Polymorphism in Insulin Like Growth Factor I ( IGF 1) and Pituitary Positive Transcription Factor 1 (Pit 1) Genes and the Effect on Growth of Indonesian Local Chicken
POLIMORFISME GEN Insulin-Like Growth Factor-I
(IGF-1) DAN GEN Pituitary Positive Transcription Factor1 (Pit-1)
SERTA PENGARUHNYA TERHADAP PERTUMBUHAN
AYAM LOKAL DI INDONESIA
HARINI NURCAHYA MARIANDAYANI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
PERNYATAAN MENGENAI DISERTASI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa disertasi berjudul Polimorfisme Gen
Insulin-Like Growth Factor-I Dan Gen Pituitary Positive Transcription Factor-1
Serta Pengaruhnya Terhadap Pertumbuhan Ayam Lokal Di Indonesia adalah
benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan
dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari
penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di
bagian akhir disertasi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Institut Pertanian Bogor.
Bogor, Juli 2013
Harini Nurcahya Mariandayani
NIM G362080031
RINGKASAN
HARINI NURCAHYA MARIANDAYANI. Polimorfisme Gen Insulin-Like
Growth Factor-I (IGF-1) Dan Gen Pituitary Positive Transcription Factor-1 (Pit1) Serta Pengaruhnya Terhadap Pertumbuhan Ayam Lokal di Indonesia.
Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN, SRI SULANDARI, CECE
SUMANTRI.
Pelestarian keragaman genetik ternak diperlukan dalam upaya
mempertahankan sifat-sifat khas ternak yang dapat dimanfaatkan di masa
mendatang. Salah satu cara identifikasi keragaman genetik ayam lokal adalah
mengukur morfologi dari tiap jenis ayam lokal Indonesia. Hasil penelitian ini
diharapkan didapatkan bobot dan ukuran tubuh dari berbagai umur dan dikaitkan
dengan gen-gen pertumbuhan pada beberapa rumpun ayam lokal dapat
diaplikasikan untuk seleksi ternak pada berbagai umur.
Ayam lokal pertumbuhannya lambat dan beberapa gen telah diketahui secara
genetika menunjang pertumbuhan. Untuk mengatasi lambatnya pertumbuhan pada
ayam adalah dengan meneliti kandidat gen untuk pertumbuhan yaitu gen IGF-1
dan gen Pit-1. Kedua gen tadi berperan dalam pertumbuhan somatik termasuk
otot, tulang, epitel dan sel fibroblast, dan produktifitas ayam, yaitu
mengendalikan produksi hormon pertumbuhan dan hormon prolaktin.
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik gen IGF-1
dan gen Pit-1 dalam kaitannya dengan pertumbuhan ayam lokal di Indonesia.
Penelitian ini menggunakan ayam lokal dan ayam broiler dibagi menjadi
dua tahapan yaitu 1) Analisis keragaman morfometrik berupa pengamatan
fenotipik dengan melakukan pengukuran morfologi, yaitu pengukuran bobot
badan dan peubah fenotipik lainnya, seperti panjang shank (PS), panjang paruh
(PP), lebar dada (LD), panjang punggung (PP) dan lingkar dada (LD). Selain itu
menganalisis frekuensi alel dan frekuensi genotip pada masing-masing rumpun
ayam. 2) Analisis polimorfisme nukleotida gen IGF-1 maupun gen Pit-1. Pada
analisis gen IGF-1 yaitu menentukan genotip (genotyping) dilakukan pada
masing-masing individu ayam lokal maupun ayam broiler sebagai kontrol
menggunakan enzim restriksi Pst-1 (PCR-RFLP). Sedangkan analisis pada gen
Pit-1 dengan melakukan sekuensing untuk mengidentifikasi karakteristik dan
keragaman dari gen Pit-1 tersebut. Kombinasi dari hasil analisis fenotip dan
genotip tersebut dicari korelasi keduanya dengan menggunakan uji t (t test) baik
antara genotip AA dan AB maupun antar rumpun ayam lokal. Uji t antar rumpun
ayam lokal diantaranya kedu dengan sentul, kedu dengan kampung dan kedu
dengan pelung.
