Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis Molekuler Padi Transgenik dengan Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)
/
/
PERBANDINGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN
OPTIMALISASI METODE ANALISIS MOLEKULER PADI
TRANSGENIK DENGAN TEKNIK
peR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
NI WAYAN NURJA Y ANTI
JURUSAN KlMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
1999
RINGKASAN
NI WAYAN NURJA Y ANTI. Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis
lvfolekuler dengan Teknik peR (Po/:Vlllel'(lse Chain Reaction). (DNA E(traclioll j\1ethods Comparison and
PCR Teclmiqllejiw MoleclIlar Analysis lvle/hods OpI1l11lza/ion). Dibimbing oleh SULlSTIY AI'll, INEZ H.
SLAMET, dan EDY DJAUHARI P. K.
Salah 5atu llsaha untuk mengatasi penurunan produksi padi akibat faktor biotik dan abiotik yang
mempengaruhi lingkat produksi iatah melalui transfonnasl genetik tanaman, Kini telah diperoleh tanaman
padi transgenik yang mengandung gen ketahanan teltentu. Adanya gen tersebut dalam tanaman padi
transgenik diharapkan dapat meningkatkan ketahanan terhadap penggerek batang padi dan harna wereng.
Namun demikian, perlu dilakukan uji keberhasilan transformasi genetik dengan cara anallsis DNA pada
tingkat awal pertumbuhan tanamal1.
Pada penelitian ini dilakukan perbandingan dua metode isolasi DNA untuk peR yaitu Wang el al.
(1993) dan Zheng e/ al. (1995) sehingga diperoleh metode yang lebih konsisten untuk konfirmasi gen
asing. Pada tanaman padi selalu terdapat gen gos-5. Bila dilakukan PCR pada DNA tanaman padi maka
gen gOS'-5 harus selalu muneul pada akhir proses PCR. Optimalisasi teknik PCR menggunakan internal
kontrol yaitu gen gas-5, penambahan RNAse, dan elek.'troforesis pada gel agarosa dengan konsentrasi 1,0%;
1,2%; 1,5%; dan 2,0% sehingga diperoleh konfirmasi DNAyang lebih baik. Selain itu dilaknkan pula
perbandingan dua metode isolasi DNA untuk Southern blot yaitu CT AB (Murray dan Thompson, 1980) dan
Tanksley (modiflkasi dari Dellaporta, 1983) unllik memperoleh metode yang menghasilkan DNA yang
lebih banyak dan lebih mumi.
Konfirmasi adanya gen asing pada DNA tanaman padi t.ransgetlik diIakllkan dengatl menggunakan
metode Southern blot dan Polymerase Chain Reaelion (PClI) Metode Southern blot membutuhkan DNA
dalam jumlah banyak dan mumi, dapat melihat jumlah salinan gen, tetapi membutuhkan waktu lama dalam
pengerjaannya. Sedangkan PCR dapat dilakukan dengan cepal, DNA yang dibuluhkan jumlah.nya sedikil
dan tidak perlu mumi, namun demikian PCR mudah terkontaminasi oleh DNA lain. Sampel DNA yang
masih mengandung protein, ｒｬｾａＬ＠
tenol serta garam-garaman dapat digunakan untuk teknik peR tetapi
tidak dapat digunakan untuk Southern blot. Dengan demikian dikatakan DNA untuk teknik PCR tidak
harus murni sedangkan untuk met ode Southern harus murni.
Isolasi DNA untuk PCR sebaiknya dilakukan dengan metode Zheng el al. (1995). Optimalisasi teknik
peR menunjukkan hasil sebagai berikut : (I )penggunaan internal kontrol perlu dilakukan untuk konfirmasi
gen tanaman, (2) penambahan RNAse tidak perlu dilakukan karena pad a proses elektroforesis dengan
menggunakan gel agarosa 1,2% pita RNA, pita gen hph dan pita internal kontrol (gos-5) telah terpisah
dengan baiL Isolasi DNA dengan metode Tanksley (1991) menghasilkan DNA yang lebih banyak dan
lebih murni daripada metode CTAB sellingga metode Tanksley digunakan untuk mengisolasi DNA yang
digunakan dalam teknik Southern Blot.
PERBANDlNGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN
OPTIMALISAS] METODE ANALISIS MOLEKULER PAm
TRANSGENIK DENGAN TEKNIK
peR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
NI WAYAN NURJA YANTI
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memproleh gelar
Sarjana Sains
Pada
Program Studi Kimia
JURUSAN KIMIA
FAKLUTAS MATElVL4..TIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
1999
Judul: Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis Molekuler Padi
Transgenik dengan teknik peR (Polymerase Chain Reaetioll)
Nama: Ni Wayan Nurjayanti
NlM : G0!311340
Menyetujui:
1
Df. If. nez Hortense Slamet-Loedin
embirnbing II
MSc. PhD
M.Si.
