Morphological and molecular genetic characters of Barb (Barbonymus balleroides Val. 1842; Cyprinidae) in Serayu River Central Java.

KARAKTERISTIK MORFOLOGIS DAN GENETIK MOLEKULER
IKAN BREK (Barbonymus balleroides Val. 1842; CYPRINIDAE)
DI SUNGAI SERAYU JAWA TENGAH

BAHIYAH

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis karakteristik morfologis dan
genetik molekuler ikan brek (Barbonymus balleroides Val. 1842; Cyprinidae) di
Sungai Serayu Jawa Tengah adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.
Bogor, Februari 2014
Bahiyah
NRP G352110181

RINGKASAN
BAHIYAH. Karakteristik Morfologis dan Genetik Molekuler Ikan Brek
(Barbonymus balleroides Val. 1842; Cyprinidae) di Sungai Serayu Jawa Tengah.
Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan RIDWAN AFFANDI.
Pada tahun 1988 pemerintah Banjarnegara membangun Waduk Mrica,
pembangunan ini diharapkan dapat mengairi sawah-sawah tadah hujan menjadi
sawah-sawah irigasi intensif. Namun demikian, pembangunan waduk ini telah
memberikan dampak yang cukup penting bagi perkembangan populasi dan
komunitas ikan di daerah ini. Penelitian tentang ikan brek (Barbonymus
balleroides) di Sungai Serayu Jawa Tengah bertujuan untuk mengkaji
karakteristik morfologis dan genetik ikan brek (B. balleroides) pada berbagai
habitat di Sungai Serayu. Penelitian ini dilakukan dari bulan Februari sampai
oktober 2013. Pengambilan sampel ikan dilakukan secara purposive sampling,
dilanjutkan dengan road sampling pada enam stasiun yang mewakili tiga zona
yaitu hilir (bawah), tengah (waduk) dan hulu (atas). Pengambilan ikan

menggunakan alat tangkap berupa jala, jaring insang dan electrofishing. Analisis
morfologi dilakukan berdasarkan karakter morfometrik, meristik dan asimetri
dengan menggunakan program R (PCA dan diskriminan), sedangkan untuk
menentukan suatu spesies secara definitif dan perbedaan genetik antar lokasi
ditelusuri dengan memanfaatkan marka DNA mitokondria yaitu cytochrome
oxidase 1 (CO1) dengan analisis menggunakan program Mega 4. Data fisika dan
kimia perairan diamati berdasarkan letak stasiun.
Hasil penelitian didapatkan jumlah ikan brek 180 ekor dari spesies B.
balleroides dengan ciri tidak memiliki spot hitam di batang ekor. Hasil
pengukuran kualitas perairan masih berada pada kisaran normal yang dapat
mendukung kehidupan ikan. Berdasarkan pengukuran morfometrik, ikan brek di
sungai Serayu teridentifikasi ke dalam dua kelompok spesies ikan yaitu kelompok
A spesies ikan di bawah waduk (stasiun I dan II) dengan nilai koefisien sebesar
2.5, dan kelompok B spesies ikan pada zona waduk (stasiun III dan VI) dan atas
waduk (stasiun V dan VI). Nilai koefisien pada kelompok A dan B berkisar antara
8.53. Analisis meristik tidak menunjukkan adanya pemisahan populasi ikan.
Analisis genetik berdasarkan penanda mtDNA CO1 pada perwakilan
masing-masing stasiun (I – VI) di Sungai Serayu didapatkan panjang fragmen 710
bp. Berdasarkan pohon filogenetik sekuen tersebut, keenam sampel ikan Brek di
Sungai Serayu membentuk satu cluster dan terpisah dari outgroup (B. gonionotus

dan Puntius orphoides) dengan jarak genetik sebesar 6.34%. Hasil analisis ini
menyatakan bahwa nama spesies ikan brek (B. balleroides) adalah benar.
Terdapat variasi intraspesies pada ikan brek (B. balleroides) di Sungai Serayu dari
jarak genetik ‘P’ memperlihatkan dua cluster dengan nilai 2%. Cluster pertama
(A) adalah kelompok populasi yang terdiri dari stasiun I dan II dan cluster kedua
(B) adalah stasiun III dan IV serta stasiun V dan VI. Nilai perbedaan antar stasiun
III dan IV adalah 0.15%, serta sebesar 0.3% antara stasiun V dan VI. Perbedaan
intra populasi antara stasiun I dengan stasiun II adalah 2%.
Kata kunci: Fragmentasi, mtDNA, Habitat

SUMMARY
BAHIYAH. Morphological and molecular genetic characters of Barb
(Barbonymus balleroides Val. 1842; Cyprinidae) in Serayu River Central Java.
Supervised by DEDY DURYADI SOLIHIN and RIDWAN AFFANDI.
The goverment builded the Mrica Reservoir in Banjarnegara at 1988. The
reservoir affected of fish population and community in the ecosystem. The
research aimed to evaluated the morphological and genetic characters of the Barb
(Barbonymusballeroides) at several habitats in Serayu River. The research was
conducted during February to September 2013. Sampling was carried out used
applying purposive sampling method, continued by road sampling at six stations

representing three zones, i.e., upper, middle, and lower zones. Fishing gear used
were net, gill net and electrofishing. M orphological characters were completed
based on morphometric, meristic, and asymmetric characters with the R (PCA and
Discriminant). D efinitive species identification and genetic difference between
locationswere accomplished using mithochondrial DNA marker, cytochrome
oxidase 1 (CO1) using Mega 4 programe. Physical and chemical characteristics of
aquatic environment were observed based on position of the stations.
Physical and chemical characteristics of aquatic environment indicated
that the condition of sampling stations to support fish survival. Morphologically,
Barb of the Serayu River was separated into two groups, group A inhabiting lower
zone of the reservoir (station I and II) and group B inhabiting the middle zone
(station III and IV), and the upper zone (station V and VI). Morphological
clustering distance between Barb in station I and II were 2.5; while between group
A and B were 8.53. Whereas, meristic analysis did not show any separation of fish
population.
Genetic analysis based on mtDNA CO1 of Barb in the sampling stations
was successfully accomplished, resulting in 710 bp i n fragment length.
Phylogenetic analysis showed that six samples of the Barb formed one cluster and
separated from outgroup (B. gonoinotus dan Puntius orphoides) with genetic
distance of 6.34%. It implied that species identification of the Barb (B.

balleroides) was true. Be found intraspecific variation on B arb of Serayu River
genetic distance analysis using p-distance performed two clusters with the value
of 2%. The first was Barb of station I and II, and the second was stations III, IV,
V, and VI. Genetic distance between stations of III and IV was 0.15%; while
between station V and VI was 0.3%. Genetic difference based on CO1 gene
between station I and II was 2%.
Keywords: Fragmentation, mtDNA, habitat.

