IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI (ISOLAT RY) YANG DAPAT MENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI (ISOLAT RY) YANG DAPAT MENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK

SKRIPSI

Diajukan untuk Memenuhi Sebagian dari Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Sains Program Studi Biologi

Oleh:

FARAMITA MUTHMAINAH 0900399

PROGRAM STUDI BIOLOGI JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI (ISOLAT RY) YANG DAPAT MENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK

Oleh:

Faramita Muthmainah 0900399

Diajukan untuk Memenuhi Sebagian dari Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Sains Program Studi Biologi

© Faramita Muthmainah 2013 Universitas Pendidikan Indonesia

Oktober 2013

Hak Cipta dilindungi undang-undang.

Skripsi ini tidak boleh diperbanyak seluruhya atau sebagian, dengan dicetak ulang, difotokopi, atau cara lainnya tanpa ijin dari penulis.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

LEMBAR PENGESAHAN

IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI (ISOLAT RY) YANG DAPAT MENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK

Oleh

Faramita Muthmainah 0900399

DISETUJUI DAN DISAHKAN OLEH:

Pembimbing I

Dr. Topik Hidayat NIP. 197004101997021001

Pembimbing II

Kusnadi, M. Si NIP. 196805091994031001

Mengetahui,

Ketua Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI

Dr. H. Riandi, M.Si NIP.196305011988031002

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Identifikasi Morfologi dan Molekuler Fungi (Isolat RY) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik

ABSTRAK

Banyaknya penggunaan pewarna sintetik dalam berbagai proses industri telah memberikan masalah yang cukup serius terhadap ekosistem perairan. Teknik pengolahan limbah oleh mikroorganisme merupakan teknik yang ramah lingkungan dan lebih efisien dibanding teknik pengolahan limbah lainnya. Berdasarkan penelitian sebelumnya telah ditemukan beberapa isolat fungi yang diketahui dapat mendegradasi limbah pewarna sintetik azo. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis fungi isolat RY ditinjau dari karakteristik morfologi dan molekuler. Pengamatan morfologi dilakukan berdasarkan ciri makroskopis dan mikroskopis fungi, sedangkan identifikasi molekuler dilakukan dengan mengamplifikasi gen 18S rRNA menggunakan primer NS-1 dan NS-8. Hasil yang didapatkan dari pengamatan morfologi menyatakan bahwa tiga isolat fungi yang diamati (RY 36, RY 40, & RY44) adalah Trichoderma, sedangkan dua isolat lainnya adalah Acremonium (RY 42) dan Cylindrocephalum (RY 06). Identifikasi molekuler juga menunjukkan hasil yang memperjelas pengamatan morfologi yang dilakukan. Nilai bootstrap pada masing-masing sampel adalah 100 %. Hal ini menunjukkan kecocokan yang sangat besar antara sampel yang diamati dengan fungi tersebut. Pohon filogenetik yang dihasilkan juga menyebutkan bahwa sampel fungi ini memiliki hubungan kekerabatan yang erat satu sama lain dan juga dengan beberapa fungi pendegradasi pewarna sintetik lainnya. Simpulan penelitian ini menyatakan bahwa isolat RY 36, 40, dan 44 adalah Trichoderma harzianum, isolat RY 42 adalah Acremonium spinosum dan isolat RY 06 adalah Cylindrocephalum aureum.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Morphological and Molecular Identification of Fungi (RY Isolate) that Capable to Degrade Synthetic Dye

ABSTRACT

Synthetic dyes are widely used in many industrial processes. The strong color of synthetic dyes give a serious problem for aquatic ecosystem. Dye removal method by microorganism are ecofriendly and efficient tehnique compared to the convensional method. Based on previous research there is five isolates of fungi that known to be able to degrade synthetic dyes such an azo dye. The objectives of this research is to identify the species of the RY isolates based on morphology and molecular characteristic. Morphological identification was performed based on macroscopis and microscopis feature, whereas molecular identification was performed by 18S rRNA gene amplification using NS-1 as forward primer and NS-8 as reverse primer. The morphological result were describe that three isolates of fungi (RY 36, RY 40, & RY 44) are Trichoderma and the other two isolates are

Acremonium (RY 42) and Cylindrocephalum (RY 06). Molecular identification

also describe the result that supporting morphological identification. Bootstrap value for each sample are 100 %. This value indicated a high compatibility between five sample being observed with the fungi from the gene bank. Phylogenetic tree also describe a close genetic relationship between the sample and some fungi that capable to degrade synthetic dye. The conclusion of this research explain that RY 36, 40, and 44 are Trichoderma harzianum, RY 42 is

Acremonium spinosum and RY 06 is Cylindrocephalum aureum. Key words: Fungi, synthetic dye, and 18S rRNA

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

DAFTAR ISI

Halaman

ABSTRAK ... i

KATA PENGANTAR ... ii

DAFTAR ISI ... iv

DAFTAR GAMBAR ... vii

DAFTAR TABEL ... ix

DAFTAR LAMPIRAN ... x

BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah ... 1

B. Rumusan Masalah ... 3

C. Batasan Masalah ... 3

D. Tujuan ... 4

E. Manfaat Penelitian ... 4

BAB II IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI PENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK A. Fungi ... 5

B. Pewarna Sintetik ... 11

C. Metode Degradasi dan Dekolorisasi Pewarna sintetik ... 13

D. Degradasi dan Dekolorisasi Pewarna Sintetik Oleh Fungi ... 14

E. Identifikasi Fungi Secara Morfologi dan Molekuler ... 16

F. Gen 18S rRNA ... 17

G. Polymerase Chain Reaction (PCR) ... 19

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

BAB III METODE PENELITIAN

A. Jenis Penelitian ... 24

B. Populasi dan Sampel ... 24

C. Waktu dan Lokasi Penelitian ... 24

D. Alat dan Bahan ... 24

E. Prosedur Penelitian ... 28

1. Persiapan Penelitian ... 28

2. Tahapan Penelitian ... 28

a. Pengkulturan Fungi Isolat RY ... 28

b. Identifikasi Morfologi Fungi Isolat RY ... 28

c. Identifikasi Molekuler Fungi Isolat RY ... 29

F. Alur Penelitian ... 34

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Identifikasi Morfologi Fungi Isolat RY ... 35

1. Isolat RY 06 ... 37

2. Isolat RY 36 ... 37

3. Isolat RY 40 ... 38

4. Isolat RY 42 ... 39

5. Isolat RY 44 ... 40

B. Hasil Identifikasi Molekuler Fungi Isolat RY ... 44

1. Hasil Isolasi DNA ... 44

2. Hasil Amplifikasi DNA ... 45

3. Analisis Hubungan Filogenetik Fungi Isolat RY ... 46

BAB V SIMPULAN DAN SARAN A. Simpulan ... 50

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

DAFTAR PUSTAKA ... 51 LAMPIRAN ... 57 RIWAYAT HIDUP ... 64

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

2.1 Hifa Coenocytic dan Hifa Bersekat ...6

2.2 Macam-Macam Spora Aseksual Pada Fungi ... 7

2.3 Phialide Penghasil Konidia Pada Aspergillus dan Penicillium ...9

2.4 Beberapa Struktur Kimia Pewarna Sintetik ... 11

2.5 Mekanisme degradasi 3-(2-hydroxy-1-naphtylazo) benzene sulfonic acid (salah satu pewarna azo) oleh laccase ... 2.6 Letak gen 18S rRNA diantara gen rRNA lainnya ...18

2.7 Pohon Kekerabatan ...22

3.1 Slide Culture ...29

3.2 Diagram Alir Penelitian ... 34

4.1 a) Warna koloni isolat RY 06; b) konidia yang berbentuk lonjong; c) kumpulan konidia pada hifa; d) sekat pada hifa ...37

4.2 a) Warna koloni isolat RY 36; b) percabangan hifa; c) sekat pada hifa dan konidia yang baru tubuh; d) kumpulan konidia yang membulat dan lonjong ...38

