Analisis Keragaman Genetik Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi Utara Dengan Menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (Page)

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK PROTEIN DARAH KUDA
LOKAL SULAWESI UTARA DENGAN MENGGUNAKAN
POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS
(PAGE)

SKRIPSI
PRISKILA LISNAWATI

DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN
FAKULTAS PETERNAKAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2011

RINGKASAN
PRISKILA LISNAWATI. D14070018. 2011. Analisis Keragaman Genetik
Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi Utara dengan Menggunakan
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Skripsi. Departemen Ilmu Produksi
dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing Utama : Prof. Dr. Ir. Ronny R.Noor, M.Rur.Sc.
Pembimbing Anggota : Dr. Jakaria, S.Pt., M.Si.
Penelitian tentang kuda lokal berdasarkan analisis keragaman protein darah

masih jarang dilakukan dan baru pernah satu kali dilakukan. Penelitian tersebut
dilakukan untuk mengamati morfologi dan genetik kuda lokal Indonesia yang
dibandingkan dengan kuda lokal Jepang. Tujuan penelitian ini adalah untuk
mempelajari keragaman protein darah lokus Alb, PAlb, Tf, PTf-1, PTf-2, dan Hb pada
kuda lokal yang terdapat di Sulawesi Utara.
Sampel darah kuda lokal yang digunakan sebanyak 74 sampel yang berasal
dari Kota Manado (28 sampel), Kota Tomohon (10 sampel), Kabupaten Minahasa
(23 sampel), dan Kabupaten Minahasa Selatan (13 sampel). Identifikasi keragaman
genetik protein darah dilakukan menggunakan pendekatan Polyacrylamide Gel
Electrophoresis (PAGE) yang diwarnai dengan Coomassie Brilliant Blue (CBB).
Data dianalisis dengan menggunakan pendekatan frekuensi genotipe, frekuensi alel,
keseimbangan Hardy-Weinberg, heterozigositas, jarak genetik dan pohon genetik.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat keragaman pada populasi kuda
di Sulawesi Utara berdasarkan lokus Albumin (Alb), Post Albumin (PAlb),
Transferrin (Tf), dan Hemoglobin (Hb), sedangkan pada lokus Post Transferrin-1
(PTf-1) dan Post Transferrin-2 (PTf-2) bersifat monomorfik. Pada lokus Alb
ditemukan tiga genotipe, yaitu AA (0,57), AB (0,33), dan BB (0,10) yang
menghasilkan dua alel, yaitu alel A (0,74) dan alel B (0,26). Lokus PAlb ditemukan
empat genotipe, yaitu AA (0,01), AB (0,84), BB (0,14), dan AC (0,01) yang
menghasilkan tiga alel, yaitu alel A (0,44), alel B (0,55), dan alel C (0,01). Lokus

Transferrin terdiri dari tiga genotipe, yaitu genotipe AB (0,49), BB (0,31), dan BC
(0,20) yang menghasilkan tiga alel, yaitu alel A (0,24), alel B (0,66), dan alel C (0,1).
Lokus Hemoglobin beta hanya ditemukan satu pita dan selalu dimiliki oleh semua
individu yang mengindikasikan bahwa pada lokus tersebut bersifat monomorfik. Hal
serupa ditemui pada lokus Hemoglobin alpha. Lain halnya dengan lokus Hemoglobin
tipe ά, ditemukan dua genotipe, yaitu tipe 1 dan tipe 2 dengan frekuensi genotipe
berturut-turut adalah 0,51 dan 0,49.
Berdasarkan pengujian keseimbangan populasi, lokus Albumin pada keempat
populasi kuda lokal di Sulawesi Utara berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg,
sedangkan lokus Post Albumin tidak berada dalam keseimbangan. Nilai rataan
heterozigositas kuda lokal di Sulawesi Utara pada empat populasi sebesar 0,63.
Hubungan kekerabatan yang paling dekat terdapat antara populasi kuda di Kabupaten
Minahasa dan Kabupaten Minahasa Selatan (0,0019). Hubungan kekerabatan terjauh
terdapat antara populasi kuda di Kota Tomohon dan populasi kuda di Kota Manado
(0,0138).
Kata-kata kunci: kuda, protein darah, PAGE, polimorfisme

ABSTRACT
Study on Genetic Polymorphisms of North Sulawesi’s Native Horse Blood
Protein by using Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)

Lisnawati, P., R.R. Noor, Jakaria
The objective of this study was to estimate the polymorphisms of the Albumin, Post
Albumin, Transferrin, Post Transferrin-1, Post Transferrin-2, and Hemoglobin in
North Sulawesi's native horses. This study used PAGE method to identify protein.
Genotyping was performed on 74 samples of horse blood, which include 28 samples
from Manado, 10 samples from Tomohon, 13 samples from South Minahasa , and 23
samples from Minahasa. Genotype and allele frequency, Hardy-Weinberg
equilibrium, heterozigosity, genetic distance, and phylogenetic tree were performed
in order to describe the polymorphisms of blood protein. The result showed that the
highest allele frequency was found in locus for PTf-1 allele A was equal to 1,00 and
the lowest allele frequency was found in locus for PTf-1 allele B. Albumin locus were
in Hardy-Weinberg equilibrium. Hemoglobin type ά was found in two types, namely
type 1 and 2 with consecutive genotype frequencies were 0.51 and 0.49 respectively.
The mean heterozygosity in all population was equal to 0.63. The population of
horses in Tomohon have a far relationship with the horses population in the area of
Amurang, Minahasa, and Manado. Horse blood protein polymorphisms were found
for Albumin, Post Albumin, Transferrin and Hemoglobin.
Keywords: horse, blood protein, PAGE, polymorphisms

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK PROTEIN DARAH KUDA

LOKAL SULAWESI UTARA DENGAN MENGGUNAKAN
POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS
(PAGE)

PRISKILA LISNAWATI
D14070018

Skripsi ini merupakan salah satu syarat untuk
Memperoleh gelar Sarjana Peternakan pada
Fakultas Peternakan
Institut Pertanian Bogor

DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN
FAKULTAS PETERNAKAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2011

Judul : Analisis Keragaman Genetik Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi
Utara dengan Menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis
(PAGE)

Nama : Priskila Lisnawati
NIM

: D14070018

Menyetujui,

Pembimbing Utama,

(Prof. Dr. Ir. Ronny R.Noor, M.Rur.Sc.)
NIP. 19610210 198603 1 003

Pembimbing Anggota,

(Dr. Jakaria, S.Pt., M.Si.)
NIP. 19660105 199303 1 001

Mengetahui,
Ketua Departemen
Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan

Prof. Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc.
NIP. 19591212 198603 1 004

Tanggal Ujian: 23 Maret 2011

Tanggal Lulus:

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan pada tanggal 21 Agustus 1989 di Bogor, Jawa Barat.
Penulis adalah anak pertama dari tiga bersaudara dari pasangan Bapak Philipus dan
Ibu Lina.
Penulis mengawali pendidikan dasar pada tahun 1995 di Sekolah Dasar
Kristen Tunas Harapan Bogor dan diselesaikan pada tahun 2001. Pendidikan
menengah tingkat pertama dimulai pada tahun 2001 dan diselesaikan pada tahun
2004 di Sekolah Menengah Pertama Kesatuan Bogor. Penulis melanjutkan
pendidikan di Sekolah Menengah Atas Kesatuan Bogor pada tahun 2004 dan
diselesaikan pada tahun 2007.
Penulis diterima di Institut Pertanian Bogor pada tahun 2007 melalui jalur
Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) dan diterima di Departemen Ilmu Produksi

dan Teknologi Peternakan. Penulis pernah menjadi anggota dalam organisasi
Himpunan Mahasiswa Produksi dan Teknologi Peternakan (HIMAPROTER) periode
2008-2009. Selain itu, Penulis juga pernah menjadi anggota Animal Breeding and
Genetic Student Community (ABGSCi) periode 2010-2011. Penulis pernah
mengikuti magang di PT Elders Indonesia pada tahun 2009 dan Nusantara Polo Club
pada tahun 2010. Penulis juga berkesempatan menjadi penerima beasiswa Tanoto
Foundation tahun 2008 hingga saat ini.

