Analisis Keragaman Dan Keragaan Plasma Nutfah Rambutan (Nephelium Lappaceum L) Di Indonesia

ANALISIS KERAGAMAN DAN KERAGAAN PLASMA
NUTFAH RAMBUTAN (Nephelium lappaceum L.) DI
INDONESIA

KUSWANDI

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Analisis Keragaman dan
Keragaan Plasma Nutfah Rambutan (Nephelium lappaceum L.) di Indonesia
adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum
diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.
Bogor, Juli 2014
Kuswandi
NIM A253120181

RINGKASAN
KUSWANDI. Analisis Keragaman dan Keragaan Plasma Nutfah Rambutan
(Nephelium lappaceum L.) di Indonesia. Dibimbing oleh SOBIR dan WILLY
BAYUARDI SUWARNO.
Indonesia merupakan pusat keragaman rambutan dan kerabatnya, sehingga
sumber daya genetiknya sangat besar. Sampai saat ini masih banyak aksesi lokal
yang belum teridentifikasi secara lengkap. Upaya pengembangan varietas
rambutan memerlukan informasi terkait dengan karakter morfologi, keunggulan
aksesi, dan fenologi pembungaan, sementara ketersediaan informasi tersebut
masih sangat terbatas. Studi fenologi pembungaan diperlukan untuk
mengidentifikasi faktor-faktor yang berperan dalam menginisiasi pembungaan.
Penelitian dilaksanakan di Kebun Percobaan (KP) Aripan dan KP Subang
Balai Penelitian Tanaman Buah (Balitbu) Tropika, KP Cipaku Balai Pengkajian
Teknologi Pertanian (BPTP) Jawa Barat, dan Kabupaten 50 Kota Sumatera Barat
dari bulan Juni 2013 sampai Februari 2014. Bahan tanaman yang digunakan

adalah 33 aksesi rambutan, baik yang dikoleksi di kebun percobaan maupun yang
tumbuh di alam. Aksesi-aksesi rambutan tersebut adalah Korong Gadang,
Tangkue, Garuda, Pirba, Bariah, Antalagi, Gula batu, Sukowono, Rapiah, Binjai,
Lebak bulus, Padang Bulan, Sinyonya, Kalimantan, Padang, Lekong, Walahar,
Simacan, Aceh Medan, Lebak Bulus Kuning, Gendut Kair, Sibabat, Aceh Gundul,
Cianjur, Lokal Subang, Aceh Kuning, Aceh Gendut, Aceh Gendong, Aceh
SKWL, Kering Manis, Kapulasan Mungo 01, Kapulasan Mungo 02,dan
Kapulasan Cipaku.
Analisis gerombol berdasarkan 29 karakter morfologi pada 33 aksesi
rambutan berhasil memisahkan antar spesies rambutan (Nephelium lappaceum)
dengan kapulasan (Nephelium ramboutan-ake) dengan koefisien ketidakmiripan
55%.
Aksesi rambutan terbagi dua, yaitu kelompok IIa dan IIb. Kedua kelompok
mempunyai ketidakmiripan sebesar 49.43%. Kelompok IIa memiliki karakter
bentuk tajuk oblong, bentuk daun obovate, dan bentuk buah lonjong terdiri dari
aksesi Kering Manis, Lokal Subang, dan Sinyonya. Kelompok IIb terdiri dari 26
aksesi lainnya memiliki karakter bentuk tajuk spherical,semicircular,broadly
pyramidal, bentuk daun elliptic, dan bentuk buah ovoid, bulat, dan lonjong
Karakter yang berkorelasi dengan bobot per buah adalah bobot kulit, bobot
biji dan bobot aril. Model regresi linier berganda yang berisi karakter panjang

anak daun (X1), jumlah tandan per cabang (X2), lebar tandan (X3), lebar buah (X4),
bobot per buah (X5), dan bobot aril (X6) dapat menjelaskan keragaman edible
portion sebesar 85%.
Lokasi penanaman yang berbeda menunjukkan perbedaan dalam waktu
inisiasi pembungaan pada rambutan. Inisiasi pembungaan ternyata tidak terkait
dengan curah hujan.
Aksesi Kering Manis memiliki potensi yang cukup tinggi untuk
dikembangkan karena memiliki kerapatan tandan rapat, rasa manis, edible portion
sedang dan berkulit tebal.
Kata kunci: aksesi, plasma nutfah, karakter morfologi, dendrogram, biplot, edible
portion.

SUMMARY
KUSWANDI. Ethanolic Extract of Eugenia polyantha Leaves and Its Fraction
KUSWANDI. Analysis of Diversity and Performance of Rambutan (Nephelium
lappaceum L.) Germplasm in Indonesia. Supervised by SOBIR and WILLY
BAYUARDI SUWARNO.
Indonesia is a center of diversity of rambutan and its relatives. Until recently,
there are many local accessions that have not been identified and are spread
throughout the country. Rambutan varieties development efforts require

information related to morphological characters, superiority of accession, and
phenology of flowering, while the availability of these information is still very
limited. Flowering phenology studies are needed to identify the factors that play a
role in flowering initiation.
The research was conducted at the Aripan Experimental Station (KP), KP
Subang of the Indonesian Tropical Fruit Research Institute, KP Cipaku-West Java
of the Assessment Institute for Agricultural Technology (AIAT) and District 50
Kota West Sumatra from June 2013 to February 2014. The plant material was 33
rambutan accessions, which were collected in the experimental garden or growing
in nature. Rambutan accessions are Korong Gadang, Tangkue, Garuda, Pirba,
Bariah, Antalagi, Gula Batu, Sukowono, Rapiah, Binjai, Lebak Bulus, Padang
Bulan, Sinyonya, Kalimantan, Padang, Lekong, Walahar, Simacan, Aceh Medan,
Lebak Bulus Kuning, Gendut Kair, Sibabat, Aceh Gundul, Cianjur, Lokal Subang,
Aceh Kuning, Aceh Gendut, Aceh Gendong, Aceh SKWL, Kering Manis,
Kapulasan Mungo 01, Kapulasan Mungo 02, and Kapulasan Cipaku.
The results showed that clusters analysis based on 29 morphological
characters in 29 accessions of rambutan (N lappaceum) and 4 accessions of
kapulasan (N ramboutan-ake) can separate these two species at a dissimilarity
level of 55%.
From the 29 accessions tested, rambutan can be separated into two groups

(IIa and IIb) at the level of dissimilarity of 49.43%. Group IIa had characteristics
of oblong canopy, obovate leaf shape, oval fruit shape and consisted of Kering
Manis, Local Subang, and Sinyonya accessions. Group IIb consisted of 26 other
accessions that have spherical, semicircular, broadly pyramidal crown shape,ovoid,
round, and oval fruit shape.
The characters that are positively correlated with fruit weight are weight of
rind, weight of seed and weight of aryl. A linear regression model consisting of
six characters can explain 85% of edible portion variables.
The period of flowering initiation in rambutan were different at each site
and not associated with the level of rainfall.
Kering Manis accession has higher potential for breeding than the others
because it has clusters dense, sweet taste, moderate edible portion, and thick rind.
Keywords: accession, germplasm, morphological characters, dendrogram, biplot,
edible portion.

© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2014
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau

tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

ANALISIS KERAGAMAN DAN KERAGAAN PLASMA
NUTFAH RAMBUTAN (Nephelium lappaceum L.) DI
INDONESIA

KUSWANDI

Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR

2014

Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Prof Dr Muhamad Syukur, SP MSi

PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala nikmat
dan rahmat-Nya sehingga tesis yang berjudul Analisis Keragaman dan Keragaan
Plasma Nutfah Rambutan di Indonesia ini berhasil diselesaikan..
Pada kesempatan ini penulis menyampaikan penghargaan dan ucapan terima
kasih kepada:
1. Prof Dr Ir Sobir, MSi dan Dr Willy Bayuardi Suwarno, SP MSi selaku komisi
pembimbing yang telah memberikan bimbingan, masukan dan saran selama
penelitian sampai selesainya tesis ini.
2. Prof Dr Muhamad Syukur, SP MSi sebagai dosen penguji luar komisi pada
ujian tesis atas masukan dan arahannya untuk perbaikan tesis.
3. Dr Ir Yudiwanti Wahyu EK, MS sebagai dosen penguji perwakilan dari
program studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman pada ujian akhir tesis
atas masukan dan arahannya untuk perbaikan tesis.
4. Kepala Badan Litbang Pertanian Kementerian Pertanian atas dukungan
beasiswa selama penulis melaksanakan studi di Sekolah Pasca Sarjana IPB.

5. Kepala Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika, Pusat Penelitian dan
Pengembangan Hortikultura Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian
atas dukungan beasiswa, fasilitas dan sumber daya lainnya selama penulis
melaksanakan studi di IPB Bogor.
6. Kepala Kebun Percobaan (KP) Aripan dan Kepala KP Subang Balai
Penelitian Tanaman Buah Tropika, Kepala KP Cipaku Balai Pengkajian
Teknologi Pertanian Jawa Barat.
7. Kepala Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT) IPB yang telah
mengijinkan untuk melakukan karakterisasi buah rambutan di laboratorium
PKHT.
8. Seluruh staf pengajar Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman
atas ilmu dan pengetahuan yang diberikan selama penulis mengikuti perku
liahan.
9. Nenek Tirat (Kapulasan Mungo 01), Uni Upik (Kapulasan Mungo 02),
Fahrudin (Barabai-Kalsel), Nilam, Eko, Tanti, pak Maman, pak Lamade, pak
Herli, pak Yayah, kang Iwan, Mbak Diah, pak Abdurahman, pak Mahpudin,
pak Iwan, pak Yoyo, pak Jaka, mbak Pit dan
10. Rekan-rekan PBT 2012 atas kekompakan dan dorongan semangatnya.
11. Keluarga tercinta Apa H. Amzal Rahman, Ama Yoniwarlis, Ibu Asnibar,
papa Martias, isteriku tercinta Marza Dona, adik-adikku Irma Ariati, dan

Yogi Galiano, anak-anaku tersayang Hamda Amalina dan Azzam Abdillah
Sidqi.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Juli 2014
Kuswandi

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL
DAFTAR GAMBAR
DAFTAR LAMPIRAN
1. PENDAHULUAN
Latar belakang
Perumusan Masalah
Tujuan
Ruang Lingkup

1
1
2
3

3

2. TINJAUAN PUSTAKA
Botani dan Penyebaran Rambutan
Keragaman Genetik Rambutan
Pengelolaan Plasma Nutfah Tanaman Buah
Fenologi Pembungaan

5
5
5
6
7

3. KARAKTERISASI KERAGAMAN GENETIK PLASMA NUTFAH
RAMBUTAN
Pendahuluan
Bahan dan Metode
Hasil dan Pembahasan
Simpulan

8
8
8
14
25

4. STUDI FENOLOGI PEMBUNGAAN BEBERAPA AKSESI
RAMBUTAN
Pendahuluan
Bahan dan Metode
Hasil dan Pembahasan
Simpulan

26
26
26
27
33

5. PEMBAHASAN UMUM
6. SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Saran
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN
RIWAYAT HIDUP

34
36
36
36
37
41
44

DAFTAR TABEL
1. Aksesi rambutan dan kerabatnya
2. Karakter yang diamati pada rambutan.
3. Karakter pembeda antara rambutan
4.
5.
6.
7.

dengan kapulasan
(N.ramboutan-ake).
Karakter pembeda antara rambutan kelompok IIa dan IIb.
Hasil analisis regresi linier berganda untuk edible portion.
Hasil analisis sidik lintas untuk karakter edible portion.
Rata-rata panjang malai, lebar malai, umur panen, jumlah buah
per tandan, bobot kulit, bobot biji, bobot aril, bobot per buah dan
edible portion lima aksesi rambutan.

9
10
16
16
24
25

29

DAFTAR GAMBAR
1. Bagan alir penelitian Analisis Keragaman dan Keragaan Plasma
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.

15.
16.
17.
18.
19.
20.

Nutfah Rambutan di Indonesia.
Dendrogram pengelompokan 33 aksesi rambutan berdasarkan
karakter morfologi.
Keragaan daun, bunga dan buah rambutan dan kapulasan.
Keragaan buah rambutan aksesi Kering Manis, Lokal Subang, dan
Sinyonya.
Keragaan buah rambutan aksesi Korong Gadang dan Aceh Gundul.
Keragaan buah rambutan aksesi Lebak Bulus dan Rapiah.
Keragaan buah lima aksesi rambutan Aceh.
Pengelompokan 33 aksesi rambutan dengan analisis koordinat
utama.
Nominal logistic biplot untuk kerapatan tandan 33 aksesi rambutan
Nominal logistic biplot untuk karakter rasa aril 33 aksesi rambutan.
Nominal logistic biplot untuk ketebalan aril 33 aksesi rambutan.
Nominal logistic biplot untuk karakter edible portion 33 aksesi
rambutan.
Nominal logistic biplot untuk ketebalan kulit 33 aksesi rambutan.
Hubungan curah hujan dengan inisiasi pembungaan dan umur panen
di tiga lokasi (KP Aripan-Solok, KP Cipaku-Bogor, dan KP
Subang).
Rata-rata bobot per buah lima aksesi rambutan di Aripan, Subang
dan
Cipaku.
Rata-rata edible portion lima aksesi rambutan di KP Aripan,
KP.Subang dan KP.Cipaku.
Rata-rata umur panen dan jumlah buah per tandan di Aripan, Cipaku,
dan Subang. Error bar menunjukkan standar error.
Rata-rata panjang dan lebar malai rambutan di Aripan, Cipaku, dan
Subang. Error bar menunjukkan besarnya standar error
Rata-rata bobot kulit, bobot aril, dan bobot biji rambutan di Aripan,
Cipaku, dan Subang. Error bar menunjukkan standar error.
Rata-rata bobot per buah dan edible portion rambutan di Aripan,
Cipaku, dan Subang. Error bar menunjukkan standar error.

4
15
15
17
18
18
19
20
21
21
22
22
23

28
30
30
31
31
32
33

DAFTAR LAMPIRAN
1. Data curah hujan KP Aripan, KP Subang, dan KP Cipaku.
2. Karakter buah 33 aksesi rambutan.

