this PDF file Filogenetik Jenisjenis Annonaceae dari Jawa Timur Koleksi Kebun Raya Purwodadi Berdasarkan Coding dan Noncoding sekuen DNA | Lestari | Journal of Tropical Biodiversity and Biotechnology 1 PB
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
, 1—7
Jou al of T opi al Biodi e sit a d Biote h olog
jou al ho epage: htp://jt
.o .id
Filoge eik Je is-je is A o a eae dari Ja a Ti ur Koleksi Ke u
Raya Pur odadi Berdasarka Codi g da No -codi g sekue DNA
De i A u Lesta i *, Rodi ai Az ia i gsih , He d ia
Pu odadi Bota i al Ga de LIPI, Jl. Ra a Su a a a–Mala g K . , Pu odadi, Pasu ua , Ja a Ti u
Depa t e t of Biolog , Fa ult of Mathe ai s a d Natu al S ie es, U i e sitas B a ija a, Mala g, Ja a Ti u
Ci odas Bota i al Ga de LIPI, PO BOX. Sdl. Si da gla a, Cipa as, Cia ju , Ja a Ba at
*Co espo di g autho . Tel.: +
. E ail: hu a g_dee@ ahoo. o.id, de i
@lipi.go.id
ARTICLE INFO
ABSTRACT
A i le histo :
Re ei ed / /
Re ei ed i e ised fo
A epted / /
A
/
/
.
JTBB
odadi Bota i Ga de
spe ies ide ii aio
u a aila ilit of
ased o
A
ole ula data to suppo t ide ii aio
o a eae spe ies f o
ased o
.
ph loge ei of
odadi Bota i Ga de
fa il of Mag olia eae. Mate ials fo DNA a al sis
se ue i g a d data a al sis
ith Ma i u
addiio , the
o phologi al ha a te s
ased o
o a eae spe ies used i this stud a e
e e p o essed th ough DNA e t a io , DNA a plii aio
/jt
East Ja a e ou te ed
ha a te s. I
of this esea h is to dis e
East Ja a olle io s of Pu
a d o - odi g se ue e DNA. A
outg oup f o
olle io s f o
o phologi al
hi de s a u ate ide ii aio of spe ies. The ai
Ke o ds:
A o a eae
odi g DNA
o - odi g DNA
ph loge ei
DOI:
©
o a eae spe ies of Pu
p o le s i
odi g
spe ies, i ludes
e e ou g lea es
hi h
th ough PCR te h i ue, DNA
Likelihood ML , Ma i u
Pa si o
MP a d
Neigh ou -Joi i g NJ
ethod a al sis. The esults sho
t o su fa ilies, i.e. A
o oideae a d Mal eoideae. The topolog of ph loge ei t ee f o
th ee DNA
ole ula
that ph loge ei t ee is di ided i to
a ke sho s that o - odi g se ue e DNA t L-F
ole ula
a ke
has the est g oupi g of elaio ship a d e a le to e plai the elaio ship et ee spe ies of
A
o a eae tha
t L-F t ee is e
t ee is high
-
La d
atK
,
Ra a
Pu
ko se asi e -situ a g
a ggota suku A
odadi
KRP
adalah
e gkoleksi e agai je is tu
o a eae
a g
Papua, Nusa Te gga a da
Ja a Ti u . Koleksi je is
ide iikasi je is
u ul sehi gga
e dasa ka
e jadi ke dala u tuk
ka akte
o fologi, ada a
a iasi pada e e apa je is te te tu se ta
ju lah spesi e tu
takso
uha
je is. Be dasa ka
pada spesi e
ide itas a
e iliki
asalaha , dia ta a a ka akte ge e aif a
idak sepe uh a
i gkata
uha
da Bu u ,
o a eae a g e asal da i Ja a Ti u di KRP
e e apa pe
aga
e asal da i Kali a ta ,
Sula esi, Su at a Riau , Maluku Pulau Se a
A
le
tu
a g elu
pe
uha
asih a ak a
te ide iikasi hi gga
asalaha
a g
te se ut, posisi
elu
e jadi idak jelas. Me u ut
a
%
-
a ke as odi g se ue e DNA. Bootst ap alue of
hile
L is e
eak to
eak
% a d
-
atK
%.
. Pe dahulua
Ke u
ole ula
eak to high
Kessle
I te aio al
e ataka
ka akte
,
Pi a i
ah a ide itas je is A
Bio e sit
Olo ode
o a eae e dasa ka
o fologi dapat diketahui da i ka akte
uah a. Be e apa je is koleksi tu
KRP
,
se ta Folo u so da
e gala i pe
u gaa
uha
u ga da
A
o a eae di
a u idak e hasil
e jadi
uah. Se e ta a itu, ide iikasi
e dasa ka
o fologi idak ukup
u ga saja tetapi juga
elalui ka akte
ha us dise tai oleh ka akte
ke i gu ga dala
uah. Hal i i a g
e e a ka
e gu gkap ide itas je is a, sehi gga
dipe luka a alisis hu u ga keke a ata
Pe
ka akte
asalaha
te se ut
elakuka
a alisis
hu u ga
diketahui
iloge eik.
Pe e tua
je is
Heusde
iloge eik
e pe i
dapat
elalui iloge eik.
diatasi
keke a ata
e dasa ka
de ga
elalui
pe dekata
a gka i gkata e olusi da sa gat
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
pe i g
te uta a
pe gklasiikasia
agi
a
. Pe a da
, 1—7
taksa-taksa
asih
olekule
a g
katego i
e gala i pe de ata
Ras o i,
Tujua
da i a alisis i i adalah u tuk
ka akte
o fologi dala
e gko i
e iliki data
outg oup
suku
Mag olia eae
a g diuji
dipe lakuka
aitu isolasi DNA, a pliikasi DNA
elalui teh ik PCR, sekue si g DNA da a alisis data.
asi data
olekule u tuk
e guji klasiikasi se a a ko e sio al
o fologi da
asuk
elalui e e apa tahapa
o - odi g DNA.
o a eae
p oses ide iikasi je is a g telah
ada. Disa pi g itu, KRP elu
A
Mate ial sa pel je is-je is A
te
a g digu aka adalah sekue
DNA klo oplas a g te di i da i odi g da
. . Ca a Ke ja
elu
. . . Isolasi DNA
Isolasi DNA te hadap
elalui ka akte
pe ah dilakuka
pada je is-je is
o a eae di Ja a Ti u . Pe ggu aa sekue DNA se agai
da
je is Mag olia eae
T i eth l A
o iu
je is A
o a eae Ja a Ti u
e ggu aka
B o ide
etode CTAB Ceth l
e gikui p osedu Fat hi ah
a g aku at u tuk
dkk.
. Ju lah pellet DNA a g dipe oleh dila utka
ide iikasi da disk i i asi suatu je is Holli gs o th dkk.,
dala
μl ufe TE T is EDTA pH , . Pe lakua sa pel
pe a da
olekule
e upaka
aa
. Sekue DNA klo oplas a g digu aka adalah
atK u tuk odi g DNA se ta t L-F
DNA Pi ie dkk.,
)hou dkk.,
; )hou dkk.,
; Ta g dkk.,
a; Ta g dkk.,
You g da de Pa philis,
. Ge
;
da
a pu
; Ba thet da Hilu,
. Ge
Ohsako da Oh ishi,
e upaka ge klo oplas a g i fo
e u jukka
hu u ga
aif
a ta je is sehi gga
sa gat o ok digu aka dala
ide iikasi hi gga i gkata
je is, u ipa e tal
e deteksi hi gga i gkata
aupu
hi ida khusus a pada
Oleh ka e a itu, ge
te i ggi di a di g
dkk.,
atK+
atK da
dala
L Hogga d dkk.,
DNA klo oplas da i ga u ga
a ode u tuk
kelo pok tu
uha
e
A giospe
kelo pok
da i pe eliia
e ggu aka
o a eae
edaka
ka akte
da i
Ja a
odi g da
pe ggu aa
sekue
o a eae dala
DNA
Ti u
pada
koleksi
de ga
o - odi g sekue DNA. Hasil a g
dapat digu aka
DNA
P og a
a
i
ko se t asi
p ole se a ak ,
p ole se a ak ,
a
e gggu aka
μl da
alat PCR the
e eda- eda. P og a
°C sela a
°C sela a
eali g u tuk
°C sela a
°C sela a
de atu asi pada suhu
°C sela a
olekule
°C sela a
e it, a
e it, ekste si pada suhu
se a ak
siklus ;
’-GATTCAAAGCTGGTGTTAAAGAGT- ’ da
eali g u tuk pe a da
suhu
. . Alat da Baha
sekue
e it; de atu asi pada
olekule
’-CTAATACCTCACCCCGTCCATCTG- ’
°C sela a
e it diula g
siklus ; ekste si akhi pada suhu
e
a a hijau
je is Ta el
a ta a pukul
uda hi gga hijau keku i ga
. Pe ga
.
ate ial dau
uda
seju lah
ila sa pel dilakuka pada pagi ha i
sa pai de ga
.
