Isolasi dan Seleksi Bakteri Nitrifikasi dan Denitrifikasi

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI NITRIFIKASI DAN DENITRIFIKASI SEBAGAI KANDIDAT PROBIOTIK

Yosmaniar # , Hessy Novita, dan Eri Setiadi

Balai Riset Perikanan Bu didaya Air Tawar dan Penyu luhan Pe rikanan (Naskah dit erima: 5 Desember 2017; Revisi final: 10 Januar i 2018; Diset ujui publikasi: 10 Januar i 2018)

ABSTRAK

Senyawa nitrogen yang tinggi pada limbah budidaya perikanan intensif dapat memperburuk kualitas air, sehin gga perlu diatasi dengan penambahan prob iotik unt uk prose s biorem ediasi. Tujuan p enelitian ini adalah untuk mendapatkan bakteri nitrifikasi dan denitrifikasi yang berpotensi sebagai kandidat probiotik pengendali senyawa nitrogen pada budidaya ikan air tawar. Tahap penelitian terdiri atas: 1) koleksi sampel air dan sedimen dari kolam budidaya ikan patin di kawasan minapolitan Desa Pudak Kecamatan Kumpeh Kabupat en Muaro Jamb i Provinsi Jam bi dan Desa Koto Mesjid Ke camatan XIII Koto Kampar Kabupaten Kam par Provinsi Riau; 2) pengujian sam pel secara in vit r o yan g me liput i: a) Isolasi dan sele ksi bakt eri nitrifikasi dan denitrifikasi; b) Karakterisasi morfologis bakteri terpilih; c) Karakterisasi fisiologi/biokimia isolat bakteri terpilih; d) Karakterisasi genetika isolat bakteri terpilih dengan sekuensing 16S-rRNA. Analisis data dilakukan secara deskriptif. Berdasarkan hasil penelitian diperoleh empat isolat bakteri nitrifikasi dan empat isolate bakteri denitrifikasi. Isolat bakteri nitrifikasi Pandoraea pnomenusa strain 1318 (NP1); Pseudomonas aeruginosa strain PSE12 (NP2); Pseudomonas aeruginosa strain PSE12 (NP3); Burkholderia viet namiensis strain NE

7 (NP4); dan denitrifikasi Achromobact er xylosoxidans strain TPL14 (DP1); St enot rophomonas acidaminiphila strain BTY (DP2); St enot rophomonas malt ophilia strain BHWSL2 (DP3); Ochrobact rum int ermedium strain: SQ 20 (DP4) Achromobact er xylosoxidans st rain TPL14 (DP1); St enot rophomonas acidaminiphila strain BTY (DP2); St enot rophomonas malt ophilia strain BHWSL2 (DP3); Ochrobact rum int ermedium strain : SQ 20 (DP4); yang berpotensi digunakan sebagai kandidat probiotik p engendali senyawa n itrogen pada budidaya ikan air t awar.

KATA KUNCI: bakteri nitrifikasi; bakteri denit rifikasi; karakt erisasi; probiot ik ABSTRACT:

Isolation and characterization of nitrifying and denitrifying bacteria as probiotic candidates. By: Yosmaniar, Hessy Novita, and Eri Setiadi

Wast es from an int ensive aquacult ure cont ain nit rogen compounds which, if unt reat ed, could rapidly reduce wat er qualit y condit ion wit hin t he syst em. The addit ion of probiot ics as bioremediat ion t o aquacult ure syst em has been used t o improve water quality with promising result s. The aim of this st udy was t o obt ain pot ent ial nit rifying and denit rifying bact eria that could be used as probiot ic candidat es t o cont rol excessive nitrogen compounds in freshwat er cult ure. This study consist ed of t wo st eps, 1) t he collect ion of wat er samples and sediment s from cat fish ponds at ‘Minapolit an Area” in Pudak Village, Jambi Province and Kot o M esjid Village, Riau Province; 2) in vit ro t est s consist ing of isolat ion and select ion of nit rifying and denit rifying bacteria; morphological characterization of t he selected nitrifying and denitrifying bact er ia; char act er izat ion of physiological/biochemical select ed nit rifying and denit r ifying bact er ia; genet ic charact erizat ion of t he select ed nit rifying and denit rifying bact eria wit h 16SrRNA sequencing. All dat a were analyzed descript ively. The st udy had found four nit rifying bact eria isolat es: Pandoraea pnomenusa st rain 1318 (NP1); Pseudomonas aeruginosa strain PSE 12 (NP2); Pseudomonas aeruginosa strain PSE12 (NP3); Burkholderia vietnamiensis st rain NE 7 (NP4). The st udy also found four isolat es of denit rifying bact eria isolat es: Achromobact er xylosoxidans st rain TPL14 (DP1); St enot rophomonas acidaminiphila st rain BTY (DP2); St enot rophomonas malt ophilia st rain BHWSL2 (DP3); Ochrobact rum int ermedium st rain: SQ 20 (DP4). All the identified nit rifying and denit rifying bacteria isolat es have t he potent ial t o be used as probiot ic candidat es t o control nit rogen compound in freshwat er aquacult ure.

KEYW ORDS: nitrifying bacteria; denitrifying bacteria; characterization; probiotic

Ko re sp o n d e n si: Balai Rise t Per ikan an Bu d id aya Air Tawar d an Pe n yu lu h an Pe r ikan an . Jl. Se m p u r No . 1 , Bo g o r 1 6 1 5 4 , In d o n e sia. Te l. + 6 2 2 5 1 8 3 1 3 2 0 0 E-m ail:

yosmani ar@ yahoo.com

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

Isolasi dan karakterisasi bakteri nitrifikasi dan denit rifikasi ..... (Yosmaniar)

PENDAHULUAN

BAHAN DAN M ETODE

Bu d id a ya ik a n s e ca r a in t e n s if d e n g a n p a d a t

Koleksi Sam pel dari Sedimen dan Air

p e n e b a r a n d a n ju m la h p a k a n t in g g i, d a p a t m en ye babkan pe nu mp ukan bahan o rgan ik d an an

Sam p e l a ir d an se d im e n d ik o le ks i d ar i ko lam o rganik yang be rasal dari sisa p akan dan ekskre si

bu didaya ikan p at in pada t ahun 2 013 , d i kawasan m e t a b o lis m e ik a n d a la m w a d a h b u d id a ya

m in a p o lit a n De s a Pu d a k Ke c a m a t a n Ku m p e h (Djo ko set iyant o et al ., 2006) dan mengendap di dasar

Kabupaten Muaro Jambi Pro vinsi Jambi dan Desa Ko t o ko lam. Hal ini berdampak pada penurunan kualit as air

Mesjid Kecamat an XIII Koto Kampar Kabupaten Kampar

b u d id aya kare n a m e n in gkat n ya se n yawa n it ro ge n Pr o vin s i Ria u (Ga m b ar 2 ). Ke d u a De s a t e r s e b u t (amo n ia, n it rit , d an nit rat ) seh in gga m en gganggu

merupakan sen t ra budidaya ikan pat in int ensif dan keseimbangan siklus nit ro gen sepert i nit rifikasi dan

dijadikan sebagai kawasan minapo lit an (Yant o s, 2016). denit rifikasi yang dapat menyebabkan keracunan dan

Pengambilan sampel air permukaan pada ko lam ikan mo rt alit as ikan.

pat in dilakukan di ke dua de sa den gan set iap de sa sebanyak empat ko lam. Krit eria ko lam yang diambil

