Gambar 2 Tampilan Menu AMMIR
A. Menu File
Menu file terdiri dari 5 fungsi utama yaitu: 1.
Data Baru Fungsi ini digunakan untuk memasukkan data ke dalam sistem secara
manual. Data akan tersimpan dalam data frame baru yang diberi nama “dataset”. AMMIR hanya mampu menggunakan satu set dataset aktif.
2. Buka Dataset
Fungsi ini digunakan untuk membuka data dengan format .xlsMs. Excel 2003 dan csv. File Ms. Excel 2003 yang akan dibuka telah berisi data
pada Sheet1 dengan format nama peubah di baris pertama diikuti dengan data di baris berikutnya.
3. Simpan Dataset
Fungsi ini digunakan untuk menyimpan data dengan format .xls dan .csv.
4. Simpan Hasil
Fungsi ini digunakan untuk menyimpan hasil yang terdapat pada jendela hasil dalam bentuk teks dengan ekstensi .txt.
5. Keluar
Fungsi ini digunakan untuk keluar dari AMMIR.
B. Menu Data
Menu data merupakan menu untuk melihat, mencetak, dan mengedit dataset yang sudah dimasukkan oleh pengguna. Menu ini terdiri dari tiga fungsi, yaitu:
1. Lihat Dataset
Fungsi ini digunakan untuk melihat data yang sudah dimasukkan baik melalui input manual atau impor data pada jendela baru.
2. Cetak Dataset
Fungsi ini digunakan untuk mencetak data yang tersimpan pada jendela output.
3. Edit Dataset
Fungsi ini digunakan untuk mengedit data yang sudah dimasukkan ke sistem atau menambahkan data pada dataset.
C. Menu AMMI
Menu AMMI merupakan menu utama dalam AMMIR yang berisi perhitungan-perhitungan analisis AMMI. Menu ini terdiri dari delapan submenu
yaitu: menu AMMI, AMMI model campuran, GAMMI, EM-AMMI, AMMI respon ganda, AMMI Bayes, AMMI Bootstrap, dan Kestabilan non parametrik.
1. AMMI
Fungsi ini digunakan untuk perhitungan analisis AMMI dengan metode AMMI standar yang disajikan dalam Lampiran 14. Dalam fungsi ini ada
dua pilihan yang dapat diatur, yaitu: a.
Biplot Dalam Biplot, pengguna dapat memilih keluaran Biplot AMMI1 atau
AMMI2. Biplot AMMI1 merupakan plot antara komponen utama interaksi1 dengan rataan, sedangkan Biplot AMMI2 merupakan plot
antara komponen utama interaksi1 dan komponen interaksi2. Sintaks R yang digunakan untuk menampilkan Biplot:
biplotx, y, col, cex = repparcex, 2, xlab = Rataan, ylab = KUI 1, main=Biplot AMMI 1
biplotx, y, col, cex = repparcex, 2, xlab = KUI1, ylab = KUI 2, main=Biplot AMMI 2
b. Rancangan
Untuk rancangan, pengguna dapat memilih tiga rancangan, yaitu: Rancangan Acak Lengkap, Rancangan Acak Kelompok, dan
Rancangan Acak Kelompok dimana lokasi tersarang di ulangan. Sintaks rancangan untuk berbagai model:
RAL - lmyield ~ envir + variety + envir:variety RAK - lmyield ~ envir+ variety + block + envir:variety
RAKtersarang - lmyield ~ envir + block in envir + variety + envir:variety
untuk tabel analisis ragam sintaksnya:
anovaRAL
,
anovaRAK
, dan
anovaRAKtersarang.
2. GAMMI
Fungsi ini digunakan untuk melakukan perhitungan AMMI dimana data yang ada memiliki sebaran yang tidak normal. Ada delapan sebaran yang
dapat dipilih, yaitu: GaussianNormal, Binomial, Gamma, Poisson, Inverse Gaussian, Quasi, Quasibinomial, Quasipoisson Lampiran 15.
Sintaks R untuk pendugaan parameter dalam fungsi GAMMI:
treatment - interactionenvir mainEffects - gnmyield~variety+treatment,family=fam
untuk penguraian nilai singular sintaksnya:
svdStart - residSVDmainEffects, variety, treatment, 3.
3. EM-AMMI
Fungsi ini digunakan untuk mengatasi masalah data hilang atau tidak lengkap dimana pendugaannya menggunakan algoritma EMExpectation
Maximation . Setelah diduga maka dilakukan analisis AMMI seperti
biasa Lampiran 16. 4.