WIB.
da i pe a da
°C sela a
atK adalah
da
e ataka
olekule
R
digu aka p e-de atu asi pada suhu
°C sela a
ah a u uta
da
TGGGGATAGAGGGACTTGAACC- ’. P og a
’-
a; Ta g
t L-F adalah
GACGCTACGGACTTGATTGGATT- ’
de atu asi pada suhu
’-
atK adalah p e-
°C sela a
. )hou dkk.
R
. P og a
eali g pada suhu
e it. U uta sekue da i pe a da
dkk.,
deik,
e it de ga u uta
GGGGCGGACCCTGGAAAGTCT- ’ Su dkk.,
a
°
deik, ekste si pada
e it diula g se a ak
ekste si akhi pada suhu
. Baha da Metode
e upa
al
L adalah p e-de atu asi pada suhu
e it; de atu asi pada suhu
F
a
CTGTCCGGTTGGACCACAAGTAA- ’ Ta g dkk.,
Sa pel pe eliia
, μl
eali g saat a pliikasi DNA u tuk seiap
eali g pada suhu
suhu
F
o fologi.
a;
a ua idesh
le.
se agai dasa
a g tepat u tuk je is-je is
Ta g dkk.,
pe a pu a
ad
sa pel DNA. A pliikasi
e duku g p oses ide iikasi je is
e dasa ka ka akte
e e se
C sela a
je is-je is
KRP
μl, p i e fo
a ta a
i i adalah u tuk ide iikasi
sekue
dipe oleh diha apka
A
μl, p i e
sekue
Tujua
e
se a ak ,
olekule
o - odi g DNA pada
ddH O se a ak , μl, la uta PCR
olekule
ae Watoo dkk.,
pe a da
μl la uta
, dilakuka
pe a da
.
A
seiap sa pel DNA. Seiap
Ta g dkk.,
; Che
esa
e ggu aka
odi g DNA da t L-F
olekule
ate
se agai pe a da
edaka
L
pe a da
e pu ai su situio
L diketahui dapat digu aka
olekule
atK,
a ga Gau a da i suku O ag a eae .
t L-F
. Sekue
A pliikasi DNA
atu ase pada klo oplas
a alisis hu u ga keke a ata
. Ge t L-F
. . . A pliikasi DNA de ga tek ik PCR
atK dapat
e upaka ge klo oplas a g pali g a ak digu aka
dala
°C.
o - odi g
; Su dkk.,
; Chao asku da Keβle ,
e gkode kelo pok II i t o
L
u tuk
; Cou eu dkk.,
DNA pe eliia u tuk ja gka pa ja g disi pa pada suhu -
L da
F
R
a
eali g
°C sela a
deik, a
’’a g
e it;
eali g pada
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
Ta el . Je is-je is A
No
o a eae koleksi KRP da i Ja a Ti u Lesta i i dkk.,
Je is
No voucher
Lokasi
Asal
A
P
IV.A.I.
Ja a Ti u
P
XVIII.C.
P igi, T e ggalek
A o ia thus dul is Du . J. Si el
P
XVIII.C.
Pulau Ba ea
Mit epho a pol p e a Blu e Mi
P
XVIII.C.
Mt. Kukusa , Lu aja g
A ta ot s lu ei Hook.f. & Tho so
Stele ho a pus u ahol Blu e Hook.f. & Tho so
Pol althia late ilo a Blu e Ki g
P
XVIII.C.
Se da g i u, Mala g
P
XVIII.C.
Co ek, Pu
P
XVIII.C.
Situ o do
Mit epho a ei ulata Blu e Hook.f. & Tho so
P
XVIII.C.
Pulau Se pu
U a ia s hizo al
P
XVIII.C.
Ba u a gi
P
XVIII.C.
Pulau Se pu
XVIII.C.
Me u Bei i, Ba u a gi
o a sp.
Sa opetalu
ho sieldii Be
.
Ba k.
Popo ia sp.
ea d a Blu e
P
O ophea e
ea d a Blu e
P
XVIII.C.
Le akha jo, Mala g
P
XVIII.C.
La a g, Mala g
Du . Me .
P
XVIII.C.
Tu a
A ta ot s u i atus La . Me .
P
XVIII.C.
Ngli ep, Mala g
Mit epho a sp.
P
XVIII.C.
Ba u a gi
Mit epho a ja a i a Ba k
P
XVIII.C.
Tu pak, Mala g
P
XVIII.C.
Blita
P
XVIII.C.
Tu pak, Mala g
o a
u i ata L.
Fissisig a laifoliu
U a ia o a a Teijs . & Bi
O
.
it a sp.
U a ia ufa Blu e
P
XVIII.C.
TN. Balu a , Situ o do
Pseudu a ia ei ulata Blu e Me .
P
XVIII.C.
Te pu sa i, Lu aja g
U a ia pu pu ea Blu e
P
XVIII.C.
Jolo Sut o, Blita
Pol althia sp.
P
XVIII.C.
Su e ep, Madu a
O ophea e
P
XVIII.E.
Te pu sa i, Lu aja g
O ophea he a d a Blu e
P
XVIII.E.
Ba u a gi
Miliusa
P
XVIII.E.
TN. Alas Pu
ea d a Blu e
a opoda Mi .
o, Ba u a gi
Meiog e
li d o a pa Bu k Ba k.
P
XVIII.E.
TN. Balu a , Situ o do
Meiog e
li d o a pa Bu k Heusde
P
XIX.B.I.
TN. Alas Pu
Mag olia a dolli Blu e H.Ke g
P
XVIII.D.II.
Le akha jo
Mi helia ha pa a L. Baill. E Pie e
P
XIV.G.I.
Mala g
°C sela a
deik, ekste si pada suhu
deik diula g se a ak
suhu
odadi
O ophea e
A
suhu
, 1—7
°C sela a
°C sela a
siklus ; ekste si akhi pada
a alisis e dasa ka
de ga
. . . Sekue si g DNA
Sekue si g DNA dilakuka u tuk
e getahui sekue
DNA da i sa pel DNA hasil a pliikasi. Sa pel DNA
La o ato iu
e ggu aka auto ai se ue e
a hi e di
staisik MEGA .
dkk.,
. Pe a di ga
te se ut
e ggu aka
Pa si o
ilai ootst ap
0–
MP
e ggu aka
Ta u a dkk.,
a ta a keiga
ilai ootst ap
e guji aliditas topologi da i poho
le ah
st-Base, Mala sia.
pa a ete K P
etode algo it a Neigh ou -Joi i g NJ , Ma i u
Likelihood ML da Ma i u
e it.
p og a
disekue si g
odel e olusi Ki u a
o, Ba u a gi
elipui i ggi ˃
; Pat a dha
etode algo it a
ula ga u tuk
iloge eik. Katego i
%,
% , atau sa gat le ah <
ode at
%
0–
%,
K ess dkk.,
.
. . . A alisa Data
E aluasi data sekue
p og a
sekue
alig
ABI se ue e s a
DNA. Poho
e t
A
o a eae
e u tuk
e getahui kualitas
iloge eik dihasilka
e ggu aka
p og a
e ggu aka
elalui p oses
Clustal W, dila jutka
. Hasil da Pe
ahasa
Topologi poho iloge eik a g dapat dite i a dala
iosiste aika apa ila
ada polito i,
e sifat
o oileik, dikoto , idak
e iliki ilai ootst ap a g i ggi se ta klad
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
, 1—7
a g te e tuk ko siste da kokoh. Kelo pok
ha a
e pu ai satu leluhu da
e asal da i leluhu te se ut. Hal i i
a ggota dala
hu u ga
kelo pok
selu uh ketu u a
a g sa gat dekat se ta diasu sika
Pa o o,
sekue DNA
e u jukka
iloge eik dala
klad I da A
a
aik
Be dasa ka
odi g da
kladog a
klad esa
le ah
agia poho
-
a g i ggi
aitu su -suku Mal eoideae
t L-F
o oideae klad II . Klad I te di i da i a ggota
% da
hi gga i ggi
t i us
i ggi ditu jukka
X lopiae,
A
o eae
o oideae te golo g dala
e ep ese tasika
-suku
Mal eoideae
da
U a iae.
