Analysis of Periphyton Presence Related to Physical Chemical Parameter and the Characteristic of Seagrass beds in Pari Island

ANALISIS KEBERADAAN PERIFITON DALAM KAITANNYA
DENGAN PARAMETER FISIKA-KIMIA DAN
KARAKTERISTIK PADANG LAMUN DI PULAU PARI

DWINCE CHRISYE VALERIE ISABELLA

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2011

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis yang berjudul Analisis
Keberadatan Perifiton Dalam Kaitannya Dengan Parameter Fisika-Kimia dan
Karakteristik Padang Lamun di Pulau Pari adalah karya saya dengan arahan dari
komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk karya apapun kepada
perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan maupun yang tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan
dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka dibagian akhir tesis ini.


Bogor,

September 2011

Dwince Chrisye Valerie Isabella
NRP C551070081

ABSTRACT
DWINCE CHRISYE VALERIE ISABELLA. Analysis of Periphyton Presence
Related to Physical Chemical Parameter and the Characteristic of Seagrass beds
in Pari Island. Under direction of RICHARDUS F. KASWADJI and I WAYAN
NURJAYA.
Seagrasses represent one of the important and highly productive ecosystems of the
world, which provides critical habitat for many animals and plants including
periphyton. The characteristics of seagrass beds are acutely responsive to density
and distribution of assosiated periphyton due to physical chemical factors and
community structure of the seagrass itself. The aims of this research were to
investigate composition and density of periphyton taxa between mixed vegetation
and monospesific seagrasses beds and to study the physics chemical parameters
that influence the community structure of periphyton on seagrass leaves and the

density of seagrass community. The results showed that the highest density of
seagrasses and periphyton occured in station II with mixed vegetation and consists
of four species of seagrasses. PCA analysis indicated that the most influenced of
physical chemical factors were current, nitrate and phosphate, while the presence
and density of periphyton weree affected by seagrass densities.
Keyword: physical chemical factors, periphyton, characteristic of seagrass bed.

RINGKASAN
DWINCE CHRISYE VALERIE ISABELLA. Analisis Keberadatan Perifiton
Dalam Kaitannya Dengan Parameter Fisika-Kimia dan Karakteristik Padang
Lamun di Pulau Pari oleh RICHARDUS F. KASWADJI dan I WAYAN
NURJAYA.
Lamun merupakan tumbuhan berbunga yang telah sepenuhnya beradaptasi
untuk hidup si laut. Meskipun hanya memiliki jumlah yang kecil dibandingkan
dengan tumbuhan darat (meliputi < 0,02% dari seluruh jenis tumbuhan berbunga
atau sekitar 50 jenis), lamun memiliki peran yang sangat penting dalam ekosistem
bahari. Ekosistem lamun tergolong ekosistem yang penting karena memiliki
produktifitas yang tinggi. Lamun merupakan tempat yang dapat memberikan
perlindungan dan tempat menempel berbagi jenis hewan dan tumbuhan, termasuk
perifiton. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji komposisi dan kepadatan jenis

perifiton dari padang lamun vegetasi tunggal dengan padang lamun vegetasi
campuran dan menduga parameter fisika-kimia perairan yang berpengaruh
terhadap struktur komunitas perifiton pada daun lamun dan kerapatan komunitas
lamun.
Lokasi penelitian di perairan Pulau Pari dengan penempatan stasiun
berdasarkan karakteristik padang lamun. Berdasarkan hasil observasi lapangan
diperoleh 3 stasiun yaitu stasiun I (Vegetasi tunggal),  Stasiun II (Vegetasi
campuran), Stasiun III (Vegetasi campuran).
Berdasarkan hasil penelitian, didapatkan 4 jenis lamun yaitu Cymodocea
serullata, Enhalus acoroides, Halophila ovalis, dan Thalassia hemprichii. Lamun
di lokasi penelitian termasuk vegetasi campuran. (Cymodocea serrulata,
Halophila ovalis, Enhalus acoroides dan Thalassia hemprichii) dan vegetasi
tunggal (Enhalus acoroides). Enhalus acoroides dan Thalassia hemprichii
merupakan jenis yang sering ditemukan. Sementara Halophila ovalis memiliki
frekuensi kemunculan yang rendah. Halophila ovalis dan Cydomoceae rotundata
hanya ditemukan di stasiun II. Persen penutupan tertinggi di stasiun III adalah
92% dan persen penutupan terendah adalah stasiun II yang berkisar 59,32%.
Kepadatan lamun tertinggi adalah stasiun II (221 tegakan/m²) dan terendah adalah
stasiun III (48 tegakan/m²). Kepadatan dan penutupan lamun di suatu perairan
dipengaruhi kondisi abiotisnya seperti kecerahan air, kecepatan arus, kedalaman

