Tahap Persiapan Tahap Penelitian

Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR MC1R PADA IKAN GURAME Osphronemus gouramy Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

1. Tahap Persiapan

Tahap persiapan meliputi persiapan alat dan bahan yang akan dilakukan dalam proses penelitian. Alat-alat yang bersih dan bahan yang digunakan, dibungkus menggunakan plastik tahan panas dan disterilisasi menggunakan autoclave selama 15-20 menit pada suhu 121ºC dengan tekanan. Alat dan bahan yang digunakan terlampir pada Lampiran 1. Kegiatan penelitian di lakukan Laboratorium Mikrobiologi Departemen Pendidikan Biologi FPMIPA UPI.

2. Tahap Penelitian

a. Mengumpulkan

sequence gen MC1R dari berbagai jenis ikan Infraclassis Teleostei Primer dibuat dengan menganalisa se quence gen MC1R dari GenBank http:www.ncbi.nlm.nih.gov. Sequence gen yang dibuat primernya berasal dari gen MC1R Infraclassis Teleostei, Ordo Perciformes yang tertera pada Tabel 3.1 syarat pembuatan primer dari sequence sekerabat sebanyak minimal lima spesies. Pada penelitian ini total jumlah species yang digunakan sebanyak 11 species. Sequence DNA dikumpulkan dengan format FASTA umtuk multiple alignment pensejajaran banyak sequence dengan menggunakan aplikasi software Clustal X. Tabel 3.1 Daftar species ikan Ordo Perciformes untuk desain Primer Degenerate No. Nama Ikan Nomor GenBank Nomor GI 1 Takifugu rubripes_t24 AB437783.1 189068473 2 Takifugu chinensis_k22 AB437805.1 189068993 3 Takifugu sp_01 AB437812.1 189069007 4 Takifugu chinensis_k24 AB437807.1 189068997 5 Takifugu sp_s1 AB437808.1 189068999 6 Takifugu rubripes AY227791.1 29165373 7 Tetraodon nigroviridis AY332238.1 33867666 8 Poecilia reticulata AB563501.1 322803513 9 Xhiphophorus maculatus DQ866828.1 113206523 10 Paralichthys EU365367.1 165988231 Nilamsari Kurniasih Indrawan, 2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR MC1R PADA IKAN GURAME Osphronemus gouramy Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu 11 Dicentrarchus FN377856.1 270377196

b. Desain Pasanngan Primer

Degenerate Gen MC1R Hasil pensejajaran kemudian dibuat pasangan primer degenerate nya dengan mengakses laman Primaclade http:primaclade.orgcgi-binprimaclade.cgi. Hasil amplikon diperkirakan 400-800 bp . Didapatkan beberapa kandidat primer yang terdapat pada Bab 4 Hasil dan Pembahasan Tabel 4.2.

c. Isolasi DNA

Genome Ikan Gurame Osphronemus gouramy

1. Isolasi DNA Kromosom