Analisis Pola Pita Andaliman (Zanthoxylum Acanthopodium D.C) Berdasarkan Primer OPC-07, OPD-03, OPD-20, OPM-20, OPN-09

Lampiran. 1 Data Geografis dan Morfologis Andaliman
No.
Kabupaten/Kecamatan/Kota
Aksesi

Titik koordinat

Ketinggian Tinggi
Tempat Tanaman
(mdpl.)
(cm)
1001
330

lilit
Batang
(cm)
13

Warna
Umur

Daun Tanaman
(cm)
Hijau
2

D1

Dairi/Sidikalang/Hutarakyat

N: 0245’14.6”
E : 9817’46.9”

D2

Dairi/Sidikalang/Hutarakyat

N: 0245’17,5”
E: 9816’50”

978

80

3

Merah

D3

Dairi/Sumbul/Parbuahan

N: 0246’45,6”
E: 9824’52,2”

1254

308

21

Hijau

2,5

D4

Dairi/Sumbul/Parbuahan

N: 0247’02,1”
E: 9825’09”

1253

294

17

Hijau

2

D5

Dairi/Sumbul/Lae Tangiang

N:0247’16,6”
E: 9825’58,1”

1357

170,1

12,6

Hijau
Kemerahan

D6

Dairi/Parbuluan/Sigalingging

N:0236’07,9”
E:9830’21,8”

1518

265

28

Hijau
1,5
Kemerahan

D7

Dairi/Parbuluan/Sigalingging

N:0236’07,9”
E:9830’21,4”

1518

156

10

Merah

1

D8

Dairi/Parbuluan/Sihotang

N:0239,13,7”
E:9827’02,9”

1317

430

28

Hijau
Kemerahan

3

D9

Dairi/Parbuluan/Sihotang

N:0239’13,8”
E: 9827’02,5”

1317

320

15

Hijau

1,5

D10

Dairi/Parbuluan/Sihotang

N:0239’13,8”
E:9827’2,5”

1317

128

7

Hijau

1,5

D11

Dairi/Parbuluan/Siarung-arung N:0239’57,5”
E: 9825’06,5”
Dairi/Parbuluan/Siarung-arung N:0239’55”
E:9825’5,1”

1290

190

20

Merah

3

D12

0,5

1

1292

200

25

Merah

2,5

D13

Dairi/Sumbul/Pegagan Julu7

N:0245’14,6”
E: 9817’46,9

1109

300

15

Hijau

1,5

D14

Dairi/Sumbul/Pegagan Julu7

N:0247’9,2”
E:9823’22,7”

1109

310

18

Hijau

2

D15

Dairi/Pegagan Hilir/Tiga Baru N:0248’47,6”
E: 9823’38,9”

1202

294

20

Hijau

2

D16

Dairi/Pegagan Hilir/Tiga Baru N: 0248’43,9”
E: 9823’43,8”

1206

192

9

Hijau
Kemerahan

1

D17

Dairi/Pegagan Hilir/Tiga Baru N: 0248’39,2”
E: 9823’48,5

1217

177

7

Merah

1

D18

Dairi/Pegagan Hilir/Tiga Baru N: 0248’38,8”
E: 9824’29,4”

1276

203

14

Hijau

1

K1

Tanah Karo/Merek/Garingging N: 0258’13,8”

1483

333

20

Merah

4

Universitas Sumatera Utara

E : 9832’11”
K2

Tanah Karo/Merek/Garingging N: 0258’15,7”
E : 9832’09,8”

1483

400

22

Hijau

4,5

K3

Tanah Karo/Merek/Garingging N: 0258’33,5”
E : 9831’27,6”

1495

248

10

Hijau

1,5

S1

Simalungun/Purba/Purba
Hinalang

N : 0255’13,3”
E : 9838’18,8”

1423

240

15

Hijau
kemerahan

S2

Simalungun/Purba/Purba
Hinalang

N : 0255’13,5”
E : 9838’18,8”

