Karakterisasi Molekuler pada Serangga Elaedobius kamerunicus Faust.(Coleoptera : Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
KARAKTERISASI MOLEKULER PADA SERANGGA Elaeidobius kamerunicus Faust.
(Coleoptera: Curculionidae) ASAL SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN METODE
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
SKRIPSI
MHD. RIZA FAHLEVI
120301038
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
KARAKTERISASI MOLEKULER PADA SERANGGA Elaeidobius kamerunicus Faust.
(Coleoptera: Curculionidae) ASAL SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN METODE
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
SKRIPSI
MHD. RIZA FAHLEVI
120301038
Skripsi Sebagai Salah Satu Syarat untuk Mendapatkan Gelar Sarjana
Pertanian di Program Studi Agroekoteknologi Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara, Medan
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
LEMBAR PENGESAHAN
Judul Skripsi
:
Karakterisasi
Molekuler
Pada
Serangga
Elaedobius kamerunicus Faust.(Coleoptera : Curculionidae)
Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified
Fragment Length Polymorphism (AFLP)
Nama
:
Mhd. Riza Fahlevi
NIM
:
120301038
Program Studi
:
Agroekoteknologi
Disetujui Oleh :
Komisi Pembimbing
Ketua Komisi Pembimbing
Anggota Komisi Pembimbing
(Prof. Dr. Ir. Darma Bakti, MS.)
NIP. 19560122 198601 1 001
(Ir. Suzanna Fitriany Sitepu, MSi)
NIP. 19640222 198903 2 001
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
MHD. RIZA FAHLEVI. Karakterisasi Molekuler Pada Serangga Elaeidobius
kamerunicus Faust. (Coleoptera; Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan
Metode Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Di bawah bimbingan
DARMA BAKTI dan SUZANNA FITRIANY SITEPU.
Serangga Elaeidobius kamerunicus berasal dari Afrika dan diintroduksi ke
Indonesia di Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Marihat. Adanya perubahan gen
Elaeidobius kamerunicus menjadi salah satu faktor yang mengurangi produksi
minyak kelapa sawit di Sumatera Utara. Penelitian ini bertujuan mengetahui
keragaman genetik Elaeidobius kamerunicus berdasarkan analisis molekuler dengan
teknik Amplified Fragment Length Polimorphysm (AFLP) menggunakan 3 primer.
Analisis keragaman menggunakan program MEGA Versi 6. Pohon filogenetik
dikontruksi dengan cara ‘Neighbor - Joining Tree’. Hasil amplifikasi Amplified
Fragment Length Polymorphism (AFLP) terhadap 42 sampel genom Elaeidobius
kamerunicus dan 3 sampel genom Sitophilus oryzae sebagai kontrol menunjukkan
adanya keragaman yang tinggi. Hasil analisis menunjukkan bahwa Elaeidobius
kamerunicus secara genetik dapat dikelompokkan dalam dua kelompok besar , dan
untuk genom Sitophilus oryzae membentuk satu kelompok besar. Kelompok A
terdiri dari Elaeidobius kamerunicus yang terdapat di beberapa kabupaten di
Sumatera Utara, sedangkan kelompok B terdiri dari Sitophilus oryzae yang terdapat
di Kota Medan.
Kata kunci: E. Kamerunicus, Keragaman genetik, Amplified Fragment Length
Polimorphysm (AFLP).
Universitas Sumatera Utara
ABSTRACT
MHD.
RIZA
FAHLEVI.
Insect
Molecular
characterization
Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera; Curculionidae) Origin North Sumatra
Method Using Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Supervised by
DARMA BAKTI and SUZANNA FITRIANY SITEPU.
Elaeidobius kamerunicus insect originated in Africa and was introduced to
Indonesia in Palm Research Center, Marihat. The change of gene
Elaeidobius kamerunicus be one of the factors that reduce the production of palm oil
in North Sumatra. This study aims to determine the genetic diversity of Elaeidobius
kamerunicus based molecular analysis techniques amplified fragment length
polimorphysm (AFLP) using three primers. Analysis of variance using the program
MEGA version 6. The phylogenetic tree constructed by means of 'Neighbor-Joining
Tree'. Amplification product amplified fragment length polymorphism (AFLP) of
the 42 samples of genomic Elaeidobius kamerunicus and 3 samples of Sitophilus
oryzae genome as a control showed a high diversity. The analysis showed that
Elaeidobius kamerunicus genetically can be grouped into two major groups, and to
the genome of Sitophilus oryzae form one large group. A group consisting of
Elaeidobius kamerunicus contained in several districts in North Sumatra, while
group B consists of Sitophilus oryzae contained in Medan.