41
42

1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Rambutan (Nephelium lappaceum L) merupakan tanaman berbentuk
pohon yang berasal dari Indonesia dan Malaysia. Tanaman ini menghasilkan
buah yang menarik dari segi rasa dan tekstur aril. Rambutan tersebar luas di Asia
Tenggara dan Thailand merupakan pengekspor terbesar komoditas buah ini).
Tanaman rambutan merupakan tanaman menyerbuk silang yang memungkinkan
adanya variabilitas genetik yang cukup tinggi di antara progeninya. (Sarip et al.
1999).
Tanaman rambutan selain buahnya bermanfaat untuk konsumsi segar dan
olahan, ternyata juga berkhasiat obat. Buah rambutan dapat digunakan untuk
mengencangkan otot, obat sakit perut, dan obat cacingan. Akar dan daunnya
dapat dijadikan sebagai obat demam. Kulit buahnya dapat digunakan sebagai
pestisida nabati karena mengandung saponin. Biji rambutan yang dibakar dapat
dimakan dan menimbulkan efek halusinasi (Van Welzen dan Verheij 1997).
Penyebaran rambutan di Indonesia meliputi pulau Sumatera, Jawa, dan
Kalimantan. Sampai tahun 2000 sudah ditemukan sebanyak 30 aksesi rambutan
yang sebagian besar tersebar di ketiga pulau tersebut (Napitupulu dan
Simatupang 2000). Disamping rambutan budidaya juga terdapat beberapa
kerabat rambutan seperti: kapulasan, siwau, babuku, buah untit dan pitanak yang
memperkaya keragaman genetik tanaman rambutan di Indonesia (Sabran et al.
2003; Krismawati dan Sabran 2003).
Siebert (1997) melaporkan bahwa di seluruh dunia terdapat 22 spesies
Nephelium, 16 spesies diantaranya terdapat di Kalimantan, sembilan spesies
buahnya dapat dimakan, dan delapan spesies termasuk tumbuhan endemik.
Lima spesies diantaranya telah dibudidayakan dan sisanya merupakan tumbuhan
endemik.
Tanaman buah tropis lokal semakin berkurang akibat berbagai faktor,
antara lain adanya perubahan fungsi lahan untuk pengembangan pertanian,
industri dan pemukiman, serta pembukaan hutan untuk lahan perkebunan.
Plasma nutfah yang dimiliki Indonesia merupakan plasma nutfah alami
yang mencakup berbagai jenis flora dan fauna yang hidup dan tumbuh di hutan,
serta plasma nutfah potensial yang terdapat dalam ekosistem pertanian dan
pemukiman. Beberapa plasma nutfah menjadi rawan dan langka bahkan punah
karena terjadi perubahan kondisi sumber daya hayati, lahan, dan habitat akibat
pemanfaatan yang tidak terkendali (Kusumo et al. 2002). Beberapa buah-buahan
lokal memiliki kelemahan dalam hal kualitas buah, misalnya rasa yang asam
atau kurang manis sehingga kurang disukai untuk disajikan sebagai buah meja,
walaupun demikian umumnya lebih tahan terhadap hama dan penyakit, serta
cekaman lingkungan (Wahdah et al. 2002).
Kegiatan pelestarian plasma nutfah diawali dengan eksplorasi, yaitu
kegiatan mencari, mengumpulkan, dan meneliti jenis plasma nutfah tertentu
untuk mengamankan dari kepunahannya. Plasma nutfah yang ditemukan perlu
diamati sifat dan asalnya. Apabila bibitnya berhasil dilestarikan di tempat
koleksi baru (di luar habitat alaminya) disebut pelestarian ex situ. Data

2
eksplorasi dilengkapi dengan karakterisasi dan dokumentasi morfologi tanaman.
Koleksi plasma nutfah merupakan cara paling efektif di Indonesia untuk
menyelamatkan dan mempertahankan keanekaragaman plasma nutfah tanaman.
Oleh karena itu, secara proporsional kegiatan dibidang ini lebih menonjol
daripada bidang-bidang lainnya (Kusumo et al. 2002).
Tanaman rambutan yang dapat diterima masyaratakat setidaknya harus
memiliki karakteristik yang memenuhi beberapa persyaratan berbagai pihak
seperti petani, konsumen, dan industri pengolahan. Untuk konsumsi segar,
ukuran buah, warna, dan penampilan umum adalah yang paling penting.
Pertimbangan lain adalah bahwa aril mempunyai proporsi yang tinggi dari total
berat buah dan mudah dipisahkan dari kulit biji, serta memiliki rasa dan tekstur
yang baik. Untuk industri pengolahan, buah harus memiliki biji kecil, kulit tipis,
daging tebal, dan aril mudah terlepas dari biji. Aril harus tegas dan mampu
menahan operasi pengolahan tanpa kehilangan rasa dan penampilan yang
menarik. Untuk petani, rambutan yang dapat diterima adalah kultivar unggul
berproduksi tinggi, tahan hama dan penyakit, mampu berdaptasi dengan kondisi
lingkungan berbeda, khususnya curah hujan dan tanah, dan memiliki buah
dengan bentuk tandan yang baik, pematangan seragam dan cepat matang. Hal
lain yang diinginkan adalah karakter yang berhubungan dengan penanganan
pascapanen seperti tekstur kulit yang tidak mudah memar, tahan disimpan lama,
kulit dan spintern yang tidak mudah terdehidrasi dan kemampuan untuk
mempertahankan tampilan yang menarik selama proses penyimpanan (Lye et al.
1987)
Salah satu fenomena yang memengaruhi produksi rambutan per tahun
adalah adanya biannual bearing, yang menyebabkan produksi buah menjadi
tidak stabil, berbuah banyak pada suatu tahun (on year) dan berbuah sedikit pada
tahun berikutnya (off year). Fenomena ini disebabkan oleh faktor lingkungan,
dan faktor endogen tanaman (Liferdi 2000). Perawatan tanaman terutama
pemangkasan juga sangat berpengaruh terhadap biannual bearing. Menurut
Pavicic et al.(2004) fenomena biannual bearing tidak terjadi pada tanaman apel
yang dipangkas. Tanaman kopi dan kakao yang mendapatkan hujan yang merata
sepanjang tahun juga tidak mengalami fenomena ini (Hulupi et al. 2012).
Pemahaman tentang fenologi pembungaan diperlukan untuk menghadapi
biannual bearing ini, sehingga produksi tanaman rambutan dapat diatur (Liferdi
2000).
Perumusan Masalah
Indonesia merupakan pusat keragaman rambutan dan kerabatnya, sehingga
sumber daya genetiknya sangat besar. Sampai saat ini terdapat 20 aksesi
rambutan yang telah dilepas dan didaftarkan di Pusat Perlindungan Varietas
Tanaman dan Perizinan Pertanian, dan masih banyak lagi aksesi lokal yang
belum didaftarkan dan tersebar di seluruh wilayah Indonesia. Upaya
pengembangan rambutan memerlukan informasi terkait dengan karakter
morfologi, keunggulan aksesi, dan fenologi pembungaan, sementara
ketersediaan informasi tersebut masih sangat terbatas dan data yang tersedia
belum tersusun dalam basis data yang memadai. Melalui karakterisasi dan
evaluasi keragaman plasma nutfah rambutan akan dapat diidentifikasi kedekatan
hubungan antaraksesi plasma nutfah, juga akan didapatkan informasi tentang

3
aksesi yang mempunyai keunggulan seperti yang diinginkan pasar (warna kulit
merah, edible portion tinggi, produksi tinggi, ukuran buah besar dan seragam,
rasa manis dan mengelotok, kandungan air aril rendah, Spintern berukuran
pendek atau tidak ada, dan tahan simpan).
Studi fenologi pembungaan yang mengidentifikasi faktor lingkungan dan
faktor endogen tanaman dalam inisiasi pembungaan diperlukan untuk
perencanaan produksi, panen dan menjamin ketersediaan buah rambutan
sepanjang tahun.
Tujuan Penelitian
1. Mempelajari kedekatan hubungan dan pengelompokan antar aksesi sumber
daya genetik rambutan di Indonesia.
2. Mengetahui karakter yang berkorelasi dengan bobot per buah dan edible
portion rambutan.
3. Mempelajari keragaan beberapa genotipe rambutan pada lingkungan yang
berbeda.
Ruang Lingkup Penelitian
Kegiatan penelitian diawali dengan pengumpulan informasi tentang
keberadaan plasma nutfah rambutan baik di daerah pusat keragamannya maupun
di daerah pengembangan. Informasi dikumpulkan melalui lembaga penelitian
yang bergerak dalam bidang plasma nutfah terutama tanaman buah tropika.
Selanjutnya dilakukan eksplorasi, yang dilanjutkan dengan karakterisasi dan
dokumentasi. Data hasil karakterisasi diperkuat dengan mendokumentasikan
morfologi tanaman (Percobaan 1). Informasi tentang fenologi pembungaan
diperoleh dengan mengamati waktu berbunga, panjang malai, lebar malai,
jumlah malai, jumlah buah per malai, jumlah buah per pohon,bobot segar kulit,
biji, dan aril. Hasil pengamatan terhadap variabel-variabel di atas dapat
menyimpulkan fenologi pembungaan pada tanaman rambutan (Percobaan 2).
Seluruh tahapan penelitian disajikan pada bagan alir (Gambar 1).