KATA PENGANTAR
Puji dan syukur senantiasa dipanjatkan kepada Tuhan Yesus Kristus karena
atas anugerahNya skripsi ini dapat diselesaikan. Skripsi yang berjudul Analisis
Keragaman Genetik Protein Darah Kuda Lokal Sulawesi Utara dengan
Menggunakan Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) merupakan salah satu
syarat untuk memperoleh gelar sarjana pada Fakultas Peternakan Institut Pertanian
Bogor.
Ternak kuda merupakan salah satu komoditi peternakan yang memiliki
beragam fungsi. Namun, hingga saat ini informasi genetik kuda lokal di Indonesia
secara umum masih sangat terbatas. Informasi genetik sangat menunjang untuk
program pemuliaan ternak kuda. Perlu dilakukan penelitian-penelitian di bidang ini
yaitu dengan melakukan studi keragaman genetik kuda lokal menggunakan metode

Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE).
Penulis menyadari bahwa dalam penulisan ini masih banyak kekurangan.
Kritik dan saran yang membangun sangat diharapkan demi kesempurnaan tulisan ini.
Semoga tulisan ini dapat bermanfaat bagi pembaca dan menjadi pedoman dasar
untuk penelitian serupa pada masa yang akan datang. Amin.

Bogor, 23 Maret 2011

Penulis

DAFTAR ISI
Halaman
RINGKASAN ................................................................................................

ii

ABSTRACT ...................................................................................................

iii

LEMBAR PERNYATAAN ...........................................................................

iv

LEMBAR PENGESAHAN ...........................................................................

v

RIWAYAT HIDUP .......................................................................................

vi

KATA PENGANTAR ...................................................................................

vii

DAFTAR ISI ..................................................................................................

viii

DAFTAR TABEL ..........................................................................................

x

DAFTAR GAMBAR .....................................................................................

xi

PENDAHULUAN .........................................................................................

1

Latar Belakang ...................................................................................
Tujuan ................................................................................................

1
2

TINJAUAN PUSTAKA ................................................................................

3

Klasifikasi Kuda ................................................................................
Bangsa Kuda di Indonesia .................................................................
Kuda Sulawesi ...................................................................................
Kota Manado ..........................................................................
Kota Tomohon .......................................................................
Kabupaten Minahasa ..............................................................
Kabupaten Minahasa Selatan .................................................
Protein Darah ....................................................................................
Polimorfisme Protein Darah ..............................................................
Analisis Keragaman Genetik .............................................................
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) ...................................

3
5
5
6
6
6
6
7
8
10
11

MATERI DAN METODE PENELITIAN ....................................................

14

Waktu dan Tempat .............................................................................
Materi .................................................................................................
Prosedur .............................................................................................
Pengambilan Sampel Darah ...................................................
Preparasi Sampel ....................................................................
Elektroforesis Protein Darah ..................................................
Visualisasi dan Genotyping ...................................................
Analisis Data ......................................................................................
Frekuensi Genotipe ................................................................
Frekuensi Alel ........................................................................
Hukum Keseimbangan Hardy-Weinberg ...............................
Heterozigositas .......................................................................

14
14
16
16
16
16
16
17
17
18
18
18

Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik ....................................

19

HASIL DAN PEMBAHASAN .....................................................................

20

Keragaman Protein Plasma Darah .....................................................
Lokus Albumin (Alb) ..............................................................
Lokus Post Albumin (PAlb) ...................................................
Lokus Transferrin (Tf) ...........................................................
Lokus Post Transferrin-1 (PTf-1) ..........................................
Lokus Post Transferrin-2 (PTf-2) ..........................................
Keragaman Protein Sel Darah Merah ................................................
Lokus Hemoglobin (Hb) ........................................................
Frekuensi Alel ....................................................................................
Keseimbangan Hardy-Weinberg ........................................................
Heterozigositas ...................................................................................
Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik ................................................

20
21
22
22
22
23
23
24
24
26
27
28

KESIMPULAN DAN SARAN .....................................................................

31

Kesimpulan ........................................................................................
Saran ...................................................................................................

31
31

UCAPAN TERIMA KASIH .........................................................................

32

DAFTAR PUSTAKA ....................................................................................

33

LAMPIRAN ...................................................................................................

36

ix

DAFTAR TABEL
Nomor

Halaman

1.

Tipe, Kegunaan, Jenis, Tinggi, Bobot Badan dan Habitat Asli Kuda

4

2.

Karakteristik Kuda Lokal Indonesia ..................................................

5

3.

Jumlah Alel pada Lokus Kuda ...........................................................

8

4.

Frekuensi Genotipe Lokus Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 Kuda
Lokal Sulawesi Utara .........................................................................

21

5.

Frekuensi Tipe Lokus Hb Kuda Lokal Sulawesi Utara .....................

24

6.

Frekuensi Alel Kuda Lokal Sulawesi Utara .......................................

25

7.

Hasil Uji χ2 pada Populasi Kuda Lokal Sulawesi Utara .....................

26

8.

Nilai Heterozigositas pada Kuda Lokal Sulawesi Utara ....................

27

9.

Jarak Genetik Kuda Lokal Sulawesi Utara ........................................

29

DAFTAR GAMBAR
Nomor

Halaman

1.

Prinsip Dasar Disc-electrophoresis (Omstein, 1964) ..........................

12

2.

Contoh Pita Protein Darah dengan Pewarnaan Coomassie Brilliant
Blue (Westermier, 2005) ...................................................................

12

3.

Kurva Berat Molekul Protein (Westermier, 2005) .............................

13

4.

Peta Provinsi Sulawesi Utara .............................................................

14

5.

Preparasi Sampel Darah Kuda ...........................................................

16

6.

Pola Pita Protein Darah (Nozawa et al., 1981)

...............................

17

7.

Visualisasi Pola Pita Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 ..........................

20

8.

Rekonstruksi Pola Pita Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 ....................

20

9.

Pola Pita Hemoglobin Kuda Lokal .....................................................

