7 dalam alur kerja desain obat berbantukan komputer yaitu untuk menjelaskan
interaksi ligan dan target biologis Kumalo et al. 2015.
F. Protokol penelitian
Skrining virtual merupakan aplikasi dari metode in silico untuk seleksi senyawa-senyawa yang diinginkan dari database senyawa kimia. Strategi skrining
virtual terbagi dalam dua yaitu i Penapisan Virtual Berbasis Ligan PVBL, dan ii Penapisan Virtual Berbasis Struktur PVBS. PVBS terdiri dari beberapa
langkah antara lain, i preparasi target molekuler, ii seleksi senyawa yang akan ditambatkan, iii penambatan molekuler, iv analisis pasca penambatan
Ferreira et al. 2015.
Pada penambatan molekuler dengan metode penapisan virtual berbasis struktur PVBS, model pharmacophore sering diaplikasikan, selain itu model
pharmacophore juga sering digunakan untuk proses output virtual dalam skrining virtual
Lee et al. 2011. PLANTS Protein-Ligand ANT System merupakan suatu algoritma yang
memperlakukan ligan secara fleksibel dan berdasarkan pada Ant Colony Optimization ACO. Algoritma ACO menyusun solusi dengan memilih satu nilai
untuk setiap derajat kebebasan. Fleksibilitas protein dipertimbangkan dengan optimasi atom hidrogen yang terlibat dalam ikatan hidrogen Korb et al. 2007.
Telah dikembangkan dan divalidasi sebuah protokol penapisan virtual berbasis struktur PVBS untuk mengidentifikasi ligan dari reseptor estrogen alfa,
menggunakan protokol penambatan PLANTS 1.2 Setiawati et al. 2014. Pengembangan dan modifikasi yang dilakukan adalah dengan menambahkan tiga
simulasi independen untuk setiap penambatan, sementara pada protokol sebelumya hanya dilakukan satu kali penambatan. Protokol penambatan ini
divalidasi dengan menggunakan Directory of Useful Decoy-Enhanced DUD-E. Hasil dari validasi protokol penambatan ini berupa skor ChemPLP yang
digunakan untuk evaluasi kecocokan antara reseptor dan ligan. Istyastono 2015 telah mengembangkan suatu metode analisis pasca
penambatan untuk penentuan aktif tidaknya suatu ligan pada reseptor estrogen PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
8 alfa. Metode ini dilakukan dengan menerapkan Recursive Partition and
Regression Tree RPART. Metode ini menentukan apakah suatu senyawa berperan sebagai ligan atau sebagai senyawa pengecoh yang didasarkan pada skor
penambatan dan bitstring PLIF.
Gambar 2. Pohon keputusan RPART Istyastono, 2015. Jika jawaban “ya”
menuju ke arah kiri, jika “tidak” ke arah kanan.
Tabel I. PLIF bitstring penting menurut decision tree Istyastono, 2015 Nomor bitstring
Residu Jenis interaksi
320 GLY 420
Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor 242
ARG 394 Ikatan hidrogen protein sebagai donor
117 GLU 353
Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor 411
GLY 521 Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor
473 CYS 530
Ikatan hidrogen protein sebagai donor 105
ASP 351 Interaksi elektrostatik protein sebagai anion
201 LEU 387
Ikatan hidrogen protein sebagai akseptor 470
CYS 530 Interaksi non polar
170 TRP 383
Aromatis face to face 171
TRP 383 Aromatis edge to edge
323 MET 421
Interaksi non-polar PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI
9
G. Landasan Teori
