Fingerprinting kelapa sawit (Elaeis guinensis Jacq.) Berdasarkan Marka Simple Sequence Repeats (SSR) dan Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD)
Lampiran 1. Sinopsis 5 lokus marka SSR
No.
1.
2.
3.
4.
5.
Lokus SSR
FR0465
FR391
FR304
FR0350
FR3693
Repeat Motif
(ACAG)4(GA)9
(GA) 20
(GA) 19
(GA) 5 gt(GA) 20
(GA) 19
5’-3’ Forward Primer
TCCCCCACGACCCATTC
TTCATCGCCTTCCCCTCTG
CCACAAACAATCCAAGCAAGT
AAATCCTAAATCCTAAACTC
CCCATCATCTGCTCAGGATAGAC
5’-3’ Referse Primer
GGCAGGAGAGGCAGCATTC
CCCGACCTAATCCAACATC
TGGCATACACGAAAGCATAA
TCTACCTGTACTGGTGACAA
ACCCTCTCCTCTTGGGAAGA
Sumber :www.corsat.agr.ku.ac.
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 2. Sinopsis 5 primer RAPD
No
1
2
3
4
5
Sumber : Technology Operon USA
Nama Primer
OPC-12
OPI-20
OPH-13
OPH-12
OPD-16
Sekuen
5' TGTCATCCCC 3'
5' AAAGTGCGGG 3'
5' GACGCCACAC 3'
5' ACGCGCATGT 3'
5’ AGGGCGTAAG 3’
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 3. Jadwal kegiatan penelitian
No.
Kegiatan
2.
Pelaksanaan Penelitian
- Persiapan Benih
- Pembuatan Naungan
- Persiapan Media Tanam
- Penanaman Benih
Pemeliharaan Tanaman
- Penyiraman
- Penyiangan
Analisis Marka
- Pengambilan Sampel Daun
- Isolasi DNA
- Uji Kualitas DNA
- Uji Kuantitas DNA
- Amplifikasi RAPD
- Amplifikasi SSR
Analisis Data
- Analisis Data RAPD
- Analisis Data SSR
Penyusunan Tesis
Waktu Kegiatan (Bulan)
Mar.
3.
4.
5.
6
Apr.
Mei
Juni
Juli
Agst.
Sept.
Oktb.
Nov.
Des.
Jan.
Feb
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 4. Pembuatan Larutan Stok
-
CTAB 5% (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 2 g dan CTAB sebanyak 5 g.
Masukkan bahan kimia kedalam erlemeyer dan ditambahkan dengan akuades 100
ml, kemudian diaduk dengan menggunakan stirrer diatas hot plate.
-
Tris HCl 1M pH 8.0 (100 ml) : Timbang tris sebanyak 12.114 g. Masukkan tris ke
dalam erlemeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan
menggunakan stirrer kemudian diletakkan di atas hot plate. Selanjutnya
ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8.
Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan
aquades/hingga volume larutan mencapai 100 ml.
-
EDTA 0.5 M pH7.4 (50 m) : Timbang EDTA sebanyak 18.612 g dan NaOH 2 g.
Masukkan bahan kimia ke dalam erlemeyer dan ditamabhakan aquades 80 ml.
Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas
hot plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH
mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan
aqudes hingga volume larutan menjadi 100 ml.
-
NaCl 5 M (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 29.22 g. Masukkan ke dalam
erlemeyer dan ditambahkan aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan
stirrer kemudian diletakkan diatas hot plate. Masukkan ke dalam gelas ukur,
kemudian ditempatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
** Semua bahan diatas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB 5%.
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 5. Pembuatan larutan buffer
-
Buffer ekstraksi CTAB (100ml) : Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl
5M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml. aquades.
-
Buffer TAE 50 X (100 ml) : Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M, pH 8.0, dan aquades hingga volume
larutan menjadi 100 ml.
-
Buffer TAE 1X (500 ml) : Campurkan 10 ml buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
-
Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M pH 8.0, 0.1 ml EDTA, 0.5 M
pH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
-
Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml kloroform dan 2 ml
isoamilalkohol.
-
Etanol 70% (100 ml) : Campurkan 70 ml etanol dan 30 ml aquades.