23

10. Rekonstruksi Pola Pita Hemoglobin ..................................................

23

11. Dendogram Pohon Filogenetik Kuda Lokal Sulawesi Utara .............

29

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Kuda merupakan salah satu hewan ternak yang memiliki banyak kegunaan, di
antaranya sebagai ternak tunggangan, mengangkut beban, menarik kereta, sumber
protein pangan dan untuk pacuan kuda. Populasi kuda di Indonesia berkisar 400.000
ekor yang tersebar di beberapa daerah (BPS, 2005). Indonesia memiliki agroklimat
yang beragam sehingga sistem budi daya dan adaptasi ternak kuda berbeda pada
masing-masing daerah. Hal ini menyebabkan perbedaan fungsi kuda di berbagai
daerah di Indonesia. Beberapa daerah di Indonesia yang menggunakan kuda sebagai
alat transportasi adalah Jawa Barat, Jawa Tengah, Yogyakarta, Sumatera Utara,
Sumatera Barat, Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah, dan Sulawesi Selatan.
Pemanfaatan kuda untuk produksi susu, kulit, dan daging hanya terdapat di Sulawesi
Selatan dan Nusa Tenggara Timur, sedangkan di daerah lain kuda umumnya
dimanfaatkan

sebagai

simbol

budaya

yang

melambangkan

status

sosial

kemasyarakatan mereka.
Sulawesi Utara merupakan salah satu wilayah yang memiliki populasi kuda
dengan berbagai macam pemanfaatan, diantaranya sebagai kuda pacu. Sulawesi
Utara juga merupakan salah satu sentra perdagangan kuda sehingga dapat
diindikasikan bahwa kuda Sulawesi Utara memiliki keragaman genetik yang tinggi.
Keragaman genetik merupakan sebuah parameter untuk mempelajari genetika
populasi dan genetika evolusi. Identifikasi keragaman genetik dalam suatu populasi
digunakan untuk mengetahui dan melestarikan bangsa-bangsa dalam populasi.
Salah satu indikator yang menentukan tingkat keragaman genetik adalah
protein darah. Protein darah merupakan salah satu bentuk makromolekul disamping
asam nukleat dan polisakarida, biokatalisator, hormon reseptor, tempat penyimpanan
informasi genetic serta merupakan produk langsung gen yang relatif tidak
terpengaruh oleh perubahan lingkungan. Protein darah dapat digunakan untuk
menganalisis keragaman genetik dengan menggunakan metode Polyacrylamide Gel
Electrophoresis (PAGE).
Pengetahuan tentang keragaman genetik kuda lokal Sulawesi Utara masih
terbatas bahkan belum pernah dilakukan penelitian. Penelitian sebelumnya hanya
sebatas pada kuda Padang, Batak, Lombok, dan Flores (Nozawa et al., 1981). Oleh

karena itu, penelitian ini sangat dibutuhkan dalam menambah informasi dasar
khususnya protein darah untuk menunjang perkembangan kuda di Sulawesi Utara.
Tujuan
Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman protein darah
lokus Alb, PAlb, Tf, PTf-1, PTf-2, dan Hb pada kuda lokal yang terdapat di Sulawesi
Utara. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk mengetahui jarak genetik dan
pohon filogenetik kuda lokal Sulawesi Utara.

2

TINJAUAN PUSTAKA
Klasifikasi Kuda
Kuda digolongkan ke dalam hewan dalam filum Chordata yaitu hewan yang
bertulang belakang, kelas Mammalia yaitu hewan yang menyusui anaknya, ordo
Perissodactyla yaitu hewan berteracak tak memamahbiak, famili Equidae, dan
spesies Equus caballus. Para pakar percaya bahwa dahulu kala terdapat hewan
prakuda dengan jari teracak jari kaki sebanyak lima buah disebut Paleohippus.
Hewan tersebut kemudian berkembang dengan empat jari teracak dan satu penunjang
(split), sedangkan kaki belakangnya terdiri atas tiga jari teracak dan satu split
(Ehippus). Evolusi berlanjut dengan terbentuknya Mesohippus dan Meryhippus yang
memiliki teracak kaki depan dan belakang sebanyak tiga buah. Pliohippus menjadi
hewan teracak tunggal pertama yang selanjutnya berkembang menjadi kuda saat ini
(Equus caballus) (Blakely dan Blade, 1991).
Populasi kuda di seluruh dunia mencapai 62 juta ekor, yang terdiri dari 500
ratus bangsa, tipe dan varietas. Bangsa kuda pada awalnya dianggap sebagai hewan
yang berkaitan dengan lokasi geografis tempatnya dikembangbiakkan untuk
memenuhi kebutuhan manusia secara spesifik. Kini bangsa kuda seringkali
ditentukan oleh komunitas atau lembaga yang melakukan pencatatan keturunan dan
membuat buku silsilah kuda hasil seleksi berdasar pada daerah asal, fungsi dan ciri
fenotipik (Bowling dan Ruvinsky, 2004).
Kuda dapat diklasifikasikan menjadi kuda tipe ringan, tipe berat maupun
kuda poni sesuai dengan ukuran bentuk tubuh dan kegunaannya. Kuda tipe ringan
mempunyai tinggi 1,45-1,7 m saat berdiri, bobot badan 450-700 kg dan sering
digunakan sebagai kuda tunggang, kuda tarik atau kuda pacu. Kuda tipe ringan
secara umum lebih aktif dan lebih cepat dibanding kuda tipe berat. Kuda tipe berat
mempunyai tinggi 1,45-1,75 m saat berdiri, dengan bobot badan lebih dari 700 kg
dan biasa digunakan untuk kuda pekerja. Kuda poni memiliki tinggi kurang dari 1,45
m jika berdiri dan bobot badan 250-450 kg, beberapa kuda berukuran kecil biasanya
juga berbentuk dari keturunan kuda tipe ringan (Ensminger, 1962). Pada Tabel 1
dapat dilihat tipe, kegunaan, jenis, tinggi, bobot badan dan habitat asli kuda dari yang
ada di dunia.

Tabel 1. Tipe, Kegunaan, Jenis, Tinggi, Bobot Badan dan Habitat Asli Kuda
Tipe

Kegunaan

Kuda
Tunggang

Kuda tunggang
berlari cepat
Tiga

Kuda tunggang
berlari cepat
Lima
Kuda
untuk
berjalan
Stock horse

Pendaki
Pemburu
Pelompat

dan

Kuda
Poni
untuk
ditunggangi
Kuda
Pacu
Pelari
Kuda
Pacu
berpakaian
Kuda Quarter
Kuda
Tarik

Kuda
Berpakaian Tipe
Berat

Kuda
Berpakaian Tipe
Sedang
Kuda
Transportasi
Kuda
Poni
untuk menarik

Jenis
Kuda Albino Amerika

Tinggi
(m)
1,45-1,7

Bobot
Badan
(kg)
450-700

Amerika Serikat

Habitat Asli

Kuda Sadel Amerika
Kuda Arab
Kuda Appalossa
Kuda Morgan
Kuda Spotted Maroko
Kuda Palomino
Kuda Thoroughbred
Kuda Sadel Amerika

1,45-1,7

450-700

Amerika Serikat
Arab Saudi
Amerika Serikat
Amerika Serikat
Amerika Serikat
Amerika Serikat
Inggris
Amerika Serikat

Kuda Tennese Walking

1,5-1,6

500-600

Amerika Serikat

1,55-1,6

500-550

Amerika Serikat
Arab Saudi
Amerika Serikat
Amerika Serikat
Amerika Serikat
Amerika Serikat
Inggris

