22
4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Penyakit-penyakit Tanaman yang Menjadi Objek Isolasi Asam Nukleat untuk Dideteksi dengan Teknik PCRRT-PCR
Penelitian tentang deteksi patogen tanaman ini dilakukan terhadap empat jenis penyakit dengan golongan atau tipe patogen yang berbeda-beda. Masing-
masing jenis tanaman sakit di lapangan diidentifikasi berdasarkan pengamatan gejala simtomatologi. Contoh tanaman sakit kemudian diambil dan dibawa ke
laboratorium untuk diamati tanda patogennya jika ada dan dilakukan konfirmasi penyakitnya untuk selanjutnya digunakan dalam isolasi dan pengujian PCR atau
RT-PCR. Berikut ini adalah ciri dan sifat secara ringkas tentang masing-masing keempat penyakit.
Penyakit Antraknosa pada Cabai oleh
C. acutatum
Penyakit antraknosa pada cabai di Indonesia terutama disebabkan oleh C. acutatum yang tergolong sebagai patogen bersifat parasit fakultatif dan tipe gejala
lokal. Penyakit antraknosa ini dicirikan dengan gejala yang khas pada buah dan struktur tanda patogen berupa aservulus dan konidium. Buah cabai yang
menunjukkan gejala antraknosa oleh C. acutatum ditunjukkan dengan matinya jaringan nekrosis di permukaan buah dengan bentuk pola lingkaran, cekung dan
berwarna coklat kehitaman massa patogen. Gejala lebih lanjut lingkaran nekrosis akan menutupi permukaan dan buah cabai menjadi kering Gambar 1a.
C
Gambar 1 Penyakit antraknosa pada buah cabai yang disebabkan oleh cendawan C. acutatum.
a Gejala antraknosa pada buah cabai, b Aservuli pada permukaan buah cabai 30X, c Konidia dan seta patogen 100X, d Koloni
biakan murni patogen pada media PDA
b a
c d
23
Pengamatan mikroskopi stereo menunjukkan tanda patogen berupa aservuli berwarna coklat yang memiliki seta berwarna coklat dan pendek yang tumbuh
pada permukaan buah cabai Gambar 1b. Tanda patogen lainnya berupa konidia bersel satu, hialin, fusiform, berukuran10 µ m x 3.5 µm Gambar 1c.
Koloni cendawan umur 4 hari memiliki ciri warna koloni putih, pucat abu- abu atau pucat kuning terkadang membentuk pigmen ungu Gambar 1d.
Pengamatan morfologi patogen ini sulit untuk membedakan antara C. acutatum dan C. gloeosporioides, sehingga perlu diuji secara PCR. Pengamatan morfologi
patogen antara C. acutatum dan C. gloeosporioides sulit untuk dideteksi dengan kunci identifikasi secara manual, sehingga perlu diuji secara molekuler Andrade
et al. 2007; Whitelaw-Weckert et al. 2007.
Penyakit Bulai pada Jagung oleh P. sorghi
Penyakit bulai pada jagung disebabkan oleh P. sorghi Oomycetes yang tergolong sebagai patogen yang bersifat parasit obligat dan tipe gejala sistemik.
Infeksi patogen ditunjukkan dengan gejala pada daun berupa warna hijau dan kuning tidak beraturan searah tulang daun. Daun tanaman sakit mengalami
malformasi, lebih sempit dan tegak. Gejala lebih lanjut seluruh daun tanaman menjadi belang dan nekrosis. Tanaman menjadi kerdil, daun klorosis berwarna
coklat dan mati sebelum waktunya apabila tanaman terserang berumur kurang dari 4 minggu. Serangan pada fase generatif menyebabkan malformasi dan nekrosis
pada buah.
Gejala di lapangan sangat sulit dibedakan antara patogen yang disebabkan
oleh P. sorghi maupun patogen lainnya seperti P. maydis dan P. philippinensis Gambar 2a. Pertumbuhan patogen melalui pengamatan mikroskopi nampak
seperti embun air yang menempel pada permukaan atas dan bawah daun, apabila diraba propagul patogen akan menempel pada jari. Sporangiofor konidiofor
patogen ini tegak, bercabang dan hialin Gambar 2b. Pada sporangiofor dibentuk sporangia konidia berbentuk oval dan hialin Gambar 2c. Sporangiofor muncul
dalam bentuk kelompok dari jaringan tanaman melalui stomata, dapat tumbuh pada bagian atas atau bawah daun dan jaringan yang terinfeksi Agrios 2005.