Unt uk memperbaiki kualit as air dapat dilakukan sampel air dan sedimen merupakan ko lam budidaya dengan

pat in intensif. Unt uk sampel air permukaan ko lam ikan (bio remediasi). Bio remediasi merupakan upaya unt uk

m e m a n fa a t k a n

m ik r o o r g a n is m e

dilakukan lima t it ik per ko lam, yait u di set iap sudut memperbaiki kualit as air melalui aktivitas bio logi oleh

ko lam (e mp at sam p el) d an d i t e ngah ko lam (sat u m ik r o o r g a n is m e (Ru s m a n a , 2 0 0 3 ). Be b e r a p a

sampel) menggunakan bo bo t sampel dengan vo lume p e r s ya r a t a n b io r e m e d ia s i, a n t a r a n la in m a m p u

600 m L yang st e ril. Unt uk sedimen, dilakukan t iga mengo pt imalkan laju nit rifikasi untuk menjaga amo nia

t it ik set iap ko lam yait u dua t it ik di dua sudut ko lam aga r t e t ap re n d a h , m am p u m e n go p t im alk an laju

dan sat u t it ik di t engah ko lam menggunakan eigment denit rifikasi unt uk mengeliminir kelebihan nit ro gen

grab , kemudian sampel sedimen diambil sebanyak 300 s e b a g a i g a s n it r o g e n d a r i k o la m (Ba d jo e r i &

g pada set iap t it ik. Selanjut nya sedimen dipindah ke Widiyant o , 2008; Khasani, 2008).

dalam bo t o l sampel st eril. Bo t o l sampel yang t elah Ag e n b io r e m e d ia si yan g d ig u n ak a n m e m ilik i

t erisi air maupun sedimen dimasukkan ke dalam cool kemampuan met abo lisme nit rifikasi dan denit rifikasi,

box .

seh in gga se cara langsu n g dapat me ro m bak bahan o rganik di dalam air media (Yuhana, 2010). Nit rifikasi

Isolasi dan Seleksi Bakteri Nit rifikasi dan

merupakan reaksi pent ing dalam siklus nit ro gen yang

Denit rifikasi

membu t uhkan o ksigen dalam pro se s o ksidasi NH 3 ,

Media spesifik unt uk iso lasi bakt eri nit rifikasi dan

denit rifikasi berdasarkan (Ro dina, 1972), unt uk 1000 et al., 2010). Denit rifikasi merupakan pro ses mikro bial

menjadi NO 2 dan oksidasi NO 2 menjadi NO 3 (Agustiyani

m L, ya it u : 1 3 ,5 g KH 2 PO ; 0 ,7 g K

4 2 HPO 4 ; 0 ,1 g

MgCl 2 6H 2 O; 0,18 g CaCl . 2 2H 2 O; 0,1 g NH 4 Cl; 0,2 g EDTA sedimen aero bik maupun anero bik (Lo ng et al ., 2013).

di mana NO 3 dan NO 2 , diubah menjadi NO 2 dan N 2 di

2 CO 3 ; 0,18 g FeCl 3 6H 2 O; dan 0,5 g gluko sa. Iso la si, se le ks i, d an k a ra kt e r is as i m e ru p a ka n

dan 0,5 g Na

Sedangkan unt uk bakt eri denit rifikasi: 10 g Na-aset at , t ahapan p en t in g un t uk m en dap at kan b akt eri yang

5 g KNO 3 ; 0,2 g KH

2 PO 4 ; 0,9 g K 2 HPO 4 ; 0,1 g CaCl 2 2H 2 O; 0,5 g MgSO diharapkan sebagai kandidat unt uk pro bio t ik. Tahapan . 4 7H 2 O; dan 0,2 g EDTA.

pro ses t ersebut dip erlu kan agar jen is b akt e ri yang Se b an ya k 5 m L s a m p e l a ir d a n 1 g s e d im e n dipero leh memiliki kemam puan sesuai t arget . Pada

d im asu kk an ke d alam m e d ia n it rifikasi cair p ad a t ahap seleksi dibut uhkan medium bakt eri yang t epat

e r le n m e ye r, ke m u d ia n d iin k u b as i se la m a 7 h a r i dan pengujian secara bio kimia at au fisio lo gis. Tahap

menggunakan sha k er p a d a s u h u 2 8 °C d e n g a n kar akt e risas i d ilaku k an u n t u k m e n g e t ah u i je n is

kecepat an 130 rpm, selanjut nya senyawa nit rat yang bakt eri dan hubungan kekerabat annya menggunakan

d ih asilkan d iu ku r m e n g gu n a kan m e t o d e Bru cin e

1 6 S r RNA s e k u e n s in g . An a lis is Ta k s o n o m i menggunakan Spectrofo to met er (Clesceri et al ., 1998). m e n g g u n a k a n g e n 1 6 S d a n 1 8 S r RNA u n t u k

mensekuensing dat a t elah menunjukkan pendekat an Sebanyak 5 mL suspensi dari kult ur bakt eri yang po sit if me ngh asilkan nit rat d iin o ku lasi ulang pada

yang valid dalam mengkarakt erisasi ko munit as bakt eri (So gin et al ., 2006).

e rle n m e ye r me d ia n it rifikasi kem u d ian d iin ku basi selama 7 hari menggunakan shaker pada suhu 28°C

Penelitian ini bertujuan untuk mendapat kan bakteri dengan kecepat an 130 rpm. Sebanyak sat u o se dari nit rifikasi d an de nit rifiksi yang berpo t en si se bagai

kult ur b akt eri d igo re s p ad a m e d ia agar n it rifikasi kandidat probio tik pengendali senyawa nit ro gen pada

dengan menggunakan metode kuadran (Sanders, 2012), budidaya ikanair t awar.

kemudian diinkubasi dalam inkubat o r pada suhu 29°C

Co p yright @ 2 017 , Ju rnal Riset Akuaku ltu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 369-378

(A) (B) Gambar 1. Lokasi pengambilan sampel air dan sedimen di kawasan minapo lit an Desa Pudak

Kecamat an Kumpeh Kabupat en Muaro Jambi (A), Desa Ko t o Mesjid Kecamat an

XIII Ko t o Kampar Kabupat en Kampar Pro vinsi Riau (B).

Figure 1. Locat ions of wat er and sediment sampling in t he st udy sit es: (A) Pudak Village, (B) Kot o M esj id Village.

selama 5-7 h ari. Ko lo n i yang t e rpisah d im u rn ikan karena secara mo rfo lo gis biakan at aupun sel bakt eri kembali dengan cara menggores ulang pada media agar

ya n g b e r b e d a d ap at t am p a k se ru p a , t a n p a h a sil n it rifikasi. Iso lat m urn i yan g d ipe ro leh digun akan

p e n g a m a t a n fisio lo g is ya n g m e m a d ai m e n g e n a i unt uk uji selanjut nya.

o rganik yang diperiksa maka penent uan spesiesnya Se b an ya k 1 m L s a m p e l a ir d a n 1 g s e d im e n

t idak mungkin dilakukan. Karakt erist ik dan klasifikasi se bagai mikro ba sepe rt i bakt eri b erdasarkan pada

dimasukkan ke dalam t abung ulir yang berisi 20 mL me dia de nit rifikasi cair, ke mud ian diin kub asi pada

re aksi enzimat ik at aupun bio kim ia. Mikro ba dap at t u m b u h p ad a b e b e rap a t ip e m e d ia m e m p ro d u ksi

suhu 28°C selama 7 hari. Perubahan t ingkat kekeruhan met abo lit t ent unya yang didet eksi dengan int eraksi

d a n g a s ya n g d ih a s ilk a n p a d a t a b u n g d u r h a m mikro ba dengan reagen t est yang mana menghasilkan menunjukkan adanya bakt eri denit rifikasi. Sebanyak perubahan warna reagen (Murray et al. , 2005).