1,45-1,55
1,55-1,65

500-626
500-625

0,9-1,45

250-450

Shertlond
Inggris

kuda Thoroughbred

1,55-1,65

450-600

Inggris

Kuda Standardbred

1,45-1,55

450-600

Amerika Serikat

Kuda Quarter

1,45-1,55

500-600

Amerika Serikat

Kuda Cleveland Bay

1,45-1,65

450-650

Inggris

1,45-1,7

450-700

Perancis
Jerman
Inggris
Inggris
Amerika Serikat

1,45-1,55

450-600

Amerika Serikat

0,9-1,45

250-450

Inggris
Shertland Isles

Tingkatan pesilangan atau
hasil biak dalam dari:
Kuda Appalossa
Kuda Arab
Kuda Morgan
Kuda Spotted Maroko
Kuda Palomino
Kuda Quarter
Kuda Thoroughbred
Tingkatan, persilangan
atau hasil biak dalam dari
semua jenis juda tetapi
dominasi oleh keturunan
Thoroughbred
Kuda Shetland dan Welsh

Kuda Frech Coach
Kuda Jerman Coach
Kuda Hackney
Kuda Yorkshire Coach
Didominasi oleh Kuda
Sadel Amerika
Kuda Morgan & Kuda
Standardbred
Kuda Hackney, Kuda
Shetland dan Ewish

Isles

Sumber: Ensminger (1962)

4

Bangsa Kuda di Indonesia
Indonesia memiliki beberapa kelompok populasi kuda yang berasal dari kuda
jenis Thoroughbred untuk digunakan sebagai pacuan atau disilangkan dengan kuda
lokal. Populasi kuda lokal silangan dan kuda asli Sumba dikenal dengan sebutan
kuda Sandel. Karakteristik masing-masing kuda lokal di Indonesia dapat dilihat pada
Tabel 2.
Tabel 2. Karakteristik Kuda Lokal Indonesia

Kuda Sumba

Tinggi
Badan
(m)
1,27

Kuda Timor

1,22

Bentuk badan dan punggung lurus, leher pendek, bahu dan ekor yang
tinggi, bagian tengkuk dan ekor penuh bulu.

Kuda Sandel

1,35

Ukuran tubuh kecil, bentuk kepala kecil, mata besar, bulu lembut dan
berkilauan dan mempunyai kecepatan yang baik dan sangat efektif
dengan kuku kaki yang keras dan kuat.

Kuda Batak

1,32

Bentuk kepala bagus dengan bagian muka yang lurus, leher pendek
dan lemah. Memiliki bagian punggung yang panjang dan sempit
dengan kaki belakang ramping.

Kuda Jawa

1,27

Memiliki stamina yang baik dan tahan terhadap panas, ukuran tubuh
relatif lebih besar.

Kuda Padang

1,27

Kuku kaki keras dan bentuknya bagus, bagian tumit lemah,
konformasi baik tetapi pertulangannya kecil.

Kuda Sulawesi

1,25

Daya tahan tubuh kuat, kaki tegap dan kuat, dan bertempramen stabil.

Kuda Flores

1,24

Bentuk badan kecil dan jinak.

Kuda Bima

-

Jenis Kuda

Karakteristik
Bentuk kepala terlihat lebih besar dibanding kaki. Sifatnya jinak dan
cerdas, punggung kuat, namun konformasi badan kurang sempurna.

Bentuk badan kecil, memiliki pinggang yang pendek dengan daya
tahan tubuh baik dan memiliki langkah yang cepat.
Sumber : Edward (1994); Soehardjono (1990)

Kuda Sulawesi
Kuda Sulawesi mirip dengan kuda Makassar. Kuda ini berasal dari pulau
Jawa, bertempramen stabil serta berdaya tahan kenyal. Hewan ini bisa digunakan
sebagai kuda tunggang atau kuda beban. Perangkat tubuhnya sempurna, berkaki
tegap, dan kuat. Jenis kuda ini berukuran tinggi 1,25 m, berotot kaki kuat, persendian
kuku jarang sakit (Soehardjono, 1990). Populasi kuda di Sulawesi Utara sebanyak
8.543 ekor (BPS, 2005).

5

Kota Manado
Kota Manado terletak di ujung jazirah utara pulau Sulawesi, pada posisi
geografis 124°40'-124°50' Bujur Timur (BT) dan 1°30'-1°40' Lintang Utara (LU).
Iklim di kota ini adalah iklim tropis dengan rataan suhu 29,4-32,2 °C pada siang hari
sedangkan suhu pada malam hari berkisar antara 21,6-23,2 oC (Hardjono, 2004).
Rataan curah hujan 3.187 mm/tahun dengan iklim terkering disekitar bulan Agustus
dan terbasah pada bulan Januari. Intensitas penyinaran matahari rata-rata 53% dan
kelembaban ±84%. Jumlah populasi kuda di Kota Manado sebanyak 163 ekor
(manadokota.go.id).
Kota Tomohon
Kota Tomohon berada pada 1°15' LU dan 124°50' BT. Luas Kota Tomohon
berdasarkan keputusan UU RI Nomor 10 Tahun 2003 sekitar 11.420 ha dengan
jumlah penduduk mencapai 87.719 jiwa. Wilayah Kota Tomohon memiliki
karakteristik topografi yang bergunung dan berbukit yang membentang dari utara ke
selatan. Akibat kondisi topografi tersebut maka pengembangan wilayah kota menjadi
terbatas. Rataan curah hujan 1.422–2.364 mm (Hardjono, 2004). Rataan suhu hanya
berfluktuasi antara 22,02 °C sampai 22,8 °C dengan kelembaban berkisar antara
85%-91%. Jumlah populasi kuda di Kota Tomohon sebanyak 267 ekor
(tomohonkota.go.id).
Kabupaten Minahasa
Kabupaten Minahasa adalah salah satu kabupaten di provinsi Sulawesi Utara,
Indonesia. Ibu kota kabupaten ini adalah Tondano. Kabupaten ini memiliki luas
wilayah 872,32 km² (Hardjono, 2004). Minahasa dahulu disebut Tanah Malesung
adalah kawasan didalam provinsi di semenanjung Sulawesi Utara di Indonesia.
Jumlah populasi kuda di Kabupaten Minahasa sebanyak 3.439 ekor. Kabupaten ini
memiliki rataan suhu 21,9-22,6 oC (minahasa.go.id).
Kabupaten Minahasa Selatan
Kabupaten Minahasa Selatan adalah salah satu Kabupaten di Provinsi
Sulawesi Utara. Ibukota Kabupaten Minahasa Selatan adalah Amurang, berjarak
sekitar 64 km dari Manado. Kabupaten ini memiliki luas wilayah 1.429,7 km2.
Rataan kelembaban berkisar antara 60%-90% sedangkan rataan suhu bulanan adalah