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 6. Deskripsi DXP Unggul Socfindo (L)
Rerata potensi produksi TBS
: 30 - 34 ton/ha/tahun
Produksi TBS di kebun komersial
: 40 ton/ha/tahun (*)
Rerata potensi ekstraksi CPO
: > 26-28%
Rerata potensi produksi CPO
: 7.8 – 9.5ton/ha/tahun
Rerata potensi total (CPO+PKO)
: 8.8-10.5 ton/ha/tahun
Tenera
:> 99,9%
Umur Panen perdana
: 2 tahun
Potensi TBS pada panen perdana
: 14 –18 ton/ha
Pertumbuhan meninggi
: 40-50 cm/tahun
Adaptasi pada areal marjinal
: Baik
Ketahanan terhadap Ganoderma
: Rentan ke normal
Populasi/ha (pokok)
: 143
Kandungan Kimia
Iodine value
: > 55,2%
Kadar ß-carotene
: > 500 ppm
*) Kondisi Umur dan lokasi tertentu
Sumber : Socfindo Indonesia
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 7. Uji kuantitas hasil ekstraksi DNA DxP Unggul Sucfindo
No.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17
18.
19.
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
29.
30.
Nomor Sampel
Sampel-5
Sampel-18
Sampel-32
Sampel-21
Sampel-15
Sampel-20
Sampel-29
Sampel-27
Sampel-8
Sampel-16
Sampel-11
Sampel-44
Sampel-26
Sampel-38
Sampel-35
Sampel-31
Sampel-36
Sampel-9
Sampel-40
Sampel-2
Sampel-47
Sampel-6
Sampel-42
Sampel-45
Sampel-3
Sampel-48
Sampel-30
Sampel-37
Sampel-24
Sampel-12
Maksimal
Minimal
Konsentrasi DNA µg/µl
106
139
0.286
367
214
176
1092
137
52.4
1437
106
146
417
25.4
14.5
1600
158
368
718
690
427
211
186
0.196
2269
78
642
287
28.9
564
2269
λ 260 / λ 280
0.783
1.350
1.483
1.756
1.385
1.205
0.928
1.151
1.193
1.218
1.802
2.096
1.333
1.041
0.644
1.983
1.527
1.693
2.034
1.799
0.941
1.500
1.306
1.854
1.290
1.010
1.362
1.340
0.699
1.566
2.096
0.196
0.644
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 8.
Data Sheet
Data Title
No. Loci
No. Samples
No. Pops.
Jumlah alel lima marka SSR pada DxP Unggul Socfindo (L) berdasarkan
Software Gen Alex Versi 6.5
FORM SSR PD GEN ALEX
Data Hasil 9 Primer
SSR
9
30
1
Alleles
120
168
175
190
197
212
215
252
256
270
275
278
289
308
314
323
354
368
387
496
Total No. Alleles
FR 0465
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
2
FR 391
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
2
FR304
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
FR0350
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
4
FR 3693
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
2
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 9.
Keragaman alel lima marka SSR pada DxP Unggul Socfindo (L) berdasarkan
Software Power Marker Versi 3.25
FR 0465
Major.Allel
Frequency
0.5833
Genotype
No
2.0000
Sample
Size
30.0000
No. of Allele
obs.
No
30.0000 2.0000
Availabi
lity
1.0000
Gene
Diversity
0.4861
FR 391
0.5517
2.0000
30.0000
29.0000 2.0000
0.9667
0.4946
0.0000
FR304
1.0000
1.0000
30.0000
30.0000 1.0000
1.0000
0.0000
0.0000
0.0000
FR0350
0.3621
3.0000
30.0000
29.0000 4.0000
0.9667
0.6849
0.8276
0.6225
FR3693
0.9828
2.0000
30.0000
29.0000 2.0000
0.9667
0.0339
0.0345
0.0333
Mean
0.6959
2
30.0000
29.4000 2.2000
0.9800
0.4250
0.5650
0.2792
Marker
HeterozygoPIC
sity
0.8333
0.3680
0.3723
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 10.
