Simulasi penambatan molekuler genistein pada reseptor estrogen alfa.

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER GENISTEIN PADA

RESEPTOR ESTROGEN ALFA

Oleh:

Ricardo Kenny Chandra

NIM: 108114186

INTISARI

Kanker payudara merupakan jenis kanker yang paling sering ditemui di

seluruh dunia dan mencakup 16% dari seluruh kejadian kanker pada wanita. Dua

dari tiga prevalensi kanker payudara yang terjadi disebabkan adanya

over

-ekspresi

reseptor estrogen alfa (RE

α

). Genistein, salah satu senyawa fito-esterogen

diketahui dapat berinteraksi dengan beberapa protein dalam tubuh, salah satunya

adalah

REα

.

Pada penelitian ini, dilakukan penapisan genistein sebagai ligan untuk

REα

dengan menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 dan

Python-based

protein-ligand interaction fingerprinting

(PyPLIF). Hasil yang didapatkan,

divisualisasikan untuk mengetahui bagaimana genistein berinteraksi di dalam

kantung ikatan

REα

menggunakan

perangkat lunak PyMOL1.2.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa secara statistik protokol yang

dikembangkan oleh Radifar

et al.

(2013) tidak dapat mengenali genistein sebagai

ligan

REα

dan tidak dapat digunakan untuk elusidasi mode ikatan genistein

karena tidak mampu mereproduksikan mode ikatan ligan

co-crystal

yang

digunakan. Elusidasi mode ikatan dilakukan dengan menggunakan parameter

ChemPLP dan terindentifikasi setidaknya tiga mode ikatan genistein pada

REα

.

Kata kunci: Kanker payudara, genistein,

REα

,

in silico screening

,

ABSTRACT

Breast cancer is the most frequent cancer worldwide and cover 16% of

total cancer incidence on woman. Two out of three breast cancer prevalence are

caused by estrogen receptor alpha (ERα) overexpression. Genistein, one of pyhto

-estrogen is known for its ability to interact with some proteins, one of which is

ERα.

Screening genistein as ligand for ERα was

mainly completed using

PLANTS1.2 and

Python-based protein-ligand interaction fingerprinting

(PyPLIF)

software. The results were visualized to examine how genistein interact with

binding pocket of ERα using

PyMOL1.2 software.

Statistically, the result shown that the protocol developed by Radifar

et al.

(2013) could

not recognize genistein as ligand for ERα and could not reproduce

co-crystal binding mode. Therefore, the protocol could not be used to elucidate

genistein binding mode. To elucidate genistein binding mode, ChemPLP

parameter was used and at least three genistein binding mode were found.

Keywords:

Breast cancer, genistein, ERα, in silico

screening, molecular

docking, PLANTS1.2, PyPLIF

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER

GENISTEIN PADA RESEPTOR ESTROGEN ALFA

SKRIPSI

Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat

Memperoleh Gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.)

Program Studi Ilmu Farmasi

Oleh:

Ricardo Kenny Chandra

NIM: 108114186

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS SANATA DHARMA

YOGYAKARTA

Persetujuan Pembimbing

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER GENISTEIN

PADA ESTROGEN RESEPTOR

ALFA

Skripsi

yang diajukan

oleh

:

Ricardo

Kenny

Chandra

NIM

:

108114186

Telah

disetujui oleh

:

Istyastono, Ph.D., Apt tanggal2l Februai2014

Pembimbing

Pendamping

Agustina

Setiawati,

M.Sc., Apt.

tanggal21

Februari2014

Pengesahan

Skripsi Berjudul

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER

GENISTEIN

PADA RESEPTOR ESTROGEN

ALFA

Oleh:

Ricardo

Kenny

Chandra

NIM:

108114186

Dipertahankan

di

Hadapan Panitia

Penguji Skripsi

Fakultas Farmasi

Universitas

Sanata

Dharma

Pada

tanggaL

2A

Februari 2014

Mengetahui,

Fakultas Farmasi

Universitas

Sanata

Dharma

Panitia

Penguj

i

Skripsi

1.

Enade Perdana

Istyastono, Ph.D.,

Apt.

2.

Agustina

Setiawati,

M.Sc., Apt.

3.

Jeffry

Julianus,

M.Si.

4.

Nunung Yuniarti, M.Si.,

Ph.D.,

Apt.

111

,-(

Ipang

Djunarko, M.Sc., Apt.

A

$

iv

Halaman Persembahan

“

No one saves us but ourselves. No one can and no one may.

We ourselves must walk the path.

”

- Gautama Buddha.

“It is better to conquer yourself

than to win a thousand

battles. Then the victory is yours.

It cannot be taken from you, not by angels or by demons,

heaven or hell.” –

Gautama Buddha.

“I think that the power is the principle.

The principle of moving forward, as though you have the

confidence to move forward,

eventually gives you confidence when you look back and see what

you've done.” –

Robert Downey Jr.

Karya kecilku ini kupersembahkan untuk:

Buddha, Dhamma, dan Sangha yang telah mengajarkanku jalan

kehidupan

Papa dan Mama yang senantiasa memberikanku semangat, kasih

sayang, dan dukungan

Bapak/Ibu dosen dan staff pengajar Fakultas Farmasi USD

Sahabat-sahabatku tersayang

Serta

PERNYATAAN

KEASLIAN KARYA

Sl,r,a ,,',",'tratakrn denuan

scsr-rnggulrnya

bahu,a

skripsi

yang

berjuclLrl

"Sinrr-rlasi

_{Pcnanrbatan N,lolel<ulcr}

_Cenistein

_Pada

_{Reseptor Estroqcn}

_i\lfa".

_tidak

rrcnlllili

ltltrva

atau

ttagian

kan,a orang

lair-i.

kccuali

vaug telah

ciisebutkarr clalan-r

kr-rtipan clan

clalirr

pirstaka. scbagaintana la1,rkn1,a

karya ilmiah.

Apabila

tli

kcnrLrclian

hari

clitemr-rkan

indikasi

plagiarisnre dalanr

naskah

ini.

nraka

str-va

berscclia

rlcnanggung

segala

sanksi

sesuai

pcraturan

perunclang-r-rnclangan yan g

bcrlirku.

Yogyakarta,

21

Februari 2014

Penulis

d-\

LEMBAR PERNYATAAN

PERSETUJUAN

PUBLIKASI

ILMIAH

UNTUK KEPENTINGAN AKADENIIS

Yang

bcrtanda tansan

cli balr,ah

ini.

saya nrahasisu,a L-lniversitas Sanala

Dhanra:

Nanra :

Ricariio

Kenn1, Ciranclra

Nomol

t\{ahasisrva

: I

081 l,+ I 86

Dcrr-ri

pengembangan

ihru

perigetahuan,

saya

mernberikan

kepacla Perpustiikaan

Unir,.crsitas

Sanata

Dharma

karya

ilrriah

saya

yang

berjuclul:"Sinrulasi

Penamb:rtan

hlolekuler

Genistein

pada

Rcseptor Estrogen

Alla"

bcsertir

pelangkat

_1,.ang

cliperlukan

(bila

acia).

Dcngan

dernikian

sitl'a

n-iernberikan kcpacla

perpr-rstakaan

Unil,ersitas

Sanata

Dhama

hak

untuk

r-r-rcnyirnpan.

rrengalihkan

clalanr

bentuk

meclia lain.

rrcngclolanl,a

claianr

benturk

pan-91<alan

clatu-n-renclistribr"rsikan secara

tcrtratas,

clan mer-r-ipr-rblikasikarrnl'a

di irrternet atau

nrcclia

lain

untuk

kepentingan

akaden-ris

tiurpit perlu

mcn-tinta

t.1in

dari

sa1,a

lrauplur

irernberikan

rq,alty

kepada

saya

selana

tetap mencantumkan nama

saya seba-{ai peu iri is.

Demikian

pcmyataan

ini

yang

saya

buat

densan sebcnalnya.

Dibuat

di

Yogyakarta

Pada

tanggal: 21 Februari

201,1

Yang

menyatakan

4-vi

(Ri carcl

o

I(enny

Chanc'h'a)

vii

PRAKATA

Puji syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas rahmat

dan karunia-Nya yang diberikan sehingga penyusunan skripsi yang berjudul

“

SIMULASI

PENAMBATAN

MOLEKULER

GENISTEIN

PADA

RESEPTOR ESTROGEN ALFA

” dapat dilaksanakan dengan baik. Skripsi ini

disusun sebagai salah satu syarat untuk meraih gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.) di

Fakultas Farmasi, Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta.

Selama proses penelitian dan penyusunan skripsi ini, penulis mendapatkan

banyak bantuan dan dukungan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, penulis

mengucapkan terima kasih kepada:

1.

Ipang Djunarko, M.Sc., Apt., selaku Dekan Fakultas Farmasi Universitas

Sanata Dharma.

2.

C.M. Ratna Rini Nastiti, M.Pharm., Apt., selaku Ketua Program Studi

Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta.

3.

Enade Perdana Istyastono, Ph.D., Apt., selaku dosen pembimbing yang

telah memberikan bimbingan, masukan serta pengarahan dalam penelitian

dan penyusunan skripsi ini.

4.

Agustina Setiawati, M.Sc., Apt., selaku dosen pembimbing yang telah

memberikan bimbingan serta pengarahan dalam penelitian dan

penyusunan skripsi ini.

5.

Jeffry Julianus, M.Si., sebagai dosen penguji yang telah memberikan kritik

dan saran yang membangun selama proses pembuatan skripsi.

viii

6.

Nunung Yuniarti, M.Si., Ph.D., Apt., sebagai dosen penguji yang telah

memberikan kritik dan saran yang membangun selama proses pembuatan

skripsi.

7.

Muhammad Radifar, S.Farm., yang telah memberikan pengarahan dan

bimbingan kepada peneliti selama penyusunan skripsi.

8.

Mas Ottok selaku laboran Laboratorium Teknologi Farmasetik Fakultas

Farmasi Universitas Sanata Dharma yang senantiasa menemani dan

memberikan fasilitas selama proses pelaksanaan penelitian di

laboratorium.

9.

Papa dan mama tersayang yang telah memberikan dukungan, semangat

dan dorongan kepada penulis selama proses penyusunan skripsi.

10.

Astuti Malyawati Soesanto dan Chandra Dewa Nata, teman seperjuangan

yang telah bersama-sama berjuang untuk menyelesaikan penelitian.

11.

Rosiana Cahyono, atas kesabaran, pengertian, doa, dukungan, dan

semangat yang selalu diberikan kepada penulis selama proses penelitian

dan penyusunan skripsi ini.

