KEANEKARAGAMAN BAKTERI PADA LENDIR IKAN SIDAT (Anguilla bicolor) DAN AIR KOLAM BUDIDAYA Skripsi
KEANEKARAGAMAN BAKTERI PADA LENDIR IKAN SIDAT (Anguilla bicolor) DAN AIR KOLAM BUDIDAYA Skripsi
Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh gelar Sarjana Sains Oleh :
Niluh Gede Eka Cristina Mulyani M0413038
PROGRAM STUDI BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
2018
PENGESAHAN
SKRIPSI
KEANEKARAGAMAN BAKTERI PADA LENDIR IKAN SIDAT
(Anguilla bicolor) DAN AIR KOLAM BUDIDAYA
Oleh: Niluh Gede Eka Cristina Mulyani
NIM. M0413038 Telah dipertahankan di depan Tim Penguji Pada tanggal .............................
Surakarta, Januari 2018
Penguji I Penguji II
Dr. Ratna Setyaningsih, M.Si. Dr. Wiryanto, M. Si.
NIP. 19660714 199903 2 001 NIP. 19530801 198203 1 005
Penguji III / Pembimbing I Penguji IV / Pembimbing II
Dr. Artini Pangastuti, M. Si. Dr. Agung Budiharjo, M. Si.
NIP. 19750531 200003 2 001 NIP. 19680823 200003 1 001
Mengesahkan,
Kepala Program Studi Biologi FMIPA UNS
Dr. Ratna Setyaningsih, M.Si.
NIP. 19660714 199903 2 001
HALAMAN PERNYATAAN
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi ini adalah hasil penelitian saya sendiri dan tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, serta tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali secara tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka. Apabila di kemudian hari dapat ditemukan adanya unsur penjiplakan maka gelar kesarjanaan yang telah diperoleh dapat ditinjau dan/atau dicabut.
Surakarta, Januari 2018 NIM. M0413038
KEANEKARAGAMAN BAKTERI PADA LENDIR IKAN SIDAT
(Anguilla bicolor) DAN AIR KOLAM BUDIDAYA
Niluh Gede Eka Cristina Mulyani
Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret, Surakarta
ABSTRAK
Ikan sidat (Anguilla bicolor) merupakan ikan yang banyak dibudidayakan di Indonesia. Salah satu kendala dalam budidaya ikan sidat adalah serangan patogen dan parasit. Ikan sidat memiliki lendir pada permukaan kulitnya yang berperan sebagai sistem pertahanan tubuh. Pada lendir sidat diduga terdapat bakteri yang terkolonisasi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis bakteri yang ada pada lendir sidat dan keanekaragamannya.
Penelitian Observasional ini menggunakan 6 ekor ikan sidat dari kolam budidaya Purwosari dan Fakultas MIPA. Lendir ikan sidat dan air kolam budidaya diisolasi dengan metode pengenceran berseri. Suspensi diinokulasi pada media metode total plate count dan Indeks keanekaragaman dihitung dengan metode Shannon dan Wiener. Isolat yang didapat diidentifikasi dengan menggunakan metode PCR dengan gen penyandi 16S rRNA dan pewarnaan gram.
Isolat bakteri yang ditemukan sebanyak 10 isolat. Lima isolat ditemukan pada lendir sidat. Isolat bakteri tersebut diidentifikasi sebagai Lactococcus lactis,
Sphingobacterium multivorum, Microbacterium sp., Klebsiella pneumoniae dan
Citrobacter freundii. Klebsiella pneumoniae dan Citrobacter freundiijuga
ditemukan pada air kolam pemeliharaan. Indeks keanekaragaman pada semua sampel bernilai <1,5 sehingga dapat digolongkan ke dalam kategori rendah. Kata kunci : Ikan sidat, lendir, indeks keanekaragaman, bakteri
THE BIODIVERSITY OF BACTERIA IN EEL MUCUS (Anguilla bicolor)
AND POND WATER
Niluh Gede Eka Cristina Mulyani
NIM. M0413038
Biology Department, Faculty of Mathematics and Sciences Sebelas Maret University Surakarta
ABSTRACT
Eel fishes (Anguilla bicolor) are one of most dominant cultivatd fish in Indonesia. One of the obstacles in eel farming is the attack of pathogens and parasites. Eel fishes have mucus on the surface of the skin that acts as the defense system of the body. In eels mucus are suspected to be colonized by bacteria. The purpose of this research is to determine the type of bacteria present in eels mucus and its diversity.
This observational research used 6 eels from the Purwosari cultivation and FMIPA cultivation. Eel mucus and pond water were isolated by serial dilution method. The suspension was inoculated on lactose agar medium, and was incubated for 48 hours. The total number of bacteria was calculated by total plate count method and the diversity index was calculated by Shannon and Wiener method. The isolated isolates were identified using PCR method with a gene encoding 16S rRNA and gram staining.
