IDENTIFIKASI DAGING BABI PADA BAKSO YANG BEREDAR DI PASAR WAGE PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN ANALISIS RESTRIKSI MENGGUNAKAN ENZIM BamH1 DAN BseD1 SKRIPSI

  

IDENTIFIKASI DAGING BABI PADA BAKSO YANG

BEREDAR DI PASAR WAGE PURWOKERTO

MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN

REACTION (PCR) DAN ANALISIS RESTRIKSI

  

MENGGUNAKAN ENZIM BamH1 DAN BseD1

SKRIPSI

  Untuk memenuhi sebagian persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1

  Diajukan Oleh

LINA PURNAMASARI

  0908010146

  

Kepada

Fakultas Farmasi

Universitas Muhammadiyah Purwokerto

2013

  

IDENTIFIKASI DAGING BABI PADA BAKSO YANG

BEREDAR DI PASAR WAGE PURWOKERTO

MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN

REACTION (PCR) DAN ANALISIS RESTRIKSI

  

MENGGUNAKAN ENZIM BamH1 DAN BseD1

SKRIPSI

  Untuk memenui sebagian persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1

  

Lina Purnamasari

  0908010146

  

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO

PURWOKERTO

2013

HALAMAN PERNYATAAN

  Yang bertandatangan di bawah ini, saya: Nama : Lina Purnamasari NIM : 0908010146 Program Studi : Farmasi Fakultas/Universitas : Farmasi / Universitas Muhammadiyah Purwokerto Menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa skripsi ini adalah hasil dari proses penelitian saya yang telah dilakukan dengan prosedur penelitian yang benar dengan arahan dari dosen pembimbing dan bukan hasil penjiplakan dari karya orang lain. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun yang tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini.

  Demikian pernyataan ini, dan apabila kelak dikemudian hari terbukti ada unsur penjiplakan, maka saya bersedia mempertanggungjawabkan sesuai dengan ketentuan yang berlaku.

  Purwokerto, Juni 2013 Yang menyatakan

  Lina Purnamasari

  INTISARI LINA PURNAMASARI. Identifikasi Daging Babi Pada Bakso yang Beredar di

  Pasar Wage Purwokerto Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Analisis Restriksi Menggunakan Enzim BamH1 dan BseD1 Dibawah Bimbingan WIRANTI SRI RAHAYU dan SUPARMAN.

  Latar Belakang : Kehalalan suatu produk makanan di Indonesia merupakan hal

  yang sangat penting, karena mayoritas penduduknya beragama Islam. Babi merupakan hewan yang secara keseluruhan bagiannya diharamkan dalam agama Islam. Banyak terjadi kasus pencampuran daging babi pada produk olahan daging seperti bakso. Pada tahun 2012, LPPOM MUI menemukan lebih dari sepuluh kasus pencampuran daging babi dibeberapa tempat atau pasar.

  Tujuan Penelitian: Mendeteksi adanya campuran daging babi pada produk

  bakso yang beredar di Pasar Wage Purwokerto menggunakan metode PCR dan analisis restriksi menggunakan enzim BamH1 dan BseD1.

  Metode Penelitian: Jenis penelitian yang digunakan adalah non eksperimental.

  Sampel Bakso dianalisis menggunakan PCR dan analisis restriksi menggunakan enzim BamH1 dan BseD1.

  Hasil dan Kesimpulan :

  Amplifikasi PCR menggunakan primer gen cyt b menghasilkan fragmen DNA berukuran 359 pb. Analisis restriksi mengggunakan enzim BamH1 menghasilkan fragmen DNA berukuran 115 dan 224 pb, sedangkan untuk enzim BseD1 menghasilkan fragmen DNA berukuran 131 dan 228 pb. Analisis restriksi menggunakan enzim BamH1 dan BseDI tidak memotong DNA sapi dan tetap berukuran 359 pb. Analisis pada sampel bakso menunjukan bahwa semua DNA sampel tidak terpotong dan berukuran 359 pb. Semua sampel tidak mengandung daging babi.