Su -suku
Lo g B a h Clades LBC
% da i di e sitas je is A
e upaka
siste
A
a g
da i
da
; Pi ie da
Do le,
ah a
ilai
ootst ap pada seiap
odi g sekue
DNA
atK
e iliki kisa a
% . Seda gka
ilai ootst ap
o - odi g sekue
% . Se a a u u ,
ilai
DNA
-
ootst ap
e ggu aka
pe a da
L a d t L-F Ri ha dso dkk.,
etode a alisis A Ma i u
%
a g
oleh kelo pok LBC da i su -fa ili
olekule
.
su -suku
Ga ar . Kladog a je is-je is A o a eae te pilih e dasa ka
Neigh ou -Joi i g; I = Mal eoideae da II = A o oideae
L
ootst ap a g le ah hi gga sa gat
o oideae khusus a
DNA
o a eae. Su
a ioideae
e iliki ilai ootst ap a g sa gat le ah
da i t i us Miliuseae, seda gka klad II te di i da i a ggota
A
A
dkk.,
e aluasi da i
ilai
-
Sho t B a h
.
e u jukka
e iliki kisa a
o - odi g
% da i di e sitas
siste da i kedua su -suku
su -suku
; Chat ou dkk.,
.
ah a te dapat pe
adalah
A a ago eoideae Ri ha dso
a a
Topologi poho iloge eik a g dihasilka da i keiga
etode a alisis Ga
Clades SBC . Basal g ades da
ioki ia a g sa a Hida at da
; Raha u da Nug oho,
e ep ese tasika
o a eae, sehi gga te golo g dala
te se ut
e iliki
e
o oideae da
je is A
a
e e a ka a ggota-
o oileik dia ggap
sifat atau pola ge eik da
A
o oileik
Pa si o , B Ma i u
Likelihood, C
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
Ta el . Hasil a alisis poli o is e sekue DNA da i keiga pe a da
Pe a da
Ju lah karakter hasil
alig e t
olekuler DNA
, 1—7
olekule DNA.
Ju lah karakter
terko ser asi
Ju lah karakter
si gleto e
Ju lah karakter
i for aif parsi o i
L
atK
t L-F
Pe gelo poka
elalui pe a da
sekue
de ga
e ggu aka
olekule DNA
DNA ,
e
e ika
odi g da
kele iha
pe gelo poka
e ggu aka ka akte
pe gelo poka
a g
u u
a
sali g
ka akte
e ika
e iliki
iloge eik
a g
digu aka
ka akte
di i i alisi .
esa
ka akte
ootst ap
asalaha
e ja a
o fologi. Suatu pe a da
a g le ih
a
aik dala
Pi ie dkk.,
e
olekule DNA
poho
o - odi g sekue
iloge eik
ka akte
a g te ko se asi, si gleto e da
ka akte
Be dasa ka
. Ka akte
si gleto e
ta el
a g dia ai
elipui
aif
e dah a
ilai
aif
pa si o i.
ah a
o - odi g
te se ut
e pe ga uhi
ootst ap pada topologi poho
odi g sekue
aupu
e
u tuk
a ta
e ika
ko t i usi a g
asi g- asi g
e ataka
DNA
iloge eik
DNA sepe i
ko t i usi dala
atK ha a
e
a pu
e
edaka
a ta
a ga
L
e ika
i gkat
%.
edaka
L.
esolusi
. Disa pi g itu,
L idak ukup a ia el da
a ta
a aitu
a ga
e upaka pe a da
u i e salitas a i ggi a u
aupu
je is
a g
esolusi a e dah, seda gka
u i e salitas
a ta a kedua a
e
Ko
edaka
atK
olekule
e dah
a u
e iliki
esolusi i ggi dia ta a je is-je is a g e eda. Ko
L+ atK
dapat
e
i asi
a tu dala
seju lah je is te te tu Watoo dkk.,
i asi pe a da
a ak le ih
.
olekule DNA de ga ju lah a g le ih
aik dala
e ghasilka
topologi poho
o a eae,
esa dala
pe isaha
E ke s
asih sa gat la il. Se aki
DNA
a g digu aka
elakuka
ko i
asi ide iikasi je is ta a a
Topologi poho
ilai
olekule DNA
t L-F
L
e
a pu
A
ah a o - odi g sekue DNA
e ika topologi poho iloge eik te aik se ta
e u jukka
hu u ga
a ta
o a eae di a di g odi g sekue DNA
je is
L da
dala
atK .
a u
klad
U apa Teri a Kasih
U apa
te i a kasih disa paika
a pu
Ris a Adi a i Ra h a
hu u ga
te te tu
iloge eik da i keiga pe a da
e u jukka
Ka asis a LIPI a g telah
pe gelo poka
upa a dala
. Kesi pula
dkk.
e ika
aka
esa .
olekule da i odi g sekue
e
a ak pe a da
olekule
aif
e e a ka
suku A
su -suku.
ah a pe a da
DNA sepe i
di a di gka
se aki
e jelaska hu u ga a ta je is
a ga di dala
e ghasilka
i ggi
olekule DNA da i odi g sekue DNA
atK ha a sedikit
T idi e is
o a eae
ta a a
i fo
ootst ap a e dah sehi gga klad a g te e tuk ku a g
kokoh. Pe a da
e ggu aka t L-F pada je is A
dala
e
e u jukka
da
a g di e tuk. Ba ak a ka akte si gleto e da i fo
pa si o i pada
da
le ih
e iliki ju lah ka akte si gleto e da
ka akte
agi kelo pok
iloge eik ka e a a ode a g digu aka pada je is-je is
aif pa si o i pali g sedikit di a di g odi g sekue
Kedua
ah a
a g e sifat poli o ik te di i
dapat diketahui
sekue DNA t L-F
u tuk
i fo
e
Se a a u u , odi g sekue DNA lai
asi g- asi g
olekule DNA. Ka akte
pa si o i Ta el
da i
DNA dilakuka
poli o is e pada
pe a da
DNA.
ko siste
atK
e getahui ka akte
i fo
ah a a alisis
.
odi g da
esolusi i ggi dala
ke e hasila te i ggi se esa
e ika sig al se ta topologi
pe gelo poka
e u jukka
o a eae da i Ja a Ti u . Kasus lai
odi g sekue
e agai
A alisis poli o is e te hadap kladog a
da i
je is A
olekule DNA dapat
i asi de ga pe a da
a da pada u u
kasus i i
a g e dah O iz-Rod iguez dkk.,
eskipu
e dah. Topologi poho
u tuk
e ghasilka
da i klad Sap a thus da
di a di gka
o fologi
a g te kait de ga i gkata e olusi dala
digu aka se a a ko
lai
a g le ih
de ga
ilai
dapat
atK .
topologi poho iloge eik pada o - odi g sekue DNA t L
-F
, topologi da i poho iloge eik
kla iikasi
pe gelo poka
pe
pada
L da
Hasil pe eliia dala
o fologi. Masalah
da
e ghasilka
topologi poho iloge eik a g pali g aik di a di g odi g
sekue DNA
di a di gka
e te ta ga
o fologi
Me u ut Chat ou dkk.
e
o - odi g
a ak dite ui pada pola pe gelo poka
e ggu aka
olekule da i o - odi g sekue DNA t L-F
iloge eik
sedikit
keke a ata
se a a iloge eik. Be dasa ka hasil pe eliia i i, pe a da
pe eliia di la o ato iu
e
a tu dala
kepada
easis a
e da ai kegiata pe eliia i i,
a g
a ak
e
a tu sela a
da Didik Wah udi a g a ak
p oses a alisis data.
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
, 1—7
A ua
Hogga d, G.D., Ko es, P.J., Mol a , M. & Hogga d, R.K.,
The ph loge
Ba thet, M.M. & Hilu, K.W.,
, E p essio
of
i pli aio s, A e i a
Jou al of Bota
-
Bio e sit
,
I te aio al,
A
Bota
, Des ipto s fo
Mag oliales:
Miliuseae ,
fo
A
:e
, Ph loge
o a eae:
of Miliusa
Kessle
e
spe ies
Malesia, Eu opea Jou al of Ta o o
, -
, A
ates – a
,
ole ula
A
, A
o a eae i fo
ph loge ei s,
ea So iet
, -
Bota i al
.
t
ha a te s
o phologi al
a
poste io
i
Mole ula Ph loge ei s a d E oluio
,
E ke s, R.H.J., Chat ou, L.W., Maas J.W. & Pi ie M.D.,
Ph loge ei
elaio ships, satu aio
use i the Lo g B a h Clade of A
Thesis, pp
-
A
a d
A alisis,
a ga of A
Resea h Jou al of Bota
Hida at, T. & Pa o o, A.,
da pe a a
u tuk
a dala
e i gkatka
kualitas
a gg ek, Ju al Ag oBioge
,
su
-
e
.