4.3 a) Warna koloni isolat RY 40; b) konidiofor yang bercabang; c) kumpulan konidia ...39

4.4 a) Warna koloni isolat RY 42 b) konidia pada ujung konidiofor yang tegak c) hifa yang berkelompok dan bercabang ...40

4.5 a) Warna koloni isolat RY 44; b) sekat pada hifa; c) percabangan hifa; d) kumpulan konidia ...41

4.6 Hasil isolasi DNA lima isolat fungi RY ...44 15

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

4.7 Hasil amplifikasi gen 18S rRNA lima isolat fungi RY ...45 4.8 Pohon filogenetik lima isolat fungi RY ...47

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

2.1 Macam pewarna sintetik bedasarkan struktur kimia dan

metode penggunaannya ... 12

2.2 Macam-macam metode yang digunakan dalam mendegradasi dan mendekolorisasi pewarna sintetik ...13

2.3 Kelebihan dan kelemahan beberapa metode dalam mendegradasi pewarna sintetik ...14

3.1 Alat yang diperlukan dalam penelitian ...24

3.2 Bahan yang dibutuhkan dalam penelitian ...27

3.3 Tahapan reaksi PCR gen 18S rRNA ...32

4.1 Karakteristik makroskopis lima isolat RY ...35

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1 Hasil Sikuensing Daerah 18S rRNA ...57 2 Protokol Pembuatan Larutan Stok ...62

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu1

BAB I PENDAHULUAN

A. Latar Belakang Masalah

Industri tekstil merupakan salah satu industri yang menghasilkan banyak limbah yang mencemari perairan (Adosinda et al., 2003). Limbah tekstil memiliki warna mencolok yang berasal dari pewarna sintetik. Saat ini pewarna sintetik tidak hanya digunakan dalam industri tekstil namun juga dalam berbagai proses industri lainnya, seperti pembuatan kertas, dan fotografi (Asgher et al., 2008). Selama proses pewarnaan, sekitar 10-15% dari pewarna yang digunakan dibuang ke ekosistem perairan sebagai limbah (Dorthy et al., 2012). Penggunaan pewarna sintetik secara meluas sering memberikan masalah karena pekatnya warna dari limbah yang dihasilkan (Kumaran & Dharani, 2011), karenanya sebelum dibuang ke badan air limbah tersebut perlu diolah dengan baik. Jika limbah dibuang begitu saja ke lingkungan tanpa diberi pengolahan terlebih dahulu, maka limbah tersebut dapat menyebabkan masalah bagi lingkungan dan kesehatan (Asad et al., 2007). Tidak indahnya badan perairan, terbatasnya kapasitas re-oksigenasi, terhambatnya sinar matahari yang akan mengakibatkan terganggunya proses fotosintesis dalam ekosistem perairan serta timbulnya toksisitas yang akut dan kronik merupakan salah satu masalah yang serius (Banat et al., 1996).

Walaupun selama 20 tahun terakhir banyak teknik pengolahan limbah secara fisik maupun kimia telah dikembangkan, seperti flokulasi, membran filtrasi, teknik elektrokimia, ozonasi, koagulasi dan adsorpsi (Fu & Viraraghavan, 2004), akan tetapi sedikit dari teknik pengolahan limbah tersebut telah diaplikasikan oleh industri tekstil. Hal ini dikarenakan teknik tersebut mahal, kurang efisien, dan tidak dapat digunakan untuk berbagai jenis pewarna sintetik (Banat et al., 1996).

2

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Teknik dekolorisasi dan degradasi oleh mikroorganisme merupakan teknik yang ramah lingkungan, murah dan efektif jika dibandingkan dengan teknik yang konvensional (Verma & Madamwar, 2003). Mikroorganisme dapat mendekolorisasi berbagai limbah sintetik dengan struktur kimia yang berbeda-beda. Banyak bakteri, actinomycetes, yeast dan fungi yang mampu mendekolorisasi pewarna sintetik dengan mengadsorpsi pewarna tersebut (Banat et al., 1996). Fungi tidak hanya mampu mendekolorisasi tapi juga mampu mendegradasi dan memineralisasi berbagai jenis pewarna sintetik (Machado et al., 2006). Kemampuan fungi dalam mendegradasi pewarna sintetik ditentukan oleh keberadaan enzim ekstraseluler nonspesifik yang dimilikinya (Kumaran & Dharani, 2011). Oleh sebab itu, kemampuan fungi dalam mendegradasi pewarna sintetik tidak hanya ditentukan oleh kondisi lingkungan eksternal yang optimal dan konsentrasi substrat saja (Kumaran & Dharani, 2011), namun juga jenis fungi itu sendiri. White Rot Fungi dikenal sebagai organisme ligninolitik paling efisien yang mampu mendegradasi berbagai tipe pewarna seperti azo, heterosiklik, reaktif dan polimerik. Saat ini banyak fungi telah diteliti untuk kepentingan pengolahan limbah, diantaranya adalah Trametes hirsuta (Priyadarsini et al., 2011), Trametes versicolor (Selvam et al., 2012), Trichoderma harzianum (Sadhasivam et al., 2009),

Trichoderma viride (Saranraj et al., 2010) dan Acremonium yang dapat

digunakan sebagai agen dalam mendegradasi malachite green (Youssef et al., 2008).

Bedasarkan penelitian sebelumnya telah ditemukan lima isolat fungi dengan kode RY yang diketahui dapat mendegradasi beberapa macam pewarna sintetik, seperti bismarck brown, congo red, methyl orange, methyl

red dan aniline yellow. Dalam penelitiannya, Hadibarata (2012) menemukan

bahwa fungi yang berasal dari hutan Samarinda, Kalimantan Timur ini dapat tumbuh dengan baik di dalam limbah yang mengandung pewarna sintetik azo. Fungi yang belum diketahui jenisnya ini diduga dapat menjadi agen bioremediasi yang baik bagi limbah pewarna sintetik. Oleh karenanya perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui jenis fungi yang dapat mendegradasi

3

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

pewarna sintetik ini. Selain dengan analisis biokimia, jenis suatu fungi juga dapat diketahui dengan pengamatan yang dilakukan terhadap ciri morfologi dan molekuler yang dimilikinya. Namun demikian, identifikasi berbasis karakteristik fenotip kadang memberikan hasil yang kurang memuaskan. Hal ini terjadi karena lingkungan eksternal juga memberikan pengaruh terhadap gambaran morfologi suatu fungi (Photita et al., 2005) sehingga karakter morfologi yang diidentifikasi dari suatu spesies kadang tidak stabil dan menjadi overlap antar spesies. Oleh karenanya identifikasi ini perlu diperkuat oleh teknik molekuler (Carvalho et al., 2010). Selain itu untuk menentukan hubungan kekerabatan antar fungi, teknik molekuler juga sangat diperlukan (Shahrianour et al., 2011). Berdasarkan hal tersebut maka perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui jenis fungi yang dapat mendegradasi pewarna sintetik dilihat dari karakteristik morfologi dan molekulernya.

B. Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang yang telah dipaparkan, maka didapatkan

rumusan masalah sebagai berikut: “Bagaimanakah karakteristik morfologi dan

molekuler fungi (isolat RY) yang dapat mendegradasi pewarna sintetik? serta bagaimanakah hubungan kekerabatan diantara lima isolat RY yang diamati?”

C. Batasan Masalah

Adapun batasan masalah pada penelitian ini adalah:

1. Fungi yang diidentifikasi adalah 5 isolat fungi dengan kode RY. 2. Isolat fungi yang digunakan berasal dari hutan Samarinda, Kalimantan

Timur.

3. Primer yang digunakan untuk amplifikasi gen 18S rRNA adalah primer forward NS-1 dan primer reverse NS-8.

4

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

D. Tujuan

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik morfologi dan molekuler fungi (isolat RY) yang dapat mendegradasi pewarna sintetik serta mengetahui hubungan kekerabatan diantara lima isolat RY yang diamati.

