Simulasi penambatan molekuler daidzein pada reseptor estrogen alfa

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER DAIDZEIN PADA

RESEPTOR ESTROGEN ALFA

SKRIPSI

Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat

Memperoleh Gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.)

Program Studi Ilmu Farmasi

Oleh:

Astuti Malyawati Soesanto

NIM: 108114180

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS SANATA DHARMA

YOGYAKARTA

iv

HALAMAN PERSEMBAHAN

"Tidak semua yang kalian inginkan harus terjadi seketika. Kita tidak

hidup di dunia dongeng. Bahkan banyak orang di luar sana harus

berjuang mati-matian untuk mewujudkan satu keinginan kecil.

Bersabarlah."

Tere Liye

Kupersembahkan buah karyaku ini untuk:

Mom and Dad, the first man and woman in my live

Cita dan cintaku pada negeri ini

Sanata Dharma, almamaterku tercinta

Dan

Rasa syukur yang tak akan ada habisnya untuk

Tuhan ku Yesus Kristus

Dialah yang membuat segalanya menjadi mungkin

vi

PRAKATA

Puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa atas penyertaan dan kasih

setia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang

berjudul “Simulasi

Penambatan Molekuler Daidzein pada Reseptor Estrogen Alfa” sebagai salah satu

syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.).

Dalam penyusunan skripsi ini penulis mendapat banyak bantuan berupa

bimbingan, saran, dan dukungan dari berbagai pihak. Untuk itu pada kesempatan

ini penulis menyampaikan terimakasih yang sebesar-besarnya kepada:

1.

Enade Perdana Istyastono, Ph.D., Apt. selaku dosen pembimbing yang

telah memberikan pengetahuan yang berharga melalui pengarahan,

bimbingan, dan pendampingannya dalam pengerjaan skripsi ini.

2.

Agustina Setiawati, M.Sc., Apt. selaku dosen pembimbing pendamping

yang telah banyak membantu dan memberikan masukan selama

penyusunan skripsi.

3.

Mama, Papa, dan Adik-adikku yang senantiasa memperhatikan, memberi

dukungan, dan selau mendoakan suksesnya penyusunan skripsi ini.

4.

Ka Dika dan Chris yang senantiasa membantu memecahkan masalah.

5.

Kenny dan Chandra, teman sekelompokku, yang selalu berbagi segala

informasi selama penyusunan skripsi ini.

6.

Mas Otok selaku laboran di Laboratorium Virtual yang selalu menyiapkan

alat-alat yang dibutuhkan selama pengumpulan data.

7.

Ade yang mengisi hari-hariku dan menyiapkan aplikasi yang dibutuhkan

selama penyusunan skripsi ini.

vii

8.

Teman-teman SERAMS, teman seperjuanganku yang telah menemani dari

awal perkuliahan sampai selesainya skripsi ini.

9.

Teman-teman FST B 2010, teman sekelasku yang selalu menyemangati

dalam penyusunan skripsi ini.

10.

Teman-

teman PELMAT, teman se”geng”ku yang selalu mendoakan

suksesnya skripsi ini.

11.

Semua pihak yang telah membantu dan memberikan kontribusi selama

penyusunan skripsi ini.

Akhir kata, penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih jauh

dari sempurna, mengingat penulis memiliki keterbatasan pengetahuan dan

pengalaman. Oleh karena itu, saran dan kritik yang membangun sangat

diharapkan oleh penulis. Semoga karya ini dapat bermanfaat bagi perkembangan

penelitian kimia komputasi.

Yogyakarta, 24 Februari 2014

Penulis

viii

ix

DAFTAR ISI

Halaman

HALAMAN JUDUL...

i

HALAMAN PERSETUJUAN PEMBIMBING...

ii

HALAMAN PENGESAHAN...

iii

HALAMAN PERSEMBAHAN...

iv

HALAMAN PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI...

v

PRAKATA...

vi

PERNYATAAN KEASLIAN KARYA...

viii

DAFTAR ISI...

ix

DAFTAR TABEL...

xii

DAFTAR GAMBAR...

xiii

DAFTAR LAMPIRAN...

xiv

DAFTAR SINGKATAN KATA...

xv

INTISARI...

xvi

ABSTRACT...

xvii

BAB I. PENDAHULUAN...

1

A.

Latar Belakang...

1

1.

Perumusan Masalah...

2

2.

Keaslian Penelitian...

2

3.

Manfaat Penelitian...

3

x

b.

Manfaat Praktis...

3

B.

Tujuan Penelitian...

3

1.

Tujuan Umum...

3

2.

Tujuan Khusus...

3

BAB II. PENELAAHAN PUSTAKA...

4

A.

K

anker………..

4

B.

Kanker Payudara...

5

C.

Reseptor Estrogen (RE)...

7

D.

Daidzein...

9

E.

Kimia Komputasi...

10

F.

Penapisan Virtual (PV

)………..………..…..

11

G.

Sidik Jari Interaksi...

13

H.

Landasan Teori...

14

I.

Hipotesis...

15

BAB III. METODE PENELITIAN...

16

A.

Jenis dan Rancangan Penelitian...

16

B.

Variabel dan Definisi Operasional...

16

1.

Variabel Penelitian...

16

a.

Variabel Utama...

16

b.

Variabel Pengacau...

16

2.

Definisi Operasional...

16

C.

Kelengkapan Penelitian...

17

xi

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN...

21

A.

Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoksifen...

21

B.

Analisis Hasil Penambatan Ulang 4-Hidroksi-

tamoxifen………

..

21

C.

Persiapan Per

lakuan Daidzein………

58

D.

Penambatan Daidzein………

.

58

E.

Analisa Statistik………

.

58

F.

Elusidasi Pose Ikatan Daidzein pada RE

α………

.

59

BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN...

68

A.

Kesimpulan...

68

B.

Saran...

68

DAFTAR PUSTAKA...

69

LAMPIRAN...

74

xii

DAFTAR TABEL

Halaman

Tabel I.

Nilai RMSD 4-hidroksi-tamoxifen dari Tc-PLIF yang

disaring ikatan hidrogen dengan Asp351...

22

Tabel II.

Nilai RMSD 4-hidroksi-tamoxifen dari Tc-PLIF yang

tidak disaring ikatan hidrogen dengan Asp

351………..

30

Tabel III.

Nilai RMSD 4-hidroksi-tamoxifen dari ChemPLP yang

disaring ikatan hidrogen dengan Asp

351…………..…..

39

Tabel IV.

Nilai RMSD 4-hidroksi-tamoxifen dari ChemPLP yang

tidak disaring ikatan hidrogen dengan Asp

351……….

.

47

Tabel V.

Persentase nilai RMSD daidzein dari data Tc-P

LIF……

56

Tabel VI.

Persentase nilai RMSD daidzein dari d

ata ChemPLP….

56

Tabel VII.

Nilai median RMSD daidzein setiap kelompok yang

disaring ikatan h

idrogen dengan Asp351……...……….

62

Tabel VIII.

Daidzein dan a

nalognya....………...

66

xiii

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 1.

RE

α………...

8

Gambar 2.

Struktur senyawa d

aidzein………...

10

Gambar 3.

Diagram pengambilan k

eputusan………...

18

Gambar 4.

Diagram hasil pengambilan k

eputusan………

.

………...

57

Gambar 5.

Histogram sebaran nilai Tc-PLIF daidzei

n………...

59

Gambar 6.

Histogram sebaran nilai RMSD d

aidzein…………

..

.………..

60

Gambar 7.

Plot p

engelompokkan RMSD daidzein..………...

61

Gambar 8.

Pose 4-hidroksi-tamoxifen, daidzein kelompok 1, dan

daidzein kelompok 2 (A); 4-hidroksi-tamoxifen (B); Daidzein

kelompok 1 (C); dan daidzein kelompok 1 (D) pada

RE

α………

62

Gambar 9.

Pose daidzein pada kantung ikatan dalam bentuk 3D (A) dan

dalam bentuk 2D (B

) ………

64

xiv

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran 1.

Script untuk melakukan penambatan daidzein dan

4-hidroksi-tamoxifen pada RE

α

dan sidik jari interaksi…...

74

Lampiran 2.

Script untuk melakukan perhitungan RMSD

4-hidroksi-tamoxifen untuk nilai ChemPLP yang disaring ikatan

hidrogen dengan Asp

351…………...

...

76

Lampiran 3.

Script untuk melakukan perhitungan RMSD

4-hidroksi-tamoxifen untuk nilai ChemPLP yang tidak disaring

ikatan hidrogen dengan Asp

351…………..…………...

...

77

Lampiran 4.

Script

untuk melakukan perhitungan RMSD

4-hidroksi-tamoxifen untuk nilai Tc-PLIF yang disaring ikatan

hidrogen dengan Asp351

……….…………...……..

78

Lampiran 5.

Script untuk melakukan perhitungan RMSD

4-hidroksi-tamoxifen untuk nilai Tc-PLIF yang tidak disaring ikatan

hidrogen dengan Asp

351………..

79

Lampiran 6.

Script untuk melakukan perhitungan RMSD daidzein

untuk nilai ChemPLP yang disaring ikatan hidrogen

dengan Asp

351………

.

….

80

Lampiran 7. Hasil analisa

statistik………

..

81

xv

DAFTAR SINGKATAN KATA

ChemPLP

:

Chemical Piecewise Linear Potential

DUD

:

Directory of Useful Decoys

DMBA

:

7, 12

–

Dimethylbenz (a) anthracene

EF1%

:

Enrichment Factor 1%

ERα

:

Estrogen Receptor Alpha

MCF-7

:

Michigan Cancer Foundation-7

PDB

:

Protein Data Bank

PLANTS

:

Protein-Ligand ANT System

PVBL

:

Penapisan Virtual Berbasis Ligan

PVBS

:

Penapisan Virtual Berbasis Struktur

PyPLIF

:

Python-based Protein-Ligand Interaction Fingerprint

RE

:

Reseptor Estrogen

REα

:

Reseptor Estrogen alfa

REβ

:

Reseptor Estrogen beta

RMSD

:

Root Mean Square Distance

SBVS

:

Structure Based Virtual Screening

SJI

:

Sidik Jari Interaksi

Tc

:

Tanimoto coefficient

Tc-PLIF

:

Tanimoto coefficient Protein-Ligand Interaction Fingerprint

WHO

:

World Health Organization

xvi

INTISARI

Kanker payudara adalah penyakit kanker yang terjadi pada sel-sel payudara

dan 60% kanker payudara terdeteksi sebagai kanker dengan reseptor estrogen alfa

(RE

α)

positif. Senyawa-senyawa alam yang terbukti aktif sebagai antagonis RE

α

telah banyak dilaporkan. Daidzein adalah salah satu senyawa alam kelompok

fitoestrogen yang telah terbukti secara in vivo mampu menghambat proliferasi sel

kanker payudara. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan simulasi penambatan

molekuler daidzein pada RE

α dan melihat interaksi

nya dalam kantung ikatan RE

α

secara in silico.