Mengetahui,
Tanggallulus: 3 Februari 1999
RIWAYAT HlDUP
•
Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 27 Mei J 974 sebagai anak sulung dari dua bersaudara, anak
dari pasangan I rvlade Aria dan Iv'lade Darmawati.
Tahun 1993 penulis lulus dari Sekolah Menengah Analis Kimia Bogor (SMAKBO) dan pada tahun
yang sarna bekerja di PT AFlAT PharmGcelllicallndu.'ftl'ies. Pada tahun 1994 penulis tutus seleksi masuk
Institut Pertanian Bogor (IPB) melalul jalur Ujian Masuk Perguman Tinggi Negeri (UMPTN). Penulis
memilih Jurusan Kimia, Fakultas ivratematika dan Hmu Pengetahuan Alam.
/
/
PERBANDINGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN
OPTIMALISASI METODE ANALISIS MOLEKULER PADI
TRANSGENIK DENGAN TEKNIK
peR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
NI WAYAN NURJA Y ANTI
JURUSAN KlMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
1999
RINGKASAN
NI WAYAN NURJA Y ANTI. Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis
lvfolekuler dengan Teknik peR (Po/:Vlllel'(lse Chain Reaction). (DNA E(traclioll j\1ethods Comparison and
PCR Teclmiqllejiw MoleclIlar Analysis lvle/hods OpI1l11lza/ion). Dibimbing oleh SULlSTIY AI'll, INEZ H.
SLAMET, dan EDY DJAUHARI P. K.
Salah 5atu llsaha untuk mengatasi penurunan produksi padi akibat faktor biotik dan abiotik yang
mempengaruhi lingkat produksi iatah melalui transfonnasl genetik tanaman, Kini telah diperoleh tanaman
padi transgenik yang mengandung gen ketahanan teltentu. Adanya gen tersebut dalam tanaman padi
transgenik diharapkan dapat meningkatkan ketahanan terhadap penggerek batang padi dan harna wereng.
Namun demikian, perlu dilakukan uji keberhasilan transformasi genetik dengan cara anallsis DNA pada
tingkat awal pertumbuhan tanamal1.
Pada penelitian ini dilakukan perbandingan dua metode isolasi DNA untuk peR yaitu Wang el al.
(1993) dan Zheng e/ al. (1995) sehingga diperoleh metode yang lebih konsisten untuk konfirmasi gen
asing. Pada tanaman padi selalu terdapat gen gos-5. Bila dilakukan PCR pada DNA tanaman padi maka
gen gOS'-5 harus selalu muneul pada akhir proses PCR. Optimalisasi teknik PCR menggunakan internal
kontrol yaitu gen gas-5, penambahan RNAse, dan elek.'troforesis pada gel agarosa dengan konsentrasi 1,0%;
1,2%; 1,5%; dan 2,0% sehingga diperoleh konfirmasi DNAyang lebih baik. Selain itu dilaknkan pula
perbandingan dua metode isolasi DNA untuk Southern blot yaitu CT AB (Murray dan Thompson, 1980) dan
Tanksley (modiflkasi dari Dellaporta, 1983) unllik memperoleh metode yang menghasilkan DNA yang
lebih banyak dan lebih mumi.
Konfirmasi adanya gen asing pada DNA tanaman padi t.ransgetlik diIakllkan dengatl menggunakan
metode Southern blot dan Polymerase Chain Reaelion (PClI) Metode Southern blot membutuhkan DNA
dalam jumlah banyak dan mumi, dapat melihat jumlah salinan gen, tetapi membutuhkan waktu lama dalam
pengerjaannya. Sedangkan PCR dapat dilakukan dengan cepal, DNA yang dibuluhkan jumlah.nya sedikil
dan tidak perlu mumi, namun demikian PCR mudah terkontaminasi oleh DNA lain. Sampel DNA yang
masih mengandung protein, ｒｬｾａＬ＠
tenol serta garam-garaman dapat digunakan untuk teknik peR tetapi
tidak dapat digunakan untuk Southern blot. Dengan demikian dikatakan DNA untuk teknik PCR tidak
harus murni sedangkan untuk met ode Southern harus murni.