2 mLsuspensi kultur bakt eri yang po sitif menghasilkan gas diino kulasi ulang dalam media denit rifikasi cair

Karakterisasi Isolat Bakteri Nitrifikasi dan

pada t abung reaksi vo lume 22 mL yangmengandung

Denitrifikasi Terpilih dengan Sekuensing 16S-

bakt eri denit rifikasi, kemudian diinkubasi pada suhu

rRNA

28°C selama 7 hari. Sat u o se dari kult ur bakt eri digo res pada media agar denit rifikasi dengan menggunakan

Karakt e risasi b akt eri nit rifikasi dan de nit rifikasi met o de kuadran dan diinkubasi pada ko ndisi anaero b

yan g t e rp ilih se cara m o le ku le r d e n gan 1 6 S rRNA dalam Anaerobik j ar selama 7–10 hari. Ko lo ni sel yang

se kue nsing dilakukan u nt u k m enget ahu i jenis d an t erpisah dimurnikan kembali dengan digo res kuadran

k e k e r a b a t a n is o la t b a k t e r i. DNA is o la t t e r p ilih p ad a m e d ia ca wa n d an d iin k u b a si p a d a k o n d is i

d ie kst raksi de n gan me t o d e ge n e aid kit (p ro se du r anaero bik. Iso lat murni yang dipero le h selanjut nya

sesuai dengan inst ruksi m anual dalam kit ). Se t elah dilakukan uji o ksidat if/ferment at if.

it u dilakukan uji PCR menggunakan primer 16SrRNA (Marchesi et al., 1998) dengan susunan primer forward

Karakterisasi, M or fologis, Biokim ia Bakteri

63f (52 -CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC-32 ), dan

Nitrifikasi, dan Denit rifikasi

primer Reverese, 1387r (52 -GGG CGG WGT GTA CAA GGC-3 2 ). Amp lifikasi PCR dilaku kan se ban yak 3 0

Karakt erisasi bakt eri nit rifikasi dan den it rifikasi

d ilaku kan d e n gan m e laku kan p e n gam at an se cara siklus menggunakan suhu predenat urasi 95°C selama

5 menit , denat urasi pada suhu 92°C selama 30 det ik, mo rfo lo gis pada be nt uk dan warna ko lo n i b akt e ri

sert a melalui pewarnaan gram. Set elah itu, iso lat yang elongat ion pada suhu 55°C selama 30 det ik,

annealing

72 °C selama 1 menit , dan final ext ent ion dengan suhu t erseleksi kemudian diuji secara bio kimia (No vit a

et

72°C selama 5 menit .

al

., 2014). Iso lat yang t erseleksi kemudian diuji secara bio kimia dengan menggunakan kit API unt uk melihat

Sekuensing dan Dendogram

kemampuan bakt eri dalam menggunakan gula-gula yang ada pada med ia sebagai su mer C dan N. Ciri

Hasil PCR 16S rRNA menunjukkan t arget pit a DNA bio kim ia merupakan krit eria yang amat p ent ing di

b e ra d a p a d a 1 3 0 0 b p . Is o la t ya n g t e la h d i PCR dalam ident ifikasi spesimen bakt eri yang t ak dikenal

kemudian di sekuensing. Hasil sekuensing dari masing-

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

Isolasi dan karakterisasi bakteri nitrifikasi dan denit rifikasi ..... (Yosmaniar)

m a s in g is o la t d is e ja ja r k a n d e n g a n s e k u e n d a r i gram po sitif sedangkan NP2 dan NP3 merupakan gram Genebank selanjut nya dilakukan BLAST di NCBI unt uk

negat if. Pada iso lat e bakt eri nit rifikasi dit emukan ada m e lih a t t in gk at ke m irip an n ya d e n ga n se k u e n d i

yang gram negat if. Hal ini menunjukkan bahwa iso - Genebank .

lat e NP2 dan NP3 dapat berperan ganda (nit rifikasi

d a n d e n it r ifik a s i). Se m u a b a k t e r i d e n it r ifik a s i Kemudian hasil sekuensing disejajarkan lagi dengan

pro gram MEGA 5 unt uk mendapat kan dendo gram m e r u p a k a n g r a m n e g a t if. Em p a t is o la t b a k t e r i n it rifikasi yait u NP1, NP2 , NP3 , NP4 t erm asu k ke

Analisis Dat a

dalam kelo mpo k bakt eri het ero t ro f. Se m u a d at a yan g d ip e ro le h d it ab u lasi d e n gan

Pe r t u m b u h a n b a k t e r i h e t e r o t r o f le b ih b a ik bant uan Micro so ft Excel 2010. Dat a yang dipero leh

d ib an d in g ka n d e n g a n b ak t e r i a u t r o t o f. De n g a n dari iso lasi, seleksi, dan ident ifikasi bakt eri kandidat

d e m ikian d ap at d ikat akan b ah wa ke e m p at iso lat pro bio t ik dianalisis secara deskript if dan dit ampilkan

b a kt e r i n it rifika si t e rm as u k ke d alam ke lo m p o k dalam t abel.

bakt eri hetero tro f. Bakt eri ini merupakan bakt eri yang t idak dapat me mfiksasi karbo n dan me nggu nakan

HASIL DAN BAHASAN

karb o n o rgan ik u n t u k p e rt um b u h an n ya (Tab e l 3 ). Bakt eri he t ero t ro f t e rb agi me n jad i d u a ke lo m po k

Isolasi Bakt eri Nitrifikasi dan Denitrifikasi

b e r d a s a r k an p a d a p e n g gu n a a n e n e r g i, ya it u : a ) Ha sil is o las i b a kt e r i ka n d id at p ro b io t ik yan g

fo t o he t ero t ro f, yang men ggu nakan cahaya sebagai t erident ifikasi. Kelo mpo k denit rifikasi di Desa Pudak,

s u m b e r e n e r g i, d a n b ) k e m o h e t e r o t r o f, ya n g Jambi lebih banyak dibandingkan nit rifikasi, sedangkan

me nggu nakan se nyawa o rganik maupun ano rgan ik

d i Ria u n it r ifik a s i le b ih d o m in a n d ib a n d in g k a n s e b a g a i s u m b e r e n e r g i (Ho g g & St u a r t , 2 0 1 3 ).