4

Pengumpulan informasi dan
eksplorasi plasma nutfah
rambutan

Karakterisasi

Karakterisasi morfologi
dan identifikasi buah
berkualitas unggul pada
beberapa aksesi
rambutan dan

Karakterisasi fenologi
pembungaan beberapa
kultivar rambutan

1. Informasi kedekatan hubungan dan pengelompokan antar aksesi
sumber daya genetik rambutan di Indonesia.
2. Informasi karakter yang berkorelasi dengan bobot per buah dan
edible portion rambutan.
3. Informasi keragaan beberapa genotipe rambutan pada lingkungan
yang berbeda

Gambar 1. Bagan alir penelitian Analisis Keragaman dan Keragaan Plasma
Nutfah Rambutan di Indonesia.

5

2 TINJAUAN PUSTAKA
Botani dan Penyebaran Rambutan
Rambutan merupakan tumbuhan asli Indonesia yang telah dibudidayakan
di berbagai pulau, karena dapat beradaptasi dengan baik pada daerah tropis
basah, daerah dengan keasaman tinggi, dan daerah yang berdrainasi sangat baik
dengan kandungan bahan organik tinggi dari beberapa meter di atas permukaan
laut hingga ketinggian 600 m di atas permukaan laut (dpl), dari daerah kering
hingga daerah rawa (Tindall, 1994) Sentra produksi rambutan di Indonesia
terletak di Pulau Jawa, sisanya di Sumatera dan pulau-pulau lainnya.
Kebanyakan ditanam dalam bentuk kebun rakyat dengan luasan yang kecil.
Tanaman rambutan merupakan tanaman yang berbentuk pohon dengan
tinggi tanaman mencapai 15-25 m. Daunnya hijau sampai hijau tua dengan
susunan daun berselang-seling (alternate), merupakan daun majemuk dengan
arah pertumbuhan menyirip, daun muda agak berbulu. Bentuk daun lonjong,
elliptic, dan obovate.
Malai bunga rambutan muncul pada ujung daun (terminalis) dan pada
beberapa aksesi muncul di ketiak daun (axilaris). Kelopak bunga rambutan
berbentuk seperti cangkir, berjumlah 4-6 buah, jumlah benang sari adalah 4-10
tangkai (Kubitzki 2011). Bunganya kecil terdiri dari tiga jenis: jantan,
hermafrodit berfungsi sebagai jantan, dan hermafrodit berfungsi sebagai betina.
Buah rambutan berbentuk bulat telur, atau ellipsoid, berwarna merah muda,
merah, merah tua, oranye-merah, merah maroon, kekuningan-merah, atau semua
kuning atau oranye-kuning. Kulit buahnya tipis, kasar dan ditutupi rambut,
sehingga tanaman ini dinamakan rambutan. Daging buah (aril) berwarna bening,
atau putih, berair, rasanya manis segar. Aril menyelaputi biji yang berbentuk
pipih, berwarna putih sampai coklat (Morton 1987).
Buah yang disenangi konsumen adalah yang memiliki kualitas baik secara
visual (ukuran, warna, bersinar, bentuk, tekstur, ketegasan, tidak adanya cacat),
aroma, dan kandungan nutrisi, vitamin dan mineral. Karakter kualitatif yang
penting untuk pasar internasional meliputi: warna buah merah seragam, bebas
dari serangga dan penyakit, bersih, berat > 30 g/buah, panjang spintern < 1 cm,
aril tebal dan mudah dipisahkan dari biji, serta total padatan terlarut berkisar
antara 16° brix sampai 18°brix (Wills et al, 1981;. Kader 2001).
Rambutan cocok ditanam pada daerah beriklim tropis dan lembab.
Tanaman ini sesuai pada sebagian besar jenis tanah, kecuali lahan tergenang,
lahan gambut, perbukitan, dan daerah berpasir. Tanah aluvial dengan solum
dalam dan mengandung bahan organik tinggi, sangat ideal untuk pertumbuhan
dan perkembangannya (Janssens and Pohlan 2003).
Keragaman Genetik Rambutan
Tanaman rambutan termasuk ke dalam famili Sapindaceae, sub famili
Sapindoideae. Rambutan termasuk ke dalam genus Nephelium yang terdiri dari
16 spesies, dan hanya rambutan dan kapulasan saja yang banyak dibudidayakan
dan dimanfaatkan buahnya. Rambutan merupakan tanaman dioecious berbentuk
pohon. Ciri khas rambutan adalah memiliki rambut (spintern) yang panjang, dan

6
ketiadaan spintern inilah yang membedakan rambutan dengan kerabat dekatnya
kapulasan (N.ramboutan-Ake syn. N.mutabile) (Menzel 2002).
Nephelium merupakan salah satu dari 130 genus dalam famili Sapindaceae,
yang pusat asalnya diperkirakan berada di wilayah Indonesia dan Malaysia.
Menurut Soepadmo (1979) ada 30 spesies dari Nephelium di Asia Tenggara, 14
di antaranya terdapat di Semenanjung Malaysia. Nephelium spp. berbentuk
pohon dan menghasilkan buah yang dapat dimakan, baik manis atau asam.
Contoh spesies yang dapat dimakan adalah N. lappaceum (rambutan), N.
ramboutan-ake (kapulasan), N. cuspidatum, N. hypoleucum, N. maingayi dan N.
uncinatum (Siebert, 1997). Selain N. lappaceum dan N. ramboutan-ake, yang
dibudidayakan untuk dimanfaatkan buahnya, spesies Nephelium lainnya jarang
diperdagangkan (Verheij dan Coronel 1997).
Kapulasan merupakan tanaman berbentuk pohon dengan tinggi 10-15 m,
dengan percabangan rendah. Letak daunnnya menyirip berbentuk elips sampai
dengan lanset. Buah kapulasan umumnya berbentuk bulat telur, dengan panjang
5-7,5 cm, berwarna merah, merah tua, merah terang atau kuning. Kulit buahnya
kasar dan tidak memiliki spintern, sehingga sering disebut rambutan tanpa
rambut. Arilnya berkilau putih atau putih kekuningan dengan tebal 0,4 cm, dan
mudah dipisahkan dari biji. Rasa umumnya lebih manis daripada rambutan. Biji
berbentuk bulat telur, lonjong atau ellipsoid, berwarna coklat muda, agak pipih
pada satu sisi, dengan panjang sekitar 2-3,5 cm (Morton 1987).
Kerabat rambutan lainnya adalah Nephelium maingayi (ridan), tumbuhan
ini bisa mencapai tinggi 40 m. Bunga dan buah terletak di ujung ranting, dan
ketiak daun. Buahnya berbentuk lonjong pipih, kulit buah berwarna merah muda.
Rasa aril manis asam sampai manis (Verheij dan Coronel 1997).
Pengelolaan Plasma Nutfah Tanaman Buah
Indonesia merupakan negara yang sangat kaya dengan keanekaragaman
hayati karena terletak di daerah katulistiwa yang mempunyai tipe hutan hujan
tropis cukup unik dengan keanekaragaman jenis tertinggi di dunia. Kekayaan
keanekaragaman jenis buah-buahan asli Indonesia juga cukup tinggi dan masih
banyak yang belum dimanfaatkan dengan baik. Hal ini terlihat antara lain
dengan masih banyaknya buah-buahan impor yang dijual di pasar-pasar ataupun
di toko-toko swalayan di berbagai kota di seluruh Indonesia (Uji 2005).
Kekayaan keanekaragaman jenis dan plasma nutfah buah-buahan asli Indonesia
yang cukup besar sangat penting terutama sebagai modal dasar untuk pemuliaan
tanaman buah-buahan. Inventarisasi kekayaan jenis buah-buahan asli Indonesia
perlu dilakukan agar dapat dimanfaatkan terutama dalam usaha meningkatkan
kualitas dan kuantitas buah-buahan asli Indonesia. Hal ini juga diperlukan untuk
meningkatkan usaha penganekaragaman jenis buah-buahan yang dapat dimakan
di Indonesia.
Apabila dilihat berdasarkan lokasi maka jumlah spesies buah-buahan
paling banyak ditemukan di Sumatera (148 spesies) kemudian Kalimantan (144
spesies), selanjutnya adalah Jawa (96 spesies), Sulawesi (43 spesies), Maluku
(30 spesies), Nusa Tenggara (21 spesies), Papua (16 spesies) dan 34 spesies
lainnya tersebar diseluruh Indonesia (Uji 2004). Tercatat paling sedikit ada 4
genus dari 4 famili buah-buahan asli Indonesia yang bernilai ekonomi cukup

