significance

  ) Jawa ( Java

  Tabel 3. Ko e fisien variasi (CV) 2 1 karakt er m o rfo met rik dari ikan t engadak, Barbonymus

  schwanenfeldii

  Table 3. Coefficient of variat ion (CV) of 21 morphomet ric charact ers of t infoil barb, Barbonymus schwanenfeldii from Java, Kalimant an, and Sumat ra

  • 2 A-2 8 .1 7 6 .6 2 6 .5 4 ,0 0 1

  • 3 A-3 3 .1 2 5 .3 0 3 .4 0 ,0 0 0
  • 4 A-4 5 .1 3 7 .6 8 5 .1 0 ,0 0 0
  • 5 A-5 5 .5 1 7 .3 6 4 .9 0 ,2 6 5
  • 7 B-1 3 .9 7 6 .5 5 4 .8 2 ,0 0 0

6 A-6 3 .7 4 5 .7 0 3 .7 9 ,0 0 0

  • 8 B-3 2 .2 4 3 .0 6 3 .3 6 ,0 0 0
  • 9 B-4 4 .3 9 5 .7 5 4 .6 4 ,0 0 0
  • 1 0 B-5 6 .8 2 5 .8 6 6 .9 2 ,0 0 0
  • 1 1 B-6 2 .6 1 3 .0 5 3 .6 5 ,0 0 0
  • 1 2 C-1 9 .9 8 10 .51 7 .0 3 ,0 0 0
  • 1 3 C-3 5 .3 3 3 .6 8 3 .4 8 ,0 0 0
  • 1 4 C-4 5 .0 0 5 .2 4 3 .6 7 ,0 0 0
  • 1 5 C-5 1 0 .6 7 10 .96 6 .1 9 ,0 0 0
  • 1 6 C-6 4 .4 5 3 .3 6 4 .1 6 ,0 0 0
  • 1 7 D-1 4 .1 2 5 .2 1 6 .2 5 ,0 0 0
  • 1 8 D-3 5 .2 9 4 .1 8 4 .2 9 ,0 0 0
  • 1 9 D-4 5 .0 9 8 .4 3 5 .7 2 ,0 0 0
  • 2 0 D-5 1 1 .0 9 12 .76 9 .9 2 ,0 0 0
  • 2 1 D-6 4 .0 8 11 .22 6 .1 8 ,0 0 0
  • No.

  3

  6

  3

  3

  6

  2

  1

  • 3
  • 6
    • 6 -3

      Gambar 3. Penyebaran karakt er mo rfo met rik ikan t engadak,

      4

      ) Kalimantan

      Barbonymus schwanenfeldii asal Jawa, Kalimantan, dan

      1 A-1 6 .6 2 9 .8 0 5 .8 1 ,0 0 0

      Co p yright @ 2 016 , Jurnal Rise t Akuakultu r, p -ISSN 190 7-67 54, e-ISSN 25 02-6534 Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (3), 2016, 207-216

      Ke terang an ( Descri pt ion ): * = Berbed a n yata (P< 0,05) ( Si gnificant ly differ ent (P< 0.05 ) )

      Figure 3. M orphomet ric charact ers dist ribut ion of t infoil barb, Barbonymus schwanenfeldii from Java, Kalimant an, and Sumat ra

      Sumat era Co p yrig ht @ 20 16, Jurnal Riset Aku akultur, p -ISSN 1 907-675 4, e-ISSN 250 2-65 34 Karakt erisasi fenotipe dan genotipe tiga populasi ikan t engadak ..... (Irin Iriana Kusmini)

      Jawa ( Java ) Sumatera ( Sumat ra

      Menurut So ewardi (2007), sebagian besar variasi feno t ipe ant ar po pulasi cenderung disebabkan o leh fakt o r lin gku n gan dan san gat se dikit d ip e ngaruh i fakt o r genet ik. Selain it u, aspek bio lo gi dan fisio lo gi ik a n , e fe k m a t e r n a l, p o la m a k a n , k o m p e n s a s i pert umbuhan dan pemeliharaan bersama (

      Tabel 4. Nilai persent ase

      PCR-RAPD menggunakan primer OPA-09 (Ket erangan: no mo r (1-15)= sampel ikan, M= marker DNA)

      A B C Gambar 4. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak Kalimant an (A), Sumat era (B), dan Jawa Barat (C) dengan

      1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M

      Su mater a ( Sumat ra ) 1 00 10 0 Jawa ( Java ) 1 0 0 10 0 Kalimantan ( Kalimantan ) 3 .3 9 6 .7 10 0

