ANALISIS KERAGAMAN GENETIK BEBERAPA VARIETAS MANGGA LOKAL DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA MOLEKULER RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK BEBERAPA VARIETAS MANGGA
LOKAL DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA MOLEKULER RANDOM
AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA
Oleh: ARIS WIBOWO ( 02710028 )
Agronomy
Dibuat: 2008-05-05 , dengan 3 file(s).
Keywords: Keragaman genetik, Mangga lokal, Penanda molekuler RAPD
Plasma nutfah mangga di Indonesia cukup besar, diperkirakan terdapat kurang lebih 292 kultivar
mangga di indonesia. Kebun percobaan dan koleksi plasma nutfah tanaman yang terletak di desa
Cukurgondang, Kabupaten Pasuruan Jawa Timur saat ini memiliki koleksi 282 klon dan 208
varietas mangga. Penelitian ini dirancang untuk mendapatkan informasi variasi genetik mangga
melalui pemakaian penanda molekuler Random Amplified Polymorphic DNA. Penggunaan
penanda RAPD didasarkan pada pertimbangan : informasi susunan nukleotida tidak perlu
diketahui terlebih dahulu, relatif sederhana preparasinya, hanya memerlukan sejumlah kecil
DNA dan memberikan hasil lebih cepat dibandingkan beberapa penanda molekuler lainnya.
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi tentang keragaman genetik beberapa
varietas mangga lokal berdasarkan pola pita DNA RAPD dan untuk mengetahui tingkat
kekerabatan beberapa varietas mangga lokal berdasarkan penanda molekuler RAPD.
Penelitian ini dilaksanakan di Laboraturium Molekular, Pusat Pengembangan Bioteknologi,
Universitas Muhammadiyah Malang dengan menggunakan 4 varietas mangga lokal : Manalagi
69, Golek 31, Arumanis 143 dan Madu Anggur 141 (Koleksi Kebun Plasma Nutfah
Cukurgondang Pasuruan). Proses amplifikasi PCR – RAPD dilakukan dengan menggunakan 5
jenis primer OPA 15, OPA 18, OPA 19, OPA 20 dan OPF 6. penelitian ini dilaksanakan dengana
4 tahapan yaitu tahap pertama isolasi DNA,eletroforesis hasil isolasi DNA kemudian proses
Polimerase Chain Reaction (PCR) dan diakhiri dengan elektroforesis hasil PCR selanjutnya hasil
dalam bentuk gambar foto polaroid di analasis dengan data biner kemudian diolah dengan
menggunakan program NTSys.
Hasil seleksi primer menunjukkan pemakaian primer OPA 15, OPA 18, OPA 19, OPA 20 dan
OPF 6 cukup efisien bagi proses amplifikasi PCR – RAPD tanaman mangga. Jumlah pita DNA
pada masing-masing varietas adalah Manalagi 69 sebanyak 5 pita, Arumanis 143 sebanyak 18
pita, Golek 31 sebanyak 14 pita dan Madu Anggur 141 sebanyak 9 pita. Jumlah pita DNA yang
dihasilkan bervariasi antara 1-7 pita. 7 pita terdapat pada mangga Golek 31 dengan
menggunakan OPA 18 sedangkan jumlah 1 pita terdapat pada mangga Madu Anggur 141 dengan
menggunakan primer OPA 15 dan ukuran alel terpanjang 2642 bp pada varietas Arumanis 143
dengan menggunakan OPA 20 dan ukuran alel terpendek dibawah 100 bp pada varietas Golek 31
dengan menggunakan primer OPA 20.
Berdasarkan hasil analisis kekerabatan diperoleh nilai koefesien berkisar antara 0,39 - 0,70.
