Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis

  ANALISAAspergillusfumigatus DENGAN MENGGUNAKAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN KULTUR PADA SPUTUM PENDERITA BATUK KRONIS TESIS Oleh

ISRA THRISTY 097008004/BM PROGRAM STUDI MAGISTER ILMU BIOMEDIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN 2013

  ANALISAAspergillusfumigatus DENGAN MENGGUNAKAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN KULTUR PADA SPUTUM PENDERITA BATUK KRONIS TESIS DiajukanSebagai Salah Satu Syarat MemperolehGelar Magister Biomedik dalam Program Studi Magister IlmuBiomedik padaFakultasKedokteranUniversitas Sumatera Utara Oleh

ISRA THRISTY 097008004/BM PROGRAM STUDI MAGISTER ILMU BIOMEDIK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN 2013

  Judul Tesis : ANALISAAspergillusfumigatus DENGAN MENGGUNAKAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN KULTUR PADA SPUTUM PENDERITA BATUK KRONIS Nama : ISRA THRISTY Nomor Induk mahasiswa : 097008004 Program Studi :ILMU BIOMEDIK

Menyetujui,

Komisi Pembimbing

  ( dr. YahwardiyahSiregar, Phd ) ( dr. WidiRahardjo, Sp.P(K)) Ketua Anggota Ketua ProgramStudiBiomedik Dekan

(dr.Yahwardiyah Siregar, Phd) (Prof.Dr. Gontar A Siregar, Sp.PD,KGEH )

NIP. 19550807 198503 2 001 NIP. 19540220 198011 1 001 Tanggal Lulus : April 2013

  Telah diuji pada tanggal : 04 April 2013 _________________________________________________________________ Panitia Penguji Tesis Ketua : dr. Yahwardiah Siregar, Ph.D Anggota : 1. dr. Widi Rahardjo S, Sp.P (K)

  2. Prof. Dr. dr. Hadyanto Lim, M.Kes, FESC, FIBA 3. dr. Pandiaman Pandia, Sp.P (K)

  

ABSTRAK

  Batuk karena iritasi pada mukosa bronkus dapat disebabkan oleh peradangan, baik oleh bakteri, virus, dan jamur disertai dengan mukus yang banyak. Batuk akibat infeksi jamur pada paru selama ini masih merupakan penyakit yang relatif jarang dibicarakan. Bertambahnya kecepatan tumbuh jamur adalah sebagai akibat penggunaan antibiotik berspektrum luas, kombinasi dari berbagai antibiotik, serta penggunaan kortikosteroid, obat imunosuppressif lainnya dan penggunaan sitostatika, penggunaan alat-alat kesehatan invasif, juga terdapatnya faktor predisposisi yaitu penyakit kronik yang berat termasuk penyakit keganasan. Diketahui ada beberapa spesies jamur sistemik yang dapat menginfeksi manusia namun penyebab infeksi paru-paru 90% adalah Aspergilus

  

fumigatus . Penggunaan Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk mendeteksi

  DNA jamur merupakan diagnostik yang optimal karena memiliki potensial lebih sensitif dari metode kultur pada berbagai spesimen. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisa Aspergillus fumigatus dengan menggunakan PCR dan kultur pada sputum penderita batuk kronis.

  Penelitian ini menggunakan 51 sampel sputum penderita batuk kronis yang berasal dari Rumah Sakit Haji Adam Malik Medan, diteliti dengan metode deskriptif cross-sectional. Sputum diperiksa dengan menggunakan metode PCR dan dilakukan kultur sebagai gold standard pemeriksaan jamur.

  Hasil penelitian dari 51 sampel, didapati pemeriksaan PCR positif 34 sampel (66,67%), pemeriksaan PCR negatif 17 sampel (33,33%). Pada hasil kultur dijumpai kultur positif 29 sampel (56,86%), dan kultur negatif 22 sampel (43,14%). Semua hasil PCR positif memberikan kultur positif juga.

  Kesimpulan dari hasil penelitian ini lebih banyak ditemukan DNA

  Aspergillus fumigatus pada penderita batuk kronis dengan menggunakan PCR

  daripada kultur, maka penyakit jamur tidak bisa dianggap remeh. Pemeriksaan PCR dapat dipergunakan sebagai salah satu pemeriksaan jamur yang cepat, karena tidak perlu menunggu hasil kultur yang lebih lama.

