IDENTIFIKASI KANDUNGAN DAGING BABI PADA DENDENG SAPI YANG BEREDAR DI SWALAYAN PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) - repository perpustakaan

  

IDENTIFIKASI KANDUNGAN DAGING BABI PADA DENDENG SAPI

YANG BEREDAR DI SWALAYAN PURWOKERTO MENGGUNAKAN

METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)

  

SKRIPSI

  Diajukan Oleh

ISNA INDRIANI

  0908010096

  

Kepada

Fakultas Farmasi

Universitas Muhammadiyah Purwokerto

2013

  

IDENTIFIKASI KANDUNGAN DAGING BABI PADA DENDENG SAPI

YANG BEREDAR DI SWALAYAN PURWOKERTO MENGGUNAKAN

METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)

SKRIPSI

  Untuk memenui sebagian persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1

  

Isna Indriani

  0908010096

  

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO

PURWOKERTO

2013

  HALAMAN PENGESAHAN

IDENTIFIKASI KANDUNGAN DAGING BABI PADA DENDENG SAPI YANG BEREDAR DI SWALAYAN PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)

  ISNA INDRIANI 0908010096 Telah dipertahankan di depan Panitia Ujian Skripsi Pada hari Rabu tanggal 26 Juni 2013 SUSUNAN PANITIA

Ketua Sekretaris

Dr. Nunuk Aries N, M.Si., Apt

  NIK. 2160217 Binar Asrining Dhiani, M.Sc., Apt NIK. 2160392 Penguji I Penguji II Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt NIK. 2160348 Suparman, M.Sc., Apt NIK. 2160446 Mengetahui Dekan Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto Dr. Nunuk Aries N, M.Si., Apt NIK. 2160217

  

PERNYATAAN

  Yang bertandatangan dibawah ini, saya: Nama : Isna Indriani NIM : 0908010096 Program studi : Farmasi Fakultas/Universitas :Farmasi/Universitas Muhammadiyah Purwokerto

  Menyatakan dengan sebenar-besarnya bahwa skripsi ini adalah hasil dari proses penelitian saya yang telah dilakukan dengan prosedur penelitian yang benar dengan arahan dari dosen pembembing dan bukan hasil penjiplakan dari hasil karya orang lain atau terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan sepanjang pengetahuan penulis juga tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan orang lain kecuali yang secara tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.

  Demikian pernyataan ini, dan apabila kelak dikemudian hari terbukti ada unsur penjiplakan, maka saya bersedia mempertanggung jawabkan dengan ketentuan yang berlaku.

  Purwokerto, Juni 2013 Yang menyatakan,

  Isna Indriani

  

INTISARI

  

ISNA INDRIANI. Identifikasi Kandungan Daging Babi Pada Dendeng Sapi

  Yang Beredar di Swalayan Purwokerto Menggunakan Metode Real-Time Polymerase Chain Reaction (Real-Time PCR). Dibawah bimbingan WIRANTI SRI RAHAYU dan SUPARMAN.

  

Latar Belakang: Kehalalan produk makanan menjadi masalah yang penting,

  karena 90% masyarakat Indonesia beragama Islam. Babi merupakan binatang yang diharamkan dalam agama Islam. Pada tahun 2009, LPPOM MUI menemukan campuran daging babi pada dendeng sapi di Malang. Beberapa peneliti telah melakukan identifikasi campuran daging babi dengan menggunakan metode Real-Time PCR dan memberikan hasil yang akurat. Metode Real-Time PCR diharapkan dapat digunakan untuk mendeteksi campuran daging babi pada dendeng sapi.

  

Tujuan Penelitian: Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi adanya campuran

  daging babi pada dendeng sapi yang beredar di Swalayan Purwokerto menggunakan metode Real-Time PCR.

  

Metode Penelitian: Sampel dendeng sapi diperoleh dari semua Swalayan di

  Purwokerto menggunakan metode Real-Time PCR. Primer yang digunakan berupa primer spesifik babi ND5.

