Variasi Genetik Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) di Beberapa Lokasi di Bali

VARIASI GENETIK
,MON YKT EKOR P A 3JANC (.Macacafascicularis)

DI BEBERAPA LOKASI D I BALI

OLEH:
I NENGAH WANDIA

GENETIC VARIATION OF LONG-TAILED MACAQUES
(Mucacafoscicularis) AT SOME LOCALITIES lN BALI
ABSTRACT

Genetic Variation of Bali long-tailed macaques (Macaca fasciculnris) was
examined using microsatellite markers. Five Iacal populations, totaling seventy-five
DNA samples, were genotyped using eight pairs of human microsatellite primers

(D1S533, D l S548, D l S550, DZS367, D3S1768, DSS820, D12S67, and D19S210).
The result showed that dl populations, in general, were regarded as king in HardyWeinkrg equilibrium. The average heterozygosity (8)per individual was 0.534, and

there were no significant differences in population level. Low level of genetic


differentiation between local populations (&

= 0.1266)

indicates that Bali macaques

split recently. UPGMA clustering based on Nei's standard genetic distance depicted
that Ubud population closed to Alas Kedaton population and Sangeh population closed
to Pulaki population. The genetic clusterings of Bali macaque populations are not

congruent with geographically position of localities.
Key words: Macaca fasciculmts; Microsatellite; Genetic variation

WAND1A. Variasi Genetik Monyet Ekor Panjang (MucacafmcicuIaris) di Beberapa

Lokasi di Bali (di bawah bimbingan BAMBANG SURYOBROT~,d g a i ketua, dan
SRI SUPRAPTIN1 MANSJOER, sebagai anggota).

Variabilitas genetik populasi monyet ekor panjang Bali dikaji dengan
menggunakan penanda molekuler rnikrosatelit Lima populasi lokal monyet ekor

panjang, dengan total 75 contoh DNA (Uluwatu 14, Ubud 13, Alas Kedaton 17, Pdaki

13, dan Sangeh 18), digunakm dalam penelitian ini. Delapan lokus rnikrosatelit

(DlS533, Dl S548, DlS550, D2S367, D3S1768, D5S820, Dl2S67, dan D19S210)
digunakan s e w penanda molekder. Ampli fikasi wing-masing lokus milsosatelit
meialui teknik PCR dengan menggunakan sepasang primer mikmsatelit manusia

Produk PCR yang rnerupakm suatu ale] dipisahkan melalui eiektroforesis gel

poliakrilamid 6% dan dimunculkan dengan pewarnaan perak.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa lokus rnikrosatelit Dl S533, Dl $548,
Dl $550, D2S367, D3S1768, dan IKS820 bersifat polimorfik dm masing-masing

teridenti fikasi empat alel. Lokus D12S67 bersifat polimorfik dan teridentifikasi lima

alel, sedangkan lokus D19S210 bersifat monomorfik, satu ale1 (hornmigot), di semua
populasi lokal. Penyebmn ale1 rnikrosatelit tidak memta di semua populasi lokd. Dari

keseluruhan populasi monyet, diidentifikasi 30 ale1 mikrosatelit. Sejumlah 25 alel

(83,3%) ditemuketn pada popdasi lokal Uluwatu, Ubud, Pulaki, dan Sangeh,

sedangkan pa&

populasi Alas Kedaton ditemukan 26 alel (86,7%). Rendahnya

frekuensi sejumlah ale1 sangat terkait dengan efek random genetic dr# a&u prduk

mutasi terkini.
Kecuali lokus Dl 9S210, heterosigositas per lokus di semua populasi lokal
berkisar 0,0774,779.Rataan Merosigositas (H) lima populasi lokal di Mi sebesar

0,534. Rataan heterosigositas (H) populasi Uluwatu 0,559, Ubud 0,550, Alas Kedaton
0,519, Pulaki 0,507, dm Sangeh 0,532. Sscara statistik, rataan heterosigositas antar

populasi lokal sama. Masing-masing populasi lokal, secara umwn, masih berada
dalam keseimbangan Hardy-Weinberg (kawin secara acak).