-
. DOI:
, Mole ula
Biolog
,
the
.
/
a ke s i
- . DOI:
.
/
-
.
a s, M., Bakke , F.T. &
, A ie t pa alog i the pDNA
o a eae: i pli aio s fo pla t
-
.
Pi ie, M.D. & Do le, J.A.,
ole ules: the
Jou al of the Li
Nige ia,
P i a i,
e ediaka i fo
suppo t
ole ula s ste ai s, A e i a Jou al of Bota
PT
, - .
, Kajia iloge eika
& Pé ez-
a al ses a d
.
t L-F egio i A
o phologi al
o a eae i
,
Pi ie, M.D., Va gas, M.P.B., Bote
,
, Bios ste ai studies i
o a eae II. Vegetai e a d lo al
studies of so e
ha a te isi s
.
.
,
Folo u so, A.E. & Olo ode, O.,
.
o a eae , Ph toKe s
E oluio a
a ke -
o a eae, PhD
Dasa
Fagop u
stai e, Ge es Ge ei s
, Ph loge ei
Chat ou, L.W.,
P i sip
ild
ph loge ei studies – A e ie , Ph loge ei s a d
.
Molekule :
-
t o
of a se o d spe ies of T idi e is
ph toke s.
E la gga, Jaka ta.
A
,
i
spe ies,
Pat a dha , A., Ra , S. & Ro , A.,
,
Fat hi ah, A u i gt as, E.L., Wid a i, S., & Raha u, S.,
Biologi
a d Fagop u
des ipio
.
-
odadi Bota i
Ga de , I do esia
Pol go a eae
Fa e a, M.A.,
Af i a
app oa h,
, A alpha ei al
O iz-Rod iguez, A.E., Es o a -Castella os, M.A.
als of
ap a d
appi g
.
, Nu leoide se ue e a iaio
a d S ste ai s
Sosef, M.S.M., E ke s,
othe
ole ula data, A
odadi Bota i
o phologi al
, E oluio s
gi ge s
.
-
leptopodu
.
R.H.J. & Chat ou, L.W.,
the
of the hlo oplast t K/ atK egio
, t L-F
Pte ida eae , A
Cou eu , T.L.P., Ri ha dso , J.E.,
o a eae:
,
Fagop u
/ao /
of
I situte of S ie es.
of
a ke fo DNA ide ii aio of ield
. doi:
lassii aio
Ohsako, T. & Oh ishi O.,
ed
Jou al
Callado, J.R., Fa a , D.R. & Chiou, W.L.,
Bota , -
e
Ga de , Pu
e
.
ita ioid ga etoph tes
a ga of
, The ph loge
list of pla t spe ies uli ated i Pu
Che , C.W., Hua g, Y.M., Kuo, L.Y., Ngu e , Q.D., Luu, H.T.,
is a po e ful
o a eae, T a slated Ku itzki K,
R.A., Da ai a i, J. & Fi a, A.P.,
su fa il a d t i al lassii aio of the pa t opi al
lo e i g pla t fa il
.
Lesta i i, W., Mat a i, Sulas i, T i a to, Fauziah, Lakso o,
ot, R.J., Mols, J.B., Maas, J.W.,
Sau de s, R.M.K. & Chase, M.W.,
a
J. Bot.
odo
.
-
, A
/jou al.po e.
)i gi e a eae : e ide e f o
Velze , R. & Bakke , F.T.,
o a eae su situio
Neu ig, K.M., A
A
P.J.A.,
.
K ess, W.J., P i e, L.M. & Willia s, K.J.,
Chat ou, L.W., Pi ie, M.D., E ke s, R.H.J., Cou eu , T.L.P.,
Li
. DOI:
a d
odel pe spe i e, Fe e ei o
,
as ula pla ts, Volu e , Sp i ge -Ve lag, Be li .
.
a
S.W. & Litle, D.P.,
Roh e JG, Bit i h V, eds. The sukues a d
Mal eoideae:
ith des ipio s of t o
Chat ou, L.W., Pi ie, M.D.,
.
-
Choosi g a d usi g a pla t DNA a ode, PLoS ONE
he i o a
o a he i ola Mill. , Ro e, Ital .
Chao asku, T. & Keβle , P.J.A.,
,
Holli gs o th, P.M., G aha
.
ased o ITS,
ETS, a d t L-F se ue e data, A e i a Jou al of
atK:
fu io al a d e oluio a
of Gau a O ag a eae
,
, Dai g lades
ase of A
ea So iet
, A lo isi stud
ith fossils a d
o a eae, Bota i al
,
of the A
-
.
o a eaei
the
olekule
Bea u Dist i t, East Kali a ta , I do esia, Thesis,
asi dasa
Post G aduate P og a
ge eik
e of Biolog , Bogo
Ag i ultu al U i e sit , Bogo .
Raha u, D.A. & Nug oho, E.D.,
, Biologi
olekule dala
pe spekif ko se asi, Pla ta ia, Yog aka ta.
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
Ras o i, S.,
, Spe ies
o epts:
ph loge ei ?, Flo i u da
,
h
phe ei
o
Ta g, C.C., Tho as, D.C. & Sau de s, R.M.K.,
.
-
Mole ula
Ri ha dso , J.E., Chat ou, L.W., Mols, J.B., E ke s, R.H.J. &
Pi ie, M.D.,
, Histo i al
os opolita
A
fa ilies
o a eae
a d
of
iogeog aph
of t o
lo e i g
pla ts:
a eae,
Philosophi al
T a sa io s of The Ro al So iet
B: Biologi al
S ie es
st .
Rha
,
.
. DOI:
-
A
the
a giospe
ge us
o a eae i fe ed f o
egio s,
ith
of
Pseudu a ia
,
-
.
Ku a , S.,
ge ei s
, MEGA
a al sis
e oluio a
Va
Heusde ,
usi g
likelihood,
a i u
pa si o
.
Mole ula
a giospe
of
the
ge us Go iothala us
fo
i e
s apo o phies
e oluio a
a d
hlo oplast
o a eae
DNA
putai e
egio s:
o elated
ha ges i f uit a d seed
Mole ula Ph loge ei s a d E oluio
a,
spe ies- i h
A
o pholog ,
,
-
a
lassii aio s,
.
-
, Flo e s of A
o a eae:
& Salee , M.A.,
o pholog ,
, DNA a odi g: a plii aio
a d se ue e a al sis of
egio s
i
th ee
L a d
di e ge t
Ad a e e ts i Life S ie es
dete ted i plasid ge e
atK ge o e
pla t
spe ies,
, - .
, Pu if i g sele io
atK a d la ki g i oz
pla ts, Mole ula Biolog a d E oluio
e
.
,
.
)hou, L., Su, Y.C.F. & Sau de s, R.M.K.,
ph loge ei suppo t fo a
ph loge ei s
ge us
.
,
Ta g, C.C., Tho as, D.C. & Sau de s, R.M.K.,
the
i ludi g
egio s ithi a g oup II i t o of o photos thei
a i u
dista e a d
suppo i g
lassii aio a d e oluio , BLUMEA Supple e t ,
: Mole ula e oluio a
ethods, Mole ula Biolog a d E oluio
-
of
o a eae ,
You g, N.D. & de Pa philis, C.W.,
Ta u a, K., Pete so , D., Pete so , N., Ste he , G., Nei, M. &
i fe ed
Data i B ief ,
o phologi al
ha a te e oluio , Mole ula Ph loge ei s a d
E oluio
A
,
Watoo, J.I., Salee , M.)., Shahzad, M.S., A if, A., Ha eed, A.
i e hlo oplast DNA
i te p etaio
e o st u io
easses e t of p e ious i f age e i
-
asal
o phologi al data
Go iothala us
/
, Ph loge
a d
ph loge ei
.
Su, Y.C.F., S ith, G.J.D. & Sau de s, R.M.K.,
of
.
, 1—7
U a ia
A
C athoste
, Mole ula
oade deli itaio of
o a eae , i lusi e of A o ia thus,
a,
Ellipeia,
Ellipeiopsis
Rau e hoia, S ste ai s a d Biodi e sit
-
a d
,
.
)hou, L., Su, Y.C.F., Chale
gli , P. & Sau de s, R.M.K.,
Mole ula ph loge ei s of U a ia A
elaio ships
ith
Balo ga,
,
o a eae :
Daso le a
a d
Aust alia spe ies of Melodo u , Bota i al Jou al
of the Li
ea So iet
,
-
.