air, substrat, dan kandungan zat hara.
Setelah dilakukan pengamatan terhadap berbagai jenis lamun, ternyata
perifiton ditemukan di semua permukaan daun lamun dengan kepadatan yang
berbeda-beda.
Diperoleh
6(enam)
kelas
yang
terdiri
dari
Bacillariophyceae/Diatom (28 genus), Cyanophyceae (3 genus), Chlorophyceae
(3 genus), Dinophyceae (3 genus), Protozoa (1 genus), Crustaceae (1 genus). 
Secara keseluruhan dari 6 kelas perifiton yang terdapat pada daun lamun, kelas
Bacillariophyceae mempunyai jumlah genera yang paling banyak ditemukan
dibandingkan dengan kelas lainnya.  Kepadatan perifiton bergantung pada jenis
lamun, kondisi lingkungan dan tipe habitat. Stasiun ini merupakan komunitas
padang lamun dengan vegetasi campuran, yang terdiri dari 4 jenis lamun, yaitu

Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii, Halophila ovalis dan Cymodoceae
rotundata. Morfologi pada masing-masing lamun di stasiun ini berbeda. 

Berdasarkan analisis PCA diperoleh variabel kerapatan lamun memiliki korelasi
negatif dengan arus, nitrat dan fosfat.  
Kata kunci: Karakterisitik padang lamun, faktor fisika-kimia, struktur komunitas,
perifiton, Pulau Pari.

© Hak Cipta Milik IPB, tahun 2011
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tidak merugikan kepentingan yang wajar
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh Karya Tulis
dalam bentuk apapun tanpa izin IPB.

ANALISIS KEBERADAAN PERIFITON DALAM KAITANNYA
DENGAN PARAMETER FISIKA-KIMIA DAN
KARAKTERISTIK PADANG LAMUN DI PULAU PARI

DWINCE CHRISYE VALERIE ISABELLA


Tesis
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains pada
Mayor Ilmu Kelautan

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2011

Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr. Ir. Mujizat Kawaroe, MSi

Judul Tesis

Nama
NRP

: Analisis Keberadatan Perifiton Dalam Kaitannya dengan
Parameter Fisika-Kimia dan Karakteristik Padang Lamun di Pulau

Pari
: Dwince Chrisye Valerie Isabella
: C551070081

Disetujui
Komisi Pembimbing

Dr.Ir.Richardus F Kaswadji, M.Sc
Ketua

Dr.Ir.I Wayan Nurjaya, M.Sc
Anggota

Diketahui

Ketua Program Studi
Mayor Ilmu Kelautan

Dekan Sekolah Pascasarjana


Dr.Ir.Neviaty P Zamani, M.Sc

Dr.Ir.Dahrul Syah, M.Sc, Agr

Tanggal Ujian: 15 September 2011

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji syukur ke hadirat Allah Yang Maha Pengasih dan Penyayang atas
segala kemurahanNYa memberikan hamba kemampuan, kekuatan dan kesehatan
yang baik untuk menyelesaikan tesis yang berjudul "Analisis Keberadatan
Perifiton Dalam Kaitannya Dengan Parameter Fisika-Kimia dan Karakteristik
Padang Lamun di Pulau Pari". Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui
komposisi dan kepadatan jenis perifiton dari padang lamun vegetasi tunggal
dengan padang lamun vegetasi campuran dan mengetahui parameter fisika-kimia
perairan yang berpengaruh terhadap struktur komunitas perifiton pada daun lamun
dan kerapatan komunitas lamun.
Ungkapan terima kasih penulis sampaikan kepada Bapak Dr. Ir. Richardus F
Kaswdaji, M.Sc dan Bapak Dr. Ir. I Wayan Nurjaya, M.Sc selaku komisi

