Analisis keragaman genetik Phytophthora palmivora penyebab busuk buah pada kakao di Indonesia
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK Phytoplrthora
paIrnz*voraPENY EBAB BUSUK BUAH PADA KAKAO
DI INDONESIA
OLEH :
ABU UMAYAH
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2004
ABSTRAK
Abu Umayah. Analisis Keragaman genetik Phytophihora palmivora
penyebab busuk buah pada kakao di Indonesia. Di bawah bimbingan Meity Suradji
Sinaga sebagai ketua, Sarsidi Sastrosumarjo, Sientje Mandang Sumaraw, Agus
Purwan tara sebagai anggota.
Penelitian ini bertuj uan untuk menganalisis intensitas penyakit busuk buah
kakao di kebun akibat infeksi I-'. puimivoru yang terjadi secara alami, meIakukan
identi fikasi species Phytuphrhoru yang menyerang tanaman kakao di Indonesia.
melakukan evaluasi tingkat virulensi beberapa isolat P. pulmivora dm resistensi
beberapa klon kakao serta melakukan analisis keragarnan genetik beberapa isolat P.
pulmivoru yang dikumpulkan dari berbagai provinsi penghasil kakao di Indonesia.
Monitoring d m evaluasi penyakit dilaksanakan di Larnpung Selatan, Cianjur
dan Jember menggunakan metode survei dengan teknik pengambilan contoh secara
purposive. Perkembangan penyakit diukur berdasarkan kejadian penyakit dan
keparahan penyakit yang terjadi di lapangan. Data juga dikumpulkan dengan
bantuan daftar pertanyaan. Ident ifikasi P. palmivoru didasarkan pada sifat morfologi
(tipe koloni, pembengkakan hi fa, ada tidaknya klamidospora, percabangan
sporangiofor, bentuk dan ukuran sporangia, cadukous, panjang pedisel cian papila)
dan molekuler menggunakan teknik ITS (Inlerrwl 1iumcribeci Spacer). Uj i virulensi
dan resistensi disusun menggunakan rancangan acak kelompok, dengan 24 perlakuan
kombinasi antara enam isoIat P. puZmivorcr yajtu isolat Sumut, Lampung, Jabar,
Jatim, Sulsel dan Sultra dan empat klon kakao yaitu SCA 12, DRC 16, DR 2 dan GC
7 dm diulang tiga kafi. Peubah yang diamati meliputi periode inkubasi, luas bercak
dan laj u in feksi. Analisis keragaman genetik P. pulmivora dilakukan menggunakan
teknik RAPD dan AFLP.
Kejadian pen yakit d m keparahan pen yaki t pada perkebunan kakao swasta di
Cianjur lebih bear dibandingkan pada perkebunan kakao rakyat di Lampung Selatan
dan perkebunan kakao negara di Jem ber. Kedua variabel tersebut sangat dipengaruhi
oleh kondisi lingkungan yang kondusi f untuk perkembangan penyaki t terutama oleh
curah hujan (>2500 mmltahun) dan kelembaban relatif yang tinggi (>900/b) dan suhu
yang rendah (*z?c). Berdasarkan pada sifat-sifat morfologi dan molekuler 20
isolat Fang diuji diketahui adalah 1'. pulmivoru sebagai penyebab busuk buah dan
kanker batang kakao di Indonesia. Tingkat virulensi isolat berturut-t urut adalah
isolat Sultra, Jatim, Sumut,Jabar, Lampung dan isofat Sulsel. Sedangkan tillgkat
resistensi klon beflurut-turut adalah klon SCA 12, DRC 16, DR 2, dan kIon GC 7.
Adanya perbedaan tinghat periode inkubasi, luas bercak dan Iaju infeksi pada klonklon kakao yang diuji mengindikasikan bahwa a& perkclaan ras fisiologik diantara
isolat-isolat. Sedangkan isolal-isolat P. pulmivoru mernpunyai keragaman genetik
yang rendah, walaupun letak geografisnya berjauhan. Analisis menggunakan teknik
AFLP lebih efisien, konsisten dan lebih disknminatif dibandingkan menggunakan
teknik RAPD.