  Kata Kunci : BSeD1, BamH1, gen cyt b, babi, bakso, PCR.

  ABSTRACT LINA PURNAMASARI. Pork Identification on Meatballs Collected in Wage Market Purwokerto Using Polymerase Chain Reaction (PCR) and Restriction Analysis Using BamH1 and BseD1 Enzymes.

  Under Guidance: WIRANTI SRI RAHAYU and SUPARMAN Background: The halalness of food product became a major obstacle in Indonesia, because the majority of the population are Moslems. Pig is an animal that the whole

  part is forbidden in Islam. There are many pork mixing cases on meat product such as a meatball. In 2012, LPPOM MUI found more than 10 cases at the severe place or market.

  Objective: The objective of the research is to identify the pork mixture in meatballs product that collected in Wage market Purwokerto using PCR method and restriction analysis using bamh1 and bsed1 enzymes.

  Method: The type of the research is non-experimental. Pork content in meatball samples were analyzed using PCR and restriction analysis using BamH1 and BseD1 enzymes.

  Results and Conclusion: PCR amplification using the primers Cyt b gene produced DNA fragment with size of 359 bp. Restriction analysis using BamH1 enzyme produced DNA fragments sized 115 and 224 bp, while the BseD1 enzyme produced DNA fragments sized 131 and 228 bp. Restriction analysis using BamH1 and BseD1 enzymes did not cut the cow DNA and sized 359 bp. Analysis of meatball samples showed that all DNA samples were not cut and sized 359 bp. All meatball samples were free from pork.

  Keyword: BseD1, BamH1, cyt b gene, pork, meatball, PCR.

HALAMAN PERSEMBAHAN

  Dengan mengucap syukur Alhamdulillah, Skripsi ini dipersembahkan untuk orang-orang yang berpengaruh dan mewarnai kehidupan penulis.

   Ayah bunda tercinta, motivator terbesar dalam hidupku yang tak pernah berhenti mendo’akan dan menyayangiku, terima kasih atas semua pengorbanan dan kesabaran mengantarku sampai kini.

   Semua keluarga besar yang telah memberikan doa dan dukungan kepada penulis.

   Sahabat-sahabat seperjuangan dan semua teman-teman yang tak mungkin penulis sebutkan satu-persatu, for u all I miss u forever.

  PRAKATA

  Puji syukur alhamdulillah penulis panjatkan kehadirat Allah SWT, atas segala rahmat dan karunia-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul “Identifikasi Daging Babi pada Bakso yang Beredar di Pasar Wage Purwokerto Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Analisis Restriksi Menggunakan Enzim BamH1 dan BseD1”. Skripsi ini disusun guna memenuhi persyaratan untuk mencapai derajat Sarjana Farmasi di Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto.

  Penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan berbagai pihak, oleh karena itu penulis mengucapkan terima kasih kepada Ibu Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt dan Bapak Suparman, M.Sc., Apt yang telah berkenan membimbing dan mengarahkan penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.

  Ucapan terima kasih dan penghargaan juga penulis sampaikan kepada : 1. Bapak Drs. H. Syamsuhadi Irsyad, S.H., M.H selaku Rektor Universitas Muhammadiyah Purwokerto.

  2. Ibu Drs. Nunuk Aries Nurlita, M.Si, Apt dan Binar Asrining Dhiani, M.Sc., Apt selaku Penguji. Terima kasih atas saran dan kritik yang sangat membangun dalam penyusunan skripsi.

  3. Semua dosen dan karyawan Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto yang telah memberikan bekal bagi kehidupan penulis.

  4. Bapak Sikin Durohman dan Ibu Kasmi selaku orangtua, terima kasih atas semua pengorbanan, kasih sayang dan doa yang tak pernah berhenti tercurahkan untuk penulis.

