26
Tabel 3 Konsentrasi, kemurnian pada nilai absorbansi A260280 dan jumlah total asam nukleat hasil isolasi pada ketiga metode untuk C. acutatum
P. sorghi, Ca. L. asiaticus dan BCMV
Metode isolasi Konsentrasi ng
L
-1
Kemurnian Asam Nukleat
total g
C. acutatum dari buah cabai sakit Kit
7.1±3.3a 1.94
0.53±0.24a FTA standar
9.7±3.6a 1.54
10.93±4.40a FTA modifikasi
17.3±4.2a 1.52
19.17±3.79a Konvensional
238.4±197.4a 1.57
17.88±14.81a C. acutatum biakan murni
Kit komersial 20.2±6.5a
2.33 1.52±0.48a
FTA standar 6.4±2.9a
1.55 7.50±2.70ab
FTA modifikasi 10.7±4.1a
1.51 12.85±5.24b
Konvensional 45.8±8.4b
1.91 3.43±0.63a
P. sorghi dari daun sakit Kit komersial
6.1±2.4a 2.18
0.43±0.21a FTA standar
10.0±2.2a 1.60
14.80±6.31a FTA modifikasi
23.9±10.0a 1.56
38.82±30.75a Konvensional
213.7±53.1b 1.74
16.03±3.99a
Ca. L. asiaticus dari daun sakit
Kit komersial 51.1±29.6a
1.96 3.83±2.22a
FTA standar 11.8±6.5a
1.52 13.12±6.05a
FTA modifikasi 17.8±3.6a
1.45 20.81±5.78a
Konvensional 395.7±307.2a
1.83 29.67±23.04a
BCMV dari daun sakit Kit komersial
398.5±100.0a 2.08
29.88±7.50a
FTA standar 21.5±0.9b
1.57 25.44±9.80a
FTA modifikasi 38.5±7.2b
1.51 47.86±13.51a
Konvensional 499.9±195.3a
1.83 37.49±14.65a
Ket: Angka dalam satu kolom yang diikuti huruf yang sama tidak berbeda nyata pada Uji Tukey 5
Konsentrasi DNA total hasil isolasi C. acutatum dari biakan murni menunjukkan ada perbedaan yang nyata pada metode konvensional mencapai
yang tertinggi sebesar 45.8 ng µL
-1
dibandingkan kedua metode lainnya yang berkisar antara 6.4-20.2 ng µL
-1
. Tingkat kemurnian DNA total hasil isolasi pada ketiga metode berkisar 1.51-2.33. Tingkat kemurnian DNA total yang tergolong
baik dicapai oleh metode konvensional yaitu 1.91 diperoleh dari metode konvensional. Jumlah DNA total menunjukkan perbedaan yang nyata, yaitu
metode FTA-card modifikasi mencapai yang tertinggi yaitu 12.85 g
dibandingkan ketiga metode lainnya yang berkisar antara 1.52-7.5 g Tabel 3.
Berat DNA total dari isolat cendawan pada metode konvensional dua kali lebih
27
tinggi dari metode kit, hal ini juga telah dilaporkan oleh Motkova dan Vytrasova 2011 terhadap isolasi DNA dari isolat cendawan Aspergillus flavus dan
Aspergillus parasiticus.
Konsentrasi DNA total hasil isolasi P. sorghi dari daun menunjukkan ada perbedaan yang nyata pada metode konvensional mencapai yang tertinggi yaitu
213.7 ng µL
-1
dibandingkan ketiga metode lainnya yang berkisar 6.1-23.9 ng µL
-1
. Tingkat kemurnian DNA total pada keempat metode berkisar 1.56-2.18. Jumlah
DNA total hasil isolasi tidak menunjukkan perbedaan yang nyata pada keempat metode tersebut dan berkisar 0.43-38.82
g Tabel 3.