Keragaman alel lima marka SSR pada DxP Unggul Socfindo (L) berdasarkan
Software Gen Alex Versi 6.5
Heterozygosity, Fstatistics and Polymorphism by Population for Codominant Data
Data Sheet
FORM SSR PD GEN ALEX
Data Title
Data Hasil 9 Primer SSR
No. Loci
No. Samples
9
30
No. Pops.
1
Sample Size, No. Alleles, No. Effective Alleles, Information Index, Observed Heterozygosity, Expected and Unbiased
Expected Heterozygosity, and Fixation Index
Pop
Locus
N
Na
Ne
I
Ho
He
uHe
F
Pop I
FR 0465
30
2.000
1.946
0.679
0.833
0.486
0.494
-0.714
FR 391
29
2.000
1.979
0.688
0.000
0.495
0.503
1.000
FR304
30
1.000
1.000
0.000
0.000
0.000
0.000
#N/A
FR0350
29
4.000
3.174
1.224
0.828
0.685
0.697
-0.208
FR 3693
29
2.000
1.035
0.087
0.034
0.034
0.034
-0.018
//
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 11. Jarak genetik kelapa sawit DxP Unggul Socfindo berdasarkan marka RAPD
Units
18
32
21
15
20
29
27
8
16
11
44
26
38
35
31
36
9
40
2
47
6
42
45
3
48
30
37
24
12
5
0.28
0.19
0.15
0.22
0.27
0.25
0.18
0.22
0.27
0.22
0.21
0.37
0.33
0.27
0.52
0.23
0.64
0.20
0.18
0.29
0.23
0.25
0.37
0.21
0.24
0.83
0.17
0.22
0.23
18
0.26
0.24
0.32
0.34
0.17
0.35
0.31
0.44
0.31
0.31
0.35
0.40
0.18
0.38
0.32
0.61
0.33
0.30
0.26
0.30
0.32
0.44
0.28
0.31
0.90
0.26
0.31
0.32
32
21
15
20
29
27
8
16
11
44
26
38
35
31
36
9
40
2
47
6
42
45
3
48
30
37
24
0.16
0.23
0.11
0.23
0.26
0.23
0.36
0.22
0.22
0.36
0.26
0.25
0.50
0.24
0.63
0.24
0.22
0.27
0.16
0.09
0.30
0.12
0.15
0.76
0.18
0.22
0.24
0.15
0.23
0.21
0.22
0.08
0.31
0.15
0.15
0.34
0.29
0.23
0.48
0.16
0.60
0.20
0.17
0.25
0.20
0.21
0.33
0.17
0.20
0.79
0.10
0.15
0.16
0.31
0.29
0.29
0.23
0.39
0.17
0.14
0.41
0.37
0.31
0.56
0.16
0.68
0.27
0.25
0.33
0.27
0.28
0.41
0.25
0.27
0.87
0.13
0.17
0.16
0.31
0.34
0.30
0.43
0.30
0.30
0.43
0.34
0.33
0.58
0.31
0.70
0.32
0.29
0.35
0.24
0.11
0.37
0.20
0.22
0.83
0.25
0.30
0.31
0.32
0.28
0.41
0.28
0.28
0.32
0.37
0.16
0.41
0.29
0.58
0.30
0.27
0.23
0.27
0.29
0.41
0.25
0.27
0.87
0.23
0.28
0.29
0.29
0.30
0.29
0.28
0.44
0.40
0.34
0.59
0.30
0.71
0.27
0.24
0.36
0.30
0.32
0.44
0.28
0.30
0.90
0.24
0.29
0.30
0.38
0.22
0.22
0.41
0.37
0.30
0.55
0.23
0.67
0.27
0.24
0.32
0.27
0.28
0.40
0.24
0.27
0.86
0.17
0.22
0.23
0.38
0.38
0.54
0.50
0.43
0.68
0.39
0.80
0.36
0.34
0.45
0.40
0.41
0.54
0.37
0.40
0.99
0.33
0.38
0.39
0.16
0.40
0.36
0.30
0.55
0.18
0.67
0.26
0.24
0.32
0.26
0.28
0.40
0.24
0.26
0.86
0.12
0.00
0.18
0.40
0.36
0.30
0.55
0.10
0.67
0.26
0.24
0.32
0.26
0.27
0.40
0.24
0.26
0.86
0.12
0.16
0.10
0.50
0.34
0.59
0.42
0.43
0.42
0.40
0.23
0.40
0.41
0.54
0.38
0.40
1.00
0.36
0.40
0.42
0.39
0.64
0.38
0.77
0.38
0.36
0.41
0.25