AMMI Model Campuran Fungsi ini digunakan untuk melakukan perhitungan AMMI dimana model
yang digunakan adalah model campuran Lampiran 17. Fungsi ini dibagi menjadi dua bagian yaitu:
a. Model Campuran
Dalam model ini pendugaan interaksi menggunakan metode kuadrat tengah.
Sintaks R yang digunakan untuk pendugaan interaksi:
modelTables - model.tablesadd.anova, type = effects, cterms = envir:variety
b. BLUP
Pendugaan interaksi dalam model ini menggunakan metode BLUPBest Linear Unbiased Prediction. Sintaks R yang digunakan
untuk metode BLUP:
varint - KTint - KTGnumblock f.shrinkage-numblockvarintvarG+numblockvarint
eff - modelTablestablesenvir:variety
dimana
KTint
adalah kuadrat tengah interaksi dari analisis ragam dan
KTG
adalah kuadrat tengah galat dari analisis ragam, sedangkan
numblock
adalah jumlah ulangan. Untuk masing-masing bagian terdapat dua pilihan mengenai faktor mana
yang acak, yaitu genotipe acak atau sebaliknya lokasi yang acak. Sedangkan untuk penguraian matrik interaksi menjadi biplot terdapat dua
pilihan, yaitu:
menggunakan metode
SVDSingular Value
Decomposition atau menggunakan Analisis Faktor. Sintaks R untuk
penguraian nilai singular:
svdx, nu = minn, p, nv = minn, p
sedangkan untuk Analisis Faktor sintaksnya:
factanalx, factors, subset, scores = cnone, regression, Bartlett, rotation = varimax.
5. AMMI Respon Ganda
Fungsi ini digunakan untuk mengatasi data respon ganda Lampiran 18. Metode pengabungan respon yang digunakan ada empat pilihan, yaitu:
a. IPT1Range Equalization
Sintaks R untuk fungsi ini adalah:
rangeequalisation - functionx { Yimin - applyx, 2, min
Yimax - applyx, 2, max trans - tx
pemb - trans - Yimin peny - Yimax - Yimin
pers - pembpeny SDIIi - tpers
IPT1 - rowMeansSDIIi respon - IPT1}
b. IPT2Komponen Utama Pertama
Sintaks R untuk fungsi ini adalah:
KU1 - functionx { rata - colMeansx
tr - tx xminmiu - tr - rata
sigma - sdx tz - xminmiusigma
z - ttz egvec - svdxv
KU1 - egvec[, 1] aaksen1z - KU1 tx
a1z - taaksen1z IPT2 - rowSumsa1z
respon - IPT2 }
c. IPT3Pembobotan Komponen Utama
Sintaks R untuk fungsi ini adalah:
bobpca - functionx { egvec - svdxv
KU1 - egvec[, 1] KU2 - egvec[, 2]
a1kuad - KU12 a2kuad - KU22
ac - svdxd ac1 - ac[1]
ac2 - ac[2] komb1 - a1kuadac1
komb2 - a2kuadac2 komb - komb1 + komb2
wi - sqrtkomb tipt - wi tx
ipt - ttipt IPT3 - rowSumsipt
respon - IPT3 }
d. IPT4Division by Mean
Sintaks R untuk fungsi ini adalah:
DbM - functionx { trans - tx
Ybari - colMeansx tr - transYbari
SDIIi - ttr IPT5 - rowMeansSDIIi
respon - IPT5 }
6. AMMI Bayes
Fungsi ini digunakan untuk perhitungan AMMI dimana pendugaan matrik interaksi menggunakan metode Bayes Lampiran 19. Informasi
Prior pada penelitian sebelumnya dapat dimasukkan ke dalam fungsi. Adapun metode yang digunakan adalah Gibbs sampling, dimana
terdapat dua pilihan iterasi, yaitu: 1000 burn 100 dan 5000 burn 1000. 7.
AMMI Bootstrap Fungsi ini digunakan untuk menduga selang kepercayaan AMMI dengan
metode Bootstrap Lampiran 20. Ada tiga pilihan untuk banyaknya iterasi, yaitu: 1.000, 5.000, dan 10.000.
8. Stabilitas Non Parametrik
Fungsi ini digunakan untuk melihat kestabilan genotipe dengan metode non parametrik dan sebagai perbandingan dari analisis kestabilan
genotipe menggunakan AMMI Lampiran 21. Ada dua metode yang dipakai, yaitu: kestabilan non parametrik Huehn dan kestabilan non
parametrik Thennarasu. Sintaks R untuk fungsi Huehn dapat dilihat pada Lampiran 22, sedangkan untuk fungsi Thennarasu dapat dilihat pada
Lampiran 23.
D. Menu Stat
Kategori