      

    Table 4. The percent age value of sharing component of t infoil barb from Sumat ra, Java, and

    Kalimant an

    Popul asi ( Populations ) Sum at era ( Sumatr a ) Jawa ( Java ) Kal im ant an Jum l ah ( Total )

      ikan t engadak po pulasi Sumat era, Jawa, dan Kalimantan

      sharing component

      Persent ase po limo rfisme dit ent ukan o leh jumlah fr a g m e n DNA ya n g t e r a m p lifik a s i. Pe r b e d a a n po limo rfisme pit a DNA yang dihasilkan t ergant ung pada sit us penempelan primer dan dapat digunakan u n t u k m e m b e rik an ga m b a r an m e n ge n a i t in g ka t keragaman genet ik suat u po pulasi (Gu st iano et al ., 2 0 1 3 ). He t e r o z ig o s it a s m e n u n ju k k a n p o t e n s i

      communal st ocking

      Persent ase po limo rfisme dan het erozigo sit as pada k e t ig a p o p u la s i ik a n t e n g a d a k (Ta b e l 6 ) memperlihatkan bahwa po pulasi Kalimantan memiliki persent ase po limo rfisme dan het ero zigo sit as leb ih t inggi dibandingkan dua po pulasi lainnya.

      Keragaman pro fil RAPD (Tabel 5) menunjukkan jumlah fra gm e n DNA p ro d u k PCR p a d a ke t ig a p o p u las i berkisar 8-18 dengan kisaran ukuran 180-3.000 bp. Jumlah dan ukuran fragmen t erbanyak dipero leh pada po pulasi ikan t engadak asal Sumat era.

      Amplifikasi DNA yang menggunakan t iga primer (OPA-08, OPA-09, dan OPC-02) pada ikan tengadak asal Sumat era, Jawa, dan Kalimant an memperlihatkan DNA t e r am p lifika si p a d a s e t iap lo ku s d an b e r var ia si.

      Keragaman Genotipe Ikan Tengadak

      (2007), t inggi rendahnya nilai indeks kesamaan d ip en garu h i o le h sum b e r gen e t ik pe m b e n t u kn ya, sehingga kuat dugaan bahwa perbedaan ikan t engadak inter-populasi murni berasal dari sumber genet ik yang b e r b e d a . Hu b u n g a n k e k e r a b a t a n m e m b e r ik a n gambaran t erhadap kemungkinan adanya perkawinan silang. Terkait dengan usaha do mest ikasi, salah sat u aspek yang perlu diperhat ikan dan berperan pent ing dalam pro gram do mest ikasi adalah penyediaan induk yang berkualit as.

      int ra-po pulasi ikan t engadak dit ampilkan pada Tabel 4. Nilai sharing in t r a -p o p u la si t e r t in g g i d ip e r o le h d a ri p o p u las i Su m a t e r a d a n Ja w a s e b e s a r 1 0 0 %, s e d a n g k a n Kalimant an dengan nilai 96,7%. Menurut Set ijaningsih et al.

      sharing component

      ) juga dapat memengaruhi t ingkat keragaman feno t ipe po pulasi. Nilai persent ase

      

    Figure 4. DNA amplificat ion result of t infoil barb from Kalimant an, Sumat ra, and West Java by PCR-RAPD

    using OPA-09 primer (Descript ion: number (1-15)= samples, M = DNA marker)

      Co p yright @ 2 016 , Jurnal Rise t Akuakultu r, p -ISSN 190 7-67 54, e-ISSN 25 02-6534 Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (3), 2016, 207-216

      B C A B C

      Tabel 5. Jumlah dan ukuran fragmen DNA pro duk PCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 dengan t emplat dari ikan t engadak asal Sumat era, Jawa, dan Kalimant an

      Su mater a ( Sumat ra ) 8 -1 8 2 5 0 -1 ,8 0 0 Jawa ( Java ) 1 1-1 6 1 8 0 -3 ,0 0 0 Kaliman tan 1 1-1 5 2 0 0 -2 ,0 0 0

      Fr agment size range (bp)

      

    Number of fr agments

    Kisaran ukuran fragm en

      Populations

    Jum l ah fragm en

      

    1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M

    Populasi

      1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M

      kemampuan adapt asi t erhadap lingkungannya, karena semakin t inggi het ero zigo sit as maka semakin banyak ge n yan g t erlib at dalam m en yu m b angkan t ingkat kebugaran suat u po pulasi (Tave, 1993).