6

23,5 oC. Rataan curah hujan per tahun adalah 1.282 mm (Hardjono, 2004). Jumlah
populasi kuda di Kabupaten Minahasa Selatan sebanyak 170 ekor (minsel.go.id).
Protein Darah
Protein merupakan kompleks makromolekul yang terdiri dari asam amino dan
tersusun dengan adanya ikatan peptida dalam bentuk linear dan tidak bercabang.
Stuktur protein terbagi menjadi empat bentuk, yaitu struktur primer, sekunder,
tersier, dan kuartener (Rosenberg, 2005). Persentase protein dalam tubuh berkisar
antara 15%-18% dari bobot tubuh, sedangkan kandungan protein dalam plasma
berkisar antara 2%-3% dari bobot tubuh (Riis, 1983).
Protein darah merupakan salah satu bentuk makromolekul disamping asam
nukleat dan polisakarida, biokatalisator, hormon reseptor, dan tempat penyimpanan
informasi genetik. Makro molekul tersebut adalah biopolimer yang dibentuk dari unit
monomer. Unit monomer untuk asam nukleat adalah nukleotida, sedangkan
monomer untuk kompleks polisakarida adalah devirat gula dan monomer untuk
protein adalah asam amino (Rodwell, 1983).
Darah adalah jaringan yang beredar dalam sistem pembuluh darah yang
tertutup. Darah terdiri dari unsur-unsur sel darah merah/putih dan trombosit yang
terdapat dalam medium cair yang disebut plasma, campuran yang sangat kompleks
tidak hanya terdiri dari protein sederhana tetapi juga protein campuran seperti
glikoprotein dan berbagai jenis lipo-protein. Protein plasma dibagi dalam tiga bagian,
yakni fibrinogen, albumin, dan globulin, dimana albumin merupakan bahan yang
paling tinggi konsentrasinya dan mempunyai berat molekul paling rendah
dibandingkan molekul protein utama plasma.
Perbedaan bentuk setiap protein darah menurut Nicholas (1987) dapat
dideteksi dengan membedakan kecepatan geraknya dalam sel elektroforesis. Individu
homozigot menampilkan pita pada gel elektroforesis berbeda dibandingkan dengan
individu heterozigot. Cara ini sering dipakai pula untuk menelusuri hubungan
kekerabatan antara individu dengan melihat persamaan dan perbedaan protein darah
yang dimilikinya (Tabel 3).

7

Tabel 3. Jumlah Alel pada Lokus Kuda
Nama Lokus

Simbol Lokus

Jumlah Alel
Biasa

Jarang
(4)

A1B-Glycoprotein

A1B

3

Aspartate aminotransferase

AAT

2

Albumin

ALB

3

Acid phosphatase

AP

2

Complement component 3

C3

4

Carbonic anhydrase

CA

6

CAT

2

Ceruloplasmin

CP

2

NADH diaphorase

DIA

2

ES

10

FUCA

3

Vitamin D-binding protein

GC

2

Glucosephosphate isomerase

GPI

4

Haptoglobin

HP

2

Haemoglobin alpha

HBA

4

Malic enzyme 1

MET

2

Mannosephosphate isomerase

MPI

3

Peptidase A

PEPA

2

Plasminogen

PLG

2

Phosphoglucomutase

PGM

3

6-PGD

3

(2)

PI

25

(+)

Red cell protein

RCP

2

Serum protein 3

SP3

5

Transferrin

TF

15

BLG-II

5

Catalase

Serum carboxylesterase
Fucosidase alpha

6-Phosphogluconate dehydrogenase
Protease inhibitor

Lactoglobulin beta II

(+)

(+)
(2)

(+)

Sumber: Sandberg dan Cothran (2000)

Polimorfisme Protein Darah
Polimorfisme adalah suatu keadaan dimana terdapat beberapa bentuk fenotipe
yang berbeda yang berhubungan satu sama lainnya. Studi polimorfisme adalah studi
tentang karakteristik dari berbagai protein. Polimorfisme suatu protein darah dapat
dipelajari melalui struktur protein atau enzim karena perbedaan basa dalam DNA
dapat dianggap sebagai sifat biokimia untuk membedakan jenis organisme. Enzim
8

dan protein terdiri dari satu atau lebih rangkaian polipeptida yang dibawa oleh gen
pada lokus yang sama atau berbeda sehingga dengan adanya pola pita polimorfisme
protein dan enzim dapat dianggap sebagai ciri fenotipe dari suatu individu. Pita-pita
yang terbentuk dapat diduga protein atau enzim yang dibawa oleh alel gen dalam
lokus yang sama atau lokus yang berbeda (non alel gen) (Selander, 1976; Nicholas,
1987).
Beberapa polimorfisme protein dapat dipelajari dalam darah, telur dan organ
tubuh burung puyuh (Maeda et al., 1972). Kimura et al. (1980) menyatakan bahwa
protein darah merupakan produk langsung dari gen yang relatif tidak terpengaruh
oleh perubahan lingkungan, selain itu pula protein ini terdiri dari satu atau lebih
rangkaian polipeptida yang dibawa oleh gen pada lokus yang sama atau lokus yang
berbeda, sehingga dengan adanya pola pita yang memiliki karakterisitik tertentu pada
polimorfisme protein, dapat dianggap sebagai fenotip dari suatu individu. Lebih
lanjut Maeda et al. (1980) menyatakan bahwa untuk melakukan studi polimorfisme
dapat digunakan teknik elektroforesis sebagai proses analisisnya, dan eletroforesis
tidak hanya digunakan untuk mendeteksi variasi alel dan gen dari suatu individu
tetapi dapat juga digunakan untuk menduga variasi genetik dalam populasi.
Nicholas (1987) menyatakan perbedaan bentuk setiap protein darah dapat
dideteksi dengan membedakan kecepatan gerakannya dalam elektroforesis gel.
Selanjutnya dinyatakan bahwa molekul yang lebih kecil akan bergerak lebih cepat
dan lebih jauh dalam satuan waktu yang sama. Banyaknya kelompok keragaman
bentuk protein darah menunjukkan karakteristik protein darah tertentu. Setiap
kelompok protein darah akan diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya.
Protein tersebut merupakan penampilan bentuk alel pada lokusnya. Harper et al.
(1980) menyatakan bahwa jika arus listrik dialirkan pada suatu media penyangga
yang telah berisi protein plasma, maka proses migrasi terhadap komponen-komponen
protein tersebut dimulai. Protein albumin mengalami proses migrasi yang lebih cepat
dibandingkan dengan protein lainnya (protein globulin).
Warwick et al. (1990) menyatakan bahwa sejumlah besar perbedaanperbedaan yang diatur secara genetis telah ditemukan dalam globulin (Transferrin),
Albumin, enzim-enzim darah dan Hemoglobin. Perbedaan-perbedaan tersebut
ditentukan dengan prosedur biokimia, antara lain dengan elektroforesis. Lebih lanjut

