Identifikasi Bakteri Selulolitik Asal Tanah Situ Gede dengan Teknik Genetika Molekuler.
IDENTIFIKASI BAKTERI SELULOLITIK ASAL TANAH
SITU GEDE DENGAN TEKNIK GENETIKA MOLEKULER
BUNGA NOVIA SELPANI
DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Bakteri
Selulolitik Asal Tanah Situ Gede dengan Teknik Genetika Molekular adalah benar
karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing yang belum diajukan dalam
bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Penelitian ini didanai oleh Balai
Besar Bioteknologi dan Semberdaya Genetik Pertanian (BB-BIOGEN), anggaran
tahun 2015. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun yang tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Agustus 2015
Bunga Novia Selpani
NIM G84110018
ABSTRAK
BUNGA NOVIA SELPANI. Identifikasi Bakteri Selulolitik Asal Tanah Situ Gede
dengan Teknik Genetika Molekuler. Dibimbing oleh AKHMAD ENDANG
ZAINAL HASAN dan ENY IDA RIYANTI.
Selulosa merupakan salah satu biopolimer yang melimpah di alam dan
merupakan limbah pertanian yang dominan. Selulosa dapat didegradasi melalui
enzim selulase menjadi glukosa. Penelitian ini bertujuan melakukan identifikasi
bakteri selulolitik dan uji aktivitas enzim selulase. Metode yang dilakukan meliputi
penanaman isolat dari tanah lembab, pengujian zona bening, isolasi DNA,
visualisasi fragmen DNA dengan metode elektroforesis, amplifikasi gen 16S rDNA
dengan polymerase chain reaction (PCR), analisis keragaman gen 16S rDNA
dengan enzim EcoR1, dan analisis sekuensing DNA, serta pengukuran aktivitas
enzim secara kualitatif dan kuantitatif dengan media seleksi CMC. Enam isolat
yang dianalisis dengan enzim restriksi menghasilkan tiga keragaman berdasarkan
perbedaan ukuran basa yaitu 1500 bp, 850 bp, dan
SITU GEDE DENGAN TEKNIK GENETIKA MOLEKULER
BUNGA NOVIA SELPANI
DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Bakteri
Selulolitik Asal Tanah Situ Gede dengan Teknik Genetika Molekular adalah benar
karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing yang belum diajukan dalam
bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Penelitian ini didanai oleh Balai
Besar Bioteknologi dan Semberdaya Genetik Pertanian (BB-BIOGEN), anggaran
tahun 2015. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun yang tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Agustus 2015
Bunga Novia Selpani
NIM G84110018
ABSTRAK
BUNGA NOVIA SELPANI. Identifikasi Bakteri Selulolitik Asal Tanah Situ Gede
dengan Teknik Genetika Molekuler. Dibimbing oleh AKHMAD ENDANG
ZAINAL HASAN dan ENY IDA RIYANTI.
Selulosa merupakan salah satu biopolimer yang melimpah di alam dan
merupakan limbah pertanian yang dominan. Selulosa dapat didegradasi melalui
enzim selulase menjadi glukosa. Penelitian ini bertujuan melakukan identifikasi
bakteri selulolitik dan uji aktivitas enzim selulase. Metode yang dilakukan meliputi
penanaman isolat dari tanah lembab, pengujian zona bening, isolasi DNA,
visualisasi fragmen DNA dengan metode elektroforesis, amplifikasi gen 16S rDNA
dengan polymerase chain reaction (PCR), analisis keragaman gen 16S rDNA
dengan enzim EcoR1, dan analisis sekuensing DNA, serta pengukuran aktivitas
enzim secara kualitatif dan kuantitatif dengan media seleksi CMC. Enam isolat
yang dianalisis dengan enzim restriksi menghasilkan tiga keragaman berdasarkan
perbedaan ukuran basa yaitu 1500 bp, 850 bp, dan