Identifikasi Gen Kegenjahan Pada Padi Generasi F2 Hasil Persilangan Kultivar Ciapus X Kitaake Menggunakan Dua Marka SSR Serta Korelasinya Dengan Karakter Umur Keluar Malai.
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Bekasi tanggal 19 Juli 1990 dan merupakan putra
pertama dari dua bersaudara keluarga Suparman dan Muayanah (Alm). Riwayat
pendidikan penulis dimulai dari TK/TPA Al-Hidayah, kemudian pada tahun 1996
melanjutkan di Sekolah Dasar Negeri Anjatan III di Indramayu sampai tahun
2002.
Tahun 2002 penulis meneruskan pendidikan di Sekolah Menengah
Pertama Negeri 1 Anjatan dan lulus pada tahun 2005. Setelah lulus dari Sekolah
Mengengah pertama penulis melanjutkan studi ke jenjang lebih tinggi di Sekolah
Menengah Atas Negeri 1 Anjatan dan lulus pada tahun 2008.
Setelah lulus SMA pada tahun 2008, alhamdulillah penulis lolos seleksi
beasiswa I-MHERE UNPAD dari World Bank dan terdaftar di Program Studi
Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran.
Selain kuliah, penulis juga aktif di aktifitas kemahasiswaan diantaranya
sebagai Kepala Departemen HUMAS di organisasi PIR (Padjadjaran Intelectual
Research), Kepala Departemen INFOKOM di organisasi IMADA I-MHERE
UNPAD (Ikatan Mahasiswa Daerah I-MHERE Universitas Padjadjaran), dan
anggota Departemen Penalaran BEM KEMA UNPAD (Badan Eksekutif
Mahasiswa Keluarga Mahasiswa Universitas Padjadjaran).
i
ABSTRAK
Ahmad Zaelani. 2013. Identifikasi Gen Kegenjahan Pada Padi Generasi F2
Hasil Persilangan Kultivar Ciapus X Kitaake Menggunakan Dua Marka SSR
Serta Korelasinya Dengan Karakter Umur Keluar Malai. Dibimbing oleh
Nono Carsono dan Meddy Rachmadi.
Pengembangan padi yang berumur genjah sangat penting untuk peningkatan
produktifitas tanaman padi di Indonesia. Pemanfaatan marka molekuler seperti
marka SSR sangat membantu dalam proses seleksi tanaman yang diinginkan.
Marka SSR digunakan karena sederhana, murah, akurat, kodominan dan tingkat
polimorfisnya tinggi. Percobaan ini bertujuan untuk mendeteksi genotip yang
mempunyai sifat genjah secara molekuler (profil SSR) dan fenotipik (umur keluar
malai cepat). Seratus dua tanaman padi generasi F2 persilangan kultivar Ciapus
(produktifitas tinggi) dengan Kitaake (umur keluar malai cepat) diseleksi
berdasarkan marka molekuler dan karakter fenotipik, RM7601 (mendeteksi Hd2)
dan RM19414 (mendeteksi Hd3) dianalisis PCR yang dilakukan di Laboratorium
Analisis dan Bioteknologi Tanaman, sedangkan percobaan lapangan dilakukan di
Kebun Percobaan Ciparanje, Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran.
Diperoleh tiga puluh sembilan genotip yang terseleksi berdasarkan profil marka
SSR. Genotip 283, 299, dan 300 merupakan genotip yang terpilih berdasarkan
kedua marka molekuler dan marka fenotip. Nilai koefesien korelasi yaitu 0,50
untuk RM7601 dan 0,49 untuk RM19414 menunjukkan hubungan kuat dan cukup
antara marka molekuler dengan marka fenotip. Ketiga genotip terpilih (283, 299,
dan 300) direkomendasikan untuk dilanjutkan ke generasi berikutnya guna
perakitan padi berumur genjah.
Kata Kunci: korelasi, marka SSR, padi, umur genjah, umur keluar malai
ii
ABSTRACT
Ahmad Zaelani. 2013. Identification of Early Maturing Gene in F2
Generation of Rice Derived From Cross Between cv. Ciapus X Kitaake by
Using Two SSR Markers and Its Correlation With Heading Date. Supervised
by Nono Carsono and Meddy Rachmadi.
Developing of early maturing rice is very important for increasing rice crop
productivity in Indonesia. The use of molecular markers, such as SSR markers, in
selecting desired genotype will be tremendously helpful. SSR markers are widely
used since they are simple, economic, accurate, codominant and have high
polymorphic level. The objective of current experiment was to obtain genotype
with molecularly (SSR profile) as well as phenotypically characterized (early
heading date). One hundred two plants of F2 generation of rice derived from cross
between cv. Ciapus (high productivity) and Kitaake (early of heading date) were
selected based on molecular and phenotypic traits. Heading date was used as
phenotypic marker, whereas RM7601 (for detecting Hd2) and RM19414 (for
detecting Hd3) were applied by PCR analysis. The experiment was conducted at
Laboratory of Plant Analysis and Biotechnology, meanwhile field experiment was
performed at Ciparanje Experimental Station, Faculty of Agriculture, Universitas
Padjadjaran. Results indicated that thirty-nine plants were selected on the basis of
the presence of SSR markers. Genotypes # 283, # 299 and # 300 were the
promising ones based on both molecular and phenotypic markers. However
correlation coefficients were 0.50 for RM7601 and 0.49 for RM19414,
respectively, indicating strong and medium relationship between molecular
markers and phenotypic markers. Three plants (# 283, 299 and 300) are highly
recommended for future research in the development of early maturing rice lines.
