Produksi Antiserum Virus Bantut Kedelai Melalui Teknik Ekspresi Gen Protein Selubung Pada Bakteri Untuk Tujuan Deteksi Serologi
Hibah Bersaing
Produksi Antiserum Virus Bantut Kedelai Melalui Teknik
Ekspresi Gen Protein Selubung Pada Bakteri Untuk Tujuan
Deteksi Serologi
Dr. Ir. Suryo Wiyono, MSc.Agr
Dr. Ir. Tri Asmira Damayanti, M.Agr
Dr. Ir. Giyanto, MSi
¾ Kedelai : tanaman pangan penting
¾ Produksi belum mencukupi kebutuhan
¾ Masalah hama & penyakit
¾ Virus bantut – Soybean Stunt Virus (SSV) = Cucumber mosaic
virus strain SS: seed-borne, menurunkan produksi 41-71%
¾ Pentingnya antiserum dalam deteksi patogen terbawa benih
Uji Serologi
Good Antiserum
¾
¾
¾
¾
Mosaik
Malformasi daun
Tanaman kerdil/ bantut
Polong berbercak coklat
1. Deteksi dan Kajian keragaman genetik CMV-SS isolat I ndonesia
2. Produksi antiserum dengan menggunakan rekombinan gen protein
selubung via ekspresi bakteri untuk meningkatkan kualitas dan
spesifitas imunogen and titer antiserum
Survei
Deteksi Sampel
Cloning gen CP
I nsersi site enzim restriksi
( in vitro mutagenesis)
Perbanyakan Virus
Ekstraksi Asam Nukleat
Perunutan DNA
RT-PCR
Visualisasi
Survei di KP Balitbiogen, Bogor
Gejala tanaman yang diduga
terinfeksi CMV-SS
Survei di Magelang,
Jaw a Tengah
Beberapa gejala
Yang diduga
CMV-SS
Survei di Jember, Jaw a Timur
Beberapa gejala
Yang diduga
CMV-SS
Survei di kebun Balitkabi Malang, Jaw a Timur
Gejala tanaman yang diduga terinfeksi CMV-SS
Lokasi
Jawa Barat
- Bogor
- Plumbon
Jawa Tengah*
- Tegal
- Brebes
- Magelang
- Kebumen
Jawa Timur*
- Malang
- Ponorogo
- Jember
Deteksi Serologi
+
BD
-
BD : belum dilakukan
* : belum masuk musim tanam/tanaman belum banyak
Skematik RNA 3 CMV ( 2.1 kb)
F
3’
3a
R
CP
5’
CMV SS
terdeteksi
dari sampel
asal Bogor
500 bp
~ 383 bp
Primer: universal untuk CMV
subgroup I B
L100
CMV-SS
Full-length Gen Protein Selubung CMV SS ( ~ 657 bp)
F
3’
3a
R
CP
5’
650 bp
Hasil Runutan Gen CP CMV-SS ( 657 bp)
( -)
CMV SS L 1kb
ATGGACAAATCTGAATCAACCAGTGCCGGTCGTAgCCGTCGACGTCGTCCGCGTCGCGGTTCCCGCTCCGCTCCCTCC
TCCGCGGATGCTAACATTAGAGGTCTGTCGCAGCAACTTTCGCGGCTTAACAAGACGTTAGCAGCTGGTCGTCCTACTC
TTAACCACCCAACCTTTGTGGGGAGTGAACGTTGTAAACCTGGGTACACGTTCACATCTATTACCCTGAAGCCGCCGAA
AATAGACCGTGGGTCTTATTATGGCAAAAGGTTGTTGCTACCTGATTCAGTCACGGATTTCGATAAGAAACTTGTTTCGC
GCATTCAAATTCGCGTTAATCCGCTGCCGAAATTTGATTCTACCGTGTGGTTGACAGTCCGTAAAGTTCCTGCCTCTGCG
GACTTATCCGTTGCCGCCATTTCCACTATGTTTTCGGACGGAGAATCGCCGGTACTGGTTTATCAGTATGCTGCGTCCGG
GATCCAAGCTAACAATAAATTATTGTATGATCTTTCGCCGATGCGCGCTGATATAGGCGACATGAAGAAGTATGCCGTCC
TCGTATATTCAAAGGACGATGTGCTCGAGATGGACGAGCTGGTGATTCATGTCGACATTGAGCACCAACGTATTCCCACA
TCTGGAGTGCTCCCAGTTTGA
3’
3a
CP
CP
HindI I I
5’
HindI I I
pET30b
BamHI
BamHI
K+
Saat ini sedang
Dikonfirmasi
Runutan DNAnya
L 1 kb CMV SS*
657 bp
¾ Survei & pengambilan sampel di Plumbon, Cirebon serta
Jawa Tengah & Jawa Timur (tergantung sisa budget)
¾ Deteksi, perunutan DNA gen CP isolat asal lokasi lainnya
¾ Analisis keragaman genetik gen CP CMV SS isolat I ndonesia