Kata kunci: P. pulmivom, virulensi, resistensi, keragaman genetik, ITS, AFLP
paIrnz*voraPENY EBAB BUSUK BUAH PADA KAKAO
DI INDONESIA
OLEH :
ABU UMAYAH
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2004
ABSTRAK
Abu Umayah. Analisis Keragaman genetik Phytophihora palmivora
penyebab busuk buah pada kakao di Indonesia. Di bawah bimbingan Meity Suradji
Sinaga sebagai ketua, Sarsidi Sastrosumarjo, Sientje Mandang Sumaraw, Agus
Purwan tara sebagai anggota.
Penelitian ini bertuj uan untuk menganalisis intensitas penyakit busuk buah
kakao di kebun akibat infeksi I-'. puimivoru yang terjadi secara alami, meIakukan
identi fikasi species Phytuphrhoru yang menyerang tanaman kakao di Indonesia.
melakukan evaluasi tingkat virulensi beberapa isolat P. pulmivora dm resistensi
beberapa klon kakao serta melakukan analisis keragarnan genetik beberapa isolat P.
pulmivoru yang dikumpulkan dari berbagai provinsi penghasil kakao di Indonesia.
Monitoring d m evaluasi penyakit dilaksanakan di Larnpung Selatan, Cianjur
dan Jember menggunakan metode survei dengan teknik pengambilan contoh secara
purposive. Perkembangan penyakit diukur berdasarkan kejadian penyakit dan
keparahan penyakit yang terjadi di lapangan. Data juga dikumpulkan dengan
bantuan daftar pertanyaan. Ident ifikasi P. palmivoru didasarkan pada sifat morfologi
(tipe koloni, pembengkakan hi fa, ada tidaknya klamidospora, percabangan
sporangiofor, bentuk dan ukuran sporangia, cadukous, panjang pedisel cian papila)
dan molekuler menggunakan teknik ITS (Inlerrwl 1iumcribeci Spacer). Uj i virulensi
dan resistensi disusun menggunakan rancangan acak kelompok, dengan 24 perlakuan
kombinasi antara enam isoIat P. puZmivorcr yajtu isolat Sumut, Lampung, Jabar,
Jatim, Sulsel dan Sultra dan empat klon kakao yaitu SCA 12, DRC 16, DR 2 dan GC
7 dm diulang tiga kafi. Peubah yang diamati meliputi periode inkubasi, luas bercak
dan laj u in feksi. Analisis keragaman genetik P. pulmivora dilakukan menggunakan
teknik RAPD dan AFLP.
Kejadian pen yakit d m keparahan pen yaki t pada perkebunan kakao swasta di
Cianjur lebih bear dibandingkan pada perkebunan kakao rakyat di Lampung Selatan
dan perkebunan kakao negara di Jem ber. Kedua variabel tersebut sangat dipengaruhi
oleh kondisi lingkungan yang kondusi f untuk perkembangan penyaki t terutama oleh
curah hujan (>2500 mmltahun) dan kelembaban relatif yang tinggi (>900/b) dan suhu
yang rendah (*z?c). Berdasarkan pada sifat-sifat morfologi dan molekuler 20
isolat Fang diuji diketahui adalah 1'. pulmivoru sebagai penyebab busuk buah dan
kanker batang kakao di Indonesia. Tingkat virulensi isolat berturut-t urut adalah
isolat Sultra, Jatim, Sumut,Jabar, Lampung dan isofat Sulsel. Sedangkan tillgkat
resistensi klon beflurut-turut adalah klon SCA 12, DRC 16, DR 2, dan kIon GC 7.
Adanya perbedaan tinghat periode inkubasi, luas bercak dan Iaju infeksi pada klonklon kakao yang diuji mengindikasikan bahwa a& perkclaan ras fisiologik diantara
isolat-isolat. Sedangkan isolal-isolat P. pulmivoru mernpunyai keragaman genetik
yang rendah, walaupun letak geografisnya berjauhan. Analisis menggunakan teknik
AFLP lebih efisien, konsisten dan lebih disknminatif dibandingkan menggunakan
teknik RAPD.
Kata kunci: P. pulmivom, virulensi, resistensi, keragaman genetik, ITS, AFLP