9

dikemukakan bahwa polimorfisme biokimia yang diatur secara genetis sangat
berguna untuk membantu penentuan asal-usul, menyusun hubungan filogenetis
antara spesies, bangsa dan atau kelompok-kelompok dalam spesies yang merupakan
hasil utama dari produk gen.
Nozawa et al. (1981) menyatakan bahwa studi keragaman genetik 26 lokus
protein darah pada kuda lokal Indonesia memiliki proporsi keragaman 23%-24%
dengan rataan nilai heterozigositasnya sebesar 8%-11%.
Analisis Keragaman Genetik
Keragaman genetik dalam suatu populasi digunakan untuk mengetahui dan
melestarikan bangsa-bangsa dalam populasi terkait dengan penciri suatu sifat khusus.
Pengetahuan akan keragaman genetik suatu bangsa akan sangat bermanfaat bagi
keamanan dan ketersediaan bahan pangan yang berkesinambungan (Blott et al.,
2003). Hukum Hardy-Weinberg menyatakan bahwa frekuensi genotipe suatu
populasi yang cukup besar akan selalu dalam keadaan seimbang bila tidak ada
seleksi, migrasi, mutasi dan genetic drift (Noor, 2008). Hal tersebut menunjukkan
bahwa suatu populasi jika berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg maka
genotipe pengamatan dalam populasi tersebut mendekati atau hampir sama dengan
nilai harapannya atau sebaliknya.
Ada atau tidaknya polimorfime pada gen atau lokus yang diamati dapat
diketahui dari nilai frekuensi alel. Gen dikatakan bersifat polimorfik yaitu apabila
salah satu alelnya mempunyai frekuensi kurang dari 99% (Nei & Kumar, 2000) atau
95% (Hartl, 1988). Sebaliknya, gen dikatakan monomorfik apabila tidak memenuhi
kriteria polimorfik diatas. Keragaman genetik digunakan untuk menginvestigasi
hubungan genetik suatu spesies antar subpopulasi. Prinsipnya adalah kemungkinan
adanya alel bersama yang dimiliki antar subpopulasi yang disebabkan oleh migrasi.
Alel bersama ini juga mengindikasikan adanya asal-usul atau tetua yang sama (Hartl,
1988). Keragaman genetik dapat dihitung secara kuantitatif dengan menggunakan
nilai frekuensi alel. Frekuensi alel adalah proporsi jumlah suatu alel terhadap jumlah
total alel dalam suatu populasi pada lokus yang sama (Nei dan Kumar 2000).
Berdasarkan nilai frekuensi alel, maka selanjutnya dapat dibandingkan perbedaan
antar gen, baik didalam maupun antar populasi.

10

Heterozigositas menggambarkan adanya variasi genetik pada suatu populasi.
Semakin tinggi nilai heterozigositas pada suatu populasi maka tinggi pula variasi
genetik pada populasi tersebut (Ferguson, 1980). Pendugaan nilai heterozigositas
dihitung untuk mendapatkan keragaman genetik dalam populasi yang dapat
digunakan untuk membantu program seleksi pada ternak yang akan digunakan
sebagai sumber genetik pada generasi berikutnya (Marson et al., 2005).
Jarak genetik merupakan tingkat perbedaan gen (perbedaan genom) antara
dua populasi, yang biasa dihitung berdasarkan fungsi dari frekuensi alel. Jarak
genetik dapat digunakan dalam memperkirakan waktu terjadinya pemisahan antar
populasi dan dapat juga digunakan dalam membangun pohon filogenetik (Nei and
Kumar, 2000). Semakin kecil nilai jarak genetik yang diperoleh menunjukkan
adanya hubungan kekerabatan yang lebih dekat. Pohon filogenetik atau pohon
evolusi adalah pohon yang menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai spesies
yang diyakini memiliki nenek moyang yang sama. Dalam sebuah pohon filogenetik,
setiap node dengan keturunan merupakan nenek moyang terbaru dari keturunan, dan
panjang tepi dalam beberapa pohon sesuai dengan perkiraan waktu (Miller, 2009).
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)
Polyacrylamide Gel Electrophoresis merupakan salah satu cara teknik yang
dapat digunakan untuk mengidentifikasi enzim atau protein, yaitu teknik untuk
memisahkan molekul kimia menggunakan arus listrik. Pemisahan dilakukan
berdasarkan perbedaan ukuran, berat molekul, dan muatan listrik yang dikandung
oleh makromolekul tersebut (Stenesh, 1984).
Westermeier (2005) menyatakan bahwa teknik elektroforesis dapat dibagi
dalam dua kategori yaitu elektroforesis tabung (cylindrical gels) dan elektroforesis
lembaran (layer gels). Elektroforesis dengan layer gel memiliki keunggulan yaitu
proses separasi yang lebih cepat, pita protein yang lebih tegas terlihat, pewarnaan
yang singkat, efisien, dan lebih sensitif. Omstein (1964) menyatakan bahwa disc-gel
electrophoresis merupakan perbaikan dari elektroforesis layer dimana protein akan
dipisahkan menjadi pita-pita yang memiliki resolusi tinggi. Teknik ini dinamakan
disc-gel electroforesis karena menggunakan perbedaan pH, kekuatan ionik,
komposisi buffer dan komposisi gelnya (Gambar 1). Teknik ini mampu memecahkan
dua masalah dalam elektroforesis protein darah yaitu mencegah agregasi dan
11

presipitasi protein selama sampel dimasukkan kedalam gel dan meningkatkan bentuk
yang tegas pada pita protein.

Gambar 1. Prinsip Dasar Disc-electrophoresis (Omstein, 1964)
Harper et al. (1980) menyatakan bahwa elektroforesis adalah suatu cara
analisis kimia yang didasarkan kepada gerakan molekul bermuatan didalam medan
listrik. Pergerakan molekul didalam medan listrik dipengaruhi oleh ukuran, bentuk,
besar muatan dan sifat kimia dari molekul. Berbagai komponen protein serum pada
pH diatas dan dibawah titik isoelektriknya akan bergerak turun dengan kecepatan
yang berbeda karena muatan permukaannya berbeda. Contoh pola pita protein untuk
beberapa interval berat molekul dapat dilihat pada Gambar 2 dan 3.

Gambar 2. Contoh Pita Protein Darah dengan Pewarnaan Coomassie
Brilliant Blue (Westermier, 2005)
12

Gambar 3. Kurva Berat Molekul Protein (Westermier, 2005)

13

MATERI DAN METODE PENELITIAN
Waktu dan Tempat
Pengambilan sampel darah kuda dilakukan di Sulawesi Utara pada empat
Kabupaten/Kota yaitu Kota Manado, Kota Tomohon, Kabupaten Minahasa, dan
Kabupaten Minahasa Selatan yang dilaksanakan pada Juni 2010. Identifikasi
keragaman protein darah dilaksanakan awal Juli sampai dengan Oktober 2010 di
Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak,
Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Materi
Sampel Darah
Materi darah kuda lokal yang digunakan dalam penelitian sebanyak 74
sampel yang terdiri dari 28 sampel dari Kota Manado, 10 sampel dari Kota
Tomohon, 23 sampel dari Kabupaten Minahasa, dan 13 sampel dari Kabupaten
Minahasa Selatan (Gambar 4).

Gambar 4. Peta Provinsi Sulawesi Utara

Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE)
Gel elektroforesis terdiri dari gel pemisah dan gel penggertak. Gel pemisah
merupakan gel yang dicampurkan dari beberapa bahan di antaranya bahan IA, IB, IC,
dan ID. Masing-masing bahan terdiri dari:
Bahan IA

: 39,0 g Acrylamide; 1,0 g Bis Acrylamide; 20,0 ml Glycerol
, dan aquadestilata sampai 100 ml.

Bahan IB

: 9,15 g Tris; 3 ml HCl, dan aquadestilata sampai 100 ml.

Bahan IC

: 0,2 g Ammonium persulfat dan aquadestilata sampai 100 ml.

Bahan ID

: TEMED 400 µl/100 ml aquadestilata

Gel penggertak merupakan gel yang dicampurkan dari beberapa bahan di
antaranya bahan IIA, IIB, IIC, dan IID. Masing-masing bahan terdiri dari:
Bahan IIA

: 38,0 g Acrylamide; 2,0 g Bis Acrylamide; 20,0 ml Glycerol
; dan aquadestilata sampai 100 ml.