12.

Sahabatku Hendy, Tora, Suryo, Tian, Christian, Aji, Djanuar, Archie,

Hans, Thomas, Angga, Lili dan Reza terima kasih atas kebersamaan serta

canda tawa selama pengerjaan skripsi ini

13.

Teman-teman FST B 2010 atas kebersamaan, canda tawa, dan pengalaman

berharga untuk penulis selama menjalani kuliah di Fakultas Farmasi

Universitas Sanata Dharma.

14.

Semua

pihak yang

tidak

dapat

penulis

sebutkan satu

per

satu

yang

telah

membantu dalam

proses

penyusunan

skripsi ini.

Akhir

kata,

penulis

menyadari bahwa masih

banyak kekurangan

dalam

penyusunan

skripsi

ini

mengingat keterbatasan kemampuan

dan pengetahuan

penulis.

Oleh karena

itu,

penulis mengharapkan kritik

dan saran

yang membangun

dari

semua

pihak.

Semoga

skripsi

ini

dapat

memberikan manfaat bagi

pembaca.

Penulis

l)

Li

Ricardo

Kenny

Chandra

x

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL...

HALAMAN PERSETUJUAN PEMBIMBING...

HALAMAN PENGESAHAN...

HALAMAN PERSEMBAHAN...

PERNYATAAN KEASLIAN KARYA...

LEMBAR PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA

ILMIAH UNTUK KEPENTINGAN AKADEMIS...

PRAKATA...

DAFTAR ISI...

DAFTAR TABEL...

DAFTAR GAMBAR...

DAFTAR LAMPIRAN...

DAFTAR SINGKATAN KATA...

INTISARI...

ABSTRACT...

BAB I. PENGANTAR...

A.

Latar Belakang...

1.

Permasalahan...

2.

Keaslian Penelitian...

3.

Manfaat Penelitian...

B.

Tujuan Penelitian...

i

ii

iii

iv

v

vi

vii

x

xiii

xiv

xv

xvi

xvii

xviii

1

1

2

2

3

4

xi

1.

Tujuan Umum...

2.

Tujuan Khusus...

BAB II. PENELAAHAN PUSTAKA...

A.

Kanker Payudara ...

B.

Reseptor Estrogen...

C.

Genistein...

D.

Penapisan Virtual...

E.

Interaction Fingerprint

……….

...

F.

PyPLIF………

...

G.

Landasan Teori……

...

H.

Hipotesis

……….

BAB III. METODE PENELITIAN...

A.

Jenis dan Rancangan Penelitian...

B.

Variabel Penelitian………...

...

C.

Definisi Operasional...

D.

Bahan dan Alat Penelitian...

E.

Tata Cara Penelitian...

1.

Pengunduhan

co-crystal

RE

α...

..

2.

Pengunduhan struktur genistein...

3.

Simulasi penambatan...

a.

Uji efektivitas genistein...

b.

Elusidasi pose ikatan………..

...

F.

Tata Cara Analisis Hasil...

4

4

5

5

6

9

10

12

13

14

15

16

16

16

16

17

18

18

18

18

18

18

20

xii

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN...

A.

Uji efektivitas genistein.…

...

B.

Elusidasi pose ikatan...

BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN...

A.

Kesimpulan...

B.

Saran...

DAFTAR PUSTAKA...

LAMPIRAN...

BIOGRAFI PENULIS...

21

22

24

66

66

66

67

70

80

xiii

DAFTAR TABEL

Tabel I.

Tabel II.

Tabel III.

Tabel IV.

Tabel V.

Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF

filter

…..

...

Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF tanpa

filtrasi...

Nilai RMSD penambatan kembali OHT ChemPLP

filter

…….

Nilai RMSD penambatan kembali OHT ChemPLP tanpa

filtrasi………...

Konfigurasi pose representatif dari tiap kelompok………

25

34

43

52

62

xiv

DAFTAR GAMBAR

Gambar 1.

Gambar 2.

Gambar 3.

Gambar 4.

Gambar 5.

Gambar 6.

Gambar 7.

Gambar 8.

Gambar 9.

Proses perkembangan kanker...

Perbandingan struktur 17β

-estradiol (A) dengan genistein (B...

Flowchart

pengambilan keputusan penelitian...

Histogram sebaran nilai Tc-PLIF genistein...

Histogram sebaran nilai RMSD genistein...

Plot

kelompok RMSD genistein...

Visualisasi mode ikatan representatif genistein (B, C, D) dan

senyawa standar OHT (A) pada RE

α

...

Perbandingan mode ikatan representatif kelompok 1 (ungu)

dengan

representatif kelompok 2 (hijau)………

..

Struktur senyawa modifikasi genistein (A), Ruang berikatan

untuk senyawa modifikasi genistein (B)

………...

..

5

9

19

23

61

62

63

64

65

xv

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1.

Lampiran 2.

Lampiran 3.

Lampiran 4.

Lampiran 5.

Lampiran 6.

Lampiran 7.

Lampiran 8.

Lampiran 9.

Hasil Analisa Statistik dengan R 3.0.1...

Script

yang digunakan untuk menambatkan genistein pada

RE

α

...

Script

yang digunakan untuk filtrasi nilai Tc-PLIF

filter

terbaik

……….

Script

yang digunakan untuk menambatkan kembali OHT

pada RE

α………

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT

Tc-PLIF

filter

……….

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT

Tc-PLIF tanpa filtrasi

……….

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT

ChemPLP

filter

………..

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT

ChemPLP tanpa filtrasi

………..

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD

genistein ChemPLP

filter

………...

71

72

73

74

75

76

77

78

xvi

DAFTAR SINGKATAN KATA

ABC

AF

AP-1

ChemPLP

DBD

EF

RE

α

RE

β

ERE

IFP

LBD

PDB

PLANTS

PVBS

PyPLIF

RMSD

Tc

Tc-PLIF

WHO

ATP-Binding Cassette

Activation Function

Transcription Factor Activator Protein-1

Chemical Piecewise Linear Potential

DNA Binding Domain

Enrichment Factor

Reseptor Estrogen Alfa

Reseptor Estrogen Beta

Estrogen Response Element

Interaction Fingerprint

Ligand Binding Domain

Protein Data Bank

Protein-Ligand Ants System

Penapisan Virtual Berbasis Struktur

Python-Based Protein-Ligand Interaction Fingerprinting

Root Mean Square Distance

Tanimoto Coefficient

Tanimoto Coefficient Protein-Ligand Interaction Fingerprinting

World Health Organization

xvii

INTISARI

Kanker payudara merupakan jenis kanker yang paling sering ditemui di

seluruh dunia dan mencakup 16% dari seluruh kejadian kanker pada wanita. Dua

dari tiga prevalensi kanker payudara yang terjadi disebabkan adanya

over

-ekspresi

reseptor estrogen alfa (RE

α

). Genistein, salah satu senyawa fito-esterogen

diketahui dapat berinteraksi dengan beberapa protein dalam tubuh, salah satunya

adalah

REα

.

Pada penelitian ini, dilakukan penapisan genistein sebagai ligan untuk

REα

dengan menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 dan

Python-based

protein-ligand interaction fingerprinting

(PyPLIF). Hasil yang didapatkan,

divisualisasikan untuk mengetahui bagaimana genistein berinteraksi di dalam

kantung ikatan

REα

menggunakan

perangkat lunak PyMOL1.2.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa secara statistik protokol yang

dikembangkan oleh Radifar

et al.

(2013) tidak dapat mengenali genistein sebagai

ligan

REα

dan tidak dapat digunakan untuk elusidasi mode ikatan genistein

karena tidak mampu mereproduksikan mode ikatan ligan

co-crystal

yang

digunakan. Elusidasi mode ikatan dilakukan dengan menggunakan parameter

ChemPLP dan terindentifikasi setidaknya tiga mode ikatan genistein pada

REα

.

Kata kunci: Kanker payudara, genistein,

REα

,

in silico screening

,

xviii

ABSTRACT

Breast cancer is the most frequent cancer worldwide and cover 16% of

total cancer incidence on woman. Two out of three breast cancer prevalence are

caused by estrogen receptor alpha (ERα) overexpression. Genistein, one of pyhto

-estrogen is known for its ability to interact with some proteins, one of which is

ERα.

Screening genistein as ligand for ERα was

mainly completed using

PLANTS1.2 and

Python-based protein-ligand interaction fingerprinting

(PyPLIF)

software. The results were visualized to examine how genistein interact with

binding pocket of ERα using

PyMOL1.2 software.

Statistically, the result shown that the protocol developed by Radifar

et al.

(2013) could

not recognize genistein as ligand for ERα and could not reproduce

co-crystal binding mode. Therefore, the protocol could not be used to elucidate

genistein binding mode. To elucidate genistein binding mode, ChemPLP

parameter was used and at least three genistein binding mode were found.

Keywords:

Breast cancer, genistein, ERα, in silico screening, molecular

docking, PLANTS1.2, PyPLIF

1

BAB I

PENGANTAR

A.

Latar Belakang

Kanker merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh pertumbuhan sel

abnormal yang membelah secara terus-menerus (Ramirez, 2007).

World Health

Organization

(WHO) melaporkan bahwa lebih dari 508.000 orang wanita di dunia

meninggal akibat kanker payudara pada tahun 2011 serta angka kejadian kanker

payudara di sebagian besar negara berkembang mencapai 40 orang penderita

untuk tiap 100.000 orang wanita tiap tahunnya (Anonim, 2013).

Menurut Herynk, Selever, Thirugnanasampanthan, Cui, dan Fuqua

(2009),

REα

diketahui berperan penting dalam terjadinya kanker payudara, karena

dua dari tiga prevalensi kanker payudara disebabkan oleh adanya

over-

ekspresi

REα

yang memicu tumbuhnya kanker. Terapi yang banyak digunakan untuk

mengobati kanker adalah kemoterapi, namun kemoterapi mempunyai kekurangan

berupa efek samping yang dapat menurunkan kualitas hidup seseorang secara

signifikan (Hwang, Chang, dan Park, 2013). Oleh karena itu, perlu dikembangkan

suatu senyawa alam yang berpotensi dalam menghambat aktivitas

REα

dan

memiliki efek samping yang lebih ringan.