E. Manfaat Penelitian

Manfaat dari hasil penelitian ini adalah:

1. Penelitian ini diharapkan dapat menjadi database dari genome fungi yang nantinya dapat digunakan sebagai sumber untuk molecular

barcode.

2. Penelitian ini juga dapat dijadikan sumber pengetahuan awal mengenai agen bioremediasi.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu 24

BAB III

METODE PENELITIAN

A. Jenis Penelitian

Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif.

B. Populasi dan Sampel

Populasi dan sampel yang digunakan dalam penelitian adalah isolat fungi dengan kode RY yang diperoleh dari hutan Kalimantan.

C. Waktu dan Lokasi Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari – Mei 2013 di Laboratorium Mikrobiologi Universitas Pendidikan Indonesia, Jalan Dr. Setiabudhi No.299 Bandung.

D. Alat dan Bahan

Alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian ini terdapat di Laboratorium Mikrobiologi Universitas Pendidikan Indonesia.

Tabel 3.1 Alat yang diperlukan dalam penelitian

No Nama alat Jumlah Spesifikasi

1 Hot plate dan magnetic

stirrer

1 unit Merk Eyela, RSCH-3

2 Beaker glass 1 buah Merk Pyrex

3 Kaca arloji 2 buah -

4 Timbangan analitik 1 unit Merk DAN, HF 300

5 Spatula 6 buah Logam

6 Batang pengaduk 1 buah P = 29,5 cm

7 Gelas ukur 10 mL 1 buah Merk Pyrex

25

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

No Nama Alat Jumlah Spesifikasi

9 Gelas ukur 150 mL 1 buah Merk Pyrex

10 Labu Erlenmeyer 5 buah Merk Pyrex dan Duran

11 Tabung reaksi 30 buah Merk Pyrex

12 Cawan petri 30 buah Merk Pyrex

13 Cawan petri disposable 20 buah Merk Falcon

14 Batang sumpit Secukupnya -

15 Kertas saring 30 buah Whatman No.1

16 Objek glass 30 buah Sail brand

17 Cover glass 60 buah Sail brand

18 Lup inokulasi 10 buah P = 22,5 cm

19 Lampu spirtus 1 buah -

20 Mortar dan alu 5 buah -

21 Rak tabung 2 buah -

22 Plastik tahan panas 5 pak Merk Diamond

23 Kain kassa 5 bungkus -

24 Kapas 2 bungkus -

25 Tali kasur 2 gulung -

26 Tissue 3 bungkus Merk Paseo

27 Alumunium foil 1 gulung Merk Klinpak

28 Plastik wrap 1 gulung Merk Klinpak

29 Solatip 1 buah -

30 Kertas label 2 bungkus -

31 Spidol marker 1 buah Merk Faber-Castell

32 Kain lap 1 buah -

33 Termos air panas 1 buah -

34 Parafilm Secukupnya -

35 Kamera digital 1 unit Merk Olympus

36 Sarung tangan karet Secukupnya Merk Sensi gloves

26

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

No Nama Alat Jumlah Spesifikasi

38 Inkubator 1 unit Merk Gallenkamp

39 Lemari pendingin 1 unit Merk Electrolux

40 Microwave 1 unit Merk Electrolux

41 Autoclave 1 unit Merk Hirayama Mode

HC36At

42 Microflow Laminar 1 unit eRman

43 Water bath 1 unit Merk Sibata

44 Shaker Water bath 1 unit Merk Eyela

45 Vortex 1 unit Merk Sibata

46 Sentrifuge 1 unit Merk Hettich

47 Alat Elektroforesis gel Mini 1 unit Bio-Rad 48 High performance UV

Transilluminator

1 unit UVP Upldan, CA

49 Mesin PCR 1 unit Merk Eppendorf

50 Makropipet 1 buah Merk-PIPETMAN

51 Mikropipet 1-10 µl 1 buah Merk Socorex

52 Mikropipet 20-200 µl 1 buah Merk Socorex

53 Tips 1 µl Secukupnya Extragene

54 Tips 5 µl Secukupnya Extragene

55 Tips 10 µl Secukupnya Extragene

56 Tabung mikrosentrifuga Secukupnya Extragene

57 Tabung PCR Secukupnya Extragene

58 Corong Buhner 2 buah -

27

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Tabel 3.2 Bahan yang dibutuhkan dalam penelitian

No Nama bahan Jumlah

1 Spirtus Secukupnya

2 Medium PDA Secukupnya

3 Medium PDB Secukupnya

4 Aquades 5 liter

5 ddH2O 8 liter

6 Ethanol absolute 500 ml

7 Ethanol 70 % 1 liter

8 Nitrogen cair Secukupnya

9 Nucleic lysis solution 8 ml

10 RNAse 20 µl

11 Protein precipitation solution 4 ml

12 Isopropanol 12 ml

13 DNA rehydration solution 600 µl

14 Agarose Secukupnya

15 TAE (Tris- Acetate-EDTA) Secukupnya

16 Loading dye 80 µl

17 Ethidium bromide Secukupnya 18 Primer NS-1(Forward) 40 µl 19 Primer NS-8 (Reverse) 40 µl

28

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

E.Prosedur Penelitian 1. Persiapan Penelitian

Persiapan penelitian meliputi pengecekan alat dan pembuatan bahan yang akan digunakan dalam penelitian. Peralatan yang akan digunakan dicuci terlebih dahulu dan dikeringkan. Kemudian dilakukan pembuatan medium PDA (Potato Dextrose Agar) sebagai media tumbuh bagi fungi isolat RY yang akan dikultur dan pembuatan ethanol 70% untuk isolasi DNA. Alat yang dibutuhkan kemudian dibungkus dengan kertas lalu alat dan medium PDA yang telah dibuat dimasukan ke dalam plastik tahan panas untuk kemudian disterilisasi panas lembap pada autoclave selama 15-20 menit dengan suhu 121° C dan tekanan 15 lbs.

2. Tahapan Penelitian

a. Pengkulturan Fungi Isolat RY

Lima isolat fungi RY yang didapat dari hutan Kalimantan disubkultur pada medium Potato Dextrose Agar (PDA) yang telah steril. Pengkulturan dilakukan secara aseptik dengan menggunakan lup inokulasi didalam

laminar flow kabinet. Fungi yang telah dikultur selanjutnya digunakan

untuk identifikasi morfologi. Selain itu, fungi ini juga dikultur pada medium

Potato Dextrose Broth (PDB) untuk kemudian digunakan dalam isolasi

DNA.

b. Identifikasi Morfologi Fungi Isolat RY 1) Pembuatan Slide Culture

Tahapan pertama dalam mengidentifikasi morfologi fungi adalah pembuatan slide culture (Gambar 3.1). Slide culture dibuat dengan menggunakan objek glass yang berada di atas segitiga sumpit yang beralaskan kertas saring. Slide culture yang kosong kemudian disterilisasi. Selanjutnya isolat RY yang akan diamati dikultur pada potongan agar yang diletakan pada objek glass yang kemudian ditutup dengan menggunakan cover glass. Lalu untuk memberi lingkungan

29

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

yang lembap maka aquades steril diteteskan pada kertas saring. Slide

Culture yang berisi fungi isolat RY kemudian diinkubasi selama 3-4

hari di suhu ruangan (270C).

Gambar 3.1 Slide culture

2) Pengamatan Fungi

Fungi yang telah tumbuh pada slide culture kemudian diamati dibawah mikroskop. Pengamatan yang dilakukan meliputi, bentuk hifa, sekat pada hifa, bentuk konidia, bentuk konidiofor, dan bentuk phialide. Selain itu juga dilakukan pengamatan secara makroskopis yang meliputi karakteristik warna dan bentuk koloni.