0.31
0.08
0.28
0.30
0.71
0.32
0.36
0.38
0.42
0.31
0.60
0.32
0.29
0.25
0.29
0.31
0.43
0.27
0.29
0.89
0.25
0.30
0.31
0.56
0.85
0.57
0.54
0.50
0.55
0.56
0.68
0.52
0.55
1.14
0.50
0.55
0.56
0.68
0.28
0.25
0.33
0.28
0.29
0.41
0.25
0.28
0.87
0.13
0.18
0.11
0.69
0.66
0.49
0.67
0.68
0.80
0.64
0.67
1.26
0.62
0.67
0.68
0.14
0.34
0.28
0.29
0.42
0.26
0.28
0.88
0.22
0.26
0.28
0.31
0.26
0.27
0.40
0.23
0.26
0.86
0.19
0.24
0.25
0.31
0.33
0.45
0.29
0.31
0.91
0.27
0.32
0.33
0.21
0.29
0.18
0.20
0.75
0.22
0.26
0.28
0.35
0.18
0.20
0.81
0.23
0.28
0.29
0.32
0.34
0.75
0.35
0.40
0.42
0.05
0.78
0.19
0.24
0.26
0.80
0.22
0.26
0.28
0.81
0.86
0.88
0.12
0.14
0.18
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 12. Jarak genetik kelapa sawit DxP Unggul Socfindo berdasarkan marka SSR
Units
18
32
21
15
20
29
27
8
16
11
44
26
38
35
31
36
9
40
2
47
6
42
45
3
48
30
37
24
12
5
0.20
0.20
0.20
0.20
0.50
0.20
0.20
0.50
0.50
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.20
0.40
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.20
0.30
18
32
21
15
20
29
27
8
16
11
44
26
38
35
31
36
9
40
2
47
6
42
45
3
48
30
37
24
0.00
0.00
0.00
0.30
0.00
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.00
0.00
0.30
0.00
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.00
0.30
0.00
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.30
0.00
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.30
0.30
0.00
0.00
0.50
0.50
0.50
0.50
0.70
0.60
0.50
0.50
0.50
0.60
0.30
0.70
0.40
0.20
0.20
0.30
0.40
0.00
0.50
0.60
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.00
0.50
0.50
0.50
0.50
0.70
0.60
0.50
0.50
0.50
0.60
0.30
0.70
0.40
0.20
0.20
0.30
0.40
0.00
0.50
0.60
0.50
0.50
0.50
0.50
0.70
0.60
0.50
0.50
0.50
0.60
0.30
0.70
0.40
0.20
0.20
0.30
0.40
0.00
0.50
0.60
0.00
0.00
0.00
0.20
0.10
0.00
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.00
0.00
0.20
0.10
0.00
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.00
0.20
0.10
0.00
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.20
0.10
0.00
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.30
0.20
0.20
0.20
0.10
0.40
0.20
0.50
0.50
0.50
0.40
0.90
0.70
0.20
0.10
0.10
0.10
0.10
0.20
0.30
0.30
0.40
0.40
0.40
0.30
0.80
0.60
0.10
0.20
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.30
0.10
0.40
0.40
0.40
0.30
0.80
0.60
0.10
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.50
0.50
0.50
0.40
0.90
0.70
0.20
0.10
0.20
0.20
0.10
0.60
0.40
0.30
0.40
0.00
0.10
0.40
0.20
0.30
0.40
0.10
0.40
0.20
0.30
0.40
0.50
0.30
0.20
0.30
0.40
0.70
0.80
0.50
0.60
0.10
Universitas Sumatera Utara
No.
1.
2.
3.
4.
5.
