Pola Distribusi Penyu Lekang (Lepidochelys olivacea) Berdasarkan Struktur Genetik di Teluk Cendrawasih, Pulau Kapoposang, dan Kupang.Pola Distribusi Penyu Lekang (Lepidochelys olivacea) Berdasarkan Struktur Genetik di Teluk Cendrawasih, Pulau Kapoposang,

POLA DISTRIBUSI PENYU LEKANG (Lepidochelys olivacea)
BERDASARKAN STRUKTUR GENETIK DI TELUK
CENDRAWASIH, PULAU KAPOPOSANG, DAN KUPANG

NUZHA ZATU SHABRINA

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa Skripsi yang berjudul Pola Distribusi
Penyu Lekang (Lepidochelys olivacea) Berdasarkan Struktur Genetik di Teluk
Cendrawasih, Pulau Kapoposang, dan Kupang adalah benar merupakan hasil
karya sendiri dengan arahan dari Komisi Pembimbing dan belum diajukan dalam
bentuk apapun kepada Perguruan Tinggi manapun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari
penulis lain telah disebutkan dalam teks dan tercantum dalam Daftar Pustaka di

bagian akhir Skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dan karya tulis ini kepada Institut
Pertanian Bogor
Bogor, Agustus 2015
Nuzha Zatu Shabrina
NIM C54110035

ABSTRAK
NUZHA ZATU SHABRINA. Pola Distribusi Penyu Lekang (Lepidochelys
olivacea) Berdasarkan Struktur Genetik di Teluk Cendrawasih, Pulau
Kapoposang, dan Kupang. Dibimbing oleh HAWIS MADDUPPA dan NYOMAN
M.N. NATIH.
Penyu lekang (Lepidochelys olivacea) adalah salah satu jenis penyu yang
dapat ditemukan di Indonesia. Pola distribusi penyu lekang (Lepidochelys
olivacea) berdasarkan struktur genetik kurang dikenal. Oleh karena itu, penelitian
ini bertujuan untuk mengetahui pola distribusi penyu lekang (Lepidochelys
olivacea) berdasarkan struktur genetik mitokondria. DNA sitokrom oksidase 1
(CO1) digunakan sebagai penanda. Pola distribusi menunjukkan bahwa tidak
adanya struktur genetik antar populasi penyu lekang (Lepidochelys olivacea)
antara tiga populasi Teluk Cendrawasih, Pulau Kapoposang, dan Kupang (FST = 0,023; P-value = 0,462). Keragaman genetik yang tinggi diamati pada tiga

populasi (h = 1.00 +/- 0,04). Aliran gen tinggi tampaknya dipengaruhi oleh
perilaku migrasi penyu. Pola migrasi penyu lekang bergerak dalam perairan
Indonesia.
Kata kunci: Lepidochelys olivacea, DNA Barcoding, struktur genetik, migrasi

ABSTRACT
NUZHA ZATU SHABRINA. The Distribution Pattern of Olive Ridley Sea Turtle
(Lepidochelys olivacea) Based on Its Genetic Structure in Cendrawasih Bay,
Kapoposang Island, and Kupang. Supervised by HAWIS MADDUPPA and
NYOMAN M.N. NATIH.
The olive ridley sea turtle (Lepidochelys olivacea) is one species of sea
turtles that can be found in Indonesia. The distribution pattern of olive ridley turtle
(Lepidochelys olivacea) based on the genetic structure is poorly known.
Therefore, this study aimed to determine the distribution pattern of olive ridley sea
turtle (Lepidochelys olivacea) based on the genetic structure Mitochondrial. DNA
Cytochrome Oxidase 1 (CO1) was used as marker. The distribution pattern
indicated that the absence of inter-population genetic structure of olive ridley
turtle (Lepidochelys olivacea) between three populations of Cendrawasih Bay,
Kapoposang Island, and Kupang (FST=-0.023;P-value=0.462). High genetic
diversity was observed in three populations (h=1.00+/-0.04). High gene flow

seems influenced by the behavior of turtle migration. The olive ridley turtle
migration patterns moving within the Indonesian waters.
Keywords: Lepidochelys olivacea, DNA Barcoding, genetic structure, migration

POLA DISTRIBUSI PENYU LEKANG (Lepidochelys olivacea)
BERDASARKAN STRUKTUR GENETIK DI TELUK
CENDRAWASIH, PULAU KAPOPOSANG, DAN KUPANG

NUZHA ZATU SHABRINA

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Ilmu Kelautan
pada
Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR

2015

PRAKATA
Puji Syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas rahmat dan
anugerah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penyusunan skripsi berjudul
“Pola Distribusi Penyu Lekang (Lepidochelys olivacea) Berdasarkan Struktur
Genetik di Teluk Cendrawasih, Pulau Kapoposang, dan Kupang”. Penelitian
ini merupakan tugas akhir sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
kesarjanaan di Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan yaitu Sarjana Ilmu
Kelautan.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr. Hawis H. Madduppa,
S.Pi, M.Si dan Bapak Dr. Ir. Nyoman M.N. Natih, M.Si selaku dosen pembimbing
yang telah memberikan arahan dan bimbingan. Terima kasih juga penulis ucapkan
kepada teman-teman “Genetic Team”, Keluarga Besar ITK 48, dan Riandi
Ernanda atas dukungannya selama ini. Ungkapan terima kasih juga disampaikan
kepada Ayah Ossi Tanushy, Ibu Asih Kurniasih, Adik Hoggy Hartawan, dan serta
seluruh keluarga atas do’a dan kasih sayangnya.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Agustus 2015

Nuzha Zatu Shabrina

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL

vi

DAFTAR GAMBAR

vi

DAFTAR LAMPIRAN

vi

PENDAHULUAN

1

Latar Belakang

1

Tujuan Penelitian

2

METODE

2

Bahan

2

Alat

3

Ekstraksi

3

Amplifikasi DNA (PCR)