pembimbing yang dengan sabar dan ketulusan hati membimbing dan
mengarahkan penulis dalam penyusunan tesis ini. Kepada Program Studi Ilmu
Kelautan Institut Pertanian Bogor atas bantuannya selama penulis menempuh
perkuliahan. Kepada Ibu Dr. Ir. Mujizat Kawaroe, M.Si selaku penguji dari luar
komisi pembimbing yang memberi masukan dalam perbaikan tesis , dan kepada
Bapak Dr. Ir. Tri Prartono, M.Sc yang memberikan masukan dalam
penyempurnaan tesis.
Dalam studi dan penyusunan serta penyelesaian tesis ini tidak lepas dari
bantuan berbagai pihak. Pada kesempatan ini penulis ingin menyampaikan rasa
terima kasih kepada berbagai pihak yang telah membantu:
1.
Orangtuaku tercinta Daddy R. Uce Samuel Wibowo dan Mami Sandra Sisca
Massie yang selalu mendoakan dan memberi semangat, dukungan,
perhatian, kasih sayang, dana bagi penulis. Saudara-saudaraku tercinta
Vience Maria Fransisca Agustanti, SP, MA; drh. Trience Jane Shaney
Veronica; Oike Anche Natasha, SH dan Goesty Since Arimbi Theresia atas
doa, semangat, kasih sayang yang diberikan kepada penulis.
2.
Keluarga besar Opa D. Soeparno dan Oma Rr. Sri Estiti atas semangat, doa,
kasih sayang, dukungan kepada penulis.

3.
Keluarga besar Opa Bernard Massie dan Oma Mieke Wowiling atas
semangat, doa, kasih sayang, dukungan kepada penulis.
4.
Asep Pranajaya, S.Pi yang memberikan doa, dukungan, perhatian, cinta,
kasih sayang kepada penulis.
5.
Teman-teman S-2 IKL angkatan 2007: Rahmadhani, S.pi, Ira, S.kel, M.Si,
Ranalse Patiung, S.Kel, M.Si, Eko Effendi, S.Pi, M. Si, Doddy
Priosambodo, M.Si, Sabhan, M.Si, Awir, M.Si, Khalid, M.Si, Andri, M.Si,
Tri Hartanto, S.Pi, Pak Andri atas bantuan, dukungan, masukan yang
diberikan.
6.
Teman-teman yang membantu penelitian: Syahnul Sardi Titaheluw, S.Pi,
M.Si, Maulina Wardhani, S.Pi, M.Si, Al Mudzni, S.Pi, Singgih Afifa Putra,
S.Pi, Widiastuti, S.Pi, M.Si, Enie Sinaga, S.Pd, M.Si, Paskani Manik, S.pd,
M.Si, Ita Karlina, S.Pi, Susan Esther Madelina, S.Pi, Asih wahyuni, S.Pi.
Katrin Oktolina, S.Pi, Lia Melintan, Mei Hutahaen, S.Pi
7.
Teman-teman Alumni Faperika UNRI Jabodetabek

8.
Teman-teman Alumni Ilmu Kelautan UNRI angkatan 2007

9.

Para staf Program Studi Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor,

September 2011

Dwince Chrisye Valerie Isabella

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Pematang Siantar pada tanggal 20 Desember1983 dari
ayah R. Uce Samuel Wibowo Nurbiantoro dan ibu Sandra Sisca Massie. Penulis
merupakan putri kedua dari lima bersaudara.
Tahun 2002 penulis lulus dari SMU Kristen Kalam Kudus dan pada tahun
yang sama lulus seleksi masuk Universitas Riau melalui jalur SMPTN. Penulis
memilih Ilmu Kelautan, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan.
Tahun 2007 penulis melanjutkan pendidikan ke sekolah Pascasarjana
Institut Pertanian Bogor dan terdaftar sebagai mahasiswa program studi Ilmu
Kelautan Jurusan Biologi Laut.
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

 

DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL .....................................................................................

xxi

DAFTAR GAMBAR.................................................................................

xxiii

DAFTAR LAMPIRAN .............................................................................

xxv

1

PENDAHULUAN ..............................................................................
1
1.1 Latar belakang ............................................................................

1
1.2 Perumusan masalah ....................................................................
3
1.3 Tujuan dan manfaat ....................................................................
3
2

TINJAUAN PUSTAKA .....................................................................
5
2.1 LAMUN ......................................................................................