, 1—7
Jou al of T opi al Biodi e sit a d Biote h olog
jou al ho epage: htp://jt
.o .id
Filoge eik Je is-je is A o a eae dari Ja a Ti ur Koleksi Ke u
Raya Pur odadi Berdasarka Codi g da No -codi g sekue DNA
De i A u Lesta i *, Rodi ai Az ia i gsih , He d ia
Pu odadi Bota i al Ga de LIPI, Jl. Ra a Su a a a–Mala g K . , Pu odadi, Pasu ua , Ja a Ti u
Depa t e t of Biolog , Fa ult of Mathe ai s a d Natu al S ie es, U i e sitas B a ija a, Mala g, Ja a Ti u
Ci odas Bota i al Ga de LIPI, PO BOX. Sdl. Si da gla a, Cipa as, Cia ju , Ja a Ba at
*Co espo di g autho . Tel.: +
. E ail: hu a g_dee@ ahoo. o.id, de i
@lipi.go.id
ARTICLE INFO
ABSTRACT
A i le histo :
Re ei ed / /
Re ei ed i e ised fo
A epted / /
A
/
/
.
JTBB
odadi Bota i Ga de
spe ies ide ii aio
u a aila ilit of
ased o
A
ole ula data to suppo t ide ii aio
o a eae spe ies f o
ased o
.
ph loge ei of
odadi Bota i Ga de
fa il of Mag olia eae. Mate ials fo DNA a al sis
se ue i g a d data a al sis
ith Ma i u
addiio , the
o phologi al ha a te s
ased o
o a eae spe ies used i this stud a e
e e p o essed th ough DNA e t a io , DNA a plii aio
/jt
East Ja a e ou te ed
ha a te s. I
of this esea h is to dis e
East Ja a olle io s of Pu
a d o - odi g se ue e DNA. A
outg oup f o
olle io s f o
o phologi al
hi de s a u ate ide ii aio of spe ies. The ai
Ke o ds:
A o a eae
odi g DNA
o - odi g DNA
ph loge ei
DOI:
©
o a eae spe ies of Pu
p o le s i
odi g
spe ies, i ludes
e e ou g lea es
hi h
th ough PCR te h i ue, DNA
Likelihood ML , Ma i u
Pa si o
MP a d
Neigh ou -Joi i g NJ
ethod a al sis. The esults sho
t o su fa ilies, i.e. A
o oideae a d Mal eoideae. The topolog of ph loge ei t ee f o
th ee DNA
ole ula
that ph loge ei t ee is di ided i to
a ke sho s that o - odi g se ue e DNA t L-F
ole ula
a ke
has the est g oupi g of elaio ship a d e a le to e plai the elaio ship et ee spe ies of
A
o a eae tha
t L-F t ee is e
t ee is high
-
La d
atK
,
Ra a
Pu
ko se asi e -situ a g
a ggota suku A
odadi
KRP
adalah
e gkoleksi e agai je is tu
o a eae
a g
Papua, Nusa Te gga a da
Ja a Ti u . Koleksi je is
ide iikasi je is
u ul sehi gga
e dasa ka
e jadi ke dala u tuk
ka akte
o fologi, ada a
a iasi pada e e apa je is te te tu se ta
ju lah spesi e tu
takso
uha
je is. Be dasa ka
pada spesi e
ide itas a
e iliki
asalaha , dia ta a a ka akte ge e aif a
idak sepe uh a
i gkata
uha
da Bu u ,
o a eae a g e asal da i Ja a Ti u di KRP
e e apa pe
aga
e asal da i Kali a ta ,
Sula esi, Su at a Riau , Maluku Pulau Se a
A
le
tu
a g elu
pe
uha
asih a ak a
te ide iikasi hi gga
asalaha
a g
te se ut, posisi
elu
e jadi idak jelas. Me u ut
a
%
-
a ke as odi g se ue e DNA. Bootst ap alue of
hile
L is e
eak to
eak
% a d
-
atK
%.
. Pe dahulua
Ke u
ole ula
eak to high
Kessle
I te aio al
e ataka
ka akte
,
Pi a i
ah a ide itas je is A
Bio e sit
Olo ode
o a eae e dasa ka
o fologi dapat diketahui da i ka akte
uah a. Be e apa je is koleksi tu
KRP
,
se ta Folo u so da
e gala i pe
u gaa
uha
u ga da
A
o a eae di
a u idak e hasil
e jadi
uah. Se e ta a itu, ide iikasi
e dasa ka
o fologi idak ukup
u ga saja tetapi juga
elalui ka akte
ha us dise tai oleh ka akte
ke i gu ga dala
uah. Hal i i a g
e e a ka
e gu gkap ide itas je is a, sehi gga
dipe luka a alisis hu u ga keke a ata
Pe
ka akte
asalaha
te se ut
elakuka
a alisis
hu u ga
diketahui
iloge eik.
Pe e tua
je is
Heusde
iloge eik
e pe i
dapat
elalui iloge eik.
diatasi
keke a ata
e dasa ka
de ga
elalui
pe dekata
a gka i gkata e olusi da sa gat
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
pe i g
te uta a
pe gklasiikasia
agi
a
. Pe a da
, 1—7
taksa-taksa
asih
olekule
a g
katego i
e gala i pe de ata
Ras o i,
Tujua
da i a alisis i i adalah u tuk
ka akte
o fologi dala
e gko i
e iliki data
outg oup
suku
Mag olia eae
a g diuji
dipe lakuka
aitu isolasi DNA, a pliikasi DNA
elalui teh ik PCR, sekue si g DNA da a alisis data.
asi data
olekule u tuk
e guji klasiikasi se a a ko e sio al
o fologi da
asuk
elalui e e apa tahapa
o - odi g DNA.
o a eae
p oses ide iikasi je is a g telah
ada. Disa pi g itu, KRP elu
A
Mate ial sa pel je is-je is A
te
a g digu aka adalah sekue
DNA klo oplas a g te di i da i odi g da
. . Ca a Ke ja
elu
. . . Isolasi DNA
Isolasi DNA te hadap
elalui ka akte
pe ah dilakuka
pada je is-je is
o a eae di Ja a Ti u . Pe ggu aa sekue DNA se agai
da
je is Mag olia eae
T i eth l A
o iu
je is A
o a eae Ja a Ti u
e ggu aka
B o ide
etode CTAB Ceth l
e gikui p osedu Fat hi ah
a g aku at u tuk
dkk.
. Ju lah pellet DNA a g dipe oleh dila utka
ide iikasi da disk i i asi suatu je is Holli gs o th dkk.,
dala
μl ufe TE T is EDTA pH , . Pe lakua sa pel
pe a da
olekule
e upaka
aa
. Sekue DNA klo oplas a g digu aka adalah
atK u tuk odi g DNA se ta t L-F
DNA Pi ie dkk.,
)hou dkk.,
; )hou dkk.,
; Ta g dkk.,
a; Ta g dkk.,
You g da de Pa philis,
. Ge
;
da
a pu
; Ba thet da Hilu,
. Ge
Ohsako da Oh ishi,
e upaka ge klo oplas a g i fo
e u jukka
hu u ga
aif
a ta je is sehi gga
sa gat o ok digu aka dala
ide iikasi hi gga i gkata
je is, u ipa e tal
e deteksi hi gga i gkata
aupu
hi ida khusus a pada
Oleh ka e a itu, ge
te i ggi di a di g
dkk.,
atK+
atK da
dala
L Hogga d dkk.,
DNA klo oplas da i ga u ga
a ode u tuk
kelo pok tu
uha
e
A giospe
kelo pok
da i pe eliia
e ggu aka
o a eae
edaka
ka akte
da i
Ja a
odi g da
pe ggu aa
sekue
o a eae dala
DNA
Ti u
pada
koleksi
de ga
o - odi g sekue DNA. Hasil a g
dapat digu aka
DNA
P og a
a
i
ko se t asi
p ole se a ak ,
p ole se a ak ,
a
e gggu aka
μl da
alat PCR the
e eda- eda. P og a
°C sela a
°C sela a
eali g u tuk
°C sela a
°C sela a
de atu asi pada suhu
°C sela a
olekule
°C sela a
e it, a
e it, ekste si pada suhu
se a ak
siklus ;
’-GATTCAAAGCTGGTGTTAAAGAGT- ’ da
eali g u tuk pe a da
suhu
. . Alat da Baha
sekue
e it; de atu asi pada
olekule
’-CTAATACCTCACCCCGTCCATCTG- ’
°C sela a
e it diula g
siklus ; ekste si akhi pada suhu
e
a a hijau
je is Ta el
a ta a pukul
uda hi gga hijau keku i ga
. Pe ga
.
ate ial dau
uda
seju lah
ila sa pel dilakuka pada pagi ha i
sa pai de ga
.
