6 fermentatif dan 6 isolat bakteri yang
hasilnya negatif Lampiran 5, isolat ini ditemukan di timur warung apung Tm.
Bakteri denitrifikasi hidup dan tumbuh pada
lingkungan yang
mempunyai kandungan
senyawa nitrogen
tinggi terutama nitrat dan nitrit dan keadaan
anaerob. Pada titik sampling di timur warung apung mempunyai kandungan
nitrat dan nitrit yang paling tinggi Tabel 2, sehingga bakteri denitrifikasi dapat
ditemukan dititik tersebut. Isolat bakteri yang
bersifat fermentatif
negatif diperkirakan
merupakan bakteri
denitrifikasi. Proses denitrifikasi dilakukan oleh
mikroorganisme dengan
menggunakan senyawa nitrat dan nitrit sebagai penerima elektron dan dihasilkan
senyawa berupa gas nitrogen. Sedangkan kelompok bakteri yang bersifat fermentatif
positif akan mereduksi nitrat menjadi amonium Rusmana and Nedwell, 2004.
Kelompok bakteri fermentatif positif tidak dapat menggunakan senyawa nitrat sebagai
penerima elektron,
justru sebaliknya
digunakan sebagai
sumber elektron
Widiyanto dkk.,
2008. Terhadap
kelompok isolat bakteri yang bersifat fermentatif negatif dilakukan uji molekuler
untuk proses identifikasi menggunakan gen penyandi 16S rRNA.
B. Karakteristik Koloni dan Sel Isolat
Bakteri Denitrifikasi
Sebanyak 6 isolat bakteri denitrifikasi yang ditemukan di sedimen perairan Rawa
Jombor memiliki
karakteristik yang
hampir sama yaitu koloni berwarna bening, berbentuk bulat dan tepiannya rata,
sel bakteri
berbentuk batang
dan merupakan bakteri gram negatif Tabel 3
Tabel 3. Karakteristik Isolat Bakteri Denitrifikasi yang Diisolasi dari Sedimen Perairan Rawa Jombor Klaten
Isolat Bakteri
Warna Koloni Bentuk
Koloni Tepian
Koloni Bentuk
Sel Gram
Tm A Tm D
Tm E Tm G
Tm i Tm K
Bening kekuningan Bening kecoklatan
Bening Bening kekuningan
Bening Bening
Bulat Bulat
Bulat Bulat
Bulat Bulat
Rata Rata
Rata Rata
Rata Rata
Batang Batang
Batang Batang
Batang Batang
Negatif Negatif
Negatif Negatif
Negatif Negatif
7 Data
yang diperoleh,
sesuai dengan hasil penelitian yang dilakukan
oleh Widiyanto
dkk. 2008
yang menyebutkan bahwa bakteri denitrifikasi
yang ditemukan
di tambak
udang mempunyai sel berbentuk batang, motil
dan gram negatif.
C. Identifikasi Bakteri Denitrifikasi
dengan Sekuen Gen 16S Rrna
Sebanyak 6 isolat bakteri yang mampu mereduksi nitrat dan diduga
merupakan kelompok bakteri denitrifikasi yaitu isolat TmA, TmD, TmE, TmG, Tmi
dan TmK diidentifikasi dengan sekuens gen 16S rRNA. Fragmen produk PCR
memiliki ukuran sekitar 1300
basepair
bp yang merupakan ukuran
yang diharapkan
dengan menggunakan
kombinasi primer 63F untuk arah
forward
dan primer 1387R untuk arah
reserve
Gambar 5.
Keterangan: M = Marker 1 = Fragmen DNA Isolat TmA
2 = Fragmen DNA Isolat TmD 3 = Fragmen DNA Isolat TmE
4 = Fragmen DNA Isolat TmG 5 = Fragmen DNA Isolat Tmi
6 = Fragmen DNA Isolat TmK
Gambar 5. Fragmen DNA Hasil Amplifikasi Gen 16S rRNA yang Divisualisasi dengan Gel Doc
Hasil amplifikasi DNA kemudian disekuensing untuk mendapatkan sekuen
dari DNA isolat bakteri denitrifikasi yang diisolasi dari sedimen perairan Rawa
Jombor Klaten. Urutan basa nukleotida yang diperoleh, kemudian dianalisis dan
dibandingkan dengan database gen dari Genebank DNA menggunakan program
BLASTn. Dari hasil sekuensing, hanya ada satu isolat yang tidak teridentifikasi yaitu
isolat TmK, sehingga isolat tersebut tidak dapat dilanjutkan ke tahap sekuensing. Hal
ini kemungkinan DNA isolat TmK mengalami kerusakan.