  Kata kunci : Aspergillus fumigatus, Batuk kronis, Kultur, PCR

  ABSTRACT Cough due to irritation of the bronchial mucosa could caused by

inflammation, either by bacteria, viruses, and fungi along with a lot of mucus.

Cough caused by fungal infection to the lungs is rare discussed. Fungal growth could be faster as a result of the use of broad-spectrum antibiotic or combination of antibiotics, corticosteroids or other imunosuppressif drugs, sitostatika, and the use of invasive medical devices, also the presence of predisposing factors like severe chronic diseases, and malignancy diseases. There are some fungal species that can infect humans but causes of the lung infections 90% are Aspergilus

fumigatus. Using Polymerase chain Reaction (PCR) to detect fungal DNA was

optimal diagnostic because it has potentially more sensitive than culture methods

on a variety of specimens. The purpose of this study was to analize the presence of Aspergillus fumigatus using the PCR and culture method in sputum of the chronic cough’s patients.

  Samples of this study was 51 patients from Haji Adam Malik Hospital in

Medan were examined cross-sectional descriptive method. Sputum examined

using PCR and cultures as well taken as a gold standard fungal intention.

  The results were 34 were found positive PCR samples (66.67%), negative

PCR 17 samples (33.33%). In cultures found positive culture results 29 samples

(56.86%), and negative cultures 22 samples (43.14%). All positive PCR results

provide a positive culture as well.

  The conclusions of this research are found much more Aspergillus fumigatus DNA in patients sputum with chronic cough using the PCR method rather than culture, so the fungal disease can not be underestimated. PCR can be

used as a fast, because they do not need to wait for culture results that much more

longer.

  Keywords: Aspergillus fumigatus, Chronic cough, Culture, PCR

KATA PENGANTAR

  Puji syukur kehadirat Allah SWT atas berkat dan rahmatNYA sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian yang berjudul,”Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis”.

  Tesis ini merupakan salah satu persyaratan dalam memperoleh gelar Magister Ilmu Biomedik, di Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara. Dengan selesainya tesis ini, Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada : Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof. Dr. dr. Syahril Pasaribu,

  DTM&H, M.Sc (CTM), Sp.A(K), dan seluruh jajarannya atas kesempatan dan fasilitas yang diberikan untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan program Magister ilmu Biomedik, di Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

  Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Prof.dr. Gontar A.Siregar, Sp.PD,KGEH dan Ketua Program Studi Biomedik, dr. Yahwardiah Siregar, Ph.D, atas kesempatan dan fasilitas yang diberikan untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan program Magister ilmu Biomedik Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

  Rasa terima kasih yang tak terhingga dan penghargaan yang setinggi- tingginya disampaikan kepada dr. Yahwardiah Siregar, Ph.D dan dr. Widi Rahardjo, Sp.P(K) sebagai komisi pembimbing, yang dengan penuh perhatian dan kesabaran telah mengorbankan waktu untuk memberikan dorongan, bimbingan, semangat, bantuan serta saran-saran yang bermanfaat kepada Penulis mulai dari persiapan penelitian sampai pada penyelesaian tesis ini.

  Ucapan terima kasih penulis kepada seluruh Staf Pengajar Ilmu Biomedik khususnya bidang ilmu Biokimia yang telah membimbing penulis selama mengikuti program studi ini.

  Kepada Dekan FK-UISU, beserta jajarannya yang telah memberikan dana kepada penulis untuk kelangsungan pendidikan program studi pascasarjana ini. Persembahan terima kasih yang tulus dan rasa hormat penulis yang sebesarnya kepada Ayahanda tercinta H. Syafruddin,SE dan Ibunda Hj. Risnu Rama Siregar yang telah membesarkan dan memberikan kasih sayang, do’a serta semangat dan dorongan kepada penulis dalam menjalani program studi ini.

  Tesis ini khusus penulis persembahkan kepada suami tercinta Fakhrul Agung, SE, yang memberikan dorongan dan semangat kepada penulis untuk menyelesaikan program studi ini. Kepada putra tercinta Nizam Raffa Al-Rasyid dan Bima Faiz Alfarizqi, terima kasih atas senyuman dan tawa yang membuat semangat dalam menyelesaikan pendidikan ini, dan mohon ma’af kepada ananda atas waktu kebersamaan yang hilang.