Penelitian ini memanfaatkan perkembangan kimia komputasi (metode

in

silico)

yang mempunyai berbagai keuntungan dalam menemukan obat baru.

Metode yang digunakan adalah identifikasi

sidik jari interaksi dengan perangkat

lunak

Python-based Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PyPLIF) yang telah

terbukti dapat meningkatkan kualitas Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS)

dalam proses validasi retrospektif untuk identifikasi ligan bagi RE

α.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa protokol yang dikembangkan Radifar

et al. (2013) tidak dapat mengenali daidzein sebagai ligan RE

α dan

protokol

tersebut tidak dapat digunakan untuk elusidasi moda ikatan daidzein karena tidak

mampu mereproduksi moda ikatan ligan kokristal yang digunakan. Dalam

elusidasi moda ikatan yang menggunakan protokol PVBS tanpa identifikasi sidik

jari interaksi, ditemukan setidaknya dua pose ikatan daidzein pada RE

α.

Kata Kunci: Penapisan virtual berbasis struktur (PVBS), daidzein, reseptor

estrogen alfa (RE

α

), elusidasi moda ikatan

xvii

ABSTRACT

Breast cancer is cancer which happened in breast cells and about 60% of

breast cancers are detected as estrogen reseptor

alpha (ERα) positive cancer.

There are active natural compounds that have bee

n reported as ERα

antagonist.

Daidzein, one of phytoestrogen that has been proven in

in vivo

studies could

inhibit breast cancer cells proliferation. The purposes of this study are to simulate

molecular docking of daidzein in ERα

and examine how daidzein interact in

binding pocket of the receptor.

This study utilized computational chemistry (

in silico

method) to find new

drugs with various benefits. This study utilized one of advanced methods which is

interaction fingerprint identification using Python-based Protein-Ligand

Interaction Fingerprint (PyPLIF) software that can improve Structure Based

Virtual Screening (SBVS) method quality in retrospective validation for

identification ligand of ER

α

.

The results of this study showed that protocol developed by Radifar

et al.

(2013) could not recognize daidzei

n as ligand for ERα

and could not be employed

to elucidate daidzein binding mode since it could not reproduce co-crystal

reference binding mode. Therefore, another SBVS protocol validated here was

used to elucidate daidzein binding mode. The protocol identified at least two

binding poses of daidzein in ERα.

Keywords: Structure Based Virtual Screening (SBVS), daidzein, estrogen

receptor alpha (ER

α

), elucidation binding mode

1

BAB I

PENDAHULUAN

A.

Latar Belakang

Kanker payudara adalah tumor ganas yang berasal dari sel-sel yang

terdapat pada payudara (Price, 2006). Menurut WHO, kanker payudara adalah

jenis kanker yang paling umum diderita oleh wanita dan berdasarkan data

statistiknya, 508.000 orang wanita dari seluruh wanita di dunia meninggal karena

kanker payudara pada tahun 2011 (WHO, 2013). Di Indonesia, kanker payudara

diperkirakan mengakibatkan kematian terhadap 12.352 orang pada tahun 2005

(Ramli, 2003).

Dengan pemikiran bahwa

60% kanker payudara terdeteksi sebagai kanker

dengan

reseptor estrogen alfa (REα) positif

(Dhanajaya, Sibi, Mallesha,

Ravikumar, dan Awatshi, 2013) dan dalam rangka menemukan obat baru secara

efisien, para peneliti menggunakan metode pemodelan yakni simulasi dengan

bantuan teknologi komputasi atau secara

in silico (Pelkonen, Turpeinen, dan

Raunio, 2011) yang menggunakan RE

α

sebagai protein target. Metode ini telah

dikembangkan di negara maju dan berkembang menggunakan protokol yang

tervalidasi untuk identifikasi senyawa-senyawa antagonis RE

α

(Istyastono, 2013).

Saat ini, penggunaan obat tradisional secara umum dinilai lebih aman

daripada penggunaan obat modern. Hal ini disebabkan karena obat tradisional

memiliki efek samping yang relatif lebih sedikit daripada obat modern sehingga

penemuan obat dari senyawa-senyawa alam sedang banyak dilakukan (Sari,

2006). Salah satu senyawa alam yang terbukti aktif sebagai penghambat RE

α

adalah senyawa kelompok fitoestrogen, yakni: isoflavon, lignan, dan koumestan.

Daidzein yang merupakan bagian dari isoflavon ini secara

in vivo mampu

menghambat proliferasi sel kanker dengan meningkatkan apoptosis (Liu, Suzuki,

Santosh, Okamoto, dan Shibutani, 2012). Namun, penelusuran mekanisme

molekuler terhadap kanker payudara perlu diteliti lebih lanjut.

Penelitian ini bertujuan untuk melakukan simulasi penambatan molekuler

secara

in silico terhadap daidzein pada RE

α menggunakan protokol penapisan

yang dikembangkan oleh Radifar,Yuniarti, dan Istyastono (2013).

1.

Perumusan Masalah

Berdasarkan uraian-uraian di atas, maka dapat dirumuskan permasalahan

sebagai berikut:

a.

Apakah protokol penapisan yang dikembangkan Radifar

et al.

(2013)

dapat mengenali daidzein sebagai ligan RE

α secara

in silico?

b.

Bagaimanakah pose daidzein di dalam kantung ikatan RE

α?

2.

Keaslian Penelitian

Penelitian berbasis virtual skrining belum banyak dilakukan. Anita,

Radifar, Kardono, Hanafi, dan Istyastono (2012) melakukan penelitian

tentang aktivitas eugenol dan turunannya terhadap RE

α dengan

menggunakan senyawa pembanding ZINC01914469 yang diukur dengan

Docking Score Ligand Efficiency (DSLE). Istyastono

(2013) melakukan

penelusuran senyawa antagonis RE

α baru pada ZINC

Drug Database

(ZDD).

Sepanjang pengetahuan penulis, penelitian ini berbeda dengan

penelitian sebelumnya karena penelitian ini menggunakan daidzein

sebagai senyawa pembanding dan

Python-based

Protein-Ligand

Interaction Fingerprint (PyPLIF) sebagai salah satu aplikasinya.

3.

Manfaat Penelitian

a.

Manfaat Teoretis

Penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat bagi perkembangan ilmu

pengetahuan khususnya ilmu kefarmasian mengenai senyawa daidzein

pada RE

α

.

b.

Manfaat Praktis

Penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan senyawa pembanding

yang dapat dipakai pada penelitian berikutnya terkait senyawa yang

berpotensi sebagai ligan antagonis pada RE

α

.

B.

Tujuan Penelitian

1.

Tujuan Umum

Secara umum penelitian ini bertujuan untuk

mengetahui dan menguji

apakah protokol penapisan

in silico yang dikembangkan oleh Radifar et

al. (2013) mampu mengenali daidzein sebagai ligan RE

α.

2.

Tujuan Khusus

Secara khusus penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pose daidzein di

dalam kantung ikatan RE

α.

4

BAB II

PENELAAHAN PUSTAKA

A.

Kanker

Kanker merupakan suatu penyakit sel yang ditandai dengan hilangnya

fungsi kontrol sel terhadap pertumbuhan sel. Akibatnya, sel akan berproliferasi

terus-menerus sehingga menimbulkan pertumbuhan jaringan yang abnormal yang

dapat menyebar dan menghancurkan organ-organ lain dan jaringan tubuh.

Apoptosis tidak lagi terjadi pada sel-sel abnormal ini (Macdonald, Ford, dan

Casson, 2004).

Patogenesis terjadinya kanker yang sering disebut karsinogenesis dapat

dibagi dalam tiga fase utama yaitu fase inisiasi (perubahan histologis dan

biokimiawi belum terlihat, hanya terlihat nekrosis sel dengan meningkatnya

proliferasi sel), fase promosi (gambaran histologis dan biokimiawi terlihat

abnormal), dan fase progresi (gambaran histologis dan biokimiawi menunjukkan

keganasan) (Kartawiguna, 2001). Pada fase inisiasi, terjadi perubahan pada

material genetik sel normal sehingga sel kanker teraktivasi. Setelah itu,

pembelahan terus menerus terjadi (fase promosi) sampai sel kanker menyebar ke

jaringan di sekitarnya atau dapat juga ke jaringan lain di tubuh (metastasis)

(Chabner dan Thompson, 2013).

Beberapa pengobatan atau terapi untuk pengidap kanker dapat diberikan

secara pembedahan, terapi radiasi, kemoterapi, dan imunoterapi (Corwin, 2007).

Sementara itu, penemuan suatu agen pencegah kanker yang berasal dari alam kian

diminati oleh masyarakat karena bahan alam tidak berbahaya bagi tubuh

mengingat terapi kanker yang selama ini ada memiliki efek samping yang sangat

berbahaya terhadap tubuh kita (Darma, Pratama, dan Sukamdi , 2008).

B.

Kanker Payudara

Kanker payudara adalah penyakit kanker yang terjadi pada sel-sel

payudara (Purba, 2004). Kanker ini berasal dari kelenjar, saluran, dan jaringan

penunjang payudara, namun tidak termasuk kulit payudara (Purwantaka, 2010).

Berdasarkan penemuan terakhir kaum pria pun bisa terkena kanker payudara,

walaupun masih jarang terjadi (Purwoastuti, 2008).