3

Elektroforesis Hasil PCR

4

Sekuensing DNA

4

Prosedur Analisis Data

4

Rekontruksi Filogenetik

4

Analisis Pola Distribusi Berdasarkan Struktur Genetika Populasi

5

HASIL DAN PEMBAHASAN

5

Rekontruksi Filogenetik

5

Pola Distribusi Berdasarkan Struktur Genetik Lepidochelys olivacea

6

SIMPULAN DAN SARAN

8

Simpulan

8

Saran

9

DAFTAR PUSTAKA

9

LAMPIRAN

11

RIWAYAT HIDUP

21

DAFTAR TABEL
1 Keragaman genetik dan keragaman nukleotida L. olivacea
2 Matriks Pasangan Populasi (Fst-s)
3 Analisis AMOVA antar populasi penyu lekang (Lepidochelys olivacea)

6
6
7

DAFTAR GAMBAR
1 Lokasi pengambilan sampel penyu lekang (L. olivacea).
2 Pohon filogenetik
3 Pola migrasi penyu lekang di perairan Indonesia

2
5
8

DAFTAR LAMPIRAN
1 Hasil edit sekuen penyu lekang (Lepidochelys olivacea) menggunakan
perangkat lunak MEGA 6.
2 Hasil analisis IBD (Isolation by Distance)
3 AMOVA
4 Pola distribusi penyu lekang (Lepidochelys olivacea) secara global.

12
19
19
20

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Penyu merupakan biota yang hidup di laut lepas dan bermigrasi hingga
ribuan kilometer. Penyu lekang (Lepidochelys olivacea) banyak ditemukan di
Samudera Atlantik, Samudera Pasifik, dan Samudera Hindia (Whiting et.al.
2007). Penyu lekang merupakan salah satu jenis dari enam jenis penyu yang ada
di perairan Indonesia. Keberadaan populasi L. olivacea di Indonesia mengalami
perubahan habitat karena kegiatan antropogenik dan pemanasan global (Maulany
et.al. 2012). Kegiatan antropogenik yang mengancam populasi penyu lekang
(Lepidochelys olivacea), yaitu pemanfaatan penyu lekang yaitu konsumsi penyu
dan perdagangan penyu serta adanya reklamasi habitat penyu yaitu alih fungsi
pantai sebagai tempat pariwisata. Akibat penurunan populasi L. olivacea tersebut
telah masuk pada daftar merah IUCN (International Union for Conservation of
Nature) katagori Vulnerable (IUCN 2014).
Penyu memiliki dua famili yaitu, Cheloniidae dan Dermochelyidae. Penyu
lekang (Lepidochelys olivacea) termasuk kedalam famili Cheloniidae. Salah satu
ciri dari L. olivacea yakni memiliki ukuran tubuh yang relative lebih kecil
dibandingkan dengan kelompok penyu lainnya. Karapas L. olivacea memiliki
warna abu – abu, sedangkan pada bagian bawah tubuh (plastron) L. olivacea
memiliki warna krem keabuan. Bobot Lepidochelys olivacea berkisar antara 50 kg
hingga 75 kg dengan panjang tubuh 150 sentimeter. Sementara bobot tukik
Lepidochelys olivacea 16 gram hingga 19 gram dengan panjang rata-rata karapas
tukik hingga 44 mm. Penyu lekang bermigrasi disepanjang perairan dengan
kedalaman menyelam hingga 150 meter (Polovina et.al. 2004). Arribadda
merupakan sifat unik penyu lekang yang secara serentak mendarat untuk bertelur
(Rodriguez-Zarate et.al. 2013). Jarak migrasi penyu dapat mencapai ribuan
kilometer dari habitat pakan hingga habitat peneluran (Akira et.al. 2012). Diduga
L. olivacea memiliki pola migrasi yang sempit untuk berkembangbiak (Jensen
et.al. 2013). Pantai pasir dengan kemiringan landai merupakan tempat bertelur
penyu yang dapat ditemukan di pantai-pantai di Indonesia (Purnama et.al. 2013).
Penelitian DNA Barcoding merupakan alat untuk mendapatkan informasi
penting tentang variasi genetik, kekerabatan, dan pola distribusi dari suatu
organisme. Penanda genetik yang digunakan dalam studi populasi penyu lekang
adalah DNA Mitokondria (mtDNA) sitokrom oksidase 1 (CO1). DNA
Mitokondria (mtDNA) merupakan materi genetik dapat digunakan studi asal
individu yang ditemukan pada habitat, pola migrasinya (Supartha et.al. 2013), dan
indentifikasi struktur populasi di wilayah tertentu (Jensen et.al. 2013). Gen
sitokrom oksidase 1 memiliki beberapa keunggulan salah satunya tidak memiliki
rekombinasi gen yang cocok untuk studi analisis keragaman genetik dan
filogeografi (Susanto et.al. 2011). Penelitian pola distribusi populasi ini penting
untuk pengelolaan konservasi dan identifikasi secara genetik pada penyu lekang
yang telah termasuk pada spesies yang rentan.

2
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan mengetahui pola distribusi penyu lekang
(Lepidochelys olivacea) berdasarkan struktur genetik menggunakan penanda DNA
Mitokondria (mtDNA) sitokrom oksidase 1 (CO1).

METODE
Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Desember 2014 – Maret 2015.
Sebanyak 17 sampel berasal dari tiga lokasi yang berbeda yaitu Teluk
Cendrawasih, Pulau Kapoposang, dan Kupang (Gambar 1). Analisis sampel
dilakukan di Laboraturium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan
Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, FPIK-IPB.

Gambar 1 Lokasi pengambilan sampel penyu lekang (L. olivacea).

Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian antara lain sampel jaringan penyu
lekang (Lepidochelys olivacea), Kit ekstraksi Geneaid (Blood and Tissues)
Proteinase-k, ethanol 96%, absolut ethanol, Kappa Mix, MgCl2, dNTP, ddH2O,

3
PCR buffer, forward primer LTEi9 (GGG AAT AAT CAA AAG AGA AGG),
reverse primer H950 (GTC TCG GAT TTA GGG GTT TG), amplitaq, agarose,
TAE buffer, EtBr, loading dye, dan low mass ladder.