  Terimakasih yang sebesar-besarnya kepada kakanda tersayang Sari Agustien, SE dan Vinny Dwi Astuty, SE (Ak) serta adinda Putri Anggraini, Ak dan keponakan-keponakan yang selalu memberikan semangat dan dorongan untuk segera menyelesaikan tesis ini.

  Terima kasih juga kepada seluruh rekan-rekan yang telah memberikan semangat, bantuan dalam menyelesaikan tesis ini. Penulis menyadari bahwa hasil penelitian ini masih perlu mendapat koreksi dan masukan untuk kesempurnaan. Oleh karena itu Penulis berharap adanya kritik serta saran untuk penyempurnaan tulisan ini. Semoga penelitian ini bermanfaat bagi kita semua. Amin.

  Medan, April 2013 Isra Thristy

  DAFTAR ISI ABSTRAK

  i

  ABSTRACT

  ii

  KATA PENGANTAR

  iii

  DAFTAR ISI

  v

  DAFTAR TABEL

  viii ix

  DAFTAR GAMBAR DAFTAR SINGKATAN

  x

  DAFTAR LAMPIRAN

  xi

  BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang.....................................................................

  1 1.2 Identifikasi Masalah ............................................................

  7 1.3 Tujuan Penelitian ...............................................................

  7 1.4 Manfaat Penelitian .............................................................

  8 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Mikosis Paru.......................................................................

  9 2.1.1 Mikosis Oportunistik............................................

  10 2.1.2 Patogenesis..........................................................

  11 2.1.3 Diagnosa Mikosis Paru.........................................

  13 2.1.4 Tekhnik Pengambilan Bahan Pemeriksaan..........

  16 2.2 Aspergillosis.......................................................................

  18 2.2.1 Morfologi dan Identifikasi...................................

  19 2.2.2 Patogenesis...........................................................

  20 2.2.3 Mikotoksin...........................................................

  21 2.2.4 Gambaran Klinis..................................................

  22 2.2.5 Uji Diagnostik Laboratorium...............................

  26 2.2.6 Pengobatan...........................................................

  30 2.2.7 Epidemiologi dan Pengendalian...........................

  31

  2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR) ………………………

  39 3.9 Prosedur Penelitian ........................................................

  4.1 Hasil Penelitian....................................................................... 47 4.2 Pembahasan ...........................................................................

  46 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

  46 3.11 Kerangka Kerja.................................................................

  45 3.10 Tekhnik Analisa Data........................................................

  44 3.9.7 Kultur Sampel.........................................................

  44 3.9.6 Visualisasi DNA.....................................................

  42 3.9.5 Elektroforesis..........................................................

  41 3.9.4 PCR.........................................................................

  41 3.9.3 Isolasi DNA............................................................

  40 3.9.2 isolasi Sampel ........................................................

  40 3.9.1 Pengambilan Sampel...............................................

  38 3.8 Alat dan Bahan.....................................................................

  31

  37

3.7 Defenisi Operasional.....................................................................

  37

3.6 Variabel Penelitian........................................................................

  36 3.5 Keraangka Konsep................................................................

  36 3.4.2 Kriteria eksklusi...................................................

  36 3.4.1 Kriteria inklusi......................................................

  35 3.4 Kriteria inklusi dan eksklusi................................................

  35 3.3.2 Sampel Penelitian......................................................

  35 3.3.1 Populasi Penelitian....................................................

  35 3.3 Populasi dan Sampel............................................................

  35 3.2 Tempat dan Waktu...............................................................

  33 BAB III METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian..................................................................

  2.4 Elektroforesis……………………………………………

  52

  BAB V KESIMPULAN DAN SARAN 5.1 Kesimpulan ..........................................................................

  56 5.2 Saran ....................................................................................

