Evaluasi Ragam Genetik Ikan Nila Hasil Seleksi BEST F4, F5, dan Nirwana II Berdasarkan Analisis RAPD dan Truss Morfometrik

EVALUASI RAGAM GENETIK IKAN NILA HASIL
SELEKSI BEST F4, F5 DAN NIRWANA II BERDASARKAN
ANALISIS RAPD DAN TRUSS MORFOMETRIK

PENI PITRIANI

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2013

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Evaluasi Ragam
Genetik Ikan Nila Hasil Seleksi BEST F4, F5 dan Nirwana II berdasarkan
Analisis RAPD dan Truss Morfometrik” adalah benar karya saya dengan arahan
dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada
perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan dan tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks
dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Juli 2013
Peni Pitriani
NIM C14090049

ABSTRAK
PENI PITRIANI. Evaluasi Ragam Genetik Ikan Nila Hasil Seleksi BEST F4, F5
dan Nirwana II berdasarkan Analisis RAPD dan Truss Morfometrik. Dibimbing
oleh DINAR TRI SOELISTYOWATI dan IRIN IRIANA KUSMINI.
Keragaman genetik merupakan landasan penting dalam kegiatan seleksi
untuk meningkatkan kualitas genetik populasi. Penelitian ini bertujuan untuk
menganalisis ragam genetik ikan nila hasil seleksi BEST F4, F5 dan Nirwana II
menggunakan 3 penanda molekuler RAPD (OPA-02, OPA-03, OPC-05) dan 21
karakter truss morfometrik tubuh. Hasil menunjukkan bahwa populasi ikan nila
BEST F5 memiliki polimorfisme 48% dan heterosigositas 0,1925, lebih tinggi
dibandingkan F4 dan Nirwana II. Jarak genetik ketiga populasi ikan nila BEST F4,
F5 dan Nirwana II berkisar antara 0,0962 sampai 0,1752, dan berdasarkan uji
perbandingan Fst menunjukkan perbedaan nyata antara populasi ikan nila BEST
F4 dengan Nirwana II (p≤0,05). Hubungan 21 karakter fenotipe truss morfometrik

interpopulasi ikan nila menggambarkan kemiripan yang tinggi kecuali pada 6
karakter (B6, B3, B1, A3, C1, D6) dan berdasarkan dendrogram populasi ikan nila
BEST F4 dan F5 terpisah kelompok dengan populasi ikan nila Nirwana II.
Kata kunci: Oreochromis niloticus, RAPD, seleksi, truss morfometrik

ABSTRACT
PENI PITRIANI. Genetic Variability Evaluation of Nile Tilapia BEST F4, F5 and
Nirwana II based on RAPD Analysis and Truss Morphometric. Supervised by
DINAR TRI SOELISTYOWATI and IRIN IRIANA KUSMINI.
Genetic variability is important basic in the selection activity for improving
the genetic quality of population. The aim of this research was to analyze the
genetic variability of Nile tilapia BEST F4, F5 and Nirwana II using 3 molecular
markers of RAPD (OPA-02, OPA-03, OPC-05) and 21 characters of truss
morphometric. The results showed that the Nile population of BEST F5 has
polymorphism 48% and heterozygosity 0,1925 the highest than F4 and Nirwana
II. The genetic distance relationship of Nile BEST F4, F5 and Nirwana II ranged
from 0,0962 to 0,1752 and based on the comparison of Fst indicated the
significant differences between populations nile BEST F4 and Nirwana II
(p≤0.05). The relationship of 21 phenotype of morphometric character described
the similarity among population except 6 characters (B6, B3, B1, A3, C1, D6) and

dendrograme grouped Nile BEST F4 and F5 in different cluster with Nirwana II
population.
Keywords: Oreochromis niloticus, RAPD, selection, truss morphometric

EVALUASI RAGAM GENETIK IKAN NILA HASIL
SELEKSI BEST F4, F5 DAN NIRWANA II BERDASARKAN
ANALISIS RAPD DAN TRUSS MORFOMETRIK

PENI PITRIANI

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Perikanan
pada
Departemen Budidaya Perairan

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR

2013

Judul Skripsi : Evaluasi Ragam Genetik Ikan Nila Hasil Seleksi BEST F4, F5,
dan Nirwana II Berdasarkan Analisis RAPD dan Truss
Morfometrik
Nama
: Peni Pitriani
NIM
: C14090049
Program Studi : Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya

Disetujui oleh

Dr Ir Dinar Tri Soelistyowati, DEA
Pembimbing I

Dra Irin Iriana Kusmini, MSi
Pembimbing II

Diketahui oleh

Dr Ir Sukenda, MSc
Ketua Departemen

Tanggal Lulus:

PRAKATA
Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat dan
karunia-Nya, sehingga peyusunan skripsi ini dapat diselesaikan. Penelitian
dilaksanakan pada bulan Februari 2013 sampai bulan April 2013, di Balai
Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar, Bogor dengan judul
“Evaluasi Ragam Genetik Ikan Nila Hasil Seleksi BEST F4, F5 dan Nirwana II
Berdasarkan Analisis RAPD dan Truss Morfometrik”.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada:
1. Ayah, mamah, serta seluruh keluarga tercinta atas doa, motivasi dan kasih
sayangnya.
2. Ibu Dr Ir Dinar Tri Soelistyowati, DEA selaku Pembimbing I dan Ibu Dra
Irin Iriana Kusmini, MSi selaku Pembimbing II yang telah memberikan
pengarahan selama penelitian dan penyusunan skripsi.
3. Bapak Dr Ir Rudhy Gustiano, MSc selaku Kepala Balai Penelitian dan

Pengembangan Budidaya Air Tawar, Bogor yang telah memberikan
kesempatan kepada penulis untuk melakukan penelitian ini.
4. Mba Sri Sundari, Mba Fera, Ibu Iskandariah dan Pak Glen yang telah
banyak membantu penulis selama melakukan penelitian.
5. Bapak Ir Dadang Shafrudin, MS selaku dosen pembimbing akademik yang
telah memberikan arahan selama mengikuti perkuliahan.
6. Teman-teman terbaikku Tia, Yumi, Orin, Atul, Ita, dan Sharah yang telah
menemani dan memberi dukungan selama perkuliahan dan penelitian.
7. Keluarga besar BDP 46 atas bantuan dan kebersamaannya serta semua pihak
yang telah membantu hingga penelitian dan penyusunan skripsi ini selesai.
Semoga skripsi ini dapat bermanfaat, baik bagi penulis maupun pembaca.

Bogor, Juli 2013
Peni Pitriani

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL ................................................................................................. vi
DAFTAR GAMBAR ........................................................................................... vi
DAFTAR LAMPIRAN ......................................................................................... vi
PEDAHULUAN ................................................................................................... 1

METODE ............................................................................................................. 2
Materi Uji ......................................................................................................... 2
Prosedur Penelitian ........................................................................................... 3
Analisis Data .................................................................................................... 5
HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................................. 5
Hasil.................................................................................................................. 5
Pembahasan ...................................................................................................... 10
KESIMPULAN DAN SARAN ............................................................................. 12
Kesimpulan ....................................................................................................... 12
Saran ................................................................................................................ 12
DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 12
LAMPIRAN ......................................................................................................... 14
RIWAYAT HIDUP .............................................................................................. 21

DAFTAR TABEL
1
2
3
4
5

6

Deskripsi 21 karakter truss morfometrik yang diukur pada ikan nila ............ 4
Jumlah dan ukuran fragmen DNA teramplifikasi pada 3 primer.................... 6
Tingkat polimorfisme dan heterosigositas 3 populasi ikan nila ..................... 6
Uji perbandingan berpasangan Fst pada 3 primer .......................................... 7
Jarak genetik 3 populasi ikan nila ................................................................... 7
Rata-rata 21 karakter truss morfometrik ikan nila .......................................... 8

