TUGAS TRANSLATE JURNAL DELA MARTHA
TUGAS TRANSLATE JURNAL
The Dental Plaque Microbiome in Health and Disease: e58487
Peterson, Scott N; Snesrud, Erik; Liu, Jia; Ong, Ana C; Kilian, MogensAuthor
Information
; et al. PLoS One; San Francisco 8.3 (Mar 2013).
(ProQuest)
Penerjemah:
DELA MARTHA DEVI
NIM : J2A017033
FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SEMARANG
2017
HASIL TERJEMAHAN
Judul
Microbiome Plasma Gigi dalam Kesehatan dan Penyakit
Abstrak
Peluruhan gigi adalah salah satu penyakit kronis yang paling umum di
seluruh dunia. Berbagai faktor, termasuk mikroba, genetik, imunologis, perilaku
dan lingkungan, berinteraksi untuk berkontribusi terhadap onset karies gigi dan
perkembangannya. Penelitian sebelumnya yang berfokus pada dasar mikroba
untuk karies gigi telah mengidentifikasi spesies yang terkait dengan kesehatan
gigi dan penyakit. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk meningkatkan
pengetahuan kita tentang spesies mikroba yang terlibat dalam karies gigi dan
kesehatan dengan melakukan profil 16S rDNA komprehensif mikrobioma plak
gigi dari subjek bebas karies dan karies. Analisis lebih dari 50.000 klon 16S
rDNA full-length memungkinkan identifikasi 1.372 unit taksonomi operasional
(OTUs) di microbiome plak gigi. Sekitar setengah dari OTUs umum untuk
mikrobiomi karies dan mikro karies dan hadir pada kelimpahan serupa. Mayoritas
perbedaan dalam OTU tercermin sangat rendah kelimpahan phylotypes. Survei ini
memungkinkan kami untuk menentukan struktur populasi microbiome plak gigi
dan untuk mengidentifikasi tanda tangan mikroba yang terkait dengan kesehatan
dan penyakit gigi. Profil profiling plak gigi memungkinkan identifikasi 87
filipotip yang kurang terwakili dalam subyek yang bebas karies atau karies. Di
antara tanda tangan ini, yang terkait dengan kesehatan gigi melebihi jumlah yang
dikaitkan dengan karies gigi hampir dua kali lipat. Perbandingan data ini dengan
penelitian lain yang dipublikasikan menunjukkan heterogenitas yang signifikan
dalam hasil penelitian dan menyarankan bahwa pendekatan baru mungkin
diperlukan untuk menentukan tanda tangan onset karies gigi dan perkembangan
lebih lanjut.
Naskah Lengkap
Pengantar
Karies gigi adalah penyakit tunggal yang paling umum di masa kanakkanak dengan tingkat prevalensi lima kali lebih tinggi daripada penyakit yang
paling umum berikutnya, asma [1]. Karies gigi tetap menjadi masalah kesehatan
masyarakat yang signifikan pada anak-anak di seluruh dunia. Lebih dari 50%
anak-anak di Amerika Serikat berusia 5 sampai 9 tahun memiliki setidaknya satu
rongga atau isi, dan itu meningkat menjadi 78% di antara anak-anak berusia 17
1
tahun [2]. Hasil buruk ini tidak proporsional hadir di segmen populasi Amerika
Serikat yang kurang beruntung termasuk anak-anak, orang dewasa dan orang tua.
Telah ditunjukkan bahwa perawatan gigi adalah kebutuhan yang paling umum
yang tidak terpenuhi di antara anak-anak di Amerika Serikat [3], [4].
Strategi mikrobiologis untuk mengidentifikasi asosiasi yang berkaitan
dengan karies gigi terbatas karena kurangnya formulasi media yang sangat selektif
dan tidak dapat dibangkitkannya banyak spesies oral. Pendekatan ini telah
melibatkan mutans streptococci dan Lactobacillus spp. sebagai tanda tangan
karies gigi anak-anak [5] - [10]. Penggunaan metode bebas budaya yang lebih
baru telah mengurangi banyak rintangan ini. Survei keragaman mikroba dalam
mikrobiota oral manusia berdasarkan analisis bebas kultur gen 16S rDNA dan
filogeni memperkirakan bahwa lebih dari 700 spesies mikroba menghuni rongga
mulut [11] - [16]. Jumlah data profil 16S rDNA yang berkaitan dengan model
penyakit karies gigi terbatas namun berkembang dengan cepat [10], [17] - [19].