Bahan IIB

: 1,5 g Tris, 1 ml HCl, dan aquadestilata hingga 100 ml.

Bahan IIC

: 0,4 g Ammonium persulfat dan aquadestilata sampai 100 ml.

Bahan IID

: TEMED 200 µl/100 ml aquadestilata

Buffer Elektroda
Buffer elektroda yang digunakan terdiri dari 1,5 g Tris, 7,2 g Glycine dan
ditambahkan aquadestilata hingga 1 liter.
Pewarnaan Protein
Bahan-bahan untuk pewarnaan protein terdiri dari bahan pewarna plasma,
bahan pewarna sel darah merah, dan bahan pencuci. Bahan larutan pewarna
Coomassie Brilliant Blue 250 R (untuk plasma) terdiri dari 1,25 g Coomassie
Brilliant Blue; 225 ml methanol; 50 ml asam asetat, dan 225 ml aquadestilata. Bahan
larutan pewarna Ponceau-S (untuk sel darah merah) terdiri dari 5 g TCA; 100 ml
aquadestilata dan 0,5 g Ponceau-S dalam aquadestilata. Bahan untuk larutan
pencuci terdiri dari 800 ml aquadestilata; 150 ml methanol; dan 50 ml asam asetat.

15

Prosedur
Pengambilan Sampel Darah
Pengambilan sampel darah kuda sebanyak ±3 ml melalui vena jugularis
dengan menggunakan venojact lalu segera dimasukkan kedalam tabung vaccutainer
yang dimasukkan kedalam termos es dan disimpan dalam suhu 4 ºC.
Preparasi Sampel
Darah yang didapatkan disentrifugasi pada kecepatan 8000 rpm selama 30
menit. Plasma yang terbentuk kemudian dipindahkan ke tabung 1,5 ml dan disimpan
pada suhu 4

o

C sampai dilakukan pemisahan protein menggunakan metode

elektroforesis. Proses preparasi sampel ditampilkan pada Gambar 5.

Gambar 5. Preparasi Sampel Darah Kuda
Elektroforesis Protein Darah
Elektroforesis protein plasma darah dilakukan menggunakan perangkat
elektroforesis EP-155 (Advantec) pada arus 15-35 mA dengan tegangan 150 V
selama 1 jam 45 menit (PS300, Advantec). Gel yang digunakan merupakan stacking
PAGE dengan konsentrasi 5% dan 3%. Elektroforesis protein sel darah merah
dilakukan pada arus 15-35 mA dengan tegangan 150 V selama 1 jam 30 menit. Gel
yang digunakan merupakan stacking PAGE dengan konsentrasi 8% dan 4%.
Visualisasi dan Genotyping
Visualisasi pita protein pada stacking PAGE dilakukan dengan menggunakan
pewarnaan Coomassie Brilliant Blue 2,5%. Selanjutnya, gel dicuci menggunakan
methanol sampai muncul pita. Genotyping dilakukan dengan mensejajarkan pita-pita
protein pada gel. Protein yang diamati meliputi Albumin (Alb), Post Albumin (PAlb),
16

Transferrin (Tf), Post Transferrin-1 (PTf-1), Post Transferrin-2 (PTf-2), dan
Hemoglobin (Hb). Genotyping yang dilakukan mengikuti Nozawa et al. (1981)
(Gambar 6).

Gambar 6. Pola Pita Protein Darah (Nozawa et al., 1981)
Analisis Data
Frekuensi Genotipe
Frekuensi genotipe merupakan rasio dari jumlah suatu genotipe terhadap
jumlah populasi. Model matematika frekuensi genotipe (Nei dan Kumar, 2000):

Keterangan:
= frekuensi genotipe ke ii
= jumlah sampel bergenotipe ii
N = jumlah seluruh sampel

17

Frekuensi Alel
Frekuensi alel merupakan rasio relatif suatu alel terhadap keseluruhan alel
pada suatu lokus dalam populasi. Model matematika frekuensi alel (Nei dan Kumar,
2000):

Keterangan:
Xi = frekuensi alel ke i
nii = jumlah sampel yang bergenotipe ii
nij = jumlah sampel yang bergenotipe ij
N = jumlah seluruh sampel

Hukum Keseimbangan Hardy-Weinberg
Pengujian nilai genotipe antara hasil pengamatan dan nilai harapan dapat
diukur dengan menggunakan uji Chi-Kuadrat (Nei dan Kumar, 2000):

Keterangan:
χ2 = Chi-Kuadrat
O = nilai pengamatan
E = nilai harapan
∑ = sigma (jumlah dari nilai-nilai)

Suatu popluasi dikatakan seimbang jika nilai χ2 yang didapatkan lebih kecil
daripada χ2 tabel pada selang kepercayaan 5% dan derajat bebas tertentu.
Heterozigositas
Ketika frekuensi alel dipelajari di banyak lokus, tingkat keragaman genetik
dalam sebuah populasi biasanya diukur dengan rataan keanekaragaman gen, yang
sering disebut rataan heterozigositas (Weir, 1996). Keragaman gen pada lokus dapat
dilambangkan sebagai berikut:

Keterangan:
H = nilai heterozigositas
N1ij= jumlah individu heterozigot pada lokus ke-1
N = jumlah individu yang diamati

18

Jarak Genetik dan Pohon Filogenetik
Jarak genetik dan pohon kekerabatan dibuat dengan menggunakan software
komputer program TFPGA (Tools for Population Genetics Analyses) (Miller, 1997).

19

HASIL DAN PEMBAHASAN
Keragaman Protein Plasma Darah
Hasil analisis dari plasma darah lokus PAlb, Alb, Tf, PTf-1, dan PTf-2 yang
dilakukan pada kuda lokal Sulawesi Utara di dua kota dan dua kabupaten
divisualisasikan pada Gambar 7, sedangkan rekonstruksi pola pita protein plasma
darah disajikan pada Gambar 8. Hasil frekuensi genotipe lokus PAlb, Alb, Tf, PTf-1,
dan PTf-2 disajikan pada Tabel 4.

Gambar 7. Visualisasi Pola Pita Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2

Gambar 8. Rekonstruksi Pola Pita Alb, PAlb, Tf, PTf-1, dan PTf-2

Tabel 4. Frekuensi Genotipe Lokus Alb, PAlb, Tf , PTf-1 dan PTf-2 Kuda Lokal
Sulawesi Utara
Lokus

Genotipe

Tomohon

Populasi Kuda
Minahasa
Manado
Selatan
0,43
0,62

Minahasa

Rataan
Total

0,61

0,57

AA

0,80

AB

0,10

0,50

0,23

0,30

0,33

BB

0,10

0,07

0,15

0,09

0,10

AA

0,00

0,00

0,00

0,04

0,01

Post Albumin

AB

1,00

0,75

1,00

0,78

0,84

(PAlb)

BB

0,00

0,25

0,00

0,13

0,14

AC

0,00

0,00

0,00

0,04

0,01

AB

0,50

0,46

0,46

0,52

0,49

BB

0,10

0,32

0,46

0,30

0,31

BC

0,40

0,21

0,08

0,17

0,20

Post Transferrin1 (PTf-1)

AA

1,00

1,00

1,00

1,00

1,00

Post Transferrin2 (PTf-2)