      A

      

    Figure 6. DNA amplificat ion result of t infoil barb from Kalimant an, Sumat ra, and West Java by PCR-RAPD using

    OPC-02 primer (Descript ion: number (1-15)= samples, M = DNA marker) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 M

      Gambar 6. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak Kalimant an (A), Sumat era (B), dan Jawa Barat (C) dengan PCR-RAPD menggunakan primer OPC-02 (Ket erangan: no mo r (1-15)= sample ikan, M= marker DNA)

      

    Figure 5. DNA amplificat ion result of t infoil barb from Kalimant an, Sumat ra, and West Java by PCR-RAPD using

    OPA-08 primer (Descript ion: number (1-15) = samples, M = DNA marker)

      PCR-RAPD menggunakan primer OPA-08 (Ket erangan: no mo r (1-15) = sampel ikan, M = marker DNA)

      Uji p e r b a n d in g a n b e r p a s a n g a n Fs t (Ta b e l 7 ) m en u nju kkan p erb ed aan keragam an ge n et ik yan g n yat a an t ar a k e t iga p o p u las i ikan t e n ga d ak d a ri Sumatera, Jawa, dan Kalimant an (P> 0,05). Untuk jarak genet ik masing-masing po p ulasi (Tabel 8), po pulasi Jawa dan Sumat era memiliki nilai t erdekat , sedangkan nilai terjauh adalah antara populasi Jawa dan Kalimantan (Gambar 7). Gambar 5. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak Kalimant an (A), Sumat era (B), dan Jawa Barat (C) dengan

      

    Table 5. Number and size of t he DNA fragment s of PCR-RAPD amplificat ion

    product using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 wit h t emplat e of t infoil barb from Sumat ra, Java, and Kalimant an

      Karakt erisasi fenotipe dan genotipe tiga populasi ikan t engadak ..... (Irin Iriana Kusmini)

      Tabel 6. Pe rse n t ase p o lim o rfism e d an h e t e ro zigo sit as ikan t e n gad ak asal Sumat era, Jawa, dan Kalimant an

      Table 6. Percent age of polymorphism and heterozygosit y of t infoil barb from Sumat ra, Java, and Kalimant an Popul asi Pol im orfi sm e Het erozigosi t as

      Populations Polymor phism (%) Heterozygosity Su matera ( Sumatra ) 3 5 .2 9 0 .1 75 Jawa ( Java ) 4 4 .1 2 0 .1 71 Kaliman tan 5 0 .0 0 0 .2 06

      Tabel 7. Uji perbandingan berpasangan Fst pada ikan t engadak asal Sumatera, Jawa, dan Kalimant an

      Table 7. Fst pair w ise compar ison of t infoil bar b fr om Sumat r a, Java, and Kalimant an Populasi Sum at era Jawa Kali m ant an

      Populations Sumatr a Java

    • Su matera ( Sumatra )
      • Jawa ( ***** )

      Java 0.0 00 0

      Kaliman tan *****

    *

    0.0 00 0 0 .0 0 00

    Ke terang an ( Descri pt ion ): = Berbed a nyata (P> 0,05)

    Si gnificant l y di ffer ent (P< 0 .0 5)

      Tabel 8. Jarak genet ik ikan t engadak asal Sumat era, Jawa, dan Kalimant an

      Table 8. The genet ic dist ance of t infoil barb from Sumatra, Java, and Kalimantan Popul asi Sum at era Jawa Kali m ant an

      Populations Sum atra Java

    • ***** Su mater a ( Sumat ra )

      Jawa ( Java ) ***** 0 .47 5 5
    • Kaliman tan 0 .47 5 8 0 .4 9 2 9

      5,000 4,000 3,000 2,000 1,000 0,000

      1

      2

      3 Gambar 7. Dendrogram hubungan kekerabatan ikan tengadak berdasarkan keragaman OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 (1= Jawa, 2= Sumat era, 3= Kalimant an)

      Figure. 7. Genet ic relat ionship dendrogram of t infoil barb based on OPA-08, OPA-09, and

    OPC-02 (1= Java, 2= Sumat era, 3= Kalimant an)

    Co p yrig ht @ 20 16, Jurnal Riset Aku akultur, p -ISSN 1 907-675 4, e-ISSN 250 2-65 34

      Is ka n d a r ia h , So e lis t yo w a t i, D.T., Gu s t ia n o , R., Ku s m in i, I.I., Hu w o yo n , G.H. (2 0 1 5 ). Ra g a m genet ik t iga po pulasi sepat siam asal Kalimant an m e n ggu n aka n an alis is RAPD d an p e n g u ku r an mo rfo met rik t russ . Berit a Biologi , 14(1), 57-68.