1423

238

14

Hijau

S3

Simalungun/Purba/Purba
Hinalang

N : 0255’13,7”
E : 9838’18,6”

1423

144

9

Hijau
Kemerahan

1

S4

Simalungun/Purba/Purba
Hinalang

N : 0254’56,6”
E : 9838’30,9”

1408

370

18

Merah

1

S5

Simalungun/Purba/Kampung N : 0253’19,5”
Baru
E : 9843’39,9”

1211

290

22

Hijau

1,5

S6

Simalungun/Purba/Kampung N : 0253’19,6”
Baru
E : 9843’39,8”

1211

198

21

Hijau
Kemerahan

2

S7

Simalungun/Purba/Kampung
Baru

N : 0253’19,8”
E : 9843’40,1”

1211

155

10

Hijau

1

S8

Simalungun/Purba/Kampung N : 0253’20,3”
Baru
E : 9843’43,4”

1213

290

23

Merah

2

S9

Simalungun/Purba/Kampung N : 0253’20,7”
Baru
E : 9843’44”

1214

310

24,8

Hijau

1,5

1

1

Universitas Sumatera Utara

Lampiran 2. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
A. Pembuatan Larutan Stok


CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB sebanyak
5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 100 ml
aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian
diletakkan diatas hote plate.



Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml): Timbang Tris

sebanyak 12.114 gram.

Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk
campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote
plate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH
mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan
dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.


Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan
Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk campuran
larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate.
Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai pH mencapai
7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan
aquades hingga volume larutan menjadi 50 ml.



EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml): Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan
NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan
80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian
diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi
sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian
volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.

Universitas Sumatera Utara



NaCl 5 M (l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke dalam
erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan
menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Masukkan ke dalam
gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan
menjadi 100 ml.

**Semua bahan di atas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB 5%.
B. Pembuatan Larutan Buffer


Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml): Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl
5 M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml aquades.



Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml
Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga volume
larutan menjadi 100 ml.



Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml
aquades.



Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M PH 8.0, 0.1 ml EDTA 0.5
M PH 8.0 dan 49.4 ml aquades.



Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan 2
ml Isoamilalkohol.



Etanol 70 % (100 ml): Campurkan 70 ml Etanol dan 30 ml aquades.

Universitas Sumatera Utara

Lampiran 3 : Alur penelitian

ISOLASI DNA ANDALIMAN

UJI KUALITAS DNA

UJI KUANTITAS DNA

AMPLIFIKASI DAN GENOTYPING

ELEKTROFORESIS

SKORING DAN ANALISIS DATA

Universitas Sumatera Utara

Lampiran 4 : Isolasi DNA
Sampel daun andaliman ditimbang 0.2 gram dan digerus sambil ditambahkan
nitrogen cair dan PVPP
Sampel dimasukkan ke dalam tabung yang berisi 1 ml buffer ekstraksi dan 10
µl β-mercaptoetanol
Tabung di vortex dan diinkubasi dalam waterbath selama 30 menit pada suhu
650C
Supernatan ditambahkan 1 ml KIAA (24:1) dan disentrifus dengan kecepatan
13.000 rpm selama 10 menit
Supernatan ditambahkan 1 ml KIAA (24:1) dan disentrifus dengan kecepatan
13.000 rpm selama 10 menit
Supernatan ditambahkan 1 ml isopropanol dan diinkubasi pada suhu 40C
selama semalaman

Tabung disentrifus pada pada kecepatan 13.000 rpm selama 10 menit dan
dikeringkan

Pelet dilarutkan dengan buffer TE 100µl

Campuran ditambahkan dengan etanol absolute dingin dan diinkubasi dalam
freezer (-200C) selama 30 menit

Campuran disentrifus dengan kecepatan 13.000 rpm selama 10 menit

Pelet dicuci dengan etanol 70% dan dikeringkan

Pelet dilarutkan dengan 100 µl buffer TE

Stok DNA disimpan dalam freezer (-200C)

