ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PROBIOTIK DARI ORGAN PENCERNAAN IKAN PATIN (Pangasius hypophthalmus)

ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PROBIOTIK DARI ORGAN PENCERNAAN IKAN PATIN (Pangasius

hypophthalmus) SKRIPSI

Diajukan untuk Memenuhi Sebagian Syarat Mencapai Derajat Sarjana (S-1)

Oleh : ii

iii

MOTTO

Artinya : “Orang yang menuntut ilmu bearti menuntut rahmat ; orang yang menuntut ilmu bearti menjalankan rukun Islam dan Pahala yang diberikan kepada sama dengan para Nabi”.

( HR. Dailani dari Anas r.a ) Artinya:

“ Kesabaran itu dapat menolong sagala pekerjaan “ v

HALAMAN PERSEMBAHAN

Karya kecil ini, penulis persembahkan untuk :

1. Bapak Prio Utomo, S.Pd.SD dan Ibu Santi Aprina tercinta terimakasih atas segala kasih sayang, doa, dan pengorbanan yang tiada henti.

2. Keluarga besarku yang selalu memberikan dukungan dan doa yang tak putus pula.

UCAPAN TERIMAKASIH

Assalamu’alaikum wr. wb.

Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunia-nya kepada penulis sehingga dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul “Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik Dari Organ Pencernaan Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus

)”. Penulis menyusun skripsi ini sebagai salah satu persyaratan untuk memperoleh gelar kesarjanaan pada Program Studi Pendidikan Biologi di Universitas Muhammadiyah Purwokerto.

Pada kesempatan ini, penulis mengucapkan terimakasih setulus

– tulusnya kepada Drs. Heri Maryanto, M.Si. selaku pembimbing I dan drh. Cahyono Purbomartono, M.Sc. selaku pembimbing II yang telah berkenan membimbing dan mengarahkan penulis dalam penyelesaiian skripsi ini.

Ucapan terimakasih dan penghargaan juga penulis sampaikan keada :

1. Drs. Pudiyono, M. Hum. Selaku Dekan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Muhammadiyah Purwokerto.

2. Drs. Arief Husin, M.Si. selaku Ketua Program Studi Pendidikan Biologi.

3. Seluruh Dosen Program Studi Pendidikan Biologi Universitas Muhammadiyah Purwokerto yang telah membimbing dan memberikan ilmunya kepada penulis selama perkuliahan.

4. Kedua orang tua tercinta Ibu Santi Aprina dan Bapak Prio Utomo, S.Pd.SD. yang telah memberikan dukungan moril maupun materil kepada penulis dalam penyusunan skripsi ini.

5. Laboran Laboratorium Mikrobiologi dan Pangan Selvi Yenitasari, S.Pd. yang telah melayani dengan sepenuh hati.

6. Teman

– teman (Mufliah, Epriliana Dewi, Anna Miftakhul Jannah, Vika Anggelika, Di’ayatul Choeriyah) yang selalu menyemangati, menemani, menuntun serta menghibur dalam suka dan duka.

vii

7. Teman

– teman penelitian (Inditia Rara P., Darmuti, Novi Widayanti, Lina Nur Afifah, Vika Lawnia, Berlian Bunya Rista, Akbar Arifurrohman, Yunita, dan Suci Dwi R) yang telah membantu penulis selama penelitian.

8. Teman

– teman Program Studi Pendidikan Biologi Universitas Muhammadiyah Purwokerto terimakasih atas bantuan, semangat, dan dukungannya selama ini.

9. Bapak dan Ibu pemilik Kost Begonia dan teman

– teman Kost Begonia yang senantiasa memberikan kasih sayang, pengertian, dan perhatiannya selama ini.

10. Semua pihak yang membantu terselesaikannya penulisan skripsi.

Penulis menyadari bahwa dalam penyusunan skripsi ini masih terdapat banyak kekurangan bahkan jauh dari sempurna. Oleh karena itu, penulis mengharapkan adanya kritik dan saran yang bersifat membangun demi kesempurnaan skripsi ini. Demikian, semoga dengan terselesaikannya skripsini berguna bagi para pembaca pada umumnya dan khususnya bagi penulis serta Program Studi Pendidikan Biologi.

Wassalamu’alaikum wr. wb. Purwokerto, 21 Januari 2017 Penulis,

viii

ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI BERPOTENSI PROBIOTIK DARI ORGAN PENCERNAAN IKAN PATIN (Pangasius hypophthalmus)

ABSTRAK

Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi bakteri probiotik pada organ pencernaan (lambung dan unsus) ikan Patin (Pangasius

hypophthalmus) . Penelitian telah dilaksanakan pada bulan Agustus

– November 2016. Isolasi dilakukan dengan mengambil bagian organ lambung dan usus ikan Patin. Seleksi bakteri probiotik dilakukan dengan memasukkan organ lambung dan usus ikan Patin kedalam larutan NaCl 0,9% pH 2 kemudian diencerkan pada

pengenceran 10 dilanjutkan menanam secara pour plate pada medium Tryptone

Soya Agar . Isolat murni yang diperoleh sebanyak 7 isolat, kemudian

diidentifikasi berdasarkan pengamatan makroskopis sel, mikroskopis sel, dan uji biokimia aktivitas sel bakteri.Isolat bakteri diidenfikasi menggunakan buku