Konsentrasi DNA total hasil isolasi Ca. L. asiaticus dari daun menunjukkan
bahwa tidak adanya perbedaan yang nyata pada keempat metode isolasi, sedangkan tingkat kemurnian DNA total hasil isolasi pada keempat metode
berkisar 1.45-1.96. Tingkat kemurnian DNA total yang baik dicapai oleh metode kit komersial yaitu 1.96. Jumlah DNA total hasil isolasi tidak menunjukkan
perbedaan yang nyata pada keempat metode tersebut dan berkisar 3.83-29.67
g Tabel 3. Rendahnya konsentrasi DNA total dari tulang daun jeruk terserang
CVPD dari hasil isolasi dengan menggunakan metode kit juga telah dilakukan oleh Rustiani et al. 2015b, bahwa konsentrasi DNA total berkisar 15-46 ng µ L
-1
. Kisaran berat DNA total ketiga tanaman dari hasil metode konvensional yaitu 3-
29 µg dan metode kit 0.43-3 µg, hal ini juga disampaikan Tenriulo et al. 2001 bahwa kisaran DNA total dari 100 mg contoh daun tanaman yaitu 12-25 µg, 20-70
µg Murray Thompson 1980 dan metode kit berkisar 0.04-1.2 µg dalam 100 mg berat basah tanaman Fitzgerald Burden 2014.
Konsentrasi RNA total dari hasil isolasi BCMV dari daun menunjukkan bahwa ada perbedaan yang nyata antara metode konvensional atau kit dengan
FTA-card standar dan modifikasi. Konsentrasi RNA paling tinggi diperoleh pada metode konvensional. Hal ini juga dilaporkan oleh Adiputra et al. 2012 bahwa
konsentrasi RNA total dari daun tanaman paling tinggi diperoleh pada metode konvensional. Rendahnya konsentrasi RNA total pada FTA card juga dilaporkan
oleh Chiunga 2013 terhadap beberapa virus patogen pada tanaman kentang berkisar 4-46 ng
L
-1
. Hal ini juga dilaporkan oleh Ndunguru et al. 2005 bahwa konsentrasi cDNA dari Nicotiana benthamiana pada metode konvensional lebih
tinggi dari FTA-card. Tingkat kemurnian RNA total pada ketiga metode berkisar 1.51-2.08. Jumlah RNA total hasil isolasi tidak menunjukkan perbedaan yang
nyata pada ketiga metode tersebut dan berkisar 29.88-47.86 g Tabel 3.
Elektroforesis DNA total dari daun jeruk terlihat bukan berupa pita tetapi fragmen tunggal DNA total tanaman yang sudah terpotong-potong dan tidak jelas
smear. Fragmen DNA dari metode kit K-1 dari contoh pertama memiliki fragmen yang paling terang sedangkan pada metode FTA-card terdapat perbedaan
ketebalan dari tiap-tiap punch. Fragmen genom DNA pada metode FTA-card yang paling tebal terdapat pada Fi-3 kemudian diikuti Fi-2, Fs-2, Fs-3, Fi-1 dan Fs-1
Gambar 5. Ketebalan fragmen genom DNA dari metode konvensional terlihat sama untuk ketiga contoh. Uji kualitas fragmen genom DNA total CVPD dengan
menggunakan elektroforesis juga telah dilakukan oleh Ulfah 2014.
28
Deteksi PCR Beberapa Patogen Tanaman menggunakan Asam Nukleat Hasil Isolasi dengan Metode Kit Komersial, FTA-card dan Konvensional
Hasil dari isolasi asam nukleat total keempat patogen dengan menggunakan ketiga metode isolasi yaitu kit komersial, FTA-card dan konvensional berupa
cetakan DNA atau RNA yang selanjutnya digunakan untuk PCR. Hasil amplifikasi PCR berupa amplikon dielektroforesis dan divisualisasi dengan UV
transiluminator. Berikut ini hasil amplifikasi PCR dengan tiga proses PCR dari keempat patogen.
PCR untuk DNA total
C. acutatum pada buah cabai dan biakan murni
