yang dihasilkan sangat memiliki kecocokan dengan pose struktur ligan kokristal Schlosser, 2010
. Hasil dari penambatan molekul dengan aplikasi PLANTS 1.2 Korb,
Stutzle, dan Exner, 2009 menghasilkan luaran berupa pose penambatan dan nilai ChemPLP yang akan digunakan sebagai masukkan untuk aplikasi PyPLIF
Radifar et al., 2013. ChemPLP merupakan scoring function dari hasil penambatan molekular yang bekerja dengan menilai interaksi yang ada
berdasarkan gaya tarik-menarik dan tolak-menolak antara protein dan ligan Korb et al.
, 2009. Nilai ini telah terbukti lebih efektif daripada scoring function lainnya untuk memprediksi pose dan penapisan virtual Liebeschuetz, Cole, dan Korb,
2012.
G. Sidik Jari Interaksi
Sidik jari interaksi SJI adalah metode yang dapat mengubah interaksi molekular dari ligan-protein 3D menjadi susunan bit 1D berdasarkan senyawa
yang dianalisa dan tipe interaksinya, yakni tipe non polar van der waals, interaksi aromatik face to face, interaksi aromatik face to edge, ikatan hidrogen
protein sebagai donor ikatan hidrogen, ikatan hidrogen protein sebagai akseptor ikatan hidrogen, interaksi elektrostatik protein positif, dan interaksi
elektrostatik protein negatif dengan hasil 1 senyawa yang dianalisa memiliki tipe interaksi yang sama dengan ligan kokristal dan 0 senyawa yang dianalisa
tidak memiliki tipe interaksi yang sama dengan ligan kokristal Radifar, 2013.
Susunan bit ligan daidzein maupun ligan standar yang telah didapat dari SJI, selanjutnya dapat dianalisa menggunakan perhitungan Tanimoto Coefficient
Tc. Tc merupakan sebuah perhitungan sederhana yang menunjukkan ukuran kemiripan aktivitas senyawa-senyawa kimia Ahmed, 2011. Dalam perhitungan
ini dihasilkan nilai dengan rentang 0,000 yang berarti tidak ada kemiripan sampai 1,000 yang berarti keduanya memiliki kemiripan Radifar, 2013.
Protokol yang dikembangkan oleh Anita et al. 2012 telah ditingkatkan kualitas penapisannya dengan penilaian ulang menggunakan nilai Tanimoto
Coefficient-Protein Ligand Interaction Finger Print Tc-PLIF yang merupakan
hasil identifikasi SJI protein-ligan dan penyaringan pada ikatan hidrogen dengan Asp351 dengan aplikasi
Python-based Protein Ligand Interaction Finger Print PyPLIF oleh Radifar et al. 2013. Protokol ini melakukan penyaringan pada
ikatan hidrogen dengan Asp351 karena asam amino ini merupakan jangkar dari ligan-ligan RE
α dengan kata lain semua ligan bagi REα pasti mempunyai ikatan hidrogen dengan Asp351. Selain itu, dengan disaring ikatan hydrogen dengan
Asp351, nilai EF
1
meningkat secara signifikan menjadi 53,8 Radifar et al., 2013. Suatu senyawa dapat dikatakan sebagai ligan dari RE
α jika memiliki nilai Tc-PLIF yang lebih besar atau sama dengan 0,600 nilai standar
Rognan dan Marcou, 2007.
H. Landasan Teori