Genistein merupakan isoflavon (4’,5,7

-trihidroksiisoflavon) yang banyak

ditemukan pada daun tanaman subteranian (

Trifolium subterraneum

L. var.

berinteraksi dengan beberapa target biokimia dalam sel tubuh, yaitu protein tirosin

kinase, topoisomerase II, reseptor estrogen, transport ATP-

binding

cassette

(ABC), dan protein-protein lainnya (Polkowski dan Mazurek, 2000). Secara

in

vitro,

genistein telah diketahui aktivitasnya dalam menghambat

REα

pada sel

kanker payudara (Gilani dan Anderson, 2002), namun belum banyak dilakukan

penelitian mengenai aktivitas genistein pada

REα

secara

in silico

.

Uji

in silico

mengenai aktivitas

REα

didasarkan pada metode

penambatan Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS). Dalam penelitian ini,

dilakukan

interaction

fingerprint

(IFP) untuk memilih jenis ikatan antara ligan

dan asam amino yang tepat dan dapat digunakan sebagai

anchor

dalam

menentukan ligan yang dapat berikatan dengan molekul target. Pada penelitian ini

program IFP yang digunakan adalah PyPLIF yang dikembangkan oleh Radifar,

Yuniarti, dan Istyastono pada tahun 2013.

1.

Permasalahan

1.

Apakah genistein merupakan ligan bagi

REα

secara

in silico

menurut

protokol penapisan yang dikembangkan oleh Radifar

et al

. (2013) ?

2.

Bagaimanakah pose genistein di dalam kantung ikatan

REα

?

2.

Keaslian Penelitian

Sejauh pengetahuan

peneliti, penelitian mengenai “

Simulasi Penambatan

Molekuler Genistein Pada Reseptor Estrogen Alfa

” belum pernah dilakukan.

Adapun jurnal terkait a

ntara lain “Structure

-based design of eugenol analogs

as potential estrogen receptor antagonist

”

oleh Yulia Anita, Muhammad

Radifar, Leonardus BS Kardono, Muhammad Hanafi, Enade P. Istyastono

pada tahun 2012 dan

“

In silico

Screening and Binding Mode Analysis of

Celecoxib as a Ligand for Estrogen Receptor Alpha

” oleh Florenti

nus Dika

Octa Riswanto, Agustina Setiawati, Sri Hartati Yuliani, Enade Perdana

Istyastono pada tahun 2013.

3.

Manfaat Penelitian

a.

Manfaat teoretis

Hasil penelitian diharapkan memberikan tambahan informasi mengenai

ikatan genistein terhadap

REα

sehingga dapat menjadi acuan dalam

pengembangan antagonis

REα

.

b.

Manfaat praktis

Penelitian ini diharapkan dapat menjadi salah satu pilihan obat untuk

mengatasi kanker payudara yang berasal dari bahan alam.

c.

Manfaat metodologis

Diharapkan pada penelitian ini didapatkan pose genistein di dalam

kantung ikatan

REα

.

B.

Tujuan Penelitian

1.

Tujuan umum

Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi senyawa alami yang

dapat menjadi ligan bagi

REα

.

2.

Tujuan khusus

Tujuan khusus dari penelitian ini antara lain:

a.

Mengetahui dan menguji apakah protokol penapisan

in silico

yang

dikembangkan oleh Radifar

et al.

(2013) mampu mengenali genistein

sebagai ligan pada

REα

.

b.

Mengetahui pada tingkat atomik pose genistein di dalam kantung ikatan

5

BAB II

PENELAAHAN PUSTAKA

A.

Kanker Payudara

Kanker merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh pertumbuhan sel

abnormal yang membelah secara terus-menerus (Ramirez, 2007). Kanker

payudara merupakan jenis kanker yang paling umum pada wanita di negara maju

dan berkembang.

World Health Organization

(WHO) melaporkan bahwa lebih

dari 508.000 orang wanita di dunia meninggal akibat kanker payudara pada tahun

2011 serta angka kejadian kanker payudara di sebagian besar negara berkembang

mencapai 40 orang penderita untuk tiap 100.000 orang wanita per tahunnya

(Anonim, 2013).

Sama seperti kanker pada umumnya, proses pertumbuhan kanker payudara

dapat dibagi menjadi tiga tahapan, yaitu inisiasi, promosi, dan progresi (Gambar

1). Tahap inisiasi merupakan tahap mutasi pada satu atau lebih gen pada sel yang

berperan penting dalam mengatur proliferasi sel dan bersifat tidak terbalikkan

(Ramirez, 2007). Ketika sel telah termutasi oleh agen inisiasi, sel tersebut rentan

terhadap agen promosi (tahap promosi). Agen promosi dapat meningkatkan

kecepatan proliferasi sel sehingga jumlah sel yang termutasi meningkat dalam

jaringan. Tahap progresi merupakan kelanjutan dari promosi, namun pertumbuhan

sel kanker tidak lagi bergantung pada paparan agen promosi. Pada tahap tersebut,

sel kanker dapat tumbuh secara mandiri dan bersifat invasif melalui metastasis ke

seluruh tubuh (Braun dan Anderson, 2007).

Umumnya, pada tahap awal terjadinya kanker payudara ditemukan adanya

overekspresi

REα

.

REα

yang berikatan dengan estrogen menyebabkan adanya

stimulasi pembelahan sel dan pertumbuhan tumor (Allred, Brown, dan Medina,

2004). Mekanisme estrogen dalam menstimulasi proliferasi sel kanker payudara

dapat disebabkan karena genotoksisitas dari estrogen. Induksi dari gen faktor

pemicu pertumbuhan yang berada di stroma dan sel epitel juga dapat

menyebabkan proliferasi (Ramirez, 2007).

B.

Reseptor Estrogen

Aksi estrogen dalam menstimulasi pertumbuhan kanker payudara

dimediasi oleh 2 reseptor, yaitu RE

α

dan reseptor estrogen beta (RE

β)

.

REα

dan

transkripsi. Aktivasi transkripsi oleh

REα

diperantarai setidaknya dengan 2

activation function

(AF) yang berbeda, yaitu: AF-1 pada ujung rantai N dan AF-2

yang terletak pada

Ligand Binding Domain

(LBD) (Kushner

et al

., 2000).

Aktivitas AF-1 diatur oleh faktor pertumbuhan melalui jalur MAP kinase,

sedangkan AF-2 diaktivasi oleh ikatan dengan ligan agonis. DNA

Binding

Domain

(DBD) pada

REα

berfungsi untuk berikatan dengan

Estrogen Response

Element

(ERE) pada DNA untuk menginduksi terjadinya transkripsi (Hewitt dan

Korach, 2002).

Mekanisme stimulasi transkripsi oleh

REα

diawali dengan terjadinya

ikatan antara ligan agonis dengan LBD.

REα

yang telah teraktivasi akan

membentuk

homodimer

dan masuk ke dalam nukleus untuk berikatan dengan

ERE dan merekrut

co-activator

transkripsi (Hewitt dan Korach, 2002). Ikatan

antara

REα

dengan

co-activator

dipengaruhi oleh jenis ligan (agonis atau

antagonis) yang berikatan pada LBD. Ikatan dengan ligan agonis akan

mengakibatkan perubahan konformasi pada heliks 12 dan membentuk motif

LXXLL (L sebagai Leusin, X sebagai asam amino apapun) atau biasa disebut NR

box

,

yang dapat dikenali oleh

co-activator

sebagai tempat berikatannya dengan

REα

. Ikatan dengan ligan antagonis akan mengakibatkan heliks 12 untuk menutup

NR

box

, sehingga

co-activator

tidak dapat membentuk kompleks dengan

REα

(Shiau

et al

., 1998). Setelah

dimer

REα

membentuk kompleks dengan

co-activator

, kompleks tersebut

akan berikatan dengan ERE pada gen target dan

Peningkatan jumlah

REα

pada epitel payudara meningkatkan resiko

terkena kanker payudara (Ali dan Coombes, 2000). Dua dari tiga prevalensi

kanker payudara disebabkan oleh adanya ekspresi

REα

yang memicu tumbuhnya

tumor (Herynk

et al.

, 2009). Estrogen yang mengikat pada

REα

mengaktivasi

jalur

signaling

yang mengakibatkan proliferasi seluler dan diferensiasi pada

jaringan normal mamalia. Namun demikian, penyimpangan aktivasi

REα

menyebabkan proliferasi sel yang tidak terkontrol dan menyebabkan terjadinya

kanker payudara (Li, Meeran, Patel, Chen, Hardy, dan Tollefsbol, 2013).

Di sisi lain, estradiol juga dapat berikatan dengan

REβ

walaupun dengan

afinitas 50% lebih kecil dibandingkan dengan afinitasnya terhadap

REα

(Omoto,

Eguchi, Yamaguchi, dan Hayashi, 2003). Secara

in vitro

,

REβ

diketahui memiliki

aktivitas dalam menghambat transkripsi yang diinduksi oleh

REα

pada sel kanker

payudara (Hayashi

et al.

, 2003).

REβ

diketahui mempunyai beberapa varian

isoform

, dua di antaranya adalah

REβ

1 dan

REβcx/β2 (Omoto

et al

., 2003).

Kedua

isoform

tersebut, menghambat transkripsi yang diinduksi oleh

REα

dengan

mekanisme yang berbeda, yaitu:

REβ

1 berkompetisi dengan

REα

untuk berikatan

dengan ERE pada target gen dan dapat membentuk

homodimer

atau

heterodimer

dengan

REα

, sedangkan

REβ

cx menginhibisi ikatan antara

REα

dengan ERE

melalui mekanisme yang belum diketahui (Hayashi

et al

., 2003). Ikatan antara

homodimer

REα

pada ERE menghasilkan stimulasi transkripsi yang lebih besar

dibandingkan ikatan ERE dengan

homodimer

atau

heterodimer

REβ

1 (Omoto

et

al.

, 2003). Penghambatan

REβ

1 dan

REβ

cx terhadap fungsi proliferasi

REα

C.

Genistein

Genistein merupakan isoflavon (4’,5,7

-trihidroksiisoflavon) yang banyak

ditemukan pada daun tanaman subteranian (

Trifolium subterraneum

L. var.

Dwalganup) dan kacang kedelai (

Glycine max

) (Mariane, 2011). Kacang kedelai

mengandung kurang lebih 0,1% genistin (konjugat glikosidik dari genistein) yang

akan dimetabolisme oleh bakteri dan enzim di dalam saluran pencernaan menjadi

genistein (Pomfrey, 2005).