genia polyantha known as salam in Indonesia is widely used as herbal
medicinal plant to treat various diseases, including diabetes. The objectives of this
research are to ob inhibitory against α-amylase activity, and to identify

phytochemical constituents of the fractions. Crude ethanolic extract fractionated
by liquid-liquid extraction gave 3 fractions, namely n-hexane, ethyl acetate, and
water fractions. All fractions showed inhibitory activity against α-amylase and
water fraction showed the highest activity with the inhibition of 22.52%.
Subsequent fractionation of the water fraction using silica gel column
chromatography with gradient elution produced 4 fractions. All fractions showed
inhibitory activity against α-amylase; fraction 2 showed the highest activity with
the inhibition of 57.57%. Phytochemical screening showed that alkaloids,

flavonoids, and saponins were the chemical constituents of the active fraction.
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Mauris ultrices
tellus vel risus tempus non c onsequat mass velit. Vestibulum quis justo eu arcu
elementum bibendum. Proin venenatis eleifend fermentum. Vivamus ullamcorper
dictum quam non mollis. Morbi cursus dolor ut tellus faucibus rutrum. Duis nibh
nibh, rutrum nec congue sed, iaculis eget velit. Vivamus tempus, dolor et eleifend
interdum, ipsum purus tristique risus, id aliquam libero nunc non neque. Praesent
vel massa purus, sed gravida ligula.
Etiam vel suscipit erat. Aliquam erat volutpat. Pellentesque habitant morbi
tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Sed vulputate
neque sit amet nibh gravida scelerisque. Nam mattis euismod facilisis. Ut sit amet
nunc sem, vel imperdiet risus. Pellentesque iaculis tempus nunc accumsan
porttitor. Sed eget odio nec enim ornare feugiat. Quisque viverra sapien a felis
molestie dictum. Donec malesuada porttitor sagittis. In hac habitasse platea
dictumst. Morbi at justo at tellus tincidunt volutpat sed vel enim.
Keywords: alkaloids, α-amylase, Eugenia polyantha, flavonoids, saponins, lorem,
ipsum
© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2014
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan

atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

KARAKTERISTIK MORFOLOGIS DAN GENETIK MOLEKULER IKAN
BREK (Barbonymus balleroides Val. 1842; CYPRINIDAE) DI SUNGAI
SERAYU JAWA TENGAH

BAHIYAH

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Biosains Hewan

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

Penguji luar komisi pada ujian tesis: Prof. Dr. Ir. Muhammad Fadjar Rahardjo, DEA

Judul Tesis
Nama
NRP

: Karakteristik Morfologis dan Genetik Molekuler Ikan Brek
(Barbonymus balleroides Val. 1842; Cyprinidae) di Sungai Serayu
Jawa Tengah
: BAHIYAH
: G352110181
Disetujui oleh
Komisi Pembimbing

Dr Ir Dedy Duryadi Solihin, DEA
Ketua

Dr Ir Ridwan Affandi, DEA
Anggota

Diketahui oleh

Ketua Program Studi
BioSains Hewan

Dekan Sekolah Pascasarjana

Dr Ir Rd Roro Dyah Perwitasari, MSc

Dr Ir Dahrul Syah, MScAgr

Tanggal Ujian:

Tanggal Lulus:

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas segala
karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam
penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Februari 2013 ini ialah dengan judul
Karakteristik Morfologis dan Genetik Molekuler Ikan Brek (Barbonymus balleroides
Val. 1842; Cyprinidae) di Sungai Serayu Jawa Tengah. Tesis ini dibiayai oleh
Kementerian Agama RI dan Kementrian Keuangan RI melalui Lembaga Pengelolaan Dana
Pendidikan (LPDP) serta bantuan dana penelitian dari Institut Pertanian Bogor (IPB).
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA
dan Bapak Dr. Ir. Ridwan Affandi, DEA selaku pembimbing. Ungkapan terima kasih
penulis sampaikan kepada Bapak Drs. Haryono, M.Si yang telah melibatkan penelitian
ini sebagai bagian dari penelitian disertasinya, kepada Dr. Ir. Nurlisa Butet, M.Sc atas
bantuan, koreksi, diskusi dan saran kepada penulis. Bapak Heri analis Laboratorium
Molekuler PPSHB, Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada Yuliadi Zamroni,
M.Si dan Andy Darmawan, M.Si, serta teman-teman seperjuangan (Yuli Tri Yuliani,
Rumondang Tampubolon, M.Si, Norce Mote, Andi Khoerul, Maria Panggur, M.Si,
Novita Triartiningrum,M.Si dan Epa Paujiah, M.Si). ayah (H. Bunyamin), ibu (Hj.
Atikah), mertua (Make Ngatini), saudara-saudaraku (Deden Hidayat, Eki Baehaki, UU
Ulumudin, Otih Solihat dan Taufiqurrohman) serta keluarga kecil tercinta (Muhammad
Efendi, M.Si dan Atthifatuzzahra Efendi), atas segala do’a, kasih sayang, kesabaran
dan dorongan semangat demi keberhasilan studi. Karya ilmiah ini saya persembahkan

untuk adik tercinta (Alm. Ahmad Haetami). Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Februari 2014
Bahiyah

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL

i

DAFTAR GAMBAR

i

DAFTAR LAMPIRAN

i

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Tujuan Penelitian
Manfaat Penelitian
Ruang Lingkup Penelitian

7
7
2
2
2

2 METODE
Waktu dan lokasi
Deskripsi lokasi
Teknik pengambilan sampel
Prosedur Analisis Data

4
4
4
4
8

3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Pembahasan

9
9
19

4 SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Saran

23
24
24

DAFTAR PUSTAKA

25

LAMPIRAN

27

RIWAYAT HIDUP

39

i
DAFTAR TABEL
1. Letak geografis dari masing-masing stasiun pada ketiga zona
pengambilan sampel di Sungai Serayu
2. Parameter fisika dan kimia
3. Keterangan parameter pada Gambar 3
4. Karakter meristik untuk beberapa parameter ikan brek
5. Data parameter lingkungan di masing-masing stasiun penelitian
6. Hubungan prameter lingkungan dengan stasiun pengambilan sampel di
Sungai Serayu berdasarkan PCA
7. Nilai eigenvalue dan proporsi dari parameter lingkungan
8. Nilai koefisien linear diskriminan morfometrik
9. Proporsi hasil analisis diskriminan morfometrik
10. Nilai koefisien linear diskriminan meristik
11. Proporsi hasil analisis diskriminan meristik
12. Estimasi hasil analisis cluster dari ke enam stasiun
13. Keterkaitan karakter morfologi dengan Parameter lingkungan
14. Keterkaitan Karakter asimetri dengan hasil parameter lingkungan
15. Estimasi perbedaan jarak evolusi diantara hasil sequen sepanjang 710 bp
16. Urutan nukleotida yang mengalami delesi dan substitusi pada masingmasing stasiun berdasarkan lampiran 4 dan 5