Penyebab kanker masih belum diketahui dengan pasti. Namun, ada

beberapa faktor yang diduga meningkatkan risiko terjadinya kanker payudara ini,

yakni: (i) mendapat haid pertama pada usia muda; (ii) tidak menikah atau tidak

pernah melahirkan anak; (iii) tidak pernah menyusui anak; (iv) salah satu anggota

keluarga ada yang menderita kanker payudara; (v) pernah melakukan program

KB; (x) kelebihan berat badan; (xi) sering minum minuman beralkohol; dan (xii)

perokok aktif atau pasif (Purwantaka, 2010).

Di Amerika Serikat, satu dari empat kematian disebabkan oleh kanker

dan dilaporkan bahwa kanker payudara menempati peringkat pertama bagi wanita

(Siegel, Naishadham, dan Jemal, 2012). Di Indonesia, kanker payudara

merupakan kanker kedua paling banyak diderita kaum wanita, setelah kanker

mulut/leher rahim (Purwoastuti, 2008). Sementara itu, Purnomosari (2006)

melaporkan data penelitian dari tahun 1998-2004 bahwa kanker payudara di

Yogyakarta merupakan kanker dengan angka kejadian tertinggi. Oleh karena itu,

kanker payudara adalah jenis kanker yang mendesak dan penting untuk diteliti dan

dikembangkan terkait terapi dan deteksi dininya (Istyastono, 2013).

Kanker payudara yang bersifat invasif dapat dibedakan menjadi dua

subti

pe berdasarkan ekspresi REα dari sel tumor yakni REα

-positif (kanker

payudara yang melibatkan REα) dan REα

-negatif (kanker payudara yang tidak

melibatkan REα).

Sekitar 75% dari kan

ker payudara adalah REα

-positif dan 25%

lainnya adalah REα

-

negatif. Kanker payudara dengan REα

-negatif ini lebih

mematikan karena

sel terus menerus membelah tanpa ada ekspresi REα. K

anker

payudara dengan REα

-negatif dapat terjadi karena adanya perubahan struktur

kromosom dengan tahapan metilasi DNA. Pengobatan pada kanker payudara

dengan REα

-negatif tidak dapat dilakukan dengan terapi hormon seperti yang

sering dilakukan pada kanker payudara dengan REα

-positif. Pengobatan untuk

kanker payudara dengan REα

-negatif dapat dilakukan dengan cara menghambat

metilasi sehingga mereaktivasi ekspresi dari

REα dan merubahnya menjadi kanker

payudara dengan REα

-positif untuk diobati dengan terapi hormonal seperti pada

kanker payudara dengan REα

-positif (Allred, Brown, dan Medina, 2004). Selain

itu,

kanker payudara dengan REα

-negatif dapat diobati dengan obat-obatan yang

mempunyai target pada reseptor androgen (RA) seperti bikalutamid. Hal ini

dikarenakan ka

nker payudara dengan REα

-positif memicu ekspresi RA yang

berperan s

ebagai antagonis REα

. Oleh karena itu, penghambatan ekspresi RA juga

dapat mereaktivasi ekpresi RE

α

(Ni, 2011) untuk kemudian dilanjutkan dengan

pengobatan terapi hormon seperti pada ka

nker payudara dengan REα

-positif.

C.

Reseptor Estrogen (RE)

RE yang terdiri dari protein twelve helix (helix 12) ini terletak di inti sel

atau sitoplasma sel sehingga RE mempunyai efek langsung dalam transkripsi

DNA dan hanya dapat dipengaruhi oleh molekul kecil yang dapat melewati

membran sel (Lund, 2005). RE memiliki tiga tempat ikatan spesifik, yaitu

terhadap ligan (ligand binding domain

(AF-2)), terhadap growth factor

(AF-1),

dan terhadap DNA (DNA-binding domain) (Shiau et al., 1998).

Ada dua subtipe RE dan beberapa isoform serta sambungan varian dari

setiap subtipe. Subtipe pertama, RE

α, pertama kali diklon tahun 1986 dan su

btipe

kedua, reseptor estrogen beta (RE

β) ditemukan paling terkini. Kedua subtipe

reseptor ini bervariasi dalam struktur dan gen-gen pengkode di dalam

kromosom-kromosom yang berbeda pula (Gruber, Tschuggei, Schneebeger, dan Huber,

2002). Pada RE

α

, jika ligan agonisnya (estrogen) berikatan, kemudian terjadi

perubahan konformasi reseptor yang memungkinkan terjadinya ikatan dengan

koaktivator dan mengaktifkan faktor transkripsi serta mempengaruhi berbagai

fungsi sel tergantung macam dan targetnya (Putra

et al., 2008), sedangkan jika

REα berikatan dengan ligan antagonisnya (tamoxifen), maka perubahan

konformasi yang terjadi adalah memblok koaktivator yang berikatan (Shiau,

1998) atau berikatan dengan korepresor (Deroo dan Korach, 2006). Sementara itu,

jika agonis (estrogen) berikatan dengan RE

β

, helix 12 tidak melapisi

Ligand

Binding Domain seperti yang terjadi pada RE

α dan posisinya terlihat seperti

RE

α

yang berikatan dengan antagonisnya (Lund, 2005).

Menurut Dhanajaya

et al.

(2012) lebih dari 60% kanker payudara

terdeteksi sebagai kanker payudara dengan

REα

positif dan pengobatan dilakukan

dengan

REα sebagai target terapinya

.Kemudian Shiau

et al. (1998) berhasil

memecahkan

truktur kristal REα dengan 4

-hidroksi-tamoxifen (metabolit

tamoxifen yang memiliki afinitas 30-100 kali lipat lebih kuat terhadap RE

α)

sebagai ligan kokristal dan disimpan serta dapat diakses publik di situs

Protein

Data Bank (PDB) dengan kode 3ERT (Istyastono, 2013). Inspeksi visual 3ERT

menunjukkan 70 residu asam amino yang membentuk kantung ikatan dan dua

jejaring ikatan hidrogen yang diduga berperan penting dalam menentukan

interaksi ligan d

an REα: (i) interaksi bagian 4

-hidroksi dari 4-hidroksi-tamoxifen

dengan molekul air yang

conserved dan residu asam amino Glu353 dan Arg394

dan interaksi bagian (2-hidroksi-etil)-dimetilazanium dari 4-hidroksi-tamoxifen

dengan residu asam amino Thr347 dan Asp351 (Shiau

et al., 1998; Anita et al.,

2012).

Gambar 1.

REα

(PhospoSite, 2013)

Kanker jenis RE dependent dapat terjadi melalui 2 tahap: (i) estrogen yang

target di jaringan, dan meningkatnya jumlah sel dapat menyebabkan replikasi

menjadi eror sehingga terjadi mutasi yang akan berpengaruh pada apoptosis,

proliferasi sel, dan DNA

repair; (ii) hasil dari metabolisme estrogen mengarah

pada sifat

genotoxic yang dapat menyebabkan kerusakan DNA sehingga terjadi

mutasi (Deroo dan Korach, 2006).

D.

Daidzein

Daidzein (Gambar 2) adalah salah satu senyawa kelompok fitoestrogen

(isoflavon) yang banyak terdapat pada kacang kedelai dan produk olahannya

seperti tahu dan miso (Barlow, 2007). Senyawa golongan isoflavon menunjukkan

supresi terhadap angiogenesis serta dilaporkan dapat menghambat lipoksigenase

dan hemolisis peroksidase dari eritrosit kambing percobaan (Biben, 2012).

Daidzein dapat berikatan dengan RE (

REα dan REβ) pada beberapa jaringan

terutama jaringan yang terdapat di payudara (Manjanatha, Shelton, Bishop, Cook,

dan Aidoo, 2006) dengan aktivitas agonis, parsial agonis atau antagonis (Barlow,

2007) tergantung waktu pemejanan, konsentrasi yang diberikan, bentuk konsumsi,

bahan makanan, dan status RE (Dhanajaya

et al., 2012). Daidzein banyak

digunakan oleh wanita

postmenopausal

untuk terapi hormon sebagai pengganti

hormon estrogen karena beberapa penelitian menunjukkan bahwa terapi dengan

hormon estrogen dapat meningkatkan potensi kanker payudara dan endometrium

(Aidoo et al., 2009).

Daidzein mempunyai kemampuan sebagai agen kemopreventif pada

beberapa tipe kanker (terutama payudara dan prostat), mencegah osteoporosis dan

penyakit jantung (Aidoo

et al., 2009). Secara

in vivo, Liu

et al.

(2012)

membuktikan bahwa daidzein dapat menekan pertumbuhan kanker payudara

melalui proses peningkatan apoptosis pada tikus yang terinduksi

7,12-dimethylbenz(a)anthracene

(DMBA)

dengan

konsentrasi

1,0

mg

(2,7

µmol)/KgBB.

Gambar 2. Struktur senyawa daidzein.

E.

Kimia Komputasi

Kimia komputasi adalah disiplin ilmu yang berkembang dengan

penggunaan perangkat lunak komputer sebagai sarana untuk mendapatkan

informasi tentang proses kimia yang terjadi dalam suatu sistem (Dearing, 1988).

Biaya rata-rata yang dibutuhkan untuk penemuan dan pengembangan

sebuah obat hingga mencapai pasar adalah sebesar 802 juta dolar US (DiMasi,

Hansen, dan Grabowski, 2003). Angka ini belum mewakili biaya terkait dampak

lingkungan

yang

ditimbulkan

(Istyastono,

2013).

Sejalan

dengan

perkembangannya, simulasi yang dilakukan dengan komputer menjadi sangat

berguna,

bukan

hanya

karena

biayanya

yang

minim

dan

dapat

menginterpretasikan data eksperimen dalam tingkat mikroskopik, tetapi juga dapat

mengkaji bagian yang tidak dapat dijangkau skala penelitian laboratorium

sehingga hasil perhitungan kimia komputasi dapat dibandingkan secara langsung

dengan hasil skala laboratorium, seperti reaksi pada kondisi tekanan yang sangat

tinggi atau melibatkan gas berbahaya (Pranowo, 2004).

Keunggulan dari studi kimia komputasi dalam menemukan obat baru

adalah kimia komputasi medisinal ini menawarkan metode

in silico yang dapat

menggambarkan senyawa obat secara tiga dimensi (3D) dan melakukan

komparasi atas dasar kemiripan struktur dan energi dengan senyawa lain yang

sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi sehingga senyawa dengan aktivitas

rendah dapat langsung dieliminasi tanpa harus diujicobakan lebih lanjut (Pranowo

dan Hetadi, 2010).