Keywords : Elaeidobius kamerunicus, Genetic diversity, Amplified Fragment
Length Polimorphysm (AFLP).
Universitas Sumatera Utara
RIWAYAT HIDUP
Penulis lahir di Medan, Provinsi Sumatera Utara pada tanggal 12 Juni 1995,
dari Ayahanda Hamzah, Amd dan Ibunda Sri Eka Lestari, SH. Penulis merupakan
anak pertama dari tiga bersaudara.
Penulis mengawali pendidikan formal di sekolah dasar pada tahun 20002006 di SD Negeri 064979 Medan. Pendidikan menengah pertama di tempuh dari
tahun 2006-2009 di SMP Negeri 7 Medan. Penulis menyelesaikan pendidikan
menengah atas di SMA Negeri 3 Medan dengan Jurusan IPA pada tahun
2009-2012.
Penulis melanjutkan pendidikan di Program Studi Agoekoteknologi
Fakultas Pertanian, Universitas Sumatera Utara melalui Seleksi Nasional Masuk
Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN) Jalur Undangan. Penulis melaksanakan
Praktik Kerja Lapangan (PKL) di PT. Satria Windu Seraya Rumbai, Pekanbaru Riau
pada tahun 2015.
Selain mengikuti perkuliahan, penulis menjadi anggota Himpunan
Mahasiswa Agroekoteknologi (HIMAGROTEK) dan menjadi Asisten Laboratorium
Pestisida dan Teknik Aplikasi tahun 2015-2016.
Universitas Sumatera Utara
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT karena rahmat dan
karunia Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul
“Karakterisasi Molekuler Pada Serangga E. kamerunicus Faust.
(Coleoptera:
Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified
Fragment Length Polimorphysm (AFLP)“. Skripsi ini diajukan sebagai salah satu
syarat untuk dapat memperoleh gelar Sarjana Pertanian pada Program Studi
Agroekoteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih kepada Ayahanda
Hamzah, Amd dan Ibunda Sri Eka Lestari, SH yang telah memberikan dukungan
moral maupun materil sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini. Penulis
juga mengucapkan terima kasih kepada Meirani Ritonga, S.Pi, dan Adik penulis
Mhd. Ichwanul Dwi Nugroho dan Andhara Luthfiah Prameswari yang telah
memberikan dukungan dan membantu penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.
Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada Komisi Pembimbing
Prof. Dr. Ir. Darma Bakti, MS selaku Ketua dan Ir. Suzanna Fitriany Sitepu, M.Si
selaku Anggota yang telah memberikan bimbingan dan masukan yang berharga bagi
penulis dalam penyelesaian skripsi ini.
Terima kasih kepada Bapak Agus Eko Prasetyo selaku Kepala Bagian
Proteksi di Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Marihat dan Ibu Sri Wening, Ph.d selaku
pembimbing penelitian di Laboratorium Biologi Molekuler, serta abang dan kakak
staf Laboratorium Biologi Molekuler yang telah memberikan ilmu dan pembelajaran
yang banyak dan membantu penulis dalam segala kegiatan penelitian dilakukan.
Universitas Sumatera Utara
Terima kasih kepada Bayu Syahputra, SP dan seluruh teman-teman
seperjuangan di Jurusan Hama Penyakit Tumbuhan stambuk 2012 dan juga temanteman Agroekoteknologi 5 stambuk 2012 Program Studi Agroekoteknologi, terima
kasih juga penulis ucapkan kepada mahasiswa Jurusan Agroekoteknologi stambuk
2009-2011 yang telah memberikan masukan bagi skripsi ini, serta kepada berbagai
pihak yang telah banyak membantu penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.
