Variasi Genetik Parvovirus Anjing di Bali.
VARIASI GENETIK PARVOVIRUS ANJING DI BALI
SKRIPSI
Diajukan untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk
Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Oleh
Ayu Widya Nareswari
NIM. 1109005006
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN
UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR
2015
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Denpasar, Bali pada tanggal 24 Maret 1993, merupakan anak
pertama dari dua bersaudara pasangan suami-istri Dr. drh. Komang Gde Suaryana
(alm.) dengan drh. Gusti Ayu Anni Budiwati. Penulis tamat dari TKK Swastiastu
pada tahun 1998, pernah mengenyam pendidikan Sekolah Dasar di SDK Tegal
Jaya pada tahun 1998 sampai dengan tahun 2002 namun menamatkan di SDN 4
Sading pada tahun 2005, menamatkan Sekolah Menengah Pertama di SMPN 1
Tabanan pada tahun 2008, dan lulus Sekolah Menengah Atas di SMAN 1
Tabanan pada tahun 2011. Pada tahun 2011, penulis diterima di Fakultas
Kedokteran Hewan Universitas Udayana pada tahun 2011 melalui jalur undangan.
Selama menempuh kuliah di FKH Unud, penulis aktif di Badan Perwakilan
Mahasiswa (BPM) Senat Mahasiswa Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas
Udayana sejak tahun 2012 sampai tahun 2015. Sempat menjabat sebagai Ketua
Umum BPM periode kepengurusan 2014-2015. Selanjutnya penulis melakukan
penelitian di Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Hewan Universitas
Udayana tentang “Variasi Genetik Parvovirus Anjing di Bali” sebagai salah satu
syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan di Fakultas
Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
UCAPAN TERIMA KASIH
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa/Ida Sang
Hyang Widhi Wasa, karena atas Asung Kerta Wara Nugraha-Nya kepada penulis
sehingga penulisan skripsi yang berjudul “Variasi Genetik Parvovirus Anjing
di Bali” dapat terselesaikan tepat pada waktunya.
Penulisan skripsi disusun
berdasarkan data-data yang diperoleh melalui penelitian yang merupakan salah
satu syarat untuk meraih gelar Sarjana Kedokteran Hewan pada Fakultas
Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
Keberhasilan penulis dalam menyelesaikan skripsi ini tidak terlepas dari
bantuan berbagai pihak yang turut mendukung kelancaran penulisan skripsi ini.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya
kepada:
1. Bapak Dr. drh. I Nyoman Adi Suratma, MP. selaku Dekan Fakultas
Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
2. Bapak Prof. Dr. drh. I Gst. Ngurah Kade Mahardika selaku Pembimbing I
atas bimbingan, pengetahuan, saran, motivasi, serta dukungan baik moril
maupun materil sejak awal masuk dunia perkuliahan hingga dalam
penulisan skripsi ini.
3. Bapak Dr. drh. I Nyoman Suartha, M.Si selaku Pembimbing II yang telah
membantu, membimbing, dan memberikan saran serta arahan selama
penelitian dan penyusunan skripsi ini.
4. Prof. Dr. drh. Gusti Ayu Yuniati Kencana, MP., Dr. drh. Ida Bagus Kade
Suardana, M.Si, dan Dr. drh. I Wayan Sudira, M.Si selaku dosen penguji
yang telah memberikan bimbingan, saran, bahkan kritik membangun yang
sangat berarti untuk penyempurnaan penyusunan skripsi ini.
5. drh. Anak Agung Gde Oka Dharmayudha, MP. selaku Pembimbing
Akademik yang telah membimbing penulis selama menjadi mahasiswa.
6. Bapak/Ibu Dosen di lingkungan Fakultas Kedokteran Hewan Universitas
Udayana
yang telah membimbing dan memberikan ilmu pengetahuan
yang sangat bermanfaat hingga di tahap penulisan skripsi ini.