4
5
6
7
9
10
10
12
13
13
13
14
14
16
17
18

DAFTAR GAMBAR
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

Kerangka pemikiran penelitian
Lokasi sampling penelitian dengan enam stasiun di Sungai Serayu
Pengukuran morfometrik pada ikan brek (Barbonymus balleroides)
Hasil analisis PCA pada parameter lingkungan di ke enam stasiun
Struktur skematis sisik linea lateralis B. balleroides dan Puntius orphoides
Ikan brek B. balleroides dan P. orphoides
Hasil analisis diskriminan pada morfometrik
Hasil analisis diskriminan pad meristik
Hasil analisis cluster dari enam stasiun
Hasil analisis asimentri magnitude (besaran) pada masing-masing stasiun
Hasil analisis asimetri number (bilangan) pada masing-masing stasiun kiri
dan kanan
12 Hasil amplifikasi DNA marka CO1 B. balleroides (dari stasiun I sampai VI)
13 Filogenetik P-distance ikan brek berdasarkan marka CO1 sepanjang 710 bp

3
5
6
10
11
11
12
13
14
15
15
17
17

DAFTAR LAMPIRAN
1
2
3
4
5

Gambar lokasi pengambilan sampel
Gambar Alat tangkap
Rata-rata pengukuran parameter morfometrik ikan brek
Urutan nukleotida hasil aligment mega 4
Urutan Nukleotida B.balleroides dengan outgroupnya

28
29
30
32
35

PENDAHULUAN

Latar Belakang
Sungai Serayu merupakan sungai terpanjang kedua di Jawa setelah Sungai
Bengawan Solo dengan panjang mencapai 180 km dan memiliki 11 anak sungai. Hulu
Sungai Serayu terletak di lereng barat laut Pegunungan Dieng dan bermuara di
Samudera Hindia. Sungai ini melintasi beberapa kabupaten yaitu Kabupaten Wonosobo,
Banjarnegara, Purbalingga, Banyumas dan Cilacap. Pada tahun 1988, pemerintah
Kabupaten Banjarnegara membangun Waduk Mrica di bagian tengah Sungai Serayu
untuk membantu persediaan air dan irigasi pertanian dengan kapasitas waduk 148,287
juta m3 (Wulandari 2004). Pembangunan Waduk Mrica menyebabkan perubahan
topografi (ketinggian dan kemiringan) badan sungai dari zona atas waduk ke zona
bawah waduk (Vannote et al. 1980). Selain itu, pembangunan waduk di bagian tengah
aliran sungai menyebabkan perbedaan arus, kedalaman, tipe substrat dan kandungan
oksigen terlarut sehingga perubahan kondisi perairan diduga akan mempengaruhi
struktur komunitas ikan. Pada tahun 1997 (Hadisusanto et al. 2011) telah melaporkan
bahwa ikan di perairan Sungai Serayu ditemukan sebanyak 16 spesies, sedangkan pada
tahun 2009 hanya ditemukan 12 s pesies. Penurunan jumlah spesies tersebut diduga
karena adanya perubahan lingkungan sehingga terjadinya perubahan komposisi jenis
ikan yang ada.
Ikan brek di beberapa daerah sering disebut sebagai spesies Puntius orphoides
(Suryaningsih 2012), dan juga spesies Barbonymus balleroides (Rumondang 2013). Ikan
brek merupakan salah satu jenis ikan yang memiliki nilai ekonomi (±Rp. 30.000/kg),
terutama bagi masyarakat di sekitar Sungai Serayu. Ukuran ikan brek (B. balleroides)
dapat mencapai 233 mm (Rumondang 2013), sedangkan ukuran ikan brek (P.
orphoides) mencapai 327 mm (Suryaningsih 2012). Berdasarkan penelitian yang telah
dilakukan menunjukkan bahwa ikan brek tersebar luas mulai dari zona atas waduk, zona
waduk dan zona bawah waduk di Sungai Serayu (Pramono & Marnani 2006;
Hadisusanto et al. 2011; Wahyuningsih et al. 2011). Walaupun memiliki nilai ekonomis
yang tinggi tetapi jenis ikan ini belum dibudidayakan oleh masyarakat maupun
pemerintah. Penentuan spesies ikan brek lebih dini penting dilakukan untuk
membedakan kedua spesies ikan tersebut.
Penelitian tentang biopotensi di Sungai Serayu sebelumnya telah dilakukan oleh
Wahyuningsih et al. (2011) yang menemukan 13 s pesies dari tujuh famili di zona atas
Waduk Sungai Serayu dan tujuh spesies diantaranya termasuk ke dalam famili
Cyprinidae yaitu s pesies Osteochilus microcephalus, Osteochilus kahajanensis,
Osteochilus hasselti, Rasbora agryrotaenia, Rasbora lateristriata, Puntius orphoides
dan Puntius javanicus. Hadisusanto et al. (2011) menemukan empat spesies ikan dari
famili Cyprinidae di bagian hulu Sungai Serayu, dua diantaranya adalah Puntius
orphoides dan Osteochilus vittatus. Pramono dan Marnani (2006) juga menemukan
spesies dari famili Cyprinidae di zona bawah Waduk Sungai Serayu yaitu P. orphoides.
Selama kurun waktu 25 tahun (1988-2013) setelah pembangunan Waduk Mrica, telah
terjadi fragmentasi habitat, namun belum ada laporan penelitian tentang adanya
perubahan atau variasi morfologi dan genetik yang terjadi pada komunitas ikan terutama
pada ikan brek yang hidup di Sungai Serayu. Hasil penelitian perubahan morfologi

