Variasi geografik dalam struktur genetik populasi ikan Kakap merah, Lutjanus malabaricus (Lutjanidae) dan interaksi lingkungan di Laut Jawa
VAEUASI GEOGaAFIK DALAM S'FBUKTUR GENETIK
POPULASI IKAN KAKAP MERAH, Lutjanus malabaricus,
(LUTJANIDAE) DAN INTEkWSI LINGKUNGAN DI
LAUT JAWA
SUWARSO
PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2002
.
SUWARSO. Variasi Geografik dalam Struktur Genetik Populasi ikan Kakap Merah,
Lutjanus malabaricus (LUTJANIDAE) dan Interaksi Lingkungan di Laut Jaw.
Dibimbing oleh RICHARDUS F. KASWADJI, KADARWAN SUWARDI dan
KETUT SUGAMA.
Penelitian tentang variasi geografik dalam struktur genetik populasi ikan Kakap
merah (Lutjanus malabaricus, LUTJANIDAE)
dan interaksinya dengan kondisi perairan
Laut Jawa berdasarkan karakter polimorfisme yang terdapat pada region control
mtDNA (D-loop) dan kajian tentang kondisi lingkungan perairan Laut J a w .
Penelitian bertujuan untuk menentukan unit-unit stok ikan yang dieksploitasi guna
keperluan pengelolaan perikanannya secara tepat di wilayah ini. Karakter
polimorfisme diperoleh dari analisis RFLP (Restriction Fragment Length
Polymorphism) terhadap sekuen yang teramplifikasi dengan menggunakan tiga jenis
enzym restriksi (Alu I, Nla III dan Xba I). Genom mtDNA'diekstrak dari daging ikan
contoh yang dikumpdkan di lapangan dan mewakili lima populasi ikan di Laut Jawa,
yaitu populasi Blanakan, Batang, Banyutowo, Tuban dan Kotabaru. Amplifikasi
genom dilakukan melalui proses PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan
menggunakan primer spesifik TDKD & PRO.
Hasil penelitian menunjukkan terdapat variabilitas genetik pada 81 ikan contoh
yang mencirikan polimorfisme genom mtDNA. Dari tip-tipe restriksi yang
Qtemukan, setiap tipe restriksi berbeda dalam jumlah situs clan fragmen restriksi.
Pada keseluruhan populasi teridentifikasi 11 clone haplotge, sedang pada tingkat
populasi 5-6 haplotipe. Melalui analisis kluster (metode Mmimum likelihood)
terhadap data presence-absence situs restriksi, keseluruhan haplotipe dapat
dikelompokan menjadi tiga Clonal Group. Distribusi frekuensi dari setiap haplotipe
bervariasi menurut populasi contoh. Clonal group 3 (terdiri dari 7 haplotipe, dua
diantaranya dominan) menentukan ciri populasi, semakin ke arah ke timur
dominasinya makin kecil. Diversitas haplotipe (h) tingkat populasi antara 0.60-0.76
(rata-rata 0.70 0.066), sedang untuk tingkat regional (seluruh populasi) lebih tinggi
sebesar 0.78; untuk populasi ikan di wilayah timur cenderung lebih tinggi.
. Didasarkan pada data jarak genetik interpopulasi dan dengan menggunakan
metode jarak rata-rata (UnweightedPair group method by average, UPGMA method)
diduga terdapat tiga unit stock ikan Kakap merah di Laut Jawa: Unit Stok 1: populasi
Blanakan, Batang dan Banyutowo; Unit Stok 2: populasi Kotabaru; Unit Stok 3:
populasi Tuban. Rata-rata jarak genetik diantara tiga populasi Blanakan, Batang dan
Banyutowo umumnya lebih kecil (0,0345-0,1187) dibandmg antara populasi Tuban
dengan ke empat populasi tersebut (0.6976-1.8284); sedang antara populasi
Kotabaru dengan ke empat -populasi lain memiliki nilai sedang (0,1408-0,2296).
Subdivisi genetik tersebut juga ditunjukkan oleh frekuensi haplotipe. Dua jenis
haplotipe yang dominan memberikan kontribusi yang berbeda pada tiap populasi
contoh.