There were 10 isolates of bacteria could be found. Five isolates were found in mucus eel. The bacterial isolates were identified as Lactococcus lactis,
Sphingobacterium multivorum , Microbacterium sp., Klebsiella pneumoniae and
Citrobacter freundii . Klebsiella pneumoniae and Citrobacter freundii also found
in maintenance pond water. The diversity index in all samples were <1,5 so it could be classified into low category.
Keyword: Eel, mucus, diversity index, bacteria
HALAMAN MOTTO
Apapun yang kamu perbuat,
perbuatlah dengan segenap hatimu
seperti untuk Tuhan
dan bukan untuk manusia.
Kolose 3: 23
HALAMAN PERSEMBAHAN
Skripsi ini saya persembahkan untuk: Tuhan Yesus Kristus
Suartawan dan Ibu Tri Mulyati atas doa dan dukungan tanpa batas Dr. Artini Pangastuti S.Si., M.Si. dan Dr Agung Budiraharja, S.Si., M.Si.. atas kesempatan dan nasihat
yang berharga
Teman seperjuangan Amoeba 2013 Prodi Biologi FMIPA UNS Almamater
KATA PENGANTAR
Puji syukur kepada Tuhan YME yang telah memberi kasih karunia sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dan penyusunan skripsi dengan judul keanekaragaman bakteri pada lendir ikan sidat (Anguilla bicolor) dan air kolam budidaya. Penyusunan skripsi ini merupakan suatu syarat untuk memperoleh gelar kesarjanaan S1 pada Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret Surakarta.
Selama melakukan penelitian dan penyusunan skripsi, penulis telah mendapatkan saran, bantuan, dan bimbingan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada: 1.
Dr. Artini Pangastuti S.Si., M.Si. selaku dosen pembimbing I yang telah memberikan bimbingan, nasihat dan dukungan selama pengerjaan penelitian dan skripsi. Dr. Agung Budiharjo S.Si., M.Si. selaku dosen pembimbing II yang telah memberikan bimbingan, nasihat, semangat, dan ilmu selama pengerjaan penelitian dan skripsi.
3. Dr. Wiryanto, Dr. Ratna Setyaningsih, M.Si. selaku dosen penelaah I dan
M.Si. selaku dosen penelaah II yang telah memberikan saran dan masukan hingga terselesaikannya penyusunan skripsi.
4. Tjahjadi Purwoko, S.Si., M.Si. selaku dosen pembimbing akademik dan seluruh dosen Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah memberi pengajaran dan ilmu selama masa studi.
5. Atik Dwiningsih, A.Md. dan Nina Astreani, M.Si. selaku laboran Sub Lab.
Biologi, Program Studi Biologi yang telah membantu selama penelitian. Windha Ika M, Citra Praba Y, Mahalal Jihad, dan Latifah K. selaku rekan penelitian yang senantiasa membantu serta saudara-saudari terkasih Kharisma S. A., Agustina Putri Cahyangsih, S. Si., Elvariza Opita S.Si., Adhitama Steven G. dan kakak-adik PMK MIPA, yang selalu memberi semangat, sukacita, dukungan dan doa selama penelitian dan skripsi.
6. Teman-teman seperjuangan di Program Studi Biologi 2013, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret dukungan selama masa perkuliahan, serta semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu per satu yang telah memberikan bantuan. Penulis menyadari bahwa dalam melakukan penelitian dan penyusunan skripsi ini masih banyak kekurangan. Oleh karena itu, masukan berupa saran dan kritik yang membangun dari pembaca akan sangat membantu. Semoga skripsi ini dapat bermanfaat.
Surakarta, Januari 2018 Penulis
DAFTAR ISI
Halaman HALAMAN SAMPUL ............................................................................................ i HALAMAN PERSETUJUAN ................................................................................ ii HALAMAN PERNYATAAN ............................................................................... iii ABSTRAK ............................................................................................................. iv ABSTRACT ............................................................................................................. v HALAMAN MOTTO ............................................................................................ vi HALAMAN PERSEMBAHAN ........................................................................... vii KATA PENGANTAR ......................................................................................... viii DAFTAR ISI .......................................................................................................... ix DAFTAR TABEL .................................................................................................... x DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ xii DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ xiii DAFTAR SINGKATAN ..................................................................................... xiv
BAB I. PENDAHULUAN .................................................................................... ..1 A. Latar Belakang Masalah ..................................................................... ..1 B. Perumusan Masalah............................................................................ ..2 C. Tujuan Penelitian................................................................................ ..2 D. Manfaat Penelitian.............................................................................. ..2 BAB II. LANDASAN TEORI .............................................................................. ..3
....................................................................................... ...3 A.
Tinjauan pustaka 1.