Pe r t u m b u h a n b a k t e r i h e t e r o t r o f le b ih b a ik mengindikasikan bahwa kedalaman ko lam (ko lo m air)

d e n it r ifik a s i. Ko n d is i perbedaan

tersebut

dibandingkan dengan bakt eri aut ro t o f. Hal ini sesuai dan kandungan bahan o rganik baik di air maupun di

dengan penelit ian yang dilakukan o leh Michauda et al . sed ime n d id u ga be rp e ngaru h t erh ad ap p erbe d aan

(2006) yang melapo rkan bahwa pert umbuhan bakt eri ju mlah b akt e ri n it rifikasi dan bakt eri de nit rifikasi.

het ero t ro f lebih cepat dibandingkan dengan bakt eri Azhar et al . (2017) melapo rkan bahwa kelimpahan dan

au t ro t o f.

keanekaragaman bakt eri dipengaruhi oleh kedalaman Uji o ksidat if-fermen t at if dilakukan pada b akt e ri air, ket ebalan sedimen, dan kandungan bahan o rganik

d e n it r ifika s i d e n ga n t u ju an m e n ca ri is o la t yan g baik di air maupun di sedimen.

bersifat o ksidat if dan ferment at if. Jika bakt eri bersifat Jumlah isolat yang berhasil diiso lasi dari dua lokasi

ferment at if akan t erjadi perubahan warna dari yang pengambilan co nt o h disajikan pada Tabel 1.

hijau menjadi kuning, sedangkan bakt eri yang bersifat o ksidat if akan t et ap bewarna hijau (Novit a et al ., 2014).

Karakterisasi Isolat Bakteri Nitrifikasi dan

Iso lat bakt eri DP1 dan DP4 sert a bakt eri NP2 dan

Denit rifikasi

NP3 merupakan gram negat if. Bent uk sel semua iso lat Dipero leh 4 iso lat bakt eri nit rifikasi dan 4 iso lat

adalah basil. Keempat iso lat bakteri nit rifikasi bersifat

b akt e ri de n it rifikasi d e ngan ciri m o rfo lo gi ko lo n i o ksid at if. Um u m n ya b a kt e ri d e n it rifik asi b e rs ifat is o lat t e p ian sa m a yait u licin s e d an gk an wa rn a,

o ksidat if, kare na dalam pro ses me t abo lisme un t uk permukaan, dan bentuk umumnya hampir sama (Tabel

t umbuh dan berkembang membut uhkan o ksigen. 2). Bakt eri nit rifikasi t erpilih NP1 dan NP4 bersifat

Tabel 1. Jumlah iso lat bakt eri nit rifikasi dan denit rifikasi yang diiso lasi dari budidaya ikan pat in di Jambi dan Riau Table 1.

Number of nit rif ying and denit rif ying isolat es from cat fish cult ure in Jambi and Riau

Asal sampel

Jenis sampel

Jumlah isolat (Number of isolate )

Bakteri denitrifikasi Total Origin of sample Nit rificat ion bacteria Denitrification bact eria Total

Kind of sample

Bakteri nitrifikasi

De sa Pudak Ke camatan Kumpe h

7 8 15 Kabupate n Muaro Jambi Provinsi Jambi

Air ( Wat er )

7 7 14 De sa Kot o Me sjid Ke camatan XIII Koto Kampar

Se dime n ( Sediment )

9 9 18 Kabupate n Kampar Provinsi Riau

Air ( Wat er )

Se dime n ( Sediment )

Co p yright @ 2 017 , Ju rnal Riset Akuaku ltu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 369-378

Tabel 2. Mo rfo lo gi dan karakt erist ikko lo ni iso lat bakt eri nit rifikasi dan denit rifikasi yang t erpilih Table 2.

M orphology and charact erist ic of select ed isolat es of nit rif ying and denit rif ying bact eria

Morfologi karakt erist i k koloni isolat ( M or phology and char acter istics of colonies ) I sol at

Warna

Tepian

Perm ukaan

Bent uk sel

Reaksi gram

Isolate

Gr am r eaction Ni t ri fi kasi ( Nitrification)

Colour

Edge

Sur face

Shape of cell

NP1 Pu tih ( W hite )

Po sitif ( Positive ) NP2

Licin ( Slippery )

Datar ( Flat )

Basil

Neg atif ( Negative ) NP3

Pu tih ( W hite )

Licin ( Slippery ) Cemb u ng ( Convex )

Basil

Neg atif ( Negative ) NP4

Keco klatan (Brownish)

Licin ( Slippery ) Cemb u ng ( Convex )

Basil

Keco klatan (Brownish)

Licin ( Slippery )

Basil

Po sitif ( Positive )

D eni t rifikasi ( Denitrification)

Neg atif ( Negative ) DP2

DP1 Keco klatan (Brownish)

Licin ( Slippery )

Basil

Ko ku s ( Coccus ) Neg atif ( Negative ) DP3

Pu tih p u cat ( Pale whit e ) Licin ( Slippery )

Timb u l ( Arise )

Neg atif ( Negative ) DP4

Keku nin g an ( Yellowish ) Licin ( Slippery ) Cemb u ng ( Convex )

Basil

Keku nin g an ( Yellowish ) Licin ( Slippery )

Datar ( Flat )

Basil

Neg atif ( Negative )

Tabel 3. Pert umbuhan iso lat bakt eri nit rifikasi yang t erpilih Table 3.

Growt h of select ed nit rif ying bact eria isolat es

Pert um buhan i sol at bakt eri ni t rifikasi

Isolat

Gr owth of nitr ifying bacteria isolates

Isolate

Het erot rof

Aut ot rof

Heterotr oph

Autotr oph

Ke te rangan ( Not e ): + + + + = pertumbuhan sangat cepat ( very rapi d growt h )

+ = pe rtumbuhan sangat lambat (very slow growt h )

Karakterisasi Biokimia Isolat Bakteri

DP1 m e n u n ju k k a n k e m ir ip a n 1 0 0 % d e n g a n

Nitrifikasi dan Denit rifikasi

Achromobact er xylosoxidans st rain TPL14 . Iso lat DP2

d a n DP3 h o m o lo g d e n g a n St en ot r op h om on a s Dari h asil Tab le 4 d i at as me n un ju kkan b ahwa bakt eri nit rifikasi dan denit rifikasi t erpilih (NP2 dan aci dam i ni phi l a s t ra in BTY d a n St enot r ophomonas

malt ophilia st rain BHWSL2 dengan t ingkat kemiripan NP4) dan (DP1 dan DP3) dapat memanfaat kan bahan 100% dan 99%. Sedangkan unt uk iso lat NP1 ho mo lo g u ji b io kim ia d e n gan b aik se b aga i m e d ia t u m b u h sehingga bero t ensi sebagai kandidat . Pandor aea pnomenusa d en gan st rain 13 1 8 d en gan

t ingkat kemiripan 99% begit u juga dengan NP2, NP3

Karakterisasi Isolat Bakteri Nitrifikasi dan

ho mo lo g dengan Pseudomonas aeruginosa strain PSE12

Denitrifikasi Terpilih dengan Sekuensing 16S-

dengan kemiripan 99%, sedangkan isolat NP4 ho mo lo g

rRNA

98% dengan Burkholderia viet namiensis st rain NE 7. Hasil karakt erisasi be rdasarkan 1 6 SrRNA dapat

Hasil se ku e n sin g iso lat b akt e ri n it rifikasi NP1 dilihat pada Gambar 3. Hasil PCR dengan 16S rRNA

m e n u n ju k kan b ah wa b akt e ri iso lat NP1 m e m iliki menunjukkan bahwa iso lat t erpilih menghasilkan pit a

d an PCR p ad a t arge t 1 3 0 0 b p. Hasil se ku e n sin g yan g

kekerabat an t erdekat dengan genus Pandoraea

Bur khol der i a . Na m u n p a lin g d e k a t d e n g a n je n is dilakukan dengan membandingkan sekuen yang ada

Pandoraea pnomenusa st rain 1318 . Jenis bakt eri ge- di Genebank dipero leh hasil BLAST N sepert i disajikan

nus Pandoraea yang pert am a kali t erbukt i memiliki pada Tabel 5.

ke m am p u an d a lam m e n d e gr ad a si d ich lo r o m e t an adalah Pandoraea pnomenusa LX-1 (Fu et al., 201 2).