Becker dan rekannya [18] dan Aas dkk., Menggunakan analisis 16S rDNA
tentang anak-anak dan orang yang bebas karies dan orang-orang yang mengenal
karies untuk mengungkapkan spesies yang terkait dengan kesehatan gigi seperti
Streptococcus sanguinis dan genera yang terkait dengan karies gigi pada kedua
primer. dan gigitan permanen seperti Streptococcus mutans dan streptococci
rendah, non-mutans, Veillonella spp., Actinomyces spp., Bifidobacterium spp.,
Lactobacillus spp., Propionibacterium spp., dan Atopobium spp. Munson dkk.,
[10] dan Chhour dkk., [5] melaporkan bahwa mikroba yang dominan pada
sejumlah kecil orang dewasa dengan lesi karies yang dalam dan maju adalah S.
mutans dan Lactobacillus spp. tetapi juga termasuk genera Prevotella,
Selenomonas, Dialister, Fusobacterium, Bifidobacterium, dan Pseudoramibacter
[5], [10]. Corby dan rekannya menggunakan rangkuman 16S rDNA pada flora
karies gigi pada bayi dan anak-anak yang karies-aktif (n = 86) dan bebas karies (n
= 118) [19]. S. mutans, Actinomyces spp., Dan Lactobacillus spp. lebih banyak
terdapat pada subjek karies-aktif sedangkan spesies menguntungkan yang terkait
dengan kesehatan gigi
termasuk Streptococcus
parasanguinis,
defustiva
Abiotrophia, Streptococcus mitis, Streptococcus oralis, dan S. sanguinis. Secara
2
keseluruhan, jumlah spesies / OTU yang diidentifikasi dalam penelitian ini
berkisar antara 75 sampai 197.
Studi yang lebih baru telah mensurvei berbagai domain di lingkungan lisan
secara lebih mendalam [15], [20], [21]. Survei ini telah menjelaskan tingkat
keanekaragaman spesies yang tinggi yang ada pada komunitas bakteri oral yang
terkait dengan kesehatan dan penyakit. Sebuah studi yang berfokus pada
pembentukan asosiasi karies anak usia dini yang parah (ECC) menggunakan
platform sekuensing 454 yang mengidentifikasi taksa yang terkait dengan karies
termasuk: Granulicatella elegans, Veilonella atypica, Veilonella spp. HOT-780
[22].
Menggunakan
primer
PCR
spesifik
spesies,
S.
mutans
dan
Bifidobacteriaceae spp. Keduanya diidentifikasi sebagai karies. Spesies yang
terkait dengan kesehatan gigi meliputi: Capnocytophaga gingivalis, defectiva
Abiotrophia, Lachnospiraceae spp. Streptococcus cristatus dan S. sanguinis. Di
antara 3.802 urutan kualitas tinggi yang dianalisis (1.846 ECC, 1.956 bebas
karies), kurang dari 50% OTU yang diamati umum terjadi di antara ECC (n = 39)
dan subyek sehat (n = 41). Studi lain tentang karies anak-anak yang parah pada
gigi permanen memeriksa perkembangan karies untuk membangun hubungan
antara komunitas bakteri yang ada dan tingkat keparahan karies [23]. Produsen
asam potensial seperti Selenomonas spp., Neisseria dan S. mitis lebih menonjol
pada kelompok karies sedangkan Propionibacterium FMA5 secara bermakna
dikaitkan dengan perkembangan karies tetapi tidak diamati pada tingkat tinggi
pada subjek ini. Penurunan keseluruhan keanekaragaman spesies di masyarakat
diamati seiring karies berkembang, termasuk kelimpahan kelompok S. mitis yang
berkurang, Corybacterium matruchotii, Streptococcus gordonii, Streptococcus
cristatus, Capnocytophaga gingivalis, Eubacterium IR009, Campylobacter rectus
dan Lachnospiraceae sp. C1.