F.

Penapisan Virtual (PV)

PV secara umum dapat dibagi menjadi dua: Penapisan Virtual Berbasis

Struktur (PVBS) dan Penapisan Virtual Berbasis Ligan (PVBL) (Cramp

et al.,

2010). PVBS memiliki fokus utama pada prediksi geometrik kompleks

protein-ligan dan afinitas ikatannya (Schlosser, 2010) yang membutuhkan keberadaan

struktur protein target (De Graaf

et al., 2011). Sementara itu PVBL merupakan

penapisan yang tidak membutuhkan struktur protein target dan metode ini dapat

dimulai dengan memprofilkan senyawa-senyawa yang sudah terbukti aktif

(Cramp

et al., 2010). Penapisan yang digunakan dalam penelitian ini adalah

PVBS atau biasa dikenal dengan

Structure Based Virtual Screening (SBVS).

Walaupun PVBS menggunakan waktu yang lebih lama daripada PVBL karena

harus memperhitungkan struktur protein, namun PVBS dapat menghasilkan pose

senyawa di dalam kantung ikatan yang membantu untuk optimasi selanjutnya

(Istyastono, 2013).

Protokol penapisan yang dikembangkan Anita

et al. (2012) divalidasi

secara retrospektif dengan menggunakan antagonis RE

α

dan decoys (diambil dari

website DUD (http://dud.docking.org/r2/)) yang dinilai berdasarkan nilai

Enrichment Factor 1% (EF

1%

) (dengan cara membandingkan prosentase senyawa

aktif (true positives) dan

decoys yang diidentifikasi sebagai senyawa aktif (false

positives)

sejumlah 1% (semakin besar nilainya berarti semakin baik protokol

tersebut)). Nilai EF

1%

protokol yang dikembangkan oleh Anita

et al. (2012),

mengalami peningkatan dari protokol sebelumnya dari 12.7 menjadi 15.9 dan

mengalami peningkatan lagi menjadi 21.2 setelah ditambahkan molekul air yang

bersifat conserved (Anita et al., 2012).

Protokol juga divalidasi secara internal dengan menggunakan cara yang

objektif yakni ukuran nilai

Root Mean Square Distance (RMSD) dengan tujuan

dapat mengetahui apakah simulasi penambatan yang dilakukan menghasilkan

pose ligan yang sesuai pose struktur kokristal (Anita

et al., 2012). Nilai RMSD

yang lebih besar dari 2

Ǻ

menunjukkan bahwa senyawa yang diteliti memiliki

keakuratan pose ligan yang buruk dan tidak diikutsertakan dalam proses

selanjutnya, kemudian nilai RMSD antara 1.5-2

Ǻ

menunjukkan bahwa biasanya

pose ligan sudah akurat walaupun masih terdapat perbedaan, sedangkan nilai

RMSD yang lebih kecil dari 1.5

Ǻ

menunjukkan bahwa pose ligan yang dihasilkan

sudah baik. Kemudian jika nilai RMSD lebih kecil dari 1.0

Ǻ,

maka pose ligan

yang dihasilkan sangat memiliki kecocokan dengan pose struktur ligan kokristal

(Schlosser, 2010).

Hasil dari penambatan molekul dengan aplikasi PLANTS 1.2 (Korb,

Stutzle, dan Exner, 2009) menghasilkan luaran berupa pose penambatan dan nilai

ChemPLP yang akan digunakan sebagai masukkan untuk aplikasi PyPLIF

(Radifar

et al., 2013). ChemPLP merupakan

scoring function dari hasil

penambatan molekular yang bekerja dengan menilai interaksi yang ada

berdasarkan gaya tarik-menarik dan tolak-menolak antara protein dan ligan (Korb

et al., 2009). Nilai ini telah terbukti lebih efektif daripada scoring function lainnya

untuk memprediksi pose dan penapisan virtual (Liebeschuetz, Cole, dan Korb,

2012).

G.

Sidik Jari Interaksi

Sidik jari interaksi (SJI) adalah metode yang dapat mengubah interaksi

molekular dari ligan-protein (3D) menjadi susunan bit (1D) berdasarkan senyawa

yang dianalisa dan tipe interaksinya, yakni tipe non polar (van der waals),

interaksi aromatik (face to face), interaksi aromatik (face to edge), ikatan hidrogen

(protein sebagai donor ikatan hidrogen), ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor

ikatan hidrogen), interaksi elektrostatik (protein positif), dan interaksi

elektrostatik (protein negatif) dengan hasil 1 (senyawa yang dianalisa memiliki

tipe interaksi yang sama dengan ligan kokristal) dan 0 (senyawa yang dianalisa

tidak memiliki tipe interaksi yang sama dengan ligan kokristal) (Radifar, 2013).

Susunan bit ligan daidzein maupun ligan standar yang telah didapat dari

SJI, selanjutnya dapat dianalisa menggunakan perhitungan

Tanimoto Coefficient

(Tc). Tc merupakan sebuah perhitungan sederhana yang menunjukkan ukuran

kemiripan aktivitas senyawa-senyawa kimia (Ahmed, 2011). Dalam perhitungan

ini dihasilkan nilai dengan rentang 0,000 yang berarti tidak ada kemiripan sampai

1,000 yang berarti keduanya memiliki kemiripan (Radifar, 2013).

Protokol yang dikembangkan oleh Anita

et al. (2012) telah ditingkatkan

kualitas penapisannya dengan penilaian ulang menggunakan nilai

Tanimoto

Coefficient-Protein Ligand Interaction Finger Print (Tc-PLIF) yang merupakan

hasil identifikasi SJI protein-ligan dan penyaringan pada ikatan hidrogen dengan

Asp351 dengan aplikasi

Python-based Protein Ligand Interaction Finger Print

(

PyPLIF) oleh Radifar

et al. (2013). Protokol ini melakukan penyaringan pada

ikatan hidrogen dengan Asp351 karena asam amino ini merupakan jangkar dari

ligan-ligan RE

α

dengan kata lain semua ligan bagi RE

α

pasti mempunyai ikatan

hidrogen dengan Asp351. Selain itu, dengan disaring ikatan hydrogen dengan

Asp351, nilai EF

1%

meningkat secara signifikan menjadi 53,8 (Radifar

et al.,

2013). Suatu senyawa dapat dikatakan sebagai ligan dari RE

α jika

memiliki nilai

Tc-PLIF yang lebih besar atau sama dengan 0,600 (nilai standar)

(Rognan dan

Marcou, 2007).

H.

Landasan Teori

Kanker adalah suatu penyakit yang disebabkan oleh pertumbuhan sel yang

tidak normal sedangkan kanker payudara adalah kanker yang terjadi pada sel-sel

payudara. Salah satu titik tangkap pengobatan kanker payudara ini adalah

penghambatan RE

α yang merupakan reseptor faktor transkripsi yang terdapat

pada inti sel payudara.

Belakangan ini pencegahan menggunakan bahan-bahan alami sedang

banyak dikembangkan daripada pengobatannya. Daidzein, senyawa fitoestrogen

yang banyak terdapat dalam kacang kedelai, telah terbukti secara

in vivo

dapat

menghambat pertumbuhan sel kanker payudara. Dengan menggunakan protokol

PyPLIF yang telah divalidasi retrospektif dengan EF1% lebih besar daripada

protokol sebelumnya dan validasi internal dengan RMSD < 2 Å, akan dilakukan

simulasi penambatan daidzein pada RE

α

dan melihat pose daidzein pada RE

α

tersebut secara in silico.

I.

Hipotesis

1.

Daidzein dapat dik

enali sebagai ligan REα secara

in silico berdasarkan

protokol penapisan yang dikembangkan Radifar et al. (2013).

16

BAB III

METODE PENELITIAN

A.

Jenis dan Rancangan Penelitian

Penelitian ini termasuk jenis penelitian eksperimental komputasi dimana

terdapat intervensi terhadap variabel yang dilakukan berbantukan komputer

dengan rancangan penelitian studi dokumentasi yakni pengumpulan data lewat

berbagai dokumen yang telah ada.

B.

Variabel dan Definisi Operasional

1.

Variabel Penelitian

a.

Variabel Utama

1)

Variabel bebas: Protokol penapisan

2)

Variabel tergantung: Nilai Tc-PLIF, ChemPLP, dan Pose daidzein

b.

Variabel Pengacau

1)

Variabel pengacau terkendali: Perangkat lunak dan peralatan

komputasi.

2)

Variabel pengacau tak terkendali: Sifat algoritma yang stokastik

(kebolehjadian).

2.

Definisi Operasional

a.

Protokol penelitian: Algoritma yang digunakan oleh Anita

et al. (2012)

dan telah direvalidasi oleh Radifar et al. (2013).

b.

Pose daidzein: Pose daidzein dalam kantung ikatan yang dipilih secara

obyektif kuantitatif berdasarkan nilai Tc-PLIF dan atau ChemPLP.

C.

Kelengkapan Penelitian

1.

Bahan visualisasi didapatkan dari

PDB (www.rcsb.org) dan

ZDD berupa struktur

3 dimensi (3D) (Irwin dan Schoichet, 2005; Irwin, Sterling, Mysinger, Bolstad,

dan Coleman, 2012).

2.

Berkas konfigurasi water_plantsconfig didapatkan dari hasil penelitian Anita et

al. (2012) dan config.txt didapatkan dari hasil penelitian Radifar et al. (2013)

3.

Penelitian

ini

menggunakan

seperangkat

alat

kimia

komputasi

@pharmacomp.usd di Laboratorium Virtual Universitas Sanata Dharma HP

Proliant ML1|0-67 dengan spesifikasi prosesor Intel Xeon® E31220 @3.10

GHz dan

random acess memory (RAM) 8GB terinstal sistem operasi Ubuntu

12.04, versi kernel 3.5.0-23-genetic dan aplikasi-aplikasi berikut: Open Babel

2.2.3 (O’Boyle

et al., 2011), SPORES (Ten Brink dan Exner, 2009), PLANTS

1.2 (Korb

et al., 2009), PyPLIF (Radifar et al., 2013), PyMOL1.2rl (Lill dan

Danielson, 2011), dan R 2.14.0 (R Development Core Team, 2008).

D.

Tata Cara Penelitian

1.

Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoxifen

Ligan 4-hidroksi-tamoxifen ditambatkan pada RE

α

sebanyak 1000 kali

dengan tiga replikasi. Setelah itu, hasil penambatan dilakukan identifikasi sidik

jari interaksi menggunakan aplikasi PyPLIF (Radifar

et al., 2013) dilanjutkan

penyaringan pada ikatan hidrogen dengan Asp351 (Radifar

et al., 2013) dan

pengurutan nilai yang didapatkan. Luaran yang didapat terbagi menjadi empat

bagian: (i) nilai PLIF disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, (ii) nilai

Tc-PLIF tidak disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, (iii) nilai ChemPLP

disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, dan (iv) nilai ChemPLP tidak

disaring ikatan hidrogen dengan Asp351.

2.

Analisis Hasil Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoxifen

Pose dengan nilai terbaik dari masing-masing bagian luaran dipilih

sebagai pose standar untuk menghitung nilai RMSD di masing-masing bagian

tersebut secara berurutan dimulai dari nomor i sampai poin iv.

Pengambilankeputusan ditampilkan pada Gambar 3.

Simulasi yang dilakukan pada daidzein disesuaikan dengan bagian data yang

dinyatakan valid dari Gambar 3 di atas.

3.

Persiapan Perlakuan Daidzein

Dilakukan pengunduhan senyawa daidzein dari ZDD (Irwin dan

Schoichet, 2005; Irwin

et al., 2012) dengan kode ZINC18847034 dan

disiapkan dengan menggunakan Open Babel (O’Boyle

et al., 2011) dan

SPORES (Ten Brink dan Exner, 2009).

4.

Penambatan Daidzein

Daidzein ditambatkan pada RE

α

sebanyak 1000 kali dengan tiga

replikasi. Setelah itu, hasil penambatan dilakukan identifikasi sidik jari

interaksi menggunakan aplikasi PyPLIF (Radifar

et al., 2013) dilanjutkan

penyaringan pada ikatan hidrogen dengan Asp351 (Radifar

et al., 2013) dan

pengurutan dari nilai yang didapatkan. Pengurutan hanya dilakukan pada

bagian data yang telah dinyatakan valid dari Gambar 3.

5.

Analisa Statistik

Nilai Tc-PLIF disaring ikatan hidrogen dengan Asp351 yang didapat

kemudian dianalisa secara statistik (taraf kepercayaan 95%) dengan

menggunakan uji normalitas tidak berpasangan Shapiro-Wilk, uji Variansi,

T-test bila didapatkan sebaran data normal dan Wilcoxon T-test bila didapatkan

sebaran data tidak normal pada R 2.14.0 (R Development Core Team, 2008).

Daidzein dapat dikatakan sebagai ligan dari R

Eα jika nilai Tc

-PLIF-nya lebih

besar atau sama dengan nilai standar (0,600) (Rognan dan Marcou, 2007).

.

6.

Elusidasi Pose Ikatan Daidzein pada RE

α

Pose penambatan dengan nilai ChemPLP terbaik dipilih (jika dalam

penambatan terdapat lebih dari satu nilai ChemPLP terbaik, maka diambil nilai

yang mempunyai nilai Tc-PLIF yang lebih baik) sebagai pose standar dalam

memeriksa nilai RMSD. Jika nilai RMSD < 2 Å yang didapat lebih dari 95%

data, maka pose yang divisualisasikan adalah pose standar. Namun, jika nilai

RMSD < 2 Å yang didapat tidak lebih dari 95% data, maka data

dikelompokkan menggunakan metode pengelompokkan

k-means clustering

pada R 2.14.0 (R Development Core Team, 2008) dan pose yang memiliki nilai

median dari masing-masing kelompok dipilih sebagai pose yang akan

divisualisasikan dengan PyMOL1.2rl (Lill dan Danielson, 2011).

21

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

A.

Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoxifen

Tahap penambatan ulang 4-hidroksi-tamoxifen ini bertujuan untuk

melakukan validasi internal terhadap protokol yang digunakan. Hasil awal

yang diperoleh adalah pose hasil penambatan molekul, nilai ChemPLP, dan

nilai Tc-PLIF. Hasil awal yang didapatkan diproses lebih lanjut dengan

melakukan pengurutan nilai ChemPLP dan Tc-PLIF yang disaring ikatan

hidrogen dengan Asp351 maupun yang tidak disaring ikatan hidrogen dengan

Asp351. Penyaringan pada interaksi ikatan hidrogen dengan Asp351

dilakukan karena dipercaya mampu meningkatkan kualitas penapisan virtual

yang dilakukan (Radifar

et al., 2013). Hasil akhir yang didapatkan dari tahap

ini terbagi menjadi empat bagian: (i) nilai Tc-PLIF disaring ikatan hidrogen

dengan Asp351, (ii) nilai Tc-PLIF tidak disaring ikatan hidrogen dengan

Asp351, (iii) nilai ChemPLP disaring ikatan hidrogen dengan Asp351, dan

(iv) nilai ChemPLP tidak disaring ikatan hidrogen dengan Asp351 yang

masing-masing bagiannya berisi 3000 data.

B.

Analisis Hasil Penambatan Ulang 4-Hidroksi-tamoxifen

Analisis hasil yang dilakukan pada tahap ini adalah berupa penghitungan

nilai RMSD dari masing-masing bagian yang didapatkan. Perbandingan

dilakukan antara pose dengan nilai terbaik dari setiap penambatan terhadap

pose dengan nilai terbaik dari setiap bagian (pose standar). Hasil nilai RMSD

ditampilkan pada Tabel I, II, III, dan IV.

Tabel I. Nilai RMSD 4-hidroksi-tamoxifen dari Tc-PLIF yang disaring

ikatan hidrogen dengan Asp351

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

1 1,827 1,726 1,263

2 5,293 1,426 1,446

3 1,639 1,183 1,149

4 1,71 1,726 1,263

5 1,174 1,426 1,446

6 1,487 1,183 1,149

7 1,705 1,644 1,592

8 1,875 1,218 1,133

9 1,977 1,423 1,768

10 1,178 0,912 1,471

11 1,596 5,363 1,458

12 1,662 1,358 1,547

13 1,596 1,742 1,731

14 1,14 1,419 1,591

15 1,891 1,656 1,808

16 1,395 1,464 1,438

17 2,027 1,146 1,452

18 1,448 1,452 5,42

19 0,808 1,79 1,681

20 1,679 1,187 1,691

21 1,147 5,306 0,797

22 1,182 1,586 1,441

23 1,155 5,204 1,626

24 1,215 1,387 1,281

25 1,896 1,139 1,16

26 5,446 1,153 1,597

27 5,422 0,814 5,362

28 1,536 1,638 5,418

29 0,757 1,409 1,445

30 1,139 1,316 1,435

31 1,491 1,486 0,789

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

32 1,232 1,226 1,169

33 1,141 1,421 1,14

34 1,165 1,979 0,741

35 1,431 1,705 1,706

36 1,074 1,18 1,231

37 1,709 1,439 1,141

38 1,076 1,126 1,704

39 1,596 1,642 1,183

40 1,155 1,06 1,439

41 1,828 1,591 1,817

42 0,63 1,857 1,076

43 0,813 0,873 1,429

44 0,749 1,692 1,072

45 1,377 1,139 1,668

46 1,807 1,323 1,878

47 1,861 5,402 1,52

48 0,749 1,511 1,596

49 1,825 1,653 1,655

50 1,827 1,591 1,384

51 5,42 1,142 1,45

52 1,439 5,436 1,18

53 1,919 1,701 1,423

54 5,446 1,54 0,789

55 1,579 1,155 1,588

56 5,401 2,031 0,817

57 1,579 1,467 0,71

58 1,143 5,439 1,745

59 1,817 0,989 0,855

60 1,434 1,146 1,572

61 5,442 1,295 5,451

62 1,914 1,107 1,163

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

63 1,471 1,811 5,44

64 1,764 1,704 1,178

65 1,489 0,802 5,401

66 1,433 5,412 1,862

67 1,909 1,696 1,572

68 0,853 1,788 1,128

69 0,784 0,87 1,422

70 1,954 0,904 1,144

71 1,415 1,792 1,145

72 1,788 1,563 1,672

73 1,479 5,392 1,38

74 1,526 1,199 1,914

75 1,671 1,629 1,486

76 1,436 1,81 1,271

77 1,436 1,119 1,14

78 1,188 1,147 1,42

79 1,373 1,483 1,897

80 0,794 1,17 1,147

81 1,828 1,384 1,178

82 1,129 1,641 1,896

83 1,718 5,387 1,525

84 5,358 1,438 1,447

85 0,784 1,834 1,61

86 1,65 1,591 1,601

87 1,138 1,906 1,135

88 5,333 1,662 1,663

89 1,138 1,456 1,382

90 1,404 1,695 0,86

91 1,493 5,396 5,313

92 1,136 1,189 5,416

No. Rep1 (Å) Rep2 (Å) Rep3 (Å)