Universitas Sumatera Utara

Lampiran 5 : Amlplifikasi dan Genotyping
Komposisi Master Mix volume 25 µl :
Go Taq PCR 12.5 µl
Nuclease free water 9.5 µl
Primer 1 µl
DNA sampel 2 µl

Running PCR sebanyak 45 siklus :
Denaturasi awal 940C 2 menit
Denaturai 940C 1 menit
Annealing 360C 1 menit
Extension 720C 2 menit
Post extension 720C 10 menit
Kondisi akhir PCR 40C tak terbatas

Proses running dimulai selama kurang lebih 4 jam

Universitas Sumatera Utara

Lampiran 6 : Proses Elektroforesis
Agar rose 2.6 gram ditambahkan dengan 130 ml buffer TAE 1 x

Campuran dipanaskan dengan hot plate

Campuran ditambahkan 1.5 µl EtBr

Larutan gel dituang kedalam cetakan yang telah dipasang sisir

Gel yang telah mengeras dipindahkan ke dalam chamber berisi buffer TAE 1 x

Sampel hasil PCR, marker dan loading dye dimasukkan ke dalam sumur gel dengan
perbandingan (8:5:2)

Alat elektroforesis dihubungkan dengan power supply 80 volt

Proses running dimulai selama 65 menit

Universitas Sumatera Utara

Lampiran 7 : Data Skoring 30 aksesi Andaliman
OPD 3
1
1
1
1
0
1
0
1
1
0
1
1
1
1
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1

OPD 3 OPD 20 OPD20 OPD 20 OPD 20 OPD 20 OPM 20 OPM 20 OPM 20 OPM 20 OPC 7
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
0
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
0
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
0
0
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1

OPC 7
0
1
0
1
0

OPC 7
1
1
0
0
0

OPC 7 OPM 09 OPM 09 OPM 09 OPM 09
1
1
0
0
0
1
1
0
0
1
1
1
0
0
1
1
1
1
0
1
1

1
0
0

1
1
0

1
1
1

1

0

1

0

1

1

0
1
1

1
1
1

1
1
1

0
0

0
0

1
1

0
1
1
1
1

1
1
1
1
1

1
1
1
1
1

1
0
1
0
0
0

1
0
0
1
0
0

0
0
0
1
1
0

1
1
0
1
1
1

1
1
0
0
0

0
1
0
1
1

0
0
1
0
0

0
0
0
0
0

0
0
0
0
0
0
0
1
0
1

0
0
0
0
0
0
0
0
0
0

1
1
0
1
0
1
0
0
0
1

0
0
1
0
1
1
1
0
1
1

Lampiran 8. Jarak kekerabatan 15 aksesi Andaliman

Unit
3
4
5
8
9
11
15
16
17
22
23
24
25
26

2
0.13439
0.11108
0.18087
0.23741
0.23289
0.14886
0.22209
0.17645
0.24234
0.16201
0.09494
0.15856
0.11534
0.0913

3

4

5

8

9

11

15

16

17

0.12883
0.20762
0.26416
0.25964
0.07692
0.24884
0.2032
0.26909
0.18876
0.12169
0.13903
0.14209
0.07177

0.18431
0.24084
0.23632
0.1433
0.22552
0.17988
0.24578
0.16545
0.09837
0.15299
0.11878
0.08574

0.20614
0.14286
0.22209
0.2184
0.17276
0.23866
0.15833
0.13326
0.23179
0.15366
0.16453