  

Hasil: Hasil isolasi DNA divisualisasi menggunakan elektroforesis gel agarosa,

  ketebalan pita yang dihasilkan menunjukan banyaknya DNA yang didapat. DNA babi dan sapi 100% memiliki kualitas DNA yang baik (DNA tidak terpotong), sedangkan DNA standar 5-50% memiliki kualitas DNA yang baik meskipun masih ada DNA yang terpotong. Semua DNA sampel memiliki kualitas DNA yang kurang baik, hal ini disebabkan karena dendeng telah mengalami proses pemasakan yang dapat merusak DNA. Analisis Real-Time PCR dari isolat DNA babi 5-100% dapat teramplifikasi, sedangkan DNA sapi tidak teramplifikasi. Hal ini menunjukan bahwa primer ND5 merupakan primer spesifik babi. Semua DNA sampel tidak ada yang teramplifikasi.

  

Kesimpulan: Semua sampel dendeng sapi yang diperoleh dari Swalayan

Purwokerto tidak mengandung DNA babi. Kata Kunci: Halal dan Haram, Babi, Dendeng Sapi dan Real-Time PCR.

  

ABSTRACT

  

ISNA INDRIANI. Pork content identification on beef jerky collected in

Purwokerto supermarket using Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR).

  Under the guidance of WIRANTI SRI RAHAYU and SUPARMAN

  

Backgrounds: The halalness food products become a major obstacle, because

  90% of Indonesian people are Moslems. Pig is animal that prohibited in Islam. In 2009, LPPOM MUI found pork content on beef jerky in Malang. Some researchers had identified pork content using Real-Time PCR method and it showed accurate results. It is expected that Real-Time PCR method can be used to detect pork mixture in beef jerky.

  

Objective: This objective of the research is to identity the pork mixture on beef

jerky collected in Purwokerto supermarket using Real-Time PCR.

Research methods: Beef jerky samples obtained from all supermarket in

Purwokerto. Beef jerky analyzed using Real-Time PCR.

Results: DNA isolation results visualized using agarose gel electrophoresis, the

  resulting thickness of the tape shows the number of DNA obtained. 100% pigs and cows DNA had good quality (DNA were not cut), while 5-50% the standard DNA also had good quality although there were still truncated DNA. All DNA samples had poor quality because beef jerky had undergone a cooking process that can damage DNA. Real-Time PCR analysis from pig DNA isolated were amplified 5-100%, whereas cow DNA were not amplified. It shows that the ND5 primer were pigs specific primers. All DNA samples were not amplified.

  

Conclusion: All beef jerky products gained from Purwokerto supermarket are not

contain pig DNA. Keywords: Halal and haram, pork, beef jerky and Real-Time PCR.

HALAMAN PERSEMBAHAN

  Ucapan syukur kepada Allah SWT atas segala karunia yang telah diberikan Allah kepada saya, sehingga saya dapat berdiri tegar dan menyelesaikan skripsi saya yang berjudul “Identifikasi Kandungan Daging Babi pada Dendeng Sapi yang Beredar di Swalayan Purokerto Menggunakan Metode Real-Time

  Polymerase Chain Reaction (RT-

  PCR)”. Sholawat serta salam tak lupa saya lantunkan untuk Nabi Besar Muhammad SAW. Kepada Ibu Wiranti Sri Rahayu M.Si., Apt dan Bapak Suparman M.Sc.,

  Apt terima kasih atas kesediaan membimbing saya dalam skripsi. Semoga semua hal yang Ibu dan Bapak usahakan dan korbankan, baik waktu, tenaga, materi, serta ilmu dibagi kepada saya menjadi amal yang terus mengalir pahalanya.

  Skripsi ini ananda persembahkan untuk Bapak dan Ibu (Kadar dan Darinah), yang sejak saya dilahirkan tak henti-hentinya mendoakan ananda yang terbaik walau dalam keadaan apapun, serta semangat dan dukungan yang Bapak dan Ibu berikan setiap saat. Kucuran keringat dan air matamu tak akan mungkin bisa saya kembalikan dan mustahil ananda bisa membalas pengorbanan Bapak dan Ibu yang sangat tak ternilai harganya. Ananda sungguh berharap semoga Allah SWT memberi kesempatan kepada ananda untuk dapat membahagiakan Bapak dan Ibu. Untuk Ibu tercinta yang ananda nantikan kesembuhannya, doa ananda untuk kesembuhan Ibu.