Isolasi DNA untuk PCR sebaiknya dilakukan dengan metode Zheng el al. (1995). Optimalisasi teknik
peR menunjukkan hasil sebagai berikut : (I )penggunaan internal kontrol perlu dilakukan untuk konfirmasi
gen tanaman, (2) penambahan RNAse tidak perlu dilakukan karena pad a proses elektroforesis dengan
menggunakan gel agarosa 1,2% pita RNA, pita gen hph dan pita internal kontrol (gos-5) telah terpisah
dengan baiL Isolasi DNA dengan metode Tanksley (1991) menghasilkan DNA yang lebih banyak dan
lebih murni daripada metode CTAB sellingga metode Tanksley digunakan untuk mengisolasi DNA yang
digunakan dalam teknik Southern Blot.
PERBANDlNGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN
OPTIMALISAS] METODE ANALISIS MOLEKULER PAm
TRANSGENIK DENGAN TEKNIK
peR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
NI WAYAN NURJA YANTI
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memproleh gelar
Sarjana Sains
Pada
Program Studi Kimia
JURUSAN KIMIA
FAKLUTAS MATElVL4..TIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
1999
Judul: Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis Molekuler Padi
Transgenik dengan teknik peR (Polymerase Chain Reaetioll)
Nama: Ni Wayan Nurjayanti
NlM : G0!311340
Menyetujui:
1
Df. If. nez Hortense Slamet-Loedin
embirnbing II
MSc. PhD
M.Si.
Mengetahui,
Tanggallulus: 3 Februari 1999
RIWAYAT HlDUP
•
Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 27 Mei J 974 sebagai anak sulung dari dua bersaudara, anak
dari pasangan I rvlade Aria dan Iv'lade Darmawati.
Tahun 1993 penulis lulus dari Sekolah Menengah Analis Kimia Bogor (SMAKBO) dan pada tahun
yang sarna bekerja di PT AFlAT PharmGcelllicallndu.'ftl'ies. Pada tahun 1994 penulis tutus seleksi masuk
Institut Pertanian Bogor (IPB) melalul jalur Ujian Masuk Perguman Tinggi Negeri (UMPTN). Penulis
memilih Jurusan Kimia, Fakultas ivratematika dan Hmu Pengetahuan Alam.
/
PERBANDINGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN
OPTIMALISASI METODE ANALISIS MOLEKULER PADI
TRANSGENIK DENGAN TEKNIK
peR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
NI WAYAN NURJA Y ANTI
JURUSAN KlMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
1999
RINGKASAN
NI WAYAN NURJA Y ANTI. Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis
lvfolekuler dengan Teknik peR (Po/:Vlllel'(lse Chain Reaction). (DNA E(traclioll j\1ethods Comparison and
PCR Teclmiqllejiw MoleclIlar Analysis lvle/hods OpI1l11lza/ion). Dibimbing oleh SULlSTIY AI'll, INEZ H.
SLAMET, dan EDY DJAUHARI P. K.
Salah 5atu llsaha untuk mengatasi penurunan produksi padi akibat faktor biotik dan abiotik yang
mempengaruhi lingkat produksi iatah melalui transfonnasl genetik tanaman, Kini telah diperoleh tanaman
padi transgenik yang mengandung gen ketahanan teltentu. Adanya gen tersebut dalam tanaman padi
transgenik diharapkan dapat meningkatkan ketahanan terhadap penggerek batang padi dan harna wereng.
Namun demikian, perlu dilakukan uji keberhasilan transformasi genetik dengan cara anallsis DNA pada
tingkat awal pertumbuhan tanamal1.
Pada penelitian ini dilakukan perbandingan dua metode isolasi DNA untuk peR yaitu Wang el al.
(1993) dan Zheng e/ al. (1995) sehingga diperoleh metode yang lebih konsisten untuk konfirmasi gen
asing. Pada tanaman padi selalu terdapat gen gos-5. Bila dilakukan PCR pada DNA tanaman padi maka
gen gOS'-5 harus selalu muneul pada akhir proses PCR. Optimalisasi teknik PCR menggunakan internal
kontrol yaitu gen gas-5, penambahan RNAse, dan elek.'troforesis pada gel agarosa dengan konsentrasi 1,0%;
1,2%; 1,5%; dan 2,0% sehingga diperoleh konfirmasi DNAyang lebih baik. Selain itu dilaknkan pula
perbandingan dua metode isolasi DNA untuk Southern blot yaitu CT AB (Murray dan Thompson, 1980) dan
Tanksley (modiflkasi dari Dellaporta, 1983) unllik memperoleh metode yang menghasilkan DNA yang
lebih banyak dan lebih mumi.