Dendo gram filo geni dari iso lat bakt eri nit rifikasi Bakt e ri Pandoraea pnomenusa mem iliki ke mamp uan dan denit rifikasi, disajikan pada Gambar 3 dan 4. Iso lat

dalam memanfaat kan sumber karbo n sebagai energi

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

Isolasi dan karakterisasi bakteri nitrifikasi dan denit rifikasi ..... (Yosmaniar)

Tabel 4. Karakt erist ik bio kimia iso lat bakt eri nit rifikasi dan denit rifikasi Table 4.

Biochemist r y charact erist ics of t he nit rif ying and denit rif ying bact eria

Kode isolat bakt eri nit ri fi kasi

Uj i bi okim i a

Code of nitrifying bacter ia isolates

Biochemical test

- Glu ko sa ( Glucose )

NO 3 ( Nit rate )

- (Ad h)

+ Ur ea (Ur e)

+ Gelatin (Gel)

- (Png )

+ (Glu )

+ Ar abin osa (Ar a)

+ (Mn e)

+ Man o sa (Man )

- Asam sitrat (Cit)

- (Pac)

+ Oxidase (Ox)

+ Metabo lisme fer mentatif/o ksid atif

Oksid atif

Oksid atif

Oksidatif

Oksid atif

Kode isolat bakt eri denit ri fi kasi

Uj i bi okim i a

Code of denitrifying bacter ia isolates

Biochemical test

+ Glu ko sa ( Glucose )

NO 3 Nit rate ( )

- Gelatin (Gel)

+ Malto sa (Mal)

+ (Mlt)

+ Asam sitrat (Cit)

+ Oxidase (Ox)

+ Metabo lisme fer mentatif/o ksid atif

Ke tern gan ( Not e ): (+ ) iso lat d ap at me man faat kan mineral d an g ula- g ula seb agai su mbe r C d an C

un tuk p e rtum buh ann ya ( isolat es abl e t o t o use miner als and sugar s as C and C sources for growt h ) (-). Iso lat tid ak mamp u memanfaatkan mineral d an gula- gula sebagai sumber C d an

C untu k p ertu mbu han nya ( isolat es not abl e t o t o use mi ner als and sugars as C and C sour ces for gr owt h )

d e n gan je n is Pseudomonas s p . ya it u Pseudomonas dichlo ro met an (DMC) sebesar 56-85% (Yu et al. , 2013).

d a n k e m a m p u a n d a la m m e r e d u k s i s e n ya w a

aeruginosa st rain PSE 12 (Gambar 2). Syahput ra et al. (2011) menyebut kan bakt eri Be rd a s a r ka n h as il se k u e n sin g , is o lat b a k t e r i Pseudomonas aeruginosa

dapat digunakan sebagai agen bio remediasi yang ramah n it r ifik a s i NP2 d a n NP3 m e r u p a k a n k e lo m p o k

pro t e o b akt eri yang me miliki ke ke rab at an t erdekat lingkungan unt uk pengendalian pencemaran limbah

Co p yright @ 2 017 , Ju rnal Riset Akuaku ltu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 369-378

Gambar 2. Hasil PCR 16SrRNA bakt eri nit rifikasi dan denit rifikasi. Pada gambar hasil

PCR t erd apat p it a DNA p ada panjang sekit ar 1 .30 0 b p u kuran t erseb ut mengacu pada 1 Kb DNA ladder.

Figure 2. Result s PCR 16SrRNA fro m t he select ed nit rifying and denit rfying bact eria. The PCR result s sho wed t he lenght o f DNA band is ro ughly 1,300 bp t he size refers t o 1 Kb DNA ladder.

Tabel 5. Hasil BLAST N dari sekuen 16SrRNA Table 5. BLASTN result s from 16S rRNA sequence

Isolat Asal isolat

Kem i ri pan Nom or aksesi Isolate

Hom ologi bakt eri (Bl ast N)

Isolates initial

Bacter ial homology

Similarity (%) Accession number

DP1 Jamb i

EU3 73 3 8 9 .1 DP2

Achromobacter xylosoxidans strain TPL1 4

GU2 65 5 5 7 .1 DP3

Jamb i

St enotrophomonas acidaminiphila str ain BTY

St enotrophomonas maltophilia str ain BHWSL2

98 KC19 5 7 8 5 .1 NP1

Riau

Ochrobact rum int ermedium str ain : SQ 20

99 KT87 3 8 5 2 .1 NP2

Jamb i

Pandoraea pnomenusa str ain 1 3 1 8

99 KR81 5 8 4 6 .1 NP3

Jamb i

Pseudomonas aeruginosa strain PSE1 2

99 KR81 5 8 4 6 .1 NP4

Jamb i

Pseudomonas aeruginosa strain PSE1 2

Jamb i

Burkholderia viet namiensis strain NE 7

98 EU4 47 1 8 2 .1

nit ro gen ano rganik sepert i nit rat dan nit rit . Bakt eri ini berperan penting dalam pro ses nitrifikasi diperairan je n is Pseudom onas s p . m e r u p a k a n b a k t e r i ya n g

dan merupakan bakt eri yang predo minan (So mbatjinda do minan berperan sebagai bakt eri nit rifikasi dan pal-

et al ., 2 0 1 1). Bakt eri n it rifikasi h e t e ro t ro f se p ert i ing banyak digunakan sebagai pro bio t ik pengo lahan

Burkohlderia cepacai NH-17 dapat mengko nversi nit rit air limbah indust ri perikanan, karena kemampuannya

2 ) menjadi nit rat (NO 3 ) yang selanjutnya mengubah dalam mendegradasi senyawa nit ro gen (Kumar et al.,

(NO -

nit rit (NO - 2 ) menjadi NO dengan bant uan enzim nit rit

2 0 1 3 ). Pseudom onas sp . d ik e t a h u i cu k u p t o le r an reduktase. NO yangsudah t erbent uk diubah lebih lanjut t erhadap lo gam Cd dan resist en t erhadap ant ibio t ik

me njad i nit rat (NO - 3 ) o leh e nzim NO dio ksige nase (Pat ra et al ., 2010). Bakt eri ini dapat mereduksi nit rat

dalam ko ndisi aero b (Mat suzaka et al ., 2003). dengan pro duk akhir berupa gas nit ro gen (N) kerena

d e n it r ifik a s i DP3 didukung dengan kelengkapan enzim yang dimilikinya m e n u n ju k k a n b a h w a b a k t e r i t e r s e b u t m e m ilik i (Rusmana, 2006).

