ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO (ACHRAS ZAPOTA L.) Ivadlil Kamal H0713094
ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS
RAPD PADA SAWO (ACHRAS ZAPOTA L.)
SKRIPSI untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh derajat Sarjana Pertanian Di Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret Oleh : Ivadlil Kamal H0713094 PROGRAM STUDI AGROTEKONOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET SURAKARTA JULI 2016
SKRIPSI
ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS
RAPD PADA SAWO (ACHRAS ZAPOTA L.)
Ivadlil Kamal
H0713094
Pembimbing Utama Pembimbing Pendamping Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si. Dr. Ir. Parjanto, M.P.
NIP. 197006091994022001 NIP. 196203231988031001
Surakarta, Juli 2017
Fakultas Pertanian UNS
Dekan
Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S.
NIP. 195602251986011001
SKRIPSI
ISOLASI DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS RAPD PADA SAWO (ACHRAS ZAPOTA L.) yang dipersiapkan dan disusun oleh : Ivadlil Kamal H0713094 Telah dipertahankan di depan Tim Penguji Pada tanggal : Juli 2017 Dan dinyatakan telah memenuhi syarat untuk memperoleh gelar (derajat) Sarjana Pertanian Program Studi Agroteknologi Susunan Tim Penguji Ketua Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si. NIP. 197006091994022001 Anggota I Dr. Ir. Parjanto, M.P. NIP. 196203231988031001 Anggota II Prof. Dr. Ir. Nandariyah, M.S. NIP. 195408051981032002
PERNYATAAN
Dengan ini saya Nama : Ivadlil Kamal NIM : H0713094 Program Studi Agroteknologi menyatakan bahwa dalam skripsi saya yang berjudul “ISOLASI
DNA DENGAN METODE OROZCO-CASTILLO DAN ANALISIS RAPD PADA
SAWO (ACHRAS ZAPOTA L.)” ini tidak terdapat karya yang pernah diajukanuntuk memperoleh gelar akademik dan sepanjang pengetahuan penulis juga tidak ada unsur plagiarism, falsifikasi, fabrikasi karya, data atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan penulis lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka. Pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya dan apabila dikemudian hari terbukti ada penyimpangan dari pernyataan tersebut, maka saya bersedia menerima sanksi sesuai ketentuan yang berlaku.
Surakarta, Juli 2017 Yang menyatakan Ivadlil Kamal NIM H0713094
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah melimpahkan segala rahmat dan karunia-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian sekaligus penyusunan skripsi ini. Dalam penulisam skripsi ini tentunya tidak lepas dari bantuan berbagai pihak. Oleh karenanya, penulis ingin menucapkan terima kasih kepada :
1. Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S. selaku Dekan Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret Surakarta.
2. Dr. Ir. Hadiwiyono, M.Si selaku Ketua Jurusan Program Studi Agroteknologi.
3. Prof. Dr. Ir. H. Bambang Pujiasmanto, M.S selaku Pembimbing Akademik atas waktu, semangat, ilmu dan bimbingan yang diberikan.
4. Dr. Ir. Endang Yuniastuti, M.Si selaku Pembimbing Utama yang membiayai pelaksanaan penelitian ini dan memberikan bimbingan dalam penelitian serta ilmu.
5. Dr. Ir. Parjanto, M.P selaku Pembimbing Pendamping atas dorongan, semangat, waktu, dan bimbingannya yang diberikan.
6. Kedua orang tua saya serta adik dan keluarga besar yang telah memberikan dukungan baik secara materi dan spiritual serta tidak henti-hentinya memberikan semangat yang luar biasa.
7. Teman-teman tim sawo dan sahabat saya Iffah, Levi, Moni dan Ardi yang memberikan motivasi untuk saya.
8. Teman- teman seperjuangan Agroteknologi Angkatan 2013 “KLOROPLAS” atas kebersamaan yang telah kita lalui dengan penuh suka dan duka serta semua pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu.
Penulis menyadari bahwa dalam pembuatan skripsi ini masih banyak kekurangan. Oleh karena itu, saran dan kritik yang bersifat membangun sangat diharapkan agar lebih baik. Akhrinya penulis berharap semoga skripsi ini dapat memberikan manfaat bagi penulis sendiri khususnya dan bagi para pembaca pada umumnya. Amin.
DAFTAR ISI
III. METODOLOGI PENELITIAN ................................................................. 16
D. Analisis Pola Sidik Jari DNA Sawo ................................................... 30
C. Amplifikasi DNA Sawo dengan Primer Acak ..................................... 28
B. Kualitas DNA Sawo .......................................................................... 24
A. Isolasi DNA Sawo ............................................................................ 21
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN .................................................................. 21
D. Analisis Data .................................................................................... 20
C. Pelaksanaan Penelitian .................................................................... 16
B. Bahan dan Alat Penelitian ................................................................ 16
A. Tempat dan Waktu Penelitian .......................................................... 16
D. Penanda RAPD ................................................................................ 10
HALAMAN JUDUL ........................................................................................ i HALAMAN PENGESAHAN ........................................................................... ii HALAMAN PERSETUJUAN ......................................................................... iii KATA PENGANTAR ..................................................................................... v DAFTAR ISI .................................................................................................. vi DAFTAR TABEL ........................................................................................... viii DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... ix DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................... x RINGKASAN ................................................................................................ xi
C. Penanda Molekuler .......................................................................... 8
B. Keragaman Genetik ......................................................................... 6
A. Sawo (Achras zapota) ...................................................................... 4
II. TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................ 4
C. Tujuan Penelitian ............................................................................. 3
B. Perumusan Masalah ........................................................................ 2
A. Latar Belakang ................................................................................. 1
I. PENDAHULUAN .................................................................................... 1
SUMMARY ................................................................................................... xii
V. KESIMPULAN DAN SARAN .................................................................. 37
DAFTAR ISI (Lanjutan)
A. Kesimpulan ...................................................................................... 37
B. Saran ............................................................................................... 37 DAFTAR PUSTAKA
DAFTAR TABEL
Nomor Judul Halaman
1. Jenis primer, urutan basa, jumlah lokus teramplifikasi dan polimorfisme ........................................................................................ 35
2. Data mentah pita (Alel) Achras zapota aksesi Manyaran dan Bojonegoro .......................................................................................... 47
DAFTAR GAMBAR
Nomor Judul Halaman
1. Hasil uji kualitatif dengan elektroforesis DNA sawo (Achras zapota) aksesi Manyaran dan Bojonegoro dengan metode isolasi Orozco- castillo ................................................................................................. 28
2. Pita DNA sawo (Achras zapota) hasil amplifikasi aksesi Manyaran (1) dan aksesi Bojonegoro (2) menggunakan lima primer (OPD- 5;OPD-11;OPC-13;OPC-5;OPC-8) ....................................................... 33
3. Interpretasi hasil amplifikasi DNA sawo menggunakan lima primer (OPD-5;OPD-11;OPC-13;OPC-5;OPC-8). 1 : sawo Manyaran; 2 : sawo Bojonegoro .................................................................................. 34