Penulis berharap semoga skripsi ini bermanfaat dalam pengembangan ilmu
pengetahuan khususnya dalam bidang Hama Penyakit Tumbuhan.
Medan, Desember 2016
Penulis
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR ISI
Halaman
ABSTRAK ...................................................................................................
i
ABSTRACT ..................................................................................................
ii
RIWAYAT HIDUP .....................................................................................
iii
KATA PENGANTAR .................................................................................
iv
DAFTAR ISI ................................................................................................
vi
DAFTAR GAMBAR ...................................................................................
viii
DAFTAR TABEL .......................................................................................
x
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... `
xi
PENDAHULUAN
Latar Belakang .........................................................................................
Tujuan Penelitian ......................................................................................
Kegunaan Penelitian .................................................................................
1
3
3
TINJAUAN PUSTAKA
Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera : Curculionidae).................
DNA (Deoxyribonucleid acid)…………………………………………..
PCR (Polymerase Chain Reaction)...........................................................
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism).................................
5
6
8
9
BAHAN DAN METODE
Waktu dan Tempat Penelitian...................................................................
Alat dan Bahan Penelitian ........................................................................
Metode Penelitian………………………………………………………..
Pelaksanaan Penelitian .............................................................................
Pengoleksian Serangga Uji ................................................................
Pengekstraksian DNA E. Kamerunicus...............................................
Genotipe E. kamerunicus Berdasakan Amplified Fragment Length
Polymorphism (AFLP) ......................................................................
Sekuensing Langsung Produk PCR ....................................................
Analisis Keragaman Genetik E. kamerunicus.....................................
Peubah Amatan.......................................................................................... ...
Tingkat Keragaman E. Kamerunicus di Setiap Kabupaten................
11
11
12
12
12
12
13
15
15
16
16
Universitas Sumatera Utara
Filogenetik E. Kamerunicus Berdasarkan Basa Nitrogen
Nukleotida..........................................................................................
16
HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi DNA...................................................................................................
Elektroforesis Gel Agarose ...........................................................................
Amplifikasi dan Genotyping .........................................................................
Analisis Keragaman Genetik E. kamerunicus Faust. ....................................
17
18
19
24
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan ...............................................................................................
Saran .........................................................................................................
30
31
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR GAMBAR
No.
Teks
Halaman
1. Kumbang Elaeidobius kamerunicus ......................................................
6
2. Struktur double heliks DNA, dan komponen-komponen penyusunnya
7
3. Perbandingan prosedur PCR konvensional dan real time .....................
9
4. Hasil Elektroforesis DNA hasil ekstraksi Elaeidobius kamerunicus
dan kutu beras (Sitophilus oryzae)……………………………………..
18
5. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap restriksi/ligasi sampel
Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (Sitophilus oryzae)…………
20
6. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap pre-amplifikasi produk
ligasi sampel Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (S.oryzae).......
21
7. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap selektif amplifikasi sampel
Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (Sitophilus oryzae). ..............
22
8. Pohon filogenetik 42 sampel kumbang Elaeidobius kamerunicus dan
sampel kutu beras (Sitophilus oryzae) yang dianalisis berdasarkan
MEGA versi 6 dengan metode Neighbor Joining Tree……..
3
software
26
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR TABEL
No.
Teks
Halaman
1.. Sampel Uji Yang Dipakai Dalam Penelitian.......................................
2.
12
Urutan Primer Yang Dipakai Dalam Penelitian Ini Didalam
Proses Amplifikasi dan Genotyping.. .................................................
19
3.
Luas Areal dan Produksi Kelapa Sawit Perkebunan Rakyat
Menurut Kabupaten dan Keadaan Tanaman di Sumatera Utara,
Tahun 2014…………………………………………………………..
27
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR LAMPIRAN
No.
Teks
Halaman
1. Alat dan Bahan Penelitian .....................................................................
35
2. Sampel E. kamerunicus dari beberapa kabupaten Sumatera Utara .......
40
3. Pengekstraksian DNA………………………………………………….
43
4. Proses elektroforesis gel agarose DNA………………………………..
44
5. Tabel skoring hasil metode AFLP…………………………………….
45
Universitas Sumatera Utara
(Coleoptera: Curculionidae) ASAL SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN METODE
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
SKRIPSI
MHD. RIZA FAHLEVI
120301038
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
KARAKTERISASI MOLEKULER PADA SERANGGA Elaeidobius kamerunicus Faust.