Ha s il s e k u e n iso la t bakt er i

ked ekat an d en gan je nis St enot rhopomonas sp . dan Is o la t b a k t e r i n it r ifik a s i NP 4 (Ga m b a r 4 )

pseudomonas sp. Namun, kerabat yang t erdekat adalah m e n u n ju kkan ke ke rab at an t e rd e kat d e n gan je n is

d e n gan je n is St enot r ophom onas malt ophil ia s t ra in Burkholder ia viet namiensis st rain NE 7. Bakt eri jen is

BHWSL2 (Gambar 4). Genus St eno tro phomo nas secara

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

Isolasi dan karakterisasi bakteri nitrifikasi dan denit rifikasi ..... (Yosmaniar)

NP1 NP1 KT873 85 2.1 KT873852.1 Pandoraea pnomenusa strain I3 18 Pandor aea pnomenusa st rain 13 18 DQ831 00 2.2 DQ831002.2 Pandoraea sp. LB-7 Pandor aea sp . LB-7 NR 0 287 49 .1 NR 028749.1 Pandoraea apista strain LMG 16407 Pandor aea api st a st rain LMG 1 64 07 KP100 42 3.1 KP100423.1 Burkholderia sp. K5-6-SY Bur khol der i a s p. K5-6-SY AM048 88 5.1 AM048885.1 Pandoraea norimbergensis isolate N-Ht Pandor aea nor imber gensis is olate N-Ht LC218 40 1.1 LC218401.1 Burkholderia sp. SM-2017A Bur khol der ia sp . SM-201 7A KF770 98 0.1 KF770980.1 Burkholderia sprentiae strain CPB PS Bur khol der ia spr ent i ae st rain CPB PS KU749 98 4.1 KU749984.1 Burkholderia vietnamiensis strain Parthipara Bv Bur khol der ia vi et nami ensis st rain Par thipara Bv

NP4 NP4 EU447 18 2.1 EU447182.1 Burkholderia cepacia strain NE7 Bur khol der ia cepacia st rain NE7 KX264 32 6.1 KX264326.1 Pseudomonas citronellolis strain DK-3 Pseudomonas cit r onel lol is st rain DK-3 KX364 07 4.1 KX364074.1 Pseudomonas nitroreducens strain LBQSKN1 Pseudomonas nit r or educens st rain LBQSKN1 KR827 42 5.1 KR827425.1 Pseudomonas nitroreducens strain MYSS78 Pseudomonas nit r or educens st rain MYSS78 KT273 28 2.1 KT273282.1 Pseudomonas denitrificans strain Y-16 Pseudomonas denit r if icans st rain Y-16 KY039 27 2.1 KY039272.1 Pseudomonas sp. strain S105 Pseudomonas sp . s train S1 05

NP3 NP3 NP2 NP2

KR815 84 6.1 KR815846.1 Pseudomonas aeruginosa strain Pse12 Pseudomonas aer uginosa st rain Pse 12 KU129 01 0.1 KU129010.1 Pseudomonas aeruginosa strain BX32 Pseudomonas aer uginosa st rain BX32 KR815 84 3.1 KR815843.1 Pseudomonas aeruginosa strain Pse6 Pseudomonas aer uginosa st rain Ps e6 LN829 58 6.1 LN829586.1 Pseudomonas sp. AR429 strain AR429 Pseudomonas sp . AR429 st rain AR4 29 X9 955 5.1 X99555.1 Pyrolobus fumarius Pyr olobus f umar i us

Gambar 3. Dendo gram filo geni iso lat e bakt eri nit rifikasi berdasarkan sekuen 16S-rRNA. Figure 3.

Phylogeny dendogram of nit rif ying bact eria isolat es based on 16S-rRNA sequence.

filo geni dit empat kan dalam gama pro t eo bact eri yang Ha s il s e k u e n is o la t b a k t e r i n it r ifik a s i DP4 aw aln ya d ike n al d e n ga n n a m a St enot r ophom onas

m e n u n ju k k a n b a h w a b a k t e r i t e r s e b u t m e m ilik i m al t oph i l i a

d a n m e r u p a k a n Xa n t h o m o n a s ya n g kekerabat an dengan genus Ochro bact rum dan yang t ermasuk ke dalam sub kelas pro t eo bakt eri (Anzai et

t erdekat dengan jenis Ochrobact rum int ermedium strain: al., 2000). Genus St eno t ro pho mo nas merupakan ge-

SQ 20. Bakt eri jenis Ocrhobact rum antrhopi merupakan nus yang do minan di alam (air, t anah, dan t umbuhan)

bakt eri denit rifikasi di t anah maupun di air (Bo t he et

d an m e m iliki d ist r ib u si yan g lu as se rt a b e rp e ran al ., 2000). Bakt eri O. ant hropi memiliki bent uk sepert i pent ing dalam siklus nit ro gen dan sulfur (Ryan et al. ,

batang atau basil, gram negatif, dan merupakan bakteri 2009). Genus St eno t ro pho mo nas baru diket ahui ada

pereduksi NO 3 and NO 2 (Mahmo o d et al ., 2009; Bat he

8 jenis (Yo o n et al ., 2006). et al ., 2 0 0 6 ). Bakt e ri je n is in i d ap at h idu p d alam

KU55 01 81 .1 Pseudomonas geniculat a st rain DRLL1 6 KU550181.1 Pseudomonas geniculata strain DRLL16 KU000914.1 Pseudomonas hibiscicola strain Ph 826 KU000 91 4.1 Pseudomonas hibiscicola s tr ain Ph 8 26 KX981342.1 Stenotrophomonas sp. strain TRB131 KX9 81 34 2.1 St enot rophomonas sp . s tr ain TRB13 1 KX21 22 58 .1 St enot rophomonas malt ophilia s tr ain BHWSL2 KX212258.1 Stenotrophomonas maltophilia strain BHWSL2 KU98 66 75 .1 Pseudomonas s p. s t rain SZ06 2 KU986675.1 Pseudomonas sp. strain SZ062

DP3 DP3 AB826003.1 Stenotrophomonas sp. SKDXN-1 AB82 60 03 .1 St enot r ophomonas s p. SKDXN-1 KM235734.1 Stenotrophomonas sp. TG16 KM2 35 73 4.1 St enot rophomonas s p. TG1 6 KX611377.1 Stenotrophomonas acidaminiphila strain ICS-32 KX611 37 7.1 St enot r ophomonas acidaminiphila st rain ICS-32

DP2 DP2 GU265557.1 Stenotrophomonas acidaminiphila strain BTY GU265 55 7.1 St enot r ophomonas acidaminiphila st rain BTY

DP1 DP1 EU37 33 89 .1 Achr omobact er xylosoxidans s tr ain TPL1 4 EU373389.1 Achromobacter xylosoxidans strain TPL14 HQ219950.1 Achromobacter sp. ATY31 HQ2 1 99 50 .1 Achr omobact er s p. ATY3 1 FJ810080.1 Achromobacter denitrificans strain 22426 FJ810 08 0.1 Achr omobact er denit rifcans st rain 2 24 26 NR 1 17 70 6.1 Achromobact er insuavis s tr ain LMG 26 84 5 NR 117706.1 Achromobacter insuavis strain LMG 26845

DP4 DP4 KC195785.1 Ochrobactrum intermedium strain Sq20 KC195 78 5.1 Ochrobact r um int er medium s train Sq 20 KY681806.1 Ochrobactrum sp. strain KDQ3 KY681 80 6.1 Ochr obact r um sp . st rain KDQ3 KY038324.1 Ochrobactrum anthropi strain PJF33 KY038 32 4.1 Ochrobact r um ant hr opi st rain PJF33 KX185944.1 Ochrobactrum ciceri strain SW1 KX185 94 4.1 Ochr obact rum ciceri st rain SW1 X99555.1 Pyrolobus fumarius X9 955 5.1 Pyr olobus fumarius

Gambar 4. Dendo gram filo geni iso lat bakt eri denit rifikasi berdasarkan sekuen 16S-rRNA.