  Skripsi ini juga saya persembahkan untuk kakak-kakaku dan keponakanku tercinta (Mba Mut, Mas Ali, Mba uni, Mas Govur, Mas Ucup, Tita, cucu, Izzul, dan Fathi), terima kasih telah menjadi penyemangat dan inspirasi disaat saya mulai letih mengerjakan skripsi ini. Tak lupa terima kasih kepada keluarga besar saya, terkhusus kakek dan nenek (yang telah almarhum).

  

PRAKATA

  Alhamdulillah, segala puji bagi Allah SWT Tuhan yang Maha Kuasa penuh Rahman dan Rahim atas rahmat dan ridho-Nya telah memberikan kesempatan dan kemudahan kepada penulis, sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dan skripsi dengan judul “Identifikasi Kandungan Daging Babi pada Dendeng Sapi yang Beredar di Swalayan Purokerto Menggunakan Metode Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT- PCR)”.

  Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk menyelesaikan program pendidikan tingkat sarjana Strata 1 (S1) pada Program Studi Farmasi, Fakultas farmasi, Universitas Muhammadiyah Purwokerto (UMP).

  Pada kesempatan ini penulis juga mengucapkan terima kasih yang mendalam disertai penghargaan yang setinggi-tingginya kepada:

  1. Ibu Wiranti Sri Rahayu M.Si, Apt dan Bapak Suparman M.Sc, Apt, sebagai pembimbing yang telah memberikan pengarahan, bimbingan, motivasi, nasehat, dan petunjuk selama penelitian berlangsung dan dalam penyelesaian skripsi ini.

  2. Bapak Drs H. Syamsuhadi Irsyad, S.H., M.H selaku rektor Universitas Muhammadiyah Purwokerto.

  3. Dr. Nunuk Aries Nurulita M. Si., Apt selaku Dekan Fakultas farmasi UMP yang telah memberikan kesempatan kepada penulis atas jasa dan harapannya untuk menyelesaikan pendidikan di Fakultas Farmasi.

  4. Dosen-dosen yang penulis cintai dan hormati yang telah memberikan ilmu, motivasi, nasehat serta wawasan luas kepada penulis sehingga penulis bisa menyelesaikan perkuliahan di Fakultas Farmasi.

  5. Untuk keluarga besar karyawan LPPT UGM, Pak Radjiman dan Bu Istini yang telah banyak membantu saya dalam penelitian ini.

  6. Untuk kedua orangtua, Mba Mut, Mas Ali, Mba Uni, Mas Ghovur, Mas Ucup, Tita, Izzul, Cucu, Fathi dan keluarga besar Bapak Markasan yang selalu memberikan dukungan untuk bisa menyelesaikan perkuliahan di Fakultas Farmasi UMP.

  7. Semua teman-teman Farmasi UMP seluruh angkatan, khususnya angkatan 2009 yang memberikan senyuman, tawa, canda, persahabatan, kekeluargaan, dukungan, bantuan, semangat, serta doa hingga akhir penulisan skripsi ini.

  8. Untuk Sahabat-sahabatku (Lina, Resti, Chunyank, Cimun, Budi, Prast, Aji dan Ubun yang selalu memberikan dukungan, motifasi serta doa hingga akhir penulisan ini.

  9. The best partner kelompok Real-time PCR dan RFLP-PCR yang selalu membangkitkan motivasi dan bekerjasama dalam melakukan penelitian ini penulis hingga selesainya skripsi ini.

  10. Pihak-pihak lain yang tidak dapat disebutkan satu per satu atas segala bantuannya baik materiil maupun moril selama proses penelitian dan penyusunan skripsi.

  Penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih jauh dari sempurna, kritik dan saran penulis harapkan guna tercapainya kesempurnaan skripsi ini dan semoga penelitian ini dapat bermanfaat untuk masyarakat dan dapat menambah wawasan ilmu pengetahuan. Amin.

  Purwokerto, Juni 2013 Penulis

RIWAYAT HIDUP

  Nama Lengkap : Isna Indriani NIM : 0908010096 Fakultas : Farmasi Jurusan/prodi : Farmasi Tempat tanggal lahir : Pemalang, 8 Desember 1991 Jenis Kelamin : Perempuan Alamat : Dk.Tengah RT 01 RW 05 Kecamatan

  Belik Kabupaten Pemalang 52356 Riwayat Pendidikan :

• PT : Universitas Muhammadiyah Purwokerto, lulus tahun 2013.
• SMA : SMA N 1 Randudongkal lulus tahun 2009
• SMP : SMP N 1 Belik lulus tahun 2006 -SD : SD N 1 Belik lulus tahun 2003.