7. Bapak/Ibu staff Tata Usaha di lingkungan Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Udayana yang telah membantu pengurusan administrasi
sebagai kelengkapan syarat penyusunan skripsi.
8. drh. Ni Made Ritha Krisna Dewi, M.Si dan drh. Ni Putu Sutrisna Dewi,
S.Kh selaku staff Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Udayana yang telah dengan sabar meluangkan waktu diselasela kesibukannya untuk membantu dan membimbing penulis dalam
pelaksanaan penelitian hingga proses penulisan skripsi.
9. Kawan seperjuangan angkatan 2011 A dan B serta rekan-rekan Senat
Mahasiswa FKH Unud yang turut membantu secara tidak langsung dan
memberikan semangat dalam pelaksanaan penelitian sampai dengan
penyusunan skripsi.
10. Keluarga besar yang tidak dapat saya sebutkan satu-persatu, yang selalu
menjadi penyemangat, nasihat, motivasi dan selalu memberikan doa serta
dukungannya baik fisik maupun materi yang sangat bermanfaat hingga
terselesaikannya skripsi ini.
11. Sahabat-sahabat terdekat saya, Putu Bulan Sasmita Dewi, Ni Made Dwi
Indahyani, Kadek Wijaya Kusuma, Ida Bagus Gde Rama Wisesa, Made
Dwicky Widya Iswara, Anak Agung Raka Pramasudha, Ni Luh Sri
Sundari Rahayu, I Dewa Ayu Gede Tara Damayanthi, Anak Agung Istri
Trisna Jiwani Lestari, Raden Roro Chandra Gita, A.A Ratih Pramiswari,
dan Dwi Kusuma Komala Ratih yang selama ini sudah menjadi keluarga
bagi penulis dengan saling berbagi suka, duka, dukungan, kritik serta saran
bagi kemajuan studi penulis. Terima kasih untuk selalu membantu,
menghibur, memberikan semangat maupun motivasi, serta saran dan kritik
yang sangat membangun demi terselesaikannya skripsi ini.
12. Semua pihak yang secara langsung maupun tidak langsung telah
membantu penulisan selama pelaksanaan penelitian dan skripsi ini.
Penulis
menyadari
bahwa
skripsi
ini
masih
jauh
dari
kesempurnaan, maka dalam kesempatan ini penulis mengharapkan kritik
dan saran yang bersifat membangun agar skripsi ini dapat memberikan
manfaat bagi para pembacanya bahkan kemajuan ilmu Kedokteran Hewan
kedepannya. Selamat membaca.
Denpasar, Juni 2015
Penulis
DAFTAR ISI
RIWAYAT HIDUP .............................................................................................. i
ABSTRAK-ABSTRACT .................................................................................... ii
UCAPAN TERIMA KASIH ............................................................................. iii
DAFTAR ISI ......................................................................................................... v
DAFTAR GAMBAR .......................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ............................................................................................. vii
DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................... viii
BAB I PENDAHULUAN
1.1
Latar Belakang ............................................................................... 1
1.2
Rumusan Masalah .......................................................................... 3
1.3
Tujuan Penelitian ............................................................................ 3
1.4
Manfaat Penelitian .......................................................................... 3
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
2.1
Penyakit Parvo ................................................................................ 4
2.2
Virus Parvo .......................................................................................6
2.3
Genetika Virus Parvo ..................................................................... 7
2.4
Teknik Kajian Virus Parvo ...............................................................8
`
2.5
Polymerase Chain Reaction dan Sekuensing .................................. 9
2.6
Bioinformatika ............................................................................. 10
2.7
Kerangka Konsep .......................................................................... 11
BAB III MATERI DAN METODE
3.1
Materi Penelitian ........................................................................ 13
3.1.1. Objek penelitian ................................................................ 13
3.1.2. Bahan yang digunakan ....................................................... 13
3.1.3. Peralatan yang digunakan .................................................. 13
3.2
Rancangan Penelitian .................................................................. 14