Salah satu tantangan utama yang terkait dengan karakterisasi mikrobiota
manusia adalah kemampuan untuk mengatasi rentang dinamis spesies individu
dan kelimpahan genom yang sangat dinamis. Strategi sampling acak hanya
mengungkapkan lapisan permukaan dari kompleksitas mendasar yang sebenarnya.
Semua penelitian yang diterbitkan sebelumnya yang menganalisis rDNA 16S full-
3
length telah dibatasi karena kedalaman dangkal analisis klonal. Kami memilih
untuk melakukan survei mendalam dengan menggunakan sekuens Sanger dari
rSNA 16S yang panjangnya hampir lengkap untuk mengevaluasi dan
membandingkan OTU pada tingkat spesies. Tujuan dari penelitian ini adalah
untuk membuat profil plak gigi yang komprehensif untuk lebih memahami
perbedaan antara biofilm mikroba yang berasal dari plak gigi karies (C-F) dan
karies-aktif (C-A). Kami menggunakan strategi normalisasi untuk memungkinkan
pengamatan anggota komunitas plak gigi yang kurang melimpah. Studi kami
meneliti plakat gigi yang berasal dari anak usia 5-7 tahun dari satu wilayah
geografis. Masih harus dilihat sejauh mana mikrobioma plak gigi yang
didefinisikan di sini berbeda dari populasi manusia secara keseluruhan. Studi
kami merupakan kerangka kerja yang sesuai untuk tujuan komparatif untuk
menjawab pertanyaan-pertanyaan ini. Hal ini diantisipasi bahwa upaya tersebut
pada akhirnya akan memungkinkan kita untuk menentukan apakah mikrobioma
inti dapat didefinisikan yang menggambarkan komunitas mikroba yang umum
untuk semua subyek manusia. Seiring studi sekuensing kultur-independen terus
menumpuk, nampak bahwa masing-masing mengidentifikasi sejumlah asosiasi
unik yang berbeda dari yang dijelaskan sebelumnya, yang menunjukkan bahwa
onset karies dan perkembangannya rumit. Bisa dibayangkan bahwa tanda tangan
mikroba kesehatan gigi dan penyakitnya tidak sama di seluruh dunia. Spesies
yang berkontribusi terhadap kesehatan dan penyakit karies mungkin sebagian
besar saling dipertukarkan dan oleh karena itu banyak tanda tangan spesies pada
akhirnya diperlukan untuk menentukan mikrobiom plak gigi C-F dan C-A. Masih
banyak yang harus dipelajari mengenai bagaimana komunitas ini berkontribusi
terhadap pH homeostasis, pemeliharaan kesehatan, onset penyakit dan
perkembangan.
Bahan dan Metode
1.
Penentuan Phenotype Gigi Karies Gigi
Pemeriksaan karies gigi dilakukan pada 8 subyek (5 perempuan, 3
laki-laki) yaitu C-A (n = 4) dan C-F (n = 4). Subjek ini (5-7 tahun) sehat
4
secara medis dan hanya memiliki gigi tiruan primer. Kelompok anak-anak ini
tinggal di pinggiran kota Montes Claros, Negara Bagian Minas Gerais, Brasil.
Tingkat fluoride air di kota ini kurang optimal ( 1%). Ini termasuk: Streptococcus (52%), Veillonella (8,5%),
Granulicatella (7,2%), Fusobacterium (5,6%), Neisseria (5,5%), Campylobacter
(4,7%), Gemella (3,7%), Abiotrophia (2,6% , Selenomonas (1,5%) dan akhirnya
Capnocytophaga (1%). Hal ini berpotensi menarik untuk dicatat bahwa kecuali
Streptococcus, genera yang paling melimpah menampilkan kisaran kelimpahan
relatif sempit (2,1-4%).