DAFTAR GAMBAR
Titik truss morfometrik pada ikan nila ........................................................... 4
Amplifikasi DNA ikan nila menggunakan primer OPA-02 ........................... 5
Amplifikasi DNA ikan nila menggunakan primer OPA-03 ........................... 6
Amplifikasi DNA ikan nila menggunakan primer OPC-05............................ 6
Dendrogram hubungan kekerabatan 3 populasi ikan nila berdasarkan
analisis RAPD ................................................................................................ 7
6 Koefisien keragaman (CV) pada 21 karakter morfometrik ikan nila ............. 8
7 Hubungan 21 karakter fenotipe morfometrik pada 3 populasi ikan nila ........ 9
8 Dendrogram hubungan interpopulasi ikan nila berdasarkan kemiripan
21 karakter truss morfometrik ...................................................................... 10

1
2
3
4
5

DAFTAR LAMPIRAN
1
2
3
4
5
6
7

Diagram seleksi individu dan famili ikan nila BEST F4 dan F5 .................. 14
Diagram prosedur seleksi famili pada ikan nila Nirwana II ......................... 15
Hasil amplifikasi DNA ikan nila menggunakan 3 primer ............................ 16
Uji Levene’s test pada 21 karakter truss morfometrik ikan nila ................... 17
Data pengukuran karakter truss morfometrik nila BEST F4 ........................ 18

Data pengukuran karakter truss morfometrik nilaBEST F5 ......................... 19
Data pengukuran karakter truss morfometrik nila Nirwana II ..................... 20

1

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Ikan nila merupakan salah satu komoditas perikanan budidaya andalan
nasional. Data Kementerian Kelautan dan Perikanan tahun 2011 menggambarkan
bahwa rentang tahun 2007-2011 produksi total ikan nila mengalami peningkatan
sebesar 24,76%. Produksi pada tahun 2010 menunjukkan volume 464.191 ton dan
pada tahun 2011 meningkat menjadi 481.440 ton. Gustiano dan Arifin (2010)
menyatakan bahwa ikan nila merupakan ikan ekonomis penting di dunia karena
cara budidaya yang mudah, rasa yang digemari, harga relatif terjangkau dan
memiliki toleransi yang luas terhadap lingkungan.
Perkembangan budidaya ikan nila yang pesat tidak diimbangi dengan
perbaikan kualitas genetik. Indikasi dari penurunan kualitas genetik ditandai
dengan sifat-sifat seperti pertumbuhan lambat, tingkat kematian tinggi, dan
matang kelamin usia dini (Arifin et al. 2007). Penurunan keragaman genetik yang
terjadi pada usaha budidaya ikan nila menunjukkan laju yang jauh lebih cepat

karena ikan nila memiliki sifat overbreed yaitu cepat matang gonad dan sangat
mudah kawin. Sifat overbreed tersebut sangat merugikan karena dapat
menyebabkan terjadinya inbreeding (Tave 1986). Salah satu alternatif untuk
mengatasi masalah penurunan keragaman genetik adalah dengan melakukan
pemuliaan menggunakan teknik seleksi. Seleksi hasil persilangan merupakan
tahapan penting dalam program pemuliaan untuk memilih individu yang
membawa sifat yang diinginkan.
Salah satu jenis ikan nila hasil pemuliaan dengan metode seleksi yaitu ikan
nila BEST (Bogor enhanched strain tilapia) dan nila Nirwana. Ikan nila BEST
merupakan varietas ikan nila yang dikembangkan dari generasi ke-6 nila GIFT
hasil evaluasi di Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar (BRPBAT) dalam
kurun waktu 2004-2008. Pemuliaan ikan nila Nirwana berlangsung di Balai
Pengembangan Benih Ikan (BPBI) Wanayasa, Purwakarta (2003-2006). Ikan nila
Nirwana merupakan hasil seleksi famili dengan bahan dasar ikan nila GIFT
(genetic improvement farm tilapia) dan nila GET (genetically enhanched tilapia)
dari Filipina. Kedua jenis ikan nila hasil pemuliaan ini memiliki keunggulan
masing-masing, antara lain ikan nila BEST memiliki rata-rata pertumbuhan yang
lebih tinggi pada berbagai lingkungan budidaya, dan memiliki nilai fekunditas
yang tinggi, yaitu dapat menghasilkan telur antara 1.500- 1.800 butir per ekor
dengan bobot induk antara 280- 400 gram, sedangkan ikan nila pada umumnya
hanya mampu menghasilkan 900- 1.600 butir per ekor induk dengan kisaran bobot
300 gram (Gustiano dan Arifin 2010). Selain itu, ikan nila Nirwana juga memiliki
keunggulan relatif tahan terhadap hama dan penyakit, serta memiliki toleransi
yang cukup tinggi terhadap lingkungan hidupnya (Amri et al. 2008).
Penurunan kualitas keunggulan strain dapat terjadi akibat program seleksi
yang sudah berlangsung secara terus-menerus dalam sistem rekruitmen induk.
Dalam hal ini, induk perlu pengelolaan ragam genetik melalui kegiatan seleksi
dan persilangan yang terarah sehingga menghasilkan benih yang berkualitas
(Mahardika 2010). Seleksi didahului dengan mengumpulkan informasi mengenai
data dasar genetik dari suatu spesies yang merupakan syarat awal yaitu
menentukan variasi genetik dan hubungan kekerabatan yang dimiliki (Mulyasari

2
2007). Potensi keragaman genetik jenis ikan hasil pemuliaan seperti ikan nila
BEST dan ikan nila Nirwana perlu diketahui, hal ini bertujuan dalam kegiatan
pengelolaan variasi genetiknya untuk memproduksi benih-benih unggul yang
berkelanjutan.
Keragaman genetik penting keberadaannya dalam populasi dan harus
dikelola terus-menerus dan ditingkatkan agar selalu tersedia bahan untuk
meningkatkan mutu genetik stok unggul. Informasi keragaman genetik dan
keunggulan fenotipe suatu populasi menjadi kriteria seleksi dalam melakukan
program pemuliaan ikan. Variasi genetik menggambarkan adanya keragaman
dalam satu spesies. Keragaman genetik telihat dari genotipe dan fenotipe. Salah
satu metode karakterisasi genotipe adalah analisis molekuler dengan metode
RAPD (random amplified polymorphic DNA). Dunham (2004) menyatakan
bahwa metode RAPD memiliki beberapa keunggulan di antaranya mampu
mendeteksi sekuen nukleotida hanya dengan satu primer, polimorfisme tinggi, dan
dapat digunakan tanpa mengetahui latar belakang genom sebelumnya.
Karakterisasi fenotif dapat dilakukan dengan metode truss morfometrik.
Pengukuran karakter morfometrik menggunakan pola truss network memberikan
gambaran bentuk badan yang lebih menyeluruh, sistematis, serta menunjukan
peningkatan kemampuan dalam mengidentifikasi perbedaan-perbedaan bentuk
badan ikan (Strauss dan Bookstein 1982 dalam Ariyanto et al. 2011)
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis ragam genetik ikan nila hasil
seleksi BEST F4, F5 dan nila Nirwana II menggunakan metode RAPD dan
karakter truss morfometrik.