7
tinggi dan juga mempunyai keanekaragaman spesies yang tinggi. Masingmasing berasal dari famili Anacardiaceae (genus Mangifera), Clusiaceae (genus
Garcinia), Sapindaceae (genus Nephelium) dan suku Bombacaceae (genus
Durio) (Winarno 2000).
Dalam rangka mewujudkan pembangunan pertanian, khususnya di bidang
pengembangan hortikultura, maka kekayaan plasma nutfah buah-buahan yang
beraneka ragam dan tersebar di wilayah Indonesia merupakan potensi sumber
daya yang menguntungkan, karena memiliki nilai jual dan digemari oleh
masyarakat.
Fenologi Pembungaan
Studi fenologi merupakan suatu pendekatan khusus yang berguna untuk
pengembangan strategi dalam meningkatkan cabang pohon buah-buahan dimana
terjadi kompetisi antara pertumbuhan vegetatif dan generatif dalam
pembentukan buah. Cull (1991) menjelaskan bahwa pengembangan fenologi
bertujuan untuk menghasilkan kultivar-kultivar yang bentuk fenologinya normal
dari tahun ke tahun, yang dipengaruhi oleh faktor genetik dan lingkungan yang
spesifik.
Studi tentang fenologi pada tanaman buah-buahan sangat penting untuk
dipelajari karena diperlukan dalam pengelolaan kebun, agar jadwal pemupukan,
pemangkasan, irigasi, dan manipulasi tanaman dapat dilakukan dengan tepat
(Liferdi 2000).
Pertumbuhan dan perkembangan tanaman jeruk Pamelo dapat dilihat dari
ritme pertumbuhan tajuk, pertumbuhan akar, pembungaan, dan pembuahan.
Aktivitas fisiologi yang berperan dalam memengaruhi perubahan fenologi antara
lain adalah kandungan nitrogen, karbohidrat, dan nisbah C/N yang terdapat
dalam tanaman (Vemmos 1995). Selain itu, faktor lingkungan tanaman akan
memengaruhi aktivitas fisiologi tanaman yang berdampak langsung terhadap
fase-fase pertumbuhan dan perkembangan tanaman. Unsur iklim yang
memengaruhi proses fisiologi adalah cekaman abiotik seperti suhu udara,
kelembaban udara, curah hujan, kekeringan, panjang hari, dan intensitas radiasi
(Darjanto dan Satifah 1990; Thamrin et al. 2009).
Rambutan merupakan tanaman yang berbuah musiman (alternate bearing)
yaitu berbuah banyak pada suatu musim dan berbuah sedikit pada musim
berikutnya. Fenomena tersebut dipengaruhi oleh faktor lingkungan terutama
iklim mikro dan faktor endogen tanaman. Produksi buah pohon golongan
biannual bearing memiliki masa panen raya selang dua tahun, dan kultivarkultivar alternate bearing tidak membentuk bunga pada tahun berikutnya setelah
berbuah lebat, disebabkan menipisnya cadangan karbohidrat pada semua organ
tanaman (Goldschmidt dan Golomb 1982).
Perubahan fisiologi tanaman yang paling berperan dalam fenomena
biannual bearing adalah terjadinya pengurasan karbohidrat dan hara pada saat
panen raya (on year). Cara yang biasa digunakan untuk mengatasi fenomena ini
diantaranya adalah melakukan kombinasi antara pemupukan dan pemangkasan
berdasarkan fenofisiologi tanaman, serta penjarangan buah pada saat on year
(Sangtong dan Chongpraditnun 1996).

8

3 KARAKTERISASI KERAGAMAN GENETIK PLASMA
NUTFAH RAMBUTAN
PENDAHULUAN
Rambutan (Nephelium lappaceum L) merupakan tanaman asli Indonesia
dan Malaysia. Penyebaran rambutan di Indonesia meliputi pulau Sumatera, Jawa,
dan Kalimantan. Indonesia memiliki 16 spesies dalam genus Nephelium, dan
sembilan spesies di antaranya dapat dimakan. Keragaman genetik rambutan
tertinggi dapat ditemukan di Kalimantan (Siebert 1997).
Pengetahuan tentang keragaman genetik dan hubungan antaraksesi sangat
berguna dalam memahami variabilitas genetik yang tersedia dan potensi
penggunaannya bagi program pemuliaan tanaman. Kegunaan lainnya adalah
dalam pemilihan genotipe yang diprioritaskan untuk konservasi (Thormann et al,
1994).
Penanda genetik yang dapat digunakan sebagai pembeda antaraksesi
tanaman dapat berupa penanda morfologi, agronomi, maupun molekuler. Penanda
morfologi merupakan penanda yang yang paling mudah digunakan, lebih murah,
dan sederhana. Penanda morfologi dapat digunakan untuk analisis kekerabatan
dan sebagai penduga jarak genetik antaraksesi tanaman. Menurut Stoskopf et
al.( 2009), penanda morfologi merupakan penanda yang dapat digunakan untuk
mengukur besarnya keragaman pada tanaman berdasarkan karakter fenotipe, baik
pada fase vegetatif maupun fase generatif. Karakter kualitatif meliputi warna dan
bentuk dikendalikan oleh gen sederhana (satu atau dua gen) dan sedikit
dipengaruhi oleh lingkungan. Teknik ini telah digunakan pada tanaman buah
seperti pisang (Sukartini 2007) dan nenas (Hadiati et al. 2009).
Pendugaan kekerabatan dan jarak genetik antaraksesi tanaman dapat
dilakukan dengan analisis klaster. Teknik analisis klaster dapat menilai kesamaan
dan perbedaan genetik dalam suatu koleksi plasma nutfah, serta dapat digunakan
dalam menyeleksi tetua pada berbagai tingkat segregasi (Peeters dan Martinelli
1989).
Sampai tahun 2000 telah ditemukan lebih dari 30 aksesi rambutan yang
tersebar di Sumatera, Jawa, dan Kalimantan (Napitupulu dan Simatupang 2000).
Walaupun demikian, jumlah aksesi tersebut belum tentu mencerminkan tingkat
keragaman yang tinggi. Karakterisasi dan analisis kekerabatan pada aksesi yang
ada sangat diperlukan. Penelitian bertujuan untuk 1) mengetahui pengelompokan
dan jarak genetik pada plasma nutfah rambutan. 2) mengetahui karakter yang
berkorelasi dengan bobot per buah dan edible portion rambutan.
BAHAN DAN METODE
Tempat dan Waktu
Lokasi penelitian terdiri dari (1) Kebun Percobaan (KP) Aripan, Balai
Penelitian Tanaman Buah Tropika, (2) KP Subang, Balai Penelitian Tanaman
Buah Tropika (3) KP Cipaku, Balai Pengkajian Teknologi Pertanian Jawa Barat,
dan (4) Kabupaten 50 Kota Sumatera Barat. Analisis laboratorium dilaksanakan
di (1) Laboratorium Pasca Panen Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika, dan