Di ferensiasi genetik antar populasi lokal relatif rendah (Gsr= 0,1266). Hal in1
berarti bahwa sebesar 12,66% variabilitas genetik total &sumbang oleh variabilitas


genetik antar popdasi lokal, dan sisanya, 87,34%, disumbang oleh variabilitas dalarn

populasi . Rendahnya dlferensiasi genetik antar populasi lokd rnengndhsikan Wwa
monyet Bali terpisah menjadi populasi lokal belum begitu lama

Andisis jarak genetik baku Nei menunjukkan bahwa jarak genetik terbesar
(0,39 17) terjadi antara populasi Uluwatu dm Pulaki. Sehdiknya,jarak genetik terkeci1
(0,1148) terjadi antara ppulasi Obud dan Alas Kedaton. Pengelompob berdasarkan

jarak genetik dengan metode unweighted pair-group method with arithmetic average
(UPGMA) menggambarkan adanya dua kelompok besar yaitu kelompk Uluwatu dan

kelompk Ubud-Alas Kedaton-Puiaki-Sangeh.Kelompok kedua terpisahkan lagi

menjadi

kelompok

Ubud-Alas


Kedaton

dan

Pulaki-Sangeh.

Tampknya,

pengelompokan ini tidak kongruen dengan posisi populasi secara geografi.

VARIASI GENETIK

MONYET EKOR PANJANG (Macacafascictrlaris)
DI BEBERAPA LOKASI DI BALI

Oleh:

I NENGAH WANDLA


Tesis

Sebagai salah satu syarat antuk memperoleh

gelar Magister Sain
pada Program Pasasarjana, Institut Pertanian Bogor

PROGRAM PASCASARJANA
INSTITUT PERTANiAN BOGOR

2001

Judul

: VARIASI GENETK MONYET EKOR PANJANG

(Macacafascicularis) DI BEBERAPA LOKASI DI BALI

Nama


: I NENGAH WANDIA

NRP

: 98421

Program Stud

: PRIMATOLOGI

Menyetujui

Komisi Pembimbing

-bang

Survobroto)
Ketua

Afiggota


Ketua Program Studi

Pnmatolog,

(Prof. drh. Tonnv Ungerer, MSc.. PhD.)

Tanggal Lulus: f

(Dr. Ir. Sri Suprautini

3 JAN 2001 '

I NENGAfI WAND& anak kedua dari pangan suami istn Ketut Singra dan

Ni Nengah Wengsi, lahir tanggal 1 Oktober 1966 di Yehmekecir, Jembrana, Bali.

Menyelesaikan pendidikan sekolah dasar Q SD 2 Dangintukadaya, Negara tahun
1979,


SMP 1 N e w tahun 1982, dm SMA 1 Negara

tahun 1985. Selanjutnya,

mengikuti pendidikan kedoktem hewan di Program Studi Kedokteran Hewan
Universitas Udayana &n mernperolah gelar SarJana Kedokteran Hewan (Drs. Med.
Vet.) tahun 1989. Di tempt yang ma,pendis rneraih gelar Dokter Hewan tahun
1991.

Sejak tahun 1994, pendis menjadi staf pengajar di Program Studi Kedokteran

Hewan Universitas Udayana. Bulan September 1998, melanjutkan pendidikm di
Program Studi Primatologi, Program Pascasajana PB, Bogor. Pada bulan Oktober
1999, penulis men&patkan

kesempatan mengikuti pelatihan dan seminar

Asian Science Seminar on Biodiversity selama dua minggu di Primate Research
Institute, Kyoto University, Inuyama, Aichi, Jepang.


Menikah dengan Ni Wayan Deani pada tanggal 19 September 1997, dan
sampai saat ini telah dikaruniai dua orang putm, Yayang Putra Dewanta (dua tahun
tiga bulan) dm Rewangga Putra Dewanta (dua bulan).

UCAPAN T E W A KASIH

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Mahaesa, karena atas rahmatNya tesis ini
dapat diselesaikan. Disadari pula bahwa tanpa dukungan berbagai pihak, penelitian

dan penul isan tesis tidak bisa dilaksanakan sebagaimana semestinya. Untuk itu, dalam

kesernpatan ini penulis mengucapkan terima kasih yang tak terhingga kepada mereka
semua.
Kepada Bapak Dr. Barnbang Suryobroto, selaku ketua komisi pernbimbing,
penulis ucapkan banyak terima kasih atas segala dukungan moral dan material mulai

dari perenmaan penelitian sampai akhir penulisan karya ilmiah. Selalu berpikiran
terbuka, sederhana, kritas, b e h berkreasi namun bertanggung jawab, dan bejiwa

ikhlas adalah teladan mulia yang penulis dapatkan dmi Bapak. Kepada Ibu

Dr. Ir. Sri Supraptini Mansjoer, selaku komisi pembimbing, penulis ucapkan terirna

kasih yang sebesar-besamyya atas segala bimbingan dan koreksi yang tajam selama
penulisstn tugas akhir. Selalu berpikiran luas ke depm adalah nilai yang didapahn

dari Tbu dan telah membuka cakrawala pikiran penulis.