Alat
Alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain alat tulis, bunsen,
cawan petri, pisau ekstraksi, pinset, tray, sarung tagan karet, vortex, heating
block, alat spin kecil, alat sentrifuge, microtube, micropippet, pippet tips, spin
filter, Collection Tube, thermo cycler, kalkulator, gelas ukur, labu erlenmeyer,
microwave, alat elektroforesis, dan UV transluminator.

Ekstraksi
Ekstraksi DNA bertujuan untuk menghancurkan sel dan mengambil jaringan
pada sampel, membuat ekstraksi secara murni serta melindungi DNA dari
degradasi. Kegiatan ekstraksi pada penelitian ini menggunakan kit Geneaid. Pada
ekstraksi ini, hal yang pertama dilakukan adalah mencacah sampel penyu lekang
(Lepidochelys olivacea) dengan menggunakan alat ekstraksi. Setelah didapat hasil
gerusan berupa cacahan halus dari sampel penyu lekang tersebut, dimasukkan
kedalam tube berukuran 1.5 ml dan GST Buffer sebanyak 200 μl dan
memasukkan Proteinase K sebanyak 20 μl dan dilanjutkan dengan kegiatan
heating pada suhu 60 oC selama 2 hingga 4 hari hingga sampel lisis. Centifuge
selama 2 menit pada 14-16,000xg, transfer supernatan dan tempatkan pada tube
1.5 ml yang baru. Tambahkan 200 μl GSB Buffer dan vortex selamam 10 detik.
Tambahkan absolut ethanol sebanyak 200 μl, kocok selama 10 detik. Selanjutnya
tempatkan GD Colum dalam 2 ml Collection Tube, dan transfer semua campuan
ke dalam GD Colum kemudian centrifuge selama 1 menit pada 14-16,000xg.
Buang 2 ml Collection Tube yang mengandung campuran tersebut. Tempatkan
GD Colum ke 2 ml Collection Tube yang baru. Tambahkan 400 μl W1 Buffer ke
GD Colum. Centrifuge selama 30 detik pada 14-16,000xg. Buang campurannya
dan tempatkan kembali pada 2 ml Collection Tube tersebut. Tambah Wash Buffer
sebanyak 600 μl ke GD Colum. Centrifuge selama 30 detik pada 14-16,000xg.
Buang campurannya dan tempatkan kembali pada 2 ml Collection Tube tersebut.
Centrifuge selama 3 menit pada 14-16,000xg untuk mengringkan. Pindahkan GD
Colum kering ke tube berukuran 1.5 ml. Tambah secara berurutan Elution Buffer
dan ddH2O sebanyak 100 μl, diamkan selama 3 menit dan centrifuge selama 30
detik pada 14-16,000xg untuk mengelusi DNA.
Amplifikasi DNA (PCR)
Reaksi berantai polimerase atau PCR merupakan metode untuk perbanyakan
segmen DNA untai ganda dengan melibatkan beberapa siklus dan sangat
bergantung pada primer yang digunakan (Handoyo dan Ari 2000). Primer yang
digunakan memiliki fungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang
ditentukan. Primer yang digunakan adalah fwd_primer LTEi9 (GGG AAT AAT

4
CAA AAG AGA AGG), rev_primer H950 (GTC TCG GAT TTA GGG GTT TG)
merupakan primer yang cocok untuk analisis DNA mitokondria penyu laut
(Abreu-Grobois et.al. 2006). Komponen utama dalam PCR adalah DNA template,
Kapa Mix, dNTPs, buffer PCR, MgCl2, primer LTEi9 (GGG AAT AAT CAA
AAG AGA AGG) (forward), primer H950 (GTC TCG GAT TTA GGG GTT TG)
(reverse), dan amplitaq. PCR dilakukan dengan menggunakan mesin PCR (thermo
cycler) dan diatur siklusnya sesuai untuk penyu laut yaitu 38 siklus. Setiap
siklusnya terdiri dari denaturation pada suhu 94°C selama 30 detik, annealling
pada suhu 50°C selama 30 detik, dan extention pada suhu 72°C selama 45 detik.
Kemudian dilanjutkan dengan final elongated pada suhu 72°C selama 5 detik.
Elektroforesis Hasil PCR
Elektroforesis merupakan metode pemisahan senyawa kimia yang
didasarkan pada laju pergerakan molekul dalam aliran listrik (Madduppa 2014).
Elektroforesis ini bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya DNA dalam produk
PCR kita. Ukuran dan integritas DNA ditentukan berdasarkan elektroforesis gel
agarose 1%. Komposisi agar dalam tahap elektroforesis terdiri atas agarose 0,5
gram, TAE Buffer sebanyak 50 ml, dan EtBr sebanyak 4 μL. Pada tahap
elektroforesis produk hasil PCR dicampur dengan loading dye sebanyak 1 μL.
Sebanyak 4 μL Low mass ladder dimasukan kedalam sumur pertama dan
selanjutanya diikuti dengan campuran produk hasil PCR. Elektroforesis
menggunakan tegangan sebesar 220 V dan arus 400 mA dengan lama
elektroforesis 25 menit. Hasil elektroforesis dilihat menggunakan UV
transluminator.
Sekuensing DNA
Sekuensing DNA merupakan pengurutan basa nukleotida terdapat dalam
suatu sampel DNA. Produk PCR dikirimkan ke sequencing facilty UC Berkeley,
Dept. of Moleculler and Cell Biology Sequencing Facility, USA dengan
menggunakan mesin sequencer ABI 1377.
Prosedur Analisis Data
Rekontruksi Filogenetik
Rekontruksi filogenetik dilakukan dengan menggunakan software MEGA
6.0 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis). Pohon filogenik dibuat dengan
cara mengedit data hasil sekuensing, menganalisis statistik pensejajaran DNA
dengan menggunakan tools alignment CrustalW, dan menggunakan metode
Neighbor Joining Tree (Kumar et.al. 2008). Penelusuran spesies dilakukan untuk
membandingkan data hasil sekuensing DNA yang ada dengan database sekuens
DNA, penelusuran dilakukan dengan menggunakan menu BLAST (Basic Local
Alignment Search Tool) yang terdapat pada GeneBank (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov). Pohon filogenik menggambarkan kekerabatan spesies dilihat pada
komposisi basa nukleutida. Dalam pembuatan pohon filogenik perlu dimasukan