Figure 4. Phylogeny dendogram of nit rif ying bact eria isolat es based on 16S-rRNA sequence.

Co p yright @ 2 017 , Ju rnal Riset Akuaku ltu r, e-ISSN 250 2-65 34

Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 369-378

lin gk u n g an e k st r im se p e r t i lu m p u r d a n air ya n g Azh ar, H.M., Ulkh aq , M.F., Suciyo no , dan Prayo go . t ercemar (Mahmo o d et al. , 2009; Kesseru et al ., 2002).

2017. Kelimpahan dan keanekaragaman b akt eri Onchrobactrum adalah organisme mesofilik yang dapat

p ada p em b e n ih an ikan le le ( Clar ias gar iepinus ) t umbuh pada kisaran suhu 4-40º C dan kisaran pH 3-9,

de ngan sist em air t e rt u t up ( close wat er syst em ). t et api o pt imal pad a suhu 30º C dan pH kisaran 6-7

Journal of Aquacult ure Science, 2(4), 81-89. (Lebuhn et al ., 2000).

Bad jo e ri, M. & Wid iyan t o , T. (2 0 0 8 ). Pe n ggu n aan Berdasarkan hasil seleksi dan karakt erisasi bakt eri

b a k t e r i n it r ifik a s i u n t u k b io r e m e d ia s i d a n nit rifikasi dan denit rifikasi, dipero leh masing-masing

pe ngaruhn ya t erhad ap ko nsent rasi amo nia d an

e m p a t is o la t s e b ag a i k a n d id at p r o b io t ik u n t u k nit rit di t ambak udang. Oseanologi dan Limnologi di p e n ge n d alian se n yawa n it ro ge n p ad a lin gku n gan

Indonesia, 34(2), 261-278.

budidaya ikan. Hasil yang sama juga t elah dilakukan Bat h e , S., Ach o u ak, W., Hart m an n , A., He u lin , T., o leh Saput ra et al. (2011) yang mengiso lasi bakt eri

Schlo t er, M., & Lebuhn, M. (2006). Gen et ic and

d e n it rifikasi d ari m u ara Su n gai Cisad a n e d e n gan pheno t ypic micro diversit y o f Ochr obact r um sp p. mem pro leh iso lat Pseudomonas aeruginosai di mana

FEM S microbiology ecology, 56(2), 272-280. dari bakt eri ini dapat berperan nit rifikasi dengan uji

Bo ck, E., Ko o ps, H.P., & Harms, H. (1989). Nit rifying couple process.

bact eria. In

H.G. Schlegel and B. Bo wien (Edit o rs), Aut o t ro phic Bact eria. Science Tech Publishers, M adi-

Berdasarkan hasil seleksi dan karakt erisasi bakt eri

son , WI, 81-96.

nit rifikasi dan denit rifikasi, dipero leh masing-masing Bo t he , H., Jo st , G., Sch lo t e r, M., Ward , B., & Karl-

e m p a t is o la t s e b ag a i k a n d id at p r o b io t ik u n t u k p e n ge n d alian se n yawa n it ro ge n p ad a lin gku n gan

Paul, W. (2000). Mo lecu lar analysis o f ammo nia o xidat io n and denit rificat io n in nat ural enviro n-

budidaya ikan. ment s. FEM S M icrobiology Reviews,

24, 673-690.

KESIM PULAN

Clesceri, L.S., Greenberg, A.E., & Eat o n, A.D. (1998). St andard Met ho ds fo r t he Examinat io no f Wat er

Berdasarkan h asil p en elit ian , d ip e ro leh b akt eri an d Wast e wa t e r. 2 0 t h Ed it io n .Am e rican Pu b lic kandidat probio tik pengendali senyawa nit ro gen pada Healt h Asso ciat io n, Washingt o n, D.C., 1325 pp. budidaya ikan air tawar dari kelompo k nit rifikasi antara

lain: Pandoraea pnomenusa strain 1318 (NP1); Pseudomo- Djo koset iyanto , D., Sunarma, A., & Widanarni. (2006). nas aer ug inosa s t r a in PSE1 2 (NP2 ); Pseudom onas

Perubahan amo nia (NH-N) nit rit (NO2-N) dan nitrat a er u g i n osa

(NO-N) pada media pemeliharaan ikan nila merah s t r a in PSE1 2 (NP3 );

Bu r k h ol d er i a

vi et na m i en si s ( Oreochromis sp.) di dalam sist em resirkulasi. s t r a in NE 7 (NP4 ) d a n k e lo m p o k Jurnal Achromobact er xylosoxidans

denit rifikasi yait u: Akuakult ur Indonesi, st rain 5(1), 13-20. TPL14 (DP1); St enot rophomonas acidaminiphila st rain

Unit ed Stat es Enviro nment al Pro t ect io n Agency (EPA). BTY (DP2); St enotrophomonas maltophilia strain BHWSL2

(1971). Met ho d 352.1: Nit ro gen, Nit art e (Co lo ri- (DP3); Ochrobact rum int ermedium st rain: SQ 20 (DP4).

met ric, Bru cine) Spect ro pho t o me t er. Fu, L.X., Yu, J.M., Cheng, Z.W., Jiang, Y.F., Chen, J.M.,

UCAPAN TERIM A KASIH

Gu , X.N., & Zhu , R.Y. (2 012 ). Charact erist ics o f Ucapan t erima kasih kami sampaikan kepada Balai Pan dor a ea d ich lo r o m e t h a n e d e g r a d a t io n b y

Riset Perikanan Budidaya Air Tawar dan Penyuluhan pnomenusa LX-1. Journal Enviromen Science, 32(7),

563-1571.

Perikanan, Bo go r yang t elah membiayai penelit ian ini melalui APBN 2013. Ucapan t erima kasih kepada Bapak

Ho gg & St uart . (2013). Essent ial M icrobiology (2 nd ed.). Herno wo dari Dinas Perikanan dan Kelaut an Pro vinsi

Wiley-Blackwell . 86 p.

Ja m b i d an Ba p a k Ha s ib e n d a r i Din a s Pe r ik a n a n Jun, X., Xiuzheng, X., & To ngbing, Y. (2000). Phyxico – Kabupat en Kampar Pro vinsi Riau.

che mical fact o rs & b act e ria in fish po n ds. The ICLARM Quart el , 23(4), 16-20.

DAFTAR ACUAN

Ke sse ru, P., Kiss, I., Bihari, Z., & Po lyak, B. (2 002 ). Ag u s t iyan i, D., Kayad o e , R.M., & Im am u d d in , H.

The effect s o f NaCl an d so me heavy met als o n (2010). Oksidasi nit rit o leh bakt eri het ero t ro fik

t h e d e n it r ific a t io n a ct ivit y o f Ochr ob act r um pada ko ndisi aero bik. Jurnal Biologi lndonesia, 6(2),

ant hropi Journal of basic microbial, 42(4), 268-276. 265-275.