Kepda staf Pusat Kajian Pnmata (PKP) Universitas Udayana, utamanya
Bapak drh. Komang Gde Sllsrvana, PhD., terima kasih yang tak terhingga atas segala

dukungan moral dan bantuan pengurusan ijin peneiitian rnonyet ekor panjang di Bali.
Ucapan terima kasih juga ditujukan untuk Bapak Ir. Achmad Farajdlah, MSi
atas diskusinya mengenai teknik molekuler dan segala fasilicas selama bekerja di

Lab.

Zoologi. Kepada Bapak Adi Surahman dan semua personil yang bekerja dl Lab.

Zoolog, MIPA, Tajur, penulis ucapkan terima kasih atas segala dukungan dm kerja
samanya.

Untuk kolega drh. i Nyornan Suartha, drh. A.A. Artha Putra, MSi,

drh. W e Soma, drh. I Gst. Ngurah Sudisma, drh. Kt. Sudarsana dan staf sikeswan

Disnak Kab. Badung, drh. Wayan Dana dm staf sikeswm Disnak Kab. Tabanan,
drh. Made Widi Ady Krama dan staf sikeswan Disnak Kab. Buleleng, dan Tim
PengeIola daerah pariwisata Sangeh, Alas Kedaton, Uluwatu, Ubud, clan Pulaki,
penul i s ucapkan terima kasi h atas pattisipasinya dalam menangkap

monyet di

lapangan.

Kepada keluargi, Putu Yasa, Nyoman Juliati, Made Rai, dm istri terkasih Ni
Wayan Deani, terima kasih yang tak ternilai atas doa d m jerih payahnya yang tanpa

mengenal lelah untuk selalu terlibat &lam menangkap monyet dari hari ke hari.

Terima kasih kepada Rektor clan Dekan Fakultas Kedokteran Hewan,
Universitas Udayana abs ijin yang diberikan kepda pendis untuk rnengikuti

pdtdikan S2 di IPB, Bogor. Kepada Rektor Enstitut Pertanian Bogor clan Direktur
Program Pascasajana IPB, terima kasih atas kesemptan yang diberikan kepada

penulis utnuk rnengikuti pendidikan pascasajana di lingkungan PB.Teruntuk Ketua
Program Studi Primatologi, Bapak Prof. drh. Tonny Ungerer, MSc., PhD., dm staf,
utamanya Bapak Dr. Dondin Sajuthi, penulis secara khusus mengucapkan banyak
terima kasih dan penghargaan atas saran, bimbingan, dan dukungannya selama

rnengikuti pendidikan. Kepada Direktur Pernbinaan Sarana Akademis Depdikbud,

penulis rnengucaph
terima kasih atas bantuan beasiswa yang diberikan selama
1
mengkuti pendidikan di Program Studi Primatologi, Program Pascasrjana, PB.
Akhirnya, terima kasih penulis tujukan kepada anggota PUNHAWACANA
Bali atas segda dukungan moralnya. Semoga Tuhan memberkati kepada mereka yang
berbuat bai k.

Bogor, Januari 2 0 1
Penulis

DAFTAR IS1

DAFTAR IS1 ................................................................
DAFTAR TABEL ..........................................................

DAFTAR GAMBAR ......................................................

DAFTAR LAMPTRAN ...................................................
I.

PENDAHULUAN ................................................
1.1 Latar Belakang ................................................

1.2 identifikasi Masalah ..........................................
1.3 Ruang Lingkup Penelitian ...................................
1.4 Tujuan Penelitian ............................................
1.5 Manfaat Penelitian ...........................................
1-6 Hipotesis .......................................................

I1.

TMJAUAN PUSTAKA .........................................

2.1 Monyet Ekor Panjang (Macacafascicularis) ............
2.2 Asam bksiribonukleat (DNA) ..........................
2.3 Organisasi Genom .........................................
2.4 DNA Mikrosatelit ...........................................

2.5 Amplifi kasi Fragmen DNA ...............!................

2.6 Kerapnan Genetik .........................................
111

MATERI DAN METODE PENELITIAN .....................
3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian ................................
3.2 Primer Mikrosatelit yang Digunakan

3.3 Alat dan Bahan

.......................

..........:. ...................................

3 -4Pengambilan Contoh Darah Monyet Ekor Panjang

......