5
pembanding dari luar spesies yang diteliti. Dalam penelitian digunakan Tridacna
corecea sebagai outgroup.
Analisis Pola Distribusi Berdasarkan Struktur Genetika Populasi
Analisis untuk struktur genetika populasi dilakukan dengan menggunakan
perangkat lunak Arlequin 3.5. Struktur genetik untuk data DNA Mitokondria
dapat dilihat dengan menggunakan nilai keragaman haplotipe (h) dan keragaman
nukleotida (π). Analisis hubungan antara jarak genetic dan jarak geografi
menggunakan metode perbandingan Wright F-statistic (Fst) dan Isolation by
Distance (IBD). Uji pola distribusi berdasarkan struktur genetik menggunakan
analisis statistik yaitu AMOVA (Analysis Mulecular Variance) yang juga
menggunakan perangkat lunak yang sama.
Isolation by Distance (IBD) dilakukan pada Isloation by Distance Web
Service (http://ibdws.sdsu.edu/) pada menu Genetic Distance / Similarties dengan
memasukan format Geographic Genetic Matrix yang telah dibuat pada perangkat
lunak Microsoft Excel sebagai input data jarak genetik dan jarak geografi. Jarak
geografi ditentukan dengan menggunakan perangkat lunak Google Earth,
ditentukan degan nilai jarak geografi terdekat antara populasi tersebut.

HASIL DAN PEMBAHASAN
Rekontruksi Filogenetik
Hasil sequence DNA berupa urutan nukleotida dengan nilai rata-rata 500 bp
hingga 800 bp. Tingkat homologi yang didapat dari BLAST sebesar 99%.

Gambar 2 Pohon filogenetik

6
Gambar 2 merupakan rekontruksi filogenetik yang membentuk dua clade
besar, antara Lepidochelys olivacea dengan outgrup dari spesies Tridacna crocea.
Pada clade Lepidochelys olivacea, terbentuk cabang kecil yang membuktikan
bahwa adanya perbedaan interspesies. Perbedaan interspesies dipengaruhi oleh
perbedaan komposisi basa pada urutan nukleotida antar individu namun tidak
mempengaruhi kesamaan spesies antar populasi. Perbedaan interspesies dapat
dipengaruhi oleh marka gen CO1 yang cukup handal untuk mendiskriminasi
antarspesies (Susanto et.al. 2011). Pada Gambar 2, perbedaan antarspesies yang
kecil menunjukan asumsi bahwa spesies Lepidochelys olivacea masih tergolong
masih dalam 1 spesies yang sama. Nilai keragaman genetik tiap populasi
menunjukan ukuran suatu populasi (Nuryanto 2009). Nilai keragaman genetik
pada masing-masing populasi adalah 1,00 ± 0,06, 1,00 ± 0,06, dan 1,00 ± 0,00.
Nilai keragaman genetik tiap populasi termasuk kategori tinggi yakni 0,8 – 0,1
(Nei 1987) Nilai keragaman nukleotida untuk populasi Teluk Cendrawsih 0.20 ±
0,11, Kapoposang 0.40 ± 0,22, dan Kupang 0.00 ± 0,00 (Tabel 1). Nilai
keragaman nukleotida pada populasi Kupang 0.00 ± 0,00 karena jumlah individu
di Kupang hanya terdiri dari satu individu.
Tabel 1 Keragaman genetik dan keragaman nukleotida L. olivacea
π
No
Sample Site
n Nhp
h
8
1.00 +/- 0.06
0.20 +/1
Teluk Cendrawasih
8
1.00 +/- 0.06
0.40 +/2
Pulau Kapoposang
8
8
1.00
+/0.00
0.00 +/3
Kupang
1
1

0.11
0.22
0.00

Keterangan: jumlah sekuen (n), nomor genetik (Nhp), keragaman genetik (h), keragaman nukleotida (π)

Pola Distribusi Berdasarkan Struktur Genetik Lepidochelys olivacea
Pola ditribusi diverifikasi menggunakan analisis Fixation Index (Fst),
Isolation by Distance (IBD), dan AMOVA. Fixation Index (Fst) digunakan untuk
menentukan nilai perbedaan dan menentukan struktur genetika populasi (Kusuma
2014). Nilai fst antar populasi sebesar 0.462, maka perbedaan antar populasi
hampir mendekati tidak ada atau semua sampel homogen. Hal ini juga diperkuat
oleh matriks fst (Tabel 2), bahwa nilai minus (-) pada matriks juga menunjukkan
signifikan tidak ada yang berbeda.
Tabel 2 Matriks Pasangan Populasi (Fst-s)
1
2
3

1
0
0.039
-0.342

2
0.462+-0.014
0
-0.415
Keterangan: S (Significance), NS (Not Significance)

3
0.462+-0.014
0.462+-0.014
0

Analsis Isolation by Distance (IBD) digunakan untuk melihat pengaruh dari
fungsi jarak geografis dengan suatu pasangan populasi (Bohonak 2001). Analisis
IBD menunjukan nilai p sebesar 0.158, dimana nilai P lebih besar dari
Significance level atau P>0.05. Nilai P menunjukan bahwa penyu lekang

7
(Lepidochelys olivacea) dari tiap populasi tidak memiliki korelasi antara jarak
genetik dan jarak geografis serta tidak memiliki struktur populasi yang diteliti.
Analysis Molecular Variance (AMOVA) didasarkan pada perbedaan tingkat
mutasi antara pasangan haplotipe yang berbeda dan hasil analog dari variasi
komponen dan nilai Fst serta dapat mencerminkan keragaman antar populasi yang
diteliti (Roewer et.al. 1996).
Tabel 3 Analisis AMOVA antar populasi penyu lekang (Lepidochelys olivacea)
Sumber Variasi

d.f.