WIB.
da i pe a da
°C sela a
atK adalah
da
e ataka
olekule
R
digu aka p e-de atu asi pada suhu
°C sela a
ah a u uta
da
TGGGGATAGAGGGACTTGAACC- ’. P og a
’-
a; Ta g
t L-F adalah
GACGCTACGGACTTGATTGGATT- ’
de atu asi pada suhu
’-
atK adalah p e-
°C sela a
. )hou dkk.
R
. P og a
eali g pada suhu
e it. U uta sekue da i pe a da
dkk.,
deik,
e it de ga u uta
GGGGCGGACCCTGGAAAGTCT- ’ Su dkk.,
a
°
deik, ekste si pada
e it diula g se a ak
ekste si akhi pada suhu
. Baha da Metode
e upa
al
L adalah p e-de atu asi pada suhu
e it; de atu asi pada suhu
F
a
CTGTCCGGTTGGACCACAAGTAA- ’ Ta g dkk.,
Sa pel pe eliia
, μl
eali g saat a pliikasi DNA u tuk seiap
eali g pada suhu
suhu
F
o fologi.
a;
a ua idesh
le.
se agai dasa
a g tepat u tuk je is-je is
Ta g dkk.,
pe a pu a
ad
sa pel DNA. A pliikasi
e duku g p oses ide iikasi je is
e dasa ka ka akte
e e se
C sela a
je is-je is
KRP
μl, p i e fo
a ta a
i i adalah u tuk ide iikasi
sekue
dipe oleh diha apka
A
μl, p i e
sekue
Tujua
e
se a ak ,
olekule
o - odi g DNA pada
ddH O se a ak , μl, la uta PCR
olekule
ae Watoo dkk.,
pe a da
μl la uta
, dilakuka
pe a da
.
A
seiap sa pel DNA. Seiap
Ta g dkk.,
; Che
esa
e ggu aka
odi g DNA da t L-F
olekule
ate
se agai pe a da
edaka
L
pe a da
e pu ai su situio
L diketahui dapat digu aka
olekule
atK,
a ga Gau a da i suku O ag a eae .
t L-F
. Sekue
A pliikasi DNA
atu ase pada klo oplas
a alisis hu u ga keke a ata
. Ge t L-F
. . . A pliikasi DNA de ga tek ik PCR
atK dapat
e upaka ge klo oplas a g pali g a ak digu aka
dala
°C.
o - odi g
; Su dkk.,
; Chao asku da Keβle ,
e gkode kelo pok II i t o
L
u tuk
; Cou eu dkk.,
DNA pe eliia u tuk ja gka pa ja g disi pa pada suhu -
L da
F
R
a
eali g
°C sela a
deik, a
’’a g
e it;
eali g pada
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
Ta el . Je is-je is A
No
o a eae koleksi KRP da i Ja a Ti u Lesta i i dkk.,
Je is
No voucher
Lokasi
Asal
A
P
IV.A.I.
Ja a Ti u
P
XVIII.C.
P igi, T e ggalek
A o ia thus dul is Du . J. Si el
P
XVIII.C.
Pulau Ba ea
Mit epho a pol p e a Blu e Mi
P
XVIII.C.
Mt. Kukusa , Lu aja g
A ta ot s lu ei Hook.f. & Tho so
Stele ho a pus u ahol Blu e Hook.f. & Tho so
Pol althia late ilo a Blu e Ki g
P
XVIII.C.
Se da g i u, Mala g
P
XVIII.C.
Co ek, Pu
P
XVIII.C.
Situ o do
Mit epho a ei ulata Blu e Hook.f. & Tho so
P
XVIII.C.
Pulau Se pu
U a ia s hizo al
P
XVIII.C.
Ba u a gi
P
XVIII.C.
Pulau Se pu
XVIII.C.
Me u Bei i, Ba u a gi
o a sp.
Sa opetalu
ho sieldii Be
.
Ba k.
Popo ia sp.
ea d a Blu e
P
O ophea e
ea d a Blu e
P
XVIII.C.
Le akha jo, Mala g
P
XVIII.C.
La a g, Mala g
Du . Me .
P
XVIII.C.
Tu a
A ta ot s u i atus La . Me .
P
XVIII.C.
Ngli ep, Mala g
Mit epho a sp.
P
XVIII.C.
Ba u a gi
Mit epho a ja a i a Ba k
P
XVIII.C.
Tu pak, Mala g
P
XVIII.C.
Blita
P
XVIII.C.
Tu pak, Mala g
o a
u i ata L.
Fissisig a laifoliu
U a ia o a a Teijs . & Bi
O
.
it a sp.
U a ia ufa Blu e
P
XVIII.C.
TN. Balu a , Situ o do
Pseudu a ia ei ulata Blu e Me .
P
XVIII.C.
Te pu sa i, Lu aja g
U a ia pu pu ea Blu e
P
XVIII.C.
Jolo Sut o, Blita
Pol althia sp.
P
XVIII.C.
Su e ep, Madu a
O ophea e
P
XVIII.E.
Te pu sa i, Lu aja g
O ophea he a d a Blu e
P
XVIII.E.
Ba u a gi
Miliusa
P
XVIII.E.
TN. Alas Pu
ea d a Blu e
a opoda Mi .
o, Ba u a gi
Meiog e
li d o a pa Bu k Ba k.
P
XVIII.E.
TN. Balu a , Situ o do
Meiog e
li d o a pa Bu k Heusde
P
XIX.B.I.
TN. Alas Pu
Mag olia a dolli Blu e H.Ke g
P
XVIII.D.II.
Le akha jo
Mi helia ha pa a L. Baill. E Pie e
P
XIV.G.I.
Mala g
°C sela a
deik, ekste si pada suhu
deik diula g se a ak
suhu
odadi
O ophea e
A
suhu
, 1—7
°C sela a
°C sela a
siklus ; ekste si akhi pada
a alisis e dasa ka
de ga
. . . Sekue si g DNA
Sekue si g DNA dilakuka u tuk
e getahui sekue
DNA da i sa pel DNA hasil a pliikasi. Sa pel DNA
La o ato iu
e ggu aka auto ai se ue e
a hi e di
staisik MEGA .
dkk.,
. Pe a di ga
te se ut
e ggu aka
Pa si o
ilai ootst ap
0–
MP
e ggu aka
Ta u a dkk.,
a ta a keiga
ilai ootst ap
e guji aliditas topologi da i poho
le ah
st-Base, Mala sia.
pa a ete K P
etode algo it a Neigh ou -Joi i g NJ , Ma i u
Likelihood ML da Ma i u
e it.
p og a
disekue si g
odel e olusi Ki u a
o, Ba u a gi
elipui i ggi ˃
; Pat a dha
etode algo it a
ula ga u tuk
iloge eik. Katego i
%,
% , atau sa gat le ah <
ode at
%
0–
%,
K ess dkk.,
.
. . . A alisa Data
E aluasi data sekue
p og a
sekue
alig
ABI se ue e s a
DNA. Poho
e t
A
o a eae
e u tuk
e getahui kualitas
iloge eik dihasilka
e ggu aka
p og a
e ggu aka
elalui p oses
Clustal W, dila jutka
. Hasil da Pe
ahasa
Topologi poho iloge eik a g dapat dite i a dala
iosiste aika apa ila
ada polito i,
e sifat
o oileik, dikoto , idak
e iliki ilai ootst ap a g i ggi se ta klad
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
, 1—7
a g te e tuk ko siste da kokoh. Kelo pok
ha a
e pu ai satu leluhu da
e asal da i leluhu te se ut. Hal i i
a ggota dala
hu u ga
kelo pok
selu uh ketu u a
a g sa gat dekat se ta diasu sika
Pa o o,
sekue DNA
e u jukka
iloge eik dala
klad I da A
a
aik
Be dasa ka
odi g da
kladog a
klad esa
le ah
agia poho
-
a g i ggi
aitu su -suku Mal eoideae
t L-F
o oideae klad II . Klad I te di i da i a ggota
% da
hi gga i ggi
t i us
i ggi ditu jukka
X lopiae,
A
o eae
o oideae te golo g dala
e ep ese tasika
-suku
Mal eoideae
da
U a iae.