8 Tabel 4. Identitas Bakteri Denitrifikasi di Sedimen Perairan Rawa Jombor Dianalisis dengan
BLASTn
Kode Isolat
Kerabat Terdekat No. Akses
Kemiripan Tm A
Tm D Tm E
Tm G Tm i
Shewanella putrefaciens
strain KOl2
Shewanella putrefaciens
strain KOl2
Shewanella putrefaciens
strain K717
Shewanella putrefaciens
strain KOl2
Shewanella xiaminensis
strain H3 KC607511.1
KC607511.1 KC607526.1
KC607511.1 HQ418493.1
96 99
98 97
98
Dari hasil
sekuensing dapat
diketahui bahwa dari 5 isolat yang diidentifikasi
ada 4
isolat yang
teridentifikasi termasuk ke dalam genus
Shewanella
, satu isolat di antaranya teridentifikasi
sebagai
Shewanella putrefaciens
yaitu isolat TmD dengan persentase kemiripan 99, 2 isolat lainnya
yaitu isolat TmE dan isolat TmG memiliki kemiripan dengan
Shewanella putrefaciens
dengan persentase kemiripan masing- masing 98 dan 97, sedangkan isolat
Tmi memiliki
kemiripan dengan
Shewanella xiaminensis
dengan persentase kemiripan 98. Satu isolat lainnya yaitu
isolat TmA dengan persentase kemiripan 96, isolat ini kemungkinan merupakan
spesies baru Tabel 4. Menurut Dancourt
et al
. 2000, jika kemiripan ≥ 99 dengan database
maka isolat tersebut teridentifikasi pada tingkat spesies, ≥ 97 teridentifikasi pada
tingkat genus, sedangkan jika kemiripan 97 kemungkinan merupakan spesies baru
karena belum adanya data pada database atau ukuran hasil sekuensing
yang dibandingkan dengan database terlalu
pendek. Genus
Shewanella
merupakan salah satu genus bakteri pereduksi metal.
Bakteri ini
banyak ditemukan
di lingkungan laut, air tawar, danau, tanah
atau terestrial, sungai, lautan Artik dan Antartika, pipa minyak yang berkarat atau
berkorosi dan lingkungan akuifer yang terkontaminasi
uranium. Bakteri
ini banyak digunakan untuk bioremediasi atau
pembersihan lingkungan dari polutan seperti senyawa yang mengalami klorinasi,
radionuklida dan polutan lingkungan lainnya Venkateswaran
et al
., 1999.
Shewanella
tergolong ke dalam bakteri gram negatif dan beberapa spesies ini
merupakan patogen penyebab penyakit pada manusia. Ciri-ciri lain dari bakteri ini
adalah berbentuk batang, motil bergerak
9 dengan flagela polar dan memiliki
metabolisme sebagai organisme fakultatif anaerobik Huang
et al
., 2010. Untuk kebutuhan hidupnya, bakteri ini mampu
menggunakan bermacam-macam akseptor elektron seperti oksigen, besi, mangan,
uranium, nitrat, nitrit, fumarat dan lain- lain.
Shewanella putrefaciens
adalah bakteri gram negatif yang dapat ditemukan
di lingkungan air laut, oksidasi positif dan motil. Bakteri ini merupakan bakteri
fakultatif anarobik
yang mempunyai
kemampuan untuk mereduksi besi dan metabolik
manganese, yang
dapat menggunakan besi dan mangan sebagai
terminal aseptor elektron dalam rantai transpor
elektron. Bakteri
ini juga
merupakan organisme yang berhubungan dengan bau busuk pada pembusukan ikan,
seperti organisme laut yang memproduksi trimetilamin Johansen
et al
., 1996.
S. putrefaciens
dapat tumbuh pada media padat dan media cair. Pada media padat,
koloni bakteri bulat, tumbuh cepat dan berwarna pink. Bakteri ini juga tumbuh
cepat pada media cair dan membuat seluruh media cair tersebut berwarna pink
Khashe and Janda, 1998.
Shewanella xiaminensis
merupakan bakteri gram negatif, motil dengan flagel nonpolar tunggal dan
bersifat fakultatif
anaerobik. Koloni
bakteri ini berbentuk sirkular, berwarna coklat, pertumbuhannya pada suhu 4
o
C dan 37
o
C tapi jika di bawah 37
o
C tidak dapat tumbuh, pH 6,0-9,0 dengan pH
optimum tumbuh pada pH 7,0. Bakteri ini positif dalam menghidrolisis gelatin, DNA
dan Tulens 80. Bakteri ini juga dapat mereduksi nitrat, nitrit, fumarat Huang
et al
., 2010.
D. Status Trofik Perairan Rawa