Persentase variasi (%)

Fstap

α

Antar populasi

2

-2.34

-0.023

0.05

Dalam populasi

14

102.34

Total

16

Keterangan: Significance level (α)

Analisis AMOVA menunjukan nilai persentase variasi antar populasi
sebesar -2.34 % (Tabel 3) yang menunjukan bahwa keragaman antar populasi
yang sangat kecil atau tidak ada perbedaan tiap populasi yang diteliti. Nilai
persentase variasi dalam tiap populasi sebesar 102% (Tabel 3) menunjukan bahwa
keragaman sangat tinggi terjadi di dalam tiap populasi.
Nilai dari ketiga hasil analisis pola distribusi menunjukkan tidak ada struktur
genetika populasi penyu lekang (L. olivacea). Lokasi tiap populasi masih
merupakan satu lokasi populasi besar, maka penyu lekang berasal dari asal evolusi
yang sama. Dua dari tiga lokasi tiap populasi merupakan daerah yang berada di
bagian pusat asal usul evolusi di Indonesia (Susanto et.al. 2011). Aliran gen
penyu lekang (Lepidochelys olivacea) yang tinggi dapat menjadi pengaruh
terhadap tidak adanya korelasi antara jarak genetik dan jarak geografis karena gen
yang ada masih sama atau homogen. Aliran gen juga dapat mengeliminasi
perbedaan antar populasi yang berdekatan sehingga dari populasi Teluk
Cendrawsih, Pulau Kapoposang, dan Kupang masih relatif dekat menyebabkan
tidak ada perbedaan struktur genetik tiap populasi yang diteliti.

8

Gambar 3 Pola migrasi penyu lekang di perairan Indonesia
Aliran gen dipengaruhi oleh perilaku migrasi dan individual fertile antar
populasi (Henuhili 2008). Pola migrasi penyu lekang (Lepidochelys olivacea) di
Indonesia (Gambar 3) menyatakan bahwa penyu lekang bergerak dari wilayah
peneluran atau berkembangbiak bergerak dari atas wilayah Papua Barat kemudian
melewati Laut Arafura, Laut Banda, Selat Ombai, Selat Makasar, Laut Flores,
Laut Sawu selanjutnya bergerak menuju Samudera Hindia (Ardiansyah 2004).
Analisis sebelumnya menyatakan bahwa L. olivacea melakukan migrasi setelah
berkembangbiak dan menyebar untuk mencari makan (Limpus 2008). Pola
distribusi penyu lekang (Lepidochelys olivacea) secara global diduga banyak
terdapat di Asia Tenggara hingga dan Pasifik Barat (Limpus 2008) (Lampiran 4).

SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Populasi Teluk Cendrawasih, Pulau Kapoposang, dan Kupang memiliki
keragaman genetik (haplotype) yang tinggi. Nilai keragaman nukleotida yang
tinggi hanya terdapat pada populasi Teluk Cendrawasih dan Pulau Kapoposang.
Pola distribusi berdasarkan struktur genetik menggunakan analisis Fixation Index
(Fst), Isolation by Distance (IBD), dan AMOVA tidak menunjukkan adanya
struktur genetik antar populasi penyu lekang (Lepidochelys olivacea). Pola aliran
gen yang tinggi dipengaruhi oleh perilaku migrasi penyu. Pola migrasi penyu

9
lekang (Lepidochelys olivacea) bergerak dari Samudera Pasifik melalui perairan
Indonesia menuju Samudera Hindia yang menyebabkan distribusi global penyu
lekang banyak terdapat di Pasifik Barat hingga Asia Tenggara.
Saran
Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut menggunakan sampel yang berasal
dari seluruh populasi penyu di Indonesia agar dapat memberikan informasi
mengenai pola distribusi struktur penyu lekang (Lepidochelys olivacea)
berdasarkan struktur genetik di Indonesia.

DAFTAR PUSTAKA
Akira R, I Nengah W, IB Windia A. 2012. Komposisi genetik penyu hijau
(Chelonia mydas) hasil tangkapan liar dari Nusa Tenggara Barat (Bima dan
Teluk Cempi). J Med Vet Indones. 1(1):22-36.
Ardiansyah F. 2004. Marine Turtle in Indonesia. Indonesian Sea Turtle
Conservation [Internet]. [diunduh 2015 Mei 6]. Tersedia pada: https://
assets.panda.org/downloads/brochureturtlecop7indonesiacbd.pdf
Bohonak, AJ. 2001. IBD (Isolation by Distance): A Program for Analyses of
Isolation by Distance. San Diego (CA): San Diego State University.
Handoyo D, Rudiretna A. 2001. Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase chain
reaction (PCR). Unitas. 9(1): 17-29.
Henuhili V. 2001. Genetik dan Evolusi. Yogyakarta (ID): Universitas Negri
Yogyakarta.
IUCN. 2014. Red List of Threatened Spesies IUCN 2014. Version 2014.3
[Internet]. [diunduh 2015 Mei 6]. Tersedia pada: https://
http://www.iucnredlist.org/details/11534/0
Jensen MP, Limpus CJ, Whiting SD, Guinea M, Prince RIT, Dethmers KEM,
Adnyana IBW, Kennett R, FitzSimmons NN. 2013. Defining olive ridley
Lepidochelys olivacea management units in Australia and assessing the
potential impact of mortality in ghost nets. Endang Species Res. 21: 241-253
Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K. 2008. MEGA: a biologistcentric software
for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. Brief Bioinform. 9:
299–306.
Kusuma AB. 2014. Konenktifitas dan Keragaman Genetik pada Karang Lunak
serta Implikasinya Terhadap Kawasan Konservasi Laut Sarcophyton
trocheliophorum [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Limpus CJ. 2008. A Review of Australian Marine Turtle: 4. Olive Ridley Turtle
(Lepidochelys olivacea). Brisbane: Queensland Environment Protection
Agency.
Madduppa H. 2014. Bioekologi dan Biosistematika Ikan Terumbu. Bogor (ID):
IPB Press.
Maulany RI, Booth DT, Baxter GS. 2012. The effect of incubation temperature on
hatchling quality in the olive ridley turtle, Lepidochelys olivacea, from Alas