3) Identifikasi Morfologi

Bedasarkan pengamatan yang telah dilakukan secara makroskopis dan mikroskopis maka dilakukan penyesuaian terhadap ciri-ciri morfologi yang didapatkan dengan beberapa jenis fungi yang ada di buku “Illustrated Genera of Imperfect Fungi” (Barnett, 1960) dan “A Manual of Soil Fungi” (Gilman, 1975) maupun sumber lain yang mendukung.

c. Identifikasi Molekuler Fungi Isolat RY 1) Isolasi DNA Fungi Isolat RY

Sebelum dilakukan isolasi DNA, sampel fungi dipisahkan terlebih dahulu dari medium PDB dengan menggunakan aspirator. Isolasi DNA fungi (isolat RY) dilakukan dengan menggunakan Wizard

30

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

sesuai dengan instruksi manufaktur PROMEGA. Pertama, sejumlah miselia fungi dipindahkan secara aseptik kedalam mortar, lalu sejumlah nitrogen cair ditambahkan kedalam mortar. Selanjutnya miselia fungi yang telah dibasahi oleh nitrogen cair ditumbuk hingga menjadi bubuk. Bubuk miselia yang didapatkan lalu dipindahkan kedalam tabung mikrosentrifuga yang berisi 400 µl nucleic lysis solution. Kemudian tabung tersebut di vortex selama 3 detik untuk membasahi jaringan. Setelah itu tabung diinkubasi pada waterbath dengan suhu 650C selama 15 menit. Kemudian 1 µl RNAse ditambahkan kedalam tabung dan dicampurkan dengan cara dibolak balik sebanyak 2-5 kali. Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu 37oC selama 15 menit dan selanjutnya diinkubasi pada suhu ruangan selama 5 menit. Kemudian 200 µl protein precipitation solution ditambahkan kedalam tabung dan vortex selama 20 detik untuk selanjutnya disentrifugasi selama 3 menit pada kecepatan 13.000 rpm. Protein yang telah terpresipitasi akan membentuk pelet. Kemudian supernatan yang mengandung DNA dipindahkan dengan hati-hati kedalam tabung mikrosentrifuge 1,5 ml baru yang berisi 600 µl isopropanol, lalu tabung dibolak-balik sampai benang DNAnya terlihat. Tabung kemudian disentrifuge dengan kecepatan 13.000 rpm selama 1 menit. Setelah itu supernatannya dibuang, dan 600 µl ethanol 70% ditambahkan kedalam tabung yang berisi pelet DNA. Tabung kemudian dibolak-balik beberapa kali, hal ini dilakukan untuk mencuci DNA. Lalu tabung disentrifuge kembali pada kecepatan 13.000 rpm selama 1 menit. Supernatan yang didapatkan lalu dibuang, dan pelet DNA yang berada didasar tabung dikeringkan dengan menaruhnya secara terbalik diatas kertas tissue yang bersih. Setelah kering, 100 µl DNA rehydration solution ditambahkan kedalam tabung yang berisi pelet DNA. DNA kemudian di rehydrasi kembali dengan menginkubasi tabung tersebut pada

31

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

waterbath 65oC tabung dibolak-balik sesekali untuk mencampurkan DNA dengan larutannya.

2) Elektroforesis gel agarose

Hasil Isolasi DNA fungi (isolat RY) dianalisis dengan menggunakan elektroforesis gel agarose 1%. Pertama, 0,2 gr bubuk agarose dilarutkan dalam 20 ml buffer TAE (Tris- Acetate-EDTA) 1x yang berada dalam botol duran. Larutan tersebut dihomogenkan dengan cara dikocok pelan dan kemudian dipanaskan didalam microwave selama 1 menit untuk melarutkan agarose didalamnya. Larutan kemudian didiamkan disuhu ruangan sekitar 5 menit (sampai panas-panas kuku). Lalu larutan dituangkan dengan perlahan kedalam tray yang telah dipasangi sisir elekroforesis dan gelembung dibuang kesisi menggunakan tips. Agarose dibiarkan mengeras sekitar 30 menit dan sisir kemudian dicabut, lalu gel agarose diletakan di tank elektroforesis. Kemudian 1 µl DNA dicampur terlebih dahulu dengan 4 µl loading buffer. Elektroforesis dilakukan selama 40 menit pada tegangan 100 volt dengan buffer TAE 1x sebagai running buffer. Gel kemudian diwarnai dengan 0,5 µg/ml Ethidium bromida selama 2 menit dan dibilas dengan aquades selama 5 menit. Hasil elektroforesis dilihat dibawah sinar UV pada panjang gelombang 312 nm dan difoto dengan menggunakan kamera digital.

3) Amplifikasi dengan PCR

Amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan universal

primer untuk 18S. Primer tersebut adalah primer forward NS -1 (5’ -GTA GTC ATA TGC TTG TCT C-3’) dengan berat molekul 5 7 8 5 dan primer reverse NS - 8 (5’-TCC GCA CGT TCA CCT ACG GA-3’) dengan berat molekul 6078. Sementara itu total volume reaksi yang digunakan adalah 40 µ l dengan komponen yang berisi 10 x

32

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

reverse (2 µ l), DNA template (2 µ l), Taq polymerase (1 µ l), distilled water (25 µ l) (Hidayah, 2012). Campuran reaksi tersebut

kemudian dimasukkan ke dalam thermocycler dengan tahapan reaksi yang dijelaskan pada Tabel 3.3.

Tabel 3.3 Tahapan reaksi PCR gen 18S rRNA

Tahapan reaksi Temperatur Waktu Jumlah Siklus

Pre-denaturasi 94oC 3 menit 1

Denaturasi 94oC 30 detik 25

Annealing 55oC 30 detik 25

Extension 72oC 2 menit 25

Post- extension 72oC 10 menit 1

Penyimpanan 4 oC ∞ 1

4) Elektroforesis gel agarose

Hasil PCR yang didapat kemudian dielektroforesis kembali dengan cara yang sama seperti sebelumnya.

5) Sikuensing DNA

Produk PCR dari gen 18S rRNA kemudian dianalisis untuk mengetahui susunan nukleotida dari fragmen DNA yang didapatkan. Proses sikuensing DNA dilakukan dengan menggunakan mesin

sequencer BigDye Applied Biosystem model 3730 yang dilakukan di

33

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

6) Analisis Data dengan Bioinformatika

Sikuen gen 18S rRNA yang telah didapatkan kemudian dibandingkan dengan sikuen DNA yang berasal dari Bank Gen (NCBI) menggunakan software BLASTn, setelah itu dilakukan proses

alignment dengan menggunakan software Clustal X. Pohon filogenetik

34

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

F. Alur Penelitian

Alur penelitian dapat dilihat pada gambar 3.2 yang tertera dibawah ini: Penyusunan proposal Persiapan penelitian Pengkulturan jamur RY Pengamatan mikroskopis

Identifikasi sesuai

buku “Illustrated

Genera of Imperfect Fungi” oleh Barnett,

1960 Sekat pada hifa, warna hifa, spora aseksual, bentuk konidia, warna konidia, dan bentuk phialide. Isolasi DNA Elektroforesis Amplifikasi PCR Elektroforesis Sikuensing DNA

Analisis data dengan bioinformatika

Pembuatan laporan akhir (skripsi )

Gambar 3.2 Diagram alir penelitian

Bentuk koloni, permukaan koloni, warna koloni,warna reverse koloni, pembentukan spora, dan laju pertumbuhan Pengamatan makroskopis

50 Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

BAB V

SIMPULAN DAN SARAN

A. Simpulan

Hasil identifikasi yang telah dilakukan menunjukkan bahwa isolat RY 06 adalah Cylindrocephalum aureum, isolat RY 42 adalah Acremonium

spinosum, dan isolat RY 36, 40, & 44 merupakan Trichoderma harzianum.

Secara morfologi kelima fungi ini dikenal sebagai anggota dari Fungi

Imperfecti. Terdapat kesesuaian antara hasil pengamatan yang dilakukan

secara morfologi dan hasil pengamatan yang dilakukan secara molekuler dimana nilai bootstrap yang tinggi (100 %) pada pohon filogenetik yang dihasilkan semakin mendukung hasil identifikasi morfologi. Pohon filogenetik yang dihasilkan juga menyatakan bahwa lima sampel fungi ini memiliki hubungan kekerabatan yang erat satu sama lain dan juga dengan beberapa fungi pendegradasi pewarna sintetik lainnya.