  57 DAFTAR PUSTAKA

  58

  

DAFTAR TABEL

Nomor Judul Halaman

  2.1 Spektrum Aspergillosis pada saluran pernapasan bawah

  30

  4.1 Distribusi Hasil PCR Pada Pemeriksaan Sputum

  47

  4.2 Distribusi Hasil Kultur Pada Pemeriksaan Sputum

  51

  

DAFTAR GAMBAR

Nomor Judul Halaman

  2.1

  20 Gambaran mikroskopis Aspergillus fumigatus.

  2.2

  24 Gambaran Aspergilloma pada paru

  2.3 Spektrum klinis yang dihasilkan akibat terhirupnya spora

  26 aspergillus

  3.1

  37 Kerangka Konsep

  3.2

  43 Lokasi Pasangan Primer hasil amplifikasi PCR

  3.3

  46 Kerangka Kerja Penelitian

  4.1 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus

  48 menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A1-A5)

  4.2 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus

  49 menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A5-A16)

  4.3 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus

  49 menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A17-A29)

  4.4 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus

  50 menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A30-A42)

  4.5 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus

  50 menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A43-A51)

  4.6 Hasil Kultur Positif mengandung Jamur Aspergillus

  51 fumigatus

  4.7 Hasil Kultur Negatif tidak mengandung Jamur Aspergillus

  52 fumigatus

DAFTAR SINGKATAN

  ABPA : Allergic BronchopulmonaryAaspergillosis AIDS : Acquired Immunodeficiency Syndrome BAL : Broncho Alveolar Lavage BMT : Bone Marrow Transplantation CDC : Centers for Disease Control CMV : Citomegalo Virus CNA : Chronic Necrotising Aspergillosis CT : Computerized Tomography DM : Diabetes Melitus DNA : Deoxyribonucleotide Acid ELISA : Enzyme-linked immunosorbent Assay HIV : Human immunodeficiency virus

  ID : Immunodiffusion

  IPA : invasive pulmonary aspergillosis KOH : Potassium Hydroxida PAS : Periodic Acid Schiff PCR : Polymerase Chain Reaction PPOM : Penyakit Paru Obstruktif Menahun (Kronik) RNA : Ribonucleotide Acid RS : Rumah Sakit RSHAM : Rumah Sakit Haji Adam Malik TB : Tuberkulosis

Dokumen yang terkait

A. Pengertian dan Dasar Hukum Asuransi - Tinjauan Tentang Praktik Asuransi Kecelakaan Terhadap Tertanggung Sebagai Pelaku Kecelakaan

0 2 36

2. Kelapa sawit - Analisis Nilai Tambah dan Strategi Pengembangan Produk Olahan Kopi Bubuk Arabika (Coffea arabika) Kelompok Tani Simalungun Jaya Desa Sait Buttu Saribu Kabupaten Simalungun

0 0 16

BAB II TINJAUAN PUSTAKA, LANDASAN TEORI DAN KERANGKA PEMIKIRAN - Analisis Nilai Tambah dan Strategi Pengembangan Produk Olahan Kopi Bubuk Arabika (Coffea arabika) Kelompok Tani Simalungun Jaya Desa Sait Buttu Saribu Kabupaten Simalungun

0 1 20

BAB I PENDAHULUAN - Analisis Nilai Tambah dan Strategi Pengembangan Produk Olahan Kopi Bubuk Arabika (Coffea arabika) Kelompok Tani Simalungun Jaya Desa Sait Buttu Saribu Kabupaten Simalungun

0 0 5

BAB II TINJAUAN PUSTAKA - Fermentasi Gliserol Hasil Samping Pabrik Biodiesel Menjadi 1,3-Propanadiol Dengan Menggunakan Bakteri Klebsiella Pneumonia

0 0 12

Pengaruh Tingkat Konvergensi IFRS dan Perlindungan Bagi Investor Terhadap Kualitas Laba Pada Perusahaan-perusahaan Yang Terdaftar di Bursa Efek Negara Indonesia, Malaysia, Singapura, dan India

0 0 20

BAB II LANDASAN TEORI - Pengaruh Tingkat Konvergensi IFRS dan Perlindungan Bagi Investor Terhadap Kualitas Laba Pada Perusahaan-perusahaan Yang Terdaftar di Bursa Efek Negara Indonesia, Malaysia, Singapura, dan India

0 0 10

Pengaruh Tingkat Konvergensi IFRS dan Perlindungan Bagi Investor Terhadap Kualitas Laba Pada Perusahaan-perusahaan Yang Terdaftar di Bursa Efek Negara Indonesia, Malaysia, Singapura, dan India

0 0 11

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Mikosis Paru - Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis

0 1 26

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang - Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis

0 0 8