9
(2) Laboratorium Pusat Kajian Hortikultura Tropika. Penelitian dilaksanakan
mulai bulan Juni 2013 sampai Februari 2014.
Bahan dan Alat
Bahan yang digunakan dalam penelitian terdiri dari 33 aksesi yang tersebar
di tiga kebun percobaan dan di lahan penduduk (Tabel 1).
Tabel 1. Aksesi rambutan dan kerabatnya
No

Nama Aksesi

Kode

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33

Korong Gadang
Tangkue
Garuda
Pirba
Bariah
Antalagi
Gula batu
Sukowono
Rapiah
Binjai
Lebak bulus
Padang Bulan
Sinyonya
Kalimantan
Padang
Lekong
Walahar
Simacan
Aceh Medan
Lebak Bulus Kuning
Gendut Kair
Kering Manis
Aceh Gundul
Cianjur
Lokal Subang
Aceh Kuning
Aceh Gendut
Aceh Gendong
Aceh SKWL
Sibabat
Kapulasan Mungo 01
Kapulasan Mungo 02
Kapulasan Cipaku

Kga
Tke
Gar
Pir
Bar
Ant
Gba
Suk
Rph
Bji
Lbs
Pbl
Sin
Kal
Pad
Lek
Wal
Smc
Amd
Lbk
Gkr
Krm
Agdl
Cjr
Sub
Akg
Agdt
Agdg
Skwl
Sib
K01
K02
Kcip

Asal Koleksi
Aripan
Cipaku, Subang
Cipaku, Subang
Cipaku, Subang
Cipaku, Subang
Cipaku, Subang
Cipaku, Subang
Subang
Aripan, Cipaku, Subang
Aripan, Cipaku, Subang
Aripan, Cipaku, Subang
Aripan, Cipaku, Subang
Aripan, Cipaku, Subang
Cipaku, Subang
Subang
Subang
Subang
Cipaku, Subang
Subang
Subang
Subang
Cipaku
Cipaku, Subang
Subang
Subang
Cipaku
Cipaku
Cipaku
Cipaku, Subang
Subang
50 kota
50 kota
Cipaku

10
Alat yang digunakan dalam kegiatan ini antara lain meteran, jangka sorong,
alat tulis, kamera digital, hand held refractometer, timbangan dan panduan
deskripsi rambutan.
Pelaksanaan Kegiatan
Kegiatan eksplorasi dan karakterisasi plasma nutfah dilakukan di slah satu
pusat keragaman rambutan di Indonesia yaitu di pulau Sumatera. Eksplorasi dan
koleksi plasma nutfah dilakukan dengan menggali keterangan dari petani tentang
manfaat dan alasan penanaman suatu aksesi, preferensi, dan sifat aksesi yang
diinginkan, hambatan adopsi aksesi unggul, dan informasi awal dari aksesi yang
dikumpulkan. Rute eksplorasi dan tempat-tempat perolehan plasma nutfah
dicatat agar diketahui di daerah mana saja telah dilakukan eksplorasi. Materi
koleksi dilengkapi dengan form data paspor.
Karakterisasi dilakukan dengan mengidentifikasi karakter-karakter yang
dimiliki tanaman ataupun penciri dari kultivar tersebut. Karakter yang diamati
adalah karakter morfologi, baik kualitatif maupun kuantitatif sesuai dengan
Descriptors for Rambutan (IPGRI 2003) (Tabel 2).
Tabel 2. Karakter yang diamati pada rambutan.
Karakter
Tinggi tanaman, cm
Lingkar batang, cm
Permukaan batang

Diameter tajuk,cm

Kategori
Diukur dari permukaan tanah sampai puncak
pohon
Diukur 50 cm di atas permukaan
1. Licin
2. Kasar
3. Sangat kasar
Diukur diameter rata-rata dua arah: UtaraSelatan dan Timur-Barat

Bentuk tajuk

Kebiasaan tumbuh pohon

Kerapatan cabang

1.Tegak
2.Semi Tegak
3.Menyebar
4.Terkulai
99. Lainnya
1. Jarang (sparse)
2. Sedang (medium)
3. Rapat (dense)

Pola percabangan
Warna daun

Jumlah helaian daun
Panjang tangkai daun, cm

1.Hijau Muda
2.Hijau
3.Hijau Tua
Dihitung jumlah helaian dari 10 daun
Diukur dari batang sampai pangkal helaian
daun

11
Tabel 2. Karakter yang diamati pada rambutan (lanjutan).
Karakter
Panjang helaian daun, cm
Lebar daun, cm
Bentuk helaian daun

Kategori
Diukur dari pangkal sampai ujung helaian
daun
Diukur pada bagian terlebar

Bentuk ujung daun
Bentuk pangkal daun
Tepi daun

1.Penuh
2.Bergelombang
3.Tidak Beraturan
4.Keriting

Posisi malai

Bentuk malai
Warna malai
Kelimpahan bunga pada malai

Panjang malai, cm
Lebar malai, cm
Panjang tandan, cm
Lebar tandan, cm
Jumlah buah per tandan
Jumlah tandan per cabang
Jumlah tandan per pohon
Kerapatan tandan buah
Kebiasaan tumbuh buah

1. Hijau Muda
2. Hijau
1. Jarang
2. Sedang
3. Rapat
Diukur dari pangkal sampai ujung malai
Diukur pada bagian terlebar
Diukur dari pangkal sampai ujung tandan
Diukur pada bagian terlebar
Dihitung pada 10 tandan
Dihitung jumlah tandan pada tiap cabang
Dihitung jumlah tandan di dalam satu pohon
1. Jarang 2. Sedang 3. Rapat 9.Lainnya
1.Teratur
2.Dua Tahun Sekali
3.Tidak Beraturan

Bentuk buah

Panjang buah, cm
Lebar buah,cm
Bobot buah, g
Ketebalan kulit buah

Diukur pada 20 buah
Diukur pada 20 buah
Diukur pada 20 buah
1 Tipis
2 Sedang
3 Tebal
4 Sangat tebal

12
Tabel 2. Karakter yang diamati pada rambutan
Karakter
Kategori
Ketebalan kulit buah
1 Tipis
2 Sedang
3 Tebal
4 Sangat tebal
Warna kulit buah
1 Hijau
2 Kuning
3 Merah kekuningan
4 Orange
5 Orange merah
6 Merah
7 Merah tua
99 lainnya
Berat kulit buah, g
Diamati pada 20 buah
Berat aril,g

Diamati pada 20 buah

Berat biji, g

Diamati pada 20 buah

Porsi yang dapat dimakan, %

Diamati pada 20 buah

Total padatan terlarut, Obrix

Diamati pada 20 buah

Tekstur rambut

1. Lembut
2. Sedang
3. Kaku
1 Jarang
2 Sedang
3 Rapat
1.Merah
2.Kuning
3.Hijau
1. Putih
2. Putih Keruh
3. Putih Krem
1.Tipis
2. Sedang
3. Tebal
1. Lembut
2. Keras
3. Renyah
99.Lainnya
1.Hambar
2. Asam
3. Manis Asam
4. Manis
99. Lainnya
1.Kering
2.Berair
3. Sangat Berair