Ikan Sidat (Anguilla bicolor) ........................................................ ..3 2. Peranan Lendir pada Ikan ............................................................. ..3 3. Komunitas Bakteri pada Lendir Ikan ............................................ ..4 B. Kerangka Berpikir .............................................................................. ..5
BAB III. METODE PENELITIAN....................................................................... ..7 A. Waktu dan Tempat Penelitian ............................................................ ..7 B. Bahan dan Alat .................................................................................. ..7 C. Cara Kerja .......................................................................................... ..7
1. Pangambilan Sampel Lendir Ikan Sidat dan Air Kolam Budidaya ....................................................................................................... 7 2. Sterilisasi Alat dan Bahan ............................................................. 8 3. Pembuatan Media Lactose Agar ................................................... 8 4. Isolasi dan Perhitungan Bakteri dari Lendir Ikan Sidat ................ 8 5. Isolasi dan Perhitungan Bakteri dari Lendir Ikan Sidat ................ 8 6. Karakteristik Morfologi dan Sifat Gram Bakteri .......................... 9 7. Identifikasi Bakteri ........................................................................ 10 D. Analisis Data ...................................................................................... 10
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................. 11 A. Isolat Bakteri yang Didapat dan Indeks Keanekaragaman Bakteri Air Kolam Budidaya dan Lendir Ikan Sidat ............................................. 11 B. Karakteristik Bakteri .......................................................................... 15 1. Lactoccocus lactis ........................................................................ 16 Sphingobacterium multivorum ..................................................... 17 3. Klebsiella pneumoniae ................................................................. 18 4. Citrobacter freundii...................................................................... 18 5. Microbacterium sp. ..................................................................... 19 BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN ............................................................... 20 A. Kesimpulan......................................................................................... 20 B. Saran ................................................................................................... 20 DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 21 LAMPIRAN .......................................................................................................... 26 DAFTAR RIWAYAT HIDUP PENULIS ............................................................ 34
DAFTAR TABEL
Tabel 1. Total jumlah bakteri dan indeks keanekaragaman ................................ 12
Tabel 2. Spesies bakteri yang ditemukan pada air kolam pemeliharaan dan lendir
ikan sidat ............................................................................................... 16
Tabel 3. Morfologi sel dan karakteristik isolat bakteri dan lendir ikan sidat dan
air kolam pemeliharaan ....................................................................... 16 Tabel 4. Indeks keanekaragaman (H’) Air Kolam Purwosari ............................ 26
Tabel 5. Indeks keanekaragaman (H’) Air Kolam Fakultas MIPA .................... 26
Tabel 6.Indeks keanekaragaman (H’) Lendir Ikan ke-2 Purwosari ................... 26
Tabel 7. Indeks kean
ekaragaman (H’) Lendir Ikan ke-3 Purwosari ................... 26
Tabel 8. Indeks keanekaragaman (H’) Lendir Ikan ke-1 Fakultas MIPA .......... 26
Tabel 9.Indeks keanekaragaman (H’) Lendir Ikan ke-2 Fakultas MIPA .......... 27
Tabel 10. Indeks keanekaragaman
(H’) Lendir Ikan ke-3 Fakultas MIPA ......... 27
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1. Bagan kerangka berpikir ................................................................... 6
Gambar 2. Sampel Lendir ikan sidat ................................................................. 28
Gambar 3. Sampel Air Kolam Pemeliharaan ..................................................... 28
Gambar 4. Hasil Isolasi Air Kolam Pemeliharaan ............................................. 28
Gambar 5. Hasil Isolasi Lendir Ikan Sidat ......................................................... 29
Gambar 6. Klepsiella pneumoniae ..................................................................... 29
Gambar 7. Sphingobacterium multivorum.......................................................... 29
Gambar 8. Lactococcus lactis ............................................................................. 30
Gambar 9. Microbacterium sp ............................................................................ 30
Gambar 10. Citrobacter freundii ......................................................................... 30
Gamabr 11. Isolat Bg ........................................................................................... 30
Gambar 12. Isolat Dg .......................................................................................... 30
Gambar 13. Isolat Eg ........................................................................................... 30
Gambar 14. Isolat Bp ........................................................................................... 31
Gambar 15. Isolat Cp ........................................................................................... 31
Gambar 16. Elektroforesis Produk PCR Bakteri pada Air Kolam Pemeliharaandan Lendir Ikan Sidat .................................................................... 31
Gambar 17. Hasil BLAST Isolat G3 ................................................................... 32
Gambar 18. Hasil BLAST Isolat G2 ................................................................... 32
Gambar 19. Hasil BLAST Isolat Dp ................................................................... 32
Gambar 20. Hasil BLAST Isolat Ap ................................................................... 33
Gambar 21. Hasil BLAST Isolat Ag ................................................................... 33