Khasani, I. (2008). Isolasi dan skrining bakteri nitrifkasi An zai, Y., Kim , H., Park, J.Y., Wakvab ayash i, H., &

s e r t a a p lik a s in ya p a d a b io filt r a s i m e d ia Oyaizu, H. (2000). Phylo genet ic affiliat io n o f t he

pe meliharaan lar va ud ang galah M acrobr achium pseudo mo nads based o n 16S rRNA sequence. Int

d e Man. Jurnal Riset Akuakult ur, 3(3), J Syst Evol M icrobiol,

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534

Isolasi dan karakterisasi bakteri nitrifikasi dan denit rifikasi ..... (Yosmaniar)

Kum ar, V.J.R., Sukum aran , V., Achu t han , C., Jo sep h, Rusmana, I. (2003). Nit ro us o xida fo rmat io n in bac- V., Ph ilip , R., & Sin gh , S.B. (2 0 1 3 ). Mo le cu lar

t eria. Journal M icrobiology Indonesia , 8, 63-66. charact erizat io n o f t he n it rifyin g bact erial co n-

Rusmana, I. (2006). Gaseo us and pro duct s o f nit rat so rt ia emplo yed fo r t he act ivat io n o f bio react o rs

and nit rit reductio n by denitrifying pseudo mo nads used in brackish and marine aquacult ure syst ems.

is o la t e d fr o m e s t u a r in e s e d im e n t . Ju r n a l Int ernat ional Biodet eriorat ion & Biodegradat ion , 78,

M ikrobiologi Indonesia , 11(2), 63-66. 74-81.

Ryan , R.P., Mo n ch y, S., Card inale , M., Tagh avi, S., Leb u hn , M., Acho u ak, W., Schlo t e r, M., Be rge, O.,

Cro ssman, L., Aviso n, M.B., Berg, G., Van der Lelie, Meier, H., Barakat , M., & Heulin, T. (2000). Taxo -

D., & Do w, J.M. (2009). The versat ilit y and adap- no mic charact erizat io n o f Ochrobact rum sp. iso -

fr o m the genus lat e s fro m so il sam p les an d wh e at ro o t s, an d

de script io n o f Ochrobact r um t rit ici sp. n o v. an d Mo cro bio lo gy. Macmillan Publishers Limit ed , 7, Ochrobact rum grignonense sp. Int ernat ional Journal

514-525.

of Syst emat ic and Evolut ionary M icrobiolog, 50(6), Sanders, E.R. (2012). Asept ic labo rat o r y t echniques: 2200-2207.

Plat ing met ho ds. Journal of Visualized Experiment s , Lo ng, A., Heit man, J., To bias, C., Philips, R., & So ng,

(63), 3064.

B. (2 0 1 3 ). An a m m o x, d e n it r ifica t io n , a n d So gin, M.L., Mo rriso n, H.G., Huber, J.A., Welch, D.M., codenit riflcatio n in agricult ural so ils . Appl. Environ.

Huse, S.M., Neal, P.R., Arriet a, J.M., & Herndl, G.J. M icrobiol, 79(1), 168-176.

(20 06). Micro bial diversit y in t he deep sea and Mahm o o d, Q., Hu, B., Cai, J., Zhen g, P., Azim, M.,

t he underexplo red”rare bio sphere”. Pro ceedings Jila n i, G., & Is la m , E. (2 0 0 9 ). Is o la t io n o f

o f t he Nat ional Academy o f Sciences o f t he Unit ed Ochrobact rum sp. QZ2 fro m su lfid e an d n it rit e

St at es o f America, 103, 12115–12120. t r e a t m e n t s ys t e m . Jour nal of H azar dous M a-

Bo o n a p a t h ch a r e o n , N. , t erials, 165(1), 558-565.

So m b a t jin d a ,

S.,

Ru e n g jit c h a t c h a w a lya , M., Wa n t a w in , C. , March e s i, J.R., Sa t o , T., An d re w, T., We ig h t m an ,

Wit h yach u mn arn ku l, B., & Te chkarn jan aruk, S. Mart in , T.A., Fr y, J.C., Hio m, S.J., & Wade , W.G.

(2011). Dynamics o f micro bial co mmunit ies in an (1998). Design and evaluat io n o f useful bacterium-

eart hen shrimp po nd during t he shrimp gro wing specific PCR p rimers t h at amplify genes co ding

perio d. Environment and Nat ural Resources Research , fo r bact erial 16S-rRNA. App Env of M icrobi, 64(2),

1(1), 171-180.

795-799. Syahput ra, K., Rusmana, I., & Widyast ut i, U. (2011). Mat su zaka, E., No mu ra, N., & Mased a, H. (2 0 0 3).

Is o lasi d an kar ak t e r is asi b akt e r i d e n it r ifika si Part icipat io n o f nit rit e redu ct ase in co nversio n

se bagai age n b io reme diasi nit ro gen an o rganik. o f NO2 - t o NO3 - in a h e t e ro t ro p h ic n it rifie r,

Jurnal Riset Akuakult ur , 6(2), 197-209. Burkho lderia cepacia NH-17, wit h denit rificat io n

Wid iyan t o , T. (2 00 6 ). Seleksi bakt er i nit r ifikasi dan act ivit y. M icrobes Environ , 18, 203–209.

denit rifikasi unt uk bioremediasi di t ambak udang . Michaud, L., Blanchet o n, J.P., Bruni, V., & Piedrahit a,

Disert asi. Seko lah Pasca Sarjana Inst it ut Pert anian R. (2006). Effect o f part iculat e o rganic carbo n o n

Bo go r, 121 hlm.

het ero t ro phic bact erial po pulat io ns and nit rifica- Yan t o s. (2 0 1 6 ). Ke b ijakan p e m e rin t ah Kab u p at e n t io n e fficien cy in b io lo gical filt ers. Aquacult ur al

Kampar t erh adap peningkat an daya sain UMKM Engineering , 34, 224-233.

Desa Ko t o Mesjid dalam menghadapi masyarakat No vit a, L., Ru s m an a, I., & W id iya n t o , T. (2 0 1 4 ).

2 7 (1 ), St rukt ur pengo ksidasi ammo nia berdasarkan gen

e k o n o m i ASEAN (MEA). Jur nal Risal ah,

32-45.

amo A di sit u Sawangan Bo jo ngsari, Jawa Barat . Yo o n , J.H., Kan g, S.J., Oh, H.W., & Oh, T.K. (20 06 ). Limnot ek , 21(1), 74-86

Stenotrophomonas dokdonensis sp. iso lated fro m so il. Pat ra, S., Das, T.K., Gho sh, S.C., Sarkar, D., & Jan a,

Int . J. Syst . Evol. M icrobiol , 56, 1363–1367.

B.B. (2 01 0). Cad mium t o le rance an d ant ib io t ic Yu, J., Cai, W., Cheng, Z., & Chen, J. (2013). Degrada- resist ance o f Pseudomonas sp. iso lat ed fro m wa-

t io n o f d ich lo ro m et h ane b y an iso lat e d st rain t er, slu dges, and fish raised in wast ewat e r-fe d

Pandor aea pnomenusa and it s p erfo rm an ce in a t r o p ical p o n d s. Indian Jour nal of Exper im ent al

bio t ricklin g filt er. Journal Enviroment Science , 1 3, Biology , 48, 383-393.

1-23.

Ro dina, G.A. (1972). M et hode in aquat ic microbiology . Yuhana, M. (2010). Agen bio ko nt ro l dalam akuakultur: Dalam Rit a RC. Machael S. edit o r: Universit y Park

Pro duksi dan aplikasinya. Jurnal Akuakult ur Indo- Press. Balt imo re USA, 461 pp.

nesia , 9(1), 16–20.

378

Co p yright @ 2 017 , Ju rnal Riset Akuaku ltu r, e-ISSN 250 2-65 34