2
karena pengaruh habitat pernah dilaporkan oleh beberapa peneliti. Todd et al. (2007)
melaporkan jenis ikan Metriaclima zebra memiliki variasi dalam ukuran tubuh dan
bentuk gigi yang hidup di Waduk Malawi, Zimbabwe.
Adanya ketidakpastian jenis spesies akibat penamaan label yang sama terhadap
dua spesies ikan brek, harus ditentukan lebih dini penamaan berdasarkan karakter
morfologis baku. Apabila pendekatan ini masih belum terlalu jelas, maka dapat
dilakukan dengan menggunakan marka genetik molekuler. Salah satu marka genetik
molekuler yaitu genom mitokondria terutama gen CO1 dapat digunakan untuk memilah
spesies ikan dan variasi genetik antara populasinya (Hebert et al. 2003; Ward et al.
2005; Indu et al. 2012). Oleh karena itu, marka CO1 ini akan digunakan untuk melihat
pemilahan ikan brek dan variasi genetiknya berdasarkan adanya fragmentasi habitat
akibat pembangunan Waduk Mrica. Perubahan secara genetik seperti dilaporkan oleh
Wibowo (2011) pada ikan belida (Chitala lopis) telah terjadi di Sungai Kampar Riau.
Hal ini ditunjukkan dengan adanya variasi genetik akibat pembangunan Bendungan
Kutopanjang di bagian aliran Sungai Kampar.
Tujuan dan Manfaat Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji karakteristik morfologis dan genetik
molekuker ikan brek (B. balleroides) pada berbagai habitat di Sungai Serayu. Informasi
morfologis, genetik molekuler dan ekologi ikan brek diharapkan dapat menjadi dasar
untuk konservasi dan pengelolaan ikan brek khususnya di Sungai Serayu.
Ruang Lingkup Penelitian
Penelitian ini mencakup perubahan karakteristik morfologis dan genetik molekuler
ikan brek di Sungai Serayu sebagai akibat adanya fragmentasi habitat.
KERANGKA PEMIKIRAN
Ikan brek merupakan ikan air tawar yang banyak ditemukan di Sungai Serayu.
Ikan ini memiliki nilai ekonomi tinggi, tetapi belum dibudidayakan oleh masyarakat dan
pemerintah setempat. Oleh karena itu, dibutuhkan data biopotensi ikan brek untuk
pengelolaan dan pembudidayaan ikan brek terutama yang berada di Sungai Serayu.
Pembangunan Waduk Mrica menyebabkan fragmentasi Sungai Serayu menjadi
bagian zona atas waduk, bagian zona waduk dan bagian zona bawah waduk sehingga
turut menyebabkan terputusnya migrasi ikan brek di bagian zona bawah waduk ke zona
atas waduk atau sebaliknya. Pembangunan waduk juga menyebabkan perubahan
kemiringan dan topografi badan sungai dari zona atas waduk ke zona bawah waduk
sehingga kecepatan arus, kedalaman, tipe substrat dan kandungan oksigen terlarut
berbeda. Hal ini berpengaruh terhadap karakteristik habitat, karakteristik morfologi dan
genetik molekuler ikan brek.
Kajian tentang karakteristik habitat bertujuan untuk mengetahui kondisi perairan
pada bagian zona atas waduk, zona waduk dan zona bawah waduk sungai. Parameter
lingkungan yang digunakan meliputi: parameter fisika dan kimia.

3
Karakteristik habitat pada masing-masing zona dianalisis untuk mengetahui
hubungan karakteristik morfologis dan genetik molekuler ikan brek dengan habitat.
Untuk mengetahui karakteristik dan variasi morfologi ikan brek antar zona dianalisis
secara morfometrik, meristik dan asimetri. Variasi genetik molekuler ikan brek
dianalisis dengan keragaman genetik menggunakan marka CO1. Hasil variasi morfologi
dan genetik molekuler pada masing-masing ikan sesuai dengan kondisi lingkungannya,
diharapkan mampu menjelaskan pengaruh fragmentasi adanya perubahan habitat dengan
perubahan karakter biologi dari spesies target. Gambar 1 m enunjukkan kerangka
pemikiran yang digunakan dalam penelitian ini.
Pembangunan waduk
Panglima Besar Soedirman
(Mrica)

Fragmentasi habitat
Sungai bagian hulu, tengah
(waduk) dan hilir

Perubahan habitat
dan komunitas

Perubahan morfologi dan
genetik molekuler

Perubahan kondisi perairan
(fisika dan kimia)

a. Analisis morfometrik,
meristik dan asimetri
b. Analisis variasi genetik
molekuler CO1

Analisis kondisi
perairan

Analisis hubungan
karakteristik ikan dengan
habitat

Pengelolaan dan
pemanfaatan

Cekaman lingkungan
terhadap kehidupan ikan

Gambar 1 Kerangka pemikiran penelitian

4
METODE
Waktu dan lokasi penelitian
Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Februari sampai Oktober 2013 di Sungai
Serayu wilayah Kabupaten Banjarnegara Jawa Tengah. Analisis meristik, morfometrik
dan asimetri dilakukan di Laboratorium Bio Makro Manajemen Sumberdaya Perikanan
FPIK IPB, sedangkan analisis genetik molekuler dilakukan di Laboratorium PPSHB IPB
Bogor dan Laboratorium Terpadu MIPA IPB Bogor. Analisis faktor habitat diamati
dilapangan langsung dan analisis air dilakukan di Laboratorium Produktivitas
Lingkungan (Proling) IPB Bogor.
Deskripsi lokasi pengambilan sampel
Sungai Serayu memiliki panjang mencapai 180 km dan memiliki 11 anak sungai.
Bagian hulu dari Sungai Serayu terletak di lereng barat laut Pegunungan Dieng dan
bermuara di Samudera Hindia. Sungai Serayu melintasi beberapa kabupaten yaitu
Kabupaten Wonosobo, Banjarnegara, Purbalingga, Banyumas dan Cilacap. Pada tahun
1988, pemerintah Kabupaten Banjarnegara membangun Waduk Soedirman di bagian
tengah Sungai Serayu untuk membantu persediaan air dan irigasi pertanian. Tabel 1
menunjukkan letak geografis dari ke enam stasiun secara rinci (lampiran 1 ga mbar
lokasi per stasiun).
Tabel 1 Letak geografis dari masing-masing stasiun pada ketiga zona pengambilan
sampel di Sungai Serayu
Stasiun
Wilayah
Letak Geografis
0
1 (zona bawah waduk)
Mandiraja dan
07 26’06,9” LS - 1090 32’33.5” BT
Purwonegoro
2 (dibawah waduk)
Wanadadi
070 23’59,4” LS - 1090 35’54.4” BT
3 (tengah(waduk))
Bawang
070 23’35,6” LS - 1090 36’47.3” BT
4 (tengah(waduk))
Wanadadi
070 23’21,9” LS - 1090 39’40.1” BT
5 (diatas waduk)
Banjarnegara
070 23’21,5” LS - 1090 41’48.9” BT
6 (zona atas waduk)
Sigaluh
070 22’11,5” LS - 1090 42’28.3” BT
Teknik Pengambilan Sampel
Pengambilan sampel ikan dilakukan secara purposive sampling, kemudian
dilanjutkan dengan road sampling (Ratti & Garton 1996). Penentuan pengambilan
sampling dilaksanakan di enam stasiun di aliran Sungai Serayu (dua stasiun di masingmasing zona bawah waduk, daerah waduk dan zona atas waduk) (Gambar 2). Jumlah
sampel yang diambil sebanyak 30 i ndividu/stasiun dengan ikan yang diambil memiliki
ciri-ciri sisik keperak-perakan dan pada sirip anal dan ventral berwarna merah.
Penentuan lokasi berdasarkan jarak tempuh seluruhnya sekitar 20-30 km.
Sampling dilakukan secara berurutan dari zona stasiun paling bawah waduk ke
arah zona stasiun paling atas waduk (stasiun satu dan berakhir di stasiun enam). Alat
tangkap yang digunakan beragam agar diperoleh sampel ikan yang representatif meliputi
jala lempar berukuran panjang 3 m masing-masing dengan mata jaring (1 dan 2 i nci),

5
jaring insang dengan tiga ukuran mata jaring 13 (¾, 1 ½ d an 2 i nci) masing-masing
berukuran panjang 20 m dan lebar 2 m, selain itu digunakan pula electrofishing dengan
sumber daya accu 12 Volt 10 Amper (lampiran 2). Penggunaan alat tangkap disesuaikan
dengan kondisi perairan yang menjadi lokasi sampling. Sampel yang tertangkap dipilah
berdasarkan karakteristik ikan brek (B. balleroides) menurut Kottelat et al. (1993).
Sampel dimasukkan ke dalam kantung plastik yang berisi alkohol 95%, setiap kantung
diberi label, untuk di analisis lebih lanjut. Masing-masing spesimen didokumentasikan
secara langsung dari tiap sisi kanan dan kiri dilakukan pengukuran morfologi pada setiap
parameter yang akan dianalisa.