Su -suku
Lo g B a h Clades LBC
% da i di e sitas je is A
e upaka
siste
A
a g
da i
da
; Pi ie da
Do le,
ah a
ilai
ootst ap pada seiap
odi g sekue
DNA
atK
e iliki kisa a
% . Seda gka
ilai ootst ap
o - odi g sekue
% . Se a a u u ,
ilai
DNA
-
ootst ap
e ggu aka
pe a da
L a d t L-F Ri ha dso dkk.,
etode a alisis A Ma i u
%
a g
oleh kelo pok LBC da i su -fa ili
olekule
.
su -suku
Ga ar . Kladog a je is-je is A o a eae te pilih e dasa ka
Neigh ou -Joi i g; I = Mal eoideae da II = A o oideae
L
ootst ap a g le ah hi gga sa gat
o oideae khusus a
DNA
o a eae. Su
a ioideae
e iliki ilai ootst ap a g sa gat le ah
da i t i us Miliuseae, seda gka klad II te di i da i a ggota
A
A
dkk.,
e aluasi da i
ilai
-
Sho t B a h
.
e u jukka
e iliki kisa a
o - odi g
% da i di e sitas
siste da i kedua su -suku
su -suku
; Chat ou dkk.,
.
ah a te dapat pe
adalah
A a ago eoideae Ri ha dso
a a
Topologi poho iloge eik a g dihasilka da i keiga
etode a alisis Ga
Clades SBC . Basal g ades da
ioki ia a g sa a Hida at da
; Raha u da Nug oho,
e ep ese tasika
o a eae, sehi gga te golo g dala
te se ut
e iliki
e
o oideae da
je is A
a
e e a ka a ggota-
o oileik dia ggap
sifat atau pola ge eik da
A
o oileik
Pa si o , B Ma i u
Likelihood, C
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
Ta el . Hasil a alisis poli o is e sekue DNA da i keiga pe a da
Pe a da
Ju lah karakter hasil
alig e t
olekuler DNA
, 1—7
olekule DNA.
Ju lah karakter
terko ser asi
Ju lah karakter
si gleto e
Ju lah karakter
i for aif parsi o i
L
atK
t L-F
Pe gelo poka
elalui pe a da
sekue
de ga
e ggu aka
olekule DNA
DNA ,
e
e ika
odi g da
kele iha
pe gelo poka
e ggu aka ka akte
pe gelo poka
a g
u u
a
sali g
ka akte
e ika
e iliki
iloge eik
a g
digu aka
ka akte
di i i alisi .
esa
ka akte
ootst ap
asalaha
e ja a
o fologi. Suatu pe a da
a g le ih
a
aik dala
Pi ie dkk.,
e
olekule DNA
poho
o - odi g sekue
iloge eik
ka akte
a g te ko se asi, si gleto e da
ka akte
Be dasa ka
. Ka akte
si gleto e
ta el
a g dia ai
elipui
aif
e dah a
ilai
aif
pa si o i.
ah a
o - odi g
te se ut
e pe ga uhi
ootst ap pada topologi poho
odi g sekue
aupu
e
u tuk
a ta
e ika
ko t i usi a g
asi g- asi g
e ataka
DNA
iloge eik
DNA sepe i
ko t i usi dala
atK ha a
e
a pu
e
edaka
a ta
a ga
L
e ika
i gkat
%.
edaka
L.
esolusi
. Disa pi g itu,
L idak ukup a ia el da
a ta
a aitu
a ga
e upaka pe a da
u i e salitas a i ggi a u
aupu
je is
a g
esolusi a e dah, seda gka
u i e salitas
a ta a kedua a
e
Ko
edaka
atK
olekule
e dah
a u
e iliki
esolusi i ggi dia ta a je is-je is a g e eda. Ko
L+ atK
dapat
e
i asi
a tu dala
seju lah je is te te tu Watoo dkk.,
i asi pe a da
a ak le ih
.
olekule DNA de ga ju lah a g le ih
aik dala
e ghasilka
topologi poho
o a eae,
esa dala
pe isaha
E ke s
asih sa gat la il. Se aki
DNA
a g digu aka
elakuka
ko i
asi ide iikasi je is ta a a
Topologi poho
ilai
olekule DNA
t L-F
L
e
a pu
A
ah a o - odi g sekue DNA
e ika topologi poho iloge eik te aik se ta
e u jukka
hu u ga
a ta
o a eae di a di g odi g sekue DNA
je is
L da
dala
atK .
a u
klad
U apa Teri a Kasih
U apa
te i a kasih disa paika
a pu
Ris a Adi a i Ra h a
hu u ga
te te tu
iloge eik da i keiga pe a da
e u jukka
Ka asis a LIPI a g telah
pe gelo poka
upa a dala
. Kesi pula
dkk.
e ika
aka
esa .
olekule da i odi g sekue
e
a ak pe a da
olekule
aif
e e a ka
suku A
su -suku.
ah a pe a da
DNA sepe i
di a di gka
se aki
e jelaska hu u ga a ta je is
a ga di dala
e ghasilka
i ggi
olekule DNA da i odi g sekue DNA
atK ha a sedikit
T idi e is
o a eae
ta a a
i fo
ootst ap a e dah sehi gga klad a g te e tuk ku a g
kokoh. Pe a da
e ggu aka t L-F pada je is A
dala
e
e u jukka
da
a g di e tuk. Ba ak a ka akte si gleto e da i fo
pa si o i pada
da
le ih
e iliki ju lah ka akte si gleto e da
ka akte
agi kelo pok
iloge eik ka e a a ode a g digu aka pada je is-je is
aif pa si o i pali g sedikit di a di g odi g sekue
Kedua
ah a
a g e sifat poli o ik te di i
dapat diketahui
sekue DNA t L-F
u tuk
i fo
e
Se a a u u , odi g sekue DNA lai
asi g- asi g
olekule DNA. Ka akte
pa si o i Ta el
da i
DNA dilakuka
poli o is e pada
pe a da
DNA.
ko siste
atK
e getahui ka akte
i fo
ah a a alisis
.
odi g da
esolusi i ggi dala
ke e hasila te i ggi se esa
e ika sig al se ta topologi
pe gelo poka
e u jukka
o a eae da i Ja a Ti u . Kasus lai
odi g sekue
e agai
A alisis poli o is e te hadap kladog a
da i
je is A
olekule DNA dapat
i asi de ga pe a da
a da pada u u
kasus i i
a g e dah O iz-Rod iguez dkk.,
eskipu
e dah. Topologi poho
u tuk
e ghasilka
da i klad Sap a thus da
di a di gka
o fologi
a g te kait de ga i gkata e olusi dala
digu aka se a a ko
lai
a g le ih
de ga
ilai
dapat
atK .
topologi poho iloge eik pada o - odi g sekue DNA t L
-F
, topologi da i poho iloge eik
kla iikasi
pe gelo poka
pe
pada
L da
Hasil pe eliia dala
o fologi. Masalah
da
e ghasilka
topologi poho iloge eik a g pali g aik di a di g odi g
sekue DNA
di a di gka
e te ta ga
o fologi
Me u ut Chat ou dkk.
e
o - odi g
a ak dite ui pada pola pe gelo poka
e ggu aka
olekule da i o - odi g sekue DNA t L-F
iloge eik
sedikit
keke a ata
se a a iloge eik. Be dasa ka hasil pe eliia i i, pe a da
pe eliia di la o ato iu
e
a tu dala
kepada
easis a
e da ai kegiata pe eliia i i,
a g
a ak
e
a tu sela a
da Didik Wah udi a g a ak
p oses a alisis data.
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
, 1—7
A ua
Hogga d, G.D., Ko es, P.J., Mol a , M. & Hogga d, R.K.,
The ph loge
Ba thet, M.M. & Hilu, K.W.,
, E p essio
of
i pli aio s, A e i a
Jou al of Bota
-
Bio e sit
,
I te aio al,
A
Bota
, Des ipto s fo
Mag oliales:
Miliuseae ,
fo
A
:e
, Ph loge
o a eae:
of Miliusa
Kessle
e
spe ies
Malesia, Eu opea Jou al of Ta o o
, -
, A
ates – a
,
ole ula
A
, A
o a eae i fo
ph loge ei s,
ea So iet
, -
Bota i al
.
t
ha a te s
o phologi al
a
poste io
i
Mole ula Ph loge ei s a d E oluio
,
E ke s, R.H.J., Chat ou, L.W., Maas J.W. & Pi ie M.D.,
Ph loge ei
elaio ships, satu aio
use i the Lo g B a h Clade of A
Thesis, pp
-
A
a d
A alisis,
a ga of A
Resea h Jou al of Bota
Hida at, T. & Pa o o, A.,
da pe a a
u tuk
a dala
e i gkatka
kualitas
a gg ek, Ju al Ag oBioge
,
su
-
e
.