Varietas Manalagi 69 dan Madu Anggur 141 memiliki jarak genetik dengan nilai koefesien 0,70
(jarak kemiripan genetik 0,30) sedangkan untuk mangga Arumanis 143 mempunyai nilai
kemiripan genetik dengan Golek 31 memiliki nilai koefisien 0,39 (jarak kemiriapan genetik
0,69). sehingga dapat diketahui bahwa tingkat kekerabatan antar varietas mangga Manalagi 69
dan Madu Anggur 141 sangat dekat apa bila dibandingkan dengan varietas Arumanis 143 dan
varietas Golek 31. Diantara keempat varietas mangga, mangga Arumanis 143 mempunyai
tingkat kekerabatan paling jauh, dibandingkan ketiga varietas mangga yang lainnya.
Penanda molekuler dapat memberikan gambaran hubungan kekerabatan yang akurat antar
spesies maupun kerabat jauhnya, karena analisis DNA sebagai material genetik tidak dipengaruhi
oleh kondisi lingkungan. Masih diperlukan banyak primer lagi untuk mendapatkan jumlah pita
dengan tingkat polymorphisme tinggi yang sesuai dan dapat digunakan sebagai marka molekuler
untuk memberikan informasi lebih banyak lagi pola pita antar varietas tersebut.
Indonesia has large numbers of mango germplasms. It is estimated that there are approximately
292 cultivars of mango found in the country. The experimental farmyard and plant germplasm
collection in Cukurgondang sub-district, district of Pasuruan East Java now has collection of 282
clones and 208 mango varieties. This research was designed to obtain informations about genetic
variations of mango by mean of Random Amplified Polymorphic DNA molecular marker. The
employment of RAPD marker is based on consideration that information of nucleotide
arrangement should not be found first, it has simple way in its preparation, it needs only a few
DNA and results in quick time in comparison to any other molecular markers.
The research draws an aim to obtain information about genetic variation of several local varieties
of mango based on DNA RAPD band pattern and to know the familial level of several local
varieties of mango based on RAPD molecular marker.
The research was conducted in molecular laboratory, Centre for Biotechnology Development,
Muhammadiyah University of Malang by using 4 local varieties of mango: Manalagi 69, Golek
31, Arumanis 143 and Madu Anggur 141 (germplasm farmyard collection Cukurgondang
Pasuruan). PCR – RAPD amplification process was employed using 5 primary types: OPA 15,
OPA 18, OPA 19, OPA 20 and OPF 6. the research was conducted in 4 stages. First stage is
DNA isolation, secondly, electrophoresis of resulted DNA isolation. subsequently, Polymerase
Chain Reaction (PCR) process took place, and finally, electrophoresis of resulted PCR concluded
the process. Those results were further analysed in the form of polaroid pictures using binary
data and then processed using NTSys program.
The results of primary selection revealed that the employment of OPA 15, OPA 18, OPA 19,
OPA 20 and OPF 6 primaries was adequately efficient for mango PCR – RAPD amplification
process. The number of DNA band is 5 band for Manalagi 69, 18 bands for Arumanis 143, 14
bands for Golek 31, and 9 bands for Madu Anggur 141, respectively. The number of DNA band
was varyingly between 1 and 7 bands. 7 bands was found in Golek 31 using OPA 18 primary
while 1 band was found in Madu Anggur 141 using OPA 15 primary. The longest length of alel
is 2642 bp found in Arumanis 143 using OPA 20 primary and the shortest length of alel is below
100 bp found in Golek 31 using OPA 20 primary.
Based on the results of familial analysis, the coefficient values were obtained within the range of
0,39 and 0,70. varieties of Manalagi 69 and Madu Anggur 141 had genetic distance in coefficient
value of 0,70 (the distance for genetic similarity is 0,69). It is therefore possible to know that the
familial level between Manalagi 69 and Madu Anggur 141 is closely related in comparison with
that of between Manalagi 69 and Madu Anggur 141. Among the four varieties, the variety of
Arumanis 143 has the farthest familial level than the other three varieties.
The molecular marker can display that familial relationship is highly accurate both in
interspecies and cross-breeding offsprings. It is possible because analysis of DNA as genetic
material is not affected by the surrounding environment. It is needed, however, more primaries to
get number of band with suitable high level polymorphs. It is, therefore, possible to employ those
primaries to yield more informations about inter-varieties band pattern.