94 1,525 1,851 1,837

95 0,789 1,828 1,728

96 1,519 5,447 1,38

97 1,412 1,587 1,436

98 1,124 1,578 1,48

99 1,695 1,16 1,139

100 1,264 1,195 1,906

101 5,292 1,444 1,146

102 5,385 1,629 2,018

103 1,875 0,783 1,765

104 1,887 1,81 1,462

105 1,128 1,767 1,926

106 1,43 1,111 1,607

107 1,412 1,141 1,143

108 1,227 1,17 1,655

109 1,844 1,185 1,91

110 0,677 1,449 1,424

111 1,631 1,471 1,676

112 1,172 1,469 1,168

113 1,625 5,27 1,14

114 1,967 1,836 1,137

115 1,15 1,818 1,697

116 1,594 1,141 0,816

117 1,405 1,148 1,453

118 1,141 0,733 0,767

119 1,695 1,154 5,237

120 0,96 2,021 5,448

121 1,46 1,911 1,461

122 1,454 1,142 1,652

123 1,819 1,331 1,44

124 0,947 1,139 5,372

125 1,596 1,14 1,142

126 1,203 1,079 1,107

127 1,329 1,415 1,496

128 1,852 1,706 1,679

129 1,449 1,141 1,655

130 1,685 1,726 1,127

131 1,449 1,439 1,471

132 1,707 1,802 1,144

133 5,415 1,163 1,15

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

134 1,729 1,129 1,475

135 0,865 1,159 1,963

136 1,821 1,13 0,658

137 5,434 1,142 1,147

138 1,847 1,831 1,61

139 1,954 1,141 1,632

140 1,154 1,46 1,438

141 1,746 1,149 1,698

142 1,082 1,915 1,758

143 1,565 1,914 1,447

144 1,974 1,944 0,781

145 1,758 0,798 1,964

146 0,876 1,137 1,912

147 1,439 1,145 1,779

148 0,754 1,346 1,164

149 0,762 1,827 0,811

150 1,533 1,14 1,438

151 1,616 5,367 1,754

152 1,883 1,75 1,598

153 1,137 1,139 1,565

154 1,942 1,617 1,6

155 1,613 0,8 1,164

156 1,146 1,422 1,161

157 1,437 1,642 1,122

158 1,48 1,819 1,16

159 1,14 1,152 1,72

160 1,592 5,41 1,451

161 1,61 1,14 1,18

162 1,451 1,443 1,155

163 1,439 1,7 1,174

164 1,138 1,119 1,44

165 1,476 1,64 5,362

166 1,458 1,42 1,471

167 1,166 1,659 1,767

168 1,18 5,445 1,145

169 1,515 1,908 1,678

170 1,422 1,081 1,716

171 1,711 1,439 1,423

172 1,397 1,169 1,186

173 1,435 1,702 1,789

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

174 1,238 5,357 5,417

175 1,44 1,438 1,147

176 1,138 1,908 1,867

177 5,348 1,56 5,448

178 1,125 1,661 0,639

179 1,081 1,709 1,747

180 1,838 1,902 1,14

181 1,607 1,652 1,144

182 1,397 1,148 1,426

183 1,596 5,425 0,656

184 1,146 1,882 1,418

185 1,18 1,166 1,597

186 1,225 1,404 1,695

187 1,114 1,441 1,233

188 1,407 1,823 1,123

189 1,497 1,587 1,581

190 1,44 1,439 1,143

191 1,852 1,448 1,727

192 1,899 1,895 1,981

193 1,463 1,898 1,823

194 1,429 1,439 1,601

195 1,322 1,918 1,441

196 1,142 5,478 1,136

197 1,341 1,144 1,594

198 2,05 0,823 1,688

199 1,148 1,179 5,413

200 1,696 1,505 1,138

201 1,439 1,425 1,135

202 1,44 1,97 1,431

203 1,145 1,419 1,376

204 5,426 1,691 1,997

205 1,144 1,927 1,595

206 1,19 1,437 1,187

207 1,271 2,007 1,831

208 1,849 1,722 1,437

209 1,421 1,713 1,147

210 1,424 1,467 1,549

211 1,875 1,477 1,475

212 1,586 1,156 1,369

No. Rep1 (Å) Rep2 (Å) Rep3 (Å)

214 1,758 1,914 1,427

215 2,006 1,196 1,135

216 1,859 1,046 1,44

217 1,356 1,16 5,406

218 1,166 1,146 1,388

219 1,68 0,87 1,664

220 1,143 1,184 1,084

221 5,409 0,584 1,596

222 1,689 1,174 1,14

223 1,638 1,432 1,899

224 1,941 0,782 1,139

225 1,33 1,149 1,593

226 5,211 1,136 1,816

227 1,138 1,142 2,086

228 1,145 1,166 2,08

229 1,507 1,804 1,198

230 1,437 5,454 1,617

231 1,585 1,422 1,435

232 1,702 1,144 1,592

233 5,354 1,915 1,932

234 1,645 1,821 1,44

235 1,72 1,47 1,472

236 1,815 1,558 1,778

237 1,487 5,266 1,622

238 1,614 5,41 1,137

239 1,139 1,326 1,052

240 1,588 1,605 0,751

241 1,422 0,798 5,271

242 5,414 1,21 1,808

243 1,731 1,788 0,859

244 1,14 1,437 1,609

245 1,435 1,428 1,141

246 1,656 1,891 1,438

247 1,057 0,762 1,454

248 1,148 0,718 1,707

249 1,144 1,689 5,311

250 1,819 1,911 1,179

251 5,4 0,796 1,808

252 1,425 1,541 1,15

253 1,731 1,508 1,713

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

254 1,183 1,142 1,72

255 1,441 1,27 1,691

256 1,608 1,729 1,672

257 1,773 2,033 5,369

258 0,793 1,689 0,88

259 1,198 1,188 1,473

260 1,4 1,17 1,428

261 1,595 1,438 1,144

262 2,011 1,139 1,65

263 1,915 0,943 1,528

264 5,347 5,444 1,14

265 1,842 1,413 1,218

266 1,146 1,598 1,609

267 1,308 1,175 0,983

268 1,801 1,15 1,485

269 1,68 1,371 1,41

270 1,614 1,147 1,427

271 1,224 1,807 0,878

272 1,921 1,589 1,808

273 1,177 0,802 1,429

274 1,474 1,702 1,711

275 0,671 0,862 1,791

276 1,823 1,143 1,146

277 1,424 1,886 5,328

278 1,139 0,814 1,142

279 1,482 1,618 1,915

280 1,174 1,686 1,301

281 1,808 1,621 1,437

282 1,735 5,325 1,138

283 1,15 5,391 1,594

284 1,133 1,57 1,77

285 1,196 1,477 1,819

286 0,748 1,144 1,913

287 1,694 5,447 1,134

288 1,083 1,143 1,68

289 1,481 1,526 1,122

290 2,051 1,644 1,537

291 1,594 5,405 1,356

292 1,691 1,072 1,741

293 1,607 5,195 1,816

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

294 1,46 1,651 1,783

295 1,29 1,921 1,394

296 1,442 1,146 1,438

297 1,908 1,164 1,141

298 1,81 1,872 1,145

299 1,306 1,629 1,341

300 1,148 1,687 1,103

301 1,219 1,415 5,42

302 1,766 1,134 1,342

303 1,586 1,146 1,167

304 1,548 1,642 1,644

305 1,141 1,468 5,356

306 5,432 5,46 1,589

307 1,594 1,151 1,909

308 1,447 1,813 5,398

309 1,139 1,441 0,805

310 1,506 1,445 1,595

311 1,593 1,694 5,406

312 0,804 1,415 1,409

313 1,824 1,141 1,423

314 1,132 1,416 1,516

315 1,414 1,907 1,861

316 1,832 1,178 1,442

317 1,662 1,192 1,432

318 1,169 1,429 1,321

319 1,692 1,93 1,359

320 0,788 0,801 1,448

321 1,124 1,141 1,486

322 1,818 1,135 1,636

323 1,44 1,638 1,599

324 5,436 1,916 1,144

325 1,144 1,44 1,157

326 5,428 2,055 1,884

327 0,792 1,69 5,251

328 1,142 1,795 1,821

329 1,62 1,963 1,678

330 1,183 1,766 1,892

331 0,765 1,898 1,73

332 1,921 1,419 1,711

No. Rep1 (Å) Rep2 (Å) Rep3 (Å)

334 5,4 1,137 1,604

335 1,434 1,816 1,197

336 1,86 1,465 1,436

337 1,419 1,44 1,909

338 1,147 1,138 1,167

339 1,529 1,573 1,169

340 1,147 1,138 5,372

341 1,164 1,439 1,457

342 1,665 1,127 5,264

343 1,971 5,408 1,753

344 1,561 1,437 1,479

345 1,989 1,476 1,424

346 1,391 1,188 1,456

347 1,334 1,47 1,595

348 1,883 1,78 1,439

349 1,087 1,139 1,163

350 1,146 1,478 1,908

351 1,171 1,7 1,14

352 1,9 1,545 0,717

353 1,906 1,594 1,153

354 1,628 1,81 1,436

355 0,982 1,14 5,461

356 1,619 5,439 1,169

357 1,143 1,166 1,569

358 1,591 5,417 1,951

359 1,911 1,467 1,443

360 1,438 1,506 0,813

361 1,704 1,467 1,589

362 1,591 1,672 1,63

363 1,128 1,579 1,412

364 0,794 1,692 1,435

365 1,566 1,811 1,139

366 1,439 1,145 1,144

367 1,135 1,354 1,657

368 1,377 1,607 0,837

369 1,76 1,822 1,837

370 1,809 1,144 1,437

371 1,142 1,412 1,604

372 1,146 1,679 1,667

373 1,84 1,797 1,326

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

374 1,611 1,44 1,491

375 1,933 1,295 1,178

376 1,791 5,419 1,669

377 5,388 1,99 1,899

378 1,151 1,777 1,471

379 1,188 1,742 5,405

380 1,926 5,453 1,122

381 1,915 1,484 1,406

382 1,144 1,141 1,175

383 1,375 1,467 0,581

384 5,422 2,015 1,595

385 1,592 1,981 1,911

386 1,727 5,344 1,466

387 1,085 1,808 1,169

388 1,741 1,14 1,154

389 1,891 1,129 1,708

390 1,457 1,552 1,722

391 1,884 1,167 1,898

392 0,81 1,871 1,475

393 0,823 1,144 1,902

394 1,171 0,782 1,434

395 5,427 1,617 1,439

396 5,406 1,971 1,461

397 1,434 1,141 1,399

398 1,139 1,163 5,324

399 1,656 1,674 1,112

400 1,829 1,682 5,394

401 1,235 1,689 1,181

402 1,745 5,412 1,744

403 1,098 1,807 2,051

404 5,46 1,759 1,439

405 1,156 1,392 1,93

406 1,444 0,795 1,424

407 1,148 1,435 1,776

408 1,698 1,381 1,522

409 1,453 1,112 1,388

410 1,135 1,748 1,438

411 0,81 1,461 1,078

412 1,454 1,562 1,15

413 1,437 1,846 0,757

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

414 5,42 5,404 1,14

415 1,479 1,599 1,143

416 0,676 1,727 1,143

417 5,392 1,168 1,426

418 0,809 2,029 1,594

419 1,125 1,397 1,515

420 1,666 1,764 5,418

421 1,146 1,698 1,164

422 1,14 1,932 1,14

423 1,781 1,366 5,404

424 1,382 1,442 1,596

425 1,837 1,614 0,86

426 1,217 1,507 1,579

427 1,487 1,656 1,261

428 5,3 1,61 1,365

429 1,138 5,427 1,573

430 1,136 1,276 1,448

431 5,459 1,772 1,235

432 1,438 1,68 0,782

433 1,138 1,29 1,686

434 0,755 1,18 0,735

435 1,794 2,006 1,807

436 0,757 1,733 1,909

437 1,143 1,282 1,158

438 1,24 1,168 2,098

439 1,15 1,619 1,908

440 0,851 1,148 5,442

441 1,429 0,839 1,172

442 1,472 1,454 1,593

443 1,135 1,874 1,884

444 1,596 1,565 1,32

445 1,437 0,652 2,02

446 1,695 1,809 1,145

447 1,75 1,76 1,137

448 0,725 1,291 1,153

449 1,146 1,937 1,929

450 1,542 1,185 1,506

451 1,418 1,179 1,659

452 1,695 1,384 1,417

No. Rep1 (Å) Rep2 (Å) Rep3 (Å)