Konfirmasi adanya gen asing pada DNA tanaman padi t.ransgetlik diIakllkan dengatl menggunakan
metode Southern blot dan Polymerase Chain Reaelion (PClI) Metode Southern blot membutuhkan DNA
dalam jumlah banyak dan mumi, dapat melihat jumlah salinan gen, tetapi membutuhkan waktu lama dalam
pengerjaannya. Sedangkan PCR dapat dilakukan dengan cepal, DNA yang dibuluhkan jumlah.nya sedikil
dan tidak perlu mumi, namun demikian PCR mudah terkontaminasi oleh DNA lain. Sampel DNA yang
masih mengandung protein, ｒｬｾａＬ＠
tenol serta garam-garaman dapat digunakan untuk teknik peR tetapi
tidak dapat digunakan untuk Southern blot. Dengan demikian dikatakan DNA untuk teknik PCR tidak
harus murni sedangkan untuk met ode Southern harus murni.
Isolasi DNA untuk PCR sebaiknya dilakukan dengan metode Zheng el al. (1995). Optimalisasi teknik
peR menunjukkan hasil sebagai berikut : (I )penggunaan internal kontrol perlu dilakukan untuk konfirmasi
gen tanaman, (2) penambahan RNAse tidak perlu dilakukan karena pad a proses elektroforesis dengan
menggunakan gel agarosa 1,2% pita RNA, pita gen hph dan pita internal kontrol (gos-5) telah terpisah
dengan baiL Isolasi DNA dengan metode Tanksley (1991) menghasilkan DNA yang lebih banyak dan
lebih murni daripada metode CTAB sellingga metode Tanksley digunakan untuk mengisolasi DNA yang
digunakan dalam teknik Southern Blot.
PERBANDlNGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN
OPTIMALISAS] METODE ANALISIS MOLEKULER PAm
TRANSGENIK DENGAN TEKNIK
peR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
NI WAYAN NURJA YANTI
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memproleh gelar
Sarjana Sains
Pada
Program Studi Kimia
JURUSAN KIMIA
FAKLUTAS MATElVL4..TIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
1999
Judul: Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis Molekuler Padi
Transgenik dengan teknik peR (Polymerase Chain Reaetioll)
Nama: Ni Wayan Nurjayanti
NlM : G0!311340
Menyetujui:
1
Df. If. nez Hortense Slamet-Loedin
embirnbing II
MSc. PhD
M.Si.
Mengetahui,
Tanggallulus: 3 Februari 1999
RIWAYAT HlDUP
•
Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 27 Mei J 974 sebagai anak sulung dari dua bersaudara, anak
dari pasangan I rvlade Aria dan Iv'lade Darmawati.
Tahun 1993 penulis lulus dari Sekolah Menengah Analis Kimia Bogor (SMAKBO) dan pada tahun
yang sarna bekerja di PT AFlAT PharmGcelllicallndu.'ftl'ies. Pada tahun 1994 penulis tutus seleksi masuk
Institut Pertanian Bogor (IPB) melalul jalur Ujian Masuk Perguman Tinggi Negeri (UMPTN). Penulis
memilih Jurusan Kimia, Fakultas ivratematika dan Hmu Pengetahuan Alam.
/
/
PERBANDINGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN
OPTIMALISASI METODE ANALISIS MOLEKULER PADI
TRANSGENIK DENGAN TEKNIK
peR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
NI WAYAN NURJA Y ANTI
JURUSAN KlMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
1999
RINGKASAN
NI WAYAN NURJA Y ANTI. Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis
lvfolekuler dengan Teknik peR (Po/:Vlllel'(lse Chain Reaction). (DNA E(traclioll j\1ethods Comparison and
PCR Teclmiqllejiw MoleclIlar Analysis lvle/hods OpI1l11lza/ion). Dibimbing oleh SULlSTIY AI'll, INEZ H.
SLAMET, dan EDY DJAUHARI P. K.
Salah 5atu llsaha untuk mengatasi penurunan produksi padi akibat faktor biotik dan abiotik yang
mempengaruhi lingkat produksi iatah melalui transfonnasl genetik tanaman, Kini telah diperoleh tanaman
padi transgenik yang mengandung gen ketahanan teltentu. Adanya gen tersebut dalam tanaman padi
transgenik diharapkan dapat meningkatkan ketahanan terhadap penggerek batang padi dan harna wereng.
Namun demikian, perlu dilakukan uji keberhasilan transformasi genetik dengan cara anallsis DNA pada
tingkat awal pertumbuhan tanamal1.