B. Saran

1. Penelitian mengenai morfologi Acremonium dan Trichoderma yang lain dapat dilakukan untuk memperjelas perbedaan morfologi antar spesies dalam genus tersebut.

2. Sebaiknya dilakukan penelitian mengenai kandungan enzim ligninolitik yang dimiliki kelima fungi ini, sehingga dapat diketahui fungi mana yang dapat mendegradasi limbah pewarna sintetik secara maksimal.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu₅₁

DAFTAR PUSTAKA

Adosinda, M., M. Martins, N. Lima, A.J.D. Silvestre and M.J. Queiroz. (2003). “Comparative studies of fungal degradation of single or mixed bioaccessible reactive azo dyes”. Chemosphere. 52, (6), 967-973.

Andrea Zille., Barbara Go´rnacka., Astrid Rehorek., and Artur Cavaco-Paulo. (2005). “Degradation of Azo Dyes by Trametes villosa Laccase over Long Periods of Oxidative Conditions”. Applied

Environmental Microbioly. 6711–6718.

Aryani, A and Kusumawaty, D. (2007). “Prinsip-Prinsip Polymerase Chain

Reaction (PCR) dan Aplikasinya”. [Online]. Tersedia: http:// file. upi. edu/Direktori/Fpmipa/Jur_Pend.Biologi-Diah_Kusumawaty/ Materi/ Pcr kursus. [1 Januari 2013].

Asad, S., Amoozegar, M.A., Pourbabaee, A.A., Sarbolouki, M.N. and Dastgheib, S. M.M. (2007). “Decolorization of textile azo dyes by newly isolated halophilic and halotolerant bacteria”. Bioresource

Technol. 98, 2082–2088.

Asgher, M., H.N. Bhatti, M. Ashraf, and R.L. Legge. (2008). “Recent developments in biodegradation of industrial pollutants by white rot fungi and their enzyme system”. Biodegradation Journal. 19, (6),

771--783.

Bagha, A.R.T., Bahrami, H., Movassagh, B., Arami, M, and Menger, F.M.

(2007). “Interactions of gemini cationic surfactants with anionic azo dyes and their inhibited effects on dyeability of cotton fabric”. Elsevier.72.(3).331-338.

Banat, I. M., Nigam, P., Singh D., and Marchant R. (1996). “Microbial decolorization of textile-dye-containing effluents: a review”.

Bioresource. Technology. 58, 217-227.

Barnett, H. L. (1960). Illustrated Genera of Imperfect Fungi 2nd Edition. Burgess Publishing Company : America.

Benette, J. W. and Faison, B. D. (1997). “Use of Fungi in Biodegradation. Manual of Environmental Microbiology, Washington DC”. ASM

Press. 758-765.

Burman, L.G. and Mauro, V.P. (2012). “Analysis of RNA Processing and Translation in Mammalian Cells Using a Synthetic 18S rRNA Expression System”. Nucleic Acids research. 40. (16). 1885-8098.

52

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Buzina, W., D. Lang-Loidolt, H. Braun, K. Freudenschuss, and H.

Stammberger. (2001). “Development Of Molecular Methods For Identification Of Schizophyllum Commune From Clinical Samples”. J Clin Microbiol. 39, 2391-2396.

Campbell, N. A., Reece, J. B., Taylor, M. R., Simon, E. J., and Dickey, J. L. ( 2009). Biology Concept and Connections 6 th ed. San

Fransisco: Pearson Benjamin Cummings.

Carvalho, C.M., Meirinho, S., Estevinho, M.L., and Choupina, A. (2010).

“Yeast Species Associated With Honey: Different Identification Methods”. Arch Zootech. 59, (225), 103-113.

Castle, A., Speranzini, D., Rghei, N., Alm, G., Rinker, D., and Bissett, J.

(1998). “Morphological and Molecular Identification of Trichoderma

Isolates on North American Mushroom Farms”. Appled and Environmental Microbiology. 64. (1). 133-137.

Cavalli-Sforza L.L., and Edward, A.W.F. (1997).” Phylogenetic Analysis: Models and Estimation Procedures”. American Journal of Human Genetic. 19. (3). 233-257.

Chacko, J.T., and Subramaniam, K. (2011). “Enzymatic Degradation Of Azo

Dyes- A Rivew”. International Journal Of Environmental Sciences.

1, (6), 1250-1260.

Charumathi, D., and Das, N. (2010). “Removal Of Synthetic Dye Basic Violet 3 By Immobilised Candida Tropicalis Grown On Sugarcane

Bagasse Extract Medium”. International Journal Of Engineering Science and Technology. 2, (9), 4325-4335.

Chenuil, A. (2006). ”Choosing The Right Molecular Genetic Markers For Studying Biodiversity : from molecular evolution to practical

aspects”. Genetica. 127, (1), 101-120.

Corbman, B. P. (1983). “Textiles: Fiber to fabric”. McGraw-Hill. ISBN 0-07-066263-3. 201-222.

Couta, S.R. (2009). “Dye removal by immobilized fungi”. Biotech Adv. 27, 227-235.

Dorthy, A.M., Sivaraj, R., and R, Venckatesh. (2012). “Decolorization of Reactive Violet – 2RL Dye by Aspergillus flavus and Aspergillus

fumigatus from Textile Sludge”. International Research Journal of Environment Sciences. 1, (2), 8-12.

53

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Fell, J.W., Boekhout, T., Fonseca, A., Scorzetti, G., and Statzell-Tallman, A.

(2000). “Biodiversity and Systematic of Basidiomycetous Yeasts as

Determined by Large Subunit rDNA D1/D2 Domain Sequnce

Analysiss”. J Syst Evol Microbiol. 50, 1351-1371.

Fu, Y., and Viraraghavan, Y. (2004). “Removal of Congo red from an aqueous solution by fungus Aspergillus niger”. Adv. Environ. Res. 7, 239-247.

Gilman, G. C. (1975). “A Manual of Soil Fungi 2nd Indian Reprint”. Oxford

and IBH Publishing CO: New Delhi.

Hadibarata, T., Yusoff, A. R, Aris A, Salmiati, Hidayat T, and Kristanti R.A., (2011). “Decolorization of Azo, Triphenylmethane, and Anthraquinone Dyes by Laccase of a Newly Isolated Armillaria sp”. F022. Water Air Pollution.

Handoyo, D. and Rudiretna, A. (2000). “Prinsip Umum dan Pelaksanaan

Polymerase Chain Reaction (PCR)”. Unitas. 9, (1), 17-29.

Hao, O. J., Hyunook, K., and Chiang, P. (2000). “Decolorization of wastewater”. Environmental science and technology. 30, 449-505. Hatakka, A. (1994). “Lignin Modifying Enzymes From Selected White-Rot

Fungi : Production and Role in Lignin Degradation”. FEMS Microbiol Rev. 13. 125-135.

Hidayah, N. (2012). “Molecular Identification of Fungus that Capable to Degrade Synthetic Dye”. Universitas Teknologi Malaysia. 1-50.

Hidayat, T and Pancoro, A. (2006). “Sistematika dan Filogenetika

Molekuler”. Makalah pada Kursus Singkat Aplikasi Perangkat Lunak

PAUP dan MrBayes untuk Penelitian Filogenetika Molekuler. Bandung: Institut Teknologi Bandung.

Hillis, D.M., and Dixon, M.T. (1991). “Ribosomal DNA: Molecular Evolution and Phylogenetic Inference. The Quarterly Review of Biology. 66, (4), 441-453.

Hillis, D.M., Moritz, C., and Mable, B.K. (1996). Molecular Systematic

2nd Edition. Sinaeur Associates: Massachusetts.

Ismanto, (2012). “Bab VI Fungi”. [Online]. Tersedia:

http://www.ittelkom.ac.id/admisi/elearning/prog3.php?proses=1&kd= Bio-010601. [23 Agustus 2013].