+
Pentrukturan genetik demikian juga ditegaskan melalui analisis varian molekuler
(AMOVA) yang menyatakan perbedaan sangat nyata antara varian genetik (
POPULASI IKAN KAKAP MERAH, Lutjanus malabaricus,
(LUTJANIDAE) DAN INTEkWSI LINGKUNGAN DI
LAUT JAWA
SUWARSO
PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2002
.
SUWARSO. Variasi Geografik dalam Struktur Genetik Populasi ikan Kakap Merah,
Lutjanus malabaricus (LUTJANIDAE) dan Interaksi Lingkungan di Laut Jaw.
Dibimbing oleh RICHARDUS F. KASWADJI, KADARWAN SUWARDI dan
KETUT SUGAMA.
Penelitian tentang variasi geografik dalam struktur genetik populasi ikan Kakap
merah (Lutjanus malabaricus, LUTJANIDAE)
dan interaksinya dengan kondisi perairan
Laut Jawa berdasarkan karakter polimorfisme yang terdapat pada region control
mtDNA (D-loop) dan kajian tentang kondisi lingkungan perairan Laut J a w .
Penelitian bertujuan untuk menentukan unit-unit stok ikan yang dieksploitasi guna
keperluan pengelolaan perikanannya secara tepat di wilayah ini. Karakter
polimorfisme diperoleh dari analisis RFLP (Restriction Fragment Length
Polymorphism) terhadap sekuen yang teramplifikasi dengan menggunakan tiga jenis
enzym restriksi (Alu I, Nla III dan Xba I). Genom mtDNA'diekstrak dari daging ikan
contoh yang dikumpdkan di lapangan dan mewakili lima populasi ikan di Laut Jawa,
yaitu populasi Blanakan, Batang, Banyutowo, Tuban dan Kotabaru. Amplifikasi
genom dilakukan melalui proses PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan
menggunakan primer spesifik TDKD & PRO.
Hasil penelitian menunjukkan terdapat variabilitas genetik pada 81 ikan contoh
yang mencirikan polimorfisme genom mtDNA. Dari tip-tipe restriksi yang
Qtemukan, setiap tipe restriksi berbeda dalam jumlah situs clan fragmen restriksi.
Pada keseluruhan populasi teridentifikasi 11 clone haplotge, sedang pada tingkat
populasi 5-6 haplotipe. Melalui analisis kluster (metode Mmimum likelihood)
terhadap data presence-absence situs restriksi, keseluruhan haplotipe dapat
dikelompokan menjadi tiga Clonal Group. Distribusi frekuensi dari setiap haplotipe
bervariasi menurut populasi contoh. Clonal group 3 (terdiri dari 7 haplotipe, dua
diantaranya dominan) menentukan ciri populasi, semakin ke arah ke timur
dominasinya makin kecil. Diversitas haplotipe (h) tingkat populasi antara 0.60-0.76
(rata-rata 0.70 0.066), sedang untuk tingkat regional (seluruh populasi) lebih tinggi
sebesar 0.78; untuk populasi ikan di wilayah timur cenderung lebih tinggi.
. Didasarkan pada data jarak genetik interpopulasi dan dengan menggunakan
metode jarak rata-rata (UnweightedPair group method by average, UPGMA method)
diduga terdapat tiga unit stock ikan Kakap merah di Laut Jawa: Unit Stok 1: populasi
Blanakan, Batang dan Banyutowo; Unit Stok 2: populasi Kotabaru; Unit Stok 3:
populasi Tuban. Rata-rata jarak genetik diantara tiga populasi Blanakan, Batang dan
Banyutowo umumnya lebih kecil (0,0345-0,1187) dibandmg antara populasi Tuban
dengan ke empat populasi tersebut (0.6976-1.8284); sedang antara populasi
Kotabaru dengan ke empat -populasi lain memiliki nilai sedang (0,1408-0,2296).
Subdivisi genetik tersebut juga ditunjukkan oleh frekuensi haplotipe. Dua jenis
haplotipe yang dominan memberikan kontribusi yang berbeda pada tiap populasi
contoh.
+
Pentrukturan genetik demikian juga ditegaskan melalui analisis varian molekuler
(AMOVA) yang menyatakan perbedaan sangat nyata antara varian genetik (