Analisis Keragaman Genetik Berdasarkan RAPD pada Buah Naga (Hylocereus dan Selenicereus) dan Hasil Silangnya.
(B. Pertanian)
Analisis Keragaman Genetik Berdasarkan RAPD pada Buah Naga (Hylocereus dan
Selenicereus) dan Hasil Silangnya
Sukaya; Muliawati, Endang Setya; Gutomo, Hardjono Sri
Fakultas Pertanian UNS, Penelitian, BOPTN UNS, Hibah Fundamental, 2012
Tanaman buah naga yang berasal dari Amerika Tengah dan Selatan, kini telah dibudidayakan diberbagai
tempat termasuk Indonesia. Tanaman buah naga yang dibudidayakan ada 4 jenis atau species, yaitu
buah naga Putih (Hylocereusundatus), Merah (H.Polyrhisus), Ungu (H.Costaricencis) dan Kuning
(Selenicereus megalanthus). Buah naga jenis putih dan kuning bersifat serasi sendiri dalam
penyerbukannya sehingga dapat menyerbuk sendiri dan menghasilkan buah, sedangkan buah naga
merah dan ungu bersifat tidak serasi sendiri dalam penyerbukannya sehingga untuk dapat menghasilkan
buah memerlukan penyerbukan silang. Tanaman Buah Naga masuk Indonesia dalam bentuk stek
tanaman, sehingga keragaman genetik antarstek/klon tidak diketahui.
Penelitian (tahun I) ini bertujuan mengevaluasi keragaman genetik 4 species buah naga yang ada di
Indonesia (merah; putih; ungu dan kuning) berdasarkan penanda molekuler (RAPD). Dengan
diketahuinya keragaman genetik 4 species Buah Naga (pada tahun I penelitian) maka dapat ditentukan
strategi pengembangannya. Tahapan dalam analisis RAPD, meliputi: isolasi DNA, dan amplifikasi DNA
dengan teknik PCR. Isolasi DNA menggunakan metode CTAB yang dikembangkan oleh Doyle dan Doyle
(1990). DNA diisolasi dari akar tanaman Buah Naga. Amplifikasi DNA dilakukan menurut metode
Williams, etal. (1990). Primer yang digunakan dalam penelitian ini adalah tiga primer, yaitu OPA 9, OPA
13 dan OPA 16. Data RAPD diterjemahkan ke dalam data biner kemudian dianalisis untuk mengetahui
besarnya keragaman maupun kemiripan genetik antar jenis/species. Analisis keragaman digunakan
analisis klaster/gerombol. Penggerombolan menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group
Method of Arithmatic Average) sedangkan koefisien kemiripan dihitung menggunakan koefisien Dice.
Kesemuanya dalam bentuk software NTSYS version 2.1 (Rolf,2000).
Meski diperbanyak dengan stek, ternyata 4 species buah naga yang ada di Indonesia mempunyai
keragaman genetik (berdasarkan RAPD) yang cukup tinggi. RAPD dengan 2 primer (OPA 13 dan OPA 16)
menghasilkan 14 pita/lokus yang semuanya polimorfik. Sehingga tanaman ini layak dijadikan tetua dalam
suatu program pemuliaan tanaman untuk mendapatkan keturunan yang unggul.
Analisis Keragaman Genetik Berdasarkan RAPD pada Buah Naga (Hylocereus dan
Selenicereus) dan Hasil Silangnya
Sukaya; Muliawati, Endang Setya; Gutomo, Hardjono Sri
Fakultas Pertanian UNS, Penelitian, BOPTN UNS, Hibah Fundamental, 2012
Tanaman buah naga yang berasal dari Amerika Tengah dan Selatan, kini telah dibudidayakan diberbagai
tempat termasuk Indonesia. Tanaman buah naga yang dibudidayakan ada 4 jenis atau species, yaitu
buah naga Putih (Hylocereusundatus), Merah (H.Polyrhisus), Ungu (H.Costaricencis) dan Kuning
(Selenicereus megalanthus). Buah naga jenis putih dan kuning bersifat serasi sendiri dalam
penyerbukannya sehingga dapat menyerbuk sendiri dan menghasilkan buah, sedangkan buah naga
merah dan ungu bersifat tidak serasi sendiri dalam penyerbukannya sehingga untuk dapat menghasilkan
buah memerlukan penyerbukan silang. Tanaman Buah Naga masuk Indonesia dalam bentuk stek
tanaman, sehingga keragaman genetik antarstek/klon tidak diketahui.
Penelitian (tahun I) ini bertujuan mengevaluasi keragaman genetik 4 species buah naga yang ada di
Indonesia (merah; putih; ungu dan kuning) berdasarkan penanda molekuler (RAPD). Dengan
diketahuinya keragaman genetik 4 species Buah Naga (pada tahun I penelitian) maka dapat ditentukan
strategi pengembangannya. Tahapan dalam analisis RAPD, meliputi: isolasi DNA, dan amplifikasi DNA
dengan teknik PCR. Isolasi DNA menggunakan metode CTAB yang dikembangkan oleh Doyle dan Doyle
(1990). DNA diisolasi dari akar tanaman Buah Naga. Amplifikasi DNA dilakukan menurut metode
Williams, etal. (1990). Primer yang digunakan dalam penelitian ini adalah tiga primer, yaitu OPA 9, OPA
13 dan OPA 16. Data RAPD diterjemahkan ke dalam data biner kemudian dianalisis untuk mengetahui
besarnya keragaman maupun kemiripan genetik antar jenis/species. Analisis keragaman digunakan
analisis klaster/gerombol. Penggerombolan menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group
Method of Arithmatic Average) sedangkan koefisien kemiripan dihitung menggunakan koefisien Dice.
Kesemuanya dalam bentuk software NTSYS version 2.1 (Rolf,2000).
Meski diperbanyak dengan stek, ternyata 4 species buah naga yang ada di Indonesia mempunyai
keragaman genetik (berdasarkan RAPD) yang cukup tinggi. RAPD dengan 2 primer (OPA 13 dan OPA 16)
menghasilkan 14 pita/lokus yang semuanya polimorfik. Sehingga tanaman ini layak dijadikan tetua dalam
suatu program pemuliaan tanaman untuk mendapatkan keturunan yang unggul.