Lokus SSR
FR0465
FR391
FR304
FR0350
FR3693
Repeat Motif
(ACAG)4(GA)9
(GA) 20
(GA) 19
(GA) 5 gt(GA) 20
(GA) 19
5’-3’ Forward Primer
TCCCCCACGACCCATTC
TTCATCGCCTTCCCCTCTG
CCACAAACAATCCAAGCAAGT
AAATCCTAAATCCTAAACTC
CCCATCATCTGCTCAGGATAGAC
5’-3’ Referse Primer
GGCAGGAGAGGCAGCATTC
CCCGACCTAATCCAACATC
TGGCATACACGAAAGCATAA
TCTACCTGTACTGGTGACAA
ACCCTCTCCTCTTGGGAAGA
Sumber :www.corsat.agr.ku.ac.
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 2. Sinopsis 5 primer RAPD
No
1
2
3
4
5
Sumber : Technology Operon USA
Nama Primer
OPC-12
OPI-20
OPH-13
OPH-12
OPD-16
Sekuen
5' TGTCATCCCC 3'
5' AAAGTGCGGG 3'
5' GACGCCACAC 3'
5' ACGCGCATGT 3'
5’ AGGGCGTAAG 3’
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 3. Jadwal kegiatan penelitian
No.
Kegiatan
2.
Pelaksanaan Penelitian
- Persiapan Benih
- Pembuatan Naungan
- Persiapan Media Tanam
- Penanaman Benih
Pemeliharaan Tanaman
- Penyiraman
- Penyiangan
Analisis Marka
- Pengambilan Sampel Daun
- Isolasi DNA
- Uji Kualitas DNA
- Uji Kuantitas DNA
- Amplifikasi RAPD
- Amplifikasi SSR
Analisis Data
- Analisis Data RAPD
- Analisis Data SSR
Penyusunan Tesis
Waktu Kegiatan (Bulan)
Mar.
3.
4.
5.
6
Apr.
Mei
Juni
Juli
Agst.
Sept.
Oktb.
Nov.
Des.
Jan.
Feb
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 4. Pembuatan Larutan Stok
-
CTAB 5% (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 2 g dan CTAB sebanyak 5 g.
Masukkan bahan kimia kedalam erlemeyer dan ditambahkan dengan akuades 100
ml, kemudian diaduk dengan menggunakan stirrer diatas hot plate.
-
Tris HCl 1M pH 8.0 (100 ml) : Timbang tris sebanyak 12.114 g. Masukkan tris ke
dalam erlemeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan
menggunakan stirrer kemudian diletakkan di atas hot plate. Selanjutnya
ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8.
Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume
ditepatkan dengan
aquades/hingga volume larutan mencapai 100 ml.
-
EDTA 0.5 M pH7.4 (50 m) : Timbang EDTA sebanyak 18.612 g dan NaOH 2 g.
Masukkan bahan kimia ke dalam erlemeyer dan ditamabhakan aquades 80 ml.
Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas
hot plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH
mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan
aqudes hingga volume larutan menjadi 100 ml.
-
NaCl 5 M (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 29.22 g. Masukkan ke dalam
erlemeyer dan ditambahkan aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan
stirrer kemudian diletakkan diatas hot plate. Masukkan ke dalam gelas ukur,
kemudian ditempatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
** Semua bahan diatas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB 5%.
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 5. Pembuatan larutan buffer
-
Buffer ekstraksi CTAB (100ml) : Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl
5M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml. aquades.
-
Buffer TAE 50 X (100 ml) : Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M, pH 8.0, dan aquades hingga volume
larutan menjadi 100 ml.
-
Buffer TAE 1X (500 ml) : Campurkan 10 ml buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.
-
Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M pH 8.0, 0.1 ml EDTA, 0.5 M
pH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
-
Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml kloroform dan 2 ml
isoamilalkohol.
-
Etanol 70% (100 ml) : Campurkan 70 ml etanol dan 30 ml aquades.