METODE
Materi Uji
Materi uji yang digunakan yaitu ikan nila BEST (F4 dan F5) dan Nila
Nirwana II. Ikan nila BEST yang digunakan adalah hasil koleksi Balai Penelitian
dan Pengembangan Budidaya Air Tawar, Bogor. Ikan nila Nirwana II berasal dari
Balai Pengembangan Benih Ikan Air Tawar (BPBIAT) Wanayasa.
Metode Seleksi Ikan Uji
Populasi ikan nila BEST turunan F4 & F5 didapatkan dengan memijahkan
induk-induk nila BEST F3 dan F4 hasil seleksi juga kontrol secara berpasangan
dengan perbandingan jantan : betina 1:4 yang tidak sekerabat. Induk betina yang
dipijahkan, dibedakan masing-masing dengan taging. Dari Induk- induk nila
BEST F3 & F4 yang dipijahkan 24 jantan : 96 betina, benih yang dihasilkan
dipelihara secara terpisah di jaring ukuran 2 x 2 x 1,5 m dengan kepadatan 600
ekor. Pada masing-masing famili, setelah benih berukuran 10 g di taging dan
dipelihara secara bersama-sama dalam wadah yang sama. Setelah dapat dibedakan
jantan dan betina dipelihara secara terpisah. Pada seleksi famili dipilih sebanyak
5- 10 % individu terbaik dari masing-masing famili (within family selection),

3
untuk selanjutnya dipelihara sampai menjadi induk ikan nila BEST turunan F4
dan F5. Sampling pada seleksi individu dilakukan sebanyak 15 % dari total
populasi, sementara pada seleksi famili sampling dilakukan pada seluruh individu
ikan uji. Diagram seleksi individu dan famili ikan nila BEST F4 dan F5 dapat
dilihat pada Lampiran 1.
Program seleksi yang dilakukan pada pembentukan populasi Nirwana II
yaitu dengan metode seleksi famili (Lampiran 2), dengan memijahkan sebanyak 5
pasang induk untuk masing-masing famili (30 famili). Benih ikan dari pasangan
setiap famili yang memijah pada hari yang sama digabung dan diambil secara
acak sebanyak 500 ekor untuk dipelihara lebih lanjut sampai dapat dibedakan
jantan dan betina. Setiap famili dipilih 20 ekor betina dan 20 ekor jantan terbesar
dan dipelihara terpisah sampai siap dipijahkan untuk pelaksanaan seleksi generasi
berikutnya.
Prosedur Penelitian
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
Ekstraksi DNA
Bagian tubuh ikan nila yang digunakan untuk proses ekstraksi DNA yaitu
bagian sirip ekor. Sampel sirip dibilas 2 kali menggunakan akuades dan
dikeringkan dengan tissue. Potongan sirip dimasukan ke dalam tabung eppendorf
1,5 ml, yang telah diisi dengan 500 μl urea, kemudian ditambahkan Proteinase K
10 μl. Sampel tersebut dihomogenkan dengan vortex selama 1 menit dan
diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37ºC. Selanjutnya ditambahkan larutan
phenol:chloroform:isoamilalkohol (25:24:1) sebanyak 1000 μl. Setelah
dihomogenkan selama 1 menit, sampel disentrifugasi dengan kecepatan 10.000
rpm selama 10 menit. Supernatan diambil dan dipindahkan ke tabung yang baru
dan ditambahkan 1000 μl etanol 90% dan 10 μl Na asetat. Sampel kemudian
dihomogenkan selama 1 menit dan disentrifugasi kembali dengan kecepatan
10.000 rpm selama 10 menit. Endapan DNA yang terbentuk dipisahkan dari
larutan dan dikeringkan pada suhu kamar. Selanjutnya pelet DNA dilarutkan
dengan 100 μl bufer Tris-EDTA. Sampel disimpan pada suhu 4oC sebelum
digunakan pada proses selanjutnya.
PCR (Polymerase Chain Reaction) dan Elektroforesis
Jenis primer yang digunakan yaitu OPA-02, OPA-03, OPA-04, OPA-09 dan
OPC-05. Proses amplifikasi dilakukan dengan metode PCR (polymerase chain
reaction) dengan komposisi bahan terdiri atas 1 μl DNA genom hasil ekstraksi, 1
μl primer, 12.5 μl Taq polymerase dan 10.5 μl akuades sehingga total volume
sebanyak 25 μl. Campuran tersebut dihomogenkan dengan vortex kemudian
dimasukan ke dalam spin down agar sampel turun ke dasar tabung. Selanjutnya
dimasukkan ke dalam mesin PCR dengan denaturasi awal pada suhu 94ºC selama
5 menit, 40 siklus selanjutnya terdiri atas denaturasi pada suhu 94 ºC selama 40
detik, annealing pada suhu 35ºC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 ºC selama
2 menit, elongasi akhir pada suhu 72 ºC selama 7 menit, dan proses penstabilan
pada suhu 4 ºC selama 3 menit (Hassanien et al. 2004).
Hasil PCR dielektroforesis menggunakan gel agarose 2%. Gel agarose
dibuat terlebih dahulu dengan mencampurkan bubuk agarose sebanyak 0.6 gram

4
dengan larutan bufer Tris Borate EDTA (TBE) sebanyak 40 ml. Campuran
tersebut dipanaskan dan diaduk di atas hot plate pada suhu 150°C sampai menjadi
bening, lalu ditambahkan etidium bromida sebanyak 10 μl (10 mg/ml). Agarose
dituang dalam cetakan dan dibentuk sumur menggunakan sisir gel. Gel agarose
yang telah terbentuk dimasukan ke dalam bak elektroforesis yang telah diisi
larutan TBE. Selanjutnya campuran DNA 10 μl dan Loading Dye 3 μl
dimasukkan ke dalam sumur-sumur elektroforesis. Gene Ruler 100bp DNA
Loader digunakan sebagai standar untuk menentukan ukuran fragmen hasil
amplifikasi. Listrik dialirkan dengan tegangan 100 volt selama 30 menit. Gel
diangkat dari bak elektroforesis untuk selanjutnya diamati menggunakan lampu
ultraviolet dan didokumentasikan menggunakan kamera pollaroid.
Karakterisasi Truss Morfometrik
Pengukuran karakter morfometrik meliputi pengukuran titik-titik tanda
yang dibuat pada kerangka tubuh. Selanjutnya masing-masing jarak titik di
seluruh badan ikan dihubungkan dan diukur dengan penggaris sehingga dari 10
titik diperoleh 21 karakter yang dapat dilihat pada Gambar 1. Penjelasan dari
komponen titik-titik tanda dapat dilihat pada Tabel 1.

Gambar 1 Titik truss morfometrik ikan nila
(Brzesky dan Doyle 1988 dalam Mahardika 2010)

Tabel 1 Deskripsi 21 karakter truss morfometrik yang diukur pada ikan nila
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

Bidang Truss
Kepala

Tengah Tubuh

Kode
A1
A2
A3
A4
A5
A6
B1
B3
B4
B5
B6

Deskripsi Jarak
Bawah mulut - awal sirip perut
Bawah mulut - atas mata
Atas mata - awal sirip punggung keras
Awal sirip perut - awal sirip punggung keras
Awal sirip perut - atas mata
Bawah mulut - awal sirip punggung keras
Awal sirip perut - awal sirip anal
Awal sirip punggung keras - awal sirip punggung lunak
Awal sirip punggung lunak - awal sirip anal
Awal sirip punggung keras - awal sirip anal
Awal sirip punggung lunak - awal sirip perut

5
No
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21

Bidang Truss
Tubuh Belakang

Pangkal ekor

Kode
C1
C3
C4
C5
C6
D1
D3
D4
D5
D6

Deskripsi Jarak
Awal sirip anal - akhir sirip anal
Awal sirip punggung lunak - akhir sirip punggung lunak
Akhir sirip punggung lunak - akhir sirip anal
Awal sirip punggung lunak - akhir sirip anal
Akhir sirip punggung lunak - awal sirip anal
Akhir sirip anal - awal sirip ekor bawah
Akhir sirip punggung lunak - awal sirip ekor atas
Awal sirip ekor atas - awal sirip ekor bawah
Akhir sirip punggung lunak - awal sirip ekor bawah
Awal sirip ekor atas - akhir sirip anal

Analisis Data
Keragaman genetik dianalisis dengan menggunakan program TFPGA
(tools for population genetic analysis. Hubungan kekerabatan interpopulasi
dianalisis berdasarkan jarak genetik dengan program UPGMA (unweighted pair
group method with arithmetic average) dan disajikan dalam bentuk dendrogram.
Data seluruh karakter morfometrik dikonversi ke dalam rasio karakter dibagi
panjang standar dan dianalisis menggunakan Anova dan Manova. Perbandingan
besarnya keragaman morfologis antar populasi dilakukan secara deskriptif dengan
membandingkan koefisien keragaman (CV).

HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Profil RAPD
Pengujian amplifikasi DNA pada analisis RAPD menunjukan bahwa dari
5 primer yang digunakan (OPA-02, OPA-03, OPA-04, OPA-09 dan OPC-05),
hanya 3 primer yang dapat menghasilkan amplifikasi fragmen DNA dalam jumlah
sampel yang memadai, yaitu OPA-02, OPA-03, dan OPC-05. Sampel yang
digunakan untuk analisis DNA sebanyak 10 sampel dari setiap populasi.
Amplifikasi DNA pada tiga populasi ikan nila disajikan pada Gambar 2-4 dan
Lampiran 3.

Gambar 2 Amplifikasi DNA ikan nila menggunakan primer OPA-02

6

Gambar 3 Amplifikasi DNA ikan nila menggunakan primer OPA-03

Gambar 4 Amplifikasi DNA ikan nila menggunakan primer OPC-05
Profil RAPD pada ketiga primer yang meliputi jumlah dan ukuran fragmen
DNA (Tabel 2) menunjukkan bahwa populasi BEST F5 memiliki kisaran jumlah
fragmen teramplifikasi paling tinggi (8-13) dengan kisaran ukuran fragmen 2251750 bp. Pada populasi BEST F4 dan Nirwana II menghasilkan fragmen
teramplifikasi lebih sedikit yaitu 8-11 dan 7-11 dengan panjang 160-1750 bp dan
225-1750 bp.
Tabel 2 Jumlah dan ukuran fragmen DNA teramplifikasi pada 3 primer
Populasi ikan nila
BEST F4
BEST F5
Nirwana II

Jumlah Fragmen
8-11
8-13
7-11

Kisaran Ukuran Fragmen (bp)
160-1750
225-1750
225-1750

Polimorfisme dan Heterosigositas
Tingkat polimorfisme dan heterosigositas 3 populasi ikan nila (Tabel 3)
yang tertinggi adalah populasi nila BEST F5 yaitu sebesar 48% dan 0.1925. Pada
populasi nila BEST F4 memiliki nilai polimorfisme dan heterosigositas terendah
yaitu 32% dan 0.1436, sedangkan Nirwana II lebih tinggi yaitu sebesar 40% dan
0.1749.
Tabel 3 Tingkat polimorfisme dan heterosigositas 3 populasi ikan nila
Populasi ikan nila
BEST F4
BEST F5
Nirwana II

Polimorfisme (%)
32
48
40

Heterosigositas
0.1436
0.1925
0.1749

7
Uji Perbandingan Berpasangan Fst
Uji perbandingan Fst intrapopulasi nila (Tabel 4) antara BEST F4, BEST
F5 dan Nirwana II pada pengamatan 3 primer (OPA-02, OPA-03, OPA-05)
menunjukkan terdapat perbedaan secara nyata antara populasi BEST F4 dengan
Nirwana II (p≤0.05).
Tabel 4 Uji perbandingan berpasangan Fst pada 3 primer
BEST F4
Populasi ikan nila
BEST F4
*****
BEST F5
0.7756
Nirwana II
0.0005*
Keterangan: *berbeda nyata (p≤0.05)

BEST F5

Nirwana II

*****
0.1403

*****

Jarak Genetik
Hubungan kekerabatan genetik 3 populasi ikan nila antara BEST F4 dan
F5 serta Nirwana II pada analisis 3 primer (Tabel 5) menghasilkan jarak genetik
yang berkisar antara 0.0962 sampai 0.1752. Jarak genetik antara populasi ikan nila
BEST F4 dengan BEST F5 adalah 0.1168, lebih rendah dibandingkan dengan
jarak genetik antara populasi BEST F4 dan Nirwana II yaitu 0,1752. Dendrogram
hubungan kekerabatan interpopulasi (Gambar 5) menggambarkan tingkat
kemiripan ketiga populasi ikan nila yaitu populasi nila BEST F4 terpisah dari
populasi nila BEST F5 dan Nirwana II yang membentuk kelompok dengan tingkat
kemiripan lebih tinggi.
Tabel 5 Jarak genetik 3 populasi ikan nila
Populasi ikan nila
BEST F4
BEST F5
Nirwana II

BEST F4
*****
0.1168
0.1752

BEST F5

Nirwana II

*****
0.0962

*****

Gambar 5 Dendrogram hubungan kekerabatan 3 populasi ikan nila
berdasarkan analisis RAPD
Karakteristik Truss Morfometrik
Pengukuran fenotipe truss morfometrik pada 21 karakter morfometrik 3
populasi ikan nila dapat dilihat pada Tabel 6 dan Lampiran 5-7.

8
Tabel 6 Rata-rata 21 karakter truss morfometrik ikan nila
Karakter
BEST F4
BEST F5
Nirwana II
A1
0.306 ± 0.013
0.313 ± 0.017
0.324 ± 0.012
A2
0.205 ± 0.015
0.199 ± 0.017
0.206 ± 0.010
A3
0.195 ± 0.020
0.202 ± 0.010
0.197 ± 0.011
A4
0.380 ± 0.013
0.398 ± 0.021
0.385 ± 0.012
A5
0.370 ± 0.011
0.388 ± 0.017
0.377 ± 0.009
A6
0.368 ± 0.014
0.369 ± 0.019
0.376 ± 0.010
B1
0.342 ± 0.014
0.340 ± 0.025
0.350 ± 0.009
B3
0.372 ± 0.014
0.374 ± 0.027
0.396 ± 0.017
B4
0.359 ± 0.015
0.373 ± 0.024
0.336 ± 0.014
B5
0.547 ± 0.015
0.572 ± 0.030
0.546 ± 0.017
B6
0.477 ± 0.015
0.479 ± 0.034
0.488 ± 0.013
C1
0.193 ± 0.013
0.195 ± 0.012
0.189 ± 0.007
C3
0.232 ± 0.014
0.242 ± 0.022
0.194 ± 0.014
C4
0.169 ± 0.006
0.168 ± 0.011
0.164 ± 0.015
C5
0.336 ± 0.014
0.342 ± 0.020
0.297 ± 0.013
C6
0.314 ± 0.012
0.322 ± 0.020
0.305 ± 0.011
D1
0.098 ± 0.009
0.099 ± 0.010
0.105 ± 0.006
D3
0.109 ± 0.010
0.103 ± 0.010
0.108 ± 0.009
D4
0.160 ± 0.004
0.158 ± 0.008
0.151 ± 0.004
D5
0.190 ± 0.008
0.188 ± 0.009
0.187 ± 0.007
D6
0.195 ± 0.009
0.195 ± 0.012
0.190 ± 0.004
Keterangan: *menunjukan karakter yang berbeda nyata (p≤0,05)

Leven’s test
0.596
0.063
0.001*
0.176
0.074
0.087
0.031*
0.011*
0.351
0.248
0.004*
0.031*
0.198
0.058
0.285
0.134
0.121
0.959
0.081
0.629
0.025*

Berdasarkan koefisien keragaman (CV) 21 karakter truss morfometrik
(Gambar 6), karakter D3 (akhir sirip punggung lunak hingga awal sirip ekor atas)
menunjukkan koefisien keragaman yang paling tinggi (0.0800- 0.955). Sedangkan
koefisien keragaman yang paling rendah pada karakter A5 (awal sirip perut
hingga atas mata) yaitu berkisar 0.0240-0.0432.
0.1200
0.1000

CV

0.0800
Nila BEST F4

0.0600

Nila BEST F5

0.0400

Nila Nirwana
0.0200
0.0000
A1A2A3A4A5A6 B1 B3 B4 B5 B6 C1 C3 C4 C5 C6D1D3D4D5D6
Karakter

Gambar 6 Koefisien keragaman (CV) pada 21 karakter morfometrik ikan nila

9
Hubungan 21 karakter truss morfometrik (Gambar 7) pada 3 populasi ikan
nila menunjukkan pemisahan dalam 2 cluster dengan tingkat kemiripan 16.55%,
dimana karakter B6, B3 dan B1 mewakili cluster 1, sedangkan cluster 2 diwakili
oleh karakter A3, C1 dan D6 dengan indeks kemiripan mendekati 72%.