Kerapatan rambut

Warna rambut

Warna aril

Ketebalan aril

Tekstur aril

Rasa aril

Kandungan air aril

13
Tabel 2. Karakter yang diamati pada rambutan (lanjutan)
Karakter

Kategori

Kemudahan aril dipisahkan dari biji

0.Tidak Mengelotok
1.Mengelotok

Bentuk biji

Prosedur Analisis Data
Data karakter morfologi yang digunakan dalam pengelompokan terdiri dari
29 karakter kualitatif. Perhitungan jarak genetik antar aksesi dilakukan dengan
metode Gower, kemudian dilanjutkan dengan pengelompokan hirarkhis
menggunakan metode average linkage dalam paket „cluster‟ di perangkat lunak
R versi 3.0.1. Pengelompokan aksesi berdasarkan koefisien ketidakmiripan juga
dilakukan menggunakan analisis koordinat utama (principal coordinate
analysis).
Analisis nominal logistic biplot dilakukan untuk melihat sifat penciri dari
suatu kumpulan aksesi, menggunakan paket „NominalLogisticBiplot‟ di R. Pada
penelitian ini dilakukan pelabelan biplot untuk karakter kerapatan tandan, citarasa
aril, ketebalan aril, ketebalan kulit, dan edible portion. Karakter-karakter tersebut
dipilih karena memiliki hubungan dengan produksi dan kualitas buah.
Faktor-faktor yang berhubungan dengan produksi dapat diduga
menggunakan analisis regresi linier berganda, dengan persamaan sebagai berikut:
Y=

+

+

+...............

Variabel produksi yang merupakan variabel tidak bebas (Y) pada
penelitian ini adalah bobot per buah dan edible portion. Variabel bebas (X) yang
digunakan untuk menduga faktor-faktor yang berhubungan dengan bobot per buah
dan edible portion pada percobaan ini terdiri dari: jumlah anak daun (X1),
panjang tangkai daun (X2), panjang daun (X3), lebar daun (X4), panjang malai
(X5), lebar malai (X6), jumlah tandan per cabang (X7), panjang tandan (X8), lebar
tandan (X9), jumlah buah per tandan (X10), panjang buah (X11), lebar buah (X12),
bobot kulit (X13), bobot aril (X14), dan bobot biji (X15). Program yang digunakan
adalah R 3.0.1 dengan metode stepwise model selection yang dapat menyeleksi
faktor X yang paling berhubungan dengan faktor Y, sehingga diperoleh suatu
persamaan regresi linier berganda.
Untuk mengetahui karakter-karakter yang memiliki pengaruh langsung
dan pengaruh tidak langsung terhadap bobot per buah dan edible portion
dilakukan analisis sidik lintas (path analysis). Faktor yang digunakan dalam
pendugaan pengaruh langsung dan tidak langsung pada kedua variabel produksi
tersebut merupakan hasil pengolahan dari regresi linier berganda, yaitu hanya
menggunakan faktor-faktor yang paling berpengaruh terhadap edible portion.
Analisis sidik lintas mengungkapkan pengaruh langsung dan tidak langsung dari
masing-masing komponen pendukung terhadap hasil tanaman (Singh and

14
Chaudhary 1977). Besarnya koefisien korelasi antara peubah x1, x2, x3 dan y
dapat dihitung dengan rumus :
r (x1, Y) = a + r ( x1, x2)b +r (x1,x3)c
r (x2,Y) = r (x2 ,x1)a +b + r (x2 ,x3)c
r (x3,Y) = r (x3,x1)a + r (x3,x2)b + c
r (R,Y) = h
dimana,
, koefisien lintas dari x1 ke Y
, koefisien lintas dari x2 ke Y
, koefisien lintas dari x3 ke Y
Penghitungan sidik lintas menggunakan metode matriks seperti yang
dikemukakan oleh Singh and Chaudary (1977), dengan persamaan seperti di
bawah ini. Nilai vektor R adalah korelasi antara karakter X dengan edible
portion (Y), dimana matriks R unsur-unsurnya terdiri dari korelasi antara
peubah bebas X. a, b dan c merupakan koefisien sidik lintas. rx1x1, rx2x2 dan
rx3 merupakan pengaruh langsung peubah X terhadap Y. Matriks sidik lintas di
bawah ini merupakan contoh matriks jika menggunakan tiga peubah X.
2
[

]

[

][ ]

HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis Klaster dan Jarak Genetik 33 Aksesi Rambutan
Dendrogram menunjukkan adanya dua kelompok utama yang berisi 29
aksesi rambutan (Nephelium lappaceum) dan 4 aksesi kapulasan (Nephelium
ramboutan-ake syn. N. mutabile), dengan koefisien ketidakmiripan rata-rata
antara keduanya sekitar 55% (koefisien kemiripan 45%) (Gambar 2).

15

Gambar 2. Dendrogram pengelompokan 33 aksesi rambutan berdasarkan karakter
morfologi.
Perbedaan karakter antara kedua spesies di antaranya helaian daun
rambutan berukuran sedang sampai lebar, sedangkan kapulasan agak sempit. Kulit
buah rambutan dipenuhi rambut (spintern) sedangkan kapulasan tidak memiliki
rambut. Kerapatan malai rambutan biasanya sedang sampai rapat, sedangkan
kapulasan mempunyai kerapatan malai yang sangat rapat. Kerapatan tandan
rambutan, biasanya sedang sampai sangat rapat, sedangkan kapulasan mempunyai
kerapatan tandan sangat jarang sampai jarang (Tabel 3). Keragaan buah rambutan
dan kapulasan dapat dilihat pada Gambar 3.

Gambar 3. Keragaan daun, bunga dan buah rambutan dan kapulasan.

16

Tabel 3. Karakter pembeda antara rambutan dengan kapulasan (N.ramboutan-ake).
Karakter
Kerapatan cabang
Warna daun
Kelimpahan bunga
Kebiasaan berbuah
Kerapatan tandan
Tebal kulit
Tekstur rambut
Kerapatan rambut
Warna rambut
Ketebalan aril
Tekstur aril
KandunganAir

Rambutan
Sedang-rapat
Hijau tua
Sedang-rapat
Tiap tahun kecuali Korong
Gadang
Sedang-rapat
Sedang
Lembut-kaku
Jarang-rapat
Merah,kuning,hijau
Sedang-tebal
Lembut-renyah
Kering,berair,sangat berair

Kapulasan
Jarang
Hijau
Jarang
Tidak beraturan
Jarang-sangat jarang
Tebal-sangat tebal
Tidak ada
Tidak ada
Tidak ada
Tipis-sedang
Alot
Kering

Kelompok kapulasan terdiri dari empat aksesi, yaitu Kapulasan Mungo 01,
Kapulasan Mungo 02, Sibabat, dan Kapulasan Cipaku. Nilai kemiripan genetik
terbesar adalah antara Kapulasan Mungo 01 dengan Kapulasan Mungo 02 sebesar
80,17% (ketidakmiripan 19,83%). Perbedaan antara kedua aksesi di antaranya,
Kapulasan Mungo 01 permukaan batangnya sangat kasar, ketebalan aril tipis, rasa
aril asam, dan tidak mengelotok, sedangkan Kapulasan Mungo 02 permukaan
batangnya licin, tebal aril sedang, rasa aril manis asam, dan mengelotok. Karakter
buah masing-masing aksesi dapat dilihat pada Lampiran 2.
Variasi fenotipik pada karakter kualitatif hanya sedikit dipengaruhi oleh
lingkungan. Karakter kualitatif umumnya dicirikan dengan sebaran fenotipe
diskontinu yang dikendalikan oleh gen monogenik ataupun oligogenik yang
pengaruh gennya secara individu mudah dikenali (Trustinah 1997).
Kelompok rambutan selanjutnya dapat dikelompokkan lagi menjadi dua
kelompok, (IIa) aksesi Kering Manis, Lokal Subang, dan Sinyonya (IIb) 26 aksesi
rambutan. Nilai ketidakmiripan antara kedua kelompok adalah sebesar 49.43%.
Perbedaan antara kedua kelompok rambutan ini dapat dilihat pada Tabel 4.
Tabel 4. Karakter pembeda antara rambutan kelompok IIa dan IIb.
Karakter

