Kekerabatan molekular genetik Lobster Panulirus menggunakan metode RAPD.
RINGKASAN
MUHAMAD FADRY ABDULLAH. Kekerabatan rnolekular genetik Lobster
Panulirus rnenggunakan rnetode RAPD. Dibirnbing oleh HIDEYUKI IMAI,
ALlMUDClN dan KOMAR SUMANTADINATA.
Lobster rnerupakan salah satu kornoditas terpenting dunia perikanan. Genus
Panulirus merniliki keragaman paling besar dari family Palinuridae. Panulirus
telah lama rnenjadi objek menarik para peneliti dunia disebabkan oleh tingginya
keragaman spesies, daerah penyebaran yang luas dan juga nilai ekonominya
yang tinggi. Pengetahuan dasar rnengenai keragarnan populasi genetik
diperlukan sebagai acuan dalam pengelolaan sumber daya perikanan. Berbagai
rnetode telah digunakan dalarn studi keragarnan genetik Panulirus, setiap
rnetode merniliki kelebihan masing-masing. Random amplified polymorphism
DNA (RAPD) rnerupakan salah satu teknik molekular yang telah digunakan
secara luas dalam mernpelajari hubungan kekerabatan genetik berbagai
organisrne terrnasuk tanaman, hewan, ikan, serta udang-udangan. Analisis
RAPD memiliki beberapa kelebihan diantaranya dapat digunakan dalarn analisis
genom pada variasi spesies yang luas, dapat rnenganalisis banyak sarnpel
secara sirnultan dan pengerjaannya relatif cepat. Penelitian ini bertujuan untuk
rnengklarifikasi hubungan filogeni dan rnengevaluasi akurasi rnetode RAPD
dalarn rnenentukan kekerabatan lobster genus Panulirus.
Analisis RAPD digunakan dalarn pengujian kekerabatan genetik 12 spesies
lobster lndo-Pasifik. Lokasi asal sarnpel tersebar dari kepulauan Jepang, Taiwan,
India, Indonesia dan Selandia baru. Sebanyak 20 jenis primer RAPD diuji saring
terhadap kemarnpuannya dalarn rnengidentifikasi polimorfisme genetik dari
lobster genus Panulirus. Sebanyak 13 positif primer yang menghasilkan profil
RAPD yang jelas dan konsisten dipilih untuk analisis kekerabatan genetik
Panulirus. Pohon iilogenetik dibuat rnenggunakan rnetode Neighbor-Joining (NJ)
dan Unweighted Pair-group Method Using Arithmetic Averages (UPGMA). Nilai
kesamaan genetik (similarity index, SI) dihitung untuk rnengetahui tingkat
keragarnan genetik antar spesies lobster.
Rata-rata nilai SI yang diperoleh sebesar 0.2673 0.0090. Nilai SI tertinggi
didapat sebesar 0.7698, sedangkan nilai terendah sebesar 0.0931. Hasil studi ini
juga mernberikan inforrnasi baru distribusi spesies Panulirus longipes longipes
untuk wilayah Okinawa. Dengan Menggunakan rnetode RAPD, diperoleh hasil
filogeni genus Panulirus yang tidak berbeda jauh dengan beberapa analisis
filogeni yang telah dilakukan sebelurnnya. Dengan dernikian dapat disimpulkan
bahwa rnetode RAPD efektif digunakan dalarn studi kekerabatan genetik lobster
genus Panulirus.
+
RINGKASAN
MUHAMAD FADRY ABDULLAH. Kekerabatan rnolekular genetik Lobster
Panulirus rnenggunakan rnetode RAPD. Dibirnbing oleh HIDEYUKI IMAI,
ALlMUDClN dan KOMAR SUMANTADINATA.
Lobster rnerupakan salah satu kornoditas terpenting dunia perikanan. Genus
Panulirus merniliki keragaman paling besar dari family Palinuridae. Panulirus
telah lama rnenjadi objek menarik para peneliti dunia disebabkan oleh tingginya
keragaman spesies, daerah penyebaran yang luas dan juga nilai ekonominya
yang tinggi. Pengetahuan dasar rnengenai keragarnan populasi genetik
diperlukan sebagai acuan dalam pengelolaan sumber daya perikanan. Berbagai
rnetode telah digunakan dalarn studi keragarnan genetik Panulirus, setiap
rnetode merniliki kelebihan masing-masing. Random amplified polymorphism
DNA (RAPD) rnerupakan salah satu teknik molekular yang telah digunakan
secara luas dalam mernpelajari hubungan kekerabatan genetik berbagai
organisrne terrnasuk tanaman, hewan, ikan, serta udang-udangan. Analisis
RAPD memiliki beberapa kelebihan diantaranya dapat digunakan dalarn analisis
genom pada variasi spesies yang luas, dapat rnenganalisis banyak sarnpel
secara sirnultan dan pengerjaannya relatif cepat. Penelitian ini bertujuan untuk
rnengklarifikasi hubungan filogeni dan rnengevaluasi akurasi rnetode RAPD
dalarn rnenentukan kekerabatan lobster genus Panulirus.