Genistein memiliki struktur

yang mirip dengan 17β

-estradiol (varian

estrogen endogen yang memiliki afinitas terbesar dengan

REα

) terutama pada

gugus hidroksi yang terletak pada kedua sisinya (Gambar 2). Genistein

mempunyai sifat antioksidan dan antikanker dengan mengurangi kadar

reactive

oxygen species

, dan juga menginduksi ekspresi enzim antioksidan seperti

superoxide dismutase

dan

catalase

(Park

et al

., 2010) serta memodulasi gen yang

meregulasi siklus sel dan apoptosis (Sarkar dan Li, 2002). Genistein diketahui

dapat berinteraksi dengan beberapa target biokimia dalam sel tubuh, yaitu protein

tirosin kinase, topoisomerase II, reseptor estrogen, transport ABC, dan

protein-protein lainnya (Polkowski dan Mazurek, 2000).

Efek protektif terhadap kanker dari senyawa isoflavonoid diperkirakan

terjadi melalui beberapa mekanisme, yaitu penghancuran radikal bebas,

modifikasi enzim yang dapat mendetoksifikasi karsinogen, dan inhibisi terjadinya

induksi

transcription factor activator protein

-1 (AP-1) oleh tumor (Shih,

Pickwell, dan Quattrochi, 2002). Menurut Pomfrey (2005), mekanisme

antikarsinogenik genistein yang berhubungan dengan

REα

antara lain: kompetisi

dengan estrogen endogen karena ikatan antara genistein dengan

REα

menghasilkan aktifitas estrogenik yang lemah (1.000-100.000 kali lebih lemah

dari

17β

-estradiol), inhibisi fosforilasi protein tirosin kinase dari reseptor, dan

mengurangi regulasi ekspresi

REα

.

D.

Penapisan Virtual

Penapisan Virtual Berbasis Struktur

(PVBS) merupakan analog komputasi

dari

High Throughput Screening

dan mengacu pada evaluasi sifat-sifat senyawa

secara

in silico

seperti aktivitas dari beberapa penyusun molekul yang berbeda

(Melagraki dan Afantitis, 2011). Penapisan virtual banyak digunakan sebagai

metode untuk penemuan obat baru dengan tujuan utama yaitu mengidentifikasi

suatu senyawa kimia baru yang mempunyai probabilitas tinggi untuk berikatan

pada protein target dan menghasilkan respon biologis yang diinginkan (Ghosh,

Nie, An, dan Huang, 2006).

PVBS membutuhkan struktur dari molekul target dan referensi senyawa.

Setiap senyawa referensi ditambatkan secara virtual pada molekul target melalui

suatu perangkat lunak penambatan yang memodelkan interaksi ligan dengan

target secara komputasi untuk mendapatkan sifat fisika kimia yang optimal. Suatu

algoritma matematis yang disebut dengan

scoring function

kemudian digunakan

untuk mengevaluasi kecocokan antara senyawa yang ditambatkan dan molekul

target.

Scoring function

merupakan pendekatan secara matematika yang

digunakan untuk memprediksi kekuatan interaksi non-kovalen pada proses

penambatan. Tahap selanjutnya adalah menyeleksi dan mengurutkan senyawa

berdasarkan

binding score

dan/atau kriteria lainnya (Cheng, Li, Zhou, Wang, dan

Bryant, 2012). ChemPLP merupakan

scoring function

yang menilai interaksi yang

ada berdasarkan gaya tarik-menarik dan tolak-menolak antara protein dan ligan

(Korb, Stützle, dan Exner, 2006). Kelemahan dari

scoring function

konvensional

(termasuk ChemPLP) adalah tidak mampu membedakan antara pose yang relevan

dengan pose yang tidak relevan, terutama untuk senyawa dengan berat molekul

yang kecil seperti fragmen (Marcou dan Rognan, 2006).

Validasi internal digunakan untuk memeriksa apakah simulasi penambatan

yang digunakan protokol PVBS dapat menghasilkan ulang pose dari ligan

co-crystal

dengan cara menambatkan kembali ligan pada molekul target

berulang-ulang. Parameter yang digunakan pada validasi internal adalah nilai RMSD (

Root

Mean Square Distance

) antara atom besar dari pose penambatan dan pose struktur

kristal. Nilai RMSD yang dianggap

acceptable

adalah kurang dari 2,0 Å (Marcou

dan Rognan, 2006). Validasi retrospektif bertujuan untuk mengetahui apakah

protokol PVBS yang digunakan dapat membedakan antara ligan positif dengan

decoy

. Parameter yang digunakan pada validasi retrospektif adalah

Enrichment

Factor

(EF). Semakin besar nilai EF menunjukkan protokol PVBS yang

Menurut penelitian yang dilakukan oleh Anita

et al

. (2012), protokol

PVBS yang digunakan dapat menjadi alat yang valid untuk menapiskan ligan aktif

pada

REα

secara virtual dan diketahui bahwa molekul air yang terdapat pada

pocket

REα

(PDB code: 3ERT) mempunyai peran penting dalam meningkatkan

kualitas dari protokol PVBS.

E.

Interaction Fingerprint

Aspek utama dari

interaction

fingerprint

(IFP) adalah pemilihan jenis

ikatan antara ligan dan asam amino yang tepat dan dapat digunakan sebagai

anchor

dalam menentukan ligan yang dapat berikatan dengan molekul target.

Informasi yang didapat, ditampilkan dalam bentuk data yang dapat dengan mudah

dimengerti dan diproses dengan metode komputasi. Kelebihan utama dari metode

ini adalah kemampuannya untuk membandingkan data

fingerprint

dan

menghitung kesamaannya (antara senyawa yang diuji dengan senyawa reference)

dengan Tanimoto

coefficient

(Tc) yang dapat memfasilitasi pencarian kesamaan

secara cepat. Dalam penapisan virtual,

fingerprint

dapat digunakan untuk

menapiskan

database

untuk mengidentifikasi senyawa yang cocok dengan sifat

dari ligan bioaktif (Bielska, Lucas, Czerwoniec, Kasprzak, Kaminska, dan

Bujnicki, 2011).

Fingerprint

dapat diklasifikasikan sesuai dengan dimensinya, yaitu 1D,

2D, dan 3D.

Fingerprint

yang paling popular dan efisien adalah

fingerprint

2D.

Pada

fingerprint

2D, dihasilkan data dalam bentuk 2D, yaitu interaksi molekul

ada atau tidak adanya jenis interaksi tersebut antara ligan dengan molekul target

(Bielska

et al.

, 2011).

Salah satu kelemahan dari

software

IFP adalah menggunakan

software

berbayar atau pustaka berbayar. Oleh karena itu, pada tahun 2013 Radifar

et al.

mengembangkan suatu perangkat lunak

IFP yaitu PyPLIF yang menggunakan

OpenBabel

(sebuah pustaka

open source

) untuk menghasilkan perangkat lunak

IFP yang tak berbayar (Radifar

et al.

, 2013).

F.

PyPLIF

Python-based

protein-ligand

interaction

fingerprinting

(PyPLIF)

merupakan program/

script

yang digunakan untuk menganalisa interaksi protein

dengan ligan dari hasil penambatan molekuler. Menurut Marcou dan Rognan

(2006),

interaction fingerprinting

merupakan parameter yang lebih baik

dibandingkan dengan fungsi scoring berbasis energi dalam menentukan

kesuksesan penambatan. Salah satu kelebihan dari PyPLIF adalah program ini

berdasar pada

Open Babel Library

, sebuah pustaka

open source

yang menyajikan

peralatan IFP lengkap dan dapat diakses gratis oleh semua orang (Radifar

et al.

,

2013).

PyPLIF dapat menghasilkan IFP dengan mengubah interaksi molekuler

dari ligand-protein menjadi

bit array

berdasarkan pilihan residu dan tipe interaksi.

Setiap residu terdapat 7

bits

yang menggambarkan 7 tipe interaksi yaitu apolar

(

van der Waals), aromatic face to face

,

aromatic edge to face,

ikatan hidrogen

(protein sebagai pendonor ikatan hidrogen), ikatan hidrogen (protein sebagai

penerima ikatan hidrogen), interaksi elektrostatik (protein bermuatan positif),

interaksi elektrostatik (protein bermuatan negatif). Menurut Radifat

et al.

(2013),

dengan melakukan filtrasi pada pose yang berikatan hidrogen dengan Asp351,

kualitas protokol penapisan pada reseptor

REα

dapat ditingkatkan.

Bit arrays

dari pose penambatan dibandingkan dengan standar dan

diperiksa kesamaannya menggunakan Tanimoto

coefficient protein-ligand

interaction fingerprinting

(Tc-PLIF). Nilai Tc-PLIF berkisar antara 0,000 sampai

1,000, dengan nilai 0,000 menandakan bahwa tidak ada kemiripan, dan nilai 1,000

menandakan bahwa IFP pose penambatan antara ligan dengan standar identik.

Nilai Tc-PLIF untuk ligan aktif lebih besar sama dengan 0,600 (Marcou dan

Rognan,

2006).

G.

Landasan Teori

Kanker payudara merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh

pertumbuhan sel abnormal yang membelah secara terus menerus. Umumnya

penyebab terjadinya kanker payudara adalah adanya overekspresi

REα

pada epitel

payudara.

Salah satu senyawa alam yang telah terbukti baik secara

in vitro

maupun

in vivo

dapat bersifat sebagai antikanker yaitu genistein yang termasuk dalam

golongan isoflavon. Genistein diketahui dapat berinteraksi dengan beberapa target

biokimia dalam sel tubuh, seperti

REα

. Dengan menggunakan perangkat lunak

PyPLIF dan protokol yang telah divalidasi oleh Radifar

et al

. (2013) dilakukan

simulasi penambatan genistein pada

REα

dan mengidentifikasi pose ikatan antara

H.

Hipotesis

1.

Genistein merupakan ligan bagi

REα

secara

in silico

menurut protokol

penapisan yang dikembangkan Radifar

et al.

(2013).

16

BAB III

METODE PENELITIAN

A.

Jenis dan Rancangan Penelitian

Penelitian yang berjudul

“Simulasi Penambatan Moleku

ler Genistein

pada Reseptor Estrogen Alf

a”

termasuk penelitian komputasi eksperimental yang

terdapat intervensi terhadap variabel yang dilakukan dengan bantuan komputer.

B.

Variabel Penelitian

1.

Variabel Penelitian

a.

Variabel Utama

1)

Variabel bebas

: Protokol penambatan.

2)

Variabel tergantung : Nilai Tc-PLIF, ChemPLP dan pose genistein di

dalam kantung ikatan

REα

.

b.

Variabel Pengacau

1)

Variabel pengacau terkendali

a)

Spesifikasi perangkat keras komputasi dan versi perangkat lunak.