LOKAL DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA MOLEKULER RANDOM
AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA
Oleh: ARIS WIBOWO ( 02710028 )
Agronomy
Dibuat: 2008-05-05 , dengan 3 file(s).
Keywords: Keragaman genetik, Mangga lokal, Penanda molekuler RAPD
Plasma nutfah mangga di Indonesia cukup besar, diperkirakan terdapat kurang lebih 292 kultivar
mangga di indonesia. Kebun percobaan dan koleksi plasma nutfah tanaman yang terletak di desa
Cukurgondang, Kabupaten Pasuruan Jawa Timur saat ini memiliki koleksi 282 klon dan 208
varietas mangga. Penelitian ini dirancang untuk mendapatkan informasi variasi genetik mangga
melalui pemakaian penanda molekuler Random Amplified Polymorphic DNA. Penggunaan
penanda RAPD didasarkan pada pertimbangan : informasi susunan nukleotida tidak perlu
diketahui terlebih dahulu, relatif sederhana preparasinya, hanya memerlukan sejumlah kecil
DNA dan memberikan hasil lebih cepat dibandingkan beberapa penanda molekuler lainnya.
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi tentang keragaman genetik beberapa
varietas mangga lokal berdasarkan pola pita DNA RAPD dan untuk mengetahui tingkat
kekerabatan beberapa varietas mangga lokal berdasarkan penanda molekuler RAPD.
Penelitian ini dilaksanakan di Laboraturium Molekular, Pusat Pengembangan Bioteknologi,
Universitas Muhammadiyah Malang dengan menggunakan 4 varietas mangga lokal : Manalagi
69, Golek 31, Arumanis 143 dan Madu Anggur 141 (Koleksi Kebun Plasma Nutfah
Cukurgondang Pasuruan). Proses amplifikasi PCR – RAPD dilakukan dengan menggunakan 5
jenis primer OPA 15, OPA 18, OPA 19, OPA 20 dan OPF 6. penelitian ini dilaksanakan dengana
4 tahapan yaitu tahap pertama isolasi DNA,eletroforesis hasil isolasi DNA kemudian proses
Polimerase Chain Reaction (PCR) dan diakhiri dengan elektroforesis hasil PCR selanjutnya hasil
dalam bentuk gambar foto polaroid di analasis dengan data biner kemudian diolah dengan
menggunakan program NTSys.
Hasil seleksi primer menunjukkan pemakaian primer OPA 15, OPA 18, OPA 19, OPA 20 dan
OPF 6 cukup efisien bagi proses amplifikasi PCR – RAPD tanaman mangga. Jumlah pita DNA
pada masing-masing varietas adalah Manalagi 69 sebanyak 5 pita, Arumanis 143 sebanyak 18
pita, Golek 31 sebanyak 14 pita dan Madu Anggur 141 sebanyak 9 pita. Jumlah pita DNA yang
dihasilkan bervariasi antara 1-7 pita. 7 pita terdapat pada mangga Golek 31 dengan
menggunakan OPA 18 sedangkan jumlah 1 pita terdapat pada mangga Madu Anggur 141 dengan
menggunakan primer OPA 15 dan ukuran alel terpanjang 2642 bp pada varietas Arumanis 143
dengan menggunakan OPA 20 dan ukuran alel terpendek dibawah 100 bp pada varietas Golek 31
dengan menggunakan primer OPA 20.
Berdasarkan hasil analisis kekerabatan diperoleh nilai koefesien berkisar antara 0,39 - 0,70.
Varietas Manalagi 69 dan Madu Anggur 141 memiliki jarak genetik dengan nilai koefesien 0,70
(jarak kemiripan genetik 0,30) sedangkan untuk mangga Arumanis 143 mempunyai nilai
kemiripan genetik dengan Golek 31 memiliki nilai koefisien 0,39 (jarak kemiriapan genetik
0,69). sehingga dapat diketahui bahwa tingkat kekerabatan antar varietas mangga Manalagi 69
dan Madu Anggur 141 sangat dekat apa bila dibandingkan dengan varietas Arumanis 143 dan
varietas Golek 31. Diantara keempat varietas mangga, mangga Arumanis 143 mempunyai
tingkat kekerabatan paling jauh, dibandingkan ketiga varietas mangga yang lainnya.