  5. Mba Fidia Fibriana yang telah bersedia membantu dan berbagi ilmu yang sangat berharga bagi penulis.

  6. Bapak Surajiman dan Ibu Istini selaku teknisi yang selalu membimbing penulis dengan penuh kesabaran.

  7. Semua adik-adikku tercinta Wina, Reno, Ardi, Tofa, Sodiq, terima kasih atas doa dan dukungannya selama ini.

  8. Teman-teman PCR terima kasih atas kerjasama dan semangatnya selama ini.

  9. Sahabat-sahabatku terbaik (Isna, Resti, Dian dan Winda) terima kasih atas doa dan dukungannya.

  10. Spesial terima kasih kepada Pity, Isna, Ayu, Cucut, Mba Opi, Ale, Handri, Paradhita, Mareta dan Tri Ayu yang tak pernah berhenti mensupport penulis saat ujian skripsi. Semoga kalian mendapatkan hasil yang terbaik pula.

  11. Teman-teman di kost Putih (Fifi, Unul, Cimun, mba Sasa, Puji, Lastri dll) terima kasih atas semua canda-tawa, suka-duka dan tangisannya. ”You are my

  family ”.

  12. Semua pihak yang telah membantu penulis dalam menulis skripsi ini.

  Penulis menyadari bahwa tanpa bantuan dari berbagai pihak penyusunan skripsi ini tidak akan berjalan baik. Semoga skripsi ini dapat berguna untuk setiap orang yang membacanya. Amin.

  Purwokerto, Juni 2013 Penulis

RIWAYAT HIDUP

  Nama : Lina Purnamasari NIM : 0908010146 Fakultas : Farmasi Tempat dan Tanggal Lahir : Kebumen, 21 Desember 1991 Jenis Kelamin : Perempuan Alamat : Karanggadung Rt 01/01, Kec. Petanahan,

  Kebumen Riwayat pendidikan :

  a. : Universitas Muhammadiyah Purwokerto PT

  Lulus tahun 2013

  b. : SMA N 1 Klirong Lulus tahun 2009 SLTA

  c. : MTsN 1 Klirong Lulus tahun 2006 SLTP

  d. : SD N 2 Karanggadung Lulus tahun 2003 SD

  DAFTAR ISI

  1. DNA Mitokondria …………………………………….. 6

  G. Analisis Restriksi…………………………………………… 16

  F. Analisis Kuantitatif DNA dengan Spektrofotometri ……….. 15

  E. Elektroforesis Gel …………………………………………... 13

  2. Komponen-komponen untuk PCR ……………………. 11

  1. Tahapan PCR …………………………………………. 8

  D. Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) ………………... 7

  2. Gen cyt b ……………………………………………… 7

  C. DNA (Deoxyribonucleoid Acid) ……………………………. 5

  Halaman HALAMAN SAMPUL ………………………………………………......

  B. Bakso ……………………………………………………….. 5

  A. Babi ………………………………………………………… 4

  3 BAB II TINJAUAN PUSTAKA

  BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Permasalahan ……………………………… 1 B. Perumusan Masalah ………………………………………… 2 C. Tujuan Penelitian …………………………………………... 3 D. Manfaat Penelitian ………………………………………….

  RIWAYAT HIDUP ……………………………………………………... X DAFTAR ISI …………………………………………………………….. Xi DAFTAR TABEL ……………………………………………………….. xiii DAFTAR GAMBAR ……………………………………………………. xiv DAFTAR LAMPIRAN ………………………………………………….. xv

  HALAMAN PERSEMBAHAN ………………………………………… vii PRAKATA ………………………………………………………………. viii

  V ABSTRACT ……………………………………………………………….. Vi

  I HALAMAN JUDUL …………………………………………………..... Ii HALAMAN PENGESAHAN. ………………………………………….. Iii HALAMAN PERNYATAAN ………………………………………….. Iv INTISARI ………………………………………………………………..

  BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis dan Rancangan Penelitian ……………………………. 17 B. Waktu dan Tempat Penelitian ……………………………… 17

  C. Alat dan Bahan ……………………………………………... 17

  4. Isolasi DNA …………………………………………... 20

  A. Kesimpulan ………………………………………………… 44

  40 BAB V KESIMPULAN DAN SARAN

  38 2. Analisis Restriksi menggunakan enzim BamH1 ……..

  38 1. Analisis Restriksi menggunakan enzim BseD1……….

  BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Pengumpulan Sampel ………………………………………. 25 B. Pembuatan Seri Konsentrasi ………………………………... 25 C. Isolasi DNA Standar dan Sampel …………………………... 25 D. Pengujian Isolat DNA dengan Elektroforesis Gel …………. 28 E. Pengujian Isolat DNA dengan Spektrofotometri …………… 31 F. Analisa menggunakan PCR ………………………………… 33 G. Analisis Restriksi …………………………………………

  23 E. Analisis Hasil ……………………………………………….. 24

  23 b. Analisis Restriksi menggunakan enzim BamH1..

  23 a. Analisis Restriksi menggunakan enzim BseD1 ..

  7. Analisis Restriksi ……………………………………

  6. Elektroforesis Gel …………………………………….. 22

  5. Analisa PCR ………………………………………….. 21

  20

  D. Metode Penelitian …………………………………………... 18

  3. Pembuatan Seri Konsentrasi Standar …………………

  h. Pembuatan Buffer TBE 1x ……………………... 19 i. Pembuatan Larutan TE ………………………….. 19

  g. Pembuatan CIAA ………………………………. 19

  f. Pembuatan Larutan Fenol ………………………. 19

  e. Pembuatan Buffer Lisis ………………………… 18

  d. Pembuatan SDS 10% …………………………... 18

  c. Pembuatan NaCl 0,5 M ………………………… 18

  b. Pembuatan EDTA 0,5 M ……………………….. 18

  a. Pembuatan Larutan Tris Hidroksimetil 0,5 M ….. 18

  2. Pembuatan Reagen untuk Isolasi DNA ……………..... 18

  1. Pengumpulan Sampel ………………………………… 18

  B. Saran ………………………………………………………... 44 DAFTAR PUSTAKA …………………………………………………… 45 LAMPIRAN ……………………………………………………………... 49

  DAFTAR TABEL

  Halaman Tabel 1. Pembuatan seri konsentrasi standar .................................................... 20 Tabel 2. Hasil absorbansi standar .................................................................... 32 Tabel 3. Hasil absorbansi sampel ..................................................................... 32 Tabel 4. Perbandingan pola pemotongan fragmen DNA menggunakan enzim

  BamH 1 dan BseD1 …………………………………………………20

  Tabel 5. Hasil analisis daging babi pada bakso.................... ............................. 43

  DAFTAR GAMBAR

  Halaman Gambar 1. Susunan gen dari genom Mitokondria .................................. 6 Gambar 2. Proses denaturasi DNA ........................................................ 9 Gambar 3. Proses penempelan primer .................................................. 10 Gambar 4. Proses pemanjangan DNA ................................................... 10 Gambar 5. Interaksi EtBrO dengan DNA .............................................. 15 Gambar 6. Elektroforesis hasil isolasi DNA standar. ............................. 29 Gambar 7. Elektroforesis hasil isolasi DNA sampel .............................. 29 Gambar 8. Elektroforesis amplicon standar .......................................... 37 Gambar 9. Elektroforesis amplicon sampel........................................... 37 Gambar 10. Analisis restriksi standar dengan enzim BamH1 ................... 39 Gambar 11. Analisis restriksi sampel dengan enzim BamH1 ................... 39 Gambar 12. Analisis restriksi standar dengan enzim BseD1..................... 41 Gambar 13. Analisis restriksi sampel dengan enzim BseD1 ..................... 41