2)

Variabel pengacau tak terkendali

a)

Sifat algoritma penambatan molekuler yang stokastik.

C.

Definisi Operasional

1.

Protokol penelitian: Algoritma yang digunakan oleh Anita

et al.

(2012) dan

telah direvalidasi oleh Radifar

et al.

(2013).

2.

Pose genistein

: Pose genistein di dalam kantung ikatan

REα

yang dipilih

secara obyektif kuantitatif berdasarkan nilai Tc-PLIF

dan/atau ChemPLP.

3.

Filter

: Penyaringan pose ligan yang mempunyai interaksi

hidrogen dengan Asp351.

D.

Bahan dan Alat Penelitian

1.

Bahan yang digunakan dalam penelitian

a.

Protokol yang telah dikembangkan oleh Anita

et al

. (2012) dan

divalidasi kembali oleh Radifar

et al.

(2013).

b.

Struktur

co-crystal

dari

REα

(didapatkan dari PDB code: 3ERT)

c.

Struktur tiga dimensi genistein (didapatkan dari zinc.docking.org,

dengan kode: ZINC188253300)

d.

Docking Software

PLANTS 1.2 (Korb

et al

., 2006) PyPLIF (Radifar

et

al

., 2013) untuk menilai kembali pose penambatan,

Open Babel

sebagai

pustaka

fingerprinting

open access

, PyMOL1.2 (Lill dan Danielson,

2011) untuk menampilkan data, dan R 3.0.1. (R Development Core

Team, 2013) untuk analisa statistik.

2.

Alat atau Instrumen Penelitian

Server Laboratorium Virtual Fakultas Farmasi Universitas Sanata

Dharma (pharcomp.usd) HP Proliant ML110-67 dengan spesifikasi: CPU

intel Xeon

®

E31220 @3.10 GHz, RAM 8GB, dengan sistem operasi ubuntu

12.04, versi kernel 3.5.0-23-genetic. Visualisasi mode ikatan dilakukan

pada komputer dengan spesifikasi: CPU intel i3-2120 @3.30 GHz, RAM

4GB, dengan sistem operasi ubuntu 12.04 versi kernel 3.5.0-23-genetic.

E.

Tata Cara Penelitian

1.

Pengunduhan

co-crystal

REα

Pengunduhan dilakukan dari website PDB (www.rcsb.org) dengan

PDB code: 3ERT.

2.

Pengunduhan struktur genistein

Struktur genistein diunduh dari ZINC (zinc.docking.org) dengan

kode: ZINC188253300

3.

Simulasi penambatan

a.

Uji efektivitas genistein

Uji efektivitas genistein dilakukan menggunakan protokol yang

dikembangkan oleh Anita

et al.

(2012) dan validasi kembali oleh Radifar

et al.

(2013) dengan 1.000 kali pengulangan. Protokol menggunakan

PLANTS1.2 sebagai perangkat lunak simulasi penambatan dan PyPLIF

sebagai perangkat lunak IFP. Diambil nilai Tc-PLIF terbesar dari tiap

penambatan pada pose yang memiliki interaksi hidrogen dengan Asp351.

Jika nilai Tc-PLIF terbesar muncul lebih dari satu, maka diambil pose

dengan nilai ChemPLP yang lebih baik. Seluruh nilai Tc-PLIF dihitung

secara statistik dengan taraf kepercayaan 95% bahwa nilai Tc-PLIF tidak

kurang dari 0,600 dengan menggunakan perangkat lunak R 3.0.1.

b.

Elusidasi pose ikatan

Elusidasi pose ikatan genistein dengan

REα

dilakukan dengan

menggunakan protokol yang terpilih pada validasi internal. Validasi

internal dilakukan sesuai dengan prosedur pengambilan keputusan

(Gambar 3). Protokol yang terpilih, kemudian digunakan untuk

mendapatkan pose dengan nilai ChemPLP terbaik sebagai pembanding

untuk menghitung nilai RMSD dari setiap pose genistein dengan

REα

.

Nilai RMSD setiap pose, dikelompokkan dengan menggunakan metode

k-means clustering

pada perangkat lunak R 3.0.1. Pose pada nilai RMSD

median tiap kelompok dipilih sebagai pose representatif yang akan

divisualisasikan dengan perangkat lunak PyMOL1.2 untuk melihat mode

ikatan genistein di dalam kantung ikatan

REα

.

F.

Tata Cara Analisis Hasil

Data Tc-PLIF dianalisis dengan perangkat lunak R 3.0.1 menggunakan uji

Shapiro-wilk

untuk melihat distribusi data tiap kelompok. Jika didapatkan

distribusi data yang tidak normal maka dilanjutkan dengan

wilcoxon rank sum

test

. Apabila didapatkan distribusi data yang normal maka dilakukan uji variansi

untuk mengetahui variansi antar kelompok dan dilanjutkan dengan uji T untuk

mengetahui signifikansi antara data Tc-PLIF dengan nilai 0,600.

21

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

Salah satu tujuan pengembangan metode

in silico

adalah sebagai

pendekatan untuk menemukan obat baru, namun untuk melakukan pendekatan

secara

in silico

dibutuhkan protokol yang telah tervalidasi. Dengan tujuan untuk

mengelusidasi pose ikatan genistein dengan

REα

, penelitian ini menggunakan

pendekatan kimia medisinal komputasi berupa penapisan virtual dengan protokol

penapisan virtual yang dikembangkan oleh Anita

et al

. (2012) dan divalidasi

kembali oleh Radifar

et al

. (2013). Ligan yang akan ditambatkan pada

REα

adalah

genistein yang merupakan senyawa fitoestrogen yang telah diketahui aktif sebagai

antagonis

REα

secara

in vitro

maupun

in vivo

(Gilani dan Anderson, 2002),

sehingga penelitian ini juga dapat digunakan sebagai validasi prospektif dari

protokol penapisan virtual yang digunakan.

Senyawa genistein yang merupakan ligan pada penelitian ini ditambatkan

pada

REα

dengan menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 dengan luaran

berupa pose ikatan antara genistein dengan

REα

dan skor ChemPLP. Hasil

penambatan molekul dilakukan identifikasi IFP

dengan menggunakan perangkat

lunak PyPLIF serta dilakukan filtrasi pada pose ligan yang mempunyai ikatan

hidrogen dengan Asp351 (Radifar

et al.

, 2013), sehingga hanya diterima pose

yang memiliki ikatan hidrogen dengan Asp351. Selanjutnya dipilih pose dengan

nilai Tc-PLIF atau ChemPLP terbaik.

A.

Uji efektivitas genistein

Efektivitas genistein pada

REα

ditentukan berdasarkan nilai Tc-PLIF

yang merupakan kemiripan IFP antara ligan dengan standar. Standar yang

digunakan adalah 4-hidroksitamoksifen (OHT), metabolit aktif dari

tamoksifen yang memiliki afinitas 100 kali lipat lebih besar dari estradiol

untuk berikatan dengan

REα

(Berry, 2008). Jika genistein mempunyai IFP

yang mirip dengan OHT, maka genistein dapat dikatakan sebagai ligan yang

aktif pada

REα

. Nilai Tc-PLIF yang diterima adalah lebih besar atau sama

dengan 0,600 dari senyawa standar (Marcou dan Rognan, 2006).

Dari hasil penambatan yang dilakukan, didapatkan nilai Tc-PLIF

rata-rata yang sebesar 0,425±0,112 dan nilai median sebesar 0,458 dengan sebaran

nilai ditampilkan dalam bentuk histogram (Gambar 4). Uji

Shapiro-wilk

menunjukkan bahwa nilai Tc-PLIF yang didapatkan tidak terdistribusi normal

dengan variansi yang tidak homogen, sehingga dilakukan uji

Wilcoxon

untuk

mengetahui apakah nilai Tc-PLIF tidak lebih kecil dari 0,600 (Lampiran 1).

Secara statistik, dengan taraf kepercayaan 95%, nilai Tc-PLIF

genistein lebih kecil dari 0,600, menandakan bahwa genistein tidak aktif pada

REα

secara

in silico

. Hasil ini berlawanan dengan hasil uji secara

in vitro

dan

in vivo

yang mengatakan bahwa genistein aktif dalam menghambat

REα

(Gilani dan Anderson, 2002). Oleh karena itu, dapat disimpulkan menurut

protokol yang dikembangkan oleh Radifar

et al

. (2013) genistein bukan

Gambar 4. Histogram sebaran nilai Tc-PLIF genistein

Hal ini dapat disebabkan karena senyawa standar yang digunakan

terlalu poten, sehingga senyawa alam seperti genistein, tidak dapat dikenali.

Genistein mempunyai afinitas 100 kali lebih lemah dari estradiol untuk

berikatan dengan

REα

(Hopert, Beyer, Frank, Strunck, Wū

nsche, dan

Vollmer, 1998), sementara OHT memiliki afinitas yang 100 kali lebih besar

dari estradiol untuk berikatan dengan

REα

(Berry, 2008), sehingga genistein

membutuhkan konsentrasi setidaknya 10.000 kali lebih besar untuk

memberikan efek inhibisi yang sama dengan OHT terhadap

REα

. Oleh karena

itu, perlu dipertimbangkan untuk memilih senyawa standar baru yang

memiliki aktivitas dalam menghambat

REα

namun tidak bersifat terlalu poten,

sehingga senyawa alam yang terbukti aktif dapat dikenali oleh protokol.

B.

Elusidasi pose ikatan

Sebelum senyawa genistein ditambatkan pada

REα

, dilakukan validasi

internal untuk mengetahui apakah protokol yang digunakan dapat

menghasilkan kembali pose dari ligan

co-crystal

dengan parameter nilai

RMSD antara atom-atom besar pada pose penambatan dan pose struktur

crystal

. Protokol akan diterima apabila nilai RMSD yang dihasilkan kurang

dari 2,0 Å (Anita

et al

., 2012). Protokol yang dapat menghasilkan kembali

pose dari ligan

co-crystal

(95% dari nilai RMSD yang dihasilkan kurang dari

2,0 Å) akan digunakan untuk elusidasi pose ikatan genistein di dalam kantung

ikatan

REα

. Prosedur validasi internal dilakukan sesuai dengan

flowchart

prosedur pengambilan keputusan penelitian (Gambar 3).