Bergey’s Manual Determinative of Bacteriologgy (Holt et al., 1994). Hasil

identifikasi terdapat 5 genus bakteri diantaranya Enterobacter, Bacillus,

Pseudomonas , Neisseria, dan Azomonas. Kelima genus tersebut ketika di uji

antagonistik terhadap bakteri patogen (Aeromonas hydrophylla) genus Azomonas tidak dapat menghambat bakteri A. hydrophylla. Berdasarkan hasil penelitian, 7 isolat bakteri memiliki potensi sebagai bakteri probiotik.

Kata Kunci : Bakteri Probiotik , Identifikasi, Ikan Patin, Isolasi.

ISOLATION AND IDENTIFICATION OF PROBIOTIC BACTERIA

FROM CATFISH’ DIGESTIVE ORGAN (Pangasius hypophthalmus)

ABSTRACT

The research aims to isolate and identify probiotic bacteria in digestive organ (stomach and intestine) of cathfish (Pangasius hypophthalmus). This research was conducted from July to November 2016. The isolation was done by taking the parts of stomach and catfish’ intestine. Probiotic bacteria selection was done by entering the stomach and intestine of catfish into liquid of NaCl 0,9% pH

2 then it was diluted 10 dilution, after that planted using pour plate in Tryptone Soya Agar medium. In order to obtain 7 isolats, it was identified based on the observation of cell macroscopic, cell microscopic, and biochemical test on bacteria cell activity. Bacterium isolat was identified using Bergey’s Manual Determinative of Bacteriology book (Holt et al., 1994). The result showed that there were 5 genus of bacterianamely Enterobacter, Bacillus, Pseudomonas,

Neiseria , and Azomonas. When those five genus were tested antagonistic to

patogen bacterium (Aeromonas hydrophylla), Azomonas genus could not impede

A. hydrophylla bacterium. Based on the research, seven isolate bacteria had the potential as the probiotic bacterium.

Keyword: Probiotic Bacterium, Catfish, Isolation, Identification. x

DAFTAR ISI Halaman

UCAPAN TERIMAKASIH ................................................................................ vii DAFTAR ISI ........................................................................................................ xi DAFTAR TABEL ................................................................................................ xiv DAFTAR GAMBAR ............................................................................................. xv DAFTAR LAMPIRAN ....................................................................................... xvii

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latarbelakang Permasalah .............................................................................. 1

1.2 Perumusan Masalah ........................................................................................ 4

1.3 Tujuan Penelitian ............................................................................................ 4

1.4 Manfaat Penelitian .......................................................................................... 4

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Isolasi Bakteri.................................................................................................. 5

2.2 Identifikasi Bakteri .......................................................................................... 6

2.2.1 Ukuran Bakteri .................................................................................... 8

2.2.2 Bentuk Bakteri .................................................................................... 8

2.2.3 Pewarnaan Bakteri ............................................................................ 10

2.3 Probiotik ........................................................................................................ 10

2.3.1 Karakteristik Probiotik ...................................................................... 12

2.3.2 Mekanisme Kerja Bakteri Probiotik.................................................. 13

2.4 Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus) ......................................................... 14

2.4.1 Klasifikasi Ikan Patin ........................................................................ 14

2.4.2 Morfologi Ikan Patin ......................................................................... 14 xi

2.4.3 Sifat Biologis Ikan Patin ................................................................... 15

2.5 Bakteri Aeromonas hydrophylla ................................................................... 16

2.5.1 Klasifikasi Bakteri Aeromonas hydrophylla ..................................... 16

2.5.2 Morfologi Bakteri Aeromonas hydrophylla ...................................... 16

2.5.3 Habitat Bakteri Aeromonas hydrophylla ........................................... 16

2.5.4 Patogenitas Bakteri Aeromonas hydrophylla .................................... 17

BAB III METODE PENELITIAN

3.1 Tempat dan Waktu ........................................................................................ 19

3.2 Alat dan Bahan .............................................................................................. 19

3.2.1 Alat .................................................................................................... 19

3.2.2 Bahan................................................................................................. 19

3.3 Metode Penelitian.................................................................................... 20

3.4 Cara Kerja ..................................................................................................... 20

3.4.1 Sterilisasi Alat dan Bahan ................................................................. 20

3.4.2 Pengambilan Sampel ......................................................................... 20

3.4.3 Pembuatan Medium .......................................................................... 21

3.4.4 Isolasi Bakteri Probiotik .................................................................... 23

3.4.5 Tahap Pemurnian Kultur Bakteri ...................................................... 24

3.4.6 Pemeliharaan ..................................................................................... 24

3.4.7 Pengamatan Karakteristik Bakteri..................................................... 24

3.4.8 Uji Biokimia Terhadap Isolat ............................................................ 26

3.4.9 Seleksi Bakteri Probiotik................................................................... 29

3.4.10 Identifikasi Bakteri ............................................................................ 30 xii

3.4.11 Analisis Data ..................................................................................... 30

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil .............................................................................................................. 31