Penanda molekuler dapat memberikan gambaran hubungan kekerabatan yang akurat antar
spesies maupun kerabat jauhnya, karena analisis DNA sebagai material genetik tidak dipengaruhi
oleh kondisi lingkungan. Masih diperlukan banyak primer lagi untuk mendapatkan jumlah pita
dengan tingkat polymorphisme tinggi yang sesuai dan dapat digunakan sebagai marka molekuler
untuk memberikan informasi lebih banyak lagi pola pita antar varietas tersebut.
Indonesia has large numbers of mango germplasms. It is estimated that there are approximately
292 cultivars of mango found in the country. The experimental farmyard and plant germplasm
collection in Cukurgondang sub-district, district of Pasuruan East Java now has collection of 282
clones and 208 mango varieties. This research was designed to obtain informations about genetic
variations of mango by mean of Random Amplified Polymorphic DNA molecular marker. The
employment of RAPD marker is based on consideration that information of nucleotide
arrangement should not be found first, it has simple way in its preparation, it needs only a few
DNA and results in quick time in comparison to any other molecular markers.
The research draws an aim to obtain information about genetic variation of several local varieties
of mango based on DNA RAPD band pattern and to know the familial level of several local
varieties of mango based on RAPD molecular marker.
The research was conducted in molecular laboratory, Centre for Biotechnology Development,
Muhammadiyah University of Malang by using 4 local varieties of mango: Manalagi 69, Golek
31, Arumanis 143 and Madu Anggur 141 (germplasm farmyard collection Cukurgondang
Pasuruan). PCR – RAPD amplification process was employed using 5 primary types: OPA 15,
OPA 18, OPA 19, OPA 20 and OPF 6. the research was conducted in 4 stages. First stage is
DNA isolation, secondly, electrophoresis of resulted DNA isolation. subsequently, Polymerase
Chain Reaction (PCR) process took place, and finally, electrophoresis of resulted PCR concluded
the process. Those results were further analysed in the form of polaroid pictures using binary
data and then processed using NTSys program.
The results of primary selection revealed that the employment of OPA 15, OPA 18, OPA 19,
OPA 20 and OPF 6 primaries was adequately efficient for mango PCR – RAPD amplification
process. The number of DNA band is 5 band for Manalagi 69, 18 bands for Arumanis 143, 14
bands for Golek 31, and 9 bands for Madu Anggur 141, respectively. The number of DNA band
was varyingly between 1 and 7 bands. 7 bands was found in Golek 31 using OPA 18 primary
while 1 band was found in Madu Anggur 141 using OPA 15 primary. The longest length of alel
is 2642 bp found in Arumanis 143 using OPA 20 primary and the shortest length of alel is below
100 bp found in Golek 31 using OPA 20 primary.
Based on the results of familial analysis, the coefficient values were obtained within the range of
0,39 and 0,70. varieties of Manalagi 69 and Madu Anggur 141 had genetic distance in coefficient
value of 0,70 (the distance for genetic similarity is 0,69). It is therefore possible to know that the
familial level between Manalagi 69 and Madu Anggur 141 is closely related in comparison with
that of between Manalagi 69 and Madu Anggur 141. Among the four varieties, the variety of
Arumanis 143 has the farthest familial level than the other three varieties.
The molecular marker can display that familial relationship is highly accurate both in
interspecies and cross-breeding offsprings. It is possible because analysis of DNA as genetic
material is not affected by the surrounding environment. It is needed, however, more primaries to
get number of band with suitable high level polymorphs. It is, therefore, possible to employ those
primaries to yield more informations about inter-varieties band pattern.