Similarity

16.55

44.36

72.18

100.00
A1 B6 A6 B3 D1 B1 A2 D3 A3 A4 A5 B5 B4 C1 C6 C3 C5 D6 C4 D4 D5

Karakter

Gambar 7 Hubungan 21 karakter fenotipe morfometrik pada 3 populasi ikan nila
Keterangan: A1 = Bawah mulut - awal sirip perut
A2 = Bawah mulut - atas mata
A3 = Atas mata - awal sirip punggung keras
A4 = Awal sirip perut - awal sirip punggung keras
A5 = Awal sirip perut - atas mata
A6 = Bawah mulut - awal sirip punggung keras
B1 = Awal sirip perut - awal sirip anal
B3 = Awal sirip punggung keras - awal sirip punggung lunak
B4 = Awal sirip punggung lunak - awal sirip anal
B5 = Awal sirip punggung keras - awal sirip anal
B6 = Awal sirip punggung lunak - awal sirip perut
C1 = Awal sirip anal - akhir sirip anal
C3 = Awal sirip punggung lunak - akhir sirip punggung lunak
C4 = Akhir sirip punggung lunak - akhir sirip anal
C5 = Awal sirip punggung lunak - akhir sirip anal
C6 = Akhir sirip punggung lunak - awal sirip anal
D1 = Akhir sirip anal - awal sirip ekor bawah
D3 = Akhir sirip punggung lunak - awal sirip ekor atas
D4 = Awal sirip ekor atas - awal sirip ekor bawah
D5 = Akhir sirip punggung lunak - awal sirip ekor bawah
D6 = Awal sirip ekor atas – akhir sirip anal

Keragaman Fenotipe Interpopulasi
Keragaman fenotipe interpopulasi menggambarkan tingkat perbedaan
populasi berdasarkan kemiripan 21 karakter truss morfometrik pada 3 populasi
ikan nila yang disajikan dalam bentuk dendrogram (Gambar 8).

10
Average Linkage, Euclidean Distance

Similarity

24.91

Keterangan:
1= BEST F4
2= BEST F5
3= Nirwana II

49.94

74.97

100.00
1

2
Population

3

Gambar 8 Dendrogram hubungan interpopulasi ikan nila berdasarkan
kemiripan 21 karakter truss morfometrik
Berdasarkan kemiripan 21 karakter truss morfometrik, menunjukkan bahwa
nila BEST F4 dan BEST F5 memiliki kemiripan fenotipe truss sebesar 49.94%
sedangkan nila Nirwana II terpisah dari populasi BEST F4 dan F5 dengan
kemiripan 24.91%.
Pembahasan
Seleksi ikan merupakan kegiatan untuk menghasilkan ikan unggul melalui
perbaikan sifat yang terukur. Prinsip dasar dari seleksi adalah mengeksploitasi
sifat aditif dari allel- allel pada semua lokus yang mengontrol sifat terukur untuk
memperbaiki suatu strain ikan (Kirpichnikov 1981). Keunggulan strain ikan dapat
menurun akibat program seleksi yang sudah berlangsung secara terus-menerus
dalam sistem rekruitmen induk (Mahardika 2010). Evaluasi yang berkaitan
dengan pengaruh program seleksi perlu diketahui agar dapat mempertahankan
benih unggul yang berkelanjutan.
Profil RAPD pada populasi ikan nila menunjukkan keragaman yang berbeda
berdasarkan jumlah dan kisaran ukuran fragmen DNA yang teramplifikasi pada 3
primer. Pita DNA hasil amplifikasi merupakan pasangan antara nukleotida primer
dengan nukleotida sampel (Soewardi 2007). Hasil menunjukan bahwa populasi
BEST F5 memiliki keragaman alelik yang paling tinggi (8-13) dibandingkan
dengan BEST F4 dan Nirwana II dengan kisaran ukuran fragmen 225-1750 bp.
Lokus polimorfik berpotensi dapat meningkatkan nilai heterosigositas dan
menghasilkan keragaman genetik (Iskandariah et al. 2010). Berdasarkan data yang
diperoleh, tingkat polimorfisme dan heterosigositas populasi nila BEST F5 adalah
yang tertinggi yaitu sebesar 48 % dan 0.1925.
Tinggi rendahnya tingkat keragaman ditentukan oleh persilangan yang di
dalamnya terdapat perpaduan gen yang dominan dan resesif (Hayuningtyas et al.
2007). Rendahnya nilai heterosigositas dipengaruhi oleh terjadinya silang dalam
(inbreeding). Individu sekerabat memiliki allel-allel yang sama yang diturunkan
dari nenek moyangnya, sehingga dapat berpasangan kembali yang akan
menghasilkan keturunan yang homosigot pada satu atau lebih lokus (Soewardi
2007). Tave (1986) menyatakan bahwa keragaman genetik mempengaruhi
kemampuan spesies untuk merespon perubahan lingkungan baik buatan maupun