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 6. Deskripsi DXP Unggul Socfindo (L)
Rerata potensi produksi TBS
: 30 - 34 ton/ha/tahun
Produksi TBS di kebun komersial
: 40 ton/ha/tahun (*)
Rerata potensi ekstraksi CPO
: > 26-28%
Rerata potensi produksi CPO
: 7.8 – 9.5ton/ha/tahun
Rerata potensi total (CPO+PKO)
: 8.8-10.5 ton/ha/tahun
Tenera
:> 99,9%
Umur Panen perdana
: 2 tahun
Potensi TBS pada panen perdana
: 14 –18 ton/ha
Pertumbuhan meninggi
: 40-50 cm/tahun
Adaptasi pada areal marjinal
: Baik
Ketahanan terhadap Ganoderma
: Rentan ke normal
Populasi/ha (pokok)
: 143
Kandungan Kimia
Iodine value
: > 55,2%
Kadar ß-carotene
: > 500 ppm
*) Kondisi Umur dan lokasi tertentu
Sumber : Socfindo Indonesia
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 7. Uji kuantitas hasil ekstraksi DNA DxP Unggul Sucfindo
No.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17
18.
19.
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
29.
30.
Nomor Sampel
Sampel-5
Sampel-18
Sampel-32
Sampel-21
Sampel-15
Sampel-20
Sampel-29
Sampel-27
Sampel-8
Sampel-16
Sampel-11
Sampel-44
Sampel-26
Sampel-38
Sampel-35
Sampel-31
Sampel-36
Sampel-9
Sampel-40
Sampel-2
Sampel-47
Sampel-6
Sampel-42
Sampel-45
Sampel-3
Sampel-48
Sampel-30
Sampel-37
Sampel-24
Sampel-12
Maksimal
Minimal
Konsentrasi DNA µg/µl
106
139
0.286
367
214
176
1092
137
52.4
1437
106
146
417
25.4
14.5
1600
158
368
718
690
427
211
186
0.196
2269
78
642
287
28.9
564
2269
λ 260 / λ 280
0.783
1.350
1.483
1.756
1.385
1.205
0.928
1.151
1.193
1.218
1.802
2.096
1.333
1.041
0.644
1.983
1.527
1.693
2.034
1.799
0.941
1.500
1.306
1.854
1.290
1.010
1.362
1.340
0.699
1.566
2.096
0.196
0.644
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 8.
Data Sheet
Data Title
No. Loci
No. Samples
No. Pops.
Jumlah alel lima marka SSR pada DxP Unggul Socfindo (L) berdasarkan
Software Gen Alex Versi 6.5
FORM SSR PD GEN ALEX
Data Hasil 9 Primer
SSR
9
30
1
Alleles
120
168
175
190
197
212
215
252
256
270
275
278
289
308
314
323
354
368
387
496
Total No. Alleles
FR 0465
0
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
2
FR 391
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
2
FR304
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
FR0350
0
1
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
1
0
0
0
4
FR 3693
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
2
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 9.
Keragaman alel lima marka SSR pada DxP Unggul Socfindo (L) berdasarkan
Software Power Marker Versi 3.25
FR 0465
Major.Allel
Frequency
0.5833
Genotype
No
2.0000
Sample
Size
30.0000
No. of Allele
obs.
No
30.0000 2.0000
Availabi
lity
1.0000
Gene
Diversity
0.4861
FR 391
0.5517
2.0000
30.0000
29.0000 2.0000
0.9667
0.4946
0.0000
FR304
1.0000
1.0000
30.0000
30.0000 1.0000
1.0000
0.0000
0.0000
0.0000
FR0350
0.3621
3.0000
30.0000
29.0000 4.0000
0.9667
0.6849
0.8276
0.6225
FR3693
0.9828
2.0000
30.0000
29.0000 2.0000
0.9667
0.0339
0.0345
0.0333
Mean
0.6959
2
30.0000
29.4000 2.2000
0.9800
0.4250
0.5650
0.2792
Marker
HeterozygoPIC
sity
0.8333
0.3680
0.3723
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 10.
Keragaman alel lima marka SSR pada DxP Unggul Socfindo (L) berdasarkan
Software Gen Alex Versi 6.5
Heterozygosity, Fstatistics and Polymorphism by Population for Codominant Data
Data Sheet
FORM SSR PD GEN ALEX
Data Title
Data Hasil 9 Primer SSR
No. Loci
No. Samples
9
30
No. Pops.