Gambar 2 Lokasi sampling penelitian dengan enam stasiun di Sungai Serayu
a. Pengamatan Karakteristik Habitat
Parameter lingkungan (fisika & kimia) diukur secara in-situ ketika pengambilan
sampel ikan dilakukan, parameter yang diukur meliputi pH, kandungan oksigen terlarut
(DO), substrat dasar perairan, kecepatan arus, dan suhu (Tabel 2).
Tabel 2 Parameter fisika dan kimia
Parameter
Satuan
Alat
Fisika
Kekeruhan
m
Turbidymeter
-1
Kecepatan arus
ms
Lagrangian
o
Suhu
C
Termometer
Tipe substrat
Visualisasi
Kimia
pH Air
unit
pH meter
Kandungan Oksigen mg L-1
Oksigen meter
Terlarut
NO2
mg L-1
Spectrophotometer
NH3
Alkalinitas

mg L-1
mg L-1

Spectrophotometer
Larutan H2SO4 sebagai titrant

Metode
Eksitu
Insitu
Insitu
Insitu
Insitu
Insitu
Eksitu, Sulfanilamid,
Naphtalin
Eksitu, Phenate
Eksitu, titrimetri

6
Pengamatan Karakter Spesies
1). Pengamatan Karakteristik Morfometrik dan Meristik
Pengamatan karakter secara morfometrik dilakukan pada 26 karakter
sebagaimana tertera pada Gambar 3 dan Tabel 3.
2

4
22 20
21
23
7 19
26

3
13
9
16
8

24

25
6

10

11
15

14

12

17
18

5

Gambar 3 Pengukuran morfometrik pada ikan brek (B.balleroides)
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

Tabel 3 Keterangan parameter pada Gambar 3
Keterangan
Singkatan No Keterangan
Panjang total
TL
14 Panjang dasar sirip anal
Panjang baku
PB
15 Panjang sirip ventral
Panjang sirip dorsal
PSD
16 Panjang sirip pectoral
Panjang sebelum sirip PSSD
17 Panjang sirip ekor
dorsal
bag.atas
Panjang sebelum sirip PSSV
18 Panjang sirip ekor bag.
ventral
Bawah
Panjang sebelum sirip PSSA
19 Tinggi kepala
anal
Panjang kepala sampai PK
20 lebar kepala
moncong
Lebar badan
LB
21 Panjang moncong
Tinggi badan sebelum TBASD
22 Diameter mata
dorsal
Tinggi badan diatas anal TBAA
23 Lebar antar orbital
Tinggi badan setelah TBE
24 Panjang sungut atas
sirip dorsal
Panjang dasar sirip ekor PSE
25 Panjang sungut bawah
Panjang dasar sirip PDSD
26 Panjang rahang
dorsal

Singkatan
PDSA
PSV
PSP
PCA
PCB
TK
LK
PM
DM
LAM
PSM
PSRA
PRA

7
Pengamatan meristik meliputi jumlah jari-jari pada sirip dorsal, ventral, pectoral
dan anal; jumlah sisik bagian pada gurat sisi, sebelum sirip dorsal, diatas dan di bawah
gurat sisi, serta sisik yang melingkari batang ekor (Tabel 4) dengan mengacu pada
Weber dan de Beaufort (1916). Pengukuran karakter morfometrik diukur menggunakan
kaliper digital dengan ketelitian 0,10 mm dengan mengacu pada Kottelat et al. (1993).
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

Tabel 4 Karakter meristik untuk beberapa parameter ikan brek
Keterangan
Singkatan
Jumlah jari-jari sirip dorsal
JSD
Jumlah jari-jari sirip ventral
JSV
Jumlah jari-jari sirip pectoral
JSP
Jumlah jari-jari sirip anal
JSA
Jumlah sirip ekor atas
JSEA
Jumlah sirip ekor bawah
JSEB
Jumlah sisik pada gurat sisi
SGS
Jumlah sisik sebelum sirip dorsal
SSD
Jumlah sisik diatas gurat sisi
SAGS
Jumlah sisik dibawah gurat sisi
SBGS
Jumlah sisik batang ekor
SBE
Jumlah sisik lingkar badan sebelum sirip dorsal
SLBD
Jumlah sisik lingkar badan setelah sirip anal
SLBA
Jumlah gerigi dorsal
GD

2). Pengamatan karakter asimetri
Organ tubuh berpasangan yang diamati adalah jumlah jari-jari pada sirip ventral,
dan jumlah jari-jari pectroral, diameter mata dan jumlah helai tapis insang pada lembar
insang terluar. Untuk melakukan penghitungan tersebut, terlebih dahulu lembar insang
terluar, sirip pectoral dan diameter mata, dipisahkan dari bagian tubuh ikan dengan cara
memotong dari pangkalnya tanpa merusak lembar insang terluar, sirip dada dan diameter
mata ikan. Penghitungan bagian sebelah kiri dan bagian sebelah kanan organ-organ
tersebut dilakukan dibawah mikroskop binokuler. Hasil penghitungan rigi tapis insang
pada lembar insang terluar, jari-jari sirip dada dan diameter mata, selanjutnya digunakan
untuk menghitung nilai fluktuasi asimetri, baik besaran (magnitude) maupun bilangan
(number) yang mengacu pada Leary et al. (1983).
3). Pengamatan Karakter Genetik Molekuler
- Ekstraksi dan Isolasi mtDNA
Sebanyak lima individu dari 30 i ndividu pada masing-masing zona sungai yang
ada diambil jaringannya. Jaringan tersebut disimpan di dalam alkohol 90%, kemudian
dicuci dengan buffer TE (NaCL 1 M, Tris-HCL 10 mM, EDTA 0.1 mM, pH 8) hingga
volume 400 µl. Jaringan dilisis dengan ATL 180 µl dan proteinase K 20 µl pada suhu 56
0
C selama 1 jam dengan interval 10 menit di fortex dan sentrifuge swing. Metode
ekstraksi selanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA mini kit for fresh blood & tissue
(Qiagen).
- Amplifikasi fragmen mtDN
Amplifikasi sebagian fragmen CO1 mtDNA dengan metode PCR (Polymerase
Chain
Reaction)
menggunakan
pasangan
primer
FishF1-