10
Purwo National Park, East Java, Indonesia: implications for hatchery
management. Mar Biol. 159: 2651–266.
Nei M. 1987. Moleculer evolutionary genetics. Columbia University. Press. New
York. 512 hal.
Nuryanto A & Kochzius M. 2009. Highly restricted gene flow and deep
evolutionary linieages in the giant clam Tridacna maxima. Coral Reefs, 28:
607-619.
Polovina JJ, Balazs GH, Howell EA, Parker DM, Seki PS, Dutton PH. 2004.
Forage and migration habitat of loggerhead (Caretta caretta) and olive ridley
(Lepidochelys olivacea) sea turtles in the central North Pacific Ocean.
Fisheries Oceanography. 13(1): 36-51.
Purnama D, Zamani NP, Farajallah A. 2013. Microsatellite DNA analysis on the
polyandry of green sea turtle Chelonia mydas. Hayati J Biosci. 20(4): 182186.
Rodhiguez-Zarate CJ, Rocha-Olivares A, Beheregaray LB. 2013. Genetic
signature of a recent metapopulation bottleneck in the olive ridley turtle
(Lepidochelys olivacea) after intensive commercial exploitation in Mexico.
Biological Conservation. 168: 10–18.
Roewer L, Kayser M, Dieltjies P, Nagy M, Bakker E, Krawczak, de Knijft P.
1996. Analysis of molecular variance (AMOVA) of Y-chromosome-specific
microsatellites in two closely related human populations. Human Molecular
Genetic. 5(7): 1029-1033.
Supartha DAPAS, Wandia IN, Adnyana IBW. 2013. Struktur genetik penyu hijau
Di Kepulauan Derawan, Kalimantan Timur, dengan marker molekul DLoop Dna mitokondria. J Med Vet Indones. 2(3): 347 – 359.
Susanto AH, Nuryanto A, Soedibja PHT. 2011. Phylogeography and genetic
diversity of humpback grouper Cromileptes altivelis based on cytochrome c
oxidase 1. Jurnal Natur Indonesia. 14(1): 47-51.
Whiting SD, Long JL, Coyne M. 2007. Migration routes and foraging behaviour
of oliveridley turtles Lepidochelys olivacea in northern Australia. Endang
Species Res. 1(3): 1-9.

11

LAMPIRAN

12

Lampiran 1 Hasil edit sekuen penyu lekang (Lepidochelys olivacea) menggunakan
perangkat lunak MEGA 6.
#27-che.KPP.09_PB_LTEI9
GAGCGCCGCGTATAAACTTACCTTAATTCTCTGCCGAGCACAACAGAACAATAGC
CATACTATCTATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGC
ATATGATCAGTAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTC
ATTAATTTTACATAAAATGTTTTAACCAAATGAATATTATAAAGATGA
TAATAGTGAAATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACC
ATGAATATCGTCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGA
GAAATAAGCAATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGC
CCATTAAACTACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTT
CTTTCAGGCACATTAAGGTAGTGAAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGNCNTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGTATACAGTGGTCTTACTTGCATAT
AGGAGCCTTTTTTTTCCCTTAGGTCGTCAGGCCCATTCAATTGATACCAGACCAAATTTGGATACAGGACCTACGAGCAAAATCATTGGATTGATAACCAGGAATTCAG
GGGTCATTATTGAATGTATTTGTCTTTTTTTTCTTTTAAAAAACTCCCGC
CCGCTTATCTGAAACCCGACCTTTTAATTAGC#02-che.TC.43_PB_LTEI9
ATTAAACTACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGTATAAACTTACCTT
AATTCTCTGCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACTATCTATCTATG
TATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAGTAATATT
GTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTACATAAAA
TGTTTTAACCAAATGAATATTATAAAGATGATAATAGTGAAATGATAT
AGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCGTCACAGT
AATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGCAATCCTTG
TTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAACTACGACGT
ACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTCTTTCAGGCACATTAAG
GTAGTGAAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACGGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCCTAAATC
CGAG—

13

#03-che.TC.14_PB_LTEI9
AGCGCCCACGTATAAACTTACCTTAATTCTATACTGAGCACAACAGAA
CAATAGCCATACTATCTATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTAC
CGTTAGCATATGATCAGTAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATA
AAAATTCATTAATTTTACATAAAATGTTTTAACCAAATGAATATTATAA
AGATGATAATAGTGAAATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTC
TCAACCATGAATATCGTCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCA
TCACGAGAAATAAGCAATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTT
TCAGGCCCATTAAACTACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTG
GTTGTTCTTTCAGGCACATTAAGGTAGTGAAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACGGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCCTAAATC
CGAGTCA----------------------------------------------------------------------------#04-che.TC.24_PB_LTEI9
ACTACCATTTGGCGCATCGAGCGCCAACGTATAAACTTACCTTAATTCT
CTGCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACTATCTATCTATGTATTATT
GTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAGTAATATTGTCGATT
AATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTACATAAAATGTTTTA
ACCAAATGAATATTATAAAGATGATAATAGTGAAATGATATAGGACAT
AAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCGTCACAGTAATTGGT
TATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGCAATCCTTGTTAACAA
GATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAACTACGACGTACATAAC
TGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTCTTTCAGGCACATTAAGGTAGTGA
AGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACGGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCCTAAATC
CGAG-------------------------------------------------------------------------------#05-che.TC.48_PB_LTEI9
ACTACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGTATAAACTTACCTTAATTC
TCTGGCAAGCACAACAGAACAATAGCCATACTATCTATCTATGTATTA