1
Sample Size, No. Alleles, No. Effective Alleles, Information Index, Observed Heterozygosity, Expected and Unbiased
Expected Heterozygosity, and Fixation Index
Pop
Locus
N
Na
Ne
I
Ho
He
uHe
F
Pop I
FR 0465
30
2.000
1.946
0.679
0.833
0.486
0.494
-0.714
FR 391
29
2.000
1.979
0.688
0.000
0.495
0.503
1.000
FR304
30
1.000
1.000
0.000
0.000
0.000
0.000
#N/A
FR0350
29
4.000
3.174
1.224
0.828
0.685
0.697
-0.208
FR 3693
29
2.000
1.035
0.087
0.034
0.034
0.034
-0.018
//
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 11. Jarak genetik kelapa sawit DxP Unggul Socfindo berdasarkan marka RAPD
Units
18
32
21
15
20
29
27
8
16
11
44
26
38
35
31
36
9
40
2
47
6
42
45
3
48
30
37
24
12
5
0.28
0.19
0.15
0.22
0.27
0.25
0.18
0.22
0.27
0.22
0.21
0.37
0.33
0.27
0.52
0.23
0.64
0.20
0.18
0.29
0.23
0.25
0.37
0.21
0.24
0.83
0.17
0.22
0.23
18
0.26
0.24
0.32
0.34
0.17
0.35
0.31
0.44
0.31
0.31
0.35
0.40
0.18
0.38
0.32
0.61
0.33
0.30
0.26
0.30
0.32
0.44
0.28
0.31
0.90
0.26
0.31
0.32
32
21
15
20
29
27
8
16
11
44
26
38
35
31
36
9
40
2
47
6
42
45
3
48
30
37
24
0.16
0.23
0.11
0.23
0.26
0.23
0.36
0.22
0.22
0.36
0.26
0.25
0.50
0.24
0.63
0.24
0.22
0.27
0.16
0.09
0.30
0.12
0.15
0.76
0.18
0.22
0.24
0.15
0.23
0.21
0.22
0.08
0.31
0.15
0.15
0.34
0.29
0.23
0.48
0.16
0.60
0.20
0.17
0.25
0.20
0.21
0.33
0.17
0.20
0.79
0.10
0.15
0.16
0.31
0.29
0.29
0.23
0.39
0.17
0.14
0.41
0.37
0.31
0.56
0.16
0.68
0.27
0.25
0.33
0.27
0.28
0.41
0.25
0.27
0.87
0.13
0.17
0.16
0.31
0.34
0.30
0.43
0.30
0.30
0.43
0.34
0.33
0.58
0.31
0.70
0.32
0.29
0.35
0.24
0.11
0.37
0.20
0.22
0.83
0.25
0.30
0.31
0.32
0.28
0.41
0.28
0.28
0.32
0.37
0.16
0.41
0.29
0.58
0.30
0.27
0.23
0.27
0.29
0.41
0.25
0.27
0.87
0.23
0.28
0.29
0.29
0.30
0.29
0.28
0.44
0.40
0.34
0.59
0.30
0.71
0.27
0.24
0.36
0.30
0.32
0.44
0.28
0.30
0.90
0.24
0.29
0.30
0.38
0.22
0.22
0.41
0.37
0.30
0.55
0.23
0.67
0.27
0.24
0.32
0.27
0.28
0.40
0.24
0.27
0.86
0.17
0.22
0.23
0.38
0.38
0.54
0.50
0.43
0.68
0.39
0.80
0.36
0.34
0.45
0.40
0.41
0.54
0.37
0.40
0.99
0.33
0.38
0.39
0.16
0.40
0.36
0.30
0.55
0.18
0.67
0.26
0.24
0.32
0.26
0.28
0.40
0.24
0.26
0.86
0.12
0.00
0.18
0.40
0.36
0.30
0.55
0.10
0.67
0.26
0.24
0.32
0.26
0.27
0.40
0.24
0.26
0.86
0.12
0.16
0.10
0.50
0.34
0.59
0.42
0.43
0.42
0.40
0.23
0.40
0.41
0.54
0.38
0.40
1.00
0.36
0.40
0.42
0.39
0.64
0.38
0.77
0.38
0.36
0.41
0.25
0.31
0.08
0.28
0.30
0.71
0.32
0.36
0.38
0.42
0.31
0.60
0.32
0.29
0.25
0.29
0.31
0.43
0.27
0.29
0.89
0.25
0.30
0.31
0.56
0.85
0.57
0.54
0.50
0.55
0.56
0.68
0.52
0.55
1.14
0.50
0.55
0.56
0.68
0.28
0.25
0.33
0.28
0.29
0.41
0.25
0.28
