Telaah Kualitas Daging serta Identifikasi Keragaman Gen GH dan GHR pada Kerbau (Bubalus bubalis)
TELAAH KUALITAS DAGING SERTA IDENTIFIKASI
KERAGAMAN GEN GH DAN GHR PADA KERBAU
(Bubalus bubalis)
ERYK ANDREAS
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2010
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Telaah Kualitas Daging serta
Identifikasi Keragaman gen GH dan GHR pada Kerbau (Bubalus bubalis) adalah
karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam
bentuk apapun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal
atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain
telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian
akhir tesis ini.
Bogor, Maret 2010
Eryk Andreas
NRP. D151080161
ABSTRACT
ERYK ANDREAS. Study of Meat Quality and Identification Polymorphism of
GH and GHR Genes in Buffalo (Bubalus bubalis). Under direction of CECE
SUMANTRI, Henny NURAINI, and ACHMAD FARAJALLAH
Growth hormone exert its effect on growth and metabolism by interacting with a
specific receptor on the surface of the target cells. GHR has been suggested as
candidate gene for traits related to meat production in Bovidae. The objective of
this research was to studied meat quality and identify polymorphism of GH and
GHR genes in buffalo. The 93 muscle samples from Longissimus dorsi et
lumbarum from slaughter house in Pandeglang-Banten were used to study meat
quality. There was a significant effect of age at slaughter on body and carcass
weight in both male and female buffaloes, and fat thickness in female. A positive
relationship was observed between carcass weight and fat thickness and rib eye
area, and also between fat thickness and rib eye area. Increase in pH value was
affected to decreased shear force Warner Bratzler and percentage of cooking loss.
The 452 DNA samples buffalo from five populations in Indonesia (SiborongBorong-Medan (65 samples), Lebak-Banten (29 samples), Pandeglang-Banten
(180 samples), Semarang-Central Java (75 sampel), and Mataram-West Nusa
Tenggara (103 samples) were used to determined polymorphism elucidated by
PCR-RFLP method. There were no polymorphism detected using PCR-RFLP.
PCR-SSCP and DNA sequencing as another molecular techniques also give same
result as PCR-RFLP. Therefore, GH and GHR genes can not use as molecular
markers for meat quality.
Keywords: growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), buffalo, meat
quality
RINGKASAN
ERYK ANDREAS. Telaah Kualitas Karkas dan Daging serta Identifikasi
Keragaman gen GH dan GHR pada Kerbau (Bubalus bubalis). Dibimbing oleh
CECE SUMANTRI, HENNY NURAINI, dan ACHMAD FARAJALLAH.
Modal dasar pembangunan subsektor peternakan nasional sangat
ditentukan oleh pemilikan, pelestarian dan pemanfaatan sumberdaya hayati ternak
baik berupa ternak yang sudah dikembangkan maupun yang masih dipelihara
secara subsisten. Kerbau merupakan ternak ruminansia besar yang penting bagi
masyarakat Indonesia. Kerbau di Indonesia selain digunakan sebagai tanaga kerja,
juga digunakan sebagai sumber daging. Kontribusi daging kerbau terhadap
pemenuhan kebutuhan daging nasional masih sangat rendah, yaitu 2,03%. Tingkat
konsumsi yang rendah tersebut dapat dipengaruhi oleh latar belakang budaya
konsumen, selain kualitas daging juga merupakan faktor penentu bagi konsumen
dalam memilih daging yang akan dikonsumsi. Penelitian ini bertujuan untuk
mendapatkan informasi tentang kualitas daging kerbau yang datanya masih sangat
terbatas, juga informasi keragaman gen pertumbuhan atau growth hormone (GH)
dan growth hormone receptor (GHR) kerbau, serta kemungkinannya digunakan
sebagai penanda kualitas daging kerbau.
Sampel otot yang digunakan untuk pengujian kualitas daging merupakan
otot Longissimus dorsi et lumbarum, sebanyak 93 sampel. Sampel yang
digunakan dalam identifikasi keragaman gen GH dan GHR sebanyak 425 sampel,
terdiri atas 65 sampel dari Siborong-Borong-Medan, 29 sampel dari LebakBanten, 180 sampel dari Pandeglang-Banten (48 sampel darah, dan 132 sampel
daging), 75 sampel dari Semarang-Jawa Tengah, dan 103 sampel dari MataramNusa Tenggara Barat.
Penilaian kualitas daging meliputi nilai pH, daya putus Warner Bratzler,
persentase susut masak, dan persentase air bebas. Penilaian kualitas karkas
meliputi bobot potong, bobot karkas, persentase bobot karkas, tebal lemak
punggung, dan luas urat daging mata rusuk. Analisis keragaman ruas gen GH dan
GHR kerbau dilakukan dengan pendekatan polymerase chain reactions-restriction
length polymorphism (PCR-RFLP), polymerase chain reactions-single strand
conformation polymorphism (PCR-SSCP), dan DNA sekuensing.
Kelompok umur kerbau dibawah 2 tahun, 2-4 tahun, dan diatas 4 tahun
tidak berpengaruh terhadap kualitas daging yang dihasilkan. Nilai pH daging
kerbau dalam penelitian ini berkisar antara 5,5–5,8, daya putus Warner Bratzler
berkisar 7,9–9,6 kg/cm2 , persentase susut masak antara 44–49%, dan persentase
air bebas berkisar antara 18–33%. Nilai pH berkorelasi negatif dengan nilai daya
putus Warner Bratzler sebesar -0,69 dan persentase susut masak sebesar -0,31.
Korelasi antara daya putus Warner Bratzler dengan persentase susut masak
bernilai positif sebesar 0,34.