Gambar 2 Penyakit bulai pada daun jagung yang disebabkan oleh P. sorghi. a
Gejala bulai pada daun jagung, b Tanda penyakit berupa spora di permukaan daun 35 X, c Sporangia dan sporangiofor P. sorghi
400 X
a b
c
24
Penyakit Huanglongbing pada Jeruk oleh Ca. L. asiaticus
Gejala penyakit huanglongbing atau citrus vein phloem degeneration CVPD pada daun jeruk di lapangan sering menyerupai gejala akibat kekurangan
unsur hara seperti kimia seng Zn atau mangan Mn gejala abiotik. Huanglongbing yang disebabkan oleh Ca. L. asiaticus sebagai bakteri patogen
yang bersifat parasit obligat dan tipe gejala sistemik. Sebagaimana disebutkan oleh Zekri dan Obreza 2002, bahwa gejala kekurangan seng Zn di tanaman
jeruk menyerang tajuk tanaman menjadi lebih kecil karena daun menjadi kecil, runcing, dan tegak.
Gejala huanglongbing pada tanaman jeruk dicirikan adanya tulang daun
hijau, tepi lamina antara tulang daun yang menguning. Gejala belang pada daun dan keseluruhan tanaman dikenal dengan nama huanglongbing yang artinya
penyakit dragon kuning Gambar 3a dan 3b. Jika tanaman terinfeksi pada fase vegetatif maka tanaman tidak dapat berbuah, daun berkembang abnormal runcing
dan melengkung dan kemudian ranting menjadi mati. Pada fase generatif buah jeruk tumbuh tidak normal baik ukuran maupun bentuk, warna kurang cerah
alami berwarna kehijauan, rasa buah menjadi lebih asam atau pahit dan rontok sebelum waktunya Gambar 3b.
Patogen huanglongbing di Asia diketahui adalah Candidatus Liberibacter asiaticus yang merupakan bakteri Gram negatif yang belum dapat dibiakkan
dalam media buatan Garnier et al. 1984. Patogen diketahui ditularkan oleh vektor serangga yaitu Diaphorina citri Nakashima et al. 1996 Gambar 3c.
Penyakit Mosaik pada Kacang Panjang oleh Bean common mosaik virus
Kacang panjang bergejala penyakit mosaik di lapangan dicirikan dengan perubahan warna daun yang tidak normal. Gejala yang disebabkan oleh BCMV
sebagai patogen yang bersifat parasit obligat dan tipe gejala sistemik yang ditunjukkan dengan adanya pola warna hijau tua vein banding yang tidak
beraturan Gambar 4a.
Gambar 3 Penyakit Huanglongbing pada daun jeruk yang disebabkan oleh Ca. L.
asiaticus. a Gejala huanglongbing pada daun jeruk, b Tanaman jeruk yang
terserang Ca. L. asiaticus, c Vektor Diaphorina citri 30 X b
a c
25
Gejala mosaik pada daun dapat juga menyebabkan warna menjadi
kuningklorosis, daun mengerut sepanjang tulang daun, kaku, menggulung malformasi dan nekrosis. Tanaman menjadi kerdil dan menghasilkan jumlah
polong sedikit dan masak lebih lama dibandingkan dengan tanaman yang tidak terinfeksi daun tidak belang, polong cepat masak dan jumlah polong banyak.
Gejala mosaik menyerang daun yang muda maupun tua. Gejala mosaik pada daun kacang panjang kemungkinan tidak hanya disebabkan oleh BCMV tetapi dapat
disebabkan oleh patogen lain Gambar 4 b. BCMV disamping menyerang tanaman kacang-kacangan Phaseolus spp, juga dapat menyerang tanaman
leguminosae CABI 2007. Patogen BCMV dapat ditularkan oleh kutu daun Aphis craccivora atau mekanis. Infeksi oleh BCMV ditunjukkan dengan gejala mosaik
berupa lepuhan, pola warna kuning dan hijau pada daun, tulang daun menguning, bercak dan malformasi Shukla et al. 1994.
Asam Nukleat Hasil Isolasi Menggunakan Metode Kit Komersial, FTA-card dan Konvensional
Data konsentrasi, kemurnian pada nilai absorbansi A260280 dan jumlah
asam nukleat total untuk patogen C. acutatum, P. sorghi, Ca. L. asiaticus dan BCMV disajikan pada tabel 3. Konsentrasi DNA total hasil isolasi C. acutatum
dari buah menunjukkan tidak ada perbedaan nyata untuk ketiga metode, sedangkan tingkat kemurnian DNA total hasil isolasi ketiga metode tersebut
berkisar antara 1.52-1.94. Tingkat kemurnian DNA total yang baik dicapai oleh metode kit komersial yaitu 1.94. Jumlah DNA total tidak menunjukkan perbedaan
yang nyata untuk keempat metode tersebut dan berkisar 0.53-19.17
g Tabel 3. Gambar 4 Penyakit mosaik pada daun kacang panjang yang disebabkan oleh
Bean common mosaic virus. a
Daun menjadi hijau tua, b Daun menjadi kuning
a b
26
Tabel 3 Konsentrasi, kemurnian pada nilai absorbansi A260280 dan jumlah total asam nukleat hasil isolasi pada ketiga metode untuk C. acutatum
P. sorghi, Ca. L. asiaticus dan BCMV