8
5’TCAACCAACCACAAAGATTGGCAC3’ (forward) dengan reverse FishR1
5’TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA3’ pada konsentrasi 0.1-1.0 μM dengan
target gen CO1 sebesar 655 bp (Ward et al. 2005).
- Komposisi dan Kondisi PCR
Komposisi pereaksi yang digunakan terdiri atas 3 µ L sampel, 2 µ L primer
(Forward dan reverse), 1 µL dNTP, 8.8 µL untuk ddH2O, 5X buffer 5 µL, 5X enhancer
5µL, dan 0.2 µL Taq polymerase. Kondisi PCR yang digunakan adalah sebagai berikut:
predenaturasi selama 5 menit pada suhu 94 oC, denaturasi selama 30 detik pada suhu 94
o
C, penempelan primer selama 30 detik pada suhu 52 oC, elongasi selama 30 detik pada
suhu 72 oC, post PCR pada suhu 72 oC selama 5 menit dan inkubasi 10 menit pada suhu
15 oC. Proses PCR dilakukan sebanyak 35 s iklus. Visualisasi pita DNA dilakukan
menggunakan gel agarose 1.2% (0.6 mg, TAE 1x 50 m L, dan ETBR 2.5 µ L) dengan
voltase 85 mV selama 60 menit. Hasil elektroforesis diamati dengan sinar ultraviolet dan
pita yang didapat difoto. Hasil PCR yang teramplifikasi dengan baik dan pitanya bersih
(satu pita tanpa pengotor) kemudian di sekuensing di perusahaan yang mengkhususkan
untuk mensekuensing fragmen DNA yaitu PT. Fist Base Singapura dengan perwakilan
di Indonesia yaitu PT. Genetika Science Jakarta.
Analisis Data
Karakteristik Habitat
Hasil pengukuran karakteristik habitat dianalisis dengan cara membandingkan data
hasil pengamatan dengan standar baku mutu perairan yang optimum bagi kehidupan
ikan.
Pengukuran karakter morfometrik dan meristik
Analisis data dilakukan di Laboratorium Bio Makro MSP FPIK Bogor. Hasil
perhitungan dan pengukuran yang sudah distandarisasi dianalisis menggunakan
discriminance analysis pada program R versi 2.15.2 ( Quinn & Keough 2002) untuk
melihat pengelompokkan (cluster) diantara spesies dari enam stasiun.
Analisis karakter asimetri
Analisis dari pengamatan karakter asimetri akan mengacu pada Leary et
al.(1983) dengan rumus perhitungan sebagai berikut :
FAm =Ʃ(L-R) dan Fan=ƩZ
N
N
Keterangan :
FAm
= Fluktuasi asimetri magnitude (besaran)
Fan
= Fluktuasi asimetri number (Jumlah)
L
= Jumlah organ sisi kiri
R
= Jumlah organ sisi kanan
Z
= Jumlah asimetri untuk ciri meristik tertentu.
N
= Jumlah sampel

9
Analisis Genetik Molekuler
Analisis runutan gen cytochrome oxidase 1 (CO1) dilakukan dengan program
MEGA 4 (Tamura et al. 2007). Hasil runutan di sejajarkan, kemudian dihitung
keragaman dan jarak genetik intra dan antarpopulasi. Sebagai pembanding dipakai
spesies ikan yang nama panggilan lapalnya sama yaitu Puntius orphoides (kode akses
JF915642.1) dan spesies ikan yang memiliki genus yang sama yaitu Barbanymus
gonionotus (kode akses NC_08655.1). Analisis pohon f ilogeni dari data runutan
dilakukan menggunakan metode Neighbor joining dengan bootstrap 1000X.
Katerkaitan Antar Karakter Morfologis, Genetik dengan Habitat
Hubungan parameter fisik dan kimia perairan dengan karakteristik dan pola
distribusi ikan brek dianalisis menggunakan Principle Component Analysis (PCA) pada
program R versi 2.15.2 (Quinn & Keough 2002).
3. HASIL

Karakteristik habitat pada masing-masing stasiun
Hasil pengukuran parameter lingkungan Sungai Serayu pada masing-masing
stasiun seperti ditunjukkan pada Tabel 5. Suhu air di Sungai Serayu berkisar 25 oC
sampai 30 oC, rentang nilai kekeruhan pada aliran Sungai Serayu berkisar antara 5
sampai 82 NTU dan nilai kecepatan arus berkisar antara 0.02 sampai 0.20 m s-1. Kondisi
pH pada masing-masing lokasi relatif sama yaitu pada kisaran 6 sampai 7. Nilai NO2
dan NH3 berkisar antara 0.004 sampai 0.182 mg L-1. Nilai alkalinitas berkisar antara 143
sampai 194 mg L-1.
Tabel 5 Data parameter lingkungan di masing-masing stasiun penelitian
Parameter
Sat.
Zona Hilir
Zona Tengah
Zona Hulu
St. I
St.II
St. III
St. IV
St. V
St. VI
Fisika
o
Suhu
28-30
25-30
25-30
25-29
26-28
26-29
C
Kekeruhan NTU
5-82
38-39
12-30
12-34
12-56
15-26
Kecepatan
arus
m s-1 0.04-0.08 0.04-0.16 0.02-0.03 0.02-0.04 0.08-0.16 0.13-0.20
Berbatu,
Tipe
Berbatu, Berbatu, Berpasir, Berpasir,
pasir,
Berbatu,
substrat
pasir
pasir
lumpur
lumpur
lumpur
pasir
Kimia
pH
6-7
6-7
6-7
6-7
6-7
6-7
Oksigen
terlarut
mg L-1
5-7
5-6
4-6
4-6
6-7
6-7
-1
NO2
mg L
0.004
75% (88.6%).
Parameter lingkungan yang berkontribusi kuat dalam pemilahan stasiun adalah PC1
dimiliki oleh kekeruhan dan pada PC2 (kecepatan arus). Keenam stasiun memiliki
berbagai keragaman parameter yang dimiliki, hanya stasiun I dan II berkorelasi positif
dengan kekeruhan. Adapun kecepatan arus berkorelasi positif dengan stasiun V dan VI
(Gambar 4).