-
. DOI:
, Mole ula
Biolog
,
the
.
/
a ke s i
- . DOI:
.
/
-
.
a s, M., Bakke , F.T. &
, A ie t pa alog i the pDNA
o a eae: i pli aio s fo pla t
-
.
Pi ie, M.D. & Do le, J.A.,
ole ules: the
Jou al of the Li
Nige ia,
P i a i,
e ediaka i fo
suppo t
ole ula s ste ai s, A e i a Jou al of Bota
PT
, - .
, Kajia iloge eika
& Pé ez-
a al ses a d
.
t L-F egio i A
o phologi al
o a eae i
,
Pi ie, M.D., Va gas, M.P.B., Bote
,
, Bios ste ai studies i
o a eae II. Vegetai e a d lo al
studies of so e
ha a te isi s
.
.
,
Folo u so, A.E. & Olo ode, O.,
.
o a eae , Ph toKe s
E oluio a
a ke -
o a eae, PhD
Dasa
Fagop u
stai e, Ge es Ge ei s
, Ph loge ei
Chat ou, L.W.,
P i sip
ild
ph loge ei studies – A e ie , Ph loge ei s a d
.
Molekule :
-
t o
of a se o d spe ies of T idi e is
ph toke s.
E la gga, Jaka ta.
A
,
i
spe ies,
Pat a dha , A., Ra , S. & Ro , A.,
,
Fat hi ah, A u i gt as, E.L., Wid a i, S., & Raha u, S.,
Biologi
a d Fagop u
des ipio
.
-
odadi Bota i
Ga de , I do esia
Pol go a eae
Fa e a, M.A.,
Af i a
app oa h,
, A alpha ei al
O iz-Rod iguez, A.E., Es o a -Castella os, M.A.
als of
ap a d
appi g
.
, Nu leoide se ue e a iaio
a d S ste ai s
Sosef, M.S.M., E ke s,
othe
ole ula data, A
odadi Bota i
o phologi al
, E oluio s
gi ge s
.
-
leptopodu
.
R.H.J. & Chat ou, L.W.,
the
of the hlo oplast t K/ atK egio
, t L-F
Pte ida eae , A
Cou eu , T.L.P., Ri ha dso , J.E.,
o a eae:
,
Fagop u
/ao /
of
I situte of S ie es.
of
a ke fo DNA ide ii aio of ield
. doi:
lassii aio
Ohsako, T. & Oh ishi O.,
ed
Jou al
Callado, J.R., Fa a , D.R. & Chiou, W.L.,
Bota , -
e
Ga de , Pu
e
.
ita ioid ga etoph tes
a ga of
, The ph loge
list of pla t spe ies uli ated i Pu
Che , C.W., Hua g, Y.M., Kuo, L.Y., Ngu e , Q.D., Luu, H.T.,
is a po e ful
o a eae, T a slated Ku itzki K,
R.A., Da ai a i, J. & Fi a, A.P.,
su fa il a d t i al lassii aio of the pa t opi al
lo e i g pla t fa il
.
Lesta i i, W., Mat a i, Sulas i, T i a to, Fauziah, Lakso o,
ot, R.J., Mols, J.B., Maas, J.W.,
Sau de s, R.M.K. & Chase, M.W.,
a
J. Bot.
odo
.
-
, A
/jou al.po e.
)i gi e a eae : e ide e f o
Velze , R. & Bakke , F.T.,
o a eae su situio
Neu ig, K.M., A
A
P.J.A.,
.
K ess, W.J., P i e, L.M. & Willia s, K.J.,
Chat ou, L.W., Pi ie, M.D., E ke s, R.H.J., Cou eu , T.L.P.,
Li
. DOI:
a d
odel pe spe i e, Fe e ei o
,
as ula pla ts, Volu e , Sp i ge -Ve lag, Be li .
.
a
S.W. & Litle, D.P.,
Roh e JG, Bit i h V, eds. The sukues a d
Mal eoideae:
ith des ipio s of t o
Chat ou, L.W., Pi ie, M.D.,
.
-
Choosi g a d usi g a pla t DNA a ode, PLoS ONE
he i o a
o a he i ola Mill. , Ro e, Ital .
Chao asku, T. & Keβle , P.J.A.,
,
Holli gs o th, P.M., G aha
.
ased o ITS,
ETS, a d t L-F se ue e data, A e i a Jou al of
atK:
fu io al a d e oluio a
of Gau a O ag a eae
,
, Dai g lades
ase of A
ea So iet
, A lo isi stud
ith fossils a d
o a eae, Bota i al
,
of the A
-
.
o a eaei
the
olekule
Bea u Dist i t, East Kali a ta , I do esia, Thesis,
asi dasa
Post G aduate P og a
ge eik
e of Biolog , Bogo
Ag i ultu al U i e sit , Bogo .
Raha u, D.A. & Nug oho, E.D.,
, Biologi
olekule dala
pe spekif ko se asi, Pla ta ia, Yog aka ta.
J. T op. Biodi . Biote h., Vol.
Ras o i, S.,
, Spe ies
o epts:
ph loge ei ?, Flo i u da
,
h
phe ei
o
Ta g, C.C., Tho as, D.C. & Sau de s, R.M.K.,
.
-
Mole ula
Ri ha dso , J.E., Chat ou, L.W., Mols, J.B., E ke s, R.H.J. &
Pi ie, M.D.,
, Histo i al
os opolita
A
fa ilies
o a eae
a d
of
iogeog aph
of t o
lo e i g
pla ts:
a eae,
Philosophi al
T a sa io s of The Ro al So iet
B: Biologi al
S ie es
st .
Rha
,
.
. DOI:
-
A
the
a giospe
ge us
o a eae i fe ed f o
egio s,
ith
of
Pseudu a ia
,
-
.
Ku a , S.,
ge ei s
, MEGA
a al sis
e oluio a
Va
Heusde ,
usi g
likelihood,
a i u
pa si o
.
Mole ula
a giospe
of
the
ge us Go iothala us
fo
i e
s apo o phies
e oluio a
a d
hlo oplast
o a eae
DNA
putai e
egio s:
o elated
ha ges i f uit a d seed
Mole ula Ph loge ei s a d E oluio
a,
spe ies- i h
A
o pholog ,
,
-
a
lassii aio s,
.
-
, Flo e s of A
o a eae:
& Salee , M.A.,
o pholog ,
, DNA a odi g: a plii aio
a d se ue e a al sis of
egio s
i
th ee
L a d
di e ge t
Ad a e e ts i Life S ie es
dete ted i plasid ge e
atK ge o e
pla t
spe ies,
, - .
, Pu if i g sele io
atK a d la ki g i oz
pla ts, Mole ula Biolog a d E oluio
e
.
,
.
)hou, L., Su, Y.C.F. & Sau de s, R.M.K.,
ph loge ei suppo t fo a
ph loge ei s
ge us
.
,
Ta g, C.C., Tho as, D.C. & Sau de s, R.M.K.,
the
i ludi g
egio s ithi a g oup II i t o of o photos thei
a i u
dista e a d
suppo i g
lassii aio a d e oluio , BLUMEA Supple e t ,
: Mole ula e oluio a
ethods, Mole ula Biolog a d E oluio
-
of
o a eae ,
You g, N.D. & de Pa philis, C.W.,
Ta u a, K., Pete so , D., Pete so , N., Ste he , G., Nei, M. &
i fe ed
Data i B ief ,
o phologi al
ha a te e oluio , Mole ula Ph loge ei s a d
E oluio
A
,
Watoo, J.I., Salee , M.)., Shahzad, M.S., A if, A., Ha eed, A.
i e hlo oplast DNA
i te p etaio
e o st u io
easses e t of p e ious i f age e i
-
asal
o phologi al data
Go iothala us
/
, Ph loge
a d
ph loge ei
.
Su, Y.C.F., S ith, G.J.D. & Sau de s, R.M.K.,
of
.
, 1—7
U a ia
A
C athoste
, Mole ula
oade deli itaio of
o a eae , i lusi e of A o ia thus,
a,
Ellipeia,
Ellipeiopsis
Rau e hoia, S ste ai s a d Biodi e sit
-
a d
,
.
)hou, L., Su, Y.C.F., Chale
gli , P. & Sau de s, R.M.K.,
Mole ula ph loge ei s of U a ia A
elaio ships
ith
Balo ga,
,
o a eae :
Daso le a
a d
Aust alia spe ies of Melodo u , Bota i al Jou al
of the Li
ea So iet
,
-
.