Jayasinghe, C., Imtiaj, A., Lee, G. W., Im, K. H., Hur, H., Lee, M.W., Yang, H. S., and Lee, T.S S. (2008). “Degradation Of Three Aromatic Dyes

54

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

by White Rot Fungi and the Production of Ligninolytic Enzymes”. The Korean SocietyOf Mycology. 36, (2), 114-120.

Kolli, S. C., Nagamani, A., and Rahel, R. Y. (2012). “Growth Response of Trichoderma Isolates Against Varying pH Levels”. International

Journal of Environmental Biology. 2. (4). 180-182.

Kumaran, N.S., and Dharani, G. (2011). “Decolorization Of Textile Dyes By White Rot Fungi Phanerocheate Chrysosporium and Pleurotus

Sajor-Caju”. Journal of Applied Technology in Enviromental Sanitation. 1,

(4), 361-370.

Lafontaine D. L. J., and Tollervey. D. (2001). “The Function and Synthesis

of Ribosomes”. [Online]. Tersedia: http: // www. nature. com/ nrm/ journal/ v2/ n7/ fig_tab/ nrm0701_514a_F2. html. [4 Oktober 2013]. Machado, K.M.G., Matheus, D. R., and Bononi, V.L.R. (2005).

“Ligninolytic enzymes production and remazol brilliant blue R decolorization by tropical brazilian basidiomycetes fungi”. Brazilian

Journal of Microbiology. 36, 246-252.

Machado, K.M.G., Compart, L. C. A., Morais, R. O., Rosa, L. H., and Santos, M. H. (2006). “Biodegradation Of Reactive Textile Dyes By Basidiomycetous Fungi From Brazilian Ecosystems”. Brazilian Journal of Microbiology. 37, 481-487.

Madigan, M. T., Martinko, J. M., Dunlap, P. V., and Clark, D. P. (2009).

Biology of Microorganism Twelfth edition. San Fransisco: Pearson

Benjamin Cummings.

Mauro,V.P. and Edelman,G.M. (2002). “The Ribosome filter

Hypothesis”. Proc. Natl Acad. Science. USA. 99, 12031-12036.

Meyer, A., Todt, C., Mikkelsen, N. T., and Lieb, B. (2010). “Fast evolving 18S rRNA sequences from Solenogastres (Mollusca) resist standard PCR amplification and give new insights into mollusk substitution rate heterogeneity” . BMC Evolutionary Biology. 10. (70).

Molinari, R., Pirillo, F., Falco, M., Loddo, V., and Palmisano, L., (2004). “Photocatalytic degradation of dyes by using a membrane reactor”. Chemical Engineering Process. 43, 1103-1114.

Moore, P.B. and Steitz, T.A. (2002). :”The involvement of RNA in ribosome

function”. Nature. 418, (6894), 229-235.

Moreira, M.T., Mielgo, I., Feijoo, G., and Lerna, J. M. (2000).

“Evaluation of different fungal strains in the decolourisation of synthetic dyes”. Biotechnol Lett. 22, 1499–1503.

55

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Murray, P. R. (1990). Medical Microbiology. St Louis: Mosby.

Naidu, M.P. and Aruna P. (2013). Decolourization of Selected Procion Dye Using Fungi, Acremonium chrysogeum, A Comparison With Physical Absorbents. International Journal of Applied Biology and

Pharmaeutical Technology. 4. (3). 117-123.

Nei, M. (1996). “Phylogenetic Analysis in Molecular Genetic”. Ann Rev Genet. 30. 371-403.

Pavko, A. (2011).” Fungal Decolourization and Degradation of Synthetic

Dye Some Chemical Engineering Aspects”. Intech. 4, 65-88.

Perdomo, H., Sutton, D. A., Garcia, D., Fothergill, A. W., Cano, J., Gene, J., Summerbell, R. C., Rinaldi, M. G., and Guarro, J. (2011). “ Spectrum of Clinically Relevant Acremonium Species in the United States”.

Journal of Clinical Microbiology. 49. (1). 243-256.

Photita, W., Taylor, P.W.J., Ford, R., Hyde, K. D., and Lumyong, S. (2005).

“Morphological and molecular characterization of Colletotrichum species from herbaceous plants in Thailand”. Fungal Diversity. 18,

117-133.

Priyadarsini, R.I., Bhuvaneswari, V., and Kumar, K.S. (2011). “Isolation Identification and Phylogenetic Analysis Of White Rot Fungus and

Heterologous Expression Of Gene Encodding Laccase”. Journal Applied Sciences in Environmental Sanitation. 6, (1), 69-83.

Rahman, A., Begum, M.S., Rahman, M., Bari, M.A., Ilias, G. N. M., and

Alam, M. S. (2011). “Isolation and Identification of Trichoderma

Species from Different Habitats and Their use for Bioconvertion of

Solid Waste ”. Turk J Biol. 35. 183-194.

Ratnayani, K., Yowani, S. C., and Liangki, S. S. (2009). “Amplifikasi Fragmen 0,4 kb Daerah D-Loop DNA Mitokondria Lima Individu

Suku Bali Tanpa Hubungan Kekerabatan Dengan Metode PCR”. Jurnal kimia. 3. (1). 14-20.

Sadhasivam, S., Savitha, S., and Swaminathan, K. (2009). Redox- Medited Decolourization of Recalcitrant Textile Dye by Trichoderma

harzianum WL1 Laccase. World Journal Microbiol Biotechnol. 25.

1733-1741.

Saranraj, P., Sumathi, V., Reetha, D., and Stella, D. (2010). Fungal Decolourization of Direct Azo Dyes and Biodegradation of Textile Dye Effluent. Journal of Ecobiotechnology. 2. (7). 12-16.

Sarles, W. B., Frazier, W. C., Wilson, J. B., and Knight, S. G. (1956).

56

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Selvam, K., Priya, M. S., and Yamuna, M. (2012). “Decolourization of Azo

Dyes and Dye Industry Effluents by Lignin Degrading Fungus

Trametes versicolor”. International Journal of Pharmaceutical and Biological Archives. 3. (3). 666-672.

Shahriarinour, M., Wahab M.N.A., Ariff A, and Mohamad R. (2011). “Screening, isolation and selection of cellulolytic fungi from oil palm empty fruit bunch fibre”. Biotechnology Journal. 10, 108-113.

Smith, B.J. and Black, L.L. (1990). “Morphological, cultural and pathogenic variation among Colletotrichum species isolated from strawberry”. Plant Disease. 74, 69-76.

Srikulnath, K .(2010). “FISH as a chromosome identification strat- egy to delineate karyotypic evolution in vertebrates”. Thai J Genet. 3. 120-136.

Sugita, T., and Nishikawa, A. (2003). “Fungal Identification Method Based

on DNA Sequence Analysis: Reassessment of the Method of the

Pharmaceutical Society of Japan and the Japanese Pharmacopoeia”.

Journal of Health Science. 49, (6), 531-533.

Sunitha, V. H., Ramesha, A., Savitha, J., and Srinivas, C. (2012). “Amylase

Production by Endophytic Fungi Cylindrocephalum sp Isolated From Medicinal Plant Alpinia calcarata (HAW) Rosco”. Brazilian Journal of Microbiology. 1213-1221.

Sutton, S.V.W. and A.M. Cundell. (2004). “Microbial Identification in the

Pharmaceutical Industry”. Pharmacopeial Forum. 30, 1884-1894.

Tariq, V. (2012). “Hypal Ultrastructure”. [Online]. Tersedia: http://www. fungionline.org.uk/3hyphae/1hypha_ultra.html. [10 September 2013]. Tobin, J. M., White, C., and Gadd, G. M. (1994). “Metal accumulation by

Fungi: Applications in Environmental Biotechnology”. J. Ind.

Microbiol. 13, 126-130.

Verma, P. and Madamwar, D. (2003). “Decolorization of synthetic dyes by a newly isolated strain of Serratia marcescens”. World. J. Microbiol.