3.3
Variabel Penelitian ...................................................................... 14
3.4
Cara Pengumpulan Data .............................................................. 14
3.5
Prosedur Penelitian ...................................................................... 15
3.5.1. Isolasi DNA ....................................................................... 15
3.5.2. Polymerase Chain Reaction .............................................. 16
3.5.3. Elektroforesis .................................................................... 16
3.5.4. Sekuensing dan analisis sekuen ......................................... 17
3.6
Analisis Data ............................................................................... 18
3.7
Lokasi dan Waktu Penelitian ....................................................... 18
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1
Hasil Penelitian ............................................................................ 19
4.2
Pembahasan ................................................................................. 24
BAB V SIMPULAN DAN SARAN
5.1
Simpulan....................................................................................... 26
5.2
Saran ............................................................................................ 26
DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................... 27
DAFTAR GAMBAR
Judul
Halaman
2.1. Bagan kerangka konsep............................................................... 12
3.1. Kerangka alur pelaksanaan penelitian ................................……. 14
4.1. Hasil elektroforesis produk PCR VP2 dari CPV-2
koleksi Lab Biomedik FKH Unud .....................................……. 20
DAFTAR TABEL
Judul
Halaman
4.1. Kode isolat, tahun isolasi dan data klinis spesimen ....................
4.2. Asam amino polimorfik CPV asal Bali dibandingkan
dengan berbagai strain CPV yang dikenal didunia ............…….
4.3. Rangkuman asam amino polimorfik protein VP2 dari
berbagai isolat yang sekuennya tersedia di GenBank
dan strainnya diketahui ......................................................…….
4.4. Perbedaan variasi CPV asal Bali dibandingkan dengan
berbagai strain CPV yang dikenal dunia ............................…….
19
21
22
23
DAFTAR LAMPIRAN
Judul
Halaman
1. Asam amino polimorfik protein VP2 dari berbagai isolat
yang sekuennya tersedia di GenBank dan strainnya diketahui ...... 32
2. Sekuen fragmen VP2 dari CPV-2 Bali
yang diperoleh dalam penelitian...........................................……. 46
SKRIPSI
Diajukan untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk
Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Oleh
Ayu Widya Nareswari
NIM. 1109005006
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN
UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR
2015
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Denpasar, Bali pada tanggal 24 Maret 1993, merupakan anak
pertama dari dua bersaudara pasangan suami-istri Dr. drh. Komang Gde Suaryana
(alm.) dengan drh. Gusti Ayu Anni Budiwati. Penulis tamat dari TKK Swastiastu
pada tahun 1998, pernah mengenyam pendidikan Sekolah Dasar di SDK Tegal
Jaya pada tahun 1998 sampai dengan tahun 2002 namun menamatkan di SDN 4
Sading pada tahun 2005, menamatkan Sekolah Menengah Pertama di SMPN 1
Tabanan pada tahun 2008, dan lulus Sekolah Menengah Atas di SMAN 1
Tabanan pada tahun 2011. Pada tahun 2011, penulis diterima di Fakultas
Kedokteran Hewan Universitas Udayana pada tahun 2011 melalui jalur undangan.
Selama menempuh kuliah di FKH Unud, penulis aktif di Badan Perwakilan
Mahasiswa (BPM) Senat Mahasiswa Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas
Udayana sejak tahun 2012 sampai tahun 2015. Sempat menjabat sebagai Ketua
Umum BPM periode kepengurusan 2014-2015. Selanjutnya penulis melakukan
penelitian di Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Hewan Universitas
Udayana tentang “Variasi Genetik Parvovirus Anjing di Bali” sebagai salah satu
syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan di Fakultas
Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
UCAPAN TERIMA KASIH
Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa/Ida Sang
Hyang Widhi Wasa, karena atas Asung Kerta Wara Nugraha-Nya kepada penulis
sehingga penulisan skripsi yang berjudul “Variasi Genetik Parvovirus Anjing
di Bali” dapat terselesaikan tepat pada waktunya.
