12
4.2 Penampakan Molekul DNA dalam Gel
Letak DNA pada gel dapat dilihat melalui pewarnaan gel dengan senyawa etidium bromida. Pewarnaan ini menghasilkan pita-pita yang paling tidak
mengandung 1-10 ng DNA, yang dapat dideteksi di bawah cahaya UV. Etidium bromida merupakan zat warna berfluorosensi yang dapat terikat
diantara pasangan basa dan membuat molekul DNA lebih kaku. Ikatan yang terbentuk akan meningkatkan intensitas fluorosensi dari zat warna bebasnya.
4.3 Perkiraan Ukuran Molekul DNA
Elektroforesis gel akan memisahkan molekul DNA dengan ukuran yang berbeda, yaitu molekul yang paling kecil akan melewati jarak yang paling besar
menuju elektroda positif. Jika ada beberapa fragmen DNA dengan ukuran berbeda, maka tampak rangkaian pita-pita pada gel. Ukuran DNA hasi
l elektroforesis gel dapat diperkirakan dengan menggunakan marka DNA yang
telah diketahui ikurannya. Cara yang paling akurat untuk menentukan ukuran fragmen-fragmen
tersebut adalah melalui hubungan matematik antara kecepatan migrasi dan ukuran pasangan basa. Persamaannya adalah sebagai berikut :
Log pb = bx + a dimana x adalah jarak migrasi, pb adalah jumlah pasangan basa, a serta b adalah
konstanta yang tergantung pada kondisi elektroforesis Sambrook, et al. dalam T. Milanda, 1994.
13
DAFTAR PUSTAKA
Brown Alfred, E., 2005, Laboratory Manual in General Microbiology : Microbiological Applications, McGraw-Hill Comp., US, p. 395-401
Brown, T. A., 1995, Gene Cloning, an introduction, third edition, Chapman and Hall, London, p. 13-18, 27-35, 68-72, 228-241
Darnell J., Lodish H., and Baltimore D., 1990, Molecular Cell Biology, 2
nd
edition, Scientific American Book Inc., New York, p. 99-76 Debbie S. Retnoningrum, 1998, Mekanisme dan Deteksi Molekul Resistensi
Antibiotik pada Bakteri, Jurusan Farmasi-ITB, Bandung, h. 1-5, 16-21 Jawetz, E., J. L. Melnick dan E. A. Adelberg, 1995, Mikrobiologi Untuk Profesi
Kesehatan, Edisi 16, Penerbit Buku Kedokteran, EGC, Jakarta, h. 299, 362 Jawetz E., J. L. Melnick dan E. A. Adelberg, 1996, Mikrobiologi Kedokteran,
Edisi 20, Penerbit Buku Kedokteran, EGC, Jakarta, h. 211-217, 249-251 Johnson James R. and Owens Krista, 2004, Rapid and Specific Detection of the
O15:K52:H1 Clonal Group of Escherichia coli by Gene-Specific PCR, J. Clin. Microbiol. 42:3841-3843
Johnson James R. and Kuskowski Michael A., 2005, Virulence Genotype, and Phylogenetic Origin, in Relation to Antibiotic Resistance Profile among
Escherichia coli Sample Isolates from Israeli Women with acu te
Uncomplicated Cystitis, Antimicrobial Agents and Chemo. J. 49 : 26-31
Madej, R. 1991. Polymerase Chain Reaction : Application to the Clinical Laboratory, Laboratory Roche Diagnostic Research, p. 23-32, 45-49
Manges Amee R. and Riley Lee W., 2001, Widespread Distribution Of Urinary Tract Infections Caused By A Multidrug-Resistant Escherichia Coli Clonal
Group, N Engl J Med., 345:1007-1013
Pelczar, M. J. dan E. C. S. Chan, 1988, Dasar-Dasar Mikrobiologi, Jilid 2, Terjemahan Ratna Sri Hadioetomo, dkk., Penerbit Universitas Indonesia,
Jakarta, h. 449 Persing D.H., F.C. Tenover, 2004, Diagnostic Molecular Microbiology :
Principles and Applications, ASM, Washington DC., p. 392-299 Russell A.D. and I. Chopra, 1990. Understanding Antimicrobial Action and
Resistance, Ellis Horword limited, England, p. 1-5, 25-35, 56-78
14 Sambrook J., Fritsch E. F., an
d Maniatis T., 1989, Molecular Cloning, a laboratory Manual, Volume 1, 2
nd
edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New york, p. 14.2-14.5
Watson, J. D., et al., 1987, Molecular Biology of the Gene, 4
th
edition, The BenjaminCummings Publishing Company Inc., Menco Park, California,
p. 68-75, 81-83, 98-99, 194, 202-203 Wawan Kosasih dkk., 1992, Petunjuk praktikum kursus singkat rekayasa genetika
teknologi DNA rekombinan, PAU-Bioteknologi ITB, Bandung, 5-10, 21-23 Wilbraham, A.C and Matta, M.S., 1986, General Organic and Biological
Chemistry, 2
nd
edition, The BenjaminCummings Publishing Company Inc., New york, p. 582-587