      Barbodes

      t russ

      m o r p h o m e t ric p ad a t iga p o p u la si ik an ga b u s (

      Channa st riat a ).

      Berit a Biologi , 12(3), 325-333.

      Ko t t e lat , M., & Wh it t e n , A.J. (1 9 9 6 ). Fre s h wat e r bio diversit y in Asia wit h special reference t o fish.

      Wo rld Bank. Washingt o n D.C. Kusmini, I.I., Mulyasari., Widiyat i, A., & Nugro ho , E.

      (2009). Karakt er Genet ik Ikan t engadak ( Barbodes sp.), ikan tawes albino (

      sp.) dan ikan tawes (

      Gu s t ian o , R., Ok t avia n i, T., So e lis t yo w a t i, D.T., Kusmini, I., Wahyut o mo , & Huwo yo n, G.H. (2013).

    KESIM PULAN

      Barbodes gonionot us ).

      Prosiding Seminar Nasional Tahunan VI Hasil Penelit ian Perikanan dan Kelaut an Tahun 2009, Budidaya Perikanan

      t russ

      Hasil analisis PCR-RAPD dan

      antara po pulasi Jawa dan Kalimant an dapat m e nin gkat kan ragam ge n e t ik. Pe n ingkat an ragam ge net ik berdam pak pada p eningkat an kemampu an adapt asi dan perfo rma pro duksi (Wedemeyer, 2001).

      out breeding

      Ra g a m g e n e t ik m e r u p a k a n p a r a m e t e r k u n ci kebugaran po pulasi yang menjamin keberlanjut annya dan kemampuan merespo ns secara pasif seleksi alam at aupun buat an (Lo renzen et al ., 2012). Po pulasi Jawa d a n Su m a t e r a m e m ilik i ja r a k g e n e t ik t e r d e k a t (0,4 755); se dangkan po pulasi Kaliman t an dan Jawa memiliki jarak genet ik t erjauh (0,4929). Menurut Tave (1 9 9 3 ), p e r b e d a a n k e r a g a m a n g e n e t ik d a p a t meningkat kan jarak genet ik ant ar po pulasi. Po pulasi Kalimantan dan Jawa berpo t ensi unt uk dikembangkan secara bu didaya be rkelan ju t an. Pe rkawin an secara

      Analisa ragam geno t ipe RAPD dan feno t ipe

    • mo rfo met rik ikan t engadak dari ket iga po pulasi (Jawa, Sumat era, dan Ka lim a n t a n ) t id a k m e m ilik i k e s a m a a n k a r a k t e r (P< 0,05) dan secara kekerabat an menunjukkan ikan t engadak po pulasi Kalimant an lebih jauh dengan ikan t engadak po pulasi Jawa dan Sumat era. Ikan t engadak populasi Kalimantan pot ensial sebagai sumber genetik do no r unt uk pengembangan budidaya ikan t engadak yang berkelanjut an.

      Gjedrem, T. (2005). Select io n and breeding pro gram in aquacult ure. Akvafo rsk, As. No r way.

      Karakt erist ik fenotipe morfometrik dan keragaman genot ipe RAPD (Random Amplified Poly- morphic DNA) ikan nilem (Ost eochilus hasselt i) di Jawa Barat

      UCAPAN TERIM A KASIH

      Osphronemus

      Karakt erisasi t iga st rain ikan gurame (

      20 Desember 2008. Set ijaningsih, L., Arifin, O.Z., & Gust iano , R. (2007).

      Blkr) d alam karam b a apu n g yan g d ip e lih ara d i perairan umum. Seminar Indoaqua . Yogyakart a, 17-

      Ost eochilus melanopleura

      Domestikasi ikan kelabau (

      ) p e r s ila n g a n p o p u la s i Ja w a d a n Ka lim a n t a n berdasarkan RAPD. Jurnal Riset Akuakult ur , 10(2), 99-105. Ro ch m a n , A., Wa h yu t o m o , Er m a ya n i, A., Riva ’i, Dar s o n o , Su r ya m a n , & He lm ia n sya h . (2 0 0 8 ).