14
TTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAGTAATATTGTCGA
TTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTACATAAAATGTTT
TAACCAAATGAATATTATAAAGATGATAATAGTGAAATGATATAGGAC
ATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCGTCACAGTAATTG
GTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGCAATCCTTGTTAAC
AAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAACTACGACGTACATA
ACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGCTCTTTCAGGCACATTAAGGTAGT
GAAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTACTTGCATAT
AGAATTCTTTTTTTTCTCTTTGTGGTCTCACGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTATACTGGACCTACCTTCAAAAAGATTTGCCGAGCAAATTATTTAGGGG
CAATATTTAAAAAAAGCTTTTAAGACGAATATTTTTAAAAAAACTCTC
GTCAATATTCATAAGACAA-ACTTATACAATAACCGTATTTTTT----------#06-che.TC.49_PB_LTEI9
CGGATCTTCTAATTAAACTACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGTAT
AAACTTACCTTAATTCTCTGCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACT
ATCTATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGA
TCAGTAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAAT
TTTACATAAAATGTTTTAACCAAATGAATATTATAAAGATGATAATAG
TGAAATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAAT
ATCGTCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATA
AGCAATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTA
AACTACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTCTTTCA
GGCACATTAAGGTAGTGAAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACGGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTC--------------------------------#07-che.TC.42_PB_LTEI9
AATCTTCTAATTAAACTACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGTATAA
ACTTACCTTAATTCTCTGCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACTAT
CTATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATC
AGTAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTT
TACATAAAATGTTTTAACCAAATGAATATTATAAAGATGATAATAGTG
AAATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATAT
CGTCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAA
GCAATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAA
ACTACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTCTTTCAG
GCACATTAAGGTAGTGA-

15
AGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACGGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAANNCTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCTAA-------#09-che.TC.26_PB_LTEI9
GCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACTATCTATCTATGTATTATTG
TACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAGTAATATTGTCGATTA
ATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTACATAAAATGTTTTAA
CCAAATGAATATTATAAAGATGATAATAGTGAAATGATATAGGACATA
AAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCGTCACAGTAATTGGTT
ATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGCAATCCTTGTTAACAA
GATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAACTACGACGTACATAAC
TGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTCTTTCAGGCACATTAAGGTAGTGA
AGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACGGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAA-------------------#10-che.TC.21_PB_LTEI9
AGCGCCCTCGTATAAACTTACCTTAATTCTCTGCAGTGCACAACAGAA
CAATAGCCATACTATCTATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTAC
CGTTAGCATATGATCAGTAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATA
AAAATTCATTAATTTTACATAAAATGTTTTAACCAAATGAATATTATAA
AGATGATAATAGTGAAATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTC
TCAACCATGAATATCGTCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCA
TCACGAGAAATAAGCAATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTT
TCAGGCCCATTAAACTACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTG
GTTGCTCTTTCAGGCACATTAAGGTAGTGAAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAA-

16
ACTTATACACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCCTA-------#20-che.KPP.01_PB_LTEI9
1CCCAAAACGCCAACGTAAAAACTTACCTTAATTCTATGCCGTGCACA
ACAGAACAATAGCCATACTATCTATCTATGTATTATTGTACATCTACTT
ATTTACCGTTAGCATATGATCAGTAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTA
AACATAAAAATTCATTAATTTTACATAAACTGTTTTAACCAAATGAAT
ATTATAAGGATGATAATAGTGAAATGATATAGGACATAAAATTAAACC
ATTATTCTCAACCATGAATATCGTCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTT
CAACTCATCACGAGAAATAAGCAATCCTTGTTAACAAGATACAACATT
ACCAGTTTCAGGCCCATTAAACTACGACGTACATAACTGATCTATTCT
GGCCTCTGGTTGTTTTTTCAGGCACATTAAGGTAGTGACAGTTCATTCG
TTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGAAAATGAGTTCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTAC
TTGCATATAGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAAC
TGATACCTGCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAATACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAA
ACCCCCCC----------------------------------------------------------------------------------#21-che.KPP.02_PB_LTEI9
TTACCTTAATTCTAAGCCGTGCAAAACAGAACAATAGCCATACTATCT
ATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAG
TAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTA
CATAAACTGTTTTAACCAAATGAATATTATAAGGATGATAATAGTGAA
ATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCG
TCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGC
AATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAAC
TACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTTTTTCAGGC
ACATTAAGGTAGTGACAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGT
TGCACGAAAATGAGTTCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTAC
TTGCATATAGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAAC
TGATACCTGCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAA-ACTTATATACTAACCGTATTTTT--------------#22-che.KPP.04_PB_LTEI9
ATAGCCATACTATCTATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCG
TTAGCATATGATCAGTAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAA
AATTCATTAATTTTACATAAACTGTTTTAACCAAATGAATATTATAAGG
ATGATAATAGTGAAATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTC
AACCATGAATATCGTCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATC
ACGAGAAATAAGCAATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTC
AGGCCCATTAAACTACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGG

17
TTGTTTTTTCAGGCACATTAAGGTAGTGACAGTTCATTCGTTCCTCTTT
AAAAGGCCTTTGGTTGCACGAAAATGAGTTCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTAC
TTGCATATANTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAAC
TGATACCTGCCAAATTAATTNAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTG
GTCGTGCAGATTATTAAATGGTATTATTTATTTAA-----------------------------