IIa

Bentuk tajuk
Kerapatan cabang

Oblong
Jarang-sedang

Bentuk cabang
Warna daun
Bentuk daun
Bentuk ujung daun
Bentuk pangkal daun

Tidak beraturan
Hijau
Obovate
Obtuse
Acute

IIb
Spherical,Semicircular,Broadly
pyramidal
Jarang-rapat
Tegak,mendatar,tidak
beraturan
Hijau-hijau tua
Elliptic
Acuminate
Cuneate

17
Tabel 4. Karakter pembeda antara rambutan kelompok IIa dan IIb (lanjutan).
Karakter
Bentuk buah
Tekstur rambut
Warna rambut

IIa
Lonjong
Lembut
Merah
Kering Manis,
Sinyonya, Lokal
Subang

IIb
Ovoid, bulat, dan lonjong
Lembut-kaku
Hijau,merah,kuning
SKWL, Aceh Gendut, Pirba,
Garuda, Binjai, Aceh Kuning,
Gula Batu, Lebak Bulus,
Rapiah, Walahar, Antalagi,
Lebak Bulus Kuning, Aceh
Medan, Padang, Sukowono,
Kalimantan, Padang Bulan,
Simacan, Aceh Gendong,
Bariah, Lekong, Cianjur,
Gendut Kair, Tangkue, Aceh
Gundul, Korong Gadang

Aksesi Sinyonya, Lokal Subang, dan Kering Manis memiliki beberapa
kemiripan antara lain bentuk daun obovate sedangkan secara umum daun
rambutan berbentuk elliptic, bentuk ujung daun obtuse, dan pangkal daun acute,
buah sama-sama berbentuk lonjong dengan rambut berwarna merah (Gambar 4).
Aksesi Lokal Subang dan Sinyonya memiliki koefisien ketidakmiripan 17.82%
(kemiripan 82.18%), dimana keduanya hanya memiliki perbedaan pada lima
karakter dari 29 karakter yang diamati. Sinyonya memiliki tandan yang sangat
rapat, tebal kulit buah sedang dengan warna merah, kerapatan rambut sedang, dan
rasa aril manis asam. Lokal Subang memiliki tandan rapat, kulit buahnya tipis
berwarna merah tua, kerapatan rambut sedang, dan citarasa aril manis.

Gambar 4. Keragaan buah rambutan aksesi Kering Manis, Lokal Subang, dan
Sinyonya.
Aksesi Korong Gadang dan Aceh Gundul memiliki koefisien
ketidakmiripan sebesar 35,92% atau kemiripan sebesar 64,08% (Gambar 5).
Kemiripan karakter antara kedua aksesi ini antara lain permukaan batang samasama kasar, bentuk helaian daun obovate, bentuk ujung dan pangkal daun obtuse
dan cuneate. warna malai hijau(berbeda dari kebanyakan aksesi rambutan yang
malainya berwarna hijau muda). Di samping kemiripan tersebut, aksesi Korong
Gadang memiliki karakter unik seperti berbunga dua tahun sekali, warna kulit
buah oranye merah, dan berkulit tebal.

18

Gambar 5. Keragaan buah rambutan aksesi Korong Gadang dan Aceh Gundul.
Beberapa aksesi memiliki koefisien ketidakmiripan yang sangat kecil,
seperti antara aksesi Lebak Bulus dengan Rapiah (koefisien kemiripan 90,52%,
ketidakmiripan 9,48%). Kedua aksesi tersebut mempunyai 25 karakter yang sama,
dan hanya memiliki 4 karakter yang berbeda. Kedua aksesi tersebut mempunyai
25 karakter yang sama, dan hanya memiliki 4 karakter yang berbeda. Karakter
yang sama pada kedua aksesi antara lain bentuk tajuk, kebiasaan tumbuh pohon,
bentuk helaian daun, posisi malai, kelimpahan bunga pada malai, dan kebiasaan
berbuah. Perbedaan mendasar pada kedua aksesi diantaranya, Lebak Bulus bentuk
buahnya oval, warna kulit buahnya merah kekuningan, dan rasa arilnya manis
asam, sedangkan Rapiah memiliki bentuk buah bulat, warna kulit buah kuning,
dan cita rasa aril manis (Gambar 6).

Gambar 6. Keragaan buah rambutan aksesi Lebak Bulus dan Rapiah.
Aksesi lain yang memiliki nilai kemiripan genetik besar adalah Bariah
dengan Aceh Gendong. Koefisien ketidakmiripan antara kedua aksesi sebesar
12%, atau kemiripan genetik sebesar 88%. Kedua aksesi memiliki 24 karakter
morfologi yang sama dan 5 karakter yang berbeda. Kemiripan antara kedua aksesi
meliputi karakter tekstur permukaan batang licin, bentuk tajuk semi-circular,
kerapatan cabang sedang, bentuk buah oval dan warna kulit buah merah.
Perbedaan antara kedua aksesi antara lain, Bariah mempunyai kerapatan cabang
yang jarang, tekstur rambut lembut, dan ketebalan aril sedang, sedangkan Aceh
Gendong memiliki kerapatan cabang sedang, tekstur rambut kaku, dan ketebalan
aril tipis.

19
Rambutan Aceh yang terdiri dari lima aksesi yaitu Aceh Gendut, Aceh
Gundul, Aceh Gendong, Aceh Kuning, dan Aceh SKWL, memiliki kemiripan
yaitu arilnya sama-sama mengelotok. Di antara kelima aksesi, Aceh Gendut
memiliki malai yang paling rapat, paling panjang, dan paling lebar, serta citarasa
aril manis (Gambar 7).

Gambar 7. Keragaan buah lima aksesi rambutan Aceh.
Informasi jarak genetik sangat diperlukan untuk meningkatkan efisiensi
persilangan dalam menghasilkan hibrida (Yadav et al. 2011). Menurut Sukartini
(2007), aksesi-aksesi yang jarak genetiknya jauh berpotensi untuk digunakan
sebagai tetua pada program pemuliaan tanaman, sementara aksesi-aksesi yang
jarak genetiknya kecil sebaiknya dipilih salah satunya saja sebagai materi koleksi
plasma nutfah jika kebun koleksi terbatas.
Pengelompokan plasma nutfah rambutan juga dapat dilakukan dengan
metode analisis koordinat utama (Gambar 8). Hasil analisis koordinat utama
sebagian besar berhubungan dengan yang diperoleh pada analisis klaster
(Rahimmalek 2012). Pengelompokan menggunakan analisis koordinat utama
mirip dengan pengelompokan menggunakan dendrogram. Metode ini juga
berhasil memisahkan antara rambutan dengan kapulasan. Seperti pada
pengelompokan dengan dendrogram ternyata dengan analisis koordinat utama
aksesi Lokal Subang, Sinyonya, dan Kering Manis juga berada pada kelompok
terpisah. Keragaman genetik yang sangat tinggi pada rambutan, menurut Sarip et
al.(1999) disebabkan karena t