Penulisan skripsi disusun
berdasarkan data-data yang diperoleh melalui penelitian yang merupakan salah
satu syarat untuk meraih gelar Sarjana Kedokteran Hewan pada Fakultas
Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
Keberhasilan penulis dalam menyelesaikan skripsi ini tidak terlepas dari
bantuan berbagai pihak yang turut mendukung kelancaran penulisan skripsi ini.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya
kepada:
1. Bapak Dr. drh. I Nyoman Adi Suratma, MP. selaku Dekan Fakultas
Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
2. Bapak Prof. Dr. drh. I Gst. Ngurah Kade Mahardika selaku Pembimbing I
atas bimbingan, pengetahuan, saran, motivasi, serta dukungan baik moril
maupun materil sejak awal masuk dunia perkuliahan hingga dalam
penulisan skripsi ini.
3. Bapak Dr. drh. I Nyoman Suartha, M.Si selaku Pembimbing II yang telah
membantu, membimbing, dan memberikan saran serta arahan selama
penelitian dan penyusunan skripsi ini.
4. Prof. Dr. drh. Gusti Ayu Yuniati Kencana, MP., Dr. drh. Ida Bagus Kade
Suardana, M.Si, dan Dr. drh. I Wayan Sudira, M.Si selaku dosen penguji
yang telah memberikan bimbingan, saran, bahkan kritik membangun yang
sangat berarti untuk penyempurnaan penyusunan skripsi ini.
5. drh. Anak Agung Gde Oka Dharmayudha, MP. selaku Pembimbing
Akademik yang telah membimbing penulis selama menjadi mahasiswa.
6. Bapak/Ibu Dosen di lingkungan Fakultas Kedokteran Hewan Universitas
Udayana
yang telah membimbing dan memberikan ilmu pengetahuan
yang sangat bermanfaat hingga di tahap penulisan skripsi ini.
7. Bapak/Ibu staff Tata Usaha di lingkungan Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Udayana yang telah membantu pengurusan administrasi
sebagai kelengkapan syarat penyusunan skripsi.
8. drh. Ni Made Ritha Krisna Dewi, M.Si dan drh. Ni Putu Sutrisna Dewi,
S.Kh selaku staff Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Udayana yang telah dengan sabar meluangkan waktu diselasela kesibukannya untuk membantu dan membimbing penulis dalam
pelaksanaan penelitian hingga proses penulisan skripsi.
9. Kawan seperjuangan angkatan 2011 A dan B serta rekan-rekan Senat
Mahasiswa FKH Unud yang turut membantu secara tidak langsung dan
memberikan semangat dalam pelaksanaan penelitian sampai dengan
penyusunan skripsi.
10. Keluarga besar yang tidak dapat saya sebutkan satu-persatu, yang selalu
menjadi penyemangat, nasihat, motivasi dan selalu memberikan doa serta
dukungannya baik fisik maupun materi yang sangat bermanfaat hingga
terselesaikannya skripsi ini.
11. Sahabat-sahabat terdekat saya, Putu Bulan Sasmita Dewi, Ni Made Dwi
Indahyani, Kadek Wijaya Kusuma, Ida Bagus Gde Rama Wisesa, Made
Dwicky Widya Iswara, Anak Agung Raka Pramasudha, Ni Luh Sri
Sundari Rahayu, I Dewa Ayu Gede Tara Damayanthi, Anak Agung Istri
Trisna Jiwani Lestari, Raden Roro Chandra Gita, A.A Ratih Pramiswari,
dan Dwi Kusuma Komala Ratih yang selama ini sudah menjadi keluarga
bagi penulis dengan saling berbagi suka, duka, dukungan, kritik serta saran
bagi kemajuan studi penulis. Terima kasih untuk selalu membantu,
menghibur, memberikan semangat maupun motivasi, serta saran dan kritik
yang sangat membangun demi terselesaikannya skripsi ini.
12. Semua pihak yang secara langsung maupun tidak langsung telah
membantu penulisan selama pelaksanaan penelitian dan skripsi ini.