(Coleoptera: Curculionidae) ASAL SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN METODE
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
SKRIPSI
MHD. RIZA FAHLEVI
120301038
Skripsi Sebagai Salah Satu Syarat untuk Mendapatkan Gelar Sarjana
Pertanian di Program Studi Agroekoteknologi Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara, Medan
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
2016
Universitas Sumatera Utara
LEMBAR PENGESAHAN
Judul Skripsi
:
Karakterisasi
Molekuler
Pada
Serangga
Elaedobius kamerunicus Faust.(Coleoptera : Curculionidae)
Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified
Fragment Length Polymorphism (AFLP)
Nama
:
Mhd. Riza Fahlevi
NIM
:
120301038
Program Studi
:
Agroekoteknologi
Disetujui Oleh :
Komisi Pembimbing
Ketua Komisi Pembimbing
Anggota Komisi Pembimbing
(Prof. Dr. Ir. Darma Bakti, MS.)
NIP. 19560122 198601 1 001
(Ir. Suzanna Fitriany Sitepu, MSi)
NIP. 19640222 198903 2 001
Universitas Sumatera Utara
ABSTRAK
MHD. RIZA FAHLEVI. Karakterisasi Molekuler Pada Serangga Elaeidobius
kamerunicus Faust. (Coleoptera; Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan
Metode Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Di bawah bimbingan
DARMA BAKTI dan SUZANNA FITRIANY SITEPU.
Serangga Elaeidobius kamerunicus berasal dari Afrika dan diintroduksi ke
Indonesia di Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Marihat. Adanya perubahan gen
Elaeidobius kamerunicus menjadi salah satu faktor yang mengurangi produksi
minyak kelapa sawit di Sumatera Utara. Penelitian ini bertujuan mengetahui
keragaman genetik Elaeidobius kamerunicus berdasarkan analisis molekuler dengan
teknik Amplified Fragment Length Polimorphysm (AFLP) menggunakan 3 primer.
Analisis keragaman menggunakan program MEGA Versi 6. Pohon filogenetik
dikontruksi dengan cara ‘Neighbor - Joining Tree’. Hasil amplifikasi Amplified
Fragment Length Polymorphism (AFLP) terhadap 42 sampel genom Elaeidobius
kamerunicus dan 3 sampel genom Sitophilus oryzae sebagai kontrol menunjukkan
adanya keragaman yang tinggi. Hasil analisis menunjukkan bahwa Elaeidobius
kamerunicus secara genetik dapat dikelompokkan dalam dua kelompok besar , dan
untuk genom Sitophilus oryzae membentuk satu kelompok besar. Kelompok A
terdiri dari Elaeidobius kamerunicus yang terdapat di beberapa kabupaten di
Sumatera Utara, sedangkan kelompok B terdiri dari Sitophilus oryzae yang terdapat
di Kota Medan.
Kata kunci: E. Kamerunicus, Keragaman genetik, Amplified Fragment Length
Polimorphysm (AFLP).
Universitas Sumatera Utara
ABSTRACT
MHD.
RIZA
FAHLEVI.
Insect
Molecular
characterization
Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera; Curculionidae) Origin North Sumatra
Method Using Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Supervised by
DARMA BAKTI and SUZANNA FITRIANY SITEPU.
Elaeidobius kamerunicus insect originated in Africa and was introduced to
Indonesia in Palm Research Center, Marihat. The change of gene
Elaeidobius kamerunicus be one of the factors that reduce the production of palm oil
in North Sumatra. This study aims to determine the genetic diversity of Elaeidobius
kamerunicus based molecular analysis techniques amplified fragment length
polimorphysm (AFLP) using three primers. Analysis of variance using the program
MEGA version 6. The phylogenetic tree constructed by means of 'Neighbor-Joining
Tree'. Amplification product amplified fragment length polymorphism (AFLP) of
the 42 samples of genomic Elaeidobius kamerunicus and 3 samples of Sitophilus
oryzae genome as a control showed a high diversity. The analysis showed that
Elaeidobius kamerunicus genetically can be grouped into two major groups, and to
the genome of Sitophilus oryzae form one large group. A group consisting of
Elaeidobius kamerunicus contained in several districts in North Sumatra, while
group B consists of Sitophilus oryzae contained in Medan.