Berdasarkan Tabel I dan II diketahui bahwa protokol dengan parameter

Tc-PLIF tidak dapat menghasilkan kembali pose

co-crystal

, karena nilai

RMSD yang lebih kecil dari 2,0 Å tidak mencapai 95%. Dengan

menggunakan parameter ChemPLP, 100% nilai RMSD yang dihasilkan lebih

kecil dari 2,0 Å untuk ketiga replikasi (Tabel III dan IV). Oleh karena itu,

parameter ChemPLP

filter

digunakan untuk menentukan pose ikatan genistein

Tabel I. Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF

filter

No Rep1 Rep2 Rep3

1 1,392 5,351 1,72 2 1,098 1,148 5,318 3 2,006 1,44 1,46 4 1,396 1,594 1,151 5 1,913 1,463 1,637 6 1,013 1,376 1,553 7 1,696 1,388 1,146 8 1,896 1,44 5,312 9 1,808 1,11 1,592 10 1,829 1,152 1,182 11 1,145 5,353 5,42 12 1,178 1,216 5,323 13 0,772 1,708 1,695 14 1,216 1,778 1,925 15 1,143 1,138 5,399 16 1,434 0,835 1,816 17 1,677 1,492 1,464 18 0,69 1,611 1,15 19 1,139 1,701 1,852 20 1,715 1,358 1,411 21 5,386 1,168 1,832 22 1,353 1,152 1,176 23 1,436 1,15 1,899 24 1,423 0,823 1,141 25 0,541 1,141 1,123 26 1,499 1,459 1,743 27 0,797 5,42 1,855 28 1,447 1,641 1,624 29 1,636 1,437 1,807 30 1,142 1,488 1,829 31 0,739 1,118 1,532 32 0,783 1,632 1,496 33 1,618 1,471 1,693 34 1,644 5,271 1,131 35 1,435 1,72 1,118 36 5,289 1,31 1,567 37 1,672 0,765 1,813

No Rep1 Rep2 Rep3

38 1,882 1,205 1,426 39 1,517 0,715 1,658 40 1,384 1,849 1,462 41 1,138 1,908 1,482 42 1,576 1,438 1,702 43 1,895 5,362 1,143 44 1,465 1,616 1,425 45 1,923 0,791 1,549 46 1,184 1,679 0,824 47 1,589 1,159 5,246 48 1,668 1,448 1,775 49 1,377 1,42 5,276 50 5,44 1,455 1,697 51 1,166 1,667 0,759 52 1,91 1,139 1,987 53 2,07 1,326 1,831 54 1,93 1,137 1,135 55 1,655 1,939 1,676 56 1,362 5,433 1,152 57 1,951 2,065 1,22 58 1,437 1,154 1,458 59 1,48 1,432 1,41 60 1,182 0,775 1,546 61 1,604 1,746 5,462 62 1,636 1,384 1,436 63 1,768 0,772 0,921 64 1,138 0,779 1,226 65 1,441 1,151 1,597 66 1,693 5,48 1,143 67 5,44 1,132 1,7 68 1,439 1,174 5,398 69 1,686 1,141 1,49 70 0,73 1,195 1,142 71 0,806 1,426 1,413 72 1,829 1,15 1,672 73 1,901 1,832 1,287 74 1,808 1,86 1,806

No Rep1 Rep2 Rep3

75 1,712 1,804 1,198 76 1,679 1,594 1,654 77 1,594 1,139 1,807 78 1,897 0,739 1,532 79 0,809 1,472 1,374 80 1,163 1,585 1,805 81 1,438 1,691 1,695 82 1,144 0,811 1,143 83 1,148 1,382 1,141 84 1,868 1,596 1,436 85 5,415 1,406 1,768 86 1,144 1,7 1,131 87 1,139 0,796 1,147 88 1,471 1,706 1,798 89 1,387 1,981 1,143 90 1,439 5,424 0,928 91 1,484 1,199 1,476 92 1,439 1,102 1,39 93 0,801 1,439 1,163 94 1,682 1,632 1,546 95 5,432 1,586 5,417 96 1,647 0,873 1,846 97 1,635 1,145 0,789 98 1,677 1,455 1,159 99 1,441 1,451 1,641 100 1,465 1,459 1,441 101 1,397 1,443 1,431 102 1,907 1,419 1,079 103 1,659 0,8 1,666 104 1,424 1,143 1,161 105 1,422 1,907 0,799 106 1,714 1,142 1,606 107 1,546 1,154 1,786 108 5,417 0,757 0,874 109 5,386 5,412 1,732 110 1,954 0,785 0,782 111 1,261 1,17 0,794

Tabel I. lanjutan

No Rep1 Rep2 Rep3

112 1,542 1,675 1,437 113 0,909 1,453 1,156 114 1,986 1,232 1,334 115 1,547 1,899 1,232 116 1,139 1,767 1,125 117 1,435 1,624 1,195 118 1,912 1,94 1,535 119 1,504 1,14 0,792 120 1,472 1,805 1,076 121 1,684 1,398 1,421 122 1,163 1,137 1,711 123 1,816 1,566 0,785 124 1,593 0,82 1,213 125 5,317 1,874 5,418 126 1,419 1,493 1,146 127 5,345 1,821 1,364 128 1,579 1,441 1,896 129 1,14 1,511 1,184 130 1,751 0,811 1,011 131 1,636 0,841 1,805 132 1,414 0,59 5,443 133 1,877 5,421 1,394 134 1,672 0,794 5,454 135 1,424 1,407 2,022 136 1,459 1,467 1,44 137 1,719 1,47 1,483 138 5,435 1,667 1,85 139 5,388 1,469 1,408 140 1,208 1,699 0,76 141 1,387 0,723 1,739 142 1,39 1,885 1,967 143 1,065 1,16 1,981 144 1,823 5,407 5,435 145 5,384 1,174 1,761 146 1,543 1,506 1,439 147 1,438 1,182 1,156 148 1,525 1,589 1,381 149 1,106 1,902 1,145

No Rep1 Rep2 Rep3

150 1,834 1,144 1,609 151 5,354 1,399 5,349 152 1,147 1,432 1,213 153 1,144 1,22 1,438 154 1,399 1,576 1,428 155 1,145 1,631 1,814 156 1,62 1,198 1,585 157 1,437 1,756 1,435 158 1,44 1,614 1,481 159 1,593 1,207 1,649 160 1,761 1,403 5,413 161 1,946 1,64 1,85 162 1,652 1,446 0,769 163 1,883 1,448 1,139 164 1,391 1,897 1,974 165 1,057 1,18 1,142 166 1,118 0,783 1,344 167 1,591 0,818 1,605 168 1,437 1,147 5,326 169 1,543 1,799 1,149 170 5,432 0,8 1,456 171 1,138 1,382 1,297 172 1,148 1,141 0,873 173 1,122 1,176 1,19 174 5,376 5,225 1,715 175 1,618 1,37 1,442 176 1,461 1,146 1,144 177 1,664 1,145 1,866 178 1,8 2,045 0,838 179 1,422 1,46 1,167 180 1,753 0,561 1,151 181 1,808 1,137 1,631 182 1,484 1,427 1,436 183 1,764 1,456 1,14 184 0,806 1,477 1,641 185 5,383 1,134 1,049 186 1,902 1,597 1,391 187 1,519 1,161 1,155

No Rep1 Rep2 Rep3

188 1,469 1,45 1,432 189 1,656 1,897 1,296 190 1,596 5,441 0,853 191 1,437 1,146 1,824 192 1,818 1,141 1,182 193 1,159 5,427 1,167 194 1,432 1,752 1,601 195 1,463 1,568 0,792 196 1,865 1,713 5,378 197 1,149 1,36 1,057 198 1,527 1,324 1,699 199 1,139 1,589 0,696 200 1,907 1,18 1,485 201 1,08 1,917 1,444 202 1,544 1,75 2,1 203 1,133 5,447 1,595 204 1,666 1,122 1,667 205 1,144 1,222 1,185 206 1,625 1,563 5,378 207 1,442 1,718 0,772 208 1,775 5,395 1,972 209 1,342 1,482 1,212 210 1,213 0,747 1,178 211 1,477 1,438 1,738 212 1,929 1,141 1,6 213 1,191 1,812 1,749 214 1,439 5,435 1,148 215 5,422 1,822 1,081 216 1,134 1,595 1,141 217 0,801 1,47 1,133 218 1,794 1,213 1,177 219 1,368 1,584 1,964 220 1,8 1,828 1,47 221 1,46 1,208 1,439 222 1,455 1,195 1,234 223 1,884 1,181 1,094 224 1,485 1,437 1,101 225 1,145 0,756 1,386

Tabel I. lanjutan

No Rep1 Rep2 Rep3

226 1,452 1,14 1,407 227 1,592 1,435 1,807 228 5,408 1,829 1,802 229 1,422 1,67 1,439 230 1,363 1,616 1,438 231 0,642 1,698 1,47 232 1,603 5,273 1,479 233 1,458 1,183 1,81 234 1,093 1,176 1,69 235 1,445 1,829 1,708 236 1,446 1,714 1,67 237 5,408 1,183 0,81 238 1,692 1,258 1,132 239 1,673 1,438 1,588 240 1,439 1,186 1,296 241 1,296 1,636 1,803 242 1,435 1,321 1,429 243 1,925 1,439 1,595 244 1,287 1,582 5,356 245 1,664 1,469 1,426 246 1,119 1,685 1,63 247 1,721 1,292 1,696 248 1,447 5,32 1,776 249 1,866 1,148 1,446 250 1,666 1,456 1,55 251 1,139 1,475 1,803 252 1,416 5,385 1,42 253 1,831 1,152 1,479 254 1,199 1,137 1,441 255 1,437 1,845 1,513 256 1,144 1,718 1,312 257 1,635 1,334 1,168 258 0,815 1,139 1,419 259 1,813 1,651 1,612 260 1,527 0,718 1,14 261 1,094 1,59 5,432 262 1,461 1,811 1,481 263 1,184 1,084 1,589

No Rep1 Rep2 Rep3

264 1,132 1,343 1,148 265 1,673 1,162 1,086 266 1,427 1,439 1,447 267 1,233 1,701 1,573 268 1,147 1,674 1,425 269 0,747 1,804 5,249 270 1,679 1,141 1,817 271 1,166 1,144 1,491 272 1,683 1,258 1,137 273 1,384 1,474 1,972 274 5,449 1,217 1,45 275 1,408 1,933 0,852 276 5,416 1,147 1,192 277 1,679 1,462 0,798 278 1,139 1,462 1,945 279 5,341 1,685 1,479 280 1,485 1,637 1,13 281 1,141 1,888 1,693 282 1,385 1,959 1,175 283 1,821 1,609 1,787 284 1,711 1,595 1,425 285 1,68 1,892 1,135 286 1,144 1,133 1,265 287 1,925 1,147 1,146 288 1,236 1,907 5,438 289 1,155 0,884 1,693 290 1,142 1,389 1,139 291 0,795 1,594 1,421 292 5,419 1,455 5,343 293 1,181 1,979 0,711 294 1,815 5,471 1,439 295 1,071 1,713 1,465 296 5,422 1,404 1,821 297 1,078 1,719 5,4 298 1,7 5,421 1,773 299 0,803 1,763 1,754 300 1,454 2,015 1,135 301 1,814 1,807 1,904