Struktur Penduduk Mikrobiota Plasma Gigi
Sebanyak 1.372 OTU yang diamati sesuai dengan 205 nama spesies dan
44 penugasan tingkat genus (Gambar S1). Kami mengamati dua spesies dominan
yang hadir dalam sampel plak gigi yang diprofilkan di sini, S. mitis (25,5%) dan
S. sanguinis, (9,1%). Ada 14 spesies tambahan yang hadir pada tingkat
kelimpahan lebih besar dari 1% pada data gabungan. Ini termasuk: Veillonella
parvula (7,5%), Streptococcus oralis (6,1%), Neiserria subflava (3,0%), Gemella
haemolysans (2,8%), Granulicatella elegans (2,6%), Streptococcus gordonii
(2,6%), Abiotrophia defectiva (2,5% ), S. cristatus (1,9%), C. gracilis (1,8%), C.
showae (1,4%), S. infantis (1,3%), S. constellatus (1,3%), S. mutans (1,2%) dan
C. concisus (1,1%). Komposisi ini konsisten dengan data yang dihasilkan sebagai
bagian dari survei konsorsium HMP [34] - [36]. Secara kolektif, 16 spesies ini
terdiri dari sekitar 71% biomassa bakteri dari biofilm plak gigi yang disurvei di
11
sini. Fluks biokimia yang terjadi pada biofilm dental sangat dipengaruhi oleh
aktivitas metabolisme spesies ini. Kami memeriksa 129 OTU tambahan yang
mewakili OTU yang cukup melimpah (0,1-1%) dan menemukan bahwa hal itu
mencerminkan representasi Streptococcus spp yang sama tingginya. dan termasuk
sejumlah besar Proteobacteria yang tidak proporsional, yaitu Neisseria spp. dan
Campylobacter spp. Kami mengamati ~ 400 OTU yang kami klasifikasi sebagai
filotipe kelimpahan rendah (0,01-0,1%). Sisanya ~ 800 OTU yang diamati
mewakili filotipe kelimpahan yang sangat rendah, hadir pada
0,1% kelimpahan, hijau), 500 OTU yang mewakili filogon kelimpahan rendah (>
0,01% kuning) dan akhirnya kelompok OTU dengan kelimpahan yang sangat
besar dan tidak lengkap (> 0,001%, merah) membentuk ekor panjang dalam
struktur populasi. (TIF) Tabel S1.
Phylotypes Diformulasikan secara berbeda dalam C-F dan C-A Dental
Biofilm (lanjutan). Fililfilotif melimpah pada mikrobiota C-F dan C-A.
Sumber
:
https://search.proquest.com/docview/1330893038/fulltext/ABF895F3C4A34304P
Q/7?accountid=38628#center
23
LAMPIRAN
The Dental Plaque Microbiome in Health and Disease: e58487
Peterson, Scott N; Snesrud, Erik; Liu, Jia; Ong, Ana C; Kilian, MogensAuthor
Information
; et al. PLoS One; San Francisco 8.3 (Mar 2013).
1. Full text
2. Full text - PDF
3. Abstract/Details
4. References 40
Hide highlighting
Abstract
Translate Abstract
Dental decay is one of the most prevalent chronic diseases worldwide. A variety
of factors, including microbial, genetic, immunological, behavioral and
environmental, interact to contribute to dental caries onset and development.
Previous studies focused on the microbial basis for dental caries have identified
species associated with both dental health and disease. The purpose of the current
study was to improve our knowledge of the microbial species involved in dental
caries and health by performing a comprehensive 16S rDNA profiling of the
dental plaque microbiome of both caries-free and caries-active subjects. Analysis
of over 50,000 nearly full-length 16S rDNA clones allowed the identification of
1,372 operational taxonomic units (OTUs) in the dental plaque microbiome.
Approximately half of the OTUs were common to both caries-free and cariesactive microbiomes and present at similar abundance. The majority of differences
in OTU's reflected very low abundance phylotypes. This survey allowed us to
define the population structure of the dental plaque microbiome and to identify the
microbial signatures associated with dental health and disease. The deep profiling
of dental plaque allowed the identification of 87 phylotypes that are over-
24
represented in either caries-free or caries-active subjects. Among these signatures,
those associated with dental health outnumbered those associated with dental
caries by nearly two-fold. A comparison of this data to other published studies
indicate significant heterogeneity in study outcomes and suggest that novel
approaches may be required to further define the signatures of dental caries onset
and progression.