4.1.1 Isolasi dan Identifikasi Bakteri.......................................................... 31

4.1.2 Hasil pengamatan Karakteristik Makroskopis Koloni Bakteri ................................................................................... 32

4.1.3 Hasil pengamatan Karakteristik Mikroskopis Sel Bakteri .................................................................... 34

4.1.4 Hasil Uji Biokimia ............................................................................ 34

4.2 Pembahasan ................................................................................................... 44

4.2.1 Uji Biokimia Positif .......................................................................... 44

4.2.2 Karakteristik Bakteri Probiotik ......................................................... 50

4.2.3 Uji Sensitifitas Bakteri Probiotik dengan Bakteri Patogen ..................................................... 55

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan ................................................................................................... 57

5.2 Saran .............................................................................................................. 57 DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................... 58 LAMPIRAN

– LAMPIRAN ............................................................................... 61 xiii

DAFTAR TABEL

Halaman

Tabel 4.1. Kode Isolat. ...................................................................................... 31Tabel 4.2. Morfologi koloni bakteri probiotik

pada cawan petri. ................................................................................ 32

Tabel 4.3. Pengamatan mikroskopis bentuk sel bakteri. .................................... 34Tabel 4.4. Karakteristik isolat LUP-01............................................................... 39Tabel 4.5. Karakteristik isolat LUP-02 dan LUP-07. ......................................... 40Tabel 4.6. Karakteristik isolat LUP-03 dan LUP-04. ......................................... 41Tabel 4.7. Karakteristik isolat LUP-05............................................................... 42Tabel 4.8. Karakteristik isolat LUP-06............................................................... 43Tabel 4.9. Isolat bakteri hasil identifikasi. ......................................................... 51Tabel 4.10 Diameter zona hambat bakteri probiotik

Terhadap bakteri Aeromonas hydrophylla. ...................................... 56 xiv

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 4.1. Hasil pengamatan motilitas bakteri probiotik menujukkan

semua bakteri motil. (Bakteri A = LUP-01; B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP-05; F = LUP-06; G = LUP- 07). ................................................................................................. 33

Gambar 4.2. Hasil uji fermentasi karbohidrat dilakukan pada 7 isolat calon

bakteri probiotik menunjukkan bahwa bakteri A,B,C,D,F,G, dapat memfermentasi laktosa dan sukrosa, tidakmenghasilkan gas, sedangkan bakteri E tidak dapat memfermentasikan karbohidrat dan tidak menghasilkan gas.(Bakteri A = LUP- 01; B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP-05; F = LUP-06; G = LUP-07).............................................................. 35

Gambar 4.3. Hasil uji MR dilakukan pada 7 isolat probiotik adalah (MR +)

dengan warna merah pada permukaan medium. (Bakteri A = LUP-01; B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP- 05; F = LUP-06; G = LUP-07). ................................................... 36

Gambar 4.4. Hasil uji VP dilakukan pada 7 isolat bakteri calon probiotik

adalah (VP +) dengan warna merah pada medium sedangkan (VP -) dengan warna kuning pada medium. (Bakteri A = LUP-01; B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP- 05; F = LUP-06; G = LUP-07). ................................................... 37

Gambar 4.5. Hasil uji indol dilakukan pada 8 isolat bakteri calon probiotik

adalah (indol +) dengan warna merah pada permukaan medium. (Bakteri A = LUP-01; B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP-05; F = LUP-06; G = LUP-07). .......... 37

Gambar 4.6. Zona hambat isolate bakteri calon probiotik (isolate A, B, C,

D, E, F, G,) terhadap bakteri A. hidrophylla. (Bakteri A = LUP-01;B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP- 05; F = LUP-06; G = LUP-07). ................................................... 38

Gambar 4.7.Persamaan reaksi penguraian H2O2 oleh enzim Katalase

(Cappucino & Sherman, 1987). ................................................... 45

Gambar 4.8. Persamaan reaksi perubahan warna pada medium uji VP

(Capucino & Sherman, 1987). ..................................................... 48 xv

Gambar 4.9. Persamaan reaksi fermentasi karbohidrat (Cappuccino &

Sherman, 1987). ....................................................................... 49

Gambar 4.10. Persamaan reaksi perubahan warna pada medium VP

(Cappuccino & Sherman, 1987). ............................................... 49

Gambar 4.11. Reaksi penguraian Tryptophan oleh enzim Tryptophanase

(Cappuccino & Sherman, 1987). ............................................... 50 xvi

ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PROBIOTIK DARI ORGAN PENCERNAAN IKAN PATIN (Pangasius hypophthalmus)