Keywords: correlation, SSR markers, rice, early maturity, heading date
iii
Penulis dilahirkan di Bekasi tanggal 19 Juli 1990 dan merupakan putra
pertama dari dua bersaudara keluarga Suparman dan Muayanah (Alm). Riwayat
pendidikan penulis dimulai dari TK/TPA Al-Hidayah, kemudian pada tahun 1996
melanjutkan di Sekolah Dasar Negeri Anjatan III di Indramayu sampai tahun
2002.
Tahun 2002 penulis meneruskan pendidikan di Sekolah Menengah
Pertama Negeri 1 Anjatan dan lulus pada tahun 2005. Setelah lulus dari Sekolah
Mengengah pertama penulis melanjutkan studi ke jenjang lebih tinggi di Sekolah
Menengah Atas Negeri 1 Anjatan dan lulus pada tahun 2008.
Setelah lulus SMA pada tahun 2008, alhamdulillah penulis lolos seleksi
beasiswa I-MHERE UNPAD dari World Bank dan terdaftar di Program Studi
Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran.
Selain kuliah, penulis juga aktif di aktifitas kemahasiswaan diantaranya
sebagai Kepala Departemen HUMAS di organisasi PIR (Padjadjaran Intelectual
Research), Kepala Departemen INFOKOM di organisasi IMADA I-MHERE
UNPAD (Ikatan Mahasiswa Daerah I-MHERE Universitas Padjadjaran), dan
anggota Departemen Penalaran BEM KEMA UNPAD (Badan Eksekutif
Mahasiswa Keluarga Mahasiswa Universitas Padjadjaran).
i
ABSTRAK
Ahmad Zaelani. 2013. Identifikasi Gen Kegenjahan Pada Padi Generasi F2
Hasil Persilangan Kultivar Ciapus X Kitaake Menggunakan Dua Marka SSR
Serta Korelasinya Dengan Karakter Umur Keluar Malai. Dibimbing oleh
Nono Carsono dan Meddy Rachmadi.
Pengembangan padi yang berumur genjah sangat penting untuk peningkatan
produktifitas tanaman padi di Indonesia. Pemanfaatan marka molekuler seperti
marka SSR sangat membantu dalam proses seleksi tanaman yang diinginkan.
Marka SSR digunakan karena sederhana, murah, akurat, kodominan dan tingkat
polimorfisnya tinggi. Percobaan ini bertujuan untuk mendeteksi genotip yang
mempunyai sifat genjah secara molekuler (profil SSR) dan fenotipik (umur keluar
malai cepat). Seratus dua tanaman padi generasi F2 persilangan kultivar Ciapus
(produktifitas tinggi) dengan Kitaake (umur keluar malai cepat) diseleksi
berdasarkan marka molekuler dan karakter fenotipik, RM7601 (mendeteksi Hd2)
dan RM19414 (mendeteksi Hd3) dianalisis PCR yang dilakukan di Laboratorium
Analisis dan Bioteknologi Tanaman, sedangkan percobaan lapangan dilakukan di
Kebun Percobaan Ciparanje, Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran.
Diperoleh tiga puluh sembilan genotip yang terseleksi berdasarkan profil marka
SSR. Genotip 283, 299, dan 300 merupakan genotip yang terpilih berdasarkan
kedua marka molekuler dan marka fenotip. Nilai koefesien korelasi yaitu 0,50
untuk RM7601 dan 0,49 untuk RM19414 menunjukkan hubungan kuat dan cukup
antara marka molekuler dengan marka fenotip. Ketiga genotip terpilih (283, 299,
dan 300) direkomendasikan untuk dilanjutkan ke generasi berikutnya guna
perakitan padi berumur genjah.
Kata Kunci: korelasi, marka SSR, padi, umur genjah, umur keluar malai
ii
ABSTRACT
Ahmad Zaelani. 2013. Identification of Early Maturing Gene in F2
Generation of Rice Derived From Cross Between cv. Ciapus X Kitaake by
Using Two SSR Markers and Its Correlation With Heading Date. Supervised
by Nono Carsono and Meddy Rachmadi.
Developing of early maturing rice is very important for increasing rice crop
productivity in Indonesia. The use of molecular markers, such as SSR markers, in
selecting desired genotype will be tremendously helpful. SSR markers are widely
used since they are simple, economic, accurate, codominant and have high
polymorphic level. The objective of current experiment was to obtain genotype
with molecularly (SSR profile) as well as phenotypically characterized (early
heading date). One hundred two plants of F2 generation of rice derived from cross
between cv. Ciapus (high productivity) and Kitaake (early of heading date) were
selected based on molecular and phenotypic traits. Heading date was used as
phenotypic marker, whereas RM7601 (for detecting Hd2) and RM19414 (for
detecting Hd3) were applied by PCR analysis. The experiment was conducted at
Laboratory of Plant Analysis and Biotechnology, meanwhile field experiment was
performed at Ciparanje Experimental Station, Faculty of Agriculture, Universitas
Padjadjaran. Results indicated that thirty-nine plants were selected on the basis of
the presence of SSR markers. Genotypes # 283, # 299 and # 300 were the
promising ones based on both molecular and phenotypic markers. However
correlation coefficients were 0.50 for RM7601 and 0.49 for RM19414,
respectively, indicating strong and medium relationship between molecular
markers and phenotypic markers. Three plants (# 283, 299 and 300) are highly
recommended for future research in the development of early maturing rice lines.
Keywords: correlation, SSR markers, rice, early maturity, heading date
iii