Full Text
Translate Full text
Turn on se
The Dental Plaque Microbiome in Health and Disease: e58487
Peterson, Scott N; Snesrud, Erik; Liu, Jia; Ong, Ana C; Kilian, MogensAuthor
Information
; et al. PLoS One; San Francisco 8.3 (Mar 2013).
(ProQuest)
Penerjemah:
DELA MARTHA DEVI
NIM : J2A017033
FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SEMARANG
2017
HASIL TERJEMAHAN
Judul
Microbiome Plasma Gigi dalam Kesehatan dan Penyakit
Abstrak
Peluruhan gigi adalah salah satu penyakit kronis yang paling umum di
seluruh dunia. Berbagai faktor, termasuk mikroba, genetik, imunologis, perilaku
dan lingkungan, berinteraksi untuk berkontribusi terhadap onset karies gigi dan
perkembangannya. Penelitian sebelumnya yang berfokus pada dasar mikroba
untuk karies gigi telah mengidentifikasi spesies yang terkait dengan kesehatan
gigi dan penyakit. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk meningkatkan
pengetahuan kita tentang spesies mikroba yang terlibat dalam karies gigi dan
kesehatan dengan melakukan profil 16S rDNA komprehensif mikrobioma plak
gigi dari subjek bebas karies dan karies. Analisis lebih dari 50.000 klon 16S
rDNA full-length memungkinkan identifikasi 1.372 unit taksonomi operasional
(OTUs) di microbiome plak gigi. Sekitar setengah dari OTUs umum untuk
mikrobiomi karies dan mikro karies dan hadir pada kelimpahan serupa. Mayoritas
perbedaan dalam OTU tercermin sangat rendah kelimpahan phylotypes. Survei ini
memungkinkan kami untuk menentukan struktur populasi microbiome plak gigi
dan untuk mengidentifikasi tanda tangan mikroba yang terkait dengan kesehatan
dan penyakit gigi. Profil profiling plak gigi memungkinkan identifikasi 87
filipotip yang kurang terwakili dalam subyek yang bebas karies atau karies. Di
antara tanda tangan ini, yang terkait dengan kesehatan gigi melebihi jumlah yang
dikaitkan dengan karies gigi hampir dua kali lipat. Perbandingan data ini dengan
penelitian lain yang dipublikasikan menunjukkan heterogenitas yang signifikan
dalam hasil penelitian dan menyarankan bahwa pendekatan baru mungkin
diperlukan untuk menentukan tanda tangan onset karies gigi dan perkembangan
lebih lanjut.
Naskah Lengkap
Pengantar
Karies gigi adalah penyakit tunggal yang paling umum di masa kanakkanak dengan tingkat prevalensi lima kali lebih tinggi daripada penyakit yang
paling umum berikutnya, asma [1]. Karies gigi tetap menjadi masalah kesehatan
masyarakat yang signifikan pada anak-anak di seluruh dunia. Lebih dari 50%
anak-anak di Amerika Serikat berusia 5 sampai 9 tahun memiliki setidaknya satu
rongga atau isi, dan itu meningkat menjadi 78% di antara anak-anak berusia 17
1
tahun [2]. Hasil buruk ini tidak proporsional hadir di segmen populasi Amerika
Serikat yang kurang beruntung termasuk anak-anak, orang dewasa dan orang tua.
Telah ditunjukkan bahwa perawatan gigi adalah kebutuhan yang paling umum
yang tidak terpenuhi di antara anak-anak di Amerika Serikat [3], [4].
Strategi mikrobiologis untuk mengidentifikasi asosiasi yang berkaitan
dengan karies gigi terbatas karena kurangnya formulasi media yang sangat selektif
dan tidak dapat dibangkitkannya banyak spesies oral. Pendekatan ini telah
melibatkan mutans streptococci dan Lactobacillus spp. sebagai tanda tangan
karies gigi anak-anak [5] - [10]. Penggunaan metode bebas budaya yang lebih
baru telah mengurangi banyak rintangan ini. Survei keragaman mikroba dalam
mikrobiota oral manusia berdasarkan analisis bebas kultur gen 16S rDNA dan
filogeni memperkirakan bahwa lebih dari 700 spesies mikroba menghuni rongga
mulut [11] - [16]. Jumlah data profil 16S rDNA yang berkaitan dengan model
penyakit karies gigi terbatas namun berkembang dengan cepat [10], [17] - [19].