454 1,145 1,441 1,137

455 0,778 1,231 1,705

456 5,408 1,081 1,382

457 1,473 1,142 1,14

458 1,437 1,456 1,142

459 1,862 1,458 5,39

460 1,169 1,145 1,59

461 1,575 5,461 5,399

462 1,718 1,464 1,143

463 1,64 1,435 1,315

464 0,794 1,705 1,103

465 1,908 1,907 2,123

466 1,195 1,748 1,243

467 1,427 1,535 0,825

468 1,455 1,699 1,142

469 1,988 0,786 1,437

470 1,115 1,587 1,446

471 1,441 1,418 1,138

472 1,447 1,135 1,144

473 1,441 2,038 1,808

474 1,957 2,065 1,858

475 1,139 1,314 2,039

476 1,735 1,474 1,18

477 1,675 1,678 1,145

478 1,606 1,18 1,394

479 1,479 1,294 1,606

480 1,393 1,652 1,615

481 1,44 1,719 0,863

482 1,142 1,955 1,543

483 1,705 1,906 1,7

484 1,703 1,504 1,454

485 1,151 1,14 1,149

486 1,458 5,405 1,421

487 1,275 0,807 1,606

488 1,744 1,704 5,369

489 1,442 1,434 1,141

490 1,687 5,423 1,515

491 1,877 1,439 1,581

492 1,476 1,183 0,889

493 1,147 1,14 1,819

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

494 1,71 1,241 1,652

495 1,442 1,694 1,694

496 1,854 1,824 5,381

497 1,279 1,293 1,694

498 5,391 1,14 1,696

499 1,136 1,556 1,457

500 2,012 0,774 1,137

501 1,153 5,43 1,855

502 1,156 1,18 1,905

503 1,913 1,825 1,899

504 1,63 1,134 1,69

505 1,479 1,702 1,715

506 5,417 5,444 1,144

507 1,137 1,62 1,825

508 1,433 1,674 1,151

509 1,434 0,793 1,451

510 1,14 1,14 1,882

511 5,436 1,709 1,607

512 1,138 2,014 1,374

513 1,441 0,952 1,141

514 1,907 1,796 1,71

515 1,44 1,424 0,729

516 1,894 1,705 1,174

517 5,352 1,9 1,644

518 1,282 1,432 1,702

519 1,935 1,144 1,59

520 1,83 1,275 1,471

521 5,443 1,903 1,803

522 1,459 1,769 1,148

523 1,551 1,47 1,144

524 1,6 1,695 2,017

525 1,152 1,743 1,88

526 1,849 1,757 1,722

527 1,591 1,387 1,131

528 1,135 0,779 1,186

529 1,572 1,248 1,426

530 1,697 1,984 1,72

531 1,148 1,454 1,928

532 1,321 1,817 1,452

533 1,637 1,437 1,967

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

534 1,156 1,968 1,669

535 1,464 1,156 1,435

536 1,729 5,332 1,765

537 1,88 1,154 1,891

538 1,156 1,151 1,141

539 1,275 1,159 1,577

540 1,478 1,54 1,144

541 1,939 1,609 0,749

542 1,473 1,785 1,142

543 5,265 1,45 1,148

544 5,384 1,64 1,125

545 5,433 2,065 1,574

546 1,805 1,456 1,424

547 0,732 1,736 1,466

548 1,123 1,301 1,447

549 1,604 1,433 1,624

550 1,608 1,146 1,204

551 1,956 5,464 1,39

552 1,661 1,914 1,437

553 1,146 1,443 0,786

554 1,335 1,428 1,458

555 1,442 2,011 1,32

556 2,033 0,595 1,483

557 1,411 1,454 1,696

558 1,431 1,146 1,518

559 1,152 1,816 1,444

560 1,591 1,159 1,36

561 1,504 1,679 1,907

562 1,592 1,887 1,689

563 1,591 1,457 1,472

564 1,144 1,716 1,75

565 1,168 1,685 1,146

566 0,847 1,179 1,423

567 1,767 1,247 1,139

568 1,066 1,202 1,911

569 1,141 1,148 1,148

570 1,703 1,469 1,149

571 1,163 1,151 1,444

572 1,134 1,592 0,782

No. Rep1 (Å) Rep2 (Å) Rep3 (Å)

574 0,794 1,383 5,444

575 1,554 5,417 1,698

576 1,593 1,819 1,37

577 0,697 1,59 1,453

578 1,524 1,934 1,592

579 1,143 1,119 1,474

580 0,754 1,331 0,724

581 5,43 1,815 1,91

582 1,152 1,942 1,187

583 1,857 1,149 1,373

584 0,778 1,748 0,79

585 1,743 1,259 1,446

586 1,431 1,799 1,121

587 1,457 2,086 1,542

588 5,415 1,438 1,902

589 1,455 1,883 1,519

590 1,688 1,438 1,147

591 1,137 1,648 0,747

592 5,415 1,225 1,388

593 1,14 1,709 1,429

594 1,118 1,364 1,205

595 1,153 1,831 1,219

596 2,077 0,766 5,353

597 0,763 1,15 1,144

598 1,884 1,756 1,895

599 1,808 1,891 1,769

600 1,565 1,693 1,725

601 1,187 1,818 5,424

602 1,899 1,697 1,141

603 1,708 1,119 1,144

604 0,805 1,568 1,432

605 1,72 1,146 0,799

606 1,873 1,481 1,456

607 5,424 1,611 1,593

608 1,148 0,631 0,79

609 1,133 1,064 1,142

610 1,138 1,128 1,49

611 1,44 1,384 1,6

612 1,133 1,144 1,437

613 1,692 1,7 1,142

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

614 1,907 1,697 1,651

615 1,686 1,73 1,774

616 1,479 1,727 1,592

617 1,925 1,875 0,77

618 1,421 5,417 1,077

619 0,81 1,424 1,599

620 1,573 1,221 1,653

621 1,81 1,523 1,702

622 5,441 5,425 1,444

623 1,672 1,283 2,009

624 1,66 1,612 5,307

625 1,628 5,377 5,421

626 1,324 5,458 1,337

627 1,756 1,44 1,44

628 1,472 1,266 1,189

629 1,882 5,405 5,461

630 1,16 1,418 5,454

631 1,166 1,34 1,651

632 1,144 1,104 1,121

633 1,953 5,392 1,135

634 1,223 0,795 0,914

635 1,342 1,123 1,329

636 1,32 1,129 1,169

637 1,773 1,829 1,643

638 1,883 1,803 1,478

639 1,146 1,807 1,421

640 1,598 0,722 1,808

641 1,489 1,776 1,863

642 1,169 1,146 1,695

643 1,663 1,72 1,628

644 1,511 1,871 1,86

645 1,592 1,502 1,061

646 0,81 0,983 1,636

647 1,915 1,138 1,997

648 1,913 5,423 1,809

649 1,138 0,961 1,92

650 0,756 1,592 1,814

651 1,464 5,42 1,432

652 1,436 1,593 1,138

653 1,433 1,443 1,449

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

654 1,595 1,436 1,788

655 1,189 1,174 1,141

656 1,489 1,591 1,129

657 1,624 1,347 1,615

658 1,44 0,793 1,232

659 1,143 1,143 1,653

660 5,386 1,693 1,189

661 1,189 1,737 1,892

662 1,656 1,884 1,14

663 1,184 1,827 1,144

664 0,774 1,687 1,42

665 1,838 1,729 1,904

666 1,589 1,805 1,844

667 1,136 5,36 1,143

668 1,271 1,459 1,14

669 1,438 5,266 5,427

670 1,134 0,783 1,652

671 1,496 1,129 1,144

672 1,689 1,726 1,648

673 1,298 1,505 1,139

674 1,463 1,621 0,773

675 1,135 1,899 1,699

676 1,217 1,957 1,799

677 1,633 1,687 1,178

678 1,868 1,138 1,124

679 1,139 1,126 1,534

680 1,453 5,429 1,155

681 1,483 1,142 1,242

682 1,59 1,145 0,745

683 1,621 1,144 0,811

684 1,146 1,851 1,904

685 1,37 1,147 1,83

686 1,233 1,139 1,44

687 1,613 1,543 1,181

688 1,421 1,901 1,209

689 1,815 1,484 1,414

690 5,423 1,141 1,37

691 1,692 0,763 1,726

692 1,608 1,224 1,411

No. Rep1 (Å) Rep2 (Å) Rep3 (Å)