AA

1,00

1,00

1,00

1,00

1,00

Albumin (Alb)

Transferrin (Tf)

Lokus Albumin (Alb)
Berdasarkan pola migrasi pita protein, pada lokus Alb ditemukan tiga
genotipe, yaitu AA, AB, dan BB, dengan total frekuensi genotipe berturut-turut
adalah 0,57; 0,33; dan 0,10. Genotipe tertinggi ditemukan pada semua populasi kuda
lokal di Sulawesi Utara adalah genotipe AA sebesar 0,57 dan genotipe terendah
adalah genotipe BB sebesar 0,10. Nozawa et al. (1981) menyatakan bahwa pada
kuda Lombok, kuda Batak, kuda Padang, dan kuda Sumba ditemukan dua alel yaitu
alel A dan B. Jiskrova et al. (2002) dan Rodriquez-Gallardo et al. (1992) juga
menemukan alel A dan B pada kuda Trakehner, kuda Moravian dan Czesh warmblooded serta kuda Andalusian. Hal serupa juga ditemukan pada kuda Iranian Kurd,
Turkoman, dan kuda Brazillian dimana alel yang muncul pada lokus Alb adalah alel
A dan B (Afraz et al., 2006; Lippi dan Mortari, 2003). Penelitian yang dilakukan
Zaabal dan Ahmed (2010) pada kuda Arab ditemukan dua alel, yaitu alel D dan alel
O.

21

Lokus Post Albumin (PAlb)
Berdasarkan pola migrasi pita protein, pada lokus PAlb ditemukan empat
genotipe, yaitu AA, AB, BB, dan AC, dengan frekuensi genotipe berturut-turut
adalah 0,01; 0,84; 0,14; dan 0,01. Genotipe tertinggi ditemukan pada semua populasi
kuda lokal Sulawesi Utara adalah genotipe AB sebesar 0,84 dan genotipe terendah
adalah genotipe AA dan AC masing-masing sebesar 0,01. Alel yang ditemukan pada
lokus ini adalah alel A, B, dan C. Afraz et al. (2006) menyatakan bahwa pada kuda
Iranian Kurd dan Turkoman hanya ditemukan satu alel, yaitu alel F. Hal ini
menunjukkan adanya variasi lokus PAlb pada populasi kuda lokal di Sulawesi Utara.
Lokus Transferrin (Tf)
Berdasarkan pola migrasi pita protein, pada lokus Transferrin ditemukan tiga
macam genotipe yaitu, genotipe AB, BB, dan BC, dengan frekuensi genotipe
berturut-turut adalah 0,49; 0,31; dan 0,20. Genotipe tertinggi yang ditemukan pada
semua populasi kuda lokal Sulawesi Utara adalah genotipe AB sebesar 0,49 dan
genotipe terendah adalah genotipe BC sebesar 0,20. Nozawa et al. (1981)
menemukan lima alel pada kuda Lombok, kuda Batak, kuda Padang, dan kuda
Sumba yaitu alel A, B, B*, C, D, dan E. Zaabal dan Ahmed (2010) menyatakan
bahwa pada kuda Arab hanya ditemukan dua macam alel, yaitu alel D dan O,
sedangkan pada kuda Trakehner, Moravian dan Ceko ditemukan alel D, D2, F1, F2,
H, O, dan R (Jiskrova et al., 2002). Rodriquez-Gallardo et al. (1992) pada kuda
Andalusian melaporkan bahwa ditemukan alel D, F1, F2, H1, H2, J, M, O, dan R
pada lokus Tf. Lippi dan Mortari (2003) menemukan alel D, F1,F2, H, J, M, O, dan R
pada lokus Tf pada kuda Brazillian. Hal ini menunjukkan adanya variasi lokus
Transferrin pada populasi kuda lokal di Sulawesi Utara.
Lokus Post Transferrin-1 (PTf-1)
Jumlah pita yang ditampilkan diantara masing-masing individu dalam satu
populasi tidak bervariasi. Seluruh individu yang dianalisis menampilkan satu pita
Post Transferrin-1 dengan fenotipe AA. Dengan demikian tidak ditemukan adanya
variasi/keragaman antar individu dalam satu populasi maupun individu dalam
populasi yang berbeda. Hal ini menunjukkan tidak adanya polimorfisme pada lokus
Post Transferrin-1 atau dengan kata lain lokus PTf-1 adalah seragam.

22

Lokus Post Transferrin-2 (PTf-2)
Jumlah pita yang ditampilkan diantara masing-masing individu dalam satu
populasi adalah sama, yaitu sebanyak satu pita. Pita protein yang muncul tersebut
memiliki fenotipik AA. Dengan demikian tidak ditemukan adanya variasi/keragaman
antar individu dalam satu populasi maupun individu dalam populasi yang berbeda.
Hal ini menunjukkan tidak adanya polimorfisme pada lokus Post Transferrin-2 atau
dengan kata lain lokus PTf-2 adalah seragam.
Keragaman Protein Sel Darah Merah
Hasil analisis dari sel darah merah lokus Hemoglobin yang dilakukan pada
kuda lokal Sulawesi Utara di dua kota dan dua kabupaten divisualisasikan pada
Gambar 9, sedangkan rekonstruksi pola pita Hemoglobin disajikan pada Gambar 10.
Hasil frekuensi tipe lokus Hb disajikan pada Tabel 5.

Gambar 9. Pola Pita Hemoglobin Kuda Lokal

Gambar 10. Rekonstruksi Pola Pita Hemoglobin

23

Tabel 5. Frekuensi Tipe Lokus Hb Kuda Lokal Sulawesi Utara
Populasi Kuda
Lokus

Hemoglobin

Tipe

Tomohon

Manado

Tipe 1

0,80

0,39

Tipe 2

0,20

0,61

Total

Minahasa Minahasa
Selatan
0,31
0,70
0,69

0,30

0,51
0,49

Lokus Hemoglobin (Hb)
Berdasarkan pola migrasi pita protein, pada lokus Hemoglobin beta hanya
ditemukan satu pita dan selalu dimiliki oleh semua individu yang mengindikasikan
bahwa pada lokus tersebut bersifat monomorfik. Hal serupa ditemui pada lokus
Hemoglobin alpha, yang mana hanya ditemukan satu pita dan selalu dimiliki pada
semua individu. Lain halnya dengan lokus Hemoglobin tipe ά, ditemukan dua macam
tipe, yaitu tipe 1 dan 2 dengan frekuensi tipe berturut-turut adalah 0,51 dan 0,49.
Tipe 1 ditandai dengan terlihatnya pita Hb ά, sedangkan tipe 2 ditandai dengan tidak
terlihatnya pita Hb ά. Penelitian yang dilakukan oleh Nozawa et al. (1981) pada
kuda Lombok, kuda Batak, kuda Padang, dan kuda Sumba juga menemukan adanya
polimorfisme pada lokus Hemoglobin tipe ά, yaitu tipe 1 dan 2. Jiskrova et al.
(2002); Lippi dan Mortari (2003) menemukan alel AI, AII, BI, dan BII pada lokus
Hemoglobin alpha pada kuda Trakehner, kuda Moravian dan Czesh warm-blooded
serta kuda Brazillian. Rodriquez-Gallardo et al. (1992) menemukan alel A dan AII
pada lokus Hemoglobin alpha dan alel BI dan