Becker dan rekannya [18] dan Aas dkk., Menggunakan analisis 16S rDNA
tentang anak-anak dan orang yang bebas karies dan orang-orang yang mengenal
karies untuk mengungkapkan spesies yang terkait dengan kesehatan gigi seperti
Streptococcus sanguinis dan genera yang terkait dengan karies gigi pada kedua
primer. dan gigitan permanen seperti Streptococcus mutans dan streptococci
rendah, non-mutans, Veillonella spp., Actinomyces spp., Bifidobacterium spp.,
Lactobacillus spp., Propionibacterium spp., dan Atopobium spp. Munson dkk.,
[10] dan Chhour dkk., [5] melaporkan bahwa mikroba yang dominan pada
sejumlah kecil orang dewasa dengan lesi karies yang dalam dan maju adalah S.
mutans dan Lactobacillus spp. tetapi juga termasuk genera Prevotella,
Selenomonas, Dialister, Fusobacterium, Bifidobacterium, dan Pseudoramibacter
[5], [10]. Corby dan rekannya menggunakan rangkuman 16S rDNA pada flora
karies gigi pada bayi dan anak-anak yang karies-aktif (n = 86) dan bebas karies (n
= 118) [19]. S. mutans, Actinomyces spp., Dan Lactobacillus spp. lebih banyak
terdapat pada subjek karies-aktif sedangkan spesies menguntungkan yang terkait
dengan kesehatan gigi
termasuk Streptococcus
parasanguinis,
defustiva
Abiotrophia, Streptococcus mitis, Streptococcus oralis, dan S. sanguinis. Secara
2
keseluruhan, jumlah spesies / OTU yang diidentifikasi dalam penelitian ini
berkisar antara 75 sampai 197.
Studi yang lebih baru telah mensurvei berbagai domain di lingkungan lisan
secara lebih mendalam [15], [20], [21]. Survei ini telah menjelaskan tingkat
keanekaragaman spesies yang tinggi yang ada pada komunitas bakteri oral yang
terkait dengan kesehatan dan penyakit. Sebuah studi yang berfokus pada
pembentukan asosiasi karies anak usia dini yang parah (ECC) menggunakan
platform sekuensing 454 yang mengidentifikasi taksa yang terkait dengan karies
termasuk: Granulicatella elegans, Veilonella atypica, Veilonella spp. HOT-780
[22].
Menggunakan
primer
PCR
spesifik
spesies,
S.
mutans
dan
Bifidobacteriaceae spp. Keduanya diidentifikasi sebagai karies. Spesies yang
terkait dengan kesehatan gigi meliputi: Capnocytophaga gingivalis, defectiva
Abiotrophia, Lachnospiraceae spp. Streptococcus cristatus dan S. sanguinis. Di
antara 3.802 urutan kualitas tinggi yang dianalisis (1.846 ECC, 1.956 bebas
karies), kurang dari 50% OTU yang diamati umum terjadi di antara ECC (n = 39)
dan subyek sehat (n = 41). Studi lain tentang karies anak-anak yang parah pada
gigi permanen memeriksa perkembangan karies untuk membangun hubungan
antara komunitas bakteri yang ada dan tingkat keparahan karies [23]. Produsen
asam potensial seperti Selenomonas spp., Neisseria dan S. mitis lebih menonjol
pada kelompok karies sedangkan Propionibacterium FMA5 secara bermakna
dikaitkan dengan perkembangan karies tetapi tidak diamati pada tingkat tinggi
pada subjek ini. Penurunan keseluruhan keanekaragaman spesies di masyarakat
diamati seiring karies berkembang, termasuk kelimpahan kelompok S. mitis yang
berkurang, Corybacterium matruchotii, Streptococcus gordonii, Streptococcus
cristatus, Capnocytophaga gingivalis, Eubacterium IR009, Campylobacter rectus
dan Lachnospiraceae sp. C1.