Bobot potong dan bobot karkas dipengaruhi oleh umur (P
KERAGAMAN GEN GH DAN GHR PADA KERBAU
(Bubalus bubalis)
ERYK ANDREAS
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2010
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Telaah Kualitas Daging serta
Identifikasi Keragaman gen GH dan GHR pada Kerbau (Bubalus bubalis) adalah
karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam
bentuk apapun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal
atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain
telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian
akhir tesis ini.
Bogor, Maret 2010
Eryk Andreas
NRP. D151080161
ABSTRACT
ERYK ANDREAS. Study of Meat Quality and Identification Polymorphism of
GH and GHR Genes in Buffalo (Bubalus bubalis). Under direction of CECE
SUMANTRI, Henny NURAINI, and ACHMAD FARAJALLAH
Growth hormone exert its effect on growth and metabolism by interacting with a
specific receptor on the surface of the target cells. GHR has been suggested as
candidate gene for traits related to meat production in Bovidae. The objective of
this research was to studied meat quality and identify polymorphism of GH and
GHR genes in buffalo. The 93 muscle samples from Longissimus dorsi et
lumbarum from slaughter house in Pandeglang-Banten were used to study meat
quality. There was a significant effect of age at slaughter on body and carcass
weight in both male and female buffaloes, and fat thickness in female. A positive
relationship was observed between carcass weight and fat thickness and rib eye
area, and also between fat thickness and rib eye area. Increase in pH value was
affected to decreased shear force Warner Bratzler and percentage of cooking loss.
The 452 DNA samples buffalo from five populations in Indonesia (SiborongBorong-Medan (65 samples), Lebak-Banten (29 samples), Pandeglang-Banten
(180 samples), Semarang-Central Java (75 sampel), and Mataram-West Nusa
Tenggara (103 samples) were used to determined polymorphism elucidated by
PCR-RFLP method. There were no polymorphism detected using PCR-RFLP.
PCR-SSCP and DNA sequencing as another molecular techniques also give same
result as PCR-RFLP. Therefore, GH and GHR genes can not use as molecular
markers for meat quality.
Keywords: growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), buffalo, meat
quality
RINGKASAN
ERYK ANDREAS. Telaah Kualitas Karkas dan Daging serta Identifikasi
Keragaman gen GH dan GHR pada Kerbau (Bubalus bubalis). Dibimbing oleh
CECE SUMANTRI, HENNY NURAINI, dan ACHMAD FARAJALLAH.
Modal dasar pembangunan subsektor peternakan nasional sangat
ditentukan oleh pemilikan, pelestarian dan pemanfaatan sumberdaya hayati ternak
baik berupa ternak yang sudah dikembangkan maupun yang masih dipelihara
secara subsisten. Kerbau merupakan ternak ruminansia besar yang penting bagi
masyarakat Indonesia. Kerbau di Indonesia selain digunakan sebagai tanaga kerja,
juga digunakan sebagai sumber daging. Kontribusi daging kerbau terhadap
pemenuhan kebutuhan daging nasional masih sangat rendah, yaitu 2,03%. Tingkat
konsumsi yang rendah tersebut dapat dipengaruhi oleh latar belakang budaya
konsumen, selain kualitas daging juga merupakan faktor penentu bagi konsumen
dalam memilih daging yang akan dikonsumsi. Penelitian ini bertujuan untuk
mendapatkan informasi tentang kualitas daging kerbau yang datanya masih sangat
terbatas, juga informasi keragaman gen pertumbuhan atau growth hormone (GH)
dan growth hormone receptor (GHR) kerbau, serta kemungkinannya digunakan
sebagai penanda kualitas daging kerbau.
Sampel otot yang digunakan untuk pengujian kualitas daging merupakan
otot Longissimus dorsi et lumbarum, sebanyak 93 sampel. Sampel yang
digunakan dalam identifikasi keragaman gen GH dan GHR sebanyak 425 sampel,
terdiri atas 65 sampel dari Siborong-Borong-Medan, 29 sampel dari LebakBanten, 180 sampel dari Pandeglang-Banten (48 sampel darah, dan 132 sampel
daging), 75 sampel dari Semarang-Jawa Tengah, dan 103 sampel dari MataramNusa Tenggara Barat.
Penilaian kualitas daging meliputi nilai pH, daya putus Warner Bratzler,
persentase susut masak, dan persentase air bebas. Penilaian kualitas karkas
meliputi bobot potong, bobot karkas, persentase bobot karkas, tebal lemak
punggung, dan luas urat daging mata rusuk. Analisis keragaman ruas gen GH dan
GHR kerbau dilakukan dengan pendekatan polymerase chain reactions-restriction
length polymorphism (PCR-RFLP), polymerase chain reactions-single strand
conformation polymorphism (PCR-SSCP), dan DNA sekuensing.
Kelompok umur kerbau dibawah 2 tahun, 2-4 tahun, dan diatas 4 tahun
tidak berpengaruh terhadap kualitas daging yang dihasilkan. Nilai pH daging
kerbau dalam penelitian ini berkisar antara 5,5–5,8, daya putus Warner Bratzler
berkisar 7,9–9,6 kg/cm2 , persentase susut masak antara 44–49%, dan persentase
air bebas berkisar antara 18–33%. Nilai pH berkorelasi negatif dengan nilai daya
putus Warner Bratzler sebesar -0,69 dan persentase susut masak sebesar -0,31.
Korelasi antara daya putus Warner Bratzler dengan persentase susut masak
bernilai positif sebesar 0,34.
Bobot potong dan bobot karkas dipengaruhi oleh umur (P