(57.2%)

Gambar 4 Hasil analisis PCA pada parameter lingkungan di ke enam stasiun
Tabel 6 H ubungan parameter lingkungan dengan stasiun pengambilan sampel di
Sungai Serayu berdasarkan PCA
Parameter
suhu
kekeruhan
kecepatan_arus
pH
NO2
NH3
alkalinitas
DO

PC1
-0.0098
-0.8528
0.4792
0.0000
0.0003
-0.1864
-0.0285
0.0859

PC2
0.0139
0.5024
0.7635
0.0000
-0.2645
-0.2855
-0.0738
0.0868

PC3
0.0239
-0.1227
-0.3479
0.0000
-0.8618
-0.3410
-0.0578
-0.0306

PC4
-0.2151
0.0512
-0.1329
0.0000
0.3425
-0.7768
0.2738
-0.3712

PC5
-0.1561
-0.0282
0.0750
0.0000
-0.0053
0.1152
-0.6885
-0.6942

PC6
-0.8104
-0.0178
0.1246
0.0111
-0.2170
0.3162
0.3989
-0.1451

Tabel 7 Nilai eigenvalue dan proporsi dari parameter lingkungan

PC1
PC2
Eigenvalue
1.027650
0.5636185
Proporsi
0.572
0.314

PC3

PC4

PC5

0.1958257

0.006151435 0.003466595

1.136317 x 10-31

0.109

0.003

0.000

0.002

PC6

11
Karakteristik Morfologi Ikan Brek
Berdasarkan pengamatan terhadap struktur sisik pada linea lateralis, ikan brek di
Sungai Serayu digolongkan ke dalam genus Barbodes dengan ciri-ciri jari-jari sisik
sejajar atau melengkung ke ujung, sedikit atau tidak ada proyeksi jari-jari ke samping
Gambar 5b, terdapat tonjolan kecil yang memanjang dari tulang mata sampai ke
moncong dan dari dahi ke arah mata. Hal ini sesuai dengan pernyataan dari Kottelat et al.
(1993). Ciri ini yang menjadi pembeda dengan genus Puntius. Struktur sisik Puntius
mempunyai proyeksi dari pusat ke pinggir seperti jari-jari pada bola dan jari-jari yang ke
arah samping tidak melengkung ke arah belakang dan tidak memiliki tonjolan kecil
seperti pada Barbodes (Gambar 5a).

a
b
Gambar 5 Struktur skematis sisik linea lateralis a. Puntius orphoides; b.
Barbonymus ballerodes
Ikan brek (B. balleroides) memiliki bentuk tubuh ramping, memanjang ke arah
belakang, sirip ekor berbentuk cagak. Warna tubuh keperak-perakan, pada bagian
punggung agak gelap, tidak memiliki spot hitam pada batang ekornya dan pada bagian
sirip anal dan ventral terdapat warna merah (Gambar 6). Pada P. orphoides sirip ekor
memiliki pinggiran hitam tebal atas dan bawah dan memiliki spot hitam pada batang
ekor.
Ikan brek yang diambil seluruhnya sebanyak 180 ekor dengan ciri-ciri seperti
pada B. balleroides. Memiliki ukuran panjang standar berkisar antara 60.64 mm sampai
166.73 mm dengan ketebalan tubuh berkisar antara 03.80 mm sampai 32.98 m m.
Panjang standar rata-rata pada masing-masing stasiun sebagai berikut: stasiun I (112.38
mm), stasiun II (107.58 mm), stasiun III (76.43 mm), stasiun IV (85.41 mm), stasiun V
(85.82 mm) dan stasiun VI (96.99 mm). Adapun data lengkap morfometrik dapat dilihat
pada Lampiran 3.

Tidak
ada
bulatan
hitam

bulatan
hitam
a

Barbonymus balleroides

b

Gambar 6 Ikan brek a. Barbonymus balleroides dan b. Puntius orphoides
Berdasarkan hasil analisis diskriminan terhadap 26 karakter morfometrik Tabel 9
menunjukan bahwa nilai koefisien linear diskriminan morfometrik memenuhi > 75%
jika terdiri dari LD1, LD2 dan LD3 (dengan jumlah 84%). Gambar 7 menunjukkan
adanya pengelompokkan ikan brek yang berada di stasiun I dan II membentuk plot
sendiri, sementara IV, V dan VI terjadi tumpang tindih dan III sebagian menjauh.
Karakter yang berbeda di LD1 adalah tinggi batang ekor (TBE), di LD2 adalah pada
Panjang sebelum sirip vectoral (PSSV), dan LD3 pada Panjang kepala (PK) (Tabel 8).

12

3
3

3
3

3

3
33 3
3

3
33
1
3
1
1
1 1
1
1
3
1 1 11 1 22 1 3
3 5
3
1
11
63 3
2
1 2
2
42 2 354 3
2 11
1
2121 12
1 655 366 3 6
1
2 1
2
6
56
4
4
5
5
2
5
5
6
2 2
5 35
1562
456
454
4
5 4
2
21 2 2 2
4
65 3
45
4 4 3
46 4
4
554446
1 5 42
2 2
4
4 43
6554 666
5
4 5
6
6
2
66646
65
46 56 5
4
6
6 6
5

2

1

2

0

LD2(28.27%)

4

6

3

-2

2

3

5

5
-6

-4

-2

0

2

4

LD1
(45.79%

)

Gambar 7 Hasil analisis diskriminan pada morfometrik
Tabel 8 Nilai Koefisien linear diskriminan Morfometrik
Karakter
PT
PB
PSSD
PSSA
PSSV
PK
LB
TBASD
TBAA
TBE
PBE
PDSD
PDSA
PSV
PSP
PCA
PCB
TK
LK
PM
DM
LAM
PSM
PSRA
PRA
PSD

LD1
2.45882
1.12202
-0.35868
-0.00717
-3.92851
-3.78392
2.15091
3.22508
0.66071
-4.67355
-1.34096
-3.75462
-3.04215
1.69028
1.24094
-0.22953
2.67365
-1.33890
0.95272
0.63234
-0.75524
-1.00549
0.55202
3.12456
-1.85140
2.67688

LD2
1.57986
-4.94168
-3.95553
-0.71383
-7.51618
-1.65704
-0.12525
4.91760
2.20244
3.02100
0.54548
1.58671
1.98010
2.79845
0.68017
0.72932
0.28881
0.47849
-3.19874
0.48199
1.59113
1.86655
0.52761
-1.86302
0.73764
-2.22012

LD3
4.60154
-6.58865
-4.70378
0.05457
4.79691
6.70949
-2.67841
-0.78584
0.23912
1.13879
-0.79593
-5.56213
3.61631
4.37352
1.48124
-1.66128
1.62235
0.47247
-1.39031
-1.27827
0.49978
-3.66502
0.38398
2.06757
-0.16775
0.18590

LD4
LD5
7.92172
4.26264
-5.40475
4.39877
-0.20460
2.06555
-0.66460 -0.41147
1.89340 -2.22691
2.29204
1.00036
-0.16547 -2.47159
-2.44639
0.49546
0.97203
2.88155
-1.72787 -7.64701
1.35510 -0.06357
-3.08447
1.01813
1.08677 -3.51782
-1.13058
1.32896
-9.30084 -1.17092
-1.93885
0.11994
3.20190
0.52014
-0.51063 -1.52488
1.90121 -2.57341
-0.03086
0.62244
3.31525 -2.04766
1.60887
3.26966
1.79805
1.99278
-0.09276
2.42611
0.72267 -0.54206
-1.19042 -1.03913

13
Tabel 9 Proporsi hasil analisis diskriminan morfometrik
Proporsi:
LD1
LD2
LD3
LD4
LD5
0.4579
0.2827
0.1098
0.0908
0.0588
2
3