0.87
0.13
0.18
0.11
0.69
0.66
0.49
0.67
0.68
0.80
0.64
0.67
1.26
0.62
0.67
0.68
0.14
0.34
0.28
0.29
0.42
0.26
0.28
0.88
0.22
0.26
0.28
0.31
0.26
0.27
0.40
0.23
0.26
0.86
0.19
0.24
0.25
0.31
0.33
0.45
0.29
0.31
0.91
0.27
0.32
0.33
0.21
0.29
0.18
0.20
0.75
0.22
0.26
0.28
0.35
0.18
0.20
0.81
0.23
0.28
0.29
0.32
0.34
0.75
0.35
0.40
0.42
0.05
0.78
0.19
0.24
0.26
0.80
0.22
0.26
0.28
0.81
0.86
0.88
0.12
0.14
0.18
Universitas Sumatera Utara
Lampiran 12. Jarak genetik kelapa sawit DxP Unggul Socfindo berdasarkan marka SSR
Units
18
32
21
15
20
29
27
8
16
11
44
26
38
35
31
36
9
40
2
47
6
42
45
3
48
30
37
24
12
5
0.20
0.20
0.20
0.20
0.50
0.20
0.20
0.50
0.50
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.20
0.40
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.20
0.30
18
32
21
15
20
29
27
8
16
11
44
26
38
35
31
36
9
40
2
47
6
42
45
3
48
30
37
24
0.00
0.00
0.00
0.30
0.00
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.00
0.00
0.30
0.00
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.00
0.30
0.00
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.30
0.00
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.30
0.30
0.00
0.00
0.50
0.50
0.50
0.50
0.70
0.60
0.50
0.50
0.50
0.60
0.30
0.70
0.40
0.20
0.20
0.30
0.40
0.00
0.50
0.60
0.00
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.20
0.20
0.20
0.40
0.30
0.20
0.20
0.20
0.30
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.00
0.50
0.50
0.50
0.50
0.70
0.60
0.50
0.50
0.50
0.60
0.30
0.70
0.40
0.20
0.20
0.30
0.40
0.00
0.50
0.60
0.50
0.50
0.50
0.50
0.70
0.60
0.50
0.50
0.50
0.60
0.30
0.70
0.40
0.20
0.20
0.30
0.40
0.00
0.50
0.60
0.00
0.00
0.00
0.20
0.10
0.00
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.00
0.00
0.20
0.10
0.00
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.00
0.20
0.10
0.00
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.20
0.10
0.00
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.30
0.20
0.20
0.20
0.10
0.40
0.20
0.50
0.50
0.50
0.40
0.90
0.70
0.20
0.10
0.10
0.10
0.10
0.20
0.30
0.30
0.40
0.40
0.40
0.30
0.80
0.60
0.10
0.20
0.00
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.00
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.10
0.20
0.20
0.30
0.30
0.30
0.20
0.70
0.50
0.00
0.10
0.30
0.10
0.40
0.40
0.40
0.30
0.80
0.60
0.10
0.00
0.40
0.10
0.10
0.10
0.00
0.50
0.30
0.20
0.30
0.50
0.50
0.50
0.40
0.90
0.70
0.20
0.10
0.20
0.20
0.10
0.60
0.40
0.30
0.40
0.00
0.10
0.40
0.20
0.30
0.40
0.10
0.40
0.20
0.30
0.40
0.50
0.30
0.20
0.30
0.40
0.70
0.80
0.50
0.60
0.10
Universitas Sumatera Utara