Salah satu tantangan utama yang terkait dengan karakterisasi mikrobiota
manusia adalah kemampuan untuk mengatasi rentang dinamis spesies individu
dan kelimpahan genom yang sangat dinamis. Strategi sampling acak hanya
mengungkapkan lapisan permukaan dari kompleksitas mendasar yang sebenarnya.
Semua penelitian yang diterbitkan sebelumnya yang menganalisis rDNA 16S full-
3
length telah dibatasi karena kedalaman dangkal analisis klonal. Kami memilih
untuk melakukan survei mendalam dengan menggunakan sekuens Sanger dari
rSNA 16S yang panjangnya hampir lengkap untuk mengevaluasi dan
membandingkan OTU pada tingkat spesies. Tujuan dari penelitian ini adalah
untuk membuat profil plak gigi yang komprehensif untuk lebih memahami
perbedaan antara biofilm mikroba yang berasal dari plak gigi karies (C-F) dan
karies-aktif (C-A). Kami menggunakan strategi normalisasi untuk memungkinkan
pengamatan anggota komunitas plak gigi yang kurang melimpah. Studi kami
meneliti plakat gigi yang berasal dari anak usia 5-7 tahun dari satu wilayah
geografis. Masih harus dilihat sejauh mana mikrobioma plak gigi yang
didefinisikan di sini berbeda dari populasi manusia secara keseluruhan. Studi
kami merupakan kerangka kerja yang sesuai untuk tujuan komparatif untuk
menjawab pertanyaan-pertanyaan ini. Hal ini diantisipasi bahwa upaya tersebut
pada akhirnya akan memungkinkan kita untuk menentukan apakah mikrobioma
inti dapat didefinisikan yang menggambarkan komunitas mikroba yang umum
untuk semua subyek manusia. Seiring studi sekuensing kultur-independen terus
menumpuk, nampak bahwa masing-masing mengidentifikasi sejumlah asosiasi
unik yang berbeda dari yang dijelaskan sebelumnya, yang menunjukkan bahwa
onset karies dan perkembangannya rumit. Bisa dibayangkan bahwa tanda tangan
mikroba kesehatan gigi dan penyakitnya tidak sama di seluruh dunia. Spesies
yang berkontribusi terhadap kesehatan dan penyakit karies mungkin sebagian
besar saling dipertukarkan dan oleh karena itu banyak tanda tangan spesies pada
akhirnya diperlukan untuk menentukan mikrobiom plak gigi C-F dan C-A. Masih
banyak yang harus dipelajari mengenai bagaimana komunitas ini berkontribusi
terhadap pH homeostasis, pemeliharaan kesehatan, onset penyakit dan
perkembangan.
Bahan dan Metode
1.
Penentuan Phenotype Gigi Karies Gigi
Pemeriksaan karies gigi dilakukan pada 8 subyek (5 perempuan, 3
laki-laki) yaitu C-A (n = 4) dan C-F (n = 4). Subjek ini (5-7 tahun) sehat
4
secara medis dan hanya memiliki gigi tiruan primer. Kelompok anak-anak ini
tinggal di pinggiran kota Montes Claros, Negara Bagian Minas Gerais, Brasil.
Tingkat fluoride air di kota ini kurang optimal ( 1%). Ini termasuk: Streptococcus (52%), Veillonella (8,5%),
Granulicatella (7,2%), Fusobacterium (5,6%), Neisseria (5,5%), Campylobacter
(4,7%), Gemella (3,7%), Abiotrophia (2,6% , Selenomonas (1,5%) dan akhirnya
Capnocytophaga (1%). Hal ini berpotensi menarik untuk dicatat bahwa kecuali
Streptococcus, genera yang paling melimpah menampilkan kisaran kelimpahan
relatif sempit (2,1-4%).