Biotechnol. 19, 615–618.

Youssef, A. S., El-Sherif, M. F., and El-Assar, S. A. (2008). Studies on The Decolorization of Malachite Green by The Local Isolate Acremonium

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu₅₁ | perpustakaan.upi.edu

DAFTAR PUSTAKA

Adosinda, M., M. Martins, N. Lima, A.J.D. Silvestre and M.J. Queiroz. (2003). “Comparative studies of fungal degradation of single or mixed bioaccessible reactive azo dyes”. Chemosphere. 52, (6), 967-973.

Andrea Zille., Barbara Go´rnacka., Astrid Rehorek., and Artur Cavaco-Paulo. (2005). “Degradation of Azo Dyes by Trametes villosa Laccase over Long Periods of Oxidative Conditions”. Applied Environmental Microbioly. 6711–6718.

Aryani, A and Kusumawaty, D. (2007). “Prinsip-Prinsip Polymerase Chain

Reaction (PCR) dan Aplikasinya”. [Online]. Tersedia: http:// file. upi.

edu/Direktori/Fpmipa/Jur_Pend.Biologi-Diah_Kusumawaty/ Materi/ Pcr kursus. [1 Januari 2013].

Asad, S., Amoozegar, M.A., Pourbabaee, A.A., Sarbolouki, M.N. and Dastgheib, S. M.M. (2007). “Decolorization of textile azo dyes by newly isolated halophilic and halotolerant bacteria”. Bioresource Technol. 98, 2082–2088.

Asgher, M., H.N. Bhatti, M. Ashraf, and R.L. Legge. (2008). “Recent developments in biodegradation of industrial pollutants by white rot fungi and their enzyme system”. Biodegradation Journal. 19, (6), 771--783.

Bagha, A.R.T., Bahrami, H., Movassagh, B., Arami, M, and Menger, F.M.

(2007). “Interactions of gemini cationic surfactants with anionic azo dyes and their inhibited effects on dyeability of cotton fabric”.

Elsevier.72.(3).331-338.

Banat, I. M., Nigam, P., Singh D., and Marchant R. (1996). “Microbial decolorization of textile-dye-containing effluents: a review”. Bioresource. Technology. 58, 217-227.

Barnett, H. L. (1960). Illustrated Genera of Imperfect Fungi 2nd Edition. Burgess Publishing Company : America.

Benette, J. W. and Faison, B. D. (1997). “Use of Fungi in Biodegradation. Manual of Environmental Microbiology, Washington DC”. ASM Press. 758-765.

Burman, L.G. and Mauro, V.P. (2012). “Analysis of RNA Processing and

Translation in Mammalian Cells Using a Synthetic 18S rRNA Expression System”. Nucleic Acids research. 40. (16). 1885-8098.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Buzina, W., D. Lang-Loidolt, H. Braun, K. Freudenschuss, and H.

Stammberger. (2001). “Development Of Molecular Methods For Identification Of Schizophyllum Commune From Clinical Samples”.

J Clin Microbiol. 39, 2391-2396.

Campbell, N. A., Reece, J. B., Taylor, M. R., Simon, E. J., and Dickey, J. L. ( 2009). Biology Concept and Connections 6 th ed. San Fransisco: Pearson Benjamin Cummings.

Carvalho, C.M., Meirinho, S., Estevinho, M.L., and Choupina, A. (2010).

“Yeast Species Associated With Honey: Different Identification

Methods”. Arch Zootech. 59, (225), 103-113.

Castle, A., Speranzini, D., Rghei, N., Alm, G., Rinker, D., and Bissett, J.

(1998). “Morphological and Molecular Identification of Trichoderma

Isolates on North American Mushroom Farms”. Appled and Environmental Microbiology. 64. (1). 133-137.

Cavalli-Sforza L.L., and Edward, A.W.F. (1997).” Phylogenetic Analysis: Models and Estimation Procedures”. American Journal of Human Genetic. 19. (3). 233-257.

Chacko, J.T., and Subramaniam, K. (2011). “Enzymatic Degradation Of Azo

Dyes- A Rivew”. International Journal Of Environmental Sciences. 1, (6), 1250-1260.

Charumathi, D., and Das, N. (2010). “Removal Of Synthetic Dye Basic Violet 3 By Immobilised Candida Tropicalis Grown On Sugarcane

Bagasse Extract Medium”. International Journal Of Engineering

Science and Technology. 2, (9), 4325-4335.

Chenuil, A. (2006). ”Choosing The Right Molecular Genetic Markers For Studying Biodiversity : from molecular evolution to practical

aspects”. Genetica. 127, (1), 101-120.

Corbman, B. P. (1983). “Textiles: Fiber to fabric”. McGraw-Hill. ISBN 0-07-066263-3. 201-222.

Couta, S.R. (2009). “Dye removal by immobilized fungi”. Biotech Adv. 27, 227-235.

Dorthy, A.M., Sivaraj, R., and R, Venckatesh. (2012). “Decolorization of Reactive Violet – 2RL Dye by Aspergillus flavus and Aspergillus fumigatus from Textile Sludge”. International Research Journal of Environment Sciences. 1, (2), 8-12.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Fell, J.W., Boekhout, T., Fonseca, A., Scorzetti, G., and Statzell-Tallman, A.

(2000). “Biodiversity and Systematic of Basidiomycetous Yeasts as

Determined by Large Subunit rDNA D1/D2 Domain Sequnce

Analysiss”. J Syst Evol Microbiol. 50, 1351-1371.

Fu, Y., and Viraraghavan, Y. (2004). “Removal of Congo red from an aqueous solution by fungus Aspergillus niger”. Adv. Environ. Res. 7, 239-247.

Gilman, G. C. (1975). “A Manual of Soil Fungi 2nd Indian Reprint”. Oxford

and IBH Publishing CO: New Delhi.

Hadibarata, T., Yusoff, A. R, Aris A, Salmiati, Hidayat T, and Kristanti R.A., (2011). “Decolorization of Azo, Triphenylmethane, and Anthraquinone Dyes by Laccase of a Newly Isolated Armillaria sp”. F022. Water Air Pollution.

Handoyo, D. and Rudiretna, A. (2000). “Prinsip Umum dan Pelaksanaan

Polymerase Chain Reaction (PCR)”. Unitas. 9, (1), 17-29.

Hao, O. J., Hyunook, K., and Chiang, P. (2000). “Decolorization of wastewater”. Environmental science and technology. 30, 449-505.

Hatakka, A. (1994). “Lignin Modifying Enzymes From Selected White-Rot

Fungi : Production and Role in Lignin Degradation”. FEMS Microbiol

Rev. 13. 125-135.

Hidayah, N. (2012). “Molecular Identification of Fungus that Capable to

Degrade Synthetic Dye”. Universitas Teknologi Malaysia. 1-50.

Hidayat, T and Pancoro, A. (2006). “Sistematika dan Filogenetika

Molekuler”. Makalah pada Kursus Singkat Aplikasi Perangkat Lunak

PAUP dan MrBayes untuk Penelitian Filogenetika Molekuler. Bandung: Institut Teknologi Bandung.

Hillis, D.M., and Dixon, M.T. (1991). “Ribosomal DNA: Molecular Evolution and Phylogenetic Inference. The Quarterly Review of Biology. 66, (4), 441-453.

Hillis, D.M., Moritz, C., and Mable, B.K. (1996). Molecular Systematic 2nd Edition. Sinaeur Associates: Massachusetts.

Ismanto, (2012). “Bab VI Fungi”. [Online]. Tersedia:

http://www.ittelkom.ac.id/admisi/elearning/prog3.php?proses=1&kd= Bio-010601. [23 Agustus 2013].

Jayasinghe, C., Imtiaj, A., Lee, G. W., Im, K. H., Hur, H., Lee, M.W., Yang, H. S., and Lee, T.S S. (2008). “Degradation Of Three Aromatic Dyes

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

by White Rot Fungi and the Production of Ligninolytic Enzymes”.