  

DAFTAR ISI

Halaman

  HALAMAN SAMPUL ........................................................................ i HALAMAN JUDUL ............................................................................. ii HALAMAN PENGESAHAN .............................................................. iii HALAMAN PERNYATAAN ............................................................. iv

  INTISARI ............................................................................................. v

  ABSTRACT ........................................................................................... vi

  HALAMAN PERSEMBAHAN .......................................................... vii PRAKATA ........................................................................................... viii RIWAYAT HIDUP .............................................................................. x DAFTAR ISI ........................................................................................ xi DAFTAR TABEL ................................................................................ xiii DAFTAR GAMBAR ........................................................................... xiv DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................ xv

  BAB I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang .............................................................. 1 B. Perumusan Masalah ...................................................... 2 C. Tujuan Penelitian .......................................................... 2 D. Manfaat Penelitian ........................................................ 2 BAB II. TINJAUAN PUSTAKA A. Dendeng ........................................................................ 3 B. Babi ............................................................................... 3

  1. Klasifikasi babi ......................................................... 3

  2. Hukum babi menurut syariat islam ........................... 3

  3. Bahaya mengkonsumsi babi ..................................... 4

  C. PCR ............................................................................... 4

  1. Pengertian PCR ........................................................ 4

  2. Prinsip kerja PCR .................................................... 5

  3. Real-Time PCR ........................................................ 5

  a. Pengertian Real-Time PCR ............................... 5

  b. Format sinyal deteksi pada Real-Time PCR ..... 7

  4. DNA ......................................................................... 8

  5. Isolasi dan pemurnian DNA ...................................... 9

  6. Primer ...................................................................... 10

  7. Elektroforesis gel agarosa ........................................ 10

  BAB III. METODE PENELITIAN A. Jenis dan Rancangan Penelitian .................................... 14 B. Waktu dan Tempat Penelitian ...................................... 14 C. Bahan dan Alat ............................................................. 14 D. Cara Penelitian .............................................................. 15

  1. Pengumpulan sampel ............................................. 15

  2. Pembuatan Tris Hidroksimetil 0,5 M ..................... 15

  3. Pembuatan EDTA .................................................. 15

  4. Pembuatan NaCl 1 M ............................................. 15

  5. Pembuatan SDS 10% ............................................. 15

  6. Pembuatan NaOH 0,1 N ......................................... 15

  7. Pembuatan buffer lisis ............................................ 15

  8. Pembuatan buffer TBE ........................................... 16

  9. Pembuatan larutan fenol ......................................... 16

  10. Pembuatan fenol-KIAA ......................................... 16

  11. Pembuatan larutan TE ............................................ 16

  12. Ekstraksi dan isolasi DNA ..................................... 17

  13. Analisis DNA ......................................................... 17

  14. Semi kuantitatif ...................................................... 17

  15. Kuantitatif .............................................................. 17

  16. Penentuan batas deteksi .......................................... 18

  17. Aplikasi dengan Real-Time PCR ........................... 18

  E. Analisis Hasil ................................................................ 19

  BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................ 20 BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN A. KESIMPULAN ............................................................. 34 B. SARAN.......................................................................... 34 DAFTAR PUSTAKA .......................................................................... 35 LAMPIRAN .......................................................................................... 39

  

DAFTAR TABEL

  No Teks Halaman

  1. Konsentrasi gel yang diperlukan untuk seperasi DNA .................... 11

  2. Urutan basa primer ND5 ................................................................... 18

  3. Nilai cq .............................................................................................. 32

  4. Nilai melt temp .................................................................................. 32

  

DAFTAR GAMBAR

  No Teks Halaman

  1. Proses interkalasi Etidium bromida pada DNA ................................ 12

  2. Hasil elektroforesis dari isolasi DNA sampel .................................... 24

  3. Hasil elektroforesis dari isolasi DNA penentuan batas deteksi ......... 25

  4. Kurva amplifikasi ............................................................................... 30

  5. Kurva melting curve analysis (MCA) ................................................ 31

  6. Melt peak amplikon ............................................................................ 31