Struktur Penduduk Mikrobiota Plasma Gigi
Sebanyak 1.372 OTU yang diamati sesuai dengan 205 nama spesies dan
44 penugasan tingkat genus (Gambar S1). Kami mengamati dua spesies dominan
yang hadir dalam sampel plak gigi yang diprofilkan di sini, S. mitis (25,5%) dan
S. sanguinis, (9,1%). Ada 14 spesies tambahan yang hadir pada tingkat
kelimpahan lebih besar dari 1% pada data gabungan. Ini termasuk: Veillonella
parvula (7,5%), Streptococcus oralis (6,1%), Neiserria subflava (3,0%), Gemella
haemolysans (2,8%), Granulicatella elegans (2,6%), Streptococcus gordonii
(2,6%), Abiotrophia defectiva (2,5% ), S. cristatus (1,9%), C. gracilis (1,8%), C.
showae (1,4%), S. infantis (1,3%), S. constellatus (1,3%), S. mutans (1,2%) dan
C. concisus (1,1%). Komposisi ini konsisten dengan data yang dihasilkan sebagai
bagian dari survei konsorsium HMP [34] - [36]. Secara kolektif, 16 spesies ini
terdiri dari sekitar 71% biomassa bakteri dari biofilm plak gigi yang disurvei di
11
sini. Fluks biokimia yang terjadi pada biofilm dental sangat dipengaruhi oleh
aktivitas metabolisme spesies ini. Kami memeriksa 129 OTU tambahan yang
mewakili OTU yang cukup melimpah (0,1-1%) dan menemukan bahwa hal itu
mencerminkan representasi Streptococcus spp yang sama tingginya. dan termasuk
sejumlah besar Proteobacteria yang tidak proporsional, yaitu Neisseria spp. dan
Campylobacter spp. Kami mengamati ~ 400 OTU yang kami klasifikasi sebagai
filotipe kelimpahan rendah (0,01-0,1%). Sisanya ~ 800 OTU yang diamati
mewakili filotipe kelimpahan yang sangat rendah, hadir pada
0,1% kelimpahan, hijau), 500 OTU yang mewakili filogon kelimpahan rendah (>
0,01% kuning) dan akhirnya kelompok OTU dengan kelimpahan yang sangat
besar dan tidak lengkap (> 0,001%, merah) membentuk ekor panjang dalam
struktur populasi. (TIF) Tabel S1.
Phylotypes Diformulasikan secara berbeda dalam C-F dan C-A Dental
Biofilm (lanjutan). Fililfilotif melimpah pada mikrobiota C-F dan C-A.
Sumber
:
https://search.proquest.com/docview/1330893038/fulltext/ABF895F3C4A34304P
Q/7?accountid=38628#center
23
LAMPIRAN
The Dental Plaque Microbiome in Health and Disease: e58487
Peterson, Scott N; Snesrud, Erik; Liu, Jia; Ong, Ana C; Kilian, MogensAuthor
Information
; et al. PLoS One; San Francisco 8.3 (Mar 2013).
1. Full text
2. Full text - PDF
3. Abstract/Details
4. References 40
Hide highlighting
Abstract
Translate Abstract
Dental decay is one of the most prevalent chronic diseases worldwide. A variety
of factors, including microbial, genetic, immunological, behavioral and
environmental, interact to contribute to dental caries onset and development.
Previous studies focused on the microbial basis for dental caries have identified
species associated with both dental health and disease. The purpose of the current
study was to improve our knowledge of the microbial species involved in dental
caries and health by performing a comprehensive 16S rDNA profiling of the
dental plaque microbiome of both caries-free and caries-active subjects. Analysis
of over 50,000 nearly full-length 16S rDNA clones allowed the identification of
1,372 operational taxonomic units (OTUs) in the dental plaque microbiome.
Approximately half of the OTUs were common to both caries-free and cariesactive microbiomes and present at similar abundance. The majority of differences
in OTU's reflected very low abundance phylotypes. This survey allowed us to
define the population structure of the dental plaque microbiome and to identify the
microbial signatures associated with dental health and disease. The deep profiling
of dental plaque allowed the identification of 87 phylotypes that are over-
24
represented in either caries-free or caries-active subjects. Among these signatures,
those associated with dental health outnumbered those associated with dental
caries by nearly two-fold. A comparison of this data to other published studies
indicate significant heterogeneity in study outcomes and suggest that novel
approaches may be required to further define the signatures of dental caries onset
and progression.
Full Text
Translate Full text
Turn on se