694 1,588 5,406 0,799

695 5,422 1,12 1,806

696 1,763 1,31 1,808

697 5,409 1,148 1,46

698 1,156 1,777 1,81

699 0,666 1,749 1,595

700 1,877 1,87 1,109

701 1,881 1,411 1,457

702 0,76 1,48 1,273

703 1,477 1,362 1,666

704 1,138 1,145 1,732

705 1,192 1,144 1,541

706 5,285 1,999 1,482

707 1,874 1,396 1,755

708 1,101 1,359 5,409

709 5,415 1,143 1,143

710 1,143 1,414 1,177

711 0,727 1,433 1,139

712 1,448 1,679 1,438

713 1,184 1,447 1,126

714 1,42 1,658 1,813

715 1,44 5,288 1,686

716 1,149 0,797 5,402

717 5,429 0,79 1,649

718 1,492 1,7 1,923

719 1,098 1,937 1,426

720 1,684 1,919 1,139

721 1,756 1,105 1,38

722 1,149 0,783 1,237

723 1,17 1,522 1,126

724 1,428 1,486 1,674

725 5,391 1,711 1,671

726 1,673 1,432 1,131

727 1,904 1,537 0,786

728 0,789 1,168 1,138

729 5,403 1,631 1,571

730 1,151 1,14 1,436

731 0,8 1,518 1,689

732 5,37 1,803 1,178

733 1,157 1,833 1,141

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

734 1,477 1,182 1,809

735 1,661 1,152 1,299

736 1,436 1,045 1,083

737 1,352 5,406 1,998

738 1,151 0,742 1,147

739 1,182 1,151 1,562

740 1,362 1,046 1,163

741 1,804 1,831 5,332

742 1,148 1,15 1,698

743 0,889 1,475 1,425

744 1,144 1,229 1,562

745 1,829 1,88 1,439

746 1,933 5,444 1,665

747 1,479 1,789 1,933

748 1,171 1,821 5,422

749 1,141 1,885 1,706

750 1,551 0,817 1,425

751 1,44 1,806 1,102

752 1,231 0,739 1,449

753 1,451 1,682 5,453

754 1,639 1,594 5,455

755 1,509 1,14 1,122

756 1,813 0,762 1,718

757 1,573 1,661 1,456

758 5,397 1,448 1,592

759 1,429 1,183 1,135

760 1,438 1,424 1,42

761 5,42 1,144 1,442

762 1,326 1,819 1,689

763 1,147 1,14 1,143

764 1,165 0,732 1,641

765 1,464 1,139 1,439

766 1,716 1,657 1,354

767 1,95 1,9 1,437

768 1,933 0,788 1,432

769 5,426 1,154 1,429

770 1,14 1,146 5,421

771 1,134 1,746 1,415

772 1,439 1,807 1,928

773 1,136 1,436 1,823

No. Rep1 (Å)

Rep2 (Å)

Rep3 (Å)

774 5,276 5,429 1,15

775 1,464 1,749 1,295

776 1,462 1,184 1,532

777 1,652 1,144 1,142

778 1,197 1,439 1,119

779 1,673 1,555 1,245

780 1,445 1,473 1,155

781 1,436 1,456 1,421

782 1,911 1,009 1,727

783 5,381 1,174 1,751

784 1,44 1,179 1,138

785 5,42 1,03 1,145

786 1,439 1,174 1,745

787 1,145 1,616 1,913

788 0,739 1,432 1,424

789 1,137 1,702 1,816

790 1,767 1,262 1,142

791 1,385 1,765 1,168

792 1,12 1,438 1,461

793 1,362 1,652 1,145

794 1,947 1,415 1,524

795 1,19 1,446 1,679

796 1,145 1,744 1,767

797 1,691 1,654 1,232

798 1,68 1,586 1,129

799 1,5 1,467 1,19

800 5,426 1,074 1,493

801 1,808 1,137 1,156

802 5,468 1,794 1,39

803 1,478 1,67 1,717

804 1,441 1,483 1,263

805 1,393 5,417 0,814

806 1,62 1,638 1,7

807 1,693 1,907 1,203

808 1,167 1,945 1,154

809 1,737 1,713 0,719

810 1,721 1,147 1,178

811 1,662 1,262 1,48

812 2,03 0,727 1,569

Lampiran 4. Script untuk melakukan perhitungan RMSD 4-hidroksi-tamoxifen untuk nilai Tc-PLIF yang disaring ikatan hidrogen dengan Asp351

#!/bin/sh

for i in $(seq 1 3);

do mkdir -p Docking/ERa-tamox/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-tamox/analisis_hasil/replication_$i

cp ~/skripsi/rmsd.pml . cp ~/skripsi/ref.pdb . for j in $(seq 1 1000);

do cp ../../../ERa-tamox/replication_$i/dock_$j/nohead.csv .

awk '{if (substr($4,103,1)==1) print $0}' nohead.csv | awk '{print $1","$2","$3}' | sort -t, -k3rn -k2n | head -n1 > filter_tc.csv

awk -F, '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb filtered.tcplif.pdb"}' filter_tc.csv > temp.sh

sed "s/dock/..\/..\/..\/ERa-tamox\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh

chmod u+x convert.sh ./convert.sh

rm temp* filter_tc.csv convert.sh

mv filtered.tcplif.pdb filter_tcplif_$j.pdb cp filter_tcplif_$j.pdb ligand.pdb

pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.filter_tc.csv

rm tmp ligand.pdb done

rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../

Lampiran 5. Script untuk melakukan perhitungan RMSD 4-hidroksi-tamoxifen untuk nilai Tc-PLIF yang tidak disaring ikatan hidrogen dengan Asp351

#!/bin/sh

for i in $(seq 1 3);

do mkdir -p Docking/ERa-tamox/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-tamox/analisis_hasil/replication_$i

cp ~/skripsi/rmsd.pml . cp ~/skripsi/ref.pdb . for j in $(seq 1 3);

do cp ../../../ERa-tamox/replication_$i/dock_$j/nohead.csv .

awk '{print $1","$2","$3}' nohead.csv | sort -t, -k3rn -k2n | head -n1 > nonfilter_tc.csv

awk -F, '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb selected.tcplif.pdb"}' nonfilter_tc.csv > temp.sh

sed "s/dock/..\/..\/..\/ERa-tamox\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh

chmod u+x convert.sh ./convert.sh

rm temp* nohead.csv nonfilter_tc.csv convert.sh mv selected.tcplif.pdb nonfilter_tcplif_$j.pdb cp nonfilter_tcplif_$j.pdb ligand.pdb

pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.nonfilter_tc.csv

rm tmp ligand.pdb done

rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../

Lampiran 6. Script untuk melakukan perhitungan RMSD daidzein untuk nilai ChemPLP yang disaring ikatan hidrogen dengan Asp351

#!/bin/sh

for i in $(seq 1 3);

do mkdir -p Docking/ERa-daidzein/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-daidzein/analisis_hasil/replication_$i

cp ~/skripsi/rmsd.pml . cp ~/skripsi/ref.pdb . for j in $(seq 1 3);

do cp ../../../ERa-daidzein/replication_$i/dock_$j/nohead.csv .

awk '{print $1","$2","$3}' nohead.csv | sort -t, -k3rn -k2n | head -n1 > nonfilter_tc.csv

awk -F, '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb selected.tcplif.pdb"}' nonfilter_tc.csv > temp.sh

sed "s/dock/..\/..\/..\/ERa-daidzein\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh

chmod u+x convert.sh ./convert.sh

rm temp* nohead.csv nonfilter_tc.csv convert.sh mv selected.tcplif.pdb nonfilter_tcplif_$j.pdb cp nonfilter_tcplif_$j.pdb ligand.pdb

pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.nonfilter_tc.csv

rm tmp ligand.pdb done

rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../

Lampiran 7. Hasil analisa statistik

a. Menentukan nilai mean > mean(Data$Tc.PLIF) [1] 0.37647

b. Menentukan nilai median > median(Data$Tc.PLIF) [1] 0.375

c. Menentukan nilai SEM

> SD(Data$Tc.PLIF)/(n^0.5) [1] 0.0025

d. Uji normalitas data Tc-PLIF dengan Ho: sebaran data Tc-PLIF normal memberikan hasil Ho ditolak.

> shapiro.test(Data$Tc.PLIF) Shapiro-Wilk normality test data: Data$Tc.PLIF

W = 0.7888, p-value < 2.2e-16 > a=rep(c(1:2244))

e. Uji variansi dengan Ho: variansi kedua data sama memberikan hasil Ho ditolak.

> var.test(Data$Tc.PLIF,a)

F test to compare two variances data: oy$a and oy1$b

F = Inf, num df = 2243, denom df = 2243, p-value < 2.2e-16 alternative hypothesis: true ratio of variances is not equal to 1 95 percent confidence interval:

Inf Inf

sample estimates: ratio of variances Inf

f. Uji Wilcoxon dua arah dengan Ho: Tc-PLIF sama dengan 0,600 memberikan hasil Ho ditolak

> wilcox.test(Data$Tc.PLIF,a,alternative="two.sided") Wilcoxon rank sum test with continuity correction data: Data$Tc.PLIF and a

W = 0, p-value < 2.2e-16

alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

g. Uji Wilcoxon dengan Ho: Tc-PLIF lebih kecil atau sama dengan 0,600 memberikan hasil Ho diterima.

> wilcox.test(Data$Tc.PLIF,a,alternative="greater") Wilcoxon rank sum test with continuity correction data: Data$Tc.PLIF and a

W = 0, p-value = 1

alternative hypothesis: true location shift is greater than 0

h. Uji Wilcoxon dengan Ho: Tc-PLIF lebih besar atau sama dengan 0,600 memberikan hasil Ho ditolak.

> wilcox.test(Data$Tc.PLIF,a,alternative="less")

Wilcoxon rank sum test with continuity correction data: Data$Tc.PLIF and a

W = 0, p-value < 2.2e-16

BIOGRAFI PENULIS

Astuti Malyawati Soesanto lahir di Karawang pada tanggal 15 Desember 1992. Riwayat pendidikan penulis yakni TK Bahtera Kasih, Harapan Indah pada tahun 1996 selama dua tahun, SD Tunas Harapan Nusantara, Harapan Indah pada tahun 1998 selama 6 tahun, SMP Tunas Harapan Nusantara, Harapan Indah pada tahun 2004 selama 3 tahun, dan SMA Marsudirini, Bekasi pada tahun 2007 selama 3 tahun. Setelah itu, barulah penulis skripsi berjudul “Simulasi Penambatan Molekuler Daidzein pada Reseptor Estrogen Alfa” ini melanjutkan pendidikan di Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta.

Selama melaksanakan kegiatan perkuliahan, penulis pernah berperan dalam berbagai kegiatan, seperti acara penerimaan mahasiswa baru, pameran prodi, malam keakraban, donor darah, hari HIV/AIDS, dan bakti sosial. Selain itu, penulis juga ambil bagian sebagai asisten dosen pada mata praktikum Bentuk Sediaan Farmasi dan Kimia Organik serta sebagai narasumber dalam acara KKN.