Keywords : Elaeidobius kamerunicus, Genetic diversity, Amplified Fragment
Length Polimorphysm (AFLP).
Universitas Sumatera Utara
RIWAYAT HIDUP
Penulis lahir di Medan, Provinsi Sumatera Utara pada tanggal 12 Juni 1995,
dari Ayahanda Hamzah, Amd dan Ibunda Sri Eka Lestari, SH. Penulis merupakan
anak pertama dari tiga bersaudara.
Penulis mengawali pendidikan formal di sekolah dasar pada tahun 20002006 di SD Negeri 064979 Medan. Pendidikan menengah pertama di tempuh dari
tahun 2006-2009 di SMP Negeri 7 Medan. Penulis menyelesaikan pendidikan
menengah atas di SMA Negeri 3 Medan dengan Jurusan IPA pada tahun
2009-2012.
Penulis melanjutkan pendidikan di Program Studi Agoekoteknologi
Fakultas Pertanian, Universitas Sumatera Utara melalui Seleksi Nasional Masuk
Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN) Jalur Undangan. Penulis melaksanakan
Praktik Kerja Lapangan (PKL) di PT. Satria Windu Seraya Rumbai, Pekanbaru Riau
pada tahun 2015.
Selain mengikuti perkuliahan, penulis menjadi anggota Himpunan
Mahasiswa Agroekoteknologi (HIMAGROTEK) dan menjadi Asisten Laboratorium
Pestisida dan Teknik Aplikasi tahun 2015-2016.
Universitas Sumatera Utara
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT karena rahmat dan
karunia Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul
“Karakterisasi Molekuler Pada Serangga E. kamerunicus Faust.
(Coleoptera:
Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified
Fragment Length Polimorphysm (AFLP)“. Skripsi ini diajukan sebagai salah satu
syarat untuk dapat memperoleh gelar Sarjana Pertanian pada Program Studi
Agroekoteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih kepada Ayahanda
Hamzah, Amd dan Ibunda Sri Eka Lestari, SH yang telah memberikan dukungan
moral maupun materil sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini. Penulis
juga mengucapkan terima kasih kepada Meirani Ritonga, S.Pi, dan Adik penulis
Mhd. Ichwanul Dwi Nugroho dan Andhara Luthfiah Prameswari yang telah
memberikan dukungan dan membantu penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.
Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada Komisi Pembimbing
Prof. Dr. Ir. Darma Bakti, MS selaku Ketua dan Ir. Suzanna Fitriany Sitepu, M.Si
selaku Anggota yang telah memberikan bimbingan dan masukan yang berharga bagi
penulis dalam penyelesaian skripsi ini.
Terima kasih kepada Bapak Agus Eko Prasetyo selaku Kepala Bagian
Proteksi di Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Marihat dan Ibu Sri Wening, Ph.d selaku
pembimbing penelitian di Laboratorium Biologi Molekuler, serta abang dan kakak
staf Laboratorium Biologi Molekuler yang telah memberikan ilmu dan pembelajaran
yang banyak dan membantu penulis dalam segala kegiatan penelitian dilakukan.
Universitas Sumatera Utara
Terima kasih kepada Bayu Syahputra, SP dan seluruh teman-teman
seperjuangan di Jurusan Hama Penyakit Tumbuhan stambuk 2012 dan juga temanteman Agroekoteknologi 5 stambuk 2012 Program Studi Agroekoteknologi, terima
kasih juga penulis ucapkan kepada mahasiswa Jurusan Agroekoteknologi stambuk
2009-2011 yang telah memberikan masukan bagi skripsi ini, serta kepada berbagai
pihak yang telah banyak membantu penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.