3

2

1
2
2
3
34 44 4
31
5
133 2 6
5
3
3
4
52
2 31 6 56
3 4 2
5
4
2
4
132 1
1 3
5
2
1
1
4
1
2
2
1
2
1
5
3 3 5 142 2
223434 4 4
5
3
1
4
1
2
4
5
113 1
266
6
11 3 6
5 1 56
4
2
6
2
6
3
24 5
3 4
44 6
3
15 1 326
6
5
5
631
46
2
5 5 5 51 6
55 6 146646
5 65
666
5
5
4
55
5
4
6
5
6
6

0

3

-2

LD2(29.46%)

3

3

3

2

2

4

4

6
6
-4

-2

0

6
2

4

LD1 (36.76%)

Gambar 8 Hasil analisis driskriminan pada meristik
Tabel 10 Nilai koefisien linear diskriminan meristik
Karakter
SD
SV
SA
SP
JEA
JEB
DD
LS
LSE
GS
GSA
GSB
AD
AV
R

LD1
LD2
LD3
LD4
LD5
11.8885 47.5390 29.3001 61.9945 154.5649
6.2794
3.8384
6.7300
4.6752
0.1476
-5.6209
7.4267
5.9226 10.1927
5.8013
3.7970 -3.8910
4.3352
1.9828
6.7799
-0.1681
0.2995
2.6868
1.3119
0.0776
-0.7949 -2.2455 -3.4518
1.2306
0.8856
-0.7725 -6.2631 13.2851
3.8870
4.3495
-3.2324 -7.0162
0.8041
8.8256
7.2409
-3.9970
0.8178
0.6151
0.0196
1.4617
1.3920
2.7268
6.0589
1.3319
3.1679
0.6400
4.9946
0.9483
0.0934
3.0705
5.6255
3.6461
3.2805
5.0068
1.3791
6.7167
3.5110
8.1294
1.8555
2.7217
7.0085
8.4995
3.7336
5.4686
5.0008
12.1102
3.7618
0.5144
5.7281
4.0192

Tabel 11 Proporsi nilai analisis diskriminan meristik
Proporsi :
LD1
LD2
LD3
LD4
LD5
0.3676
0.2946
0.194
0.0921
0.0517

14

3

5

4

2

1

2

3

4

6

5

Height

6

7

8

Cluster Dendrogram

A
B
Gambar 9 Hasil analisis cluster dari enam stasiun
Tabel 12 Estimasi hasil analisis cluster dari enam stasiun
1
2
3
4
1
2
2.530840
3
11.723911
10.284893
4
9.470194
7.855608
4.759383
5
8.574426
6.959910
5.399699
2.581734
6
7.319891
6.063818
9.302868
5.524929

5

4.595296

Tabel 13 Keterkaitan karakter morfologi dengan Parameter lingkungan
ST

TBE

Karakter Morfometrik
PBE
LB

PRA

Parameter
Lingkungan
Kec. Arus

I
II
III

0.61
0.72
0.46

0.14
0.14
0.14

0.12
0.12
0.15

0.33
0.34
0.35

0.04-0.08
0.04-0.16

IV
V
VI

0.41
0.40
0.38

0.13
0.14
0.11

0.18
0.16
0.15

0.34
0.40
0.33

0.02-0.04
0.08-0.16

0.02-0.03

0.13-0.20

Analisis karakter meristik menunjukkan variabel keterangan karakter lain pada
Tabel 11, be rikut nilai koefisien linear diskriminan meristik memenuhi > 75% jika
terdiri dari LD1, LD2 dan LD3 (dengan jumlah 84%). Karakter yang memiliki nilai
paling tinggi adalah di LD1 adalah Rigi (R), di LD2 dan LD3 adalah pada sirip dorsal
(SD) (Tabel 10). Berdasarkan cluster dendogram dari data morfometrik hubungan antar
stasiun membentuk dua kelompok besar (Gambar 9) yaitu kelompok I (stasiun I dan II)
dan kelompok II (stasiun III, VI, IV dan V). Kelompok I (Stasiun I dan II) memiliki nilai
koefisien sebesar 2.5, sedangkan nilai koefisien pada kelompok II berkisar antara 8.53.

15
Karakter Asimetri
Karakter yang digunakan untuk mengetahui tingkat keasimetrian ikan brek adalah
diameter mata (DM), jumlah jari-jari sirip ventral (Vf), jumlah jari-jari sirip pectoral (Pf),
jumlah sisik linea lateralis (LLS), dan jumlah rigi tapis insang pada lembar terluar (I).
Berdasarkan analisis karakter asimetri pada semua individu menunjukkan bahwa
terdapat perbedaan (Gambar 10). Nilai asimetri dari bilangan (FAn) masing-masing
karakter kiri-kanan sebagai berikut : D iameter mata (7.2 & 7.2), linea lateralis (23 &
23.5); jumlah jari-jari sirip ventral (8.6 & 8.6), jumlah jari-jari sirip pectoral (13.8 &
13.9) dan jumlah rigi tapis insang lembar terluar (12.68 & 12.69). Nilai asimetri dari
bilangan magnitude tertinggi di masing-masing stasiun adalah karakter diameter mata
sebesar 0.09 (stasiun I), linea lateralis sebesar 0,20 (stasiun I), jumlah jari-jari sirip
ventral sebesar 0.13 (stasiun I), jumlah jari-jari sirip pectoral sebesar 0.13 (stasiun I, II
dan V) dan jumlah rigi insang tapis lembar terluar sebesar 0.4 (stasiun IV). Nilai
asimetri dari bilangan (FAn) pada masing-masing stasiun antara karakter kiri-kanan
yang memiliki nilai tertinggi adalah Diameter mata 4.6 (stasiun I), linea lateralis 12.5
(stasiun VI); jumlah jari-jari sirip ventral 4.4 (stasiun IV), jumlah jari-jari sirip pectoral
7.1 (stasiun I dan VI) dan jumlah rigi tapis insang lembar terluar 6.6 dan 6.5 (stasiun III
dan VI).
0.5
DM

0
-0.5

FAm FAm
st1 st2

LLS

FAm
st3

FAm
st4

-1

FAm
st5

FAm
st6

Vf
Pf

-1.5

I

Gambar 10. Hasil analisis asimetri magnitude (besaran) pada masing-masing
stasiun
14
12

FAn st1

10

FAn st2

8

FAn st3

6

FAn st4

4

FAn st5

2

FAn st6

0
DMI LLSI VfI

PfI

II

DMA LLSA VfA PfA

IA

Gambar 11. Hasil analisis asimetri number (bilangan) pada masing-masing stasiun
kiri dan kanan

16
Tabel 14 Keterkaitan Karakter asimetri dengan hasil parameter lingkungan
Karakter
Zonasi

DM

LLSI

Vf

Parameter Lingkungan
Pf

I

Kekeruhan

Kec. Arus

Alkalinitas

DO

NO2

NH3

5-7

I

0.09

0.20

0.13

-0.13

-0.20

5-82

II

0.01

-1.33

0.00

-0.13

-0.07

38-39

0.04-0.08
0.04-0.16

143-184
148-156

5-6

0.004