Hasil penelitian bobot badan dan parameter tubuh, ayam broiler tertinggi
dibandingkan dengan ke empat rumpun ayam lokal (P
(IGF-1) DAN GEN Pituitary Positive Transcription Factor1 (Pit-1)
SERTA PENGARUHNYA TERHADAP PERTUMBUHAN
AYAM LOKAL DI INDONESIA
HARINI NURCAHYA MARIANDAYANI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013
PERNYATAAN MENGENAI DISERTASI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa disertasi berjudul Polimorfisme Gen
Insulin-Like Growth Factor-I Dan Gen Pituitary Positive Transcription Factor-1
Serta Pengaruhnya Terhadap Pertumbuhan Ayam Lokal Di Indonesia adalah
benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan
dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari
penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di
bagian akhir disertasi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Institut Pertanian Bogor.
Bogor, Juli 2013
Harini Nurcahya Mariandayani
NIM G362080031
RINGKASAN
HARINI NURCAHYA MARIANDAYANI. Polimorfisme Gen Insulin-Like
Growth Factor-I (IGF-1) Dan Gen Pituitary Positive Transcription Factor-1 (Pit1) Serta Pengaruhnya Terhadap Pertumbuhan Ayam Lokal di Indonesia.
Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN, SRI SULANDARI, CECE
SUMANTRI.
Pelestarian keragaman genetik ternak diperlukan dalam upaya
mempertahankan sifat-sifat khas ternak yang dapat dimanfaatkan di masa
mendatang. Salah satu cara identifikasi keragaman genetik ayam lokal adalah
mengukur morfologi dari tiap jenis ayam lokal Indonesia. Hasil penelitian ini
diharapkan didapatkan bobot dan ukuran tubuh dari berbagai umur dan dikaitkan
dengan gen-gen pertumbuhan pada beberapa rumpun ayam lokal dapat
diaplikasikan untuk seleksi ternak pada berbagai umur.
Ayam lokal pertumbuhannya lambat dan beberapa gen telah diketahui secara
genetika menunjang pertumbuhan. Untuk mengatasi lambatnya pertumbuhan pada
ayam adalah dengan meneliti kandidat gen untuk pertumbuhan yaitu gen IGF-1
dan gen Pit-1. Kedua gen tadi berperan dalam pertumbuhan somatik termasuk
otot, tulang, epitel dan sel fibroblast, dan produktifitas ayam, yaitu
mengendalikan produksi hormon pertumbuhan dan hormon prolaktin.
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik gen IGF-1
dan gen Pit-1 dalam kaitannya dengan pertumbuhan ayam lokal di Indonesia.
Penelitian ini menggunakan ayam lokal dan ayam broiler dibagi menjadi
dua tahapan yaitu 1) Analisis keragaman morfometrik berupa pengamatan
fenotipik dengan melakukan pengukuran morfologi, yaitu pengukuran bobot
badan dan peubah fenotipik lainnya, seperti panjang shank (PS), panjang paruh
(PP), lebar dada (LD), panjang punggung (PP) dan lingkar dada (LD). Selain itu
menganalisis frekuensi alel dan frekuensi genotip pada masing-masing rumpun
ayam. 2) Analisis polimorfisme nukleotida gen IGF-1 maupun gen Pit-1. Pada
analisis gen IGF-1 yaitu menentukan genotip (genotyping) dilakukan pada
masing-masing individu ayam lokal maupun ayam broiler sebagai kontrol
menggunakan enzim restriksi Pst-1 (PCR-RFLP). Sedangkan analisis pada gen
Pit-1 dengan melakukan sekuensing untuk mengidentifikasi karakteristik dan
keragaman dari gen Pit-1 tersebut. Kombinasi dari hasil analisis fenotip dan
genotip tersebut dicari korelasi keduanya dengan menggunakan uji t (t test) baik
antara genotip AA dan AB maupun antar rumpun ayam lokal. Uji t antar rumpun
ayam lokal diantaranya kedu dengan sentul, kedu dengan kampung dan kedu
dengan pelung.
Hasil penelitian bobot badan dan parameter tubuh, ayam broiler tertinggi
dibandingkan dengan ke empat rumpun ayam lokal (P