The Korean SocietyOf Mycology. 36, (2), 114-120.

Kolli, S. C., Nagamani, A., and Rahel, R. Y. (2012). “Growth Response of

Trichoderma Isolates Against Varying pH Levels”. International Journal of Environmental Biology. 2. (4). 180-182.

Kumaran, N.S., and Dharani, G. (2011). “Decolorization Of Textile Dyes By

White Rot Fungi Phanerocheate Chrysosporium and Pleurotus Sajor-Caju”. Journal of Applied Technology in Enviromental Sanitation. 1, (4), 361-370.

Lafontaine D. L. J., and Tollervey. D. (2001). “The Function and Synthesis

of Ribosomes”. [Online]. Tersedia: http: // www. nature. com/ nrm/

journal/ v2/ n7/ fig_tab/ nrm0701_514a_F2. html. [4 Oktober 2013]. Machado, K.M.G., Matheus, D. R., and Bononi, V.L.R. (2005).

“Ligninolytic enzymes production and remazol brilliant blue R decolorization by tropical brazilian basidiomycetes fungi”. Brazilian Journal of Microbiology. 36, 246-252.

Machado, K.M.G., Compart, L. C. A., Morais, R. O., Rosa, L. H., and Santos, M. H. (2006). “Biodegradation Of Reactive Textile Dyes By Basidiomycetous Fungi From Brazilian Ecosystems”. Brazilian Journal of Microbiology. 37, 481-487.

Madigan, M. T., Martinko, J. M., Dunlap, P. V., and Clark, D. P. (2009). Biology of Microorganism Twelfth edition. San Fransisco: Pearson Benjamin Cummings.

Mauro,V.P. and Edelman,G.M. (2002). “The Ribosome filter

Hypothesis”. Proc. Natl Acad. Science. USA. 99, 12031-12036.

Meyer, A., Todt, C., Mikkelsen, N. T., and Lieb, B. (2010). “Fast evolving 18S rRNA sequences from Solenogastres (Mollusca) resist standard PCR amplification and give new insights into mollusk substitution rate heterogeneity” . BMC Evolutionary Biology. 10. (70).

Molinari, R., Pirillo, F., Falco, M., Loddo, V., and Palmisano, L., (2004). “Photocatalytic degradation of dyes by using a membrane reactor”. Chemical Engineering Process. 43, 1103-1114.

Moore, P.B. and Steitz, T.A. (2002). :”The involvement of RNA in ribosome

function”. Nature. 418, (6894), 229-235.

Moreira, M.T., Mielgo, I., Feijoo, G., and Lerna, J. M. (2000).

“Evaluation of different fungal strains in the decolourisation of synthetic dyes”. Biotechnol Lett. 22, 1499–1503.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Murray, P. R. (1990). Medical Microbiology. St Louis: Mosby.

Naidu, M.P. and Aruna P. (2013). Decolourization of Selected Procion Dye Using Fungi, Acremonium chrysogeum, A Comparison With Physical Absorbents. International Journal of Applied Biology and Pharmaeutical Technology. 4. (3). 117-123.

Nei, M. (1996). “Phylogenetic Analysis in Molecular Genetic”. Ann Rev Genet. 30. 371-403.

Pavko, A. (2011).” Fungal Decolourization and Degradation of Synthetic

Dye Some Chemical Engineering Aspects”. Intech. 4, 65-88.

Perdomo, H., Sutton, D. A., Garcia, D., Fothergill, A. W., Cano, J., Gene, J., Summerbell, R. C., Rinaldi, M. G., and Guarro, J. (2011). “ Spectrum of Clinically Relevant Acremonium Species in the United States”. Journal of Clinical Microbiology. 49. (1). 243-256.

Photita, W., Taylor, P.W.J., Ford, R., Hyde, K. D., and Lumyong, S. (2005).

“Morphological and molecular characterization of Colletotrichum species from herbaceous plants in Thailand”. Fungal Diversity. 18, 117-133.

Priyadarsini, R.I., Bhuvaneswari, V., and Kumar, K.S. (2011). “Isolation Identification and Phylogenetic Analysis Of White Rot Fungus and

Heterologous Expression Of Gene Encodding Laccase”. Journal

Applied Sciences in Environmental Sanitation. 6, (1), 69-83.

Rahman, A., Begum, M.S., Rahman, M., Bari, M.A., Ilias, G. N. M., and

Alam, M. S. (2011). “Isolation and Identification of Trichoderma

Species from Different Habitats and Their use for Bioconvertion of

Solid Waste ”. Turk J Biol. 35. 183-194.

Ratnayani, K., Yowani, S. C., and Liangki, S. S. (2009). “Amplifikasi Fragmen 0,4 kb Daerah D-Loop DNA Mitokondria Lima Individu

Suku Bali Tanpa Hubungan Kekerabatan Dengan Metode PCR”.

Jurnal kimia. 3. (1). 14-20.

Sadhasivam, S., Savitha, S., and Swaminathan, K. (2009). Redox- Medited Decolourization of Recalcitrant Textile Dye by Trichoderma harzianum WL1 Laccase. World Journal Microbiol Biotechnol. 25. 1733-1741.

Saranraj, P., Sumathi, V., Reetha, D., and Stella, D. (2010). Fungal Decolourization of Direct Azo Dyes and Biodegradation of Textile Dye Effluent. Journal of Ecobiotechnology. 2. (7). 12-16.

Sarles, W. B., Frazier, W. C., Wilson, J. B., and Knight, S. G. (1956). Microbilogy 2nd Edition. New York: Harper and Brothers.

Faramita Muthmainah, 2013

Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu

Selvam, K., Priya, M. S., and Yamuna, M. (2012). “Decolourization of Azo

Dyes and Dye Industry Effluents by Lignin Degrading Fungus Trametes versicolor”. International Journal of Pharmaceutical and Biological Archives. 3. (3). 666-672.

Shahriarinour, M., Wahab M.N.A., Ariff A, and Mohamad R. (2011). “Screening, isolation and selection of cellulolytic fungi from oil palm empty fruit bunch fibre”. Biotechnology Journal. 10, 108-113.

Smith, B.J. and Black, L.L. (1990). “Morphological, cultural and pathogenic variation among Colletotrichum species isolated from strawberry”. Plant Disease. 74, 69-76.

Srikulnath, K .(2010). “FISH as a chromosome identification strat- egy to delineate karyotypic evolution in vertebrates”. Thai J Genet. 3. 120-136.

Sugita, T., and Nishikawa, A. (2003). “Fungal Identification Method Based

on DNA Sequence Analysis: Reassessment of the Method of the

Pharmaceutical Society of Japan and the Japanese Pharmacopoeia”.

Journal of Health Science. 49, (6), 531-533.

Sunitha, V. H., Ramesha, A., Savitha, J., and Srinivas, C. (2012). “Amylase

Production by Endophytic Fungi Cylindrocephalum sp Isolated From Medicinal Plant Alpinia calcarata (HAW) Rosco”. Brazilian Journal of Microbiology. 1213-1221.

Sutton, S.V.W. and A.M. Cundell. (2004). “Microbial Identification in the

Pharmaceutical Industry”. Pharmacopeial Forum. 30, 1884-1894.

Tariq, V. (2012). “Hypal Ultrastructure”. [Online]. Tersedia: http://www. fungionline.org.uk/3hyphae/1hypha_ultra.html. [10 September 2013]. Tobin, J. M., White, C., and Gadd, G. M. (1994). “Metal accumulation by

Fungi: Applications in Environmental Biotechnology”. J. Ind. Microbiol. 13, 126-130.

Verma, P. and Madamwar, D. (2003). “Decolorization of synthetic dyes by a newly isolated strain of Serratia marcescens”. World. J. Microbiol. Biotechnol. 19, 615–618.

Youssef, A. S., El-Sherif, M. F., and El-Assar, S. A. (2008). Studies on The Decolorization of Malachite Green by The Local Isolate Acremonium kiliense. 7. (2). 213-223.