11
alami dalam proses adaptasi agar bertahan hidup. Setiap kombinasi gen memiliki
respons yang berbeda terhadap perubahan lingkungan, dalam hal ini keberagaman
gen memberikan peluang yang lebih baik untuk dapat merespon perubahan
lingkungan tersebut.
Jarak genetik merupakan ukuran perbedaan genetik antar populasi yang
dihitung berdasarkan frekuensi allel (Nei 1987). Analisis hubungan kekerabatan
genetik BEST F4 dan F5 serta Nirwana II menghasilkan jarak genetik berkisar
antara 0,0962 sampai 0,1752. Jarak genetik antara populasi ikan nila BEST F4
dengan BEST F5 adalah 0,1168, lebih rendah dibandingkan dengan Nirwana II.
Hasil analisis statistik menggunakan uji perbandingan Fst menunjukkan terdapat
perbedaan secara nyata antara populasi nila BEST F4 dengan Nirwana II (p≤0,05).
Sedangkan populasi BEST F4 dan F5 menunjukkan memiliki banyak unsur
kesamaan secara materi genetik dibandingkan dengan nila Nirwana II, hal ini
dikarenakan nila BEST F4 dan F5 memiliki asal-usul induk yang sama yaitu
BEST F3.
Hubungan keragaman 21 karakter fenotipe morfometrik pada 3 populasi
ikan nila menggambarkan tingkat keterkaitan antar bidang truss A (kepala), B
(tengah tubuh), C (tubuh belakang) dan D (pangkal ekor). Koefisien keragaman
(CV) karakter truss morfometrik yang tertinggi yaitu D3 (Akhir sirip punggung
lunak - awal sirip ekor atas) dan yang terendah adalah karakter A5 (awal sirip
perut - atas mata). Tingkat keseragaman truss morfometrik pada 3 populasi ikan
nila sangat tinggi kecuali pada 6 karakter (B6, B3, B1, A3, C1 dan D6) yang
menunjukan hasil berbeda nyata (Lampiran 4).
Berdasarkan pengelompokan pada dendrogram kemiripan 21 karakter truss
morfometrik, menunjukkan bahwa nila BEST F4 memiliki kemiripan yang tinggi
dengan BEST F5. Sedangkan nila Nirwana II terpisah dari populasi BEST F4 dan
F5 dengan kemiripan 24.91%. Ariyanto et al. (2011) menyebutkan bahwa ikan
nila Nirwana mempunyai bentuk yang relatif berbeda dari nila BEST, GIFT
Sukamandi, GMT Sukabumi, dan red NIFI. Nila Nirwana merupakan hasil
kegiatan selective breeding menggunakan bahan dasar nila GIFT dan nila GET.
Jenis nila GET mempunyai bentuk yang berbeda dengan nila GIFT dan diduga
mempunyai kontribusi yang cukup besar dalam pembentukkan ikan nila Nirwana.
Menurut Soewardi (2007), sebagian besar variasi fenotipe antar populasi
cenderung disebabkan oleh faktor lingkungan dan sangat sedikit dipengaruhi
faktor genetik dan pengaruh perbedaan genetik tersebut pada umumnya terjadi
akibat proses seleksi dan adaptasi terhadap kondisi lokal. Kristanto dan Eni (2007)
juga menyatakan bahwa faktor lingkungan akan mempengaruhi fenotipe suatu
individu atau populasi ikan yang akan dibudidayakan, karena faktor lingkungan
yang buruk akan menyebabkan potensi genetik dari individu atau populasi
tersebut tidak terekspresi secara maksimal. Faktor lingkungan yang perlu
diperhatikan antara lain padat tebar, umur, suhu dan kualitas air. Selain itu aspek
biologi dan fisiologi ikan, maternal efek, pola makan, kompensasi pertumbuhan
dan pemeliharaan bersama (communal stocking) juga dapat mempengaruhi tingkat
keragaman fenotipe populasi.
Seleksi didahului dengan mengumpulkan informasi mengenai data dasar
genetik dari suatu spesies yang merupakan syarat awal untuk menentukan variasi
genetik dan hubungan kekerabatan yang dimiliki (Mulyasari 2007). Data dari hasil
penelitian ini dapat memberikan informasi mengenai keragaman genetik

12
berdasarkan karakterisasi genotipe dan fenotipe ikan nila BEST F4, BEST F5 dan
Nirwana II. Dalam hal ini populasi BEST F5 menunjukan kualitas genetik yang
lebih baik sehingga dapat dikembangkan untuk calon induk, sehingga diharapkan
dapat memproduksi benih-benih unggul yang berkelanjutan.

KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Tingkat polimorfisme dan heterosigositas populasi ikan nila BEST F5 lebih
tinggi daripada BEST F4 dan Nirwana II, dan jarak genetik antar populasi nila
BEST F4, F5 dan Nirwana II berkisar dari 0,0962 sampai 0,1752. Uji
perbandingan Fst menunjukkan perbedaan genetik secara nyata antara nila BEST
F4 dengan Nirwana II (p≤0,05). Tingkat keseragaman truss morfometrik ke-3
populasi sangat tinggi. Berdasarkan hubungan interpopulasi ikan nila Nirwana II
terpisah dengan kelompok nila BEST F4 dan F5.
Saran
Dapat dilakukan penelitian lebih lanjut berkaitan dengan evaluasi fenotipe
dari keunggulan ragam genotipe yang diperoleh terkait dengan sistem budidaya
praktis, misalnya pada kondisi lingkungan yang suboptimal.

DAFTAR PUSTAKA
Amri K, Khairuman, Judantari S. 2008. Prospek Bisnis dan Teknik Budidaya Nila
Unggul Nila Nirwana. Jakarta (ID): Gramedia Pustaka Utama.
Arifin OZ, Nugroho E, Gustiano R. 2007. Keragaman genetik populasi ikan nila
(Oreochromis niloticus) dalam program seleksi berdasarkan RAPD. Berita
Biologi. 8 (6): 465- 471.
Ariyanto D, Nunuk L, Imron. 2011. Analisis truss morfometrik beberapa varietas
ikan nila (Oreochromis niloticus). Jurnal Riset Akuakultur. 6 (2): 187-196.
Dunham RA. 2004. Aquaculture and Fisheries Biotechnology: Genetic Approach.
Cambridge (US): CABI Publishing.
Gustiano R, Arifin OZ. 2010. Menjaring Laba dari Budidaya Nila BEST. Bogor
(ID): IPB Press.
Hassanien HA, Elnady M, Obeida A, Itriby H. 2004. Genetic diversity of Nile
tilapia populations revealed by randomly amplified polymorphic DNA
(RAPD). Aquaculture Research. 35: 587-593.
Hayuningtyas E, Nunuk L, Didik A. 2007. Variasi genetik persilangan 3 strain
ikan nila (Oreochromis niloticus) dengan ikan mujair (O. mossambicus)
dengan metode Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Prosiding
Forum Inovasi Teknologi Akuakultur: 573-580.
Iskandariah, Zaenal O, Gustiano R. 2010. Analisis keragaman genetik lima
populasi nila hitam (Oreochromis sp.) dengan analisis sidik ragam Random

13
Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Prosiding Forum Inovasi Teknologi
Akuakultur: 523-528.
[KKP] Kementrian Kelautan dan Perikanan. 2011. Kelautan dan Perikanan dalam
angka 2011 [internet]. Jakarta (ID): Kementrian Kelautan dan Perikanan.
[diunduh 2013 Feb 11]. Tersedia pada: www.kkp.go.id.
Kirpichnikov VS. 1981. Genetic Bases of Fish Selection. Berlin (DE): SpingerVerlag
Kristanto A, Eni K. 2007. Peranan faktor lingkungan dalam pemuliaan ikan.
Media Akuakultur. 2 (1): 183-188.
Mahardika P. 2010. Keragaan hibrida hasil persilangan intraspesifik empat
populasi ikan nila Oreochromis niloticus di keramba jaring apung, Danau
Lido, Bogor [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Mulyasari. 2007. Beberapa teknik penentuan variasi genetik pada ikan untuk
proses pemuliaan. Media Akuakultur. 2 (1): 177-182.
Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. New York (US): Columbia
University Press.
Soewardi K. 2007. Pengelolaan Keragaman Genetik Sumberdaya Perikanan Dan
Kelautan. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Tave D. 1986. Genetic for Fish Managers. New York (US): The AVI Publ.
Comp.Inc.

14
LAMPIRAN
Lampiran 1 Diagram seleksi individu dan famili ikan nila BEST F4 dan F5

1

24

Induk Nila BEST F3/ BEST F4

Pemijahan
serentak1-10 hari

(Jantan & betina tdk sekerabat)

Hapa 1

Hapa 2

Hapa 3

600

600

600

Hapa 44
……………………………….

• Benih umur 0,5 bl tebar pada kolam yang sama
scr kommunal/ batch 7 hr ( seleksi individu)
Seleksi famili, masing-masing famili di tagging, umur dlm
7 hari yang sama dipelihara dlm 1 hapa.
•Padat tebar 75 ekor/m2
•Dipelihara hingga bisa dipisahkan jantan-betina

Jantan

600

Catatan :
•Pakan intensif
•Monitoring kualitas air (suhu, pH, NH3)

(Kepadatan 10 ekor/m2)
Top
5-10%

Betina
Top
5-10%

Pembesaran hingga ukuran
calon induk :
- Jantan @ 200 g
- Betina @ 150 g

Induk Nila BEST F4 & F5

15
Lampiran 2 Diagram prosedur seleksi famili pada ikan nila Nirwana II

………….

Fam 1

…

1

1: 1

1

5

1: 1

Yang memijah di minggu
yang sama dipelihara dalam
1 hapa (min. 2 psg)

………….