Analisis RAPD digunakan dalarn pengujian kekerabatan genetik 12 spesies
lobster lndo-Pasifik. Lokasi asal sarnpel tersebar dari kepulauan Jepang, Taiwan,
India, Indonesia dan Selandia baru. Sebanyak 20 jenis primer RAPD diuji saring
terhadap kemarnpuannya dalarn rnengidentifikasi polimorfisme genetik dari
lobster genus Panulirus. Sebanyak 13 positif primer yang menghasilkan profil
RAPD yang jelas dan konsisten dipilih untuk analisis kekerabatan genetik
Panulirus. Pohon iilogenetik dibuat rnenggunakan rnetode Neighbor-Joining (NJ)
dan Unweighted Pair-group Method Using Arithmetic Averages (UPGMA). Nilai
kesamaan genetik (similarity index, SI) dihitung untuk rnengetahui tingkat
keragarnan genetik antar spesies lobster.
Rata-rata nilai SI yang diperoleh sebesar 0.2673 0.0090. Nilai SI tertinggi
didapat sebesar 0.7698, sedangkan nilai terendah sebesar 0.0931. Hasil studi ini
juga mernberikan inforrnasi baru distribusi spesies Panulirus longipes longipes
untuk wilayah Okinawa. Dengan Menggunakan rnetode RAPD, diperoleh hasil
filogeni genus Panulirus yang tidak berbeda jauh dengan beberapa analisis
filogeni yang telah dilakukan sebelurnnya. Dengan dernikian dapat disimpulkan
bahwa rnetode RAPD efektif digunakan dalarn studi kekerabatan genetik lobster
genus Panulirus.
+
MUHAMAD FADRY ABDULLAH. Kekerabatan rnolekular genetik Lobster
Panulirus rnenggunakan rnetode RAPD. Dibirnbing oleh HIDEYUKI IMAI,
ALlMUDClN dan KOMAR SUMANTADINATA.
Lobster rnerupakan salah satu kornoditas terpenting dunia perikanan. Genus
Panulirus merniliki keragaman paling besar dari family Palinuridae. Panulirus
telah lama rnenjadi objek menarik para peneliti dunia disebabkan oleh tingginya
keragaman spesies, daerah penyebaran yang luas dan juga nilai ekonominya
yang tinggi. Pengetahuan dasar rnengenai keragarnan populasi genetik
diperlukan sebagai acuan dalam pengelolaan sumber daya perikanan. Berbagai
rnetode telah digunakan dalarn studi keragarnan genetik Panulirus, setiap
rnetode merniliki kelebihan masing-masing. Random amplified polymorphism
DNA (RAPD) rnerupakan salah satu teknik molekular yang telah digunakan
secara luas dalam mernpelajari hubungan kekerabatan genetik berbagai
organisrne terrnasuk tanaman, hewan, ikan, serta udang-udangan. Analisis
RAPD memiliki beberapa kelebihan diantaranya dapat digunakan dalarn analisis
genom pada variasi spesies yang luas, dapat rnenganalisis banyak sarnpel
secara sirnultan dan pengerjaannya relatif cepat. Penelitian ini bertujuan untuk
rnengklarifikasi hubungan filogeni dan rnengevaluasi akurasi rnetode RAPD
dalarn rnenentukan kekerabatan lobster genus Panulirus.
Analisis RAPD digunakan dalarn pengujian kekerabatan genetik 12 spesies
lobster lndo-Pasifik. Lokasi asal sarnpel tersebar dari kepulauan Jepang, Taiwan,
India, Indonesia dan Selandia baru. Sebanyak 20 jenis primer RAPD diuji saring
terhadap kemarnpuannya dalarn rnengidentifikasi polimorfisme genetik dari
lobster genus Panulirus. Sebanyak 13 positif primer yang menghasilkan profil
RAPD yang jelas dan konsisten dipilih untuk analisis kekerabatan genetik
Panulirus. Pohon iilogenetik dibuat rnenggunakan rnetode Neighbor-Joining (NJ)
dan Unweighted Pair-group Method Using Arithmetic Averages (UPGMA). Nilai
kesamaan genetik (similarity index, SI) dihitung untuk rnengetahui tingkat
keragarnan genetik antar spesies lobster.