0.25815
0.27863
0.27494
0.2293
0.29519
0.21486
0.18979
0.28832
0.21019
0.22107

0.27411
0.27042
0.22478
0.29067
0.21034
0.18527
0.2838
0.20567
0.21655

0.26331
0.21767
0.28356
0.20323
0.13616
0.1535
0.15656
0.08625

0.11402
0.125
0.14739
0.17447
0.273
0.19487
0.20575

0.13427
0.10175
0.12883
0.22736
0.14923
0.16011

0.16765
0.19473
0.29326
0.21513
0.226

22

23

24

25

0.11439
0.21293 0.14585
0.1348 0.03226 0.16625
0.14567 0.0786 0.07143 0.099

Universitas Sumatera Utara

Lampiran 9. Molecular weight 30 aksesi Andaliman

OPN 09
1

2
1786

3
1786
1044

4
1786
1044

5
1786
1044
491

6

7
1786
875
491

8
1786

9
491

10
1786
1044
875

11
1786
1044

12
1786
875

13

14
491

15
875
491

16
1044

17
1044

18
1044

19

20

21
1044

22
1044

23
1786

24
1044

25
1786

26
1786
1044

27
1786

28
491

29
1786

30
1786
1044
491

2
1082
863
648
500

3
1082
863
648
500

4
1082
863
648
500

5
1082
863
648
500

6
1082
863
648
500

7

8
1082
863
648
500

9
1082
863
648
500

10
1082
863
648
500

11
1082
863
648
500

12
1082
863
648
500

13

14
863
648
500

15
1082
863
648
500

16
1082
863
648
500

17
1082
863
648
500

18
1082
863
648
500

19
1082
863
648
500

20
1082
863
648
500

21
1082
863
648

22
1082
863
648
500

23
1082
863
648
500

24
1082
863
648
500

25
1082
863
648
500

26
1082
863
648
500

27
1082
863
648
500

28
1082
863
648
500

29
1082
863
648
500

30
1082
863
648
500

OPD 20
1
2
2223 2223
1217 1217
799 799

3
2223
1217
799

4
2223
1217
799
615

5
2223
1217
799
615

6
2223

7
2223

8
2223
1217
615

9
2223
1217
615

10
2223
1217
799
615
418

11
2223
1217
799

12
2223
1217
799

13
2223
1217
799
615
418

14
2223
1217
799
615
418

15
2223
1217
799
615
418

16
2223
1217
799
615
418

17
2223
1217
799
615
418

18
2223
1217
799
615
418

19
2223
1217
799
615
418

20
2223
1217
799
615
418

21
2223
1217

22
2223
1217
799
615
418

23
2223
1217
799
615

24
2223
1217

25
2223
1217
799
615
418

26
2223
1217
799
615

27
2223
1217
799
615
418

28
29
30
2223 2223 2223
1217 798.843 1217
799 615 799
615 418 418
418

3
2277
1857
1704

4
2277
1857

5
2277
1857
1704

6
2277
1857

7
2277
1857
1704

8
2277

9
2277
1857
1704

10
2277
1857

11
2277
1857

12
2277
1857
1704

13
2277
1857
1704

14
2277
1857
1704

15
2277
1857
1704

16
2277
1857

17
2277

18
2277
1704

19
2277
1857
1704

20
2277
1857
1704

21
2277
1857
1704

22
2277
1857
1704

23
2277
1857
1704

24
2277
1857
1704

25
2277
1857
1704

26
2277
1857
1704

27
2277
1857
1704

28
2277
1857
1704

29
2277
1857
1704

30
2277
1857
1704

3
2500

4
2500
900

5
2500
586

6

7
2500
2098
900

8
2500
2098
586

9
2500

10

11
2500
900

12

13
2500
2098
586

14

15
2500
2098
586

16
2500
2098
900
586

17
2500
2098
900
586

18

19
2500

20
2500

21

22
2500
2098

23
2500
2098
900

24
2500
2098
900

25
2500
2098
900

26
2500
2098
900

27

28

29

30

OPM 20
1
1082
863
648
500

OPD 03
1

Universitas Sumatera Utara

2
2277
1857

OPC 07
1
2
2500 2500
2098 2098
900

Lampiran 10. Hasil elektroforesis
OPC 07

OPD 03

Universitas Sumatera Utara

OPD 20

OPM 20

Universitas Sumatera Utara

OPN 09

Universitas Sumatera Utara

Universitas Sumatera Utara