Fam 15

1: 1

…

Fam 30

…

5

1

1: 1

1: 1

Yang memijah di minggu
yang sama dipelihara dalam
1 hapa (min. 2 psg)

5
1: 1

Yang memijah di minggu
yang sama dipelihara dalam
1 hapa (min. 2 psg)

500 ekor

500 ekor

500 ekor

Pembesaran
sampai dewasa

Pembesaran
sampai dewasa

Pembesaran
sampai dewasa

20 ekor

20 ekor

20 ekor

20 ekor

Terdapat 26 famili untuk seleksi selanjutnya

20 ekor

20 ekor

16
Lampiran 3 Hasil amplifikasi DNA ikan nila menggunakan 3 primer

(a)

(b)

(c)

(d)

(e)

(f)

(g)

(h)

(i)

Keterangan: (a) Hasil amplifikasi DNA ikan nila BEST F4 dengan primer OPA-02
(b) Hasil amplifikasi DNA ikan nila BEST F4 dengan primer OPA-03
(c) Hasil amplifikasi DNA ikan nila BEST F4 dengan primer OPC-05
(d) Hasil amplifikasi DNA ikan nila BEST F5 dengan primer OPA-02
(e) Hasil amplifikasi DNA ikan nila BEST F5 dengan primer OPA-03
(f) Hasil amplifikasi DNA ikan nila BEST F5 dengan primer OPC-05
(g) Hasil amplifikasi DNA ikan nila Nirwana dengan primer OPA-02
(h) Hasil amplifikasi DNA ikan nila Nirwana dengan primer OPA-03
(f) Hasil amplifikasi DNA ikan nila Nirwana dengan primer OPC-05

17
Lampiran 4 Uji levene’s test pada 21 karakter truss morfometrik ikan nila
Karakter
F
df1
A1
.523
2
A2
2.918
2
A3
8.648
2
A4
1.792
2
A5
2.731
2
A6
2.556
2
B1
3.697
2
B3
4.881
2
B4
1.067
2
B5
1.432
2
B6
6.142
2
C1
3.693
2
C3
1.669
2
C4
2.999
2
C5
1.287
2
C6
2.088
2
D1
2.200
2
D3
.042
2
D4
2.636
2
D5
.467
2
D6
3.965
2
Keterangan: *karakter yang berbeda nyata (p≤0,05)

df2
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54
54

Sig.
.596
.063
.001*
.176
.074
.087
.031*
.011*
.351
.248
.004*
.031*
.198
.058
.285
.134
.121
.959
.081
.629
.025*

18

Lampiran 5 Data pengukuran karakter truss morfometrik ikan nila BEST F4
Sampel

No.

A1

A2

A3

A4

A5

A6

B1

B3

B4

B5

B6

C1

C3

C4

C5

C6

D1

D3

D4

D5

D6

1

0.303

0.186

0.179

0.366

0.359

0.331

0.345

0.372

0.359

0.531

0.483

0.200

0.221

0.166

0.331

0.310

0.110

0.117

0.152

0.193

0.200

2

0.288

0.230

0.180

0.388

0.367

0.374

0.338

0.374

0.360

0.547

0.482

0.201

0.223

0.165

0.324

0.317

0.101

0.101

0.158

0.180

0.194

3

0.288

0.212

0.186

0.381

0.373

0.364

0.322

0.398

0.356

0.542

0.483

0.195

0.220

0.169

0.322

0.322

0.102

0.110

0.169

0.195

0.203

4

0.289

0.218

0.176

0.359

0.352

0.359

0.338

0.380

0.352

0.528

0.472

0.204

0.218

0.162

0.331

0.310

0.092

0.120

0.162

0.204

0.176

5

0.298

0.214

0.183

0.366

0.366

0.359

0.336

0.351

0.359

0.542

0.450

0.191

0.252

0.168

0.344

0.313

0.107

0.107

0.160

0.183

0.206

6

0.307

0.189

0.205

0.370

0.362

0.362

0.346

0.362

0.346

0.535

0.472

0.197

0.220

0.165

0.331

0.315

0.102

0.118

0.157

0.197

0.197

7

0.301

0.210

0.182

0.399

0.378

0.364

0.364

0.371

0.392

0.573

0.510

0.224

0.259

0.168

0.364

0.343

0.105

0.084

0.161

0.189

0.189

8

0.288

0.209

0.176

0.386

0.366

0.359

0.359

0.386

0.386

0.569

0.490

0.209

0.248

0.163

0.346

0.333

0.098

0.092

0.163

0.190

0.190

9

0.321

0.201

0.149

0.373

0.358

0.366

0.328

0.381

0.351

0.545

0.463

0.179

0.224

0.164

0.321

0.306

0.090

0.104

0.157

0.179

0.194

10

0.315

0.215

0.200

0.377

0.369

0.377

0.346

0.369

0.346

0.538

0.477

0.192

0.223

0.169

0.331

0.308

0.100

0.115

0.162

0.192

0.192

1

0.303

0.205

0.213

0.361

0.361

0.377

0.328

0.361

0.336

0.525

0.451

0.197

0.230

0.164

0.320

0.311

0.082

0.115

0.156

0.172

0.197

2

0.322

0.195

0.208

0.396

0.369

0.383

0.349

0.383

0.383

0.564

0.497

0.181

0.235

0.181

0.349

0.329

0.107

0.114

0.161

0.195

0.208

3

0.319

0.227

0.210

0.395

0.395

0.395

0.319

0.370

0.353

0.546

0.471

0.185

0.227

0.168

0.336

0.303

0.092

0.109

0.160

0.193

0.185

4

0.320

0.176

0.208

0.368

0.368

0.352

0.320

0.384

0.344

0.536

0.464

0.184

0.216

0.168

0.320

0.304

0.104

0.112

0.160

0.192

0.200

5

0.302

0.202

0.217

0.380

0.388

0.372

0.357

0.349

0.372

0.550

0.481

0.186

0.240

0.178

0.357

0.310

0.085

0.116

0.163

0.194

0.202

6

0.318

0.212

0.212

0.394

0.386

0.386

0.348

0.386

0.364

0.568

0.485

0.189

0.227

0.174

0.333

0.311

0.083

0.106

0.152

0.189

0.182

7

0.311

0.185

0.227

0.395

0.378

0.378

0.361

0.353

0.353

0.555

0.471

0.168

0.252

0.176

0.353

0.294

0.101

0.109

0.160

0.193

0.202

Rata-rata

0.306

0.205

0.195

0.380

0.370

0.368

0.342

0.372

0.359

0.547

0.477

0.193

0.232

0.169

0.336

0.314

0.098

0.109

0.160

0.190

0.195

SD

0.013

0.015

0.020

0.013

0.011

0.015

0.014

0.014

0.015

0.015

0.015

0.013

0.014

0.006

0.014

0.012

0.009

0.010

0.004

0.008

0.009

CV

0.041

0.073

0.103

0.035

0.031

0.040

0.042

0.037

0.043

0.027

0.032

0.067

0.059

0.033

0.041

0.038

0.090

0.088

0.027

0.040

0.045

Jantan

Betina

19

Lampiran 6 Data pengukuran karakter truss morfometrik ikan nila BEST F5
No.