¾ Cloning gen CP ke vektor ekspresi pET 30b
Produksi Antiserum Virus Bantut Kedelai Melalui Teknik
Ekspresi Gen Protein Selubung Pada Bakteri Untuk Tujuan
Deteksi Serologi
Dr. Ir. Suryo Wiyono, MSc.Agr
Dr. Ir. Tri Asmira Damayanti, M.Agr
Dr. Ir. Giyanto, MSi
¾ Kedelai : tanaman pangan penting
¾ Produksi belum mencukupi kebutuhan
¾ Masalah hama & penyakit
¾ Virus bantut – Soybean Stunt Virus (SSV) = Cucumber mosaic
virus strain SS: seed-borne, menurunkan produksi 41-71%
¾ Pentingnya antiserum dalam deteksi patogen terbawa benih
Uji Serologi
Good Antiserum
¾
¾
¾
¾
Mosaik
Malformasi daun
Tanaman kerdil/ bantut
Polong berbercak coklat
1. Deteksi dan Kajian keragaman genetik CMV-SS isolat I ndonesia
2. Produksi antiserum dengan menggunakan rekombinan gen protein
selubung via ekspresi bakteri untuk meningkatkan kualitas dan
spesifitas imunogen and titer antiserum
Survei
Deteksi Sampel
Cloning gen CP
I nsersi site enzim restriksi
( in vitro mutagenesis)
Perbanyakan Virus
Ekstraksi Asam Nukleat
Perunutan DNA
RT-PCR
Visualisasi
Survei di KP Balitbiogen, Bogor
Gejala tanaman yang diduga
terinfeksi CMV-SS
Survei di Magelang,
Jaw a Tengah
Beberapa gejala
Yang diduga
CMV-SS
Survei di Jember, Jaw a Timur
Beberapa gejala
Yang diduga
CMV-SS
Survei di kebun Balitkabi Malang, Jaw a Timur
Gejala tanaman yang diduga terinfeksi CMV-SS
Lokasi
Jawa Barat
- Bogor
- Plumbon
Jawa Tengah*
- Tegal
- Brebes
- Magelang
- Kebumen
Jawa Timur*
- Malang
- Ponorogo
- Jember
Deteksi Serologi
+
BD
-
BD : belum dilakukan
* : belum masuk musim tanam/tanaman belum banyak
Skematik RNA 3 CMV ( 2.1 kb)
F
3’
3a
R
CP
5’
CMV SS
terdeteksi
dari sampel
asal Bogor
500 bp
~ 383 bp
Primer: universal untuk CMV
subgroup I B
L100
CMV-SS
Full-length Gen Protein Selubung CMV SS ( ~ 657 bp)
F
3’
3a
R
CP
5’
650 bp
Hasil Runutan Gen CP CMV-SS ( 657 bp)
( -)
CMV SS L 1kb
ATGGACAAATCTGAATCAACCAGTGCCGGTCGTAgCCGTCGACGTCGTCCGCGTCGCGGTTCCCGCTCCGCTCCCTCC
TCCGCGGATGCTAACATTAGAGGTCTGTCGCAGCAACTTTCGCGGCTTAACAAGACGTTAGCAGCTGGTCGTCCTACTC
TTAACCACCCAACCTTTGTGGGGAGTGAACGTTGTAAACCTGGGTACACGTTCACATCTATTACCCTGAAGCCGCCGAA
AATAGACCGTGGGTCTTATTATGGCAAAAGGTTGTTGCTACCTGATTCAGTCACGGATTTCGATAAGAAACTTGTTTCGC
GCATTCAAATTCGCGTTAATCCGCTGCCGAAATTTGATTCTACCGTGTGGTTGACAGTCCGTAAAGTTCCTGCCTCTGCG
GACTTATCCGTTGCCGCCATTTCCACTATGTTTTCGGACGGAGAATCGCCGGTACTGGTTTATCAGTATGCTGCGTCCGG
GATCCAAGCTAACAATAAATTATTGTATGATCTTTCGCCGATGCGCGCTGATATAGGCGACATGAAGAAGTATGCCGTCC
TCGTATATTCAAAGGACGATGTGCTCGAGATGGACGAGCTGGTGATTCATGTCGACATTGAGCACCAACGTATTCCCACA
TCTGGAGTGCTCCCAGTTTGA
3’
3a
CP
CP
HindI I I
5’
HindI I I
pET30b
BamHI
BamHI
K+
Saat ini sedang
Dikonfirmasi
Runutan DNAnya
L 1 kb CMV SS*
657 bp
¾ Survei & pengambilan sampel di Plumbon, Cirebon serta
Jawa Tengah & Jawa Timur (tergantung sisa budget)
¾ Deteksi, perunutan DNA gen CP isolat asal lokasi lainnya
¾ Analisis keragaman genetik gen CP CMV SS isolat I ndonesia
¾ Cloning gen CP ke vektor ekspresi pET 30b