No Rep1 Rep2 Rep3

302 1,134 1,469 1,885 303 5,41 1,14 1,535 304 1,899 1,467 1,861 305 1,887 1,792 1,436 306 1,654 1,462 1,742 307 1,2 1,432 1,701 308 1,92 0,835 1,809 309 1,461 1,562 1,424 310 1,746 1,65 1,481 311 1,45 1,14 1,147 312 1,6 1,429 1,504 313 1,445 5,447 1,164 314 1,459 1,145 1,592 315 1,107 1,677 1,42 316 1,669 1,482 5,339 317 0,799 1,815 1,421 318 1,832 1,428 1,459 319 1,357 1,144 1,215 320 0,813 1,725 1,193 321 1,465 1,44 1,154 322 1,421 1,481 1,2 323 1,599 1,6 1,139 324 5,458 1,276 1,746 325 1,594 1,489 1,442 326 1,738 1,121 1,149 327 1,439 1,65 1,4 328 1,391 1,142 1,825 329 1,57 1,334 1,614 330 1,465 1,815 1,148 331 2,007 1,451 1,695 332 1,142 1,758 5,456 333 1,423 1,045 1,233 334 1,12 1,591 1,143 335 5,267 1,522 1,125 336 2,025 1,807 1,101 337 5,45 1,148 1,471 338 1,187 1,161 1,693 339 1,406 1,119 1,893

Tabel I. lanjutan

No Rep1 Rep2 Rep3

340 1,685 1,466 0,772 341 0,813 1,436 0,804 342 5,445 5,418 1,349 343 1,668 1,506 5,425 344 1,807 1,505 1,146 345 1,533 1,644 1,67 346 1,557 1,143 1,407 347 1,808 1,268 1,71 348 1,924 5,397 1,582 349 1,686 1,144 1,441 350 1,455 1,144 1,725 351 1,13 1,46 1,07 352 1,885 1,137 1,444 353 1,722 1,901 1,627 354 1,643 5,434 1,914 355 1,156 1,469 1,149 356 1,465 1,418 0,871 357 5,459 1,633 0,766 358 1,835 0,802 1,824 359 1,247 1,498 1,666 360 1,145 1,458 1,693 361 1,12 1,511 1,909 362 1,144 1,434 1,39 363 1,455 1,646 1,174 364 1,248 1,435 1,828 365 1,773 1,378 1,321 366 1,281 5,417 1,81 367 1,169 1,146 1,837 368 1,415 1,139 1,6 369 0,83 1,461 1,234 370 1,694 1,142 1,439 371 1,934 1,593 1,682 372 5,412 1,14 1,128 373 1,139 1,812 1,437 374 1,769 0,753 1,184 375 1,159 1,381 1,614 376 1,69 1,433 1,935 377 5,482 1,894 1,636

No Rep1 Rep2 Rep3

378 1,154 1,914 1,569 379 1,225 1,424 1,378 380 5,407 1,78 1,647 381 1,655 5,415 1,206 382 1,411 5,429 0,721 383 1,688 1,447 1,933 384 1,427 0,74 0,816 385 1,574 1,811 1,532 386 1,128 1,081 1,446 387 1,491 1,438 1,471 388 1,441 1,764 1,152 389 1,573 1,101 1,714 390 1,268 1,461 1,43 391 1,146 1,168 1,787 392 1,692 1,143 1,177 393 1,127 1,181 1,69 394 1,713 1,203 1,945 395 1,543 1,139 1,078 396 1,604 1,689 1,157 397 1,142 1,681 1,088 398 1,474 1,147 1,178 399 1,484 1,96 1,436 400 1,439 0,875 1,441 401 1,379 1,925 1,463 402 1,926 5,445 5,379 403 1,749 1,141 1,821 404 1,243 1,225 1,711 405 1,987 1,8 1,434 406 1,711 1,145 1,141 407 1,282 1,503 5,408 408 1,141 1,695 1,148 409 1,382 1,432 1,375 410 1,33 1,236 1,619 411 1,151 1,772 1,546 412 1,793 1,52 5,417 413 1,522 1,258 1,434 414 1,837 1,596 5,43 415 1,518 1,244 0,749

No Rep1 Rep2 Rep3

416 0,8 1,426 1,183 417 1,37 1,793 1,93 418 1,143 0,79 1,828 419 1,887 1,439 0,983 420 1,742 5,413 1,24 421 1,921 1,144 1,454 422 0,745 1,627 0,843 423 1,905 2,009 1,893 424 1,136 1,141 1,701 425 1,704 5,423 1,007 426 1,851 1,948 1,809 427 1,437 1,428 1,342 428 1,361 1,42 1,082 429 1,605 1,147 1,687 430 1,198 1,421 1,652 431 1,848 1,473 5,355 432 0,769 5,352 0,992 433 1,771 1,178 5,441 434 1,917 1,159 1,675 435 1,12 5,438 1,19 436 1,187 1,601 1,659 437 1,922 0,844 1,477 438 1,473 1,143 1,438 439 1,146 1,423 1,649 440 1,224 1,503 1,554 441 1,521 1,721 1,94 442 1,182 1,183 1,6 443 1,425 1,458 1,85 444 1,166 1,712 1,143 445 1,815 0,794 2,019 446 1,472 1,143 1,174 447 1,157 5,434 1,142 448 1,696 1,568 1,979 449 5,415 1,473 1,224 450 1,893 1,089 1,143 451 1,14 1,449 1,697 452 1,445 1,454 1,214 453 1,731 1,713 1,068

Tabel I. lanjutan

No Rep1 Rep2 Rep3

454 1,779 1,745 1,758 455 1,511 1,147 1,138 456 1,474 5,408 1,461 457 1,946 1,326 1,355 458 1,172 1,455 1,737 459 5,354 0,802 1,542 460 1,903 1,931 1,156 461 1,922 1,592 1,159 462 1,806 1,62 1,67 463 1,435 0,769 1,138 464 1,654 1,154 1,591 465 1,525 1,507 1,144 466 1,921 1,42 0,906 467 1,61 5,233 1,606 468 1,819 1,44 1,398 469 1,167 1,165 1,428 470 5,319 1,439 1,87 471 5,407 1,301 1,134 472 1,453 1,394 1,131 473 1,18 1,447 1,815 474 1,566 1,043 1,806 475 5,448 1,808 0,747 476 1,819 1,135 1,591 477 1,451 0,803 1,806 478 1,735 1,575 1,144 479 1,719 1,942 1,154 480 1,132 1,42 1,139 481 1,047 1,952 2,048 482 1,447 1,479 1,446 483 1,437 1,951 0,786 484 1,898 1,419 5,347 485 1,704 1,875 1,59 486 1,126 1,133 1,49 487 1,145 1,139 1,145 488 2,049 1,176 1,167 489 1,91 1,705 1,152 490 0,772 1,738 1,472 491 1,567 1,081 1,976

No Rep1 Rep2 Rep3

492 1,658 1,697 1,689 493 1,477 1,44 0,977 494 1,744 1,712 1,811 495 5,398 1,445 1,59 496 0,798 1,139 0,788 497 1,129 1,147 1,142 498 1,321 1,402 1,413 499 1,806 5,446 1,706 500 1,702 1,589 0,907 501 1,547 1,72 1,594 502 1,154 1,705 1,416 503 1,606 1,45 0,753 504 1,146 1,763 0,874 505 1,085 1,703 1,104 506 1,813 1,137 1,723 507 0,676 1,64 1,681 508 1,63 1,588 1,587 509 1,203 1,614 1,127 510 1,809 1,462 1,7 511 1,079 1,438 1,139 512 1,471 5,407 0,806 513 1,806 1,807 1,427 514 1,225 1,122 1,436 515 1,433 1,857 1,712 516 1,436 1,109 1,771 517 1,694 1,341 1,439 518 1,799 1,438 1,664 519 1,147 1,869 1,441 520 1,425 1,711 1,666 521 1,581 1,834 1,552 522 1,519 1,663 5,336 523 1,452 1,138 1,526 524 0,789 1,525 1,068 525 1,481 1,91 1,141 526 5,38 0,746 1,908 527 1,496 1,439 1,595 528 1,901 1,138 1,565 529 1,845 1,217 1,457

No Rep1 Rep2 Rep3

530 1,54 1,747 1,141 531 1,875 1,462 1,448 532 1,574 1,437 5,418 533 1,146 1,985 1,831 534 1,538 1,158 1,714 535 1,443 1,533 1,938 536 1,138 1,054 1,598 537 1,741 1,514 1,436 538 1,694 5,382 1,135 539 1,694 1,189 1,838 540 1,686 1,819 1,199 541 5,411 1,448 1,962 542 1,124 1,888 1,439 543 1,618 0,805 1,594 544 1,15 1,101 1,889 545 0,791 1,906 1,178 546 1,469 1,712 1,421 547 1,445 1,685 1,798 548 1,265 1,377 1,138 549 1,506 1,181 1,424 550 1,594 1,541 1,172 551 1,473 5,354 0,778 552 1,781 1,608 5,402 553 1,594 1,71 5,423 554 1,139 1,827 1,455 555 1,416 1,148 1,177 556 1,93 1,838 0,909 557 1,132 1,703 1,923 558 5,454 1,135 1,438 559 1,597 1,83 1,439 560 2,047 5,458 5,461 561 1,654 1,769 1,093 562 1,539 0,795 5,376 563 5,458 1,44 1,451 564 1,134 1,133 1,644 565 1,267 1,145 1,661 566 1,822 1,446 1,385 567 1,391 5,333 1,811