Penulis berharap semoga skripsi ini bermanfaat dalam pengembangan ilmu
pengetahuan khususnya dalam bidang Hama Penyakit Tumbuhan.
Medan, Desember 2016
Penulis
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR ISI
Halaman
ABSTRAK ...................................................................................................
i
ABSTRACT ..................................................................................................
ii
RIWAYAT HIDUP .....................................................................................
iii
KATA PENGANTAR .................................................................................
iv
DAFTAR ISI ................................................................................................
vi
DAFTAR GAMBAR ...................................................................................
viii
DAFTAR TABEL .......................................................................................
x
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... `
xi
PENDAHULUAN
Latar Belakang .........................................................................................
Tujuan Penelitian ......................................................................................
Kegunaan Penelitian .................................................................................
1
3
3
TINJAUAN PUSTAKA
Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera : Curculionidae).................
DNA (Deoxyribonucleid acid)…………………………………………..
PCR (Polymerase Chain Reaction)...........................................................
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism).................................
5
6
8
9
BAHAN DAN METODE
Waktu dan Tempat Penelitian...................................................................
Alat dan Bahan Penelitian ........................................................................
Metode Penelitian………………………………………………………..
Pelaksanaan Penelitian .............................................................................
Pengoleksian Serangga Uji ................................................................
Pengekstraksian DNA E. Kamerunicus...............................................
Genotipe E. kamerunicus Berdasakan Amplified Fragment Length
Polymorphism (AFLP) ......................................................................
Sekuensing Langsung Produk PCR ....................................................
Analisis Keragaman Genetik E. kamerunicus.....................................
Peubah Amatan.......................................................................................... ...
Tingkat Keragaman E. Kamerunicus di Setiap Kabupaten................
11
11
12
12
12
12
13
15
15
16
16
Universitas Sumatera Utara
Filogenetik E. Kamerunicus Berdasarkan Basa Nitrogen
Nukleotida..........................................................................................
16
HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi DNA...................................................................................................
Elektroforesis Gel Agarose ...........................................................................
Amplifikasi dan Genotyping .........................................................................
Analisis Keragaman Genetik E. kamerunicus Faust. ....................................
17
18
19
24
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan ...............................................................................................
Saran .........................................................................................................
30
31
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR GAMBAR
No.
Teks
Halaman
1. Kumbang Elaeidobius kamerunicus ......................................................
6
2. Struktur double heliks DNA, dan komponen-komponen penyusunnya
7
3. Perbandingan prosedur PCR konvensional dan real time .....................
9
4. Hasil Elektroforesis DNA hasil ekstraksi Elaeidobius kamerunicus
dan kutu beras (Sitophilus oryzae)……………………………………..
18
5. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap restriksi/ligasi sampel
Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (Sitophilus oryzae)…………
20
6. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap pre-amplifikasi produk
ligasi sampel Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (S.oryzae).......
21
7. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap selektif amplifikasi sampel
Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (Sitophilus oryzae). ..............
22
8. Pohon filogenetik 42 sampel kumbang Elaeidobius kamerunicus dan
sampel kutu beras (Sitophilus oryzae) yang dianalisis berdasarkan
MEGA versi 6 dengan metode Neighbor Joining Tree……..
3
software
26
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR TABEL
No.
Teks
Halaman
1.. Sampel Uji Yang Dipakai Dalam Penelitian.......................................
2.
12
Urutan Primer Yang Dipakai Dalam Penelitian Ini Didalam
Proses Amplifikasi dan Genotyping.. .................................................
19
3.
Luas Areal dan Produksi Kelapa Sawit Perkebunan Rakyat
Menurut Kabupaten dan Keadaan Tanaman di Sumatera Utara,
Tahun 2014…………………………………………………………..
27
Universitas Sumatera Utara
DAFTAR LAMPIRAN
No.
Teks
Halaman
1. Alat dan Bahan Penelitian .....................................................................
35
2. Sampel E. kamerunicus dari beberapa kabupaten Sumatera Utara .......
40
3. Pengekstraksian DNA………………………………………………….
43
4. Proses elektroforesis gel agarose DNA………………………………..
44
5. Tabel skoring hasil metode AFLP…………………………………….
45
Universitas Sumatera Utara