Pada penelitian ini dilakukan perbandingan dua metode isolasi DNA untuk peR yaitu Wang el al.
(1993) dan Zheng e/ al. (1995) sehingga diperoleh metode yang lebih konsisten untuk konfirmasi gen
asing. Pada tanaman padi selalu terdapat gen gos-5. Bila dilakukan PCR pada DNA tanaman padi maka
gen gOS'-5 harus selalu muneul pada akhir proses PCR. Optimalisasi teknik PCR menggunakan internal
kontrol yaitu gen gas-5, penambahan RNAse, dan elek.'troforesis pada gel agarosa dengan konsentrasi 1,0%;
1,2%; 1,5%; dan 2,0% sehingga diperoleh konfirmasi DNAyang lebih baik. Selain itu dilaknkan pula
perbandingan dua metode isolasi DNA untuk Southern blot yaitu CT AB (Murray dan Thompson, 1980) dan
Tanksley (modiflkasi dari Dellaporta, 1983) unllik memperoleh metode yang menghasilkan DNA yang
lebih banyak dan lebih mumi.
Konfirmasi adanya gen asing pada DNA tanaman padi t.ransgetlik diIakllkan dengatl menggunakan
metode Southern blot dan Polymerase Chain Reaelion (PClI) Metode Southern blot membutuhkan DNA
dalam jumlah banyak dan mumi, dapat melihat jumlah salinan gen, tetapi membutuhkan waktu lama dalam
pengerjaannya. Sedangkan PCR dapat dilakukan dengan cepal, DNA yang dibuluhkan jumlah.nya sedikil
dan tidak perlu mumi, namun demikian PCR mudah terkontaminasi oleh DNA lain. Sampel DNA yang
masih mengandung protein, ｒｬｾａＬ＠
tenol serta garam-garaman dapat digunakan untuk teknik peR tetapi
tidak dapat digunakan untuk Southern blot. Dengan demikian dikatakan DNA untuk teknik PCR tidak
harus murni sedangkan untuk met ode Southern harus murni.
Isolasi DNA untuk PCR sebaiknya dilakukan dengan metode Zheng el al. (1995). Optimalisasi teknik
peR menunjukkan hasil sebagai berikut : (I )penggunaan internal kontrol perlu dilakukan untuk konfirmasi
gen tanaman, (2) penambahan RNAse tidak perlu dilakukan karena pad a proses elektroforesis dengan
menggunakan gel agarosa 1,2% pita RNA, pita gen hph dan pita internal kontrol (gos-5) telah terpisah
dengan baiL Isolasi DNA dengan metode Tanksley (1991) menghasilkan DNA yang lebih banyak dan
lebih murni daripada metode CTAB sellingga metode Tanksley digunakan untuk mengisolasi DNA yang
digunakan dalam teknik Southern Blot.
PERBANDlNGAN TEKNIK EKSTRAKSI DNA DAN
OPTIMALISAS] METODE ANALISIS MOLEKULER PAm
TRANSGENIK DENGAN TEKNIK
peR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
NI WAYAN NURJA YANTI
Skripsi
Sebagai salah satu syarat untuk memproleh gelar
Sarjana Sains
Pada
Program Studi Kimia
JURUSAN KIMIA
FAKLUTAS MATElVL4..TIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
1999
Judul: Perbandingan Teknik Ekstraksi DNA dan Optimalisasi Metode Analisis Molekuler Padi
Transgenik dengan teknik peR (Polymerase Chain Reaetioll)
Nama: Ni Wayan Nurjayanti
NlM : G0!311340
Menyetujui:
1
Df. If. nez Hortense Slamet-Loedin
embirnbing II
MSc. PhD
M.Si.
Mengetahui,
Tanggallulus: 3 Februari 1999
RIWAYAT HlDUP
•
Penulis dilahirkan di Bogor pada tanggal 27 Mei J 974 sebagai anak sulung dari dua bersaudara, anak
dari pasangan I rvlade Aria dan Iv'lade Darmawati.
Tahun 1993 penulis lulus dari Sekolah Menengah Analis Kimia Bogor (SMAKBO) dan pada tahun
yang sarna bekerja di PT AFlAT PharmGcelllicallndu.'ftl'ies. Pada tahun 1994 penulis tutus seleksi masuk
Institut Pertanian Bogor (IPB) melalul jalur Ujian Masuk Perguman Tinggi Negeri (UMPTN). Penulis
memilih Jurusan Kimia, Fakultas ivratematika dan Hmu Pengetahuan Alam.