Rata-rata nilai SI yang diperoleh sebesar 0.2673 0.0090. Nilai SI tertinggi
didapat sebesar 0.7698, sedangkan nilai terendah sebesar 0.0931. Hasil studi ini
juga mernberikan inforrnasi baru distribusi spesies Panulirus longipes longipes
untuk wilayah Okinawa. Dengan Menggunakan rnetode RAPD, diperoleh hasil
filogeni genus Panulirus yang tidak berbeda jauh dengan beberapa analisis
filogeni yang telah dilakukan sebelurnnya. Dengan dernikian dapat disimpulkan
bahwa rnetode RAPD efektif digunakan dalarn studi kekerabatan genetik lobster
genus Panulirus.
+
RINGKASAN
MUHAMAD FADRY ABDULLAH. Kekerabatan rnolekular genetik Lobster
Panulirus rnenggunakan rnetode RAPD. Dibirnbing oleh HIDEYUKI IMAI,
ALlMUDClN dan KOMAR SUMANTADINATA.
Lobster rnerupakan salah satu kornoditas terpenting dunia perikanan. Genus
Panulirus merniliki keragaman paling besar dari family Palinuridae. Panulirus
telah lama rnenjadi objek menarik para peneliti dunia disebabkan oleh tingginya
keragaman spesies, daerah penyebaran yang luas dan juga nilai ekonominya
yang tinggi. Pengetahuan dasar rnengenai keragarnan populasi genetik
diperlukan sebagai acuan dalam pengelolaan sumber daya perikanan. Berbagai
rnetode telah digunakan dalarn studi keragarnan genetik Panulirus, setiap
rnetode merniliki kelebihan masing-masing. Random amplified polymorphism
DNA (RAPD) rnerupakan salah satu teknik molekular yang telah digunakan
secara luas dalam mernpelajari hubungan kekerabatan genetik berbagai
organisrne terrnasuk tanaman, hewan, ikan, serta udang-udangan. Analisis
RAPD memiliki beberapa kelebihan diantaranya dapat digunakan dalarn analisis
genom pada variasi spesies yang luas, dapat rnenganalisis banyak sarnpel
secara sirnultan dan pengerjaannya relatif cepat. Penelitian ini bertujuan untuk
rnengklarifikasi hubungan filogeni dan rnengevaluasi akurasi rnetode RAPD
dalarn rnenentukan kekerabatan lobster genus Panulirus.
Analisis RAPD digunakan dalarn pengujian kekerabatan genetik 12 spesies
lobster lndo-Pasifik. Lokasi asal sarnpel tersebar dari kepulauan Jepang, Taiwan,
India, Indonesia dan Selandia baru. Sebanyak 20 jenis primer RAPD diuji saring
terhadap kemarnpuannya dalarn rnengidentifikasi polimorfisme genetik dari
lobster genus Panulirus. Sebanyak 13 positif primer yang menghasilkan profil
RAPD yang jelas dan konsisten dipilih untuk analisis kekerabatan genetik
Panulirus. Pohon iilogenetik dibuat rnenggunakan rnetode Neighbor-Joining (NJ)
dan Unweighted Pair-group Method Using Arithmetic Averages (UPGMA). Nilai
kesamaan genetik (similarity index, SI) dihitung untuk rnengetahui tingkat
keragarnan genetik antar spesies lobster.
Rata-rata nilai SI yang diperoleh sebesar 0.2673 0.0090. Nilai SI tertinggi
didapat sebesar 0.7698, sedangkan nilai terendah sebesar 0.0931. Hasil studi ini
juga mernberikan inforrnasi baru distribusi spesies Panulirus longipes longipes
untuk wilayah Okinawa. Dengan Menggunakan rnetode RAPD, diperoleh hasil
filogeni genus Panulirus yang tidak berbeda jauh dengan beberapa analisis
filogeni yang telah dilakukan sebelurnnya. Dengan dernikian dapat disimpulkan
bahwa rnetode RAPD efektif digunakan dalarn studi kekerabatan genetik lobster
genus Panulirus.
+