Tabel I. lanjutan

No Rep1 Rep2 Rep3

568 1,723 1,555 1,661 569 1,521 1,191 1,184 570 1,658 1,881 1,441 571 1,433 0,748 1,45 572 1,453 1,144 1,141 573 1,418 1,499 0,936 574 1,509 1,558 1,901 575 1,134 1,93 1,434 576 1,15 0,755 1,176 577 1,684 1,151 1,812 578 0,964 1,804 1,44 579 1,173 1,17 5,438 580 1,841 1,141 1,156 581 1,958 1,177 2,15 582 1,642 1,595 1,648 583 1,959 1,789 1,515 584 1,17 1,431 1,171 585 1,448 1,561 1,157 586 1,458 1,139 1,961 587 5,45 1,145 1,172 588 1,521 1,506 1,204 589 1,49 1,181 1,197 590 1,217 1,199 1,018 591 1,833 0,72 1,66 592 1,178 1,136 1,189 593 1,81 1,726 1,423 594 1,162 1,4 1,43 595 0,842 1,676 1,457 596 1,151 1,439 1,413 597 5,384 5,445 1,474 598 1,461 1,34 1,695 599 1,482 1,773 1,671 600 1,837 1,141 1,566 601 1,835 1,395 1,902 602 1,435 1,731 1,422 603 1,184 1,183 1,146 604 1,597 1,925 1,125 605 1,369 1,686 1,308

No Rep1 Rep2 Rep3

606 1,313 1,854 1,187 607 1,206 1,605 1,125 608 1,584 1,303 1,563 609 1,514 1,861 1,817 610 1,595 1,139 5,412 611 1,643 1,139 1,439 612 1,14 1,611 1,422 613 1,692 1,696 1,425 614 5,411 1,437 1,143 615 1,441 1,241 1,809 616 5,417 0,789 1,843 617 5,429 1,485 1,148 618 1,456 1,962 1,393 619 1,666 1,412 1,299 620 1,504 0,823 1,673 621 1,509 1,561 1,173 622 0,796 2,086 1,692 623 1,441 0,76 1,825 624 1,439 0,747 1,512 625 1,716 1,933 1,144 626 1,855 1,134 1,905 627 1,14 1,887 1,173 628 1,25 1,439 0,769 629 1,64 5,303 1,822 630 1,668 1,592 1,42 631 1,811 1,246 1,147 632 5,349 1,135 1,138 633 1,732 5,409 5,428 634 1,471 1,493 0,774 635 1,155 1,807 1,443 636 1,917 1,525 1,815 637 0,772 1,092 1,418 638 5,423 1,918 1,331 639 1,159 1,595 1,596 640 5,416 1,838 1,663 641 1,484 1,721 1,183 642 1,366 1,287 0,911 643 1,142 1,942 5,438

No Rep1 Rep2 Rep3

644 1,12 1,477 1,87 645 1,445 1,695 1,656 646 1,551 1,835 1,144 647 5,285 0,74 1,475 648 1,946 1,7 1,212 649 1,438 1,137 1,416 650 1,076 1,415 1,418 651 5,384 1,607 1,15 652 1,806 1,438 1,147 653 1,577 5,431 1,419 654 1,612 1,419 1,44 655 1,304 1,125 1,607 656 1,678 1,162 1,583 657 1,708 1,432 1,148 658 1,192 1,682 1,169 659 1,92 0,662 1,357 660 1,432 1,154 1,691 661 1,279 1,158 1,812 662 1,639 1,419 1,433 663 1,154 1,422 1,48 664 1,463 0,786 1,113 665 1,702 1,602 1,952 666 1,593 1,894 1,439 667 5,199 5,398 1,449 668 1,631 1,456 0,826 669 1,247 0,885 1,339 670 1,485 1,61 2,148 671 5,282 0,812 1,171 672 1,729 1,623 1,18 673 0,802 1,441 1,137 674 1,588 1,962 1,45 675 5,445 1,59 1,22 676 1,47 5,439 1,458 677 1,528 1,421 1,776 678 1,713 1,437 1,647 679 0,736 5,421 1,062 680 1,477 1,765 1,173 681 1,466 1,434 1,835

Lampiran 5.

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT

Tc-PLIF

filter

#!/bin/sh

for i in $(seq 1 3);

do mkdir -p Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i

cp ../../../../rmsd.OHT/rmsd.pml . cp ../../../../rmsd.OHT/ref.pdb . for j in $(seq 1 1000);

do cp

../../../ERa-OHT/replication_$i/dock_$j/nohead.csv .

awk '{if (substr($4.103.1)==1) print $0}' nohead.csv | awk '{print $1"."$2"."$3}' | sort -t. -k3rn -k2n | head -n1 > filter_tc.csv

awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb filtered.tcplif.pdb"}' filter_tc.csv > temp.sh

sed

"s/dock/..\/..\/..\/ERa-OHT\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh

./convert.sh

rm temp* filter_tc.csv convert.sh

mv filtered.tcplif.pdb filter_tcplif_$j.pdb cp filter_tcplif_$j.pdb ligand.pdb

pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp

echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.filter_tc.csv rm tmp ligand.pdb

done

rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done

Lampiran 6.

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT

Tc-PLIF tanpa filtrasi

#!/bin/sh

for i in $(seq 1 3);

do mkdir -p Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i

cp ../../../../rmsd.OHT/rmsd.pml . cp ../../../../rmsd.OHT/ref.pdb . for j in $(seq 1 1000);

do cp

../../../ERa-OHT/replication_$i/dock_$j/nohead.csv .

awk '{print $1"."$2"."$3}' nohead.csv | sort -t. -k3rn -k2n | head -n1 > nonfilter_tc.csv

awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb selected.tcplif.pdb"}' nonfilter_tc.csv > temp.sh

sed

"s/dock/..\/..\/..\/ERa-OHT\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh

./convert.sh

rm temp* nohead.csv nonfilter_tc.csv convert.sh mv selected.tcplif.pdb nonfilter_tcplif_$j.pdb cp nonfilter_tcplif_$j.pdb ligand.pdb

pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp

echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.nonfilter_tc.csv rm tmp ligand.pdb

done

rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done

Lampiran 7.

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT

ChemPLP

filter

#!/bin/sh

for i in $(seq 1 3);

do mkdir -p Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cp rmsd.OHT/rmsd.pml

Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cp rmsd.OHT/ref.pdb Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i

cd Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i

for j in $(seq 1 1000); do cp

../../../ERa-OHT/replication_$i/dock_$j/nohead.csv .

awk '{if (substr($4.103.1)==1) print $0}' nohead.csv | awk '{print $1"."$2"."$3}' | sort -t. -k2n -k3rn | head -n1 > filter_chemplp.csv

awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb

filtered.chemplp-pyplif.pdb"}' filter_chemplp.csv > temp.sh sed

"s/dock/..\/..\/..\/ERa-OHT\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh

./convert.sh

rm temp* filter_chemplp.csv convert.sh

mv filtered.chemplp-pyplif.pdb filter_chemplp_$j.pdb cp filter_chemplp_$j.pdb ligand.pdb

pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp

echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.filter_chemplp.csv rm tmp ligand.pdb

done

rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done

Lampiran 8.

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT

ChemPLP tanpa filtrasi

#!/bin/sh

for i in $(seq 1 3);

do mkdir -p Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i

cp ../../../../rmsd.OHT/rmsd.pml . cp ../../../../rmsd.OHT/ref.pdb . for j in $(seq 1 1000);

do cp

../../../ERa-OHT/replication_$i/dock_$j/nohead.csv .

awk '{print $1"."$2"."$3}' nohead.csv | sort -t. -k2n -k3rn | head -n1 > nonfilter_chemplp.csv

awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb

selected.chemplp-pyplif.pdb"}' nonfilter_chemplp.csv > temp.sh sed

"s/dock/..\/..\/..\/ERa-OHT\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh

./convert.sh

rm temp* nohead.csv nonfilter_chemplp.csv convert.sh mv selected.chemplp-pyplif.pdb

nonfilter_chemplp_$j.pdb

cp nonfilter_chemplp_$j.pdb ligand.pdb

pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp

echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.nonfilter_chemplp.csv rm tmp ligand.pdb

done

rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done

Lampiran 9.

Script

yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD genistein

ChemPLP

filter

#!/bin/sh

for i in $(seq 1 3);

do mkdir -p

Docking/ERa-genistein/analisis_hasil/replication_$i cp rmsd.genistein/rmsd.pml Docking/ERa-genistein/analisis_hasil/replication_$i

cp rmsd.genistein/ref.pdb Docking/ERa-genistein/analisis_hasil/replication_$i

cd Docking/ERa-genistein/analisis_hasil/replication_$i

for j in $(seq 1 1000); do cp

../../../ERa-genistein/replication_$i/dock_$j/nohead.csv .

awk '{if (substr($4.103.1)==1) print $0}' nohead.csv | awk '{print $1"."$2"."$3}' | sort -t. -k2n -k3rn | head -n1 > filter_chemplp.csv

awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb

filtered.chemplp-pyplif.pdb"}' filter_chemplp.csv > temp.sh sed

"s/dock/..\/..\/..\/ERa-genistein\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh

./convert.sh

rm temp* filter_chemplp.csv convert.sh

mv filtered.chemplp-pyplif.pdb filter_chemplp_$j.pdb cp filter_chemplp_$j.pdb ligand.pdb

pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp

echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.filter_chemplp.csv rm tmp ligand.pdb

done

rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done

BIOGRAFI PENULIS

Penulis skripsi dengan judul “Si

mulasi

Penambatan Molekuler Genistein pada Reseptor

Estrogen Alfa” memiliki nama lengkap Ricardo Kenny

Chandra. Penulis lahir di Lampung pada tanggal 4

Desember 1992 dari pasangan Gunawan dan Julina

sebagai anak pertama dari tiga bersaudara. Pendidikan

formal yang ditempuh penulis dimulai dari TK

Fransiskus Xaverius Tanjung Karang Lampung

(1996-1998), SD Fransiskus Xaverius Teluk Betung,

Lampung (1998-2004), SMP Mutiara Bangsa,

Tangerang (2004-2007), dan melanjutkan pendidikan

menengah atas di SMA Mutiara Bangsa (2007-2010).

Pada tahun 2010 penulis melanjutkan pendidikan ke jenjang Perguruan

Tinggi di Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta. Penulis

pernah menjadi anggota divisi pendamping kelompok Tiga Hari Temu Akrab

Farmasi (2011), koordinator divisi pendamping kelompok Tiga Hari Temu Akrab

Farmasi (2012), pengurus Komunitas Mahasiswa Buddhis dan Kong Hu Chu

koordinator divisi sosial periode 2012-2013. Penulis juga berperan aktif menjadi

asisten praktikum Kimia Analisis (2012), dan Analisis Farmasi (2013).