#23-che.KPP.06_PB_LTEI9
CCGGAATCTTCTAATTAAACTACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGT
ATAAACTTACCTTAATTCTCTGCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATA
CTATCTATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATG
ATCAGTAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAA
TTTTACATAAACTGTTTTAACCAAATGAATATTATAAGGATGATAATA
GTGAAATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAA
TATCGTCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAAT
AAGCAATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATT
AAACTACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTTTTTC
AGGCACATTAAGGTAGTGACAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTT
TGGTTGCACGAAAATGAGTTCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTAC
TTGCATATAGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAAC
TGATACCTGCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAACCC---------------#24-che.KPP.07_PB_LTEI9
GTCTTCTAATTAAACTACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGTATAAA
CTTACCTTAATTCTCTGCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACTATCT
ATCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAG
TAATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTA
CATAAAATGTTTTAACCAAATGAATATTATAAAGATGATAATAGTGAA
ATGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCG
TCACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGC
AATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAAC
TACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTCTTTCAGGC
ACATTAAGGTAGTGAAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA

18
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCCTAAATC
CGAG-------------------------------------------------------------------------------#26-che.KPP.08_PB_LTEI9
TACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGTATAAACTTACCTTAATTCTCT
GCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACTATCTATCTATGTATTATTG
TACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAGTAATATTGTCGATTA
ATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTACATAAACTGTTTTAA
CCAAATGAATATTATAAGGATGATAATAGTGAAATGATATAGGACATA
AAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCGTCACAGTAATTGGTT
ATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGCAATCCTTGTTAACAA
GATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAACTACGACGTACATAAC
TGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTTTTTCAGGCACATTAAGGTAGTGA
CAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGAAAATGAGTTCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTAC
TTGCATATAGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAAC
TGATACCTGCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAAACTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCTAAA-----#28-che.KPP.10_PB_LTEI9
TCTTCTAATTAAACTACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGTATAAAC
TTACCTTAATTCTCTGCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACTATCTA
TCTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAGT
AATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTAC
ATAAAATGTTTTAACCAAATGAATATTATAAAGATGATAATAGTGAAA
TGATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCGT
CACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGCA
ATCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAACT
ACGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTCTTTCAGGCA
CATTAAGGTAGTGAAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTGCACGATAAATGAGT
TCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTACTTGCATAT
AGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAACTGATACCT
GCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAANCTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCCTAAATC
CGAG-------------------------------------------------------------------------------#29-che.KUPANG_PB_LTEI9
CTTCTAATTAAACTACCCTTTGGCGCAAAGAGCGCCAACGTATAAACT
TACCTTAATTCTCTGCCGTGCACAACAGAACAATAGCCATACTATCTAT

19
CTATGTATTATTGTACATCTACTTATTTACCGTTAGCATATGATCAGTA
ATATTGTCGATTAATTTGGCTTTAAACATAAAAATTCATTAATTTTACA
TAAACTGTTTTAACCAAATGAATATTATAAGGATGATAATAGTGAAAT
GATATAGGACATAAAATTAAACCATTATTCTCAACCATGAATATCGTC
ACAGTAATTGGTTATTTCTTAGTTCAACTCATCACGAGAAATAAGCAA
TCCTTGTTAACAAGATACAACATTACCAGTTTCAGGCCCATTAAACTA
CGACGTACATAACTGATCTATTCTGGCCTCTGGTTGTTTTTTCAGGCAC
ATTAAGGTAGTGACAGTTCATTCGTTCCTCTTTAAAAGGCCTTTGGTTG
CACGAAAATGAGTTCTATACATTGAATTTATAACCTGGCATACAGTGGTCTTAC
TTGCATATAGTAGTCTTTTTTTTCTCTTTGTGTTCTCAGGCCCGCATAAC
TGATACCTGCCAAATTAATTAGACTGGACCTACGTTCAAAATGATTGGTCGTGCAGATTATTTAATGG
TATTATTTAGTTAATGCTTTTAAGACATATATTTTTAAAAAANCTCACA
ACAGTATTCATAAGCCAAACTTATATACTAACCGTATTTTTTAACTAAACCCCCCCACCCCCATAAA
CTAACATTATGCCCAAATAGCTGTTCATTTCTCGTCAAACCCCTAA-------------------------------------------------------------------------------------Lampiran 2 Hasil analisis IBD (Isolation by Distance)
Analysis 1: MANTEL TEST for matrix correlation between genetic distance and
geographic distance [user-entered genetic distances].
Correlation of genetics and geographic distance:
Z = 5.1260, r = 0.9154
Null hypothesis that r>=0 (typical Ho if genetic similarity such as M is used): one-sided p
= 1.0000. 842 randomizations below, 158 tied, 0 above.
Null hypothesis that r obs. value) =
P(rand. value = obs. value) =
P-value =

0.46139
0.00098
0.46237+-0.01419

Lampiran 4 Pola distribusi penyu lekang (Lepidochelys olivacea) secara global.

21

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Bekasi pada tanggal 25 Januari 1993 dari Ayah Ossi
Tanushy dan Ibu Asih Kurniasih. Penulis adalah putri pertama dari 2 bersaudara.
Tahun 2011 penulis lulus dari SMA PGRI 1 Bekasi dan pada tahun yang sama
penulis lulus seleksi masuk Institut Pertanian Bogor (IPB) melalui SNMPTN jalur
undangan dan diterima di Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan. Penulis memperoleh beasiswa BBM pada tahun
2013 dan tahun 2015, serta beasiswa BUMN pada tahun 2013. Penulis aktif dalam
organisasi Himpunan Mahasiswa Ilmu dan Teknologi Kelautan (HIMITEKAIPB) sebagai sekretaris divisi Pemanfaatan Sumber Daya Manusia (PSDM)
periode 2013-2014.
Dalam rangka penyelesaian studi di Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan, penulis melaksanakan penelitian dengan judul “Pola Distribusi Penyu
Lekang (Lepidochelys olivacea) Berdasarkan Struktur Genetik di Teluk
Cendrawasih, Pulau Kapoposang, dan Kupang”.