5
2.1.1 Karakteristik morfologi .....................................................
5
2.1.2 Jenis Lamun .......................................................................
8
2.1.3 Fungsi dan Peranan Lamun ..............................................
..................................................................................10
2.1.3.1 Produktifitas Primer ..............................................
............................................................................................ 10
2.1.3.2 Mengurangi Gesekan ............................................
............................................................................................ 12
2.1.3.3 Habitat Organisme ................................................
............................................................................................ 13
2.2 PERIFITON ...............................................................................
.....................................................................................................14
2.3 PARAMETER FISIKA-KIMIA LINGKUNGAN .....................
..............................................................................................................15
2.3.1 pH ......................................................................................
....................................................................................................... 15
2.3.2 Suhu ...................................................................................
.....................................................................................................15
2.3.3 Kecepatan Arus .................................................................
....................................................................................................... 16
2.3.4 Salinitas .............................................................................
....................................................................................................... 16
2.3.5 Nitrat dan Orthofosfat .......................................................
....................................................................................................... 17

2.4 Gambaran Umum Pulau Pari ......................................................
............................................................................................. 17
3 METODE PENELITIAN ....................................................................
............................................................................................................ 19
3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian ......................................................
............................................................................................................ 19
3.2 Alat dan Bahan Penelitian ..........................................................
............................................................................................................ 19
3.3 Prosedur Penelitian .....................................................................
....................................................................................................... 20
3.3.1 Penentuan Stasiun .............................................................
..................................................................................................... 20
3.3.2 Pengambilan contoh lamun ...............................................
..................................................................................................... 20
3.3.3 Pengambilan contoh perifiton pada daun lamun ...............
..................................................................................................... 21
3.3.4 Pengukuran parameter fisika dan kimia ............................
..................................................................................................... 22
3.4 Analisis Data ...............................................................................
....................................................................................................... 22
3.4.1 Kerapatan jenis lamun.......................................................
..................................................................................................... 22
3.4.2 Penutupan lamun ...............................................................
....................................................................................................... 23
3.4.3 Kepadatan perifiton ...........................................................
..................................................................................................... 24
3.4.4 Indeks keanekaragaman jenis perifiton .............................
..................................................................................................... 24
3.4.5 Keseragaman jenis perifiton .............................................
..................................................................................................... 25
3.4.6 Dominasi jenis perifiton ....................................................
..................................................................................................... 25
3.4.7. Pola sebaran perifiton .......................................................
............................................................................................. 25
3.5. Analisis Statistik .........................................................................
............................................................................................................ 26
4 HASIL dan PEMBAHASAN................................................................
................................................................................................................... 27
4.1 Karakteristik fisika dan kimia perairan .........................................
....................................................................................................... 27
4.1.1 Hubungan antara suhu dengan kerapatan lamun .................
................................................................................................ 28
4.1.2 Hubungan antara arus dengan kerapatan lamun ..................
................................................................................................ 28
4.1.3 Hubungan antara kepadatan perifiton dengan kerapatan
lamun ...................................................................................

30

4.1.4 Hubungan antara nitrat dengan kepadatan perifiton ............
4.1.5 Hubungan antara arus dengan kepadatan perifiton ..............
4.2 Keterkaitan factor lingkungan dengan lamun dan perifiton
menggunakan PCA ......................................................................
4.3 Struktur Komunitas Lamun ...........................................................
4.3.1 Komposisi spesies lamun .....................................................
4.3.2 Kerapatan lamun ..................................................................
4.3.3 Penutupan jenis lamun (%) ..................................................
4.4 Struktur komunitas perifiton pada padang lamun ..........................
4.4.1 Komposisi perifiton .............................................................
4.4.2 Kepadatan perifiton .............................................................
4.4.3 Indeks keanekaragaman (H’), keseragaman (E), dominasi
(D), dan pola penyebaran perifiton ....................................
4.4.3.1 Stasiun I (Homogen) ...............................................
4.4.3.2 Stasiun II (Heterogen) .............................................
4.4.3.3 Stasiun III (Heterogen) ............................................

33
34
35
40
40
41
43
44
44
45
47
47
48
48

5 KESIMPULAN dan SARAN ................................................................
...................................................................................................................51
5.1 Kesimpulan ....................................................................................
............................................................................................................ 51
5.2 Saran ..............................................................................................
............................................................................................................ 51
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................

53

LAMPIRAN ..............................................................................................