Penulis
menyadari
bahwa
skripsi
ini
masih
jauh
dari
kesempurnaan, maka dalam kesempatan ini penulis mengharapkan kritik
dan saran yang bersifat membangun agar skripsi ini dapat memberikan
manfaat bagi para pembacanya bahkan kemajuan ilmu Kedokteran Hewan
kedepannya. Selamat membaca.
Denpasar, Juni 2015
Penulis
DAFTAR ISI
RIWAYAT HIDUP .............................................................................................. i
ABSTRAK-ABSTRACT .................................................................................... ii
UCAPAN TERIMA KASIH ............................................................................. iii
DAFTAR ISI ......................................................................................................... v
DAFTAR GAMBAR .......................................................................................... vi
DAFTAR TABEL ............................................................................................. vii
DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................... viii
BAB I PENDAHULUAN
1.1
Latar Belakang ............................................................................... 1
1.2
Rumusan Masalah .......................................................................... 3
1.3
Tujuan Penelitian ............................................................................ 3
1.4
Manfaat Penelitian .......................................................................... 3
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
2.1
Penyakit Parvo ................................................................................ 4
2.2
Virus Parvo .......................................................................................6
2.3
Genetika Virus Parvo ..................................................................... 7
2.4
Teknik Kajian Virus Parvo ...............................................................8
`
2.5
Polymerase Chain Reaction dan Sekuensing .................................. 9
2.6
Bioinformatika ............................................................................. 10
2.7
Kerangka Konsep .......................................................................... 11
BAB III MATERI DAN METODE
3.1
Materi Penelitian ........................................................................ 13
3.1.1. Objek penelitian ................................................................ 13
3.1.2. Bahan yang digunakan ....................................................... 13
3.1.3. Peralatan yang digunakan .................................................. 13
3.2
Rancangan Penelitian .................................................................. 14
3.3
Variabel Penelitian ...................................................................... 14
3.4
Cara Pengumpulan Data .............................................................. 14
3.5
Prosedur Penelitian ...................................................................... 15
3.5.1. Isolasi DNA ....................................................................... 15
3.5.2. Polymerase Chain Reaction .............................................. 16
3.5.3. Elektroforesis .................................................................... 16
3.5.4. Sekuensing dan analisis sekuen ......................................... 17
3.6
Analisis Data ............................................................................... 18
3.7
Lokasi dan Waktu Penelitian ....................................................... 18
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1
Hasil Penelitian ............................................................................ 19
4.2
Pembahasan ................................................................................. 24
BAB V SIMPULAN DAN SARAN
5.1
Simpulan....................................................................................... 26
5.2
Saran ............................................................................................ 26
DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................... 27
DAFTAR GAMBAR
Judul
Halaman
2.1. Bagan kerangka konsep............................................................... 12
3.1. Kerangka alur pelaksanaan penelitian ................................……. 14
4.1. Hasil elektroforesis produk PCR VP2 dari CPV-2
koleksi Lab Biomedik FKH Unud .....................................……. 20
DAFTAR TABEL
Judul
Halaman
4.1. Kode isolat, tahun isolasi dan data klinis spesimen ....................
4.2. Asam amino polimorfik CPV asal Bali dibandingkan
dengan berbagai strain CPV yang dikenal didunia ............…….
4.3. Rangkuman asam amino polimorfik protein VP2 dari
berbagai isolat yang sekuennya tersedia di GenBank
dan strainnya diketahui ......................................................…….
4.4. Perbedaan variasi CPV asal Bali dibandingkan dengan
berbagai strain CPV yang dikenal dunia ............................…….
19
21
22
23
DAFTAR LAMPIRAN
Judul
Halaman
1. Asam amino polimorfik protein VP2 dari berbagai isolat
yang sekuennya tersedia di GenBank dan strainnya diketahui ...... 32
2. Sekuen fragmen VP2 dari CPV-2 Bali
yang diperoleh dalam penelitian...........................................……. 46