      Barbonymus schwanenfeldii

      O., Ku s m in i, I., & Su n d a ri, R. (2 0 1 6 ). Ra ga m geno tipe ikan t engadak (

      , 17, 109- 129. Rado na, D., So elist yo wat i, D.T., Gust iano , R., Carman,

      Bullet in of M arine Sciences and Fisheries

      Pract icalmanu al o n det ect io n o f DNA po lymo r- phism infish po pulat io n st udy. Ko chi Universit y.

      . Tesis. Inst it ut Pert anian Bo go r. Bo go r. Nu g ro h o , E., Ta kagi, M., & Tan igu ch i, N. (1 9 9 7 ).

      Miller, M.P. (1997). To o ls fo r po pulat io n genet ic analy- sis (TFPGA) versio n 1.3. Depart ment o f Bio lo gi- cal Science. No rt hern Arizo na Universit y, Arizo na. USA. Mulyasari. (2009).

      Cambridge. USA, 372 pp. Falco ner, F.S., & Mackay, T.F.C. (1996). Int ro duct io n t o quant it at ive genet ics. Lo ngman. England.

      J. Ris. Akuakult ur , 3(1), 91-97.

      Thailand. Bangko k. Dunham, R.A. (2004). Aquacult ure and fisheries bio - t echno lo gy: genet ic app ro ach . CABI Pub lishing,

      The second ISTAICLARM Conference Pro- ceeding 15 (p. 439-444). Depart ment o f Fisheries,

      Pullin, R.S.V., Bh ukaswan, T., To n gut hai, K., & Maclan, J.L. (Eds),

      In

      Co p yright @ 2 016 , Jurnal Rise t Akuakultu r, p -ISSN 190 7-67 54, e-ISSN 25 02-6534 Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (3), 2016, 207-216

      Brzeski, V.J., & Do yle, R.W. (1988). A mo rpho met ric crit erio n fo r sex discriminat io n in t ilapia.

      ) dari Sumat era Ut ara dan Jawa Barat dengan me t o d e an alisis Random Amplified Polymor phism

      Biology Review , 87, 639-660.

      Tor soro

      (2008). Penent uan variasi genet ik ikan bat ak (

      DAFTAR ACUAN Asih, S., Nu gro ho , E., Krist ant o , A.H., & Mulyasari.

      Penulis mengucapkan t erima kasih kepada Saudara Sri Su n d a ri d a n Su d a rm aji yan g t e lah m e m b a n t u t e rlaksananya p en elit ian ini. Pen elit ian in i d ibiayai Anggaran DIPA t ahun anggaran 2015.

      . Jilid I. Universi- t as Gadjah Mada. Jo gjakart a. Lo renzen, K., Beveridge, M.C.M., & Mangel, M. (2012).

      Cultured fish: integrative biolo gy and management o f do mest icat io n and int eract io ns wit h wild fish.

    DNA (RAPD).

      Co p yrig ht @ 20 16, Jurnal Riset Aku akultur, p -ISSN 1 907-675 4, e-ISSN 250 2-65 34 Karakt erisasi fenotipe dan genotipe tiga populasi ikan t engadak ..... (Irin Iriana Kusmini) g ou r a m y La c . ) b e r d a s a r k a n m e t o d e t r u ss mo rfo me t rik.

      Jur nal Ikt iologi Indonesia

      , 7(1), 2 3- 30. So ewardi, K. (2007). Pengelo laan keragaman genet ik sumberdaya perikanan dan kelaut an. Depart emen

      Ma n a je m e n Su m b e r d a ya Pe r a ir a n , In s t it u t Pert anian Bo go r. Bo go r, 153 hlm. Sukadi, M.F., Krist ant o , A.H., Nugro ho , E., Ko marudin,

      O., Widiyat i, A., Gust iano , R., Djajasewaka, H., & Kusmini, I.I. (2009). Kandidat komo dit as ikan lo kal a ir t a w a r p o t e n s ia l u n t u k p e n g e m b a n g a n budidayanya di Kalimant an Selat an.

      Prosiding Fo- rum Inovasi Teknologi Akuakult ur , hlm. 365-373.

      Tave, D. (1993). Genet ic fo r fish hat cher y managers.

      Kluwer Academic Publishers. Net herland. Wede meyer, G. (2001). Fish hat cher y managem ent .

      Se co n d e d it io n . Am e r ica n Fis h e r ie s So cie t y, Bet hesda. Mar yland, 751 pp.

Dokumen yang terkait

Dokumen baru