57

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

DAFTAR TABEL
Halaman
1. .......................................................................................................... Alat
dan Bahan yang digunakan dalam penelitian .............................................

18

2. .......................................................................................................... Para
meter fisika-kimia beserta satuan dan metode ...........................................

22

3. .......................................................................................................... Klasi
fikasi penutupan lamun ..............................................................................

23

4. .......................................................................................................... Kate
gori persen penutupan total (brower et al. 1990) .......................................

23

5. .......................................................................................................... Kate
gori indeks disperse ....................................................................................

26

6. .......................................................................................................... Para
meter fisika-kimia ......................................................................................

27

7. .......................................................................................................... Kom
posisi jenis lamun di lokasi penelitian .......................................................

41

8. .......................................................................................................... Kera
patan jenis lamun........................................................................................

42

9. .......................................................................................................... Penut
upan jenis lamun pada lokasi penelitian ....................................................

43

10. ........................................................................................................ N
ilai-nilai indeks keanekaragaman (H), Keseragaman (E), dan
Dominansi (D) di stasiun penelitian........................................................... 49
 
 
 
 
 
 
 

 
 
 
 
 
 
 
 

DAFTAR GAMBAR
Halaman
1..............................................................................................................Mor
fologi lamun..................................................................................................

6

2..............................................................................................................Ran
tai makanan dalam ekosistem lamun ............................................................ 11
3..............................................................................................................Peta
lokasi penelitian ............................................................................................ 19
4..............................................................................................................Ske
ma transek untuk pengambilan contoh lamun dan perifiton ........................ 21
5..............................................................................................................Hub
ungan antara suhu dengan kerapatan lamun di pulau pari ............................ 28
6..............................................................................................................Hub
ungan antara arus dengan kerapatan lamun di pulau pari ............................. 29
7..............................................................................................................H
ubungan antara kerapatan lamun dengan kepadatan perifiton di
ekosistem lamun pulau pari .......................................................................... 30
8..............................................................................................................H
ubungan antara nitrat dengan kepadatan perifiton di ekosistem lamun
pulau pari ...................................................................................................... 32
9..............................................................................................................H
ubungan antara fosfat dengan kepadatan perifiton di ekosistem lamun
pulau pari ...................................................................................................... 33

10. .......................................................................................................... H
ubungan antara arus dengan kepadatan perifiton di ekosistem pulau
pari ................................................................................................................ 34
11. .......................................................................................................... G
rafik analisis komponen utama PCA korelasi antara lamun, perifiton,
factor fisika-kimia ......................................................................................... 37
12. .......................................................................................................... S
ebaran stasiun di sumbu 1 dan sumbu 2 (F1xF2).......................................... 37
13. .......................................................................................................... S
ketsa penampakan dari atas dan samping di padang lamun yang
jarang dan rapat pada saat arus tinggi dan rendah......................................... 39
 
 
 
 
 
 
 
 
 

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman
1. .......................................................................................................... Para
meter fisika-kimia menurut stasiun pengamatan........................................ 57
2. .......................................................................................................... Kond
isi padang lamun di lokasi penelitian (Stasiun I) ....................................... 58
3. .......................................................................................................... Kond
isi padang lamun di lokasi penelitian (Stasiun II) ...................................... 59
4. .......................................................................................................... Kond
isi padang lamun di lokasi penelitian (Stasiun III)..................................... 60

5............................................................................................................Gam
bar beberapa genus perifiton yang ditemukan pada daun lamun................ 61
6............................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun I transek 1 ........................ 62
7............................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun II transek 2 ...................... 63
8............................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun III transek 3 ..................... 64
9............................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun II transek 1 ...................... 65
10. .........................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun II transek 2 ...................... 66
11. .........................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun II transek 3 ...................... 67
12. .........................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun III transek 1 ..................... 68
13. .........................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun III transek 2 ..................... 69
14. .........................................................................................................Data
kepadatan rata-rata (ind cm¯²) perifiton stasiun III transek 3 ..................... 70
15. .........................................................................................................Hasil
analisis komponen utama ........................................................................... 72
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

 
 

1. PENDAHULUAN

1.1.

Latar belakang
Lamun merupakan tumbuhan berbunga yang telah sepenuhnya beradaptasi

untuk hidup si laut. Meskipun hanya memiliki jumlah yang kecil dibandingkan
dengan tumbuhan darat (meliputi