A1

A2

A3

A4

A5

A6

B1

B3

B4

B5

B6

C1

C3

C4

C5

C6

D1

D3

D4

D5

D6

1

0.308

0.189

0.196

0.378

0.371

0.357

0.322

0.357

0.350

0.538

0.462

0.210

0.238

0.161

0.343

0.308

0.098

0.105

0.161

0.196

0.189

2

0.325

0.195

0.220

0.374

0.382

0.374

0.317

0.374

0.350

0.545

0.455

0.187

0.211

0.171

0.317

0.309

0.114

0.122

0.154

0.195

0.203

3

0.319

0.194

0.201

0.403

0.382

0.368

0.347

0.340

0.396

0.611

0.472

0.181

0.278

0.167

0.375

0.313

0.097

0.118

0.153

0.194

0.201

4

0.338

0.192

0.192

0.392

0.385

0.362

0.346

0.377

0.362

0.562

0.477

0.192

0.215

0.169

0.331

0.308

0.092

0.108

0.154

0.185

0.192

5

0.322

0.199

0.199

0.425

0.404

0.404

0.349

0.411

0.404

0.603

0.521

0.205

0.240

0.185

0.342

0.356

0.096

0.082

0.171

0.185

0.205

6

0.310

0.209

0.203

0.418

0.399

0.373

0.342

0.399

0.392

0.582

0.513

0.184

0.253

0.177

0.335

0.342

0.114

0.095

0.165

0.190

0.209

7

0.304

0.236

0.203

0.426

0.405

0.399

0.338

0.392

0.378

0.574

0.507

0.196

0.216

0.176

0.331

0.324

0.101

0.108

0.169

0.196

0.203

8

0.299

0.194

0.194

0.396

0.368

0.361

0.354

0.403

0.375

0.583

0.500

0.215

0.229

0.160

0.333

0.326

0.083

0.097

0.160

0.174

0.188

9

0.309

0.180

0.209

0.403

0.374

0.367

0.345

0.388

0.396

0.576

0.511

0.201

0.245

0.173

0.345

0.345

0.108

0.101

0.165

0.201

0.201

10

0.348

0.163

0.222

0.430

0.415

0.385

0.333

0.407

0.400

0.600

0.496

0.178

0.244

0.185

0.348

0.333

0.111

0.096

0.163

0.185

0.215

1

0.333

0.217

0.209

0.419

0.403

0.395

0.326

0.380

0.380

0.581

0.488

0.209

0.240

0.178

0.349

0.333

0.093

0.101

0.155

0.194

0.194

2

0.315

0.181

0.205

0.394

0.386

0.354

0.354

0.394

0.346

0.559

0.496

0.205

0.228

0.157

0.315

0.323

0.094

0.102

0.157

0.173

0.197

3

0.300

0.200

0.200

0.392

0.377

0.362

0.354

0.385

0.369

0.577

0.477

0.208

0.246

0.169

0.346

0.331

0.100

0.092

0.154

0.192

0.192

4

0.328

0.224

0.201

0.403

0.396

0.388

0.328

0.381

0.373

0.567

0.485

0.201

0.231

0.172

0.336

0.328

0.097

0.104

0.157

0.187

0.194

5

0.288

0.219

0.205

0.404

0.397

0.377

0.377

0.384

0.377

0.589

0.500

0.199

0.240

0.171

0.342

0.329

0.096

0.103

0.158

0.185

0.199

6

0.314

0.190

0.204

0.380

0.387

0.350

0.343

0.336

0.380

0.569

0.445

0.197

0.285

0.161

0.372

0.314

0.102

0.102

0.161

0.182

0.190

7

0.313

0.201

0.209

0.396

0.396

0.358

0.366

0.336

0.373

0.575

0.463

0.179

0.269

0.164

0.358

0.306

0.104

0.119

0.164

0.194

0.201

8

0.295

0.187

0.209

0.403

0.381

0.360

0.381

0.388

0.388

0.604

0.504

0.201

0.245

0.173

0.360

0.331

0.086

0.094

0.151

0.187

0.187

9

0.277

0.187

0.174

0.335

0.342

0.323

0.265

0.316

0.297

0.471

0.374

0.174

0.213

0.135

0.297

0.258

0.077

0.097

0.135

0.168

0.155

10

0.315

0.218

0.194

0.395

0.403

0.371

0.323

0.339

0.379

0.565

0.444

0.185

0.282

0.161

0.371

0.315

0.105

0.113

0.161

0.194

0.194

Rata-rata

0.313

0.199

0.202

0.398

0.388

0.369

0.340

0.374

0.373

0.572

0.479

0.195

0.242

0.168

0.342

0.322

0.099

0.103

0.158

0.188

0.195

SD

0.017

0.017

0.010

0.021

0.017

0.019

0.025

0.027

0.024

0.030

0.034

0.012

0.022

0.011

0.020

0.020

0.010

0.010

0.008

0.009

0.012

CV

0.055

0.088

0.050

0.054

0.043

0.051

0.073

0.073

0.065

0.053

0.070

0.062

0.091

0.066

0.057

0.063

0.097

0.095

0.048

0.046

0.062

Sampel

Jantan

Betina

19

20

Lampiran 7 Data pengukuran karakter truss morfometrik ikan nila Nirwana II
Sampel

No.

A1

A2

A3

A4

A5

A6

B1

B3

B4

B5

B6

C1

C3

C4

C5

C6

D1

D3

D4

D5

D6

1

0.315

0.199

0.199

0.404

0.384

0.370

0.356

0.432

0.329

0.555

0.514

0.192

0.178

0.158

0.281

0.301

0.103

0.096

0.158

0.185

0.192

2

0.312

0.227

0.184

0.404

0.390

0.383

0.362

0.404

0.348

0.560

0.504

0.191

0.199

0.149

0.305

0.305

0.099

0.099

0.156

0.177

0.191

3

0.316

0.200

0.174

0.387

0.374

0.355

0.368

0.426

0.355

0.574

0.503

0.181

0.194

0.161

0.297

0.303

0.103

0.097

0.148

0.181

0.187

4

0.326

0.202

0.209

0.372

0.372

0.380

0.357

0.403

0.326

0.535

0.488

0.186

0.186

0.155

0.287

0.295

0.093

0.101

0.155

0.178

0.186

5

0.319

0.191

0.220

0.390

0.369

0.383

0.348

0.369

0.348

0.539

0.482

0.191

0.213

0.156

0.298

0.312

0.106

0.106

0.156

0.177

0.191

6

0.331

0.197

0.190

0.380

0.373

0.366

0.352

0.415

0.352

0.577

0.486

0.190

0.197

0.176

0.317

0.310

0.106

0.113

0.155

0.197

0.190

7

0.324

0.206

0.199

0.382

0.368

0.368

0.346

0.382

0.331

0.529

0.478

0.199

0.206

0.162

0.301

0.316

0.110

0.118

0.147

0.191

0.191

8

0.340

0.206

0.199

0.390

0.376

0.376

0.348

0.390

0.362

0.567

0.475

0.199

0.213

0.170

0.326

0.319

0.113

0.113

0.149

0.199

0.199

9

0.346

0.220

0.197

0.394

0.386

0.394

0.339

0.402

0.331

0.543

0.488

0.189

0.189

0.157

0.299

0.291

0.102

0.110

0.150

0.189

0.189

10

0.343

0.209

0.194

0.388

0.381

0.381

0.336

0.396

0.343

0.537

0.485

0.201

0.187

0.172

0.299

0.321

0.104

0.104

0.157

0.194

0.187

1

0.333

0.212

0.197

0.394

0.386

0.386

0.356

0.394

0.341

0.561

0.485

0.189

0.197

0.159

0.295

0.303

0.098

0.114

0.152

0.182

0.189

2

0.309

0.208

0.195

0.369

0.376

0.362

0.356

0.403

0.322

0.537

0.483

0.188

0.168

0.154

0.282

0.295

0.107

0.128

0.148

0.188

0.188

3

0.317

0.187

0.216

0.374

0.360

0.374

0.360

0.381

0.338

0.540

0.489

0.180

0.201

0.158

0.302

0.302

0.108

0.101

0.151

0.180

0.194

4

0.323

0.208

0.185

0.385

0.377

0.369

0.346

0.392

0.315

0.523

0.485

0.185

0.177

0.154

0.277

0.300

0.100

0.108

0.154

0.185

0.185

5

0.319

0.200

0.200

0.400

0.385

0.370

0.356

0.400

0.356

0.563

0